2BQFA

Contribution of hydrophobic effect to the conformational stability of human lysozyme
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNAAHLSCSALLQDNVADAVAAAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title A general rule for the relationship between hydrophobic effect and conformational stability of a protein: stability and structure of a series of hydrophobic mutants of human lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 50
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2bqfA00
4GN3A 4WM6A 1TDYA 1EQ4A 1KXWA 4WMGA 1RE2A 4WLTA 5DLAA 1IWTA 1D6PA 1GHLA 1QTKA 2DQIY 2F4AA 5A3EA 5LIOA 4M4OA 3B0KA 4UWNA 1D6QA 1WQQA 1GBSA 4LT0A 1BB7A 4WL7A 1LMAA 4G49A 4YF2A 3TXHA 1LOZA 5FDJA 2D4IA 3AW6A 4KXIA 3VWOA 4BAPA 1JJ0A 4WG7A 4BADA 1VATA 1BWHA 5LVKA 5L9JA 1XEJA 1UIHA 2HEAA 4H91A 3TMUA 4DDAA 135LA 4DT3A 3B0IA 4N1CC 4Z3MA 5KXYA 1QSWA 1B5YA 4C5FA 4Z98A 1P2CC 4TTDA 3GXKA 3LHMA 3AZ6A 1XSFA 3EO5A 1LJ4A 1AT6A 1CKCA 1JPOA 3LZTA 4KT3A 1LZNA 9LYZA 1IVMA 3CT5A 1LZRA 2BQGA 2MECA 5FCPA 4DD0A 1F0WA 4OWEA 1I56A 3WU8A 5LYMA 1IWZA 1UIDA 4LYZA 4PJ2C 1UACY 2FBBA 5APEA 5HNLA 2Z18A 4NSHA 1J1PY 2HTXA 1W08A 2Z2FA 1FLQA 4LGKA 1LSYA 1UIGA 4NGZA 1LSZA 1BWJA 4NGYA 5IELA 1XEKA 4UWVA 1BVKC 1F10A 5E4PA 1LYSA 1WVVA 4BS7A 3CSQA 1NF5A 4H92A 1G7MC 1G7LC 1JJ1A 3AYQA 1O23A 1YL1X 1FLUA 2ZIJA 3AB6A 4RW2A 5KXWA 1GB5A 4ZIXA 4DYGA 2BQBA 5I4WA 4XENA 1LAAA 1VEDA 3N9AA 1LZ6A 1LSEA 4J7VA 2BQEA 3A67Y 4HP0A 1GBXA 1XEIA 5FELA 1N4FA 3W6DA 4G4BA 3A93A 1UIBA 5KXNA 1IOQA 5KKJA 194LA 1GFKA 3D3DA 3CT1A 1HEWA 2FYDA 5F16A 7LYZA 5DN4A 1IWVA 1LJGA 4RW1A 4L41A 3W6CA 1SLYA 1VDTA 3WVYA 5KXZA 1LSPA 1XGQC 4FDYA 4H8XA 4XJIA 2Z12A 1YILA 1IORA 2W1XA 1LSDA 3A95A 1QQYA 1GAZA 1B7QA 1JJ3A 4LZTA 1HEMA 1PZYA 1GDXA 133LA 1IP4A 1UA6Y 3WXUA 2BQKA 5APFA 1RI8B 4CFPA 1WQNA 1DKJA 2EQLA 1B7OA 1KXYA 5F81A 1WQOA 2ZWBA 1HERA 4ML7A 4A7DA 4XYYA 1IP5A 5DM9A 5IDDA 2HU1A 1H6MA 1AM7A 2NWDX 3CB7A 1EL1A 1LZDA 1WVUA 1LJFA 1BGIA 5LVGA 4B4IA 1C43A 1LZ5A 4G4CA 2DQDY 4GLVA 4NY5A 1YQVY 6LYZA 4B1AA 4CHXA 3IJVA 1BWIA 1LJ3A 1LZYA 3P64A 4XN6A 4M6DA 2YBNA 1FLYA 4GN4A 1LHHA 1GF7A 2D91A 1JSEA 2LZTA 1HFZA 2BQCA 2YBJA 3A94A 2YVBA 1GB6A 2ZYPA 3AGGG 4H8YA 1D9UA 1GE2A 4NG8A 1B5UA 3WPJA 4MSTA 3WMKA 1CKHA 1IIZA 4O34A 2PC2A 5DL9A 2F2NA 3W3EA 1LSBA 3CQLA 4PRQA 3A3QA 3TMVA 2YSSC 4ETBA 5KKIA 1LHKA 2ZIKA 2ZNWY 4NGJA 1B2KA 3W6BA 1CJ6A 1LJNA 1ALCA 4DDCA 1OUHA 2WARA 1LHMA 4DD7A 1HHLA 4NIJA 2RSCA 1IOSA 4LYBA 3ATOA 4DWXA 2A7DA 2EKSC 4NHQA 1LKSA 1GE4A 1CJ9A 2MEEA 2MEGA 4EMNA 1IP6A 3IWRA 4LYTA 1GEVA 1LYZA 2Z38A 1BQLY 3WW5A 4Z41A 1YAMA 1DZBX 1LMOA 2G4QA 1LJEA 5LXWA 4J1AA 1GF0A 4WM4A 4KPMA 1CJ8A 1IR9A 1JISA 1LYYA 4EOFA 3A96A 3LYMA 5F9UA 4OOTA 1ZV5L 1GF9A 4RDSA 1GB2A 1IP7A 1OUAA 2XBSA 4DD2A 4GCDA 2ZYCA 2HEFA 1UCOA 3G3AB 4CFOA 2LYZA 4TWSA 1GF5A 1GE3A 1TEWA 3HBDA 2GV0A 4ETEA 3ZVQB 1UBZA 5B1FA 3T6UA 5LINA 1YL0X 3D9AC 1LZCA 3B0OA 3TXDA 1LZ9A 5II3A 1RCMA 4X3BA 1RJCB 5HQ1A 1F6RA 1YAPA 5C6JA 4I0CA 4WM2A 2MEIA 4IASA 1B9OA 1LMTA 1OQMA 2F4GA 1REXA 1J1OY 1WQMA 4XJHA 1ZVHL 3GXRA 4HJZA 2N5ZA 5KXLA 1CNSA 1J1XY 5KXRA 1BVXA 1IC5Y 1UC0A 1GFUA 1FKQA 2MEFA 2ZQ4A 3EBAB 4NGOA 3ZVQA 4NSJA 5B1GA 5APDA 2HEBA 2G4NA 5FEKA 1B0DA 2LZ2A 1XGTC 3WUAA 2BAAA 2YBLA 132LA 1LZGA 1NBZC 1RFPA 4UWUA 1XGPC 2H5ZA 3RT5X 3BKVA 134LA 4LYOA 5A3ZA 2FYCA 2Z39A 4IATA 1YROA 1JTTL 1WTNA 3N9CA 4LYCA 5KJ9A 1QIOA 2G4PA 1G7IC 3LN2A 4RLMA 1LZBA 1GFJA 4C3WA 1UIEA 3A6CY 4H9HA 1OUCA 8LYZA 4TSBA 4E3UA 1JKBA 2H9JA 4DD1A 1FBIX 3IJUA 4NHTA 3OJPA 3QNGA 1GF8A 4LT3A 5I5QA 3WVXA 2D6BA 5IHGA 4N8ZA 4HV2A 2DQGY 1B7LA 2I6ZA 1GXV2 1F6SA 1IX0A 1D0MA 3A92A 1FN5A 3ULRA 1ZVYB 1B7PA 2HEDA 1GF6A 1MELL 2ZILA 4PRUA 3W6FA 1AKIA 1B7RA 1GFRA 4KL7A 1GEZA 5ILCA 1YAOA 4H1PA 4NHPA 2F30A 3RNXA 1LKRA 1MLCE 2CGIA 4QDNA 4HTKA 1HMKA 4YOPA 1JKAA 5DN5A 1OUGA 4J0LA 5HLLA 4CGEA 1BB5A 4W94A 1IR7A 3TMXA 1I20A 2VB1A 3QE8A 1VDSA 1HF4A 4H9CA 2C8PA 5B07A 5I4YA 5JENB 4WLYA 3FE0A 2LHMA 4LT1A 1CJ7A 1GB9A 3AGIA 1UIAA 4LFPA 4CJ2A 1GE0A 5APCA 2DQCY 2CDSA 2C8OA 2BQNA 2HECA 3A6BY 1CKDA 4IJ4A 4H9BA 5ILFA 2BPUA 4H9EA 2YDGA 4NGIA 3HBHA 1OUEA 1PS5A 1BB3A 4XJBA 4H93A 1JUGA 2Z2EA 3RU5A 2EPEA 1TAYA 5KXSA 1T3PA 1JKCA 1Z55A 3QY4A 1GPQC 4N0JA 2BQJA 1WQRA 2FBDA 4J1BA 1UIFA 3HFMY 2BQFA 3TMWA 5EBHA 5I54A 3P68A 3M18B 4YEMA 1B5XA 3RZ4A 1LSGA 4LT2A 1NDMC 1GFAA 1LZSA 2MEAA 4B49A 3LYTA 3AZ7A 5M1YA 1DI4A 1YKXX 1JHLA 2DKVA 4WLDA 1GAYA 3WXTA 1JSFA 1KIPC 5I4XA 3A90A 4HJVA 1LJIA 3LYZA 1TBYA 4II8A 4PGJB 4WO9A 4H9AA 1OUDA 1IC7Y 5F14A 1LZTA 1G7JC 4WM1A 1IC4Y 2HEEA 1B5ZA 3J6KA 3WU9A 1SQ2L 2I26L 3P66A 4MCKA 4MR1A 1LMQA 1NMMA 4PPOA 1IP1A 1DPXA 2DQJY 2BQDA 1IWUA 1C08C 1JTPL 5LYZA 5B06A 1LJHA 3A91A 3WPKA 3N9EA 2H9KA 1A4VA 3OK0A 1DPWA 1HMLA 5HMVA 2X0AA 2CJLA 1V7TA 3AZ4A 4OOOA 4H8ZA 2BQMA 3TXBA 1IO5A 1D0KA 4R6CA 3ZEKA 2YBIA 4H90A 4WG1A 4LFXA 1GE1A 4PHIA 1GF3A 1LHLA 3TXKA 1NWGA 3W6EA 1NKHA 1LZ4A 5K7OA 2Z37A 2LYMA 3FI7A 4XJGA 1GBZA 3WUNA 4Z46A 1YKZX 1XGUC 4WLXA 4DD9A 1B7MA 1LSCA 3W6AA 5C6IA 3AGHA 4B4JA 5L3HA 1T6VL 2CWIA 5KXMA 2W1MA 4NGLA 1GD6A 1LMNA 1GFTA 1G7HC 1LSNA 4GLAA 1LSAA 1CKFA 2AUBA 4HSFA 4OWBA 1B7NA 1CKGA 4D9ZA 2HU3A 1DXJA 3A34A 2DBTA 4OWCA 3HBEX 1TCYA 2EIZC 5D5CA 3TXJA 1QUSA 5KY1A 4OW1A 1JKDA 1GB3A 3TXFA 1A2YC 1OUIA 4G4HA 1JWRA 3LZ2A 4NHSA 4XADA 4ZFPA 1DKKA 4TSCA 3LYOA 4XJFA 1HNLA 1LZEA 4H94A 1UICA 4ET8A 1DI5A 3B6LA 4NHIA 3TXIA 1LZ8A 1REYA 5HMJA 5KXTA 1IY3A 4HTQA 1VAUA 4NSIA 2LYOA 2DQFC 4LYMA 1NHEA 4NGWA 1JITA 5AMYA 5LVIA 3A8ZA 4I8SA 2Q0MX 1IP2A 1WQPA 4DD3A 4OWAA 3WYHA 1D0LA 2BLXA 1LHJA 3J4GA 1GBWA 1REZA 1OP9B 1GWDA 3SP3A 4ZEEA 1OUBA 1IY4A 3M3UA 3AZ5A 2A7FA 1IP3A 1C45A 3EMSA 1GB7A 4GN5C 1LYOA 2IHLA 6LYTA 1HSXA 2DQAA 4BAFA 4WM3A 2W1LA 1AZFA 4NEBA 1BB6A 4AXTA 1HC0A 1LMPA 1YIKA 3P65A 4HPEA 4G9SA 2MEBA 193LA 5KXXA 1C7PA 1IR8A 3CT0A 3P4ZA 3TXGA 1VDPA 5LVHA 4H9FA 154LA 2YBHA 3K3TA 4TUNA 1EQEA 2XTHA 5I53A 1BB4A 2DQEY 3WU7A 1IOTA 1IOCA 1C46A 1GB0A 2D4KA 1LHIA 2XJWA 3AW7A 1GB8A 1QUTA 2MEDA 1UUZC 1FLWA 1HFXA 2BQAA 4NWEA 5LAFA 1H87A 1LJJA 1LSFA 4FJRA 2ZQ3A 1I1ZA 4WL6A 1GBYA 5J7CA 1LTMA 4RLNA 4WO6A 1E8LA 1GXXA 4DC4A 3WL2A 1KIQC 4N9RA 4ETCA 1DQJC 2B5ZA 3WPLA 4ETDA 3B72A 1V7SA 3WUMA 2BLYA 5HNCA 1IWYA 1WTMA 1NBYC 4GCEA 3RW8A 1JTOL 1ZMYL 4NGKA 4ET9A 4QY9A 1C10A 4YEOA 1BHZA 2Y8PA 1LPIA 4GCCA 5FHWA 4NWHA 4NSGA 4HTNA 4QEQA 5LAGA 1IWWA 1QTEA 1HEPA 4XJDA 2YBMA 153LA 1VFBC 5FSTA 1REMA 1XGRC 2XBRA 1NQIA 5LA5A 3T36A 1FDLY 1GFVA 1HFYA 4NGVA 3G3BB 1B5WA 4NFVA 2BQLA 3MGWA 5F9XA 1LJKA 4OWHA 5KXKA 1W6ZA 1GDWA 4GCFA 1IWXA 2HUBA 4QGZA 3A3RX 5LVJA 1JEFA 1QDRA 4B4EA 3AJNA 4N5RA 4HV1A 5T3FA 3WW6A 4DDBA 5L3IA 4B0DA 1HEOA 3BKHA 1OUJA 1GFGA 1HSWA 1KIRC 4ANRA 1B7SA 1INUA 4ETAA 1GFEA 4GCBA 2W1YA 4HPIA 4WOAA 5LYTA 1LZAA 1FKVA 2Z19A 3CSZA 1HELA 1GBOA 1IEEA 1AT5A 5LA8A 4R0FA 4TX7A 4WM5A 1YANA 4YENA 1QDTA 207LA 1HEQA 3WH1A 2ZNXY 1HENA 1EQ5A 3EXDA 1JIYA 1LMCA 4YM8A 1GF4A 1NDGC 1QSAA 1YAQA 2IFFY 3F6ZA 5KXPA 1GFHA 1VDQA 1LCNA 3ATNA 2BQOA 4P2EA 2MEHA 2BQIA 4HJYA 5E9RA 3WULA 3TXEA 5KXOA 1XFPL 5D5FA 1LSMA 1LZ1A 4H9IA 1B5VA 1DI3A 1YKYX 4AGAA 5B05A 2D4JA 4NG1A 208LA 4U3XB 1OUFA 3KAMA 4W96A 5B59A 1KXXA 2I25L 5C6LA 3CSRA 3E3DA 2DQHY 4N1EI 2BQHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WM6A 1KXWA 3DMZA 4DQ5A 4I7NA 1L79A 1G0JA 5LIOA 1GBSA 4EKRA 2OTYX 1LOZA 3VWOA 3SB9A 4BAPA 4WG7A 1L42A 5LVKA 3TMUA 4DT3A 3B0IA 5KXYA 1B5YA 1P2CC 4TTDA 1XSFA 3EO5A 1LJ4A 1L01A 9LYZA 1P5CA 1LZNA 3C80A 1L97A 3CT5A 2MECA 1L56A 3WU8A 1UIDA 5APEA 127LA 2Z18A 3F8VA 1W08A 2HUKA 3JR6A 4LGKA 1F10A 3CSQA 4H92A 1LI3A 2ZIJA 138LA 3AB6A 3FI5A 4ZIXA 1LZ6A 1LSEA 4J7VA 4HP0A 1N4FA 5KXNA 5KKJA 1L11A 3CT1A 5DN4A 1LJGA 4L41A 1L88A 4DQ7A 1LSPA 2OE9X 3HH6A 156LA 1SWYA 2W1XA 1IORA 2OU9A 1CV6A 1LW9A 133LA 1IP4A 166LA 1L85A 3DN0A 1QUHA 1L44A 186LA 4ARLA 4ML7A 4XYYA 5DM9A 1OVJA 3CB7A 1L09A 227LA 258LA 1LZ5A 4G4CA 6LYZA 4GLVA 1YQVY 4B1AA 4CHXA 3P64A 1LZYA 1L69A 167LA 1LHHA 1CUPA 1GF7A 4IAPA 4PK0A 2ZYPA 4I7JA 4I7KA 3WPJA 1CKHA 1IIZA 1LSBA 1L55A 2YSSC 1L33A 2ZIKA 2F2QA 1QS5A 1LHMA 4LDLA 2RSCA 1IOSA 2NTHA 2EKSC 4NHQA 1CJ9A 2RB2X 2Z38A 1L08A 1LJEA 3OE8A 2RBSA 1OWZA 1ZV5L 1CV3A 1IP7A 2LYZA 4ETEA 1TEWA 2GV0A 3D9AC 3B0OA 3HUQA 1YAPA 1G07A 1C6TA 240LA 2NTGA 1OYUA 157LA 3GXRA 1L43A 4XJHA 189LA 1C69A 1XJTA 2ZQ4A 1L73A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GN3 A;  4WM6 A;  1TDY A;  1EQ4 A;  1KXW A;  4WMG A;  1RE2 A;  4WLT A;  5DLA A;  1IWT A;  1D6P A;  1GHL A;  1QTK A;  2DQI Y;  2F4A A;  5A3E A;  5LIO A;  4M4O A;  3B0K A;  4UWN A;  1D6Q A;  1WQQ A;  1GBS A;  4LT0 A;  1BB7 A;  4WL7 A;  1LMA A;  4G49 A;  4YF2 A;  3TXH A;  1LOZ A;  5FDJ A;  2D4I A;  3AW6 A;  4KXI A;  3VWO A;  4BAP A;  1JJ0 A;  4WG7 A;  4BAD A;  1VAT A;  1BWH A;  5LVK A;  5L9J A;  1XEJ A;  1UIH A;  2HEA A;  4H91 A;  3TMU A;  4DDA A;  135L A;  4DT3 A;  3B0I A;  4N1C C;  4Z3M A;  5KXY A;  1QSW A;  1B5Y A;  4C5F A;  4Z98 A;  1P2C C;  4TTD A;  3GXK A;  3LHM A;  3AZ6 A;  1XSF A;  3EO5 A;  1LJ4 A;  1AT6 A;  1CKC A;  1JPO A;  3LZT A;  4KT3 A;  1LZN A;  9LYZ A;  1IVM A;  3CT5 A;  1LZR A;  2BQG A;  2MEC A;  5FCP A;  4DD0 A;  1F0W A;  4OWE A;  1I56 A;  3WU8 A;  5LYM A;  1IWZ A;  1UID A;  4LYZ A;  4PJ2 C;  1UAC Y;  2FBB A;  5APE A;  5HNL A;  2Z18 A;  4NSH A;  1J1P Y;  2HTX A;  1W08 A;  2Z2F A;  1FLQ A;  4LGK A;  1LSY A;  1UIG A;  4NGZ A;  1LSZ A;  1BWJ A;  4NGY A;  5IEL A;  1XEK A;  4UWV A; 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 4NGK A;  4ET9 A;  4QY9 A;  1C10 A;  4YEO A;  1BHZ A;  2Y8P A;  1LPI A;  4GCC A;  5FHW A;  4NWH A;  4NSG A;  4HTN A;  4QEQ A;  5LAG A;  1IWW A;  1QTE A;  1HEP A;  4XJD A;  2YBM A;  153L A;  1VFB C;  5FST A;  1REM A;  1XGR C;  2XBR A;  1NQI A;  5LA5 A;  3T36 A;  1FDL Y;  1GFV A;  1HFY A;  4NGV A;  3G3B B;  1B5W A;  4NFV A;  2BQL A;  3MGW A;  5F9X A;  1LJK A;  4OWH A;  5KXK A;  1W6Z A;  1GDW A;  4GCF A;  1IWX A;  2HUB A;  4QGZ A;  3A3R X;  5LVJ A;  1JEF A;  1QDR A;  4B4E A;  3AJN A;  4N5R A;  4HV1 A;  5T3F A;  3WW6 A;  4DDB A;  5L3I A;  4B0D A;  1HEO A;  3BKH A;  1OUJ A;  1GFG A;  1HSW A;  1KIR C;  4ANR A;  1B7S A;  1INU A;  4ETA A;  1GFE A;  4GCB A;  2W1Y A;  4HPI A;  4WOA A;  5LYT A;  1LZA A;  1FKV A;  2Z19 A;  3CSZ A;  1HEL A;  1GBO A;  1IEE A;  1AT5 A;  5LA8 A;  4R0F A;  4TX7 A;  4WM5 A;  1YAN A;  4YEN A;  1QDT A;  207L A;  1HEQ A;  3WH1 A;  2ZNX Y;  1HEN A;  1EQ5 A;  3EXD A;  1JIY A;  1LMC A;  4YM8 A;  1GF4 A;  1NDG C;  1QSA A;  1YAQ A;  2IFF Y;  3F6Z A;  5KXP A;  1GFH A;  1VDQ A;  1LCN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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