2BQDA

Contribution of hydrophobic effect to the conformational stability of human lysozyme
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGVFQINSRYWCNDGKTPGAVNAAHLSCSALLQDNIADAVAAAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A general rule for the relationship between hydrophobic effect and conformational stability of a protein: stability and structure of a series of hydrophobic mutants of human lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords LYSOZYME
total genus 49
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2bqdA00
1OUJA 4ZFPA 1WVUA 1QIOA 5KY1A 1JUGA 1DKKA 1UIHA 4OOOA 1FLQA 1BWJA 1CJ6A 1GBZA 4GN4A 3LZ2A 2DQCY 3WW5A 1WQOA 3AW6A 1LJFA 1BHZA 5B59A 1IC4Y 5KXOA 4ETDA 1LKRA 5FEKA 4WO9A 3TXKA 1JISA 4YF2A 1IY3A 4MCKA 3WMKA 5KJ9A 4DYGA 4B0DA 5E9RA 1OP9B 1LZ1A 3AZ7A 1LJ3A 4FJRA 3WPJA 1KXYA 3QE8A 4CFPA 4CGEA 1GBSA 1QSAA 3EBAB 5C6JA 2BLXA 1CKHA 2BQGA 3RW8A 1NWGA 3G3BB 1FLWA 3IWRA 1LZ4A 4NGJA 2CWIA 2HU1A 4KT3A 4PRQA 1LSBA 5T3FA 5ILCA 1CKFA 4G4BA 1HSWA 1IC7Y 1QDTA 1LJNA 4H9HA 6LYZA 3AGIA 4LYOA 1LSZA 5LYZA 4H92A 1UIDA 1DQJC 1QTKA 5KXSA 5LVGA 2HECA 1I56A 1YAOA 1GFGA 4DDBA 1HEQA 3TMUA 1NF5A 4NGKA 2DQFC 2XTHA 1JTOL 4A7DA 1DPXA 1QSWA 4PGJB 1GF0A 2YDGA 2ZQ3A 4CJ2A 5KXKA 1LSEA 2BQEA 2VB1A 3K3TA 2YBHA 4HSFA 1JKCA 1GEVA 1LZAA 1REZA 1VFBC 1YL0X 3MGWA 4HTQA 4O34A 1LZYA 2A7DA 2DQAA 2MEBA 2XBRA 3CSRA 4LT1A 1O23A 1HELA 5APEA 3ZVQA 3P4ZA 1B7NA 3B0IA 1GDWA 1JTTL 1LJIA 2MEGA 1LHIA 4LT2A 5DN4A 4H9BA 3TMXA 4WM4A 1LMCA 1HEWA 5L3IA 1NQIA 2BAAA 3HFMY 3QNGA 2W1XA 3B0KA 1JJ3A 1TEWA 1YIKA 1XGUC 5LINA 4R6CA 1B5XA 1LZNA 5DLAA 4YM8A 1TAYA 5B1GA 4M6DA 4WM6A 1EQ5A 3WYHA 2F30A 1JSFA 9LYZA 4ZEEA 1GEZA 2Z38A 3TXEA 4ETEA 1YAMA 1IX0A 1JITA 3A96A 2GV0A 4RW1A 4XADA 1UCOA 4GN5C 3W6DA 5HLLA 1IR8A 3N9AA 3WU9A 1W08A 1Z55A 1HC0A 4CFOA 1OUEA 2BQDA 4OOTA 3AW7A 194LA 3EO5A 1B2KA 1GFJA 5D5CA 4GLVA 4PHIA 1B7PA 5KXXA 2EIZC 4DWXA 5HNCA 2XBSA 3WH1A 1GB2A 4IJ4A 1GF6A 1FKVA 2DQJY 1CNSA 1VEDA 1AKIA 3N9CA 3A90A 2G4PA 1GE1A 1LMPA 4GCDA 3LN2A 1IOCA 4ETBA 3ATNA 1GFRA 1IC5Y 4C5FA 4P2EA 1VDTA 1G7LC 1J1XY 2Q0MX 1IP2A 1HERA 5LVIA 5HNLA 3LZTA 4H91A 1XGTC 2F2NA 4G9SA 1JTPL 1GAZA 2CGIA 1CJ9A 3EMSA 5KXYA 2Z19A 4CHXA 3TMWA 1IIZA 2IHLA 2YBLA 4NHQA 5F9UA 3WPLA 3WULA 4TX7A 5B07A 1IP5A 1YROA 5KXLA 2H9KA 1CJ8A 4L41A 2Z18A 2BQMA 1WTNA 4H8ZA 3B0OA 4NSJA 1DPWA 1HMKA 2BQCA 5II3A 154LA 4YENA 5LVKA 1V7TA 1B5ZA 5I53A 1IWUA 3LYMA 1NMMA 5I4YA 4LFXA 4Z46A 1ZVHL 5I5QA 5LYMA 5M1YA 1LHMA 4H8XA 1LJJA 1LZ8A 1LZSA 4RDSA 2EQLA 5LYTA 2C8PA 4HPIA 4DDAA 3A92A 4OWCA 5APCA 2HTXA 3WUAA 3LYTA 4WO6A 1GB6A 2W1MA 1B5VA 2HUBA 2MECA 4LFPA 4N0JA 1LHJA 4C3WA 1OQMA 2HEDA 1KIRC 4LT3A 4XJBA 207LA 1IVMA 1IWYA 4PPOA 4W96A 4GCFA 4WL7A 1HNLA 2RSCA 1IWVA 1YAPA 1J1PY 1LHKA 1OUHA 4N1CC 3AJNA 4U3XB 5HMJA 1JPOA 1HSXA 1QUTA 1IY4A 5DL9A 2AUBA 1UICA 1YANA 4IASA 3E3DA 3LYZA 4ET8A 1F6SA 2I6ZA 1GE0A 5IDDA 1GPQC 1LYOA 3AYQA 3CQLA 3CB7A 4Z3MA 3D9AC 1GFKA 3A94A 1LCNA 2CJLA 1LSNA 4WLTA 3A91A 3CSQA 2HEFA 4XJIA 5KXZA 1LSGA 2EPEA 2ZNWY 2BQJA 1GWDA 4H90A 4KL7A 4QGZA 1KIQC 1TDYA 3A95A 3BKHA 4N8ZA 4GCCA 1JJ0A 3W6CA 3WUNA 4XN6A 1B7QA 1B7LA 2YSSC 3ZVQB 1WQRA 5FDJA 4UWNA 4Z98A 4PJ2C 4ML7A 4YEOA 1LZCA 1GFHA 2ZQ4A 5LAGA 6LYTA 4N5RA 1HFXA 5K7OA 4H9CA 2G4NA 1JEFA 3F6ZA 1GE4A 1BB4A 4YEMA 1GXV2 4B4EA 1WQPA 1HFYA 1JSEA 1LMTA 1WVVA 1BB7A 2F4AA 1HF4A 2YBIA 2I26L 1DKJA 3TXBA 1LTMA 1BVKC 1LZ5A 1AM7A 1GBWA 2FBBA 1AZFA 1RI8B 2BQAA 2W1LA 2BQFA 4RLNA 1HHLA 1GF5A 3BKVA 5B05A 5L3HA 2BLYA 1LZBA 1UA6Y 2ZWBA 3IJVA 1E8LA 1IP4A 1SQ2L 3W6BA 1B7OA 1GXXA 1HEOA 4NY5A 1F0WA 1NHEA 2YBMA 2ZILA 3A3RX 3A3QA 1GB7A 1A2YC 3CT0A 4LGKA 3SP3A 1GHLA 2NWDX 5FSTA 3GXRA 2MEAA 1B7MA 2D6BA 3KAMA 3OK0A 1LSCA 1FKQA 1GB5A 5C6LA 1LMOA 1AT5A 1G7MC 1BB5A 1NDMC 5JENB 1H87A 4B49A 3W6AA 2BQIA 3TXGA 5KXMA 2XJWA 1OUBA 1EQEA 5DM9A 2DKVA 2FBDA 3A6BY 1TBYA 5F81A 3TXDA 1GB9A 1OUCA 1D0KA 4J1BA 4W94A 5KXTA 2ZYCA 2DQIY 4NSHA 3AGGG 3RZ4A 1T3PA 1UUZC 2DQDY 2ZIJA 5KXNA 1VAUA 4H9EA 4QY9A 3WU8A 1UIBA 2LHMA 2DBTA 1LZ6A 4NEBA 2D4JA 2PC2A 1DI5A 1JHLA 2ZYPA 3P66A 3W3EA 1D6QA 3WXUA 3HBHA 2Y8PA 1D6PA 4LYMA 4H94A 2BQKA 4NHIA 1BWIA 1VDPA 1DI4A 4HTKA 5FHWA 4RLMA 3HBEX 1LMQA 1GB0A 4WLXA 1ZVYB 1C10A 1HFZA 2HEBA 1KXWA 2Z37A 5I54A 1NBYC 3LYOA 4NGZA 4DD1A 1LAAA 1IOQA 1N4FA 1LZRA 2YVBA 4HJYA 4OW1A 4TSBA 4LYTA 2DQEY 153LA 1FLUA 1GBYA 4WG7A 1UBZA 1B5YA 1LJ4A 2BQHA 3GXKA 1QUSA 5B06A 4AGAA 4BAFA 1G7JC 1QTEA 1GBOA 1XGQC 1LOZA 2HU3A 4ETCA 1B0DA 1I20A 2MEHA 1BWHA 5LA8A 5LAFA 5F14A 1QDRA 1LZDA 4WM1A 1SLYA 4Z41A 2A7FA 2ZNXY 3WXTA 1LPIA 2N5ZA 4HV2A 2X0AA 2Z12A 1LSDA 2D4IA 1RE2A 3CT1A 3RNXA 4GCEA 5E4PA 1YKXX 1IO5A 3J6KA 5KXPA 134LA 1LKSA 4OWBA 5APFA 1LHLA 5LIOA 4H9AA 3TXJA 1NKHA 3FI7A 4PRUA 1PS5A 1D9UA 4D9ZA 1FN5A 1C08C 1C45A 2LZ2A 2LYMA 2FYDA 1IOTA 4GLAA 1MELL 1JWRA 1B7RA 4H1PA 4H93A 4NGLA 1REYA 1LYZA 1JKBA 3A6CY 4HTNA 4H9IA 4B4JA 4ETAA 4LYZA 1GF9A 4LYCA 1DI3A 4WLDA 1LJGA 1T6VL 5F16A 3AZ4A 1KXXA 4LYBA 1YL1X 4GN3A 3W6FA 8LYZA 1LSFA 3TMVA 2LYOA 2LYZA 2MEIA 1GF8A 5LVJA 1XEKA 1OUFA 1MLCE 1WQQA 1PZYA 1FLYA 5KXRA 3WVXA 1JIYA 1IWTA 5D5FA 1FDLY 3ZEKA 1OUIA 1WQNA 4J0LA 4TUNA 5LVHA 1H6MA 1TCYA 5KKJA 1IWXA 1XEJA 4DD3A 1LZTA 1GE3A 1OUDA 1GFTA 4DC4A 1JKAA 5KKIA 1IR7A 3J4GA 2HEAA 1XFPL 2B5ZA 3CT5A 4N9RA 1KIPC 4I8SA 3B6LA 3WL2A 1IOSA 1AT6A 3W6EA 1UIGA 4BS7A 1HEMA 4NGYA 1LSMA 2HEEA 1IORA 3TXFA 4HJZA 1D0MA 2YBJA 1LZGA 5HMVA 3G3AB 1BVXA 2MEDA 2C8OA 4NSGA 1IWZA 3RU5A 1VDQA 1JKDA 2F4GA 3ATOA 1IEEA 1BB3A 1RCMA 1GFEA 1VDSA 4NGOA 4RW2A 4NIJA 5EBHA 1G7IC 1JJ1A 4H9FA 3RT5X 1CJ7A 1HENA 1CKDA 3HBDA 2YBNA 4IATA 3CSZA 208LA 1LSAA 4E3UA 1GF4A 1RJCB 1YILA 3M3UA 4NG8A 4QDNA 1YQVY 4X3BA 5J7CA 1G7HC 1P2CC 1UACY 1LZ9A 1B5WA 1GFAA 1UIAA 4XJFA 2FYCA 135LA 3EXDA 4DD7A 4M4OA 1IWWA 4FDYA 1LJEA 4HP0A 4N1EI 4EOFA 2BPUA 1DXJA 2IFFY 1IP1A 1RFPA 1LSYA 2Z2FA 2MEEA 5A3ZA 7LYZA 1A4VA 4NWEA 1C46A 4DD0A 1WQMA 4WL6A 3P65A 4BADA 2BQNA 193LA 1GE2A 3OJPA 1HEPA 3A8ZA 4XJGA 5IHGA 4NWHA 1GAYA 4WLYA 1LHHA 5DN5A 2ZIKA 4NSIA 2Z2EA 4G49A 4ZIXA 3IJUA 1IR9A 4I0CA 4WM2A 1REXA 2LZTA 1XEIA 5HQ1A 4NFVA 1B7SA 3M18B 4G4CA 4OWAA 4UWUA 4XJHA 4H8YA 4TWSA 3AB6A 4DT3A 4HJVA 4NGVA 3TXHA 1GBXA 1BB6A 4KPMA 5F9XA 1C43A 4TSCA 3T6UA 4ET9A 4BAPA 4EMNA 3AGHA 1F6RA 3LHMA 4LT0A 5LXWA 1B9OA 2BQBA 4NHTA 1LMNA 4HV1A 4QEQA 1LSPA 1NBZC 3TXIA 1GFUA 1EL1A 4WM3A 3WU7A 1D0LA 3AZ6A 1UC0A 4OWHA 1REMA 4HPEA 4J7VA 3D3DA 1QQYA 1DZBX 5APDA 1GB8A 1EQ4A 1XGRC 5A3EA 1GB3A 2G4QA 4WM5A 4R0FA 1C7PA 5AMYA 3FE0A 1GD6A 1LMAA 1BQLY 5FELA 3P68A 4NHPA 4B1AA 5KXWA 1WTMA 2DQGY 3A67Y 2WARA 4G4HA 4II8A 2CDSA 2I25L 3QY4A 4NGWA 4YOPA 4OWEA 3WVYA 1GFVA 4AXTA 3P64A 1CKGA 3VWOA 1IP3A 2W1YA 3AZ5A 4XENA 1LZEA 1J1OY 4DD9A 4DD2A 1LJKA 133LA 1B5UA 3N9EA 1UIEA 132LA 5I4XA 2H9JA 1LYSA 4UWVA 4J1AA 4NG1A 3T36A 4MR1A 1YAQA 5L9JA 1GF3A 2EKSC 4WMGA 1OUAA 5C6IA 4XJDA 1ZMYL 1GF7A 5FCPA 1BGIA 1V7SA 1YKYX 1IP7A 4TTDA 4DDCA 1XGPC 1UIFA 3WPKA 5I4WA 1W6ZA 1NDGC 1XSFA 2D91A 1YKZX 1FBIX 5B1FA 3A93A 2D4KA 4KXIA 1GDXA 2BQOA 4WOAA 1LYYA 1VATA 5IELA 1IP6A 4LZTA 4NHSA 4XYYA 2MEFA 4GCBA 5LA5A 3B72A 4MSTA 2H5ZA 1ALCA 1OUGA 4WG1A 2BQLA 1I1ZA 1F10A 1LJHA 2Z39A 4NGIA 1CKCA 3WUMA 4B4IA 1HMLA 5ILFA 1ZV5L 4ANRA 3WW6A 3A34A 2DQHY 3ULRA 1INUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KY1A 1JUGA 4OOOA 219LA 1FLQA 1BWJA 104LA 4ETDA 1L33A 3TXKA 1LZ1A 3WPJA 3FADA 4CGEA 5C6JA 212LA 1QT4A 5IHGA 1CKFA 4LYOA 5LYZA 1UIDA 1CV3A 4GRVA 4I7QA 1JTOL 4A7DA 1QSWA 2YDGA 5LYMA 1VFBC 188LA 1REZA 2DQAA 3SB7A 3CSRA 4LT1A 1L67A 1HELA 5APEA 1GDWA 1LJIA 5DN4A 1LHIA 4LT2A 3HTFA 4ARMB 1LMCA 1L76A 3PBLA 1YIKA 1QTDA 1L69A 5DLAA 1TAYA 5B1GA 165LA 9LYZA 2F30A 1JSFA 3TXEA 1JITA 4RW1A 2GV0A 5HLLA 4ARQA 1L37A 1W08A 2BQDA 4OOTA 3AW7A 1GFJA 1B7PA 5KXXA 2EIZC 5HNCA 2OE4X 1L30A 1GF6A 3A90A 3HDFA 4IAPA 1L72A 2RBPA 2Q0MX 1IP2A 5HNLA 3LZTA 1GAZA 2Z19A 3CDQA 4TX7A 4L41A 4H8ZA 186LA 4YENA 1V7TA 1QSBA 184LA 1NMMA 1C62A 1ZVHL 1LZ8A 1L54A 4HPIA 1L03A 4LFPA 4N0JA 1L41A 1LYIA 3V2WA 1IVMA 1IWYA 2RBRA 2RSCA 1IWVA 1J1PY 1LGWA 3HH4A 3DN6A 1HSXA 1IY4A 2AUBA 1YANA 1JQUA 3E3DA 4ET8A 1P46A 3CQLA 3D9AC 1GFKA 2CJLA 1LSNA 4WLTA 2IGCA 5KXZA 2RBOA 4N8ZA 3A95A 3W6CA 3G3XA 1G07A 2YSSC 3ZVQB 1GFHA 1LYEA 6LYTA 4N5RA 1HFXA 2G4NA 3DNAA 1GXV2 1L48A 4EPIA 1OVHA 1WVVA 1LMTA 3SN6R 2F4AA 2I26L 1C69A 1BVKC 1AM7A 1LZ5A 2LZMA 2W1LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1OUJ A;  4ZFP A;  1WVU A;  1QIO A;  5KY1 A;  1JUG A;  1DKK A;  1UIH A;  4OOO A;  1FLQ A;  1BWJ A;  1CJ6 A;  1GBZ A;  4GN4 A;  3LZ2 A;  2DQC Y;  3WW5 A;  1WQO A;  3AW6 A;  1LJF A;  1BHZ A;  5B59 A;  1IC4 Y;  5KXO A;  4ETD A;  1LKR A;  5FEK A;  4WO9 A;  3TXK A;  1JIS A;  4YF2 A;  1IY3 A;  4MCK A;  3WMK A;  5KJ9 A;  4DYG A;  4B0D A;  5E9R A;  1OP9 B;  1LZ1 A;  3AZ7 A;  1LJ3 A;  4FJR A;  3WPJ A;  1KXY A;  3QE8 A;  4CFP A;  4CGE A;  1GBS A;  1QSA A;  3EBA B;  5C6J A;  2BLX A;  1CKH A;  2BQG A;  3RW8 A;  1NWG A;  3G3B B;  1FLW A;  3IWR A;  1LZ4 A;  4NGJ A;  2CWI A;  2HU1 A;  4KT3 A;  4PRQ A;  1LSB A;  5T3F A;  5ILC A;  1CKF A;  4G4B A;  1HSW A;  1IC7 Y;  1QDT A;  1LJN A;  4H9H A;  6LYZ A;  3AGI A;  4LYO A;  1LSZ A;  5LYZ A;  4H92 A;  1UID A;  1DQJ C;  1QTK A;  5KXS A;  5LVG A;  2HEC A;  1I56 A;  1YAO A;  1GFG A;  4DDB A;  1HEQ A;  3TMU A;  1NF5 A;  4NGK A;  2DQF C;  2XTH A;  1JTO L;  4A7D A;  1DPX A;  1QSW A;  4PGJ B;  1GF0 A;  2YDG A;  2ZQ3 A;  4CJ2 A;  5KXK A;  1LSE A;  2BQE A;  2VB1 A;  3K3T A; 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 1LMN A;  4HV1 A;  4QEQ A;  1LSP A;  1NBZ C;  3TXI A;  1GFU A;  1EL1 A;  4WM3 A;  3WU7 A;  1D0L A;  3AZ6 A;  1UC0 A;  4OWH A;  1REM A;  4HPE A;  4J7V A;  3D3D A;  1QQY A;  1DZB X;  5APD A;  1GB8 A;  1EQ4 A;  1XGR C;  5A3E A;  1GB3 A;  2G4Q A;  4WM5 A;  4R0F A;  1C7P A;  5AMY A;  3FE0 A;  1GD6 A;  1LMA A;  1BQL Y;  5FEL A;  3P68 A;  4NHP A;  4B1A A;  5KXW A;  1WTM A;  2DQG Y;  3A67 Y;  2WAR A;  4G4H A;  4II8 A;  2CDS A;  2I25 L;  3QY4 A;  4NGW A;  4YOP A;  4OWE A;  3WVY A;  1GFV A;  4AXT A;  3P64 A;  1CKG A;  3VWO A;  1IP3 A;  2W1Y A;  3AZ5 A;  4XEN A;  1LZE A;  1J1O Y;  4DD9 A;  4DD2 A;  1LJK A;  133L A;  1B5U A;  3N9E A;  1UIE A;  132L A;  5I4X A;  2H9J A;  1LYS A;  4UWV A;  4J1A A;  4NG1 A;  3T36 A;  4MR1 A;  1YAQ A;  5L9J A;  1GF3 A;  2EKS C;  4WMG A;  1OUA A;  5C6I A;  4XJD A;  1ZMY L;  1GF7 A;  5FCP A;  1BGI A;  1V7S A;  1YKY X;  1IP7 A;  4TTD A;  4DDC A;  1XGP C;  1UIF A;  3WPK A;  5I4W A;  1W6Z A;  1NDG C;  1XSF A;  2D91 A;  1YKZ X;  1FBI X;  5B1F A;  3A93 A;  2D4K A;  4KXI A;  1GDX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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