2B7XA

Sequential reorganization of beta-sheet topology by insertion of a single strand
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
168
structure length
157
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGYTSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Sequential reorganization of beta-sheet topology by insertion of a single strand.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 42
structure length 157
sequence length 168
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-10-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2b7xA00
4EPFA 2RB2X 1L52A 1L51A 102LA 1L71A 221LA 3SBBC 3UONA 1QTVA 1L31A 1QT6A 147LA 199LA 1L40A 4I7NA 1OWYA 3SB7A 2IGCA 1L03A 1SSYA 2B6TA 1PQKA 241LA 1CV3A 1L16A 2OU8A 4EKSA 2B6ZA 2RBOA 1L0KA 195LA 3GUNA 1L57A 172LA 1L23A 232LA 155LA 226LA 5LZMA 1TLAA 234LA 1QSBA 4I7TA 1C69A 1G0GA 4DKLA 180LA 3FA0A 217LA 112LA 3HTGA 3DN6A 1QT7A 1C6QA 1L91A 1L98A 225LA 167LA 191LA 1L76A 1LWGA 3OE8A 1C62A 1L17A 1XJTA 1LYIA 3GUJA 4EPIA 182LA 3HU9A 4ARQA 1P46A 1CV1A 3FI5A 1C67A 1DYCA 219LA 1L00A 1KW7A 3L2XA 1L97A 3CDRA 213LA 162LA 119LA 1L29A 1LWKA 196LA 1C6MA 4ARJA 1L36A 2NTGA 2RBSA 2ANVA 211LA 1G06A 2F32A 1I6SA 1QUHA 1QT8A 1JTNA 1L55A 210LA 3HH3A 139LA 249LA 1L04A 3EMLA 109LA 215LA 178LA 174LA 1L22A 4S0WA 1CU6A 1L34A 1OV7A 3CDTA 1L18A 4DJHA 4I7RA 3OE9A 168LA 3D4SA 1D3MA 228LA 1ZYTA 1P37A 2B72A 3HDEA 4ARLA 3F8VA 4W57A 1C6JA 244LA 4I7OA 1L79A 1CV6A 3C7WA 1G0LA 3LZMA 1QT5A 1C68A 2OTYX 1T8FA 230LA 170LA 1L44A 259LA 243LA 2CUUA 3C8SA 4ARMB 4DAJA 4EJ4A 2Z6BA 3HTBA 3RZEA 4I7QA 3G3WA 1C61A 110LA 1QUDA 246LA 3K2RA 1XEPA 1L02A 252LA 2B73A 1D3FA 206LA 257LA 2HUKA 1LGUA 1L95A 1CVKA 223LA 2B70A 2HULA 3JR6A 1QTCA 1P36A 2OTZX 1L81A 3DN3A 129LA 1C6GA 2OE4X 113LA 1C6IA 4I7LA 1L37A 1C6HA 3HTFA 1P5CA 4W59A 1ZWNA 1DYFA 126LA 1LYFA 2LCBA 1G0MA 1L67A 2OU0X 4I7JA 1C6LA 4EKPA 1P3NA 1G0PA 1T97A 1C65A 222LA 186LA 2RB1X 4YXCA 231LA 239LA 1L89A 1L43A 1D9WA 1C6BA 1CU5A 3DKEX 1L11A 1KY1A 1CUQA 1L0JA 1PQJA 3QAKA 3DN0A 127LA 184LA 3HT9A 2B6WA 3GULA 1L06A 142LA 4ARMA 145LA 1L65A 2QB0B 2OE7X 141LA 242LA 1C6KA 1L70A 5I14A 3DNAA 209LA 3HH5A 1L27A 4EKRA 1L30A 169LA 255LA 2RB0X 1L73A 1L58A 245LA 1L42A 1CU3A 3SBAA 1CV5A 146LA 192LA 1L87A 1L48A 157LA 4W53A 1C60A 149LA 1L62A 1L96A 1L33A 1NHBA 1L60A 251LA 4PK0A 3HT6A 1OVJA 4K5YA 1L20A 2B75A 1QUOA 3G3XA 3C82A 3OE6A 2RH1A 1PQMA 200LA 4LZMA 158LA 1C6TA 1OWZA 1L54A 1QTHA 183LA 189LA 1C6FA 1QTBA 3DN8A 1CX7A 123LA 1T8AA 1C6AA 3PDSA 1OV5A 3HTDA 190LA 1DYAA 1L99A 214LA 3HUQA 3NYAA 4I7KA 152LA 1QS9A 1QT3A 122LA 2Q9EA 2RBPA 1DYGA 2O7AA 2RAZX 115LA 173LA 4I7MA 1LPYA 3HT8A 2OU9A 1L94A 1L21A 4YX7C 3L64A 137LA 1C6CA 1D2WA 216LA 3DMXA 1L88A 1G0KA 163LA 144LA 3HDFA 1CV0A 1CU2A 1L86A 1JTMA 3DN2A 3DN1A 148LE 164LA 1LYHA 1P7SA 3PBLA 1QTDA 247LA 2B6XA 1CV4A 3HWLA 1L68A 2L78A 1L77A 1DYEA 1L28A 1L01A 3NY8A 253LA 177LA 1C66A 1CUPA 4EKQA 1L93A 3SB6A 1L08A 165LA 2RBQA 3DMVA 3HUKA 1L07A 4EXMA 2Q9DA 4W55A 1L25A 1G07A 1T6HA 1L10A 4W51A 4I7PA 3G3VA 3SB5A 1KY0A 4LDEA 237LA 3DN4A 1L13A 2B6YA 1QTZA 4LDOA 114LA 188LA 143LA 3HU8A 1P2LA 166LA 1QSQA 205LA 2F2QA 150LA 3C7YA 1L56A 1CX6A 256LA 3DMZA 1L66A 229LA 1SSWA 1KS3A 1L49A 1L12A 108LA 1L15A 3C8RA 1SWZA 3SN6R 1L39A 1LGWA 1SWYA 1L19A 3GUKA 171LA 1L92A 3C83A 140LA 3VW7A 118LA 1C63A 224LA 1LGXA 201LA 220LA 262LA 1LLHA 1C6PA 1OVHA 156LA 138LA 3GUIA 1C6DA 181LA 240LA 3SB8A 1C64A 1L50A 2RBNA 2O4WA 4LDLA 3C7ZA 1L59A 3HUAA 2ANXA 1LI3A 2NTHA 3C8QA 159LA 1CTWA 1LYDA 128LA 120LA 3GUPA 1LW9A 3V2YA 176LA 1EPYA 1P64A 4W56A 1G0JA 1XJUA 1D3NA 1L72A 1L80A 1CU0A 250LA 1P6YA 254LA 3OE0A 212LA 236LA 218LA 4OO9A 1L84A 1D2YA 6LZMA 3ODUA 1L83A 4I7SA 103LA 1L14A 1L63A 1WTHA 2O79A 1L26A 2RBRA 1T8GA 238LA 1L24A 3V2WA 1LI2A 1L90A 4ZPUA 4YXAC 1LI6A 258LA 4W52A 1L75A 3CDQA 1L74A 4W54A 1L41A 1B6IA 260LA 1OVKA 1G1WA 1LYEA 1L61A 2B7XA 3CDOA 2A4TA 187LA 1G1VA 1PQOA 1G0QA 1DYDA 1L45A 104LA 111LA 3C80A 235LA 1KNIA 4PJZA 4GBRB 1L53A 2B74A 3F9LA 107LA 125LA 1QT4A 175LA 2F47A 2LZMA 4E97A 1DYBA 1L38A 3HT7A 3GUOA 248LA 2RAYX 4AQNA 4W58A 1P2RA 1KW5A 233LA 1LYGA 185LA 1SX7A 1K28A 1ZURA 227LA 3GUMA 1L35A 2HUMA 7LZMA 1QS5A 1L64A 1OYUA 1QUGA 1SX2A 1PQIA 197LA 3C81A 3SB9A 3NY9A 3HH4A 2QARC 1P56A 131LA 2LC9A 3FADA 1L47A 4ARQB 1PQDA 161LA 198LA 1C6EA 1L46A 4ARPA 1C6NA 4GRVA 160LA 2OEAX 1LYJA 1L32A 1L85A 1L82A 1L09A 3RUNA 1L05A 2OE9X 130LA 151LA 4IAPA 3HH6A 1D3JA 3CDVA 1JQUA 1L69A 261LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NGKA 1J1OY 1F6SA 1QTVA 3KAMA 1L31A 1NWGA 4ETAA 1QT6A 199LA 3AZ6A 4DDAA 2IGCA 1L03A 1SSYA 4PRQA 5FDJA 1QQYA 3WPKA 2OU8A 2RBOA 1L0KA 4IATA 1JWRA 4HTQA 4NSJA 232LA 5LZMA 1TLAA 4IJ4A 1LSNA 2HUBA 1WQRA 1QT7A 1L91A 1LZSA 4NG1A 1LWGA 3OE8A 1L17A 2FYDA 1GFJA 3GUJA 1IOSA 4EPIA 4LT0A 3FI5A 1C67A 3L2XA 2FBBA 4TSCA 3LYOA 1BVXA 2W1XA 3WPJA 162LA 1GF4A 119LA 1L29A 2LHMA 4J7VA 1C6MA 5LA8A 1L36A 2F4AA 1EQ4A 5LAGA 3W6FA 211LA 2BQDA 1G06A 1GHLA 1I56A 2D4JA 1D6QA 4XYYA 139LA 1B7RA 2YBMA 174LA 5IELA 1OV7A 3CDTA 1L18A 1GWDA 4NGOA 5ILFA 4ML7A 5F9XA 3OE9A 1DXJA 3CSRA 1LSBA 3HFMY 3B6LA 4NIJA 1ZYTA 3F8VA 4W57A 1OUEA 3AW7A 1LKSA 1CV6A 3G3BB 1G0LA 1OUDA 1QT5A 4M6DA 170LA 4DAJA 4EJ4A 2Z6BA 1UIBA 1O23A 4WO9A 3HTBA 3RZEA 4I7QA 1CKGA 1QUDA 246LA 5KY1A 3K2RA 1GF0A 4LYMA 5F9UA 2HEAA 5JENB 129LA 3A67Y 4PHIA 113LA 5LA5A 1L37A 1HEMA 1NDMC 3A96A 1C6HA 4CFPA 5KJ9A 3ZEKA 5M1YA 1L67A 2FYCA 1P3NA 5F16A 1LZYA 222LA 4YXCA 1L43A 4ETCA 1CU5A 1BWJA 3DKEX 2HEDA 3HBHA 1W6ZA 1L0JA 4LYBA 2MEHA 4H92A 184LA 3CQLA 4BAPA 5APDA 4ARMA 4CGEA 1IR9A 1L65A 1DPXA 2OE7X 4J1AA 1C6KA 4LT3A 4ET9A 3DNAA 1SQ2L 209LA 2H5ZA 2XBRA 1B7SA 3AGGG 1IR7A 1VDPA 146LA 1L87A 1L48A 4W53A 1DKJA 1GE3A 2CDSA 149LA 1L96A 1NHBA 1FLYA 3IWRA 2Z38A 251LA 4DD1A 1IY3A 2H9KA 2DKVA 4HPIA 1IOTA 3OE6A 1PQMA 3B0IA 4LZMA 1C6TA 3T36A 1BQLY 189LA 1C6FA 1T8AA 1OV5A 1IP3A 190LA 3HUQA 2DQFC 3ZVQB 4I7KA 1LYOA 3A92A 1XEIA 4C5FA 122LA 2RBPA 115LA 1NF5A 4ET8A 1L94A 4NGVA 3CT1A 1LZ1A 5FSTA 163LA 144LA 1JPOA 4CHXA 1CV0A 1IP4A 3DN1A 7LYZA 3WH1A 1QTDA 1IP2A 4KL7A 4D9ZA 193LA 2L78A 1YQVY 3AB6A 1L28A 4NGIA 133LA 3NY8A 177LA 1LZBA 4OWEA 5I54A 1L93A 1IP5A 2RBQA 165LA 3DMVA 3HUKA 1AKIA 3TXFA 4M4OA 1UACY 4W55A 4H91A 1EL1A 3G3VA 3SB5A 5LVHA 4LDEA 237LA 3DN4A 4E3UA 1GFEA 1QTZA 4LDOA 4YENA 4HJZA 1UIFA 143LA 1N4FA 1INUA 1BB4A 2DQDY 2MEFA 1WTNA 166LA 1QSQA 4G4CA 5LVKA 150LA 3C7YA 5APEA 2MECA 1L66A 1LSFA 4H90A 1BGIA 5HLLA 1HEQA 3B72A 1L15A 1DI3A 2BQGA 3SN6R 1SWYA 2DQGY 3MGWA 262LA 1LLHA 1DI5A 1OVHA 156LA 3WW6A 3TXBA 240LA 5KXTA 4HPEA 3AZ5A 4LDLA 2YDGA 4LT1A 2NTHA 3TMUA 3C8QA 128LA 1LMPA 3GUPA 1P64A 4W56A 1XJUA 4NEBA 1UIHA 3RNXA 1L72A 2ZNWY 1CU0A 5J7CA 5AMYA 1IOCA 1GBWA 1D2YA 2Z18A 1T3PA 1L83A 1L14A 2O79A 3A3RX 1L26A 2HU1A 1A4VA 3WU8A 1YAOA 4Z46A 3B0OA 4ZPUA 1HSXA 3CB7A 4LZTA 4U3XB 1L75A 3CDQA 4HV1A 1G7JC 1GE1A 1IP1A 1GB3A 4H8ZA 104LA 1WQOA 2BQHA 1I20A 1D6PA 5B06A 5HMVA 5D5FA 3W6AA 4GBRB 1TCYA 2LYMA 125LA 3ULRA 1LZDA 175LA 4QDNA 1JITA 2MEEA 4WM4A 4WO6A 2RAYX 2WARA 1DPWA 3WU9A 5KXRA 1HSWA 1KW5A 1GFKA 1JSEA 1SX7A 4BADA 5C6LA 2W1YA 227LA 4W96A 1IC7Y 1LZTA 5E9RA 2Z39A 7LZMA 4FDYA 1QUGA 4WLYA 1SX2A 3C81A 3HH4A 4ARQB 1IOQA 1PQDA 1C6NA 1XGUC 2C8PA 4XN6A 4PPOA 1L09A 5F81A 1L05A 1IWYA 2OE9X 3QY4A 2HU3A 1L69A 4WM2A 4EPFA 2RB2X 1L51A 4LFXA 1OUCA 1OWYA 1JJ1A 1YL0X 1HMKA 1PQKA 1BHZA 4EKSA 3GUNA 1NMMA 172LA 3M3UA 1QTEA 1QSBA 1QTKA 3P65A 4DKLA 1LSEA 3FA0A 1IP7A 3HTGA 1C6QA 3IJVA 167LA 5II3A 1C62A 1XJTA 3B0KA 182LA 4XENA 3A3QA 2CGIA 1YKXX 4XJGA 2AUBA 4KPMA 4XJHA 1MELL 3CDRA 1YL1X 1GF6A 1LWKA 196LA 2NTGA 3EO5A 2W1LA 1TAYA 4WLXA 2ANVA 1OUJA 2F32A 1I6SA 4DD7A 5A3ZA 4GCEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4NGK A;  1J1O Y;  1F6S A;  1QTV A;  3KAM A;  1L31 A;  1NWG A;  4ETA A;  1QT6 A;  199L A;  3AZ6 A;  4DDA A;  2IGC A;  1L03 A;  1SSY A;  4PRQ A;  5FDJ A;  1QQY A;  3WPK A;  2OU8 A;  2RBO A;  1L0K A;  4IAT A;  1JWR A;  4HTQ A;  4NSJ A;  232L A;  5LZM A;  1TLA A;  4IJ4 A;  1LSN A;  2HUB A;  1WQR A;  1QT7 A;  1L91 A;  1LZS A;  4NG1 A;  1LWG A;  3OE8 A;  1L17 A;  2FYD A;  1GFJ A;  3GUJ A;  1IOS A;  4EPI A;  4LT0 A;  3FI5 A;  1C67 A;  3L2X A;  2FBB A;  4TSC A;  3LYO A;  1BVX A;  2W1X A;  3WPJ A;  162L A;  1GF4 A;  119L A;  1L29 A;  2LHM A;  4J7V A;  1C6M A;  5LA8 A;  1L36 A;  2F4A A;  1EQ4 A;  5LAG A;  3W6F A;  211L A;  2BQD A;  1G06 A;  1GHL A;  1I56 A;  2D4J A;  1D6Q A;  4XYY A;  139L A;  1B7R A;  2YBM A;  174L A;  5IEL A;  1OV7 A;  3CDT A;  1L18 A;  1GWD A;  4NGO A;  5ILF A;  4ML7 A;  5F9X A;  3OE9 A;  1DXJ A;  3CSR A;  1LSB A;  3HFM Y;  3B6L A;  4NIJ A;  1ZYT A;  3F8V A;  4W57 A;  1OUE A;  3AW7 A;  1LKS A;  1CV6 A;  3G3B B;  1G0L A;  1OUD A;  1QT5 A;  4M6D A;  170L A;  4DAJ A;  4EJ4 A;  2Z6B A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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