2BQCA

Contribution of hydrophobic effect to the conformational stability of human lysozyme
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGVSLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNAAHLSCSALLQDNIADAVAAAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A general rule for the relationship between hydrophobic effect and conformational stability of a protein: stability and structure of a series of hydrophobic mutants of human lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 52
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2bqcA00
4ETAA 2AUBA 2RSCA 1B7NA 3A8ZA 4WM4A 3A91A 1DI4A 1NQIA 1FLQA 3AJNA 5I4WA 1IC5Y 9LYZA 4BADA 4I8SA 4N1CC 1IWYA 1HEMA 1W08A 4MCKA 1NBYC 1B7LA 2A7FA 1CKCA 3J6KA 1QUSA 1TAYA 3A95A 2DQJY 4DYGA 1LSBA 5D5FA 1HSXA 3P64A 4BAPA 2XBSA 2W1MA 3A3QA 4NEBA 1IY4A 1WQNA 3EO5A 1B5VA 1KXWA 1CKDA 1GE4A 3GXRA 1DKJA 4H8XA 2N5ZA 1B2KA 4OWBA 1AT6A 1JJ1A 1MLCE 2YVBA 5DM9A 4CHXA 1YL1X 5LVIA 3T6UA 2YDGA 1B7QA 1A4VA 1HHLA 1LZTA 3P65A 1KXYA 3WVXA 1RJCB 5KXMA 1HFXA 1HNLA 3SP3A 193LA 2BQLA 1LKSA 4OOOA 1UA6Y 1UC0A 1HFYA 1HEPA 2H9JA 5IHGA 1UIDA 1YAMA 2ZNWY 1JTPL 5LVKA 4NGYA 3J4GA 2BQJA 3WUMA 4NSIA 4LGKA 3T36A 1AZFA 4NGIA 2F30A 1LHLA 2BQKA 2Z18A 1GEZA 4ET8A 1GF9A 5LVJA 2F4GA 3B0OA 1VFBC 1LSMA 1KXXA 2YBJA 3WU8A 2D4KA 2WARA 5L3IA 1GB5A 1P2CC 194LA 2DBTA 3LYTA 5C6LA 5F16A 5KKIA 4HTNA 3RU5A 3TXGA 1LJKA 4WLYA 1D6QA 1GXXA 4C3WA 3LYOA 4J1AA 2IFFY 1LYOA 2MEAA 2DKVA 4N9RA 2LYMA 3G3BB 1VDSA 4WL7A 1QDTA 3A93A 5M1YA 3TXDA 1B7SA 5C6IA 1XFPL 4B49A 1IVMA 1UIBA 1LHMA 1HFZA 2YBMA 1GB3A 1LHIA 1B7OA 4ETCA 4GCFA 3QY4A 153LA 3A3RX 4P2EA 1GFKA 1LZBA 2BQGA 2I25L 1YILA 1CKHA 2EQLA 4WO9A 4AGAA 2B5ZA 1EL1A 4N0JA 1RFPA 1GB8A 1LZ5A 2I26L 2I6ZA 5E4PA 1KIRC 3WYHA 1GF8A 4BAFA 4NHQA 4EOFA 2XJWA 1LJHA 4DD0A 1G7JC 1GE1A 1F0WA 1KIPC 1B9OA 1GFAA 4H94A 1BWIA 5B1GA 1NWGA 4TX7A 2DQCY 1H87A 2Q0MX 4H9EA 1D0KA 1GF6A 4DD7A 3AW6A 1OUIA 1OUEA 3W6EA 1BB5A 4ZIXA 4HJYA 1BB6A 5DL9A 1IWTA 1HEWA 4LYMA 4NGLA 4W94A 3TMXA 1IC7Y 2MEBA 5LVHA 1LZ4A 1PS5A 2HEDA 1RI8B 4ZEEA 3A94A 1LZSA 1J1XY 3TXKA 4E3UA 1FLYA 1YKXX 1LMNA 5LAGA 5HLLA 1BGIA 2D4JA 4XJFA 3HBDA 1LSGA 2BQDA 1GBZA 1YIKA 4WOAA 1LZ8A 2Z19A 1UBZA 3FI7A 1XGPC 2DQFC 5KXPA 1GBOA 1LJJA 1XGRC 4HJVA 4LT3A 4NHTA 1GHLA 1GF3A 4OWEA 2LZ2A 1XGTC 3TMVA 1J1PY 4H9HA 2G4NA 3CSZA 4R6CA 4DDAA 3W6FA 4YM8A 3EMSA 3TXIA 4WL6A 5LYZA 1JKDA 4UWVA 4WLDA 1O23A 1OUHA 3W6CA 2BAAA 2IHLA 1YAQA 2F2NA 3P68A 4WO6A 1LPIA 1LZ9A 7LYZA 1AM7A 1GB9A 1GBYA 4N1EI 4NY5A 2MEHA 4H9IA 2YBLA 5B06A 1UIFA 4B4IA 1CNSA 1FN5A 1UICA 2GV0A 1W6ZA 2X0AA 1XGUC 3A6BY 5APCA 1BB7A 5KXRA 4HSFA 5LA5A 1LYZA 1JUGA 3CB7A 5A3EA 1GPQC 1FBIX 3B6LA 3TMWA 1LHHA 4R0FA 4QY9A 4LYBA 5I54A 1YANA 4J0LA 2CGIA 3IJVA 1HELA 4OWAA 1SLYA 4G49A 3LYMA 1V7TA 4XJHA 5F9XA 3AW7A 1JKAA 4EMNA 3CT1A 5T3FA 1GFHA 1SQ2L 4Z3MA 2Z12A 1CKFA 1LSFA 3AGIA 3LYZA 5KXSA 2ZNXY 4ETBA 1DQJC 3WULA 2Y8PA 4M4OA 1QDRA 1GBSA 4HPEA 1LHJA 1LMOA 1LZEA 2DQHY 2BQEA 2Z2EA 3D9AC 2ZILA 1RCMA 4NGOA 1UCOA 1C08C 5F9UA 5I53A 1IOTA 1IOSA 1LAAA 1LCNA 4WLXA 1QSWA 2MEIA 1TEWA 1LJNA 1ZV5L 4ETDA 1VDPA 2H9KA 4DD2A 1C45A 1C10A 2HECA 1BB3A 2LYZA 3TXJA 5KXLA 1OUAA 1YROA 5KXZA 2FBDA 1WQPA 4ANRA 3MGWA 4NGKA 3WXTA 4CFOA 1B5WA 2FYDA 1GBWA 6LYTA 1GFJA 1C46A 1UACY 5LVGA 5KXYA 3WUAA 1OUBA 1G7MC 4IASA 1LTMA 1JEFA 3LZ2A 1IR9A 2DQGY 3WW6A 4WM6A 2F4AA 1YKYX 5HMJA 1GEVA 4NHPA 4LFPA 2BLYA 3HBHA 4KL7A 4DT3A 5LA8A 1F6RA 1B7PA 5DN5A 1QSAA 1FLUA 2HEEA 1NDMC 1NDGC 5FHWA 1IC4Y 1JSFA 2BQBA 3RNXA 5C6JA 4NHIA 4H9FA 3WH1A 4N8ZA 1FLWA 1LMCA 1JTOL 3CSRA 1DZBX 5KXNA 1INUA 1I56A 1OUDA 2BLXA 2G4PA 2Z37A 4H9CA 4X3BA 1I20A 1OUFA 3B0KA 5DN4A 5EBHA 5B59A 4CGEA 2YBIA 1JSEA 1QTEA 3BKVA 3IWRA 4HV2A 4B4EA 5L9JA 1LZDA 3W6BA 3WU7A 1IWUA 4UWUA 3WPJA 5HNCA 4TTDA 5F81A 1LJGA 1IP7A 2BQFA 1LSCA 2BQOA 2BQCA 4H92A 4HTQA 4LYCA 1BWHA 4O34A 4OWHA 1GB6A 3W6AA 1GFVA 4NWEA 1IWWA 1DI5A 2DQIY 4HP0A 4J1BA 2BQMA 1GF0A 1KIQC 1YQVY 2FBBA 4YOPA 1IP2A 3RZ4A 5APEA 3CT5A 1GBXA 1B5XA 1UIHA 3B0IA 1IP5A 4Z98A 5ILCA 1LYYA 4L41A 4OW1A 4DDCA 1IOQA 1CKGA 1EQ5A 1JTTL 1LZYA 3RT5X 4Z41A 4ML7A 5F14A 1IWXA 2D4IA 5FSTA 4TSCA 2YSSC 5KXTA 1UIEA 1B7RA 2MEEA 2HU3A 4LZTA 1REYA 4DD3A 1WQOA 5KKJA 1GAZA 3K3TA 1WQRA 3TXBA 3A90A 4DD9A 1XEIA 2XBRA 1LSDA 3CT0A 3D3DA 4GCEA 3E3DA 4TWSA 1C43A 1HF4A 2EKSC 2CWIA 3CSQA 5E9RA 1LZAA 1REZA 1DXJA 1GE0A 3LZTA 1Z55A 3A34A 3TMUA 4H91A 4H8YA 5AMYA 1DPXA 1IEEA 3FE0A 2CJLA 1JPOA 1WTNA 132LA 4GCBA 4LT2A 1IO5A 1B5ZA 1GWDA 4MR1A 4QGZA 4YF2A 1LZCA 2MECA 3HFMY 4FDYA 5APDA 4LYZA 1B7MA 2ZWBA 1HERA 2FYCA 1QUTA 4WLTA 4LYOA 1XEKA 2DQAA 4II8A 5II3A 4WM1A 2Z2FA 5LAFA 2HEFA 2VB1A 2BQHA 1YL0X 3KAMA 1HEQA 3OK0A 1LKRA 1OP9B 1IX0A 1LSZA 3A92A 4ET9A 2MEGA 1ZVYB 4TUNA 3WPKA 4QEQA 1LSNA 3WU9A 4GN3A 4IJ4A 1BHZA 2BPUA 5LYMA 1DI3A 4RDSA 1B5YA 3ATNA 4H9BA 1BQLY 1GF5A 1H6MA 1IP6A 4GN5C 5HNLA 1JKBA 3RW8A 4FJRA 1GDWA 3WPLA 5K7OA 4HTKA 4B4JA 154LA 133LA 5D5CA 1F6SA 1LMQA 4BS7A 2LHMA 1GF4A 1VDQA 4XYYA 4DC4A 1V7SA 3WW5A 2ZQ3A 2EIZC 3N9EA 1CJ6A 4G9SA 4I0CA 4WG7A 4WMGA 3TXHA 2MEDA 1IP3A 5KXKA 3AZ6A 5IDDA 1F10A 1LJ3A 4XN6A 1LJIA 3W6DA 3AYQA 1MELL 1LMPA 1QQYA 4H93A 2DQEY 3HBEX 4NGZA 4DDBA 4CFPA 5IELA 2BQIA 3WUNA 3EBAB 4PGJB 1D9UA 1LHKA 1XEJA 2EPEA 4GCDA 1JJ3A 1I1ZA 1GFGA 4M6DA 1FKVA 3AZ4A 4PHIA 2LZTA 1CJ9A 1OUCA 2HU1A 5KJ9A 1GFUA 1IY3A 5DLAA 3N9CA 3A67Y 2YBHA 4QDNA 1CJ7A 1FKQA 4XJDA 1JWRA 3ULRA 1HMLA 1IP1A 1TDYA 2C8PA 5KXWA 4NWHA 3WL2A 1AKIA 1BB4A 3AGGG 4LYTA 1GF7A 2C8OA 1IR8A 1JITA 2CDSA 1LSEA 3WVYA 1UUZC 1LYSA 4YENA 1GAYA 208LA 4B1AA 4RLNA 5FDJA 5KXXA 4N5RA 4DD1A 4ZFPA 3ZEKA 1GFEA 3A6CY 1IWZA 3LHMA 4YEOA 4KT3A 1HSWA 5KY1A 4IATA 4NG1A 4PRQA 2A7DA 3CQLA 4GN4A 4H90A 5FEKA 3M18B 3EXDA 4LT1A 4W96A 1ZMYL 1OUJA 1UIGA 2ZIJA 1GB0A 1ALCA 1NMMA 1FDLY 5J7CA 6LYZA 1EQEA 1VDTA 1A2YC 3BKHA 1IOCA 1LSPA 1OUGA 1DKKA 1T3PA 207LA 1LMTA 1OQMA 4NGJA 5LIOA 4C5FA 1GE2A 1LJEA 1YKZX 4UWNA 5I5QA 1ZVHL 4NGVA 4GLVA 8LYZA 2BQAA 1GB2A 3IJUA 4OOTA 2DQDY 1VEDA 2YBNA 4HV1A 1NHEA 2D6BA 1G7LC 1BWJA 1CJ8A 1LOZA 1NF5A 3N9AA 5LYTA 1HENA 3F6ZA 3TXEA 4PRUA 3QNGA 1GDXA 2HEBA 3M3UA 1JISA 1T6VL 1BVKC 4G4BA 5I4XA 4PPOA 1GXV2 1LJ4A 2PC2A 4OWCA 1LZNA 1EQ4A 4KXIA 1JKCA 2LYOA 4TSBA 1D0MA 4NIJA 3W3EA 1XSFA 2W1XA 4XJGA 2ZQ4A 3AB6A 4XADA 2W1LA 3G3AB 1WQMA 2H5ZA 134LA 2HUBA 1G7HC 4H9AA 4RLMA 3QE8A 3TXFA 3A96A 4XJBA 1XGQC 3VWOA 5FCPA 4HPIA 1WVUA 1G7IC 2HEAA 3GXKA 4HJZA 1IIZA 3AZ5A 5HMVA 4AXTA 4H8ZA 1QIOA 4ETEA 5JENB 4WG1A 3AGHA 3B72A 4XENA 1JIYA 1GB7A 2NWDX 1GE3A 4NHSA 4WM5A 1JJ0A 2MEFA 4NSJA 1J1OY 1LMAA 4LFXA 4WM3A 4NGWA 4U3XB 4DWXA 3P4ZA 1IR7A 1HMKA 2D91A 3ZVQB 5HQ1A 5KXOA 1YAPA 4RW1A 1QTKA 1WQQA 5A3ZA 1JHLA 3OJPA 3WXUA 4LT0A 2HTXA 4J7VA 4D9ZA 1LJFA 4MSTA 1GFRA 4Z46A 5LXWA 4YEMA 1B5UA 1RE2A 4GCCA 3WMKA 1DPWA 1REMA 1REXA 1UIAA 1WTMA 2ZYCA 4CJ2A 3AZ7A 5B05A 1AT5A 1LZRA 1NKHA 2G4QA 4XJIA 5FELA 5ILFA 1GFTA 1VATA 4A7DA 5L3HA 1E8LA 4NG8A 4NFVA 3ZVQA 1HC0A 1LZ6A 4GLAA 4NSHA 1PZYA 4G4HA 4NSGA 1C7PA 5APFA 2Z38A 5LINA 2Z39A 2ZYPA 3ATOA 4PJ2C 1GD6A 135LA 4KPMA 1LSAA 4H1PA 1LSYA 3P66A 4B0DA 1HEOA 2XTHA 1IORA 1WVVA 5B07A 1BVXA 3LN2A 1YAOA 1IP4A 1NBZC 2W1YA 4G4CA 2BQNA 4RW2A 1D6PA 1TBYA 1D0LA 4WM2A 1N4FA 1IWVA 1VAUA 1TCYA 5B1FA 1LZ1A 2ZIKA 5I4YA 1B0DA 1LZGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ETAA 1L69A 123LA 1DI4A 1NQIA 3AJNA 5I4WA 4BADA 1NBYC 1B7LA 1XJTA 2HULA 1P6YA 1QSQA 2W1MA 146LA 3A3QA 1WQNA 4H8XA 1AT6A 1MLCE 4CHXA 3T6UA 2YDGA 1B7QA 1LYHA 3HH4A 102LA 2BQLA 1LKSA 2NTGA 4OOOA 5IHGA 1QT3A 1YAMA 104LA 4NGYA 3WUMA 1L45A 1LHLA 2BQKA 3HWLA 2F4GA 3B0OA 1VFBC 260LA 1LSMA 2WARA 1P2CC 194LA 2DBTA 3RU5A 3F8VA 3TXGA 1LJKA 1L91A 1GXXA 2IFFY 5LYTA 2LYMA 1QDTA 3A93A 3TXDA 4B49A 1QT8A 1HFZA 4ETCA 1DYDA 3QY4A 168LA 3G3XA 2RB1X 4WO9A 1CKHA 1EL1A 1D3JA 4PJZA 127LA 1L79A 4NHQA 1LJHA 1B9OA 4H94A 196LA 2RB2X 3CDVA 4H9EA 229LA 1ZYTA 3DMZA 3W6EA 1IWTA 1HEWA 4NGLA 1LI3A 3TMXA 4ARQB 1LZ4A 192LA 3TXKA 1LMNA 3SB6A 5HLLA 1BGIA 4YX7C 2Z19A 3C8SA 1UBZA 1C6BA 1KY1A 3FI7A 5KXPA 4DQJA 2B74A 4NHTA 4ARLA 4H9HA 4R6CA 3TXIA 5LYZA 1L59A 1L23A 177LA 1KW7A 2IHLA 1YAQA 1JTMA 1AM7A 1L01A 2OU0X 4N1EI 1FN5A 2B6ZA 1BB7A 1DYBA 1L0JA 1G06A 4LYBA 5I54A 1YANA 1L87A 1P7SA 3LYMA 3DN1A 172LA 1C63A 1LSFA 3LYZA 5KXSA 1DQJC 1QDRA 1LHJA 4DKLA 4NGOA 1L02A 5F9UA 160LA 1DYCA 1IOSA 4WLXA 4W57A 1LJNA 1ZV5L 4ETDA 4DD2A 2F32A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4ETA A;  2AUB A;  2RSC A;  1B7N A;  3A8Z A;  4WM4 A;  3A91 A;  1DI4 A;  1NQI A;  1FLQ A;  3AJN A;  5I4W A;  1IC5 Y;  9LYZ A;  4BAD A;  4I8S A;  4N1C C;  1IWY A;  1HEM A;  1W08 A;  4MCK A;  1NBY C;  1B7L A;  2A7F A;  1CKC A;  3J6K A;  1QUS A;  1TAY A;  3A95 A;  2DQJ Y;  4DYG A;  1LSB A;  5D5F A;  1HSX A;  3P64 A;  4BAP A;  2XBS A;  2W1M A;  3A3Q A;  4NEB A;  1IY4 A;  1WQN A;  3EO5 A;  1B5V A;  1KXW A;  1CKD A;  1GE4 A;  3GXR A;  1DKJ A;  4H8X A;  2N5Z A;  1B2K A;  4OWB A;  1AT6 A;  1JJ1 A;  1MLC E;  2YVB A;  5DM9 A;  4CHX A;  1YL1 X;  5LVI A;  3T6U A;  2YDG A;  1B7Q A;  1A4V A;  1HHL A;  1LZT A;  3P65 A;  1KXY A;  3WVX A;  1RJC B;  5KXM A;  1HFX A;  1HNL A;  3SP3 A;  193L A;  2BQL A;  1LKS A;  4OOO A;  1UA6 Y;  1UC0 A;  1HFY A;  1HEP A;  2H9J A;  5IHG A;  1UID A;  1YAM A;  2ZNW Y;  1JTP L;  5LVK A;  4NGY A;  3J4G A;  2BQJ A;  3WUM A;  4NSI A;  4LGK A;  3T36 A;  1AZF A;  4NGI A;  2F30 A;  1LHL A;  2BQK A;  2Z18 A;  1GEZ A;  4ET8 A;  1GF9 A;  5LVJ A;  2F4G A;  3B0O A;  1VFB C;  1LSM A;  1KXX A; 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 1G7H C;  4H9A A;  4RLM A;  3QE8 A;  3TXF A;  3A96 A;  4XJB A;  1XGQ C;  3VWO A;  5FCP A;  4HPI A;  1WVU A;  1G7I C;  2HEA A;  3GXK A;  4HJZ A;  1IIZ A;  3AZ5 A;  5HMV A;  4AXT A;  4H8Z A;  1QIO A;  4ETE A;  5JEN B;  4WG1 A;  3AGH A;  3B72 A;  4XEN A;  1JIY A;  1GB7 A;  2NWD X;  1GE3 A;  4NHS A;  4WM5 A;  1JJ0 A;  2MEF A;  4NSJ A;  1J1O Y;  1LMA A;  4LFX A;  4WM3 A;  4NGW A;  4U3X B;  4DWX A;  3P4Z A;  1IR7 A;  1HMK A;  2D91 A;  3ZVQ B;  5HQ1 A;  5KXO A;  1YAP A;  4RW1 A;  1QTK A;  1WQQ A;  5A3Z A;  1JHL A;  3OJP A;  3WXU A;  4LT0 A;  2HTX A;  4J7V A;  4D9Z A;  1LJF A;  4MST A;  1GFR A;  4Z46 A;  5LXW A;  4YEM A;  1B5U A;  1RE2 A;  4GCC A;  3WMK A;  1DPW A;  1REM A;  1REX A;  1UIA A;  1WTM A;  2ZYC A;  4CJ2 A;  3AZ7 A;  5B05 A;  1AT5 A;  1LZR A;  1NKH A;  2G4Q A;  4XJI A;  5FEL A;  5ILF A;  1GFT A;  1VAT A;  4A7D A;  5L3H A;  1E8L A;  4NG8 A;  4NFV A;  3ZVQ A;  1HC0 A;  1LZ6 A;  4GLA A;  4NSH A;  1PZY A;  4G4H A;  4NSG A;  1C7P A;  5APF A;  2Z38 A;  5LIN A;  2Z39 A;  2ZYP A;  3ATO A;  4PJ2 C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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