2BQGA

Contribution of hydrophobic effect to the conformational stability of human lysozyme
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNAAHLSCSALLQDNIADAVAAAKRVARDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A general rule for the relationship between hydrophobic effect and conformational stability of a protein: stability and structure of a series of hydrophobic mutants of human lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 50
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2bqgA00
2CWIA 2DKVA 4H9HA 1XEIA 2CDSA 3T36A 3WULA 3ULRA 4M6DA 1B5UA 1YAQA 1C43A 4Z98A 3BKHA 2EIZC 2DQHY 4H1PA 4WO9A 1B9OA 1IVMA 4WM1A 1JTOL 1GE0A 2LZTA 2W1MA 2HEEA 1LSNA 5LAGA 5A3ZA 3W6DA 1LPIA 4ET8A 3P68A 1IR7A 1GXV2 1VDPA 4Z41A 1LSCA 3CT1A 5LA5A 3WL2A 1B7MA 1AZFA 1LTMA 3AGHA 4PPOA 2FYDA 5D5FA 4U3XB 4NWEA 3W6BA 1LYYA 4H93A 1GB8A 1GE4A 1LJHA 1VDQA 5HQ1A 1B7NA 2H9JA 2ZQ4A 4XJGA 4DD3A 1SLYA 1E8LA 4DYGA 5B59A 1WQQA 4ANRA 1CKGA 5KXYA 4NGKA 5KXPA 5LAFA 1H6MA 1LYZA 2F4AA 1WQRA 4N1EI 4NIJA 1I56A 1A2YC 3AZ4A 1ALCA 3M18B 4NGZA 4DWXA 1UIDA 4TUNA 1LMTA 1IWTA 1DI4A 3D9AC 3EBAB 4CFOA 1IO5A 1JTPL 4L41A 3P65A 2A7DA 3D3DA 1GFUA 3AYQA 4B4JA 4WMGA 1CJ6A 4ML7A 4GLAA 4H8YA 1NDMC 4TSBA 3A95A 2LYOA 4PGJB 1FLWA 2BQNA 3AZ6A 3TXGA 2W1XA 4YEOA 3A6CY 134LA 1DQJC 1OUIA 1B7SA 1QTEA 3RNXA 4E3UA 1HHLA 1G7LC 5KXWA 4DDAA 5KXTA 4H90A 5I4YA 1VAUA 4H9AA 1BWIA 2A7FA 5DM9A 4N0JA 3W6FA 5I4XA 2DQIY 4GLVA 2Q0MX 1UIEA 3J4GA 5FCPA 1NF5A 4H9FA 4N5RA 4G4BA 1GFHA 4A7DA 1SQ2L 3MGWA 4NGIA 3LN2A 1IY4A 2DQJY 4GN4A 4LFPA 1T3PA 1BWHA 2BQBA 1FLQA 1PS5A 1YAOA 9LYZA 1CKFA 3AZ5A 3RT5X 1LYOA 2Z2FA 4EOFA 1GFAA 2I26L 4WG7A 3B72A 4CHXA 2YBLA 2BQEA 3GXRA 1GB2A 4HTNA 4IASA 3WMKA 2FBDA 4Z3MA 2C8PA 1B5VA 4UWVA 3LYZA 1QDTA 5I53A 1LHMA 2NWDX 4LYCA 3WW6A 1UUZC 4RLNA 5K7OA 5KXMA 1WTMA 1KXXA 1NHEA 1CKHA 3OJPA 4KPMA 5B1FA 1IC5Y 2BQAA 1QUSA 2YSSC 1G7IC 1UCOA 1LJIA 3N9AA 1GHLA 1LZNA 1WQOA 4YF2A 1JEFA 154LA 5M1YA 1LSYA 4LYZA 3WW5A 5KY1A 3AB6A 1BB3A 1QSWA 2BQLA 1IWUA 5KXOA 1LJGA 1W08A 3P4ZA 4W94A 1WVVA 1IY3A 4H8ZA 7LYZA 2YDGA 4PHIA 5II3A 4B4IA 5L3HA 1LSPA 1NQIA 3A93A 4FDYA 1JISA 1JPOA 4XJBA 4GCCA 3A91A 1JJ3A 3WVXA 5ILCA 4LGKA 3TXBA 3HBDA 1GB6A 4XENA 3P66A 4H8XA 1GF6A 4NEBA 3ZEKA 2D6BA 4H9EA 4ZIXA 3OK0A 1LZBA 1BB6A 1V7TA 4RDSA 1MLCE 2YVBA 1B5XA 4CJ2A 1NBYC 3CSQA 2BLXA 3WYHA 1UICA 1JHLA 1IWZA 1GFGA 1LZTA 5T3FA 5KXLA 1GBOA 4N1CC 1LHLA 2MECA 3TXEA 1HFZA 4NY5A 4WLTA 1LOZA 3ZVQB 3F6ZA 133LA 1LAAA 1LMOA 1GFTA 1T6VL 2YBHA 5KKIA 4O34A 1REMA 1IWXA 4RLMA 1DZBX 2BAAA 1JIYA 4DD7A 4NGLA 2W1LA 2WARA 4XN6A 1HEMA 3A90A 2BQGA 2MEHA 3HBEX 2VB1A 1TEWA 2I25L 5LYMA 1CJ7A 2HUBA 1IOCA 4QEQA 4NG8A 5A3EA 1F6SA 1HF4A 2LHMA 5FELA 1DKKA 1PZYA 2BQOA 1OUGA 1XEJA 4WO6A 5KXZA 2BQMA 3LYOA 1XGQC 1I20A 1FDLY 2H5ZA 1RCMA 1GXXA 5C6IA 4IJ4A 1QQYA 1YROA 1IX0A 1LZ1A 132LA 1IP6A 1INUA 3EO5A 1LJ3A 5LVGA 4NGYA 2HTXA 1GBYA 1KIQC 1D0LA 4HV1A 4J1AA 1IP5A 1GFJA 2IHLA 3E3DA 1BWJA 1F6RA 4QDNA 1G7MC 1HMKA 4GCEA 3WPJA 3CSRA 5I5QA 1GB7A 3A92A 4HPIA 1QDRA 4N9RA 1IWVA 1UIGA 4WLXA 5LINA 4H9IA 1ZV5L 3TXIA 1BB7A 3LHMA 5KXRA 1B7OA 1HSXA 1GAYA 1J1PY 1EQ4A 1NDGC 2Y8PA 3A3RX 3EXDA 4ETAA 2ZQ3A 1GWDA 4OWAA 1LMQA 2BQFA 1LZ5A 3AW7A 3LZ2A 4LT3A 2DQEY 5J7CA 1LJKA 4C3WA 1C7PA 3B0OA 2G4NA 4BADA 1IOSA 5DL9A 2BLYA 3W3EA 1UIAA 4GCFA 1V7SA 3TMWA 2MEDA 4J1BA 2XJWA 5IHGA 1LJ4A 3A34A 4ET9A 5KXSA 1B5ZA 4WG1A 4Z46A 2D91A 1GB0A 3A3QA 1REZA 2DQCY 4MR1A 1VEDA 4HJZA 3WPLA 2GV0A 4LYBA 5APFA 4LT2A 1LMNA 1GE2A 1LSEA 4NSGA 1LSAA 1VATA 3KAMA 4ETEA 1CJ8A 4NSJA 3TXDA 2Z38A 3CSZA 1B0DA 1LJNA 1LZGA 2F4GA 3N9EA 4CGEA 1YKZX 3SP3A 4DD2A 1GE3A 2F2NA 1XGTC 3WUAA 4DD1A 1JKBA 2MEAA 1UIHA 1B7QA 4XJIA 1YIKA 1LHJA 1G7HC 4DD9A 4TSCA 5C6JA 1HMLA 4B49A 2B5ZA 1IC7Y 1QSAA 4NHTA 1LYSA 4PJ2C 4OWCA 2ZNXY 1YILA 1GDXA 1AKIA 1LZEA 1AM7A 1ZVHL 1YAMA 1D6PA 1C08C 1QIOA 1IWYA 1YAPA 1HFYA 4D9ZA 5LVJA 1XFPL 2XBSA 5FEKA 3TMXA 1WQNA 5IDDA 5FSTA 1UC0A 1VDSA 5B06A 1YQVY 2DQAA 2DQFC 1FLUA 2G4PA 1GF9A 2G4QA 5KXXA 1TDYA 3AZ7A 1WQMA 4HTKA 1VDTA 2AUBA 3K3TA 4NHPA 1XGRC 5I4WA 1IP7A 2CJLA 4NG1A 6LYZA 2D4JA 1HEOA 4PRQA 1IOTA 1GBSA 1GFKA 3HBHA 4GN3A 4UWUA 3TXHA 4WL6A 3WUMA 2LYMA 5KXNA 1IP2A 1LJFA 1GF4A 4ETDA 1HELA 1RJCB 4RW1A 3A8ZA 4KL7A 1CJ9A 4AXTA 1JSEA 3IJVA 2MEGA 5E4PA 4OWBA 1LMAA 1GFVA 1UIBA 2ZYCA 3WVYA 1HC0A 2LZ2A 1HEPA 1DI3A 4NHSA 4FJRA 2HEDA 5LXWA 2BQIA 1JJ0A 4WM6A 1GFEA 3RZ4A 3ATOA 1IC4Y 4I8SA 5APCA 2I6ZA 4TX7A 4B0DA 5F14A 2HEBA 3LZTA 4XYYA 4XADA 1XSFA 2N5ZA 4QY9A 4HV2A 1LMCA 1LJEA 1LHKA 5I54A 2CGIA 2Z37A 3AGGG 2LYZA 3B6LA 2EPEA 2PC2A 3FE0A 3LYTA 1EL1A 4HSFA 1LZSA 4X3BA 1GB3A 4B1AA 4DDBA 2IFFY 194LA 2MEFA 1D9UA 4KXIA 4DD0A 4LT1A 1RI8B 1TCYA 4HJYA 4WM5A 4AGAA 4DT3A 2YBJA 5KJ9A 1FBIX 3IJUA 1UBZA 5DN5A 3TXFA 5HMVA 5C6LA 4OW1A 4TWSA 4KT3A 4LT0A 4HPEA 3B0KA 1GF3A 4LYOA 4YEMA 2ZILA 5F81A 1KXWA 1HSWA 2YBMA 4B4EA 3QY4A 1DXJA 3AGIA 1TBYA 1UACY 1LKRA 1QTKA 2ZNWY 1BHZA 1OUEA 1UA6Y 4LYMA 4NSIA 1Z55A 4NGVA 4NWHA 1D0MA 2MEEA 1IP4A 4ZFPA 1GBWA 2DBTA 1LZYA 5F16A 1RFPA 1LSGA 208LA 4UWNA 4WM3A 5D5CA 5F9XA 1IIZA 1LSBA 4EMNA 1YKYX 5HMJA 1LZ8A 1NMMA 2X0AA 4PRUA 1XGPC 2D4KA 4NGWA 1IR9A 4W96A 4DDCA 4QGZA 1KIPC 1XGUC 1GBZA 3CQLA 1AT5A 3W6CA 1HFXA 3AJNA 1HNLA 1RE2A 1C46A 1JKCA 1GAZA 1YKXX 4LZTA 1I1ZA 1EQEA 4G4HA 1OUAA 1JKDA 1O23A 2HEFA 2XBRA 1LJJA 3B0IA 2BQJA 1G7JC 4N8ZA 4XJDA 4XJFA 1JITA 5L9JA 5FDJA 3RW8A 5EBHA 2Z39A 1KXYA 4WL7A 2HU3A 4OWHA 2RSCA 1LZ6A 1OUCA 1HEQA 3WPKA 1LSMA 1OUBA 1OUHA 2H9KA 3WXTA 1REYA 5B05A 5HLLA 4NGOA 1J1XY 1FLYA 3CT5A 5JENB 3EMSA 1D6QA 1IP1A 2DQDY 5APDA 2HU1A 1GF5A 4ZEEA 6LYTA 153LA 1GD6A 1WTNA 1EQ5A 1MELL 1D0KA 3CB7A 4GCBA 4NHQA 4XJHA 1NWGA 2BPUA 3P64A 4MSTA 1FKQA 4NFVA 2C8OA 1IEEA 1OP9B 4J7VA 4TTDA 1DI5A 1LZDA 1GBXA 4WLDA 2DQGY 4WOAA 3WU7A 1BQLY 1F0WA 2Z12A 4G4CA 1GF0A 3WH1A 1QUTA 4YOPA 4OOOA 1WVUA 4H91A 1UIFA 3VWOA 1BB4A 1HENA 1NKHA 5HNCA 4DC4A 1BB5A 4GN5C 4HTQA 1IR8A 2ZIJA 1P2CC 4H94A 3WXUA 1F10A 3G3BB 4GCDA 4NGJA 2FYCA 1JWRA 5KXKA 3T6UA 1BVKC 2YBNA 1B2KA 1JTTL 3BKVA 1B7RA 5LA8A 1C10A 1CNSA 8LYZA 5LVHA 2FBBA 5DLAA 2BQDA 3QE8A 1IP3A 1JUGA 1B5WA 2W1YA 1IWWA 4NHIA 1LZRA 1XEKA 2F30A 3TMUA 1GDWA 207LA 1H87A 3ATNA 1CKDA 1ZVYB 3TXKA 4II8A 2YBIA 2Z19A 1GEZA 1GB5A 3A94A 1FN5A 2EQLA 3TXJA 5F9UA 1OUFA 2D4IA 1OUDA 1OUJA 1BGIA 1GFRA 1YL0X 3A96A 4P2EA 5HNLA 3QNGA 1N4FA 1W6ZA 3GXKA 5LVIA 4CFPA 3W6EA 1JJ1A 4G9SA 1GE1A 1LKSA 1IOQA 3A6BY 3W6AA 3TMVA 2ZYPA 4YM8A 5LYTA 4LFXA 193LA 1AT6A 4BS7A 1LZ4A 4H92A 4WM4A 4R0FA 1JKAA 1NBZC 5ILFA 5DN4A 2ZWBA 1OQMA 4H9CA 1LCNA 1A4VA 1LZAA 1LZ9A 1ZMYL 3G3AB 2ZIKA 1IORA 2BQKA 4NSHA 5L3IA 4H9BA 2XTHA 4OWEA 1B7LA 5E9RA 5LYZA 1B5YA 1LSDA 2Z18A 2MEIA 4ETCA 2MEBA 1CKCA 1YANA 3FI7A 5AMYA 1DPXA 1GB9A 4BAPA 1LHIA 5IELA 1LSZA 1JSFA 3CT0A 1GF8A 4WM2A 1REXA 1TAYA 1VFBC 4J0LA 3ZVQA 5FHWA 4M4OA 4HP0A 1LZCA 3M3UA 1GPQC 3N9CA 135LA 4BAFA 2HECA 3J6KA 1DPWA 1DKJA 1LMPA 1KIRC 4R6CA 1LSFA 2HEAA 5LVKA 5B1GA 5LIOA 5B07A 1WQPA 4IATA 3LYMA 4ETBA 3IWRA 1HEWA 3WU9A 4I0CA 1GEVA 4LYTA 5APEA 3RU5A 3WU8A 5KKJA 4RW2A 3HFMY 4WLYA 4YENA 1GF7A 1FKVA 1HERA 1LHHA 4G49A 4HJVA 2BQCA 4C5FA 2BQHA 4OOTA 1BVXA 1J1OY 1YL1X 1B7PA 4MCKA 1C45A 3A67Y 2Z2EA 3WUNA 2EKSC 3AW6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
119LA 2CDSA 3ULRA 4M6DA 1B5UA 4OO9A 1IVMA 4WM1A 5LAGA 2W1MA 5A3ZA 4ET8A 4Z41A 3CT1A 4PPOA 1LTMA 3AGHA 5D5FA 4NWEA 3K2RA 3W6BA 1B7NA 2ZQ4A 4DD3A 5KXYA 5KXPA 2CUUA 4NIJA 3D4SA 1C6DA 1UIDA 4TUNA 1LMTA 1DI4A 4CFOA 1JTPL 3P65A 1GFUA 1CJ6A 4GLAA 1NDMC 4TSBA 228LA 2LYOA 1FLWA 134LA 3RNXA 3FI5A 1VAUA 3FA0A 2A7FA 1L69A 3W6FA 5I4XA 2Q0MX 1DYBA 138LA 4I7KA 4G4BA 4NGIA 3LN2A 4LFPA 1T3PA 1L20A 205LA 1YAOA 1CKFA 3DN4A 1C62A 2YBLA 1CU5A 218LA 4IASA 1B5VA 3LYZA 5I53A 1LHMA 4LYCA 239LA 3RT5X 122LA 1CV5A 2BQAA 2YSSC 2F2QA 1UCOA 1LJIA 3N9AA 1GHLA 3C8SA 3WW5A 1L27A 3SB5A 3AB6A 2BQLA 3DN1A 3QAKA 252LA 3DN2A 2YDGA 183LA 3L2XA 5L3HA 1JPOA 3A91A 1GB6A 4XENA 1LW9A 4ZIXA 3OK0A 1B5XA 4CJ2A 3CSQA 2BLXA 1L01A 1LZTA 1GBOA 1L95A 2MECA 4ARLA 1L89A 1D3JA 147LA 3F6ZA 1LAAA 3HU8A 1GFTA 4DQ5A 1L45A 1P6YA 2NTGA 4DD7A 1JIYA 2RBOA 2WARA 1CU3A 3DN6A 1L19A 3A90A 2BQGA 1TEWA 1QUHA 1HF4A 4W58A 1LGWA 1PZYA 1XEJA 1L11A 1L24A 2H5ZA 1RCMA 2RBPA 190LA 1IX0A 1IP6A 1LJ3A 2HTXA 1D0LA 4LDLA 1IP5A 2IHLA 4GRVA 1CX7A 2LCBA 4QDNA 145LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2CWI A;  2DKV A;  4H9H A;  1XEI A;  2CDS A;  3T36 A;  3WUL A;  3ULR A;  4M6D A;  1B5U A;  1YAQ A;  1C43 A;  4Z98 A;  3BKH A;  2EIZ C;  2DQH Y;  4H1P A;  4WO9 A;  1B9O A;  1IVM A;  4WM1 A;  1JTO L;  1GE0 A;  2LZT A;  2W1M A;  2HEE A;  1LSN A;  5LAG A;  5A3Z A;  3W6D A;  1LPI A;  4ET8 A;  3P68 A;  1IR7 A;  1GXV 2;  1VDP A;  4Z41 A;  1LSC A;  3CT1 A;  5LA5 A;  3WL2 A;  1B7M A;  1AZF A;  1LTM A;  3AGH A;  4PPO A;  2FYD A;  5D5F A;  4U3X B;  4NWE A;  3W6B A;  1LYY A;  4H93 A;  1GB8 A;  1GE4 A;  1LJH A;  1VDQ A;  5HQ1 A;  1B7N A;  2H9J A;  2ZQ4 A;  4XJG A;  4DD3 A;  1SLY A;  1E8L A;  4DYG A;  5B59 A;  1WQQ A;  4ANR A;  1CKG A;  5KXY A;  4NGK A;  5KXP A;  5LAF A;  1H6M A;  1LYZ A;  2F4A A;  1WQR A;  4N1E I;  4NIJ A;  1I56 A;  1A2Y C;  3AZ4 A;  1ALC A;  3M18 B;  4NGZ A;  4DWX A;  1UID A;  4TUN A;  1LMT A;  1IWT A;  1DI4 A;  3D9A C;  3EBA B;  4CFO A;  1IO5 A;  1JTP L;  4L41 A;  3P65 A;  2A7D A;  3D3D A;  1GFU A;  3AYQ A;  4B4J A;  4WMG A;  1CJ6 A;  4ML7 A;  4GLA A;  4H8Y A;  1NDM C;  4TSB A;  3A95 A; 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 3TXJ A;  5F9U A;  1OUF A;  2D4I A;  1OUD A;  1OUJ A;  1BGI A;  1GFR A;  1YL0 X;  3A96 A;  4P2E A;  5HNL A;  3QNG A;  1N4F A;  1W6Z A;  3GXK A;  5LVI A;  4CFP A;  3W6E A;  1JJ1 A;  4G9S A;  1GE1 A;  1LKS A;  1IOQ A;  3A6B Y;  3W6A A;  3TMV A;  2ZYP A;  4YM8 A;  5LYT A;  4LFX A;  193L A;  1AT6 A;  4BS7 A;  1LZ4 A;  4H92 A;  4WM4 A;  4R0F A;  1JKA A;  1NBZ C;  5ILF A;  5DN4 A;  2ZWB A;  1OQM A;  4H9C A;  1LCN A;  1A4V A;  1LZA A;  1LZ9 A;  1ZMY L;  3G3A B;  2ZIK A;  1IOR A;  2BQK A;  4NSH A;  5L3I A;  4H9B A;  2XTH A;  4OWE A;  1B7L A;  5E9R A;  5LYZ A;  1B5Y A;  1LSD A;  2Z18 A;  2MEI A;  4ETC A;  2MEB A;  1CKC A;  1YAN A;  3FI7 A;  5AMY A;  1DPX A;  1GB9 A;  4BAP A;  1LHI A;  5IEL A;  1LSZ A;  1JSF A;  3CT0 A;  1GF8 A;  4WM2 A;  1REX A;  1TAY A;  1VFB C;  4J0L A;  3ZVQ A;  5FHW A;  4M4O A;  4HP0 A;  1LZC A;  3M3U A;  1GPQ C;  3N9C A;  135L A;  4BAF A;  2HEC A;  3J6K A;  1DPW A;  1DKJ A;  1LMP A;  1KIR C;  4R6C A;  1LSF A;  2HEA A;  5LVK A;  5B1G A;  5LIO A;  5B07 A;  1WQP A;  4IAT A;  3LYM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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