2BQD | Genus

Total Genus 49

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	49
sequence length	130
structure length	130
Chain Sequence	KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGVFQINSRYWCNDGKTPGAVNAAHLSCSALLQDNIADAVAAAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__2405111170742753__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__2405111170742753__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2BQD/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__2405111170742753__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"2405111170742753","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2BQD/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__2405111170742753__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfcb14b5b0b1a8c361bafb5/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfcb14b5b0b1a8c361bafb5/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfcb14b5b0b1a8c361bafb5/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfcb14b5b0b1a8c361bafb5/pdb.gz): 1077 ms

reading 130 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

130 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 18 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:129});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Homo sapiens
publication title	A general rule for the relationship between hydrophobic effect and conformational stability of a protein: stability and structure of a series of hydrophobic mutants of human lysozyme. pubmed doi rcsb
molecule keywords	LYSOZYME
total genus	49
structure length	130
sequence length	130
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	1998-05-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00062	Lys	C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	2bqdA00

1BVXA 2VB1A 1WTMA 5KXTA 1RI8B 1DPXA 4L41A 4DDCA 1BB6A 3A93A 3K3TA 4B4IA 2DQFC 1LSZA 1DQJC 4KXIA 3BKHA 5IDDA 2DQDY 3A90A 1YKYX 4W94A 4B0DA 1YKXX 4Z98A 1MELL 1LZ9A 2BQDA 3EO5A 3P64A 1IY4A 3AW6A 1RJCB 5E4PA 3WL2A 9LYZA 1ZMYL 1I1ZA 2HEFA 1SLYA 5HMVA 2H5ZA 1GFRA 4LYTA 1GE3A 1NDMC 2Z37A 1IWUA 1LZ1A 2H9KA 2MECA 3FI7A 4N8ZA 4QY9A 5B05A 4ML7A 1RCMA 1J1OY 1B5ZA 1GF7A 1GEVA 1CJ9A 3M18B 4H9AA 4LGKA 1GF6A 1LAAA 1GDXA 1YILA 3GXKA 1LYYA 3LYMA 4J7VA 4XADA 3QNGA 3WUNA 5LVHA 5M1YA 1GE0A 1YAOA 4H92A 1I20A 1LHMA 4HPIA 4D9ZA 4DT3A 4LYCA 1UA6Y 1IR8A 4DD2A 3VWOA 8LYZA 4ANRA 5HLLA 2Z19A 1JJ1A 3LYTA 1QDTA 132LA 2DQGY 3LZTA 5KXNA 3W6AA 1LJ4A 1F0WA 1DI3A 1KIQC 1LMOA 4II8A 4DC4A 1LMCA 3TXKA 2LZTA 6LYZA 3ZVQA 3TXEA 1LHLA 2G4PA 2H9JA 1HERA 4WLYA 3TXHA 1NQIA 1LZSA 1IOTA 1HC0A 1UIDA 1HMLA 1GE4A 1LSNA 1MLCE 1F6SA 4B4JA 5II3A 3QY4A 1HEMA 4LZTA 2ZQ4A 3TMVA 1JKCA 1LZ5A 3WVXA 3W6FA 2Z12A 4TSCA 4HSFA 1AKIA 2ZWBA 3WU9A 1YAQA 4DDBA 5L3IA 3A67Y 1F6RA 1YANA 2Z18A 1IWVA 1FBIX 5FHWA 4XJHA 5I4YA 2MEAA 1FKVA 1LJKA 4WM6A 1LZYA 1UIHA 4CFOA 1SQ2L 4GLAA 1D6QA 4YF2A 3FE0A 4TUNA 1ALCA 1LJFA 4ZIXA 4UWNA 3TXBA 2Z2EA 3AW7A 4DD1A 4OOTA 2MEFA 4C3WA 1WQPA 3EBAB 1YAPA 2RSCA 4WO9A 1GFEA 2BQLA 4WM5A 1HEPA 4NFVA 5K7OA 3M3UA 1UIAA 4LT3A 4NGYA 5HNCA 2ZQ3A 4PHIA 1B5XA 1BWJA 1JKBA 2DQJY 1AT6A 1LHKA 1LJNA 4HTQA 5DL9A 1OUGA 1LZAA 4OOOA 2CWIA 3WVYA 1P2CC 1TBYA 2ZYPA 4C5FA 3ATNA 1EQEA 5C6IA 4H93A 4OWHA 3T6UA 4WM3A 2MEEA 1N4FA 2ZNXY 2HEDA 4YEMA 1TDYA 2BQJA 1IR7A 134LA 4LYZA 3T36A 2HEBA 2LHMA 1G7MC 4G49A 4RDSA 5KJ9A 4N1CC 5LYTA 1LZEA 1HEOA 2XBSA 4RW1A 5C6LA 1JHLA 4ETEA 3B6LA 4XENA 2W1LA 2I6ZA 3A8ZA 2DQIY 1B7NA 4MR1A 4J1BA 1LMAA 3IJVA 1XGPC 4G4CA 1CNSA 5I4XA 1GHLA 2W1XA 3TXJA 4U3XB 5B07A 1LSCA 1NHEA 1T3PA 1YIKA 1XGRC 4H8XA 1LPIA 1IX0A 4BS7A 2YSSC 1JTOL 4NWHA 2MEHA 194LA 3P68A 3CB7A 1LYZA 2YBLA 4J0LA 1GF3A 4QEQA 1BWIA 1UUZC 5LA8A 1WQRA 1FLQA 1GF9A 3A6CY 5LXWA 3WPJA 3A6BY 5J7CA 4XJBA 3G3BB 4H9CA 3SP3A 4E3UA 1XSFA 4FDYA 4NHIA 3ULRA 4RLNA 5ILCA 2BPUA 1B7SA 1GBOA 4WLDA 4KPMA 3AZ5A 1FKQA 1BB7A 1WQNA 3CT1A 1WQQA 4LYOA 4IASA 3WPLA 1E8LA 5D5CA 2BAAA 4QGZA 3AB6A 5F9XA 4NY5A 5F14A 4NGWA 2W1YA 1IP4A 5DM9A 2A7DA 5EBHA 1QSWA 2MEIA 3TMUA 5D5FA 1HNLA 1UIGA 4H8YA 1INUA 1LYSA 1GAYA 5LA5A 4PJ2C 1YQVY 1GDWA 1G7HC 3CSRA 3HBEX 2YBNA 1GF0A 6LYTA 1VDPA 2DQHY 3A91A 1V7SA 2BQNA 2I26L 3OK0A 3WH1A 1H6MA 3ZVQB 2FBDA 2HTXA 2CJLA 4NHPA 5HMJA 1JJ0A 3CSZA 2YBIA 1ZVYB 4LFPA 2C8OA 3LN2A 2LYMA 5C6JA 1GFKA 1OUHA 1JSFA 1LZCA 4NSHA 3AZ6A 2MEDA 4GLVA 4FJRA 4N0JA 1JISA 3J6KA 1B0DA 1LSGA 4HTKA 3RT5X 1IEEA 3W6BA 1GF8A 1IOQA 3KAMA 1O23A 3A34A 1FLWA 4ET9A 3A94A 3BKVA 5T3FA 5B06A 4DYGA 2YBJA 3CT0A 1UBZA 4NGOA 5HNLA 4YM8A 2BQCA 1BB5A 1IC7Y 5FCPA 1GB6A 1Z55A 1F10A 5KKJA 1WQOA 1GF4A 5DN5A 4HV1A 2C8PA 2Q0MX 2BQAA 5KY1A 4H91A 4BAFA 1CKDA 2XTHA 5JENB 4B1AA 1HF4A 1JTTL 4GN4A 5LAGA 1B9OA 3RW8A 3WYHA 5KXZA 1JKAA 1NDGC 3N9EA 4MSTA 3AGGG 3AJNA 1LZBA 1VATA 1GFTA 1A4VA 4G9SA 4Z41A 5KKIA 1OUAA 1IWTA 4YENA 1V7TA 2D6BA 4NG1A 1GBZA 1UACY 4LYBA 4ETCA 4LT2A 4BAPA 5A3ZA 4XJDA 1BVKC 5B1GA 1REMA 3OJPA 2ZYCA 1LSPA 4O34A 1EQ5A 1IWZA 1UIFA 4IJ4A 1IWXA 4H94A 5I5QA 1JITA 1JIYA 4TTDA 1VEDA 3A92A 4WO6A 4DD3A 1UIEA 4Z3MA 4ZFPA 5LIOA 1LSDA 4H9IA 1DPWA 1GE2A 1PS5A 1CKGA 1GB8A 2LYOA 1TCYA 1TAYA 2FYDA 1UCOA 4WL6A 1LJEA 4WMGA 5KXOA 1HFZA 1B5YA 1JWRA 1YKZX 1C46A 3HBDA 2FBBA 4NSIA 1I56A 4NHTA 4R6CA 1LZ4A 1IIZA 1QTEA 4OWBA 4A7DA 2HECA 3RZ4A 4NGKA 1DKKA 1GB5A 3D9AC 133LA 2CDSA 1IP5A 1J1XY 2IHLA 3WXTA 1LZ8A 4LT0A 5APEA 3B72A 4M6DA 1AM7A 4HP0A 4N5RA 1DXJA 1WQMA 3WMKA 5ILFA 1QSAA 1DKJA 1OUFA 1FDLY 4OW1A 2BQMA 5LYMA 2DQAA 1B7LA 4WL7A 3ZEKA 2AUBA 2DKVA 3CT5A 4EMNA 1GBXA 4KL7A 4DDAA 4H9EA 1CKCA 5KXKA 1LJGA 1NKHA 1B7RA 208LA 5FELA 2HU3A 5KXPA 193LA 5I53A 4RW2A 2FYCA 4H9FA 4GN5C 1LSEA 4ZEEA 4UWUA 1NMMA 1B2KA 4GCBA 3IWRA 3QE8A 4ETBA 3RU5A 4GCCA 4NGZA 1H87A 4PRUA 1LKRA 1DI4A 3AYQA 3WW5A 1WVUA 2CGIA 3MGWA 1HSWA 1KXXA 4PRQA 1D6PA 5LVIA 1C10A 3WPKA 2BLXA 4AXTA 5LVGA 1LZRA 1OUJA 2ZIJA 3W6CA 4B4EA 5I54A 1FLUA 1IO5A 135LA 1LJIA 1ZVHL 4TX7A 1GBYA 3P65A 5F16A 1LJ3A 3HBHA 1C08C 1BWHA 3N9CA 1OP9B 1QDRA 5FSTA 1LYOA 5KXLA 4NSJA 4UWVA 3A3QA 1J1PY 1GB2A 1LHHA 1GF5A 1IP2A 1IC4Y 1EL1A 2YBMA 3TXDA 1GBWA 2IFFY 3WULA 1KXWA 2XJWA 4NHSA 5E9RA 5F9UA 2F2NA 1JTPL 2BQHA 1XGQC 3D3DA 5KXYA 1REXA 4H1PA 2XBRA 3CSQA 2F4GA 4H8ZA 4P2EA 2DQEY 4PGJB 4TSBA 2ZILA 3WUAA 1IR9A 3TXIA 4LT1A 1NBYC 1XEJA 4PPOA 2A7FA 2BQKA 5KXWA 2N5ZA 4GN3A 1CJ7A 1GB0A 5AMYA 4ET8A 5IHGA 4HV2A 2B5ZA 4HTNA 2EKSC 1IY3A 3W6DA 1LMQA 4CGEA 1IC5Y 1EQ4A 1OUCA 2ZNWY 1UIBA 1IP7A 1LZTA 4YEOA 1D0LA 1CKHA 1LZDA 1QIOA 2G4NA 1HFYA 3IJUA 2I25L 3AZ4A 1D0MA 5IELA 5LVJA 1QUTA 5KXRA 1NBZC 5APFA 1IOSA 154LA 1IP1A 4ETAA 1LTMA 2BLYA 1HFXA 2HUBA 1IP6A 1W6ZA 2Z38A 4WM4A 3LYOA 1ZV5L 4NEBA 2ZIKA 4WLXA 2D4KA 7LYZA 3A3RX 4QDNA 4CHXA 2WARA 1IORA 4GCFA 3P66A 4DD0A 1B5WA 1NF5A 1IOCA 1G7IC 1HEQA 2EQLA 4NSGA 4G4BA 2YVBA 1T6VL 1DI5A 1HENA 2EIZC 1XEIA 1KXYA 1RFPA 3EXDA 3AGHA 1BGIA 1BB4A 3WU7A 1GFUA 4H90A 1BQLY 4HPEA 4LYMA 1IVMA 1LZGA 1PZYA 1QUSA 3W6EA 1IP3A 1OUEA 4GCDA 1HELA 1B5VA 2Y8PA 1YL1X 2D4JA 4NHQA 4HJZA 1XFPL 4OWEA 2BQOA 3LHMA 4I8SA 1D9UA 1GXXA 2W1MA 1GFVA 2F4AA 2BQBA 4CJ2A 1JJ3A 1GB7A 1GFGA 1GB3A 1UICA 5FDJA 5LAFA 2NWDX 2PC2A 1LSMA 5A3EA 2BQGA 2HEAA 1GFJA 1C45A 1B5UA 1G7LC 2DBTA 1C43A 4KT3A 1VFBC 1VDSA 1LZ6A 5B59A 3A95A 1VAUA 4NIJA 4G4HA 4W96A 1LSAA 1LOZA 1LJHA 1TEWA 1B7MA 4N9RA 4DD9A 1LSBA 2D91A 4DD7A 3GXRA 1GB9A 4NG8A 4DWXA 3TMWA 1OQMA 4WG1A 4NGJA 4NWEA 3TMXA 1JUGA 1LMPA 2Z39A 1REZA 1WTNA 1LKSA 2MEBA 4RLMA 5I4WA 3RNXA 4I0CA 1C7PA 1LSFA 1KIPC 1HEWA 3WW6A 4H9HA 3P4ZA 1AZFA 4X3BA 3N9AA 5B1FA 1OUDA 5DN4A 4AGAA 3B0KA 1HHLA 4N1EI 4MCKA 1LJJA 1IWYA 4XJFA 1LSYA 1GD6A 3B0IA 2BQEA 2DQCY 5APDA 1B7QA 1GBSA 1DZBX 4NGVA 1LCNA 4TWSA 4H9BA 4Z46A 1GPQC 5LVKA 2LZ2A 1GWDA 4XYYA 3EMSA 1XEKA 4B49A 3J4GA 3AGIA 4LFXA 1G7JC 1LMTA 1YROA 1RE2A 1JEFA 2D4IA 2X0AA 5APCA 3E3DA 1YAMA 1LMNA 4IATA 1CJ6A 2G4QA 4OWCA 1GEZA 1VDTA 1VDQA 3A96A 1LHIA 1GE1A 4NGIA 4XJIA 1A2YC 2F30A 5L3HA 153LA 1JSEA 3WXUA 1LHJA 1LZNA 3LZ2A 2MEGA 1D0KA 2BQIA 4WG7A 1GAZA 4BADA 5KXSA 2EPEA 4WM1A 3B0OA 4R0FA 4XJGA 1FN5A 5LINA 2YBHA 2BQFA 4OWAA 4EOFA 1GXV2 1JPOA 4J1AA 1BHZA 4GCEA 1KIRC 1OUBA 4NGLA 4XN6A 3G3AB 1UC0A 5HQ1A 1OUIA 3ATOA 5F81A 1IWWA 4WLTA 1AT5A 3TXGA 2LYZA 2HU1A 1BB3A 5FEKA 4ETDA 4HJVA 5L9JA 3WUMA 1QQYA 1XGTC 1XGUC 1NWGA 1REYA 1CJ8A 3LYZA 3CQLA 4CFPA 1FLYA 5KXMA 1B7PA 3F6ZA 5KXXA 1HMKA 4M4OA 1WVVA 1GFAA 1W08A 1QTKA 4WM2A 3WU8A 1GFHA 1JKDA 3AZ7A 1HSXA 2YDGA 3W3EA 1YL0X 1B7OA 207LA 3TXFA 4YOPA 4HJYA 2Z2FA 5LYZA 3HFMY 4WOAA 2GV0A 2HEEA 1CKFA 5DLAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BVX A;  2VB1 A;  1WTM A;  5KXT A;  1RI8 B;  1DPX A;  4L41 A;  4DDC A;  1BB6 A;  3A93 A;  3K3T A;  4B4I A;  2DQF C;  1LSZ A;  1DQJ C;  4KXI A;  3BKH A;  5IDD A;  2DQD Y;  3A90 A;  1YKY X;  4W94 A;  4B0D A;  1YKX X;  4Z98 A;  1MEL L;  1LZ9 A;  2BQD A;  3EO5 A;  3P64 A;  1IY4 A;  3AW6 A;  1RJC B;  5E4P A;  3WL2 A;  9LYZ A;  1ZMY L;  1I1Z A;  2HEF A;  1SLY A;  5HMV A;  2H5Z A;  1GFR A;  4LYT A;  1GE3 A;  1NDM C;  2Z37 A;  1IWU A;  1LZ1 A;  2H9K A;  2MEC A;  3FI7 A;  4N8Z A;  4QY9 A;  5B05 A;  4ML7 A;  1RCM A;  1J1O Y;  1B5Z A;  1GF7 A;  1GEV A;  1CJ9 A;  3M18 B;  4H9A A;  4LGK A;  1GF6 A;  1LAA A;  1GDX A;  1YIL A;  3GXK A;  1LYY A;  3LYM A;  4J7V A;  4XAD A;  3QNG A;  3WUN A;  5LVH A;  5M1Y A;  1GE0 A;  1YAO A;  4H92 A;  1I20 A;  1LHM A;  4HPI A;  4D9Z A;  4DT3 A;  4LYC A;  1UA6 Y;  1IR8 A;  4DD2 A;  3VWO A;  8LYZ A;  4ANR A;  5HLL A;  2Z19 A;  1JJ1 A;  3LYT A;  1QDT A;  132L A;  2DQG Y;  3LZT A;  5KXN A;  3W6A A;  1LJ4 A;  1F0W A;  1DI3 A;  1KIQ C;  1LMO A;  4II8 A;  4DC4 A;  1LMC A;  3TXK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2BQDA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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