2BQDA

Contribution of hydrophobic effect to the conformational stability of human lysozyme
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGVFQINSRYWCNDGKTPGAVNAAHLSCSALLQDNIADAVAAAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A general rule for the relationship between hydrophobic effect and conformational stability of a protein: stability and structure of a series of hydrophobic mutants of human lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords LYSOZYME
total genus 49
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2bqdA00
4B1AA 1GB7A 3A3QA 3RW8A 5LYMA 3CT0A 2Z2FA 4LYBA 4TX7A 5B1FA 4OWAA 3W6BA 1RJCB 1HEMA 2ZYPA 1SLYA 4GCFA 4NGVA 1OUFA 3TMUA 5HLLA 1UIBA 2EIZC 4DWXA 3N9AA 4OOTA 1LTMA 5LAFA 3WW6A 1D0KA 2EKSC 1TEWA 4OWEA 5JENB 1HHLA 4TWSA 2DQFC 1LSMA 2ZILA 4XN6A 3RU5A 4WOAA 3D9AC 4GCEA 1GB8A 1I56A 4DD0A 1JJ3A 5DL9A 1LZ6A 2YSSC 3TXHA 4H9FA 3TMVA 4Z3MA 1G7IC 1LJKA 3EMSA 2B5ZA 1REXA 2BQNA 2HUBA 4IJ4A 3ZEKA 5J7CA 5KXLA 1IWYA 3WULA 1UC0A 1WTMA 1BB7A 2F4GA 1GE2A 1B7OA 1LMCA 2XBRA 3WU8A 1LKRA 1I20A 2WARA 1LKSA 2MEHA 4GN4A 4NHPA 2CGIA 1LZ1A 4QGZA 9LYZA 1DI4A 3A93A 6LYZA 1D9UA 1GE0A 1PS5A 1OUCA 4NWEA 4B4EA 4NHIA 4I0CA 3A94A 1NBYC 1XFPL 4BS7A 1UIFA 1E8LA 1GBZA 4IASA 1QTKA 4ET9A 1LMTA 2HEDA 4Z41A 4ZEEA 4M4OA 1REZA 2W1LA 4NGOA 3J4GA 2DQIY 4NSGA 4NSIA 1YKXX 1XGTC 1YL0X 4OWHA 5T3FA 4NGYA 1HSXA 1B5UA 4H9EA 4TSCA 5F9XA 1B7SA 5LA5A 1NWGA 2Z39A 1UIHA 3A95A 3W3EA 5KXWA 1TBYA 1RFPA 1RI8B 3CQLA 4LYMA 4PRUA 3TXGA 1DKJA 4H1PA 3WW5A 1NMMA 5LXWA 1G7LC 4G4CA 1GF0A 1H6MA 1SQ2L 4N9RA 4L41A 5HMJA 5DN5A 2ZWBA 4B0DA 1HFYA 4XJHA 4H8ZA 3LYZA 1GDWA 1B5WA 1V7SA 2W1MA 3IJVA 4R0FA 1LJIA 1F0WA 5LYZA 1Z55A 4NFVA 5KXZA 1XGRC 2HTXA 1GB0A 1VFBC 4WM4A 3TXKA 1IP4A 1GBSA 5KXNA 4AXTA 1I1ZA 4WLTA 1GF6A 5KXMA 2BQHA 4HV1A 1F10A 5L3HA 1GFTA 1GF8A 1GFJA 5IDDA 1CJ9A 1UIAA 1DPXA 2CWIA 1OUGA 1IC5Y 1VATA 1GB6A 2DQCY 3A96A 3N9EA 1IIZA 5LVIA 3VWOA 1GF7A 4LZTA 2XJWA 1HENA 4BAFA 3RZ4A 1LYZA 1NKHA 2BAAA 1LZEA 4NGLA 1IP6A 3WPJA 4CFPA 4QEQA 5APDA 1NHEA 1HC0A 1HEWA 2YBLA 1XGPC 2Z2EA 1C46A 4N5RA 3ZVQB 4J0LA 1LJ3A 4AGAA 4OOOA 4ML7A 4H8XA 4WO6A 5LINA 3A3RX 1GE4A 3AZ6A 3AYQA 1C08C 1B7RA 1LSZA 1YKYX 1EL1A 1WVVA 2D4JA 4LT2A 4NSHA 3TXEA 1VDTA 4W96A 1QUSA 2D4IA 1WQOA 1LZ4A 1FLUA 1YL1X 1GB2A 2MECA 4HTQA 4XJBA 5ILCA 1LJJA 3A92A 2F4AA 1B2KA 5I4XA 4N8ZA 3AGIA 1LMAA 1GXXA 2LYMA 3WL2A 3WXTA 1IWXA 2LYOA 1CJ7A 1TAYA 2MEAA 1NF5A 1YAMA 2BLYA 4NG8A 3TXJA 1C43A 2ZIJA 1T3PA 3GXKA 1OUAA 1GFGA 1FKQA 4MSTA 2YVBA 1INUA 4DD1A 194LA 5F16A 1DPWA 1GAZA 1LSAA 4DT3A 1LJGA 1VDQA 1J1PY 3B72A 3EXDA 4YEOA 4M6DA 1QDTA 1QUTA 5KXSA 1KIRC 1JISA 1HEQA 1RE2A 4G9SA 5II3A 1TCYA 5LVJA 4OWBA 4LGKA 3WUMA 4YEMA 1BHZA 1LZYA 2MEEA 1UIGA 5B05A 4ETAA 1IO5A 1QSAA 1OUDA 1D0MA 5KXYA 5APEA 1V7TA 2AUBA 5C6JA 2DQAA 1REMA 2BQCA 5LVKA 1GXV2 7LYZA 3AJNA 4UWUA 3ZVQA 1GEZA 1YQVY 1LHMA 3QNGA 1LSGA 5HNLA 2Z18A 1AKIA 4YOPA 4LFPA 2I26L 4H9BA 4WLXA 1B7MA 5APCA 1W08A 1GD6A 3J6KA 4XJDA 5LA8A 1WQNA 2DQJY 1IOCA 4MCKA 3CT5A 2CJLA 1FN5A 5IELA 1YAOA 3HFMY 1KXYA 1BGIA 2F30A 3G3AB 1D0LA 5KKIA 1YAQA 1IR9A 1OUIA 1LZAA 1YANA 2BQKA 4HV2A 1LPIA 1VAUA 2BQDA 4RW1A 5I53A 3F6ZA 1XGUC 1GDXA 1LJ4A 4W94A 1LYSA 4NHQA 1LZ9A 3WMKA 4WL6A 1LCNA 3A91A 3B0IA 5LAGA 4Z98A 1GF4A 208LA 4KXIA 4YM8A 1HELA 2RSCA 3LN2A 2BQFA 3AW6A 1GB3A 1D6PA 1LSCA 1WQMA 1QIOA 3CT1A 4G49A 1FLWA 1GFKA 1LMQA 4BADA 1JSEA 1HFXA 4E3UA 1JTPL 1UICA 5I4YA 3MGWA 2EPEA 1YILA 4LT1A 4RDSA 1GB9A 1BQLY 2I6ZA 207LA 2ZYCA 3LZ2A 3WH1A 2HECA 4D9ZA 3WUAA 3OK0A 1BB5A 1ZV5L 1GB5A 1UBZA 2ZNWY 4NY5A 1B7LA 1G7MC 4HPIA 4WM3A 1QSWA 134LA 1LSBA 2G4NA 1IP7A 1LHLA 4CJ2A 1LHKA 5APFA 1JKCA 3M18B 4NHTA 1REYA 1GF5A 4ET8A 1HMLA 1HFZA 4GLAA 4C5FA 1XEIA 4WG1A 4DD2A 1KXXA 1JSFA 5KJ9A 1C7PA 2HEEA 1ALCA 3A67Y 3LYTA 2FYDA 4NEBA 1LSEA 3E3DA 1OUBA 4NGKA 1GF9A 1CNSA 4N0JA 1LAAA 4XJFA 4NGZA 1CJ8A 1GBYA 1AT6A 5B1GA 1JUGA 4R6CA 4X3BA 5KXXA 5D5FA 4NIJA 1A2YC 2ZQ3A 5HNCA 2NWDX 1VEDA 2H9KA 1OP9B 4LYOA 5L3IA 3TXBA 4EOFA 4DD9A 1UIDA 1IP3A 1LYOA 1BB3A 3OJPA 4LFXA 5C6IA 1LSPA 1AT5A 1LOZA 3G3BB 4XYYA 1FLYA 1UA6Y 3P66A 5F14A 1QDRA 1GBWA 1OUEA 4PRQA 4DDBA 4DDCA 3AB6A 1GBXA 1JITA 1LJNA 1DQJC 4HTNA 1DI5A 4NWHA 4WLYA 5DLAA 3W6FA 2X0AA 1IR8A 2HEBA 5B07A 4LT0A 4B4IA 3A90A 2YBIA 4HP0A 1AM7A 2MEIA 3LYOA 3LHMA 4MR1A 2HEAA 1OUHA 1WTNA 4UWVA 5LIOA 5KXKA 1LHHA 1FBIX 2LHMA 3LYMA 1GFUA 3BKHA 1YIKA 1EQ5A 1GAYA 4I8SA 1UIEA 3T6UA 1BWHA 4PGJB 1XEJA 5FEKA 4WM6A 1UACY 4J1AA 4HPEA 1JHLA 4ANRA 4IATA 1HEPA 4ZIXA 1LMPA 1KIPC 1LJEA 1JTTL 4HTKA 1IWWA 6LYTA 4XJIA 3FI7A 5FHWA 4NGJA 2BQBA 1NDMC 1B7QA 1LSDA 2BQJA 5AMYA 1ZMYL 4YENA 2VB1A 1B5XA 3A8ZA 2IFFY 2A7FA 1GFAA 1LSFA 1YKZX 1CKCA 2XTHA 1HEOA 4U3XB 1LSYA 1GE3A 3HBDA 4DYGA 4A7DA 154LA 4DDAA 2ZIKA 1LZBA 2PC2A 1B5VA 4CGEA 2BLXA 1A4VA 1P2CC 2W1YA 3TXDA 3WU7A 3CSQA 4DC4A 1JJ0A 1GBOA 1LZTA 2MEFA 5LYTA 2A7DA 5FDJA 5I54A 1GPQC 4H9CA 5HMVA 1JIYA 5FCPA 5LVHA 4C3WA 4LYTA 1CKHA 5KXTA 1JJ1A 1OQMA 3M3UA 4H9HA 4ETBA 2BQOA 1NBZC 2YBJA 3TXIA 1FKVA 1N4FA 1ZVHL 1DI3A 4TTDA 4XJGA 1BB4A 1OUJA 1QQYA 4RLNA 1J1OY 1YAPA 4BAPA 5LVGA 3W6DA 132LA 2BQIA 2LZ2A 2HU3A 2YDGA 135LA 1BVXA 1CJ6A 4RLMA 1G7JC 1LZ8A 1IX0A 3EO5A 1PZYA 1WVUA 1LZNA 1J1XY 1GFHA 1KIQC 4ZFPA 2ZNXY 1JWRA 5L9JA 2C8PA 2BPUA 3D3DA 4OWCA 2BQEA 4QDNA 1IOQA 5DM9A 3A34A 5B59A 1LSNA 1BVKC 3ATNA 3WUNA 2I25L 4ETDA 1LZGA 3P4ZA 1C10A 4GCDA 1XEKA 1QTEA 2CDSA 1LZDA 1IOTA 1IEEA 4H9IA 4KT3A 1VDPA 1HERA 4UWNA 3SP3A 5KXOA 4WM1A 2N5ZA 2Z12A 2FBBA 5FELA 4GLVA 4CHXA 1BWIA 4WL7A 2GV0A 1EQ4A 2IHLA 1IWZA 3GXRA 4B4JA 1IWTA 1UUZC 4H90A 1B5YA 4II8A 4NG1A 8LYZA 4XADA 2YBMA 2G4PA 3WU9A 1HF4A 1GEVA 1B9OA 4GCBA 5E4PA 3W6AA 2DKVA 5E9RA 1WQQA 1XGQC 5F81A 4CFOA 4O34A 5K7OA 1IC4Y 1LZ5A 3FE0A 1GF3A 4HJVA 1GFRA 1LMNA 2Q0MX 193LA 1NDGC 4PJ2C 5A3ZA 3N9CA 2G4QA 3AW7A 4RW2A 4EMNA 4H91A 1O23A 3WYHA 4G4HA 4H94A 1BB6A 1GHLA 3TMWA 1LZRA 1IWVA 1MLCE 4FDYA 133LA 2DQDY 1IR7A 1FDLY 4H8YA 4N1CC 3WXUA 4QY9A 5KXPA 3RT5X 3A6BY 4G4BA 3QE8A 2DQEY 4H9AA 4OW1A 4TSBA 1AZFA 4ETCA 1GFEA 4LT3A 2YBNA 4NSJA 1B7PA 2BQMA 2BQAA 3B0KA 1IP2A 2BQLA 1B0DA 1IC7Y 3P64A 3QY4A 1IP5A 1GE1A 2F2NA 3AGHA 3IJUA 3K3TA 4NGWA 1GWDA 4DD7A 153LA 5FSTA 1IWUA 4GN3A 2DQHY 1TDYA 2FBDA 4NGIA 2ZQ4A 2Z19A 1YROA 1JKBA 1JTOL 4GN5C 1CKGA 3LZTA 1FLQA 1DZBX 1LYYA 3AZ7A 3W6CA 5DN4A 4ETEA 5KY1A 1B5ZA 2MEBA 4WM2A 1LJFA 3W6EA 2D4KA 2YBHA 1MELL 4H93A 3EBAB 1RCMA 3WPKA 4FJRA 4DD3A 1CKDA 3TXFA 1F6RA 1C45A 1JKAA 1IP1A 3BKVA 5IHGA 1GFVA 1LZCA 5KXRA 2W1XA 3HBEX 4N1EI 3CSZA 5I5QA 5KKJA 1DXJA 1LZSA 1T6VL 1LMOA 1B7NA 3CB7A 1WQRA 1H87A 1IOSA 3IWRA 5B06A 1NQIA 2Z37A 1IY4A 5M1YA 3T36A 3B6LA 3CSRA 3P68A 3WPLA 4J1BA 1JKDA 1UCOA 4B49A 4J7VA 1IVMA 5EBHA 4H92A 4PHIA 4PPOA 4WO9A 4LYZA 2C8OA 4KL7A 2H9JA 4NHSA 4WM5A 2XBSA 5F9UA 3ATOA 1LHIA 4WLDA 5D5CA 5HQ1A 3KAMA 3RNXA 3ULRA 5C6LA 2MEDA 1IY3A 1HNLA 1EQEA 1F6SA 1CKFA 4KPMA 1W6ZA 2D91A 2HU1A 4YF2A 1HMKA 4WMGA 4Z46A 2Y8PA 5A3EA 2Z38A 1JEFA 1IORA 1KXWA 3AGGG 3WVYA 1G7HC 1JPOA 2FYCA 2H5ZA 1WQPA 1BWJA 4XENA 2EQLA 3WVXA 4WG7A 2D6BA 3AZ5A 4HSFA 4LYCA 2BQGA 4HJYA 2MEGA 1XSFA 1LHJA 2DQGY 4TUNA 4P2EA 5ILFA 4GCCA 1ZVYB 2LYZA 4HJZA 1VDSA 3P65A 1D6QA 3A6CY 1DKKA 2LZTA 3B0OA 2HEFA 5I4WA 3HBHA 2DBTA 3AZ4A 1HSWA 1LJHA 3TMXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GB7A 3A3QA 1QTHA 1CU6A 4TX7A 5B1FA 3W6BA 1RJCB 1HEMA 1OUFA 1UIBA 2EIZC 3WW6A 1D0KA 4OWEA 3GUNA 1HHLA 1L31A 1LSMA 4XN6A 3D9AC 3C7YA 4GCEA 1QTVA 1LZ6A 4H9FA 4Z3MA 1G7IC 3HT7A 2B5ZA 1L56A 1REXA 3ZEKA 4DJHA 243LA 1L11A 1L20A 2OE7X 2CGIA 1D9UA 3CDVA 1OUCA 4I0CA 258LA 2B70A 4DAJA 4EKSA 2HEDA 4M4OA 1REZA 3J4GA 185LA 4NSIA 1L14A 5LA5A 3A95A 4PRUA 4H1PA 3WW5A 1L96A 1L35A 2RH1A 1P3NA 4N9RA 166LA 4YXAC 4XJHA 2RB2X 2W1MA 1CV0A 3NY9A 1Z55A 1XGRC 2HTXA 1L36A 1GBSA 4AXTA 148LE 1P37A 2BQHA 1L95A 2HUMA 3CDOA 1JQUA 220LA 2CWIA 1DYEA 4LDEA 5LVIA 2B75A 3N9EA 1C6AA 2XJWA 1LYZA 4W54A 3WPJA 4QEQA 1HEWA 2YBLA 1XGPC 1C46A 4J0LA 1LJ3A 5I14A 2OTZX 3A3RX 4NSHA 1EL1A 1L77A 4W96A 1GB2A 1OVJA 4XJBA 103LA 1C6NA 1L44A 1GXXA 3WL2A 1L51A 1NF5A 1L29A 3TXJA 2ZIJA 1T3PA 3GXKA 4DD1A 1ZYTA 107LA 2RB0X 4W59A 1C6HA 4YEOA 4M6DA 245LA 5KXSA 4G9SA 1HEQA 1PQMA 1RE2A 1L73A 1TCYA 1L55A 4OWBA 1QTZA 4I7SA 2MEEA 1QSAA 1OUDA 2DQAA 2BQCA 1L10A 3ZVQA 1L50A 3QNGA 1LSGA 2Z18A 4LFPA 219LA 4XJDA 1WQNA 1BGIA 1T8AA 1IR9A 2BQKA 4HV2A 2BQDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4B1A A;  1GB7 A;  3A3Q A;  3RW8 A;  5LYM A;  3CT0 A;  2Z2F A;  4LYB A;  4TX7 A;  5B1F A;  4OWA A;  3W6B A;  1RJC B;  1HEM A;  2ZYP A;  1SLY A;  4GCF A;  4NGV A;  1OUF A;  3TMU A;  5HLL A;  1UIB A;  2EIZ C;  4DWX A;  3N9A A;  4OOT A;  1LTM A;  5LAF A;  3WW6 A;  1D0K A;  2EKS C;  1TEW A;  4OWE A;  5JEN B;  1HHL A;  4TWS A;  2DQF C;  1LSM A;  2ZIL A;  4XN6 A;  3RU5 A;  4WOA A;  3D9A C;  4GCE A;  1GB8 A;  1I56 A;  4DD0 A;  1JJ3 A;  5DL9 A;  1LZ6 A;  2YSS C;  3TXH A;  4H9F A;  3TMV A;  4Z3M A;  1G7I C;  1LJK A;  3EMS A;  2B5Z A;  1REX A;  2BQN A;  2HUB A;  4IJ4 A;  3ZEK A;  5J7C A;  5KXL A;  1IWY A;  3WUL A;  1UC0 A;  1WTM A;  1BB7 A;  2F4G A;  1GE2 A;  1B7O A;  1LMC A;  2XBR A;  3WU8 A;  1LKR A;  1I20 A;  2WAR A;  1LKS A;  2MEH A;  4GN4 A;  4NHP A;  2CGI A;  1LZ1 A;  4QGZ A;  9LYZ A;  1DI4 A;  3A93 A;  6LYZ A;  1D9U A;  1GE0 A;  1PS5 A;  1OUC A;  4NWE A;  4B4E A;  4NHI A;  4I0C A;  3A94 A;  1NBY C;  1XFP L;  4BS7 A;  1UIF A;  1E8L A;  1GBZ A;  4IAS A;  1QTK A;  4ET9 A;  1LMT A;  2HED A;  4Z41 A; 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 3AZ7 A;  3W6C A;  5DN4 A;  4ETE A;  5KY1 A;  1B5Z A;  2MEB A;  4WM2 A;  1LJF A;  3W6E A;  2D4K A;  2YBH A;  1MEL L;  4H93 A;  3EBA B;  1RCM A;  3WPK A;  4FJR A;  4DD3 A;  1CKD A;  3TXF A;  1F6R A;  1C45 A;  1JKA A;  1IP1 A;  3BKV A;  5IHG A;  1GFV A;  1LZC A;  5KXR A;  2W1X A;  3HBE X;  4N1E I;  3CSZ A;  5I5Q A;  5KKJ A;  1DXJ A;  1LZS A;  1T6V L;  1LMO A;  1B7N A;  3CB7 A;  1WQR A;  1H87 A;  1IOS A;  3IWR A;  5B06 A;  1NQI A;  2Z37 A;  1IY4 A;  5M1Y A;  3T36 A;  3B6L A;  3CSR A;  3P68 A;  3WPL A;  4J1B A;  1JKD A;  1UCO A;  4B49 A;  4J7V A;  1IVM A;  5EBH A;  4H92 A;  4PHI A;  4PPO A;  4WO9 A;  4LYZ A;  2C8O A;  4KL7 A;  2H9J A;  4NHS A;  4WM5 A;  2XBS A;  5F9U A;  3ATO A;  1LHI A;  4WLD A;  5D5C A;  5HQ1 A;  3KAM A;  3RNX A;  3ULR A;  5C6L A;  2MED A;  1IY3 A;  1HNL A;  1EQE A;  1F6S A;  1CKF A;  4KPM A;  1W6Z A;  2D91 A;  2HU1 A;  4YF2 A;  1HMK A;  4WMG A;  4Z46 A;  2Y8P A;  5A3E A;  2Z38 A;  1JEF A;  1IOR A;  1KXW A;  3AGG G;  3WVY A;  1G7H C;  1JPO A;  2FYC A;  2H5Z A;  1WQP A;  1BWJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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