2BQHA

Contribution of hydrophobic effect to the conformational stability of human lysozyme
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNAAHLSCSALLQDNIADAVAAAKRVVRDPQGIRAWAAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A general rule for the relationship between hydrophobic effect and conformational stability of a protein: stability and structure of a series of hydrophobic mutants of human lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 50
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2bqhA00
4GN3A 1IIZA 1P2CC 4LT3A 4GN4A 3WW6A 4CGEA 1RFPA 1LMTA 1WQRA 1UIDA 2MEBA 1IWXA 4LYCA 4ZEEA 3N9EA 1NBYC 1REXA 4ML7A 4M6DA 1IP3A 1NKHA 4QDNA 1CKGA 1XFPL 2BLXA 4HPEA 4RLMA 1MLCE 1HENA 4OW1A 2W1XA 1Z55A 1B5XA 2EIZC 1DPWA 1B7QA 4NHSA 4O34A 3CT0A 4ETCA 3CSQA 3WMKA 5LVJA 1FBIX 1LHKA 5DLAA 4LT0A 5HMVA 1GFAA 1GB7A 3QNGA 1FLYA 1GHLA 3P68A 1OP9B 1F0WA 5D5FA 4TTDA 3WL2A 3WPKA 2CJLA 1YAMA 4E3UA 3RU5A 1JEFA 1H6MA 1LYZA 4DD1A 1LJJA 1VAUA 1BWJA 1LCNA 3OK0A 2BPUA 1TAYA 1SQ2L 4ANRA 1HFXA 1CJ7A 5KKIA 2ZIKA 5APFA 5C6IA 1YKZX 2BQIA 3A91A 3WU8A 4GCDA 4H9BA 1NWGA 5B59A 4NSIA 2Z12A 3N9AA 2W1YA 5LA5A 4LZTA 2BQFA 4WLXA 1LHLA 4XJBA 1B0DA 1LJGA 1DI3A 1GDXA 1GF7A 2H9KA 2Z2FA 4RW2A 3TXEA 1LHIA 1AKIA 1CKHA 1EQ4A 4XENA 5FSTA 3QE8A 4DWXA 4LYBA 3TXFA 2F30A 4ZIXA 1XGTC 1OUFA 1IP7A 2YBNA 1H87A 3W6FA 2EQLA 1QIOA 1INUA 2F4AA 2H5ZA 4B0DA 1GEVA 2Z38A 4WO6A 4W94A 5IHGA 4HV1A 1XGUC 2W1LA 1OUEA 1TEWA 1LYYA 1WQMA 7LYZA 154LA 4NGIA 1CJ9A 208LA 1JISA 4H8ZA 4HTNA 4B4IA 4DD9A 1LYSA 1GFHA 1HEOA 1XGRC 4HPIA 3B0OA 1GFVA 1DQJC 1GF4A 3WVXA 5KXMA 5FHWA 4Z3MA 133LA 1QSWA 3WPJA 4WOAA 2Z19A 1B2KA 1F10A 3EXDA 4NSGA 2MEGA 4HSFA 3CSRA 2FYCA 2MEHA 3A95A 2XBSA 1B9OA 2F4GA 3TMVA 2H9JA 1JPOA 1FKVA 1LMCA 1QTEA 3A93A 4G9SA 4GCCA 4NGZA 1BB5A 3AGHA 1FLQA 1IP4A 2LYZA 2Z39A 3LYZA 1GE1A 3AB6A 4LYTA 3KAMA 4NSJA 5KXKA 1B5YA 2A7DA 4H9IA 4NGOA 1GF3A 1AM7A 1GFJA 3B6LA 2D4IA 3LYTA 4GN5C 4M4OA 4TX7A 3VWOA 1A4VA 1GE4A 4WM5A 1NF5A 3A90A 1LZTA 1ZVHL 3ATOA 1LZ1A 4NIJA 1OUAA 1PZYA 4OWBA 1XEJA 4YENA 1B5ZA 2MEEA 4GCEA 1FN5A 1J1OY 2MEDA 1A2YC 1HMLA 1QUSA 2HEEA 2FBDA 2RSCA 4I0CA 4WG1A 1B5UA 3EMSA 1REYA 1YKXX 2BQBA 1HEMA 1QDTA 1ZMYL 2CGIA 2IFFY 5KXYA 5FDJA 1GFKA 3AGIA 3LZTA 4WL7A 4H92A 4WLTA 4YF2A 3P64A 3W6DA 2IHLA 1GB3A 1XGQC 4U3XB 3QY4A 5E9RA 1AZFA 4R0FA 2MEAA 3CT5A 1UBZA 4NWEA 4YEOA 2I6ZA 4J7VA 3WH1A 5L9JA 153LA 3MGWA 1MELL 2I26L 3IWRA 2DQIY 1GF8A 1IOQA 1UACY 2HUBA 4PGJB 3TMXA 3TXJA 1BVXA 2HU1A 1WQQA 4B1AA 3W6EA 1HEPA 1LJ4A 1LSPA 3FE0A 1HFZA 4AGAA 2XJWA 1LOZA 4LGKA 2BQJA 5J7CA 3WXUA 2LZ2A 1BQLY 3E3DA 1LJEA 4ETEA 1CNSA 5KXOA 1VDQA 4GCFA 3AZ6A 1LSGA 1T3PA 2BQLA 1GFEA 2BQHA 3A8ZA 3WULA 193LA 1O23A 1QDRA 4OOTA 1B7RA 1GD6A 1DI5A 4WM1A 3CQLA 1IP5A 1LMNA 4HTKA 4BAPA 5B05A 2C8OA 3TXBA 4G4HA 1W08A 3P4ZA 1LZAA 4L41A 3M18B 2N5ZA 2ZIJA 2G4PA 1LSAA 1RI8B 3HFMY 1G7HC 1BB4A 5F81A 1B5WA 3WPLA 1GFTA 1LMQA 1GXV2 1YAOA 1GF6A 4HJZA 1LHMA 5LXWA 4DD0A 1JTOL 1CJ8A 1D0MA 4WO9A 1DKKA 3HBDA 5IELA 1OUDA 3ZVQA 4UWNA 4QEQA 1IX0A 1LHHA 1OUHA 2C8PA 1IVMA 1LJNA 1JUGA 1YROA 2HEBA 1IWWA 4WM4A 5FELA 1TDYA 3TXIA 2D4JA 1GDWA 4ET8A 1HERA 1JKDA 2Z2EA 3GXRA 1KXWA 1UIHA 2HU3A 1V7TA 4N9RA 4XJFA 5HQ1A 5KXXA 2Q0MX 1IC7Y 2YVBA 2DQCY 4LYMA 1JKAA 4LT2A 1KIPC 3EO5A 2MEFA 5EBHA 1FLUA 6LYZA 5B1GA 1IWYA 3LN2A 5F9XA 4RDSA 4CJ2A 1GB5A 3B0KA 5D5CA 1QUTA 4D9ZA 1WTNA 1CJ6A 1HEWA 4WG7A 3GXKA 3A92A 1EQEA 4DC4A 3TXKA 1JJ1A 135LA 1LJFA 3A94A 3J6KA 1DZBX 3G3BB 4TSBA 5DN5A 3CT1A 4J0LA 4B49A 1QQYA 1LZCA 1BWHA 1REMA 4RLNA 3AGGG 1LKSA 3LYMA 1HC0A 1B7PA 1LSMA 1OUGA 4NGKA 4H8YA 1HEQA 3K3TA 5LVHA 5LVKA 3LYOA 1GXXA 207LA 4KPMA 4DDBA 3AW7A 134LA 4NGJA 1VDSA 5I4YA 2YDGA 5B06A 2LYOA 5HMJA 1GAYA 1WQPA 4AXTA 2BQNA 4UWUA 5LYTA 2DQEY 3TMUA 1LJIA 1LZNA 4NWHA 3TMWA 3D9AC 5KXLA 2X0AA 4QGZA 1BB6A 5FCPA 4FDYA 2AUBA 4YM8A 1F6RA 3BKVA 5E4PA 4WMGA 4C3WA 2D91A 1IOSA 1D6PA 4LYZA 3IJUA 4DDCA 5HNCA 5KY1A 3WXTA 1GE2A 1ZV5L 3A96A 3AJNA 5APCA 1GFUA 2DQAA 5DN4A 3ATNA 3ULRA 1KIRC 4G4BA 1JITA 1JJ0A 4ETDA 1BB7A 5APDA 3WUMA 1YAQA 2BQAA 4OWAA 4II8A 5I53A 1UIGA 5KXZA 1G7JC 3N9CA 2BQDA 4Z98A 1W6ZA 1XSFA 1WVUA 1UCOA 4BADA 1IY4A 2DQFC 4MR1A 3AYQA 4N1EI 4MSTA 4TSCA 5F14A 1NDMC 4ET9A 2Z37A 4H9AA 1WVVA 1VDPA 4LFXA 5LVIA 3WVYA 3ZVQB 1GBOA 1LZGA 1XEKA 1FKQA 2Z18A 5A3EA 4Z46A 4H9CA 1LKRA 1HSWA 4NHPA 9LYZA 1IOTA 1NDGC 1XEIA 1GB8A 3SP3A 4KT3A 1IORA 2DKVA 1LZYA 1SLYA 4QY9A 5I4XA 5LAFA 5KXPA 1JTPL 5HNLA 3AZ7A 2DBTA 1RCMA 3CSZA 5KXNA 1BHZA 1GBYA 1LHJA 1HMKA 5II3A 1QTKA 2G4NA 1CKCA 3TXDA 1GB6A 1KXYA 2YBMA 4WL6A 4NFVA 4DDAA 1IR7A 1JKBA 1LMOA 4CFPA 2FBBA 1HELA 4XJHA 1LZ5A 1V7SA 4H93A 1UICA 3F6ZA 2PC2A 1LZ4A 3A6CY 1IWZA 3HBEX 4NGYA 1IC4Y 3W6CA 1QSAA 4IASA 2VB1A 4WM2A 3W3EA 1AT6A 2DQJY 4G4CA 1GF0A 1NQIA 4RW1A 2LZTA 1VEDA 1IR9A 1BGIA 4EOFA 1C7PA 2LYMA 1EQ5A 1JKCA 1OQMA 4HP0A 4N1CC 5I54A 4NHTA 5L3HA 4H1PA 4KL7A 2HEFA 1LZSA 1IY3A 1UA6Y 4KXIA 1J1PY 1VFBC 1LSNA 1YKYX 1OUJA 1GE0A 1LSFA 1LZEA 4H9EA 1BWIA 1LZDA 1B7NA 4G49A 1B7OA 2D4KA 2B5ZA 1TBYA 2BQOA 1IP2A 4IATA 1IWUA 1B7MA 2A7FA 2ZNWY 2Y8PA 1BVKC 1UIBA 194LA 1WQNA 2ZYPA 3BKHA 1NHEA 4NGLA 4WLDA 3TXHA 4DYGA 5LYMA 5M1YA 3RZ4A 1N4FA 3T36A 2G4QA 2DQDY 2D6BA 4P2EA 4WM6A 3A3RX 2EKSC 3TXGA 5K7OA 5LINA 5LAGA 2CWIA 4TWSA 3AW6A 1G7IC 2ZILA 4OWHA 1JWRA 1HNLA 3HBHA 4HTQA 1C10A 2YBLA 3IJVA 1LJ3A 1F6SA 1NMMA 4ETAA 4PPOA 4EMNA 1RE2A 1GBXA 4C5FA 1JSFA 3A6BY 1HF4A 2BQGA 1DPXA 3WUNA 1OUIA 2BQMA 2ZQ3A 4IJ4A 4PRQA 1JJ3A 1GAZA 3LHMA 1ALCA 3ZEKA 1D6QA 1LSEA 1TCYA 5DL9A 1UUZC 1E8LA 3M3UA 1UIEA 5B07A 4CFOA 3WU7A 1IEEA 1DKJA 1C46A 1NBZC 3EBAB 4H9HA 1IR8A 4N8ZA 3P65A 2I25L 4TUNA 4HJYA 5FEKA 5KXRA 1HSXA 3B0IA 2MECA 1LSZA 1BB3A 1YIKA 3B72A 3WW5A 4CHXA 5F16A 1ZVYB 1YL1X 1C45A 2DQHY 4W96A 3FI7A 1GBSA 5C6LA 1G7LC 1PS5A 1AT5A 1DI4A 4LT1A 5ILCA 5KXWA 1UIFA 4FJRA 2YBHA 1C43A 4ETBA 4NG8A 4NSHA 3OJPA 4HV2A 1LJKA 4X3BA 1JSEA 4GCBA 1YILA 4LFPA 5KKJA 2XBRA 1LSBA 1GB9A 3P66A 1D0LA 4J1BA 2XTHA 132LA 1LZRA 1RJCB 5KXSA 4UWVA 1REZA 2BQCA 4H9FA 2BAAA 3A34A 2YSSC 2MEIA 5C6JA 1GBWA 1IC5Y 1IP6A 1LJHA 2ZQ4A 4Z41A 4DT3A 2YBJA 1YANA 5L3IA 1LZ6A 4XYYA 3LZ2A 1GFGA 4HJVA 1T6VL 1B7LA 1LYOA 4MCKA 4WM3A 4OOOA 1JHLA 4H90A 4R6CA 3WYHA 5I4WA 1LAAA 5ILFA 5AMYA 2LHMA 1VATA 6LYTA 1GF5A 4NG1A 1EL1A 1UIAA 2ZWBA 5DM9A 3CB7A 1D0KA 4H8XA 3W6BA 1LZBA 1B5VA 2YBIA 4GLVA 3D3DA 1LZ8A 4WLYA 3AZ4A 5IDDA 1YL0X 4YOPA 4I8SA 5F9UA 4N5RA 1G7MC 4XJGA 3WU9A 2NWDX 4DD7A 1UC0A 4A7DA 4B4JA 2DQGY 1CKDA 2FYDA 1LMPA 5LA8A 4PJ2C 1DXJA 5B1FA 1JIYA 4NEBA 1I20A 5I5QA 1GPQC 5KJ9A 2ZNXY 1HFYA 4BAFA 2F2NA 1LZ9A 4NGWA 4XJIA 8LYZA 4NHQA 5HLLA 5KXTA 1FDLY 1LSYA 1GB0A 2BLYA 5APEA 1GFRA 1OUBA 1FLWA 3AZ5A 1LMAA 2HECA 1GWDA 2GV0A 1IOCA 1GE3A 1OUCA 4NHIA 3W6AA 4NY5A 4DD3A 4N0JA 2W1MA 3G3AB 4XADA 5JENB 2CDSA 4ZFPA 1XGPC 2HEAA 4OWEA 4GLAA 3RNXA 1I56A 4DD2A 1LTMA 3A3QA 4YEMA 2ZYCA 5T3FA 1YAPA 2WARA 2HEDA 5LYZA 2EPEA 5A3ZA 3A67Y 1WQOA 1IWTA 4XN6A 1IO5A 1LSDA 5LVGA 1VDTA 1D9UA 4OWCA 4H91A 1LSCA 2HTXA 4B4EA 1HHLA 4PRUA 1GBZA 1GEZA 1JTTL 2BQKA 3RT5X 3WUAA 4XJDA 1GB2A 3J4GA 2BQEA 4H94A 1IP1A 4PHIA 1B7SA 1IWVA 1KIQC 4J1AA 1GF9A 1I1ZA 3T6UA 1CKFA 1J1XY 4LYOA 4NGVA 4BS7A 1KXXA 1WTMA 5LIOA 1LPIA 3RW8A 1YQVY 1C08C
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RFPA 1LMTA 4M6DA 1Z55A 2EIZC 4O34A 3CT0A 3CSQA 3WMKA 5LVJA 3QNGA 1OP9B 5D5FA 146LA 222LA 188LA 2CJLA 168LA 1YAMA 1LYZA 1LJJA 1BWJA 5KKIA 2ZIKA 3A91A 233LA 1LYFA 2HUMA 4GCDA 1NWGA 1G0PA 1D2WA 2Z12A 3N9AA 5LA5A 2BQFA 4XJBA 1DI3A 2H9KA 2Z2FA 1CKHA 1EQ4A 3C83A 2YBNA 1QIOA 2H5ZA 3HTFA 1P56A 1GEVA 1QT8A 244LA 4HV1A 1XGUC 2W1LA 4EKPA 4I7NA 4NGIA 1CUPA 1L84A 1G07A 4HPIA 1GFVA 3WVXA 3C7WA 2Z19A 1B2KA 1F10A 3GUPA 3L2XA 4NSGA 4ARPA 3TMVA 1JPOA 3A93A 4G9SA 4ZIXA 3AGHA 1C6EA 4NSJA 1SWYA 4NGOA 1AM7A 1L62A 1NF5A 1QS5A 2ANXA 1FN5A 1J1OY 1QUSA 2RSCA 3WXUA 3EMSA 1YKXX 1QDTA 1GFKA 3AGIA 142LA 4WL7A 3W6DA 1GB3A 5E9RA 4NWEA 4YEOA 153LA 4J7VA 5L9JA 3MGWA 241LA 1LI6A 1CU6A 2I26L 1GF8A 1UACY 1CV1A 1L10A 1WQQA 4B1AA 113LA 3W6EA 3FE0A 175LA 1HFZA 3HDEA 5J7CA 3RUNA 1BQLY 3E3DA 1CNSA 1VDQA 3AZ6A 1LSGA 1LW9A 3WULA 193LA 1QDRA 1B7RA 1LZAA 2N5ZA 1B5WA 1GXV2 3C8RA 234LA 4HJZA 1LHMA 5LXWA 4DD0A 4WO9A 1DKKA 5IELA 1OUDA 1C66A 4QEQA 4ET8A 3GXRA 1L92A 4N9RA 1V7TA 5KXXA 2YVBA 4LYMA 2CUUA 5EBHA 4RDSA 1GB5A 5D5CA 140LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GN3 A;  1IIZ A;  1P2C C;  4LT3 A;  4GN4 A;  3WW6 A;  4CGE A;  1RFP A;  1LMT A;  1WQR A;  1UID A;  2MEB A;  1IWX A;  4LYC A;  4ZEE A;  3N9E A;  1NBY C;  1REX A;  4ML7 A;  4M6D A;  1IP3 A;  1NKH A;  4QDN A;  1CKG A;  1XFP L;  2BLX A;  4HPE A;  4RLM A;  1MLC E;  1HEN A;  4OW1 A;  2W1X A;  1Z55 A;  1B5X A;  2EIZ C;  1DPW A;  1B7Q A;  4NHS A;  4O34 A;  3CT0 A;  4ETC A;  3CSQ A;  3WMK A;  5LVJ A;  1FBI X;  1LHK A;  5DLA A;  4LT0 A;  5HMV A;  1GFA A;  1GB7 A;  3QNG A;  1FLY A;  1GHL A;  3P68 A;  1OP9 B;  1F0W A;  5D5F A;  4TTD A;  3WL2 A;  3WPK A;  2CJL A;  1YAM A;  4E3U A;  3RU5 A;  1JEF A;  1H6M A;  1LYZ A;  4DD1 A;  1LJJ A;  1VAU A;  1BWJ A;  1LCN A;  3OK0 A;  2BPU A;  1TAY A;  1SQ2 L;  4ANR A;  1HFX A;  1CJ7 A;  5KKI A;  2ZIK A;  5APF A;  5C6I A;  1YKZ X;  2BQI A;  3A91 A;  3WU8 A;  4GCD A;  4H9B A;  1NWG A;  5B59 A;  4NSI A;  2Z12 A;  3N9A A;  2W1Y A;  5LA5 A;  4LZT A;  2BQF A;  4WLX A;  1LHL A;  4XJB A;  1B0D A;  1LJG A;  1DI3 A;  1GDX A;  1GF7 A;  2H9K A;  2Z2F A;  4RW2 A;  3TXE A;  1LHI A;  1AKI A;  1CKH A;  1EQ4 A;  4XEN A;  5FST A;  3QE8 A;  4DWX A;  4LYB A;  3TXF A;  2F30 A;  4ZIX A;  1XGT C;  1OUF A;  1IP7 A;  2YBN A;  1H87 A;  3W6F A;  2EQL A;  1QIO A;  1INU A;  2F4A A;  2H5Z A;  4B0D A;  1GEV A;  2Z38 A;  4WO6 A;  4W94 A;  5IHG A;  4HV1 A;  1XGU C;  2W1L A;  1OUE A;  1TEW A;  1LYY A;  1WQM A;  7LYZ A;  154L A;  4NGI A;  1CJ9 A;  208L A;  1JIS A;  4H8Z A;  4HTN A;  4B4I A;  4DD9 A;  1LYS A;  1GFH A;  1HEO A;  1XGR C;  4HPI A;  3B0O A;  1GFV A;  1DQJ C;  1GF4 A;  3WVX A;  5KXM A;  5FHW A;  4Z3M A;  133L A;  1QSW A;  3WPJ A;  4WOA A;  2Z19 A;  1B2K A;  1F10 A;  3EXD A;  4NSG A;  2MEG A;  4HSF A;  3CSR A;  2FYC A;  2MEH A;  3A95 A;  2XBS A;  1B9O A;  2F4G A;  3TMV A;  2H9J A;  1JPO A;  1FKV A;  1LMC A;  1QTE A;  3A93 A;  4G9S A;  4GCC A;  4NGZ A;  1BB5 A;  3AGH A;  1FLQ A;  1IP4 A;  2LYZ A;  2Z39 A;  3LYZ A;  1GE1 A;  3AB6 A;  4LYT A;  3KAM A;  4NSJ A;  5KXK A;  1B5Y A;  2A7D A;  4H9I A;  4NGO A;  1GF3 A;  1AM7 A;  1GFJ A;  3B6L A;  2D4I A;  3LYT A;  4GN5 C;  4M4O A;  4TX7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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