2BQHA

Contribution of hydrophobic effect to the conformational stability of human lysozyme
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNAAHLSCSALLQDNIADAVAAAKRVVRDPQGIRAWAAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A general rule for the relationship between hydrophobic effect and conformational stability of a protein: stability and structure of a series of hydrophobic mutants of human lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 50
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2bqhA00
1ZV5L 194LA 1C45A 1LKSA 153LA 4L41A 1D9UA 1LHIA 1LMNA 1IWXA 4NY5A 1JWRA 4DD2A 1OUEA 5LA5A 5HQ1A 4LT2A 134LA 5KXNA 4I8SA 2BPUA 1C46A 1IP5A 1G7MC 2X0AA 1FKQA 3B0OA 4HSFA 1I56A 4BADA 1EQEA 2MEAA 1BB3A 1GEVA 1LZAA 3D3DA 5B1FA 3LZ2A 1C43A 2YBJA 4WG7A 5C6IA 4NGKA 4IASA 4DWXA 4Z3MA 4OOTA 3BKVA 5APFA 5HLLA 1GFTA 1W6ZA 5HMJA 1GB2A 1F6RA 4II8A 4ZIXA 1QTEA 5LVJA 2H9KA 1BB6A 1LJEA 4ETBA 2YDGA 1LZSA 1GD6A 2D4IA 1JKDA 3WVXA 3B72A 3WU7A 4YOPA 1IVMA 1GFEA 1LTMA 4WLXA 1LSZA 1WQPA 2YBHA 2ZWBA 3W3EA 4HPIA 3A34A 1BGIA 3QY4A 2MEDA 1GF9A 3P66A 1GXXA 1LZEA 1IP6A 1B7OA 1JISA 1GF5A 4WLTA 1LMOA 1B5YA 1LSAA 1IP2A 1FLUA 1N4FA 1QUTA 3FI7A 3P65A 4GLVA 4NEBA 4PRUA 4TWSA 2YBIA 1REXA 4NSHA 4LT3A 4OWCA 3CSQA 4NWEA 5LAGA 4R6CA 1RFPA 1ALCA 2DQFC 1NDGC 5D5FA 4NGOA 1QUSA 5I54A 1JJ0A 1B7SA 4N1EI 1LHMA 1LYOA 4RLMA 4Z46A 1LPIA 1J1XY 1ZVYB 1Z55A 1LJKA 1LZ8A 2PC2A 4LFPA 3TXIA 1B7LA 4TTDA 3WMKA 4MR1A 2LYMA 5D5CA 4A7DA 1GB9A 3TMXA 1YAQA 1RJCB 2ZIKA 1YILA 3F6ZA 1B7MA 4NHPA 1JPOA 3LYZA 3RT5X 5KXXA 1JSFA 4WO6A 3K3TA 1JITA 2BLXA 3AGHA 1F10A 4G49A 2LZTA 5IDDA 4O34A 1YAMA 2Z2EA 1KIRC 1OUJA 2DQJY 1LZCA 1UIHA 4FJRA 1B2KA 1HMKA 2Z38A 5T3FA 1GBZA 1JJ3A 6LYTA 3CB7A 1D0LA 1LSPA 1TDYA 1OP9B 1IEEA 4HTKA 3WL2A 4LYMA 1LHJA 1LMTA 5I5QA 132LA 2HEAA 1UBZA 4QEQA 2G4NA 1J1OY 2ZIJA 3WULA 4N9RA 3WXUA 1LKRA 4DD3A 4ETDA 4GCBA 1LSFA 1GFHA 1CNSA 5APCA 1LZYA 3A92A 1H87A 3AB6A 4MSTA 1LZ4A 4NGVA 1LSNA 1LSYA 2FBBA 1FDLY 1GF7A 1LZBA 4NFVA 1GHLA 1UIEA 5II3A 1MELL 3AGIA 4WOAA 1AZFA 1FLWA 2BQNA 4NG1A 3WUNA 2F30A 1B7QA 4G9SA 4WL7A 4XJDA 2XTHA 4GCFA 3OK0A 2MEEA 4E3UA 5ILFA 1G7LC 2F4GA 4KL7A 1AM7A 4N1CC 5LIOA 3TXGA 1GBYA 1UCOA 2HECA 3LYOA 1LHHA 4GCEA 1BQLY 1LSBA 1WTNA 4B4JA 1OUHA 5A3ZA 1B5WA 1JKAA 3M3UA 3QE8A 1GAYA 5LINA 2RSCA 3E3DA 3LYMA 3RW8A 1QIOA 2HTXA 1GB8A 1VEDA 5F9UA 2HEEA 5DL9A 5I53A 1YAPA 1KIQC 5B1GA 5LYZA 1NMMA 5I4YA 1NBZC 208LA 4WG1A 1LSEA 1WQQA 5KXMA 5LVHA 4DDBA 1IWVA 3TXHA 1I1ZA 5LVKA 4CGEA 4GCDA 4CFOA 4DC4A 4KPMA 4KT3A 1ZMYL 2A7DA 5LXWA 1C10A 3AW7A 8LYZA 1HF4A 1B0DA 1EQ4A 1UA6Y 1YIKA 1YKZX 1GF0A 2I26L 3BKHA 5FCPA 1BWHA 5KXLA 1NKHA 2Z18A 2XBRA 1LJ3A 1GE0A 4IJ4A 4WLYA 1GE3A 1XEKA 4UWVA 1DI5A 1PZYA 3HFMY 2WARA 5F81A 1HSWA 7LYZA 3ULRA 1HFYA 4DDCA 4YF2A 1HNLA 1HEMA 2NWDX 1IC5Y 2ZNXY 135LA 2D91A 1LMCA 1JKCA 2EKSC 4OW1A 1NHEA 5KXPA 5LVGA 1JSEA 5B05A 2BQKA 1IP1A 1H6MA 4HPEA 1DQJC 3J6KA 4XYYA 1IO5A 5B07A 4G4BA 1VDPA 1HSXA 1VAUA 2ZYCA 3LHMA 1CJ7A 4NSJA 1LAAA 2ZQ4A 5LVIA 1LJGA 3VWOA 1JUGA 1V7TA 1WVVA 4NGLA 1LSMA 1QSWA 1HFXA 1LCNA 4EOFA 3CSZA 2D4KA 4ETCA 2LZ2A 1LYZA 2CGIA 5KKJA 4PPOA 4ANRA 1CKDA 4XENA 3CT1A 5LYTA 1GFJA 1XGUC 2W1YA 5LAFA 1W08A 5KXYA 3CQLA 5EBHA 1BWJA 2AUBA 4C5FA 1GE1A 1BWIA 5KXTA 3CT5A 2DBTA 1IP3A 1RE2A 1XGRC 2Q0MX 3A6CY 4FDYA 4J0LA 4CFPA 1GE4A 4DD1A 5KXOA 5IHGA 1BB5A 3A95A 1DKKA 2BQFA 1RCMA 1UIFA 4RW2A 4WL6A 1LHLA 1P2CC 4LT0A 1LJ4A 1UC0A 1YKYX 4DDAA 1IC7Y 4H9IA 5JENB 5F9XA 1LOZA 1OUDA 2BLYA 2HU3A 3A3RX 4NWHA 1IR7A 4NHSA 3P68A 2HUBA 4OWAA 5KXWA 1LZ9A 4AXTA 5I4WA 4NGZA 1JTOL 2C8OA 2BQGA 4G4CA 1BB4A 1CKGA 1LMPA 1OUFA 2D6BA 2I25L 4IATA 4DD7A 3SP3A 1T3PA 1GWDA 3W6FA 3QNGA 1XGQC 4NGJA 5A3EA 4LYTA 1HFZA 1GPQC 1NWGA 4H93A 1LZ6A 1CKFA 1JTTL 3N9EA 1LSGA 2GV0A 1KXWA 1KIPC 3P4ZA 5APDA 5M1YA 1NDMC 4NSGA 3AZ7A 2EIZC 1I20A 2BQOA 3OJPA 4PJ2C 1E8LA 3LN2A 4GN5C 1DKJA 1LHKA 2MEBA 1XFPL 3W6BA 3GXRA 2G4PA 1NF5A 2EQLA 4LGKA 3A96A 1IP7A 1IWYA 1LZGA 5B59A 1HELA 5FDJA 2BQDA 1NQIA 2A7FA 3AZ6A 4Z41A 1CJ6A 2H9JA 1LJJA 4HV1A 4LFXA 3IWRA 1GDXA 2DQAA 5K7OA 2FBDA 5DM9A 3IJUA 1IWUA 3IJVA 1HEOA 4HTQA 1QTKA 4HJVA 3A90A 4HTNA 3CSRA 5KXZA 3AW6A 1LZ5A 2CDSA 3TXKA 4GCCA 1LJHA 2ZYPA 4NGWA 4Z98A 5FSTA 2VB1A 5L3HA 3GXKA 3EMSA 1GF3A 1BHZA 2W1MA 1IX0A 1OUAA 4LT1A 207LA 4WM1A 3EBAB 1F6SA 1BVXA 5FELA 3WH1A 4DYGA 1JIYA 1WQMA 1BVKC 4LYOA 1XEIA 4YEMA 2IFFY 3WW5A 3HBEX 4LZTA 4NG8A 4ET8A 1GFKA 2G4QA 9LYZA 4XJHA 1HMLA 3TXBA 1D0MA 4BAFA 1UUZC 2DQHY 4B1AA 1YKXX 1YL1X 1IY4A 3KAMA 3WPKA 1O23A 1XGPC 1HERA 1HEPA 4DD0A 4EMNA 1HEQA 1B5XA 1UIBA 4NIJA 5DLAA 2BQLA 1OQMA 1QDTA 5B06A 4YEOA 2N5ZA 3G3BB 1FN5A 2YBMA 1LYYA 2BQCA 4H9HA 4ETAA 1LZTA 1MLCE 5KXSA 1DPXA 2XJWA 4J1BA 1C7PA 2F4AA 4XJGA 4M6DA 2DQCY 4TX7A 4OWBA 5HNLA 1TEWA 4NHIA 3WVYA 4BS7A 1RI8B 1AT6A 4GN4A 4NSIA 1YANA 1UIAA 4YENA 3RNXA 1DI3A 1QDRA 1LSDA 4H94A 4H9CA 4WM5A 2BQBA 2BQIA 2BQHA 1JJ1A 1LZRA 1B5ZA 3ZVQB 3ATNA 1XSFA 1GFRA 2BQMA 2W1XA 2ZNWY 4WO9A 1LMQA 2HU1A 1WVUA 1REYA 2MEGA 3B0IA 1SQ2L 2W1LA 1YQVY 4NHTA 4B49A 4HJYA 5F14A 1LZNA 1LJFA 1IOTA 1IOCA 1GFAA 2Z12A 1G7HC 3N9CA 4PHIA 1B9OA 2Z2FA 4W94A 4N5RA 1GF8A 3RZ4A 1CKHA 1WQOA 1YAOA 3TXJA 4J1AA 1JHLA 1HEWA 4M4OA 2IHLA 4LYCA 1IOSA 4H91A 4H92A 4D9ZA 1JTPL 2MEIA 1IIZA 3TXEA 1IWWA 5I4XA 4RW1A 3WUAA 3TMWA 1YROA 133LA 5FEKA 2H5ZA 2ZILA 4H1PA 4UWNA 3WUMA 1GE2A 2Z19A 1JEFA 2FYCA 2HEDA 5LA8A 1G7JC 1GFGA 5AMYA 4H8YA 4DD9A 1OUBA 4QY9A 5IELA 1FBIX 5C6LA 2CWIA 4NGIA 4WM4A 1VATA 1B7PA 4ML7A 3EO5A 4QGZA 1BB7A 1LJNA 1OUGA 4OWHA 1C08C 4PRQA 3WPJA 4B4IA 1CJ8A 1GBOA 5L9JA 1B7RA 1YL0X 6LYZA 2YBNA 1QSAA 1WTMA 1VDTA 2YBLA 3LYTA 4H8XA 4WMGA 4R0FA 1GEZA 3A8ZA 1VDQA 1HC0A 5F16A 4XJIA 1SLYA 1FLYA 4LYZA 4TSCA 1LMAA 1IWZA 2C8PA 1GBXA 3AYQA 1LYSA 3W6EA 4HJZA 4KXIA 1UACY 3EXDA 4QDNA 5J7CA 3AGGG 1LZDA 4BAPA 1CJ9A 2DQIY 1GB7A 1GFVA 1IR8A 4GN3A 3TMUA 3W6AA 5HMVA 5E4PA 3B0KA 5KXKA 1OUIA 5KY1A 2BQEA 1QQYA 3G3AB 3TXDA 2EPEA 2BQJA 154LA 4RLNA 3AZ4A 1XEJA 3A67Y 1B5UA 4OOOA 1TCYA 2MEHA 4DT3A 1IWTA 1GAZA 4NGYA 3HBHA 2MECA 4U3XB 1AT5A 2CJLA 3ZVQA 2Y8PA 4N0JA 1IY3A 1A4VA 2MEFA 4C3WA 5DN5A 1GB0A 1LJIA 4B0DA 1VDSA 1HHLA 1D6PA 4H9BA 4N8ZA 3WU9A 1REZA 3B6LA 1IORA 4CJ2A 4PGJB 1D0KA 3M18B 4TUNA 1GF4A 3T6UA 4ZEEA 4XADA 4RDSA 2FYDA 4ZFPA 2DQGY 5E9RA 1PS5A 2BAAA 4WLDA 1J1PY 5KXRA 1A2YC 1GB6A 3TMVA 1UICA 5KJ9A 1IOQA 5KKIA 4WM6A 3AZ5A 3TXFA 1T6VL 2YSSC 1OUCA 4B4EA 5FHWA 1EQ5A 1DZBX 1B5VA 5L3IA 1HENA 3WW6A 4NHQA 3T36A 3ZEKA 3A94A 4WM3A 1UIDA 3A6BY 3A93A 2HEBA 4MCKA 1V7SA 5DN4A 1IP4A 5HNCA 2BQAA 4LYBA 1DI4A 1NBYC 4P2EA 1WQRA 3MGWA 3N9AA 4XJBA 193LA 3J4GA 1WQNA 1B7NA 4XJFA 2Z39A 2ZQ3A 1XGTC 4TSBA 1IC4Y 1TBYA 4CHXA 4J7VA 1EL1A 3LZTA 1UIGA 2B5ZA 2D4JA 1INUA 3FE0A 5APEA 3P64A 3A91A 4ET9A 5ILCA 1GBWA 1GXV2 4HP0A 4WM2A 4GLAA 1CKCA 1GFUA 3WXTA 4YM8A 3D9AC 1GF6A 4H9EA 2HEFA 2DKVA 4OWEA 3W6CA 4H9FA 3AJNA 5LYMA 2LHMA 1D6QA 1DXJA 1GDWA 3ATOA 4H8ZA 1GBSA 3CT0A 5C6JA 2DQDY 1GB5A 4H9AA 1LZ1A 4XN6A 3WU8A 1REMA 1GB3A 2XBSA 4ETEA 3WYHA 4H90A 1FLQA 1G7IC 2YVBA 1F0WA 4W96A 2I6ZA 1FKVA 1AKIA 2F2NA 3WPLA 1LSCA 1IR9A 2LYZA 2DQEY 4UWUA 3W6DA 2Z37A 3RU5A 1TAYA 1ZVHL 2LYOA 4HV2A 1KXXA 3A3QA 1JKBA 1DPWA 1VFBC 3HBDA 4G4HA 4AGAA 4I0CA 1KXYA 4X3BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
214LA 1D9UA 1LHIA 3HTFA 1L43A 4AQNA 1C6PA 1EPYA 2BPUA 2Z6BA 1IP5A 4I7SA 1I56A 4BADA 1EQEA 2YBJA 129LA 1CUPA 3BKVA 3HH5A 233LA 219LA 1QTEA 2H9KA 3C83A 2D4IA 3WVXA 3WU7A 1LTMA 1WQPA 3HT9A 1C6CA 2L78A 4I7TA 2RAYX 1GXXA 1LZEA 4WLTA 1B5YA 1N4FA 3FI7A 1REXA 1C6BA 146LA 5LAGA 1L48A 1CV0A 1NDGC 1QUSA 152LA 1JJ0A 4Z46A 4RLMA 1L39A 1L10A 1ZVYB 1LJKA 2PC2A 1B7LA 3WMKA 1L80A 5D5CA 1QSQA 1GB9A 2B6ZA 1YILA 1C6DA 1JPOA 3K3TA 4G49A 1F10A 2LZTA 3DMZA 5IDDA 234LA 1L58A 1LZCA 4FJRA 1LHJA 132LA 2HEAA 1UBZA 3WXUA 2ZIJA 1G1VA 4DD3A 1LSFA 1LSNA 1LSYA 206LA 1OV5A 3FI5A 2B6XA 3AGIA 1FLWA 4NG1A 4WL7A 4E3UA 2MEEA 5LIOA 1AM7A 3TXGA 1GBYA 1UCOA 3LYOA 5A3ZA 1LSBA 2B75A 4B4JA 1B5WA 229LA 3QE8A 3E3DA 1OV7A 1GB8A 2HEEA 1YAPA 1KIQC 1NMMA 4EKPA 1I1ZA 1C6MA 4CFOA 2A7DA 1HF4A 3DN6A 2I26L 1GF0A 1KS3A 1L24A 4IJ4A 4WLYA 3C7WA 4I7MA 2ZNXY 2D91A 1LMCA 1JSEA 2BQKA 4HPEA 3J6KA 1IO5A 4G4BA 1LYEA 1QTVA 5LVIA 1LJGA 1V7TA 4NGLA 1XEPA 258LA 2D4KA 1CKDA 1GFJA 1XGUC 5EBHA 1BWJA 2AUBA 3FA0A 3DN4A 3CT5A 4W55A 1IP3A 3DN2A 2Q0MX 3A95A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ZV5 L;  194L A;  1C45 A;  1LKS A;  153L A;  4L41 A;  1D9U A;  1LHI A;  1LMN A;  1IWX A;  4NY5 A;  1JWR A;  4DD2 A;  1OUE A;  5LA5 A;  5HQ1 A;  4LT2 A;  134L A;  5KXN A;  4I8S A;  2BPU A;  1C46 A;  1IP5 A;  1G7M C;  2X0A A;  1FKQ A;  3B0O A;  4HSF A;  1I56 A;  4BAD A;  1EQE A;  2MEA A;  1BB3 A;  1GEV A;  1LZA A;  3D3D A;  5B1F A;  3LZ2 A;  1C43 A;  2YBJ A;  4WG7 A;  5C6I A;  4NGK A;  4IAS A;  4DWX A;  4Z3M A;  4OOT A;  3BKV A;  5APF A;  5HLL A;  1GFT A;  1W6Z A;  5HMJ A;  1GB2 A;  1F6R A;  4II8 A;  4ZIX A;  1QTE A;  5LVJ A;  2H9K A;  1BB6 A;  1LJE A;  4ETB A;  2YDG A;  1LZS A;  1GD6 A;  2D4I A;  1JKD A;  3WVX A;  3B72 A;  3WU7 A;  4YOP A;  1IVM A;  1GFE A;  1LTM A;  4WLX A;  1LSZ A;  1WQP A;  2YBH A;  2ZWB A;  3W3E A;  4HPI A;  3A34 A;  1BGI A;  3QY4 A;  2MED A;  1GF9 A;  3P66 A;  1GXX A;  1LZE A;  1IP6 A;  1B7O A;  1JIS A;  1GF5 A;  4WLT A;  1LMO A;  1B5Y A;  1LSA A;  1IP2 A;  1FLU A;  1N4F A;  1QUT A;  3FI7 A;  3P65 A;  4GLV A;  4NEB A;  4PRU A;  4TWS A;  2YBI A;  1REX A;  4NSH A;  4LT3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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