2BQEA

Contribution of hydrophobic effect to the conformational stability of human lysozyme
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQVNSRYWCNDGKTPGAVNAAHLSCSALLQDNIADAVAAAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A general rule for the relationship between hydrophobic effect and conformational stability of a protein: stability and structure of a series of hydrophobic mutants of human lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 49
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2bqeA00
1LMAA 5A3ZA 1OUGA 4TSCA 4NWHA 5B07A 1KIPC 5KY1A 3CT0A 1DPXA 4WM6A 2ZQ3A 3K3TA 3N9CA 5LYTA 1LZEA 1YIKA 2BLYA 3A34A 1IP2A 1GF9A 2I26L 1LJ3A 2LHMA 2GV0A 4ML7A 1VDSA 5KXWA 2Q0MX 1BWJA 1LMCA 3TXEA 4IATA 2H9JA 4PJ2C 4LFPA 1LZTA 2DQEY 3EXDA 2XTHA 4N9RA 4I8SA 4RW2A 5FHWA 3WXTA 5KXXA 4P2EA 3LYMA 4LYTA 4A7DA 1GB2A 1FDLY 1G7LC 2EPEA 1WQOA 4XENA 5LYZA 5LVJA 3J6KA 4B4EA 4H8XA 3AJNA 1NDMC 5FEKA 1HSXA 3FE0A 2D4JA 1VDTA 1XEJA 4DT3A 4H90A 4Z3MA 4TX7A 5I53A 2G4QA 1G7JC 4ET8A 4EOFA 1EQEA 2C8PA 1BVXA 2MEBA 2PC2A 1LHMA 3AZ7A 4FJRA 2Z12A 4ETAA 2MEDA 1IWYA 3WL2A 4HP0A 4H9IA 1GB8A 2BQDA 4TUNA 4AGAA 1GBSA 4LFXA 2ZIKA 1GBWA 1TCYA 1GWDA 2BQEA 3TMWA 1LHJA 1IC4Y 1QDRA 1YANA 1CJ7A 2BQJA 1CJ6A 1NF5A 1GF0A 3B6LA 2LYMA 4WMGA 1LSPA 3A94A 1VDPA 1YROA 5T3FA 4LYZA 1IP1A 6LYTA 4HTNA 5II3A 1YAOA 3AW7A 4G49A 3EBAB 1JHLA 1GFVA 1XGRC 3N9EA 4WOAA 5FSTA 1LSGA 5A3EA 2F2NA 2MECA 2ZYCA 4N8ZA 2FBDA 1SQ2L 1V7TA 3LYTA 3TXKA 1JIYA 5ILCA 3B0KA 2CJLA 2EQLA 1KXWA 2W1XA 5B1GA 4NGWA 5KXMA 4GLAA 1IO5A 1UA6Y 2X0AA 1MLCE 4CJ2A 1D0MA 1RE2A 4WM1A 1LJKA 3A96A 4PPOA 2MEHA 1JPOA 1QDTA 1GFEA 1XSFA 1GB3A 1GXV2 4LYBA 2FYCA 1FBIX 4PHIA 3W6CA 2YBHA 2ZYPA 1XGPC 2XBSA 1C7PA 1NWGA 1LHIA 4NGYA 4WO6A 2LZ2A 5KKJA 5APCA 1B5VA 2ZIJA 1V7SA 3CB7A 4XJDA 4RLMA 2YBNA 2BQLA 3F6ZA 1IC7Y 2FYDA 1VDQA 1B2KA 2N5ZA 1UIFA 4FDYA 1QSAA 1OUCA 3G3BB 4ZFPA 2HEBA 4CFPA 1HERA 1XEKA 1XFPL 3AGIA 2HU1A 3P66A 4KXIA 2W1LA 3A90A 3AGGG 1LYZA 4CGEA 4XADA 1J1XY 4OWHA 3LZ2A 4GN3A 5LVIA 4B0DA 1CJ9A 1HFZA 1HEPA 1SLYA 3WU7A 1GDXA 4LT3A 2MEGA 4GCFA 4WM2A 1YKYX 3BKVA 5F9UA 2MEIA 4H9FA 1GB0A 2BQAA 5L3HA 5L3IA 1DKKA 1FLYA 3ZVQA 3ATNA 1C46A 4WL7A 3E3DA 3WW6A 1HNLA 4NSIA 4OWCA 4QEQA 1G7IC 4WM4A 4XJBA 1W08A 3W6AA 2ZILA 7LYZA 1LJGA 3RZ4A 4NEBA 4HTKA 1XEIA 3WU9A 4PRUA 1LSZA 1J1OY 2G4NA 1WQQA 3CT1A 4PGJB 4NWEA 5HQ1A 3TXIA 1TDYA 5KXKA 3TMUA 3T36A 1GF8A 2BQGA 1PZYA 1JSFA 1CKDA 1QQYA 4CFOA 4DC4A 154LA 4H9AA 4QGZA 1EQ4A 1GFGA 4HJYA 3A8ZA 3RW8A 3WU8A 1IP7A 4DD2A 4H91A 1LZ4A 1YILA 5KXSA 1GE3A 2BQKA 5I5QA 1JTOL 1UIAA 1HHLA 4NG1A 5KXPA 5KJ9A 1B0DA 1IWWA 1UICA 1HEWA 4NGOA 3OK0A 1C10A 2Y8PA 2Z38A 1B5UA 5DLAA 8LYZA 4NSJA 2C8OA 4R6CA 1LMQA 1C45A 3IJUA 5B1FA 4B49A 4B4IA 4DD0A 2FBBA 4Z46A 1GB5A 2DQCY 2ZWBA 1T6VL 4N1EI 2Z18A 2BQHA 4UWNA 134LA 2HU3A 3WPKA 1H6MA 4NGZA 1G7MC 1HMKA 1CKHA 1YAQA 4MR1A 2I6ZA 1JITA 1OUEA 1CKGA 3ULRA 3FI7A 1PS5A 2ZNWY 1LMPA 2BQCA 5M1YA 4H93A 1LMTA 3TMXA 1XGUC 1BGIA 1GFUA 2CWIA 2DQHY 1J1PY 4GLVA 1ZMYL 1JKCA 2DQGY 4NSHA 1D0KA 1RCMA 1LHLA 1NHEA 1XGTC 4UWVA 4YOPA 1IORA 1GF3A 4DWXA 1NQIA 5LVGA 1LKSA 1A4VA 5L9JA 1YL0X 4BAPA 1IWUA 5I4YA 4NHPA 1LZYA 3B0OA 4DDBA 2MEFA 1DZBX 5F16A 3P68A 1GPQC 4NY5A 4WL6A 1YAMA 3IWRA 1D6PA 1LYSA 2F30A 1LJJA 1NBZC 1RI8B 1Z55A 1CKCA 4NGKA 4NHTA 1AM7A 2A7FA 1AZFA 5ILFA 5IELA 5IHGA 1IP6A 4DYGA 4NHIA 3EMSA 2DQAA 4N0JA 1LSDA 4BAFA 3CSQA 4QY9A 1HC0A 1INUA 2HECA 3G3AB 1OUHA 4KPMA 1FKVA 1BHZA 4J0LA 4GCEA 1B7OA 4ZEEA 1GAZA 1LSAA 1P2CC 1WQPA 1B7PA 1LSFA 1YKXX 2LYOA 3AZ6A 1OUFA 4II8A 4NGJA 1GB7A 1OUBA 4OW1A 5DM9A 3TXHA 1IP4A 1OUAA 2A7DA 3LYOA 3ZVQB 4XYYA 4CHXA 1OUJA 1IWZA 1B9OA 1UIGA 1JUGA 2MEAA 3EO5A 4H9EA 3TXGA 4AXTA 4U3XB 1GFHA 2HEAA 4RLNA 1IY3A 3BKHA 4H1PA 1FLQA 1GB9A 1LJHA 2LYZA 4GN4A 1BB6A 1ZV5L 4HV1A 1IY4A 4WLXA 1IOCA 5KXNA 1LOZA 5D5CA 3W6EA 5IDDA 3LZTA 4J1BA 4OOOA 1O23A 207LA 2RSCA 3HBDA 4TWSA 1KXXA 2CDSA 1NKHA 2YBIA 1QIOA 3OJPA 4W96A 4X3BA 1F6RA 1GBOA 2BLXA 4L41A 1GBXA 1WTNA 4H92A 4MSTA 2Z2FA 3A91A 1GBYA 1WVUA 3A95A 4H8ZA 3M18B 1LHHA 4DDAA 4O34A 1KIRC 5DL9A 1B7SA 3TXFA 5B05A 3HFMY 3P64A 1CKFA 1TBYA 1GB6A 3B72A 3RT5X 2F4AA 2DBTA 4C5FA 4XJGA 1UC0A 2BQIA 3WMKA 5B59A 4J1AA 5J7CA 2HTXA 3LHMA 4WM5A 4YEOA 1REXA 1CJ8A 4Z98A 3WUNA 1IOSA 1NMMA 1KIQC 2Z2EA 1FLUA 1F0WA 1LZNA 3A3QA 4RDSA 133LA 5FDJA 1JTPL 1WTMA 2BPUA 2D91A 1LKRA 1JEFA 4H9BA 4KT3A 4B1AA 1I56A 5LA5A 153LA 3WYHA 4N1CC 1BQLY 4DDCA 6LYZA 3A93A 1YAPA 2D4KA 5F9XA 1HFXA 1GDWA 2YVBA 1LAAA 4UWUA 1LPIA 5E9RA 5HLLA 5K7OA 2I25L 4NG8A 4NHQA 1GE4A 1GEVA 3AW6A 4G4BA 4WLYA 135LA 1JKAA 1GAYA 3T6UA 5EBHA 3TXJA 1GEZA 194LA 2BQNA 1N4FA 3WXUA 1WQRA 1LJFA 4LGKA 4ANRA 1LJEA 1REZA 2D4IA 2HEFA 1LZAA 1VFBC 4PRQA 4ET9A 5C6LA 1LSMA 4HV2A 3TMVA 4ETEA 2VB1A 5LXWA 2EKSC 4NIJA 3ATOA 4R0FA 5E4PA 1B5WA 1B7RA 2DQIY 1UIHA 3CT5A 1JISA 5KXYA 3D9AC 1GE0A 3WH1A 4YEMA 1AKIA 4N5RA 1IC5Y 1GF4A 1HENA 1VATA 3HBHA 1D0LA 4ZIXA 1A2YC 2DQJY 4NGIA 5APDA 2H5ZA 1DI3A 3QY4A 4LT1A 1IR8A 3P4ZA 1F6SA 4H94A 1LSCA 1JTTL 4H9HA 1EL1A 1BB7A 1ZVHL 4LYOA 1HSWA 1LHKA 2YSSC 3ZEKA 5APFA 2DKVA 1LZGA 3AGHA 5DN5A 1FKQA 4M4OA 1DI5A 1LMOA 4H8YA 4LYCA 5LINA 1IEEA 1QTKA 1QSWA 4QDNA 2DQDY 1T3PA 4IJ4A 3WULA 1LJIA 1IWVA 2WARA 5KXZA 4XJFA 1JJ3A 1JSEA 2BAAA 2CGIA 2LZTA 3WUAA 1UIBA 1ZVYB 1C08C 1DQJC 4B4JA 4HPIA 1LZ6A 3A67Y 3AB6A 1KXYA 3HBEX 4J7VA 1NBYC 1GFJA 1LZRA 5LVHA 3GXKA 1IOQA 4HJVA 1YKZX 4WO9A 4KL7A 2YBLA 1B7QA 4M6DA 3CQLA 4NFVA 4HTQA 2YBJA 2Z37A 2B5ZA 2Z19A 1LSYA 1BB3A 1QTEA 3LN2A 1DKJA 1GBZA 1BB5A 1TEWA 1IR9A 5HNCA 1FLWA 4DD1A 1GF6A 4OWEA 4G9SA 2YDGA 1GF5A 5D5FA 4C3WA 4XN6A 1LZ5A 4LT0A 1YQVY 4OOTA 4RW1A 5LAGA 1B7NA 1BWHA 2XBRA 5I4XA 193LA 1LZCA 2NWDX 5FCPA 1GD6A 9LYZA 4BS7A 4ETCA 1QUSA 5C6IA 1D6QA 1RFPA 1F10A 1GF7A 1LYOA 4H9CA 4WG7A 3WW5A 4DD9A 1JKDA 1OP9B 2BQMA 1EQ5A 3A3RX 3B0IA 2MEEA 4MCKA 1LTMA 1LZDA 1UCOA 5KXRA 1REYA 5DN4A 1OQMA 4GCDA 1VAUA 2HEDA 1I20A 4NHSA 3QNGA 3D3DA 208LA 2BQFA 2F4GA 4HJZA 1HELA 1AT5A 1VEDA 3LYZA 1B5XA 1LSBA 5HMJA 4YM8A 1B7LA 1WQMA 5KXOA 1LZSA 5KXTA 3N9AA 3AZ5A 4HPEA 4G4CA 3A6BY 1C43A 1UIDA 2YBMA 1YL1X 1DPWA 1IOTA 1TAYA 2IHLA 4G4HA 5F81A 3IJVA 1OUDA 4EMNA 1XGQC 1GE2A 3MGWA 1GE1A 1JJ0A 3W6DA 3W6BA 3WUMA 1WQNA 2BQOA 1BWIA 1B5ZA 5C6JA 132LA 1LZ9A 1LZ8A 4HSFA 3W6FA 1REMA 4D9ZA 4GN5C 4WLTA 1IIZA 1FN5A 1GFKA 1GHLA 3A92A 4LYMA 1AT6A 1LZ1A 1LYYA 1H87A 1HF4A 2IFFY 1HEMA 5JENB 1JWRA 5AMYA 2ZNXY 1B7MA 1LZBA 3WVYA 4GCCA 5APEA 1GXXA 1I1ZA 1CNSA 4DD7A 1LSNA 1UACY 4WG1A 4ETBA 5KXLA 3J4GA 1LSEA 1IWXA 2W1MA 3TXDA 2Z39A 1E8LA 4LT2A 4TTDA 3WPJA 4BADA 3WPLA 1IX0A 1HMLA 1LJNA 4TSBA 1G7HC 1LJ4A 1DXJA 5HNLA 5LA8A 5F14A 1JJ1A 1DI4A 3P65A 3W3EA 1MELL 2G4PA 5LYMA 2HUBA 5LIOA 3AZ4A 5FELA 4NSGA 1WVVA 4XJHA 4XJIA 5LVKA 1GFAA 1UUZC 4YENA 5LAFA 4YF2A 3M3UA 1HFYA 2W1YA 5I54A 1IP5A 1ALCA 4Z41A 1IP3A 1IWTA 1IR7A 1GFTA 1HEOA 1BVKC 4E3UA 3SP3A 1B5YA 1GFRA 4WLDA 3TXBA 3CSZA 3VWOA 1OUIA 2XJWA 1IVMA 5KKIA 1UIEA 3QE8A 3A6CY 3RU5A 1QUTA 2HEEA 4NGLA 4LZTA 1D9UA 3KAMA 1W6ZA 2BQBA 5HMVA 3GXRA 2D6BA 3AYQA 3CSRA 4GCBA 5B06A 3RNXA 3WVXA 2H9KA 2AUBA 1UBZA 2ZQ4A 1NDGC 4W94A 2DQFC 4ETDA 4OWBA 4I0CA 2EIZC 4NGVA 1LCNA 4OWAA 4WM3A 1HEQA 4IASA 4DD3A 1JKBA 1LMNA 1BB4A 5I4WA 1RJCB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
182LA 4NWHA 5B07A 1KIPC 3CT0A 1CU3A 5LYTA 1LZEA 1YIKA 2HUMA 4IATA 3EXDA 1L38A 5LVJA 3J6KA 1C68A 1NDMC 2RBOA 1D2WA 2D4JA 257LA 1JTNA 2G4QA 4ET8A 4EOFA 2C8PA 2MEBA 4HP0A 4TUNA 2BQEA 2O79A 1IC4Y 1C6HA 1CJ7A 2BQJA 5T3FA 3N9EA 1GFVA 5FSTA 2F2NA 2ZYCA 4N8ZA 1JIYA 1QT6A 2EQLA 4NGWA 4DQ5A 4CJ2A 4PPOA 1JPOA 4LYBA 1SWZA 2FYCA 246LA 2YBHA 3HUQA 3DN1A 1NWGA 3C82A 1B5VA 1DYFA 1L41A 214LA 1QSAA 1OUCA 3G3BB 238LA 1L34A 4ARMB 1CJ9A 3WU7A 4GCFA 4WM2A 3BKVA 4H9FA 1GB0A 1PQOA 1LYIA 2L78A 3GULA 1PQMA 2B6YA 4QEQA 1P3NA 1W08A 3W6AA 3RZ4A 1KY0A 3RUNA 1L15A 1L08A 3DNAA 2G4NA 1LGUA 1L85A 3T36A 1SX2A 2BQGA 1CKDA 154LA 1L54A 4QGZA 1CV4A 1QUDA 1LZ4A 4LDOA 3G3VA 5I5QA 1UIAA 5KJ9A 4PJZA 5KXPA 1PQJA 1G06A 3D4SA 1UICA 4NGOA 2Z38A 3C8SA 1C45A 5B1FA 4B49A 4DD0A 2FBBA 2DQCY 4ZPUA 2Z18A 2BQHA 129LA 1L21A 1G7MC 181LA 4MR1A 1L42A 1JITA 3FI7A 1DYCA 4H93A 1GFUA 2CWIA 1J1PY 4UWVA 4ARPA 1D0KA 1XGTC 1GF3A 1NQIA 1ZURA 2MEFA 5F16A 2O4WA 3GUKA 4NY5A 1CV6A 1Z55A 5ILFA 5IELA 4DYGA 4NHIA 2DQAA 1INUA 3G3AB 1B7OA 1GAZA 1B7PA 1YKXX 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LMA A;  5A3Z A;  1OUG A;  4TSC A;  4NWH A;  5B07 A;  1KIP C;  5KY1 A;  3CT0 A;  1DPX A;  4WM6 A;  2ZQ3 A;  3K3T A;  3N9C A;  5LYT A;  1LZE A;  1YIK A;  2BLY A;  3A34 A;  1IP2 A;  1GF9 A;  2I26 L;  1LJ3 A;  2LHM A;  2GV0 A;  4ML7 A;  1VDS A;  5KXW A;  2Q0M X;  1BWJ A;  1LMC A;  3TXE A;  4IAT A;  2H9J A;  4PJ2 C;  4LFP A;  1LZT A;  2DQE Y;  3EXD A;  2XTH A;  4N9R A;  4I8S A;  4RW2 A;  5FHW A;  3WXT A;  5KXX A;  4P2E A;  3LYM A;  4LYT A;  4A7D A;  1GB2 A;  1FDL Y;  1G7L C;  2EPE A;  1WQO A;  4XEN A;  5LYZ A;  5LVJ A;  3J6K A;  4B4E A;  4H8X A;  3AJN A;  1NDM C;  5FEK A;  1HSX A;  3FE0 A;  2D4J A;  1VDT A;  1XEJ A;  4DT3 A;  4H90 A;  4Z3M A;  4TX7 A;  5I53 A;  2G4Q A;  1G7J C;  4ET8 A;  4EOF A;  1EQE A;  2C8P A;  1BVX A;  2MEB A;  2PC2 A;  1LHM A;  3AZ7 A;  4FJR A;  2Z12 A;  4ETA A;  2MED A;  1IWY A;  3WL2 A;  4HP0 A;  4H9I A;  1GB8 A;  2BQD A;  4TUN A;  4AGA A;  1GBS A;  4LFX A;  2ZIK A;  1GBW A;  1TCY A;  1GWD A;  2BQE A;  3TMW A;  1LHJ A;  1IC4 Y;  1QDR A;  1YAN A;  1CJ7 A;  2BQJ A;  1CJ6 A; 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 3W6F A;  1REM A;  4D9Z A;  4GN5 C;  4WLT A;  1IIZ A;  1FN5 A;  1GFK A;  1GHL A;  3A92 A;  4LYM A;  1AT6 A;  1LZ1 A;  1LYY A;  1H87 A;  1HF4 A;  2IFF Y;  1HEM A;  5JEN B;  1JWR A;  5AMY A;  2ZNX Y;  1B7M A;  1LZB A;  3WVY A;  4GCC A;  5APE A;  1GXX A;  1I1Z A;  1CNS A;  4DD7 A;  1LSN A;  1UAC Y;  4WG1 A;  4ETB A;  5KXL A;  3J4G A;  1LSE A;  1IWX A;  2W1M A;  3TXD A;  2Z39 A;  1E8L A;  4LT2 A;  4TTD A;  3WPJ A;  4BAD A;  3WPL A;  1IX0 A;  1HML A;  1LJN A;  4TSB A;  1G7H C;  1LJ4 A;  1DXJ A;  5HNL A;  5LA8 A;  5F14 A;  1JJ1 A;  1DI4 A;  3P65 A;  3W3E A;  1MEL L;  2G4P A;  5LYM A;  2HUB A;  5LIO A;  3AZ4 A;  5FEL A;  4NSG A;  1WVV A;  4XJH A;  4XJI A;  5LVK A;  1GFA A;  1UUZ C;  4YEN A;  5LAF A;  4YF2 A;  3M3U A;  1HFY A;  2W1Y A;  5I54 A;  1IP5 A;  1ALC A;  4Z41 A;  1IP3 A;  1IWT A;  1IR7 A;  1GFT A;  1HEO A;  1BVK C;  4E3U A;  3SP3 A;  1B5Y A;  1GFR A;  4WLD A;  3TXB A;  3CSZ A;  3VWO A;  1OUI A;  2XJW A;  1IVM A;  5KKI A;  1UIE A;  3QE8 A;  3A6C Y;  3RU5 A;  1QUT A;  2HEE A;  4NGL A;  4LZT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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