2BQKA

Contribution of hydrophobic effect to the conformational stability of human lysozyme
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNAAHLSCSALLQDNIADAVAAAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A general rule for the relationship between hydrophobic effect and conformational stability of a protein: stability and structure of a series of hydrophobic mutants of human lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2bqkA00
4HPIA 1EQ5A 1AT6A 2BQNA 1REMA 1JIYA 1BWIA 1B7QA 1JHLA 4OWBA 4DD3A 2LZ2A 1J1PY 1HMLA 3A3RX 2BQAA 1JTTL 1RFPA 4EMNA 2MEIA 1WQQA 4I8SA 4NGYA 5HLLA 2BQOA 2I25L 3AZ7A 5F14A 2HEBA 4DD1A 2F4GA 1GPQC 4QEQA 4WM4A 3AW6A 4G4HA 4OWHA 4B49A 1YKZX 4H8YA 1GF3A 1B7SA 1C10A 1VFBC 3T6UA 2DQGY 3ZVQA 1XGQC 2Z19A 1ZMYL 1ZVHL 1JPOA 3D3DA 3TXGA 1C46A 1IOCA 1G7JC 1IP1A 4XJBA 1CKCA 1GE3A 3ZVQB 5KJ9A 4NSJA 4TUNA 1UIEA 2CGIA 1HFZA 1QIOA 4G9SA 1GAYA 1G7MC 3P68A 5APFA 3HFMY 3LYOA 3A92A 4BADA 1OUJA 1B7NA 4GCEA 2IHLA 1LMQA 1GB9A 1REXA 5LVIA 5KXKA 1XEKA 4NGZA 3G3BB 4Z98A 4J1AA 4XADA 3BKHA 1G7LC 5KXRA 4TSCA 1DPWA 1WQMA 2Z37A 4HJZA 3LZTA 3W6AA 1LAAA 4O34A 4DD7A 1DKJA 3A94A 5T3FA 5LA5A 1UIDA 208LA 3EO5A 3TXBA 1JWRA 1B7RA 3IJVA 5I53A 1LSDA 1ZV5L 1KXYA 1QTKA 3D9AC 3WL2A 4KPMA 5KXSA 2MEEA 1YQVY 4NWHA 1HHLA 4OOOA 2DQCY 4LZTA 1OUHA 3CSQA 5ILFA 2Z38A 2ZIJA 5LVGA 3EXDA 1HEOA 1GBOA 1LSAA 1GWDA 3WXTA 5KXMA 4H8ZA 1LZDA 4G49A 4PGJB 2LYMA 8LYZA 2PC2A 1IY4A 3AB6A 1YROA 4ETAA 2YBIA 4MR1A 1G7IC 1LZCA 1JTOL 2LHMA 2Z2EA 3CT1A 1LHLA 5B07A 2HEFA 5AMYA 1LJ3A 4DDBA 1KXXA 3AZ5A 5J7CA 4CFOA 1YKYX 1WQNA 2IFFY 1IWYA 4NSGA 4AGAA 4WO6A 2D6BA 3RU5A 1O23A 1TBYA 1AZFA 1BB3A 2Q0MX 1QDRA 4H1PA 4WO9A 3P64A 1GE0A 4CFPA 4ETEA 3G3AB 132LA 5DN5A 1CJ9A 3CT0A 5KY1A 1JJ0A 1B9OA 1MLCE 1NKHA 4NGIA 4FJRA 2D4JA 1IOSA 3WMKA 5APDA 1CNSA 2BQBA 4H92A 3AJNA 2BLXA 1UIAA 1EQ4A 4NEBA 3VWOA 1IC7Y 1E8LA 1GDWA 1HSWA 1VEDA 2EIZC 3AW7A 3TMUA 1IP2A 1D0KA 2G4QA 3AZ6A 5FDJA 5B1GA 5K7OA 4ET8A 1JSFA 2FBBA 3WU9A 4XJDA 1DPXA 1TEWA 1XFPL 1V7SA 4WG7A 4YENA 2CJLA 3J4GA 4CJ2A 1HFYA 3K3TA 1B7MA 4GN4A 1J1XY 5FHWA 1B5UA 1GEZA 1NBZC 4LGKA 5F16A 3WPKA 1XGRC 1LMPA 5DLAA 4YM8A 1UIFA 3WU8A 4XYYA 1XGPC 1LSCA 1IR9A 1YAMA 4RLNA 4XJFA 2C8OA 1KIQC 2BQFA 2ZWBA 1HELA 1LMAA 3B0OA 3HBDA 4H93A 4QGZA 4W94A 4OW1A 4ZEEA 1VDSA 2ZYPA 5JENB 2MECA 1WQOA 3P66A 1GFTA 5DM9A 3RNXA 4WLDA 5KXXA 1NDGC 4RW2A 4ML7A 3TXDA 2LYOA 3BKVA 1ZVYB 2HEEA 1LCNA 1LZ5A 1LHJA 3AGGG 4CGEA 1D6QA 1LMCA 1GD6A 1HMKA 3TMXA 1VDQA 4NGVA 1IP3A 2YVBA 4YOPA 1IWWA 1GF7A 2ZILA 207LA 1LZEA 4HTNA 4J1BA 5LXWA 3N9EA 4PPOA 1GB0A 1QQYA 2DQJY 3CB7A 5KKJA 1HC0A 4NGWA 3LYZA 3WYHA 1LJEA 5FCPA 4GCFA 5B59A 3HBEX 1IR8A 3W3EA 4NHSA 5DN4A 1UICA 5B1FA 4EOFA 1LKSA 1GFAA 3W6FA 5KXWA 2DBTA 4PHIA 3WH1A 4BS7A 1KXWA 1B5XA 1FBIX 4J0LA 4C3WA 1C08C 1LTMA 2FBDA 2D4IA 1XEIA 4II8A 4TX7A 1JKBA 1GBSA 1OUDA 1W6ZA 1YKXX 5FELA 2LZTA 3GXRA 4H9HA 1LJJA 1CJ6A 1QUSA 2YBJA 1I1ZA 1GF0A 1IOTA 3B72A 4LFXA 5HMVA 1IC5Y 1B5YA 1REZA 2EQLA 3CT5A 1WVVA 5F9UA 2I6ZA 1AT5A 1IP5A 4R6CA 4QY9A 1FLWA 3A90A 3IJUA 3A6BY 4WOAA 5C6LA 153LA 1SQ2L 1C45A 1HEMA 5LVKA 2C8PA 1DI5A 1GB7A 1H6MA 2BQLA 4G4CA 1HFXA 4ZIXA 1I20A 4WLYA 1BVKC 4WM3A 1UIBA 2ZYCA 1HSXA 1OQMA 4AXTA 4MCKA 3QE8A 4NGOA 2AUBA 2ZIKA 1LSYA 2MEHA 1FKVA 4WL7A 2DQIY 1DZBX 4WM1A 1LSFA 5HNLA 5E4PA 4KL7A 2RSCA 3LYMA 4XJHA 1LZ1A 2BQGA 1YL1X 4J7VA 1XSFA 4GCDA 4DD2A 4H9AA 4NSIA 1IR7A 4H9IA 1CKDA 5KXLA 3WPLA 1GE2A 3WVYA 1OUIA 1LYZA 1I56A 4CHXA 4H8XA 4HJYA 4HJVA 1D0MA 1LPIA 1WTNA 3B0KA 3MGWA 4WLTA 3WULA 1KIPC 5FEKA 1XGUC 4D9ZA 2YSSC 1CKGA 2A7FA 1GFHA 1FDLY 1D0LA 4LT2A 1BQLY 1PZYA 1JEFA 3A95A 4NGKA 4WM6A 1T3PA 1LMTA 1IWUA 1OUEA 2W1YA 3M3UA 1QSWA 1JUGA 2XTHA 4OWCA 4ETDA 4HSFA 1WVUA 1ALCA 3TXEA 4NGJA 1YL0X 1DXJA 1RJCB 4L41A 3FI7A 1NMMA 2EPEA 1YANA 194LA 1NQIA 1LZ8A 1NWGA 4HTKA 3KAMA 1XGTC 1B5VA 2BQHA 4OWEA 1OP9B 3M18B 1JTPL 4HTQA 1JSEA 3W6EA 5LYMA 4WLXA 3A96A 2XBSA 4ET9A 3TXKA 3A34A 1C7PA 2YDGA 5APEA 5IELA 3AZ4A 4LYBA 5APCA 4A7DA 5C6IA 3A93A 2X0AA 4RLMA 6LYTA 1LYSA 4HV1A 4NWEA 5I5QA 1HEPA 1QUTA 4NG1A 4RW1A 4NY5A 3TXFA 3TXJA 4XN6A 4HV2A 2VB1A 4DC4A 4IATA 4N5RA 3LN2A 1JISA 4NHIA 3A6CY 1GAZA 1LSGA 4M4OA 1GFJA 1NF5A 4H9FA 3ZEKA 1LZGA 1B0DA 1DI4A 5LAFA 7LYZA 4N0JA 4PJ2C 1QSAA 1AM7A 1FLYA 1GFEA 1LHHA 1LZ6A 3OK0A 5KXPA 5KXYA 4ANRA 1LMNA 5M1YA 1GFVA 1OUBA 4G4BA 1LZNA 3B0IA 1WQPA 3J6KA 4PRQA 1BVXA 1LHKA 1V7TA 3HBHA 1A4VA 1BHZA 5LYTA 1LSEA 5IHGA 3A8ZA 4WG1A 5C6JA 1GF9A 4NSHA 1Z55A 3AGIA 4C5FA 3A91A 1INUA 1GDXA 2CWIA 4B4IA 1LOZA 1T6VL 1C43A 1JKAA 4W96A 1GBYA 5L9JA 4DDAA 4N8ZA 5I4YA 3W6CA 1GBXA 1GFGA 2HTXA 2YBNA 3EMSA 4U3XB 1GE1A 2H5ZA 3TXHA 5L3HA 4N9RA 4ZFPA 1JKCA 1NHEA 4OWAA 2F4AA 1RE2A 1TAYA 1YAPA 1BWJA 3CSRA 4GCBA 4P2EA 1GXV2 3CSZA 1F6RA 1MELL 1GHLA 4GN3A 4QDNA 2Z2FA 1TDYA 1LZSA 4IASA 5A3ZA 1OUCA 1LSMA 1LZAA 3FE0A 5I4WA 5LINA 2XBRA 1GB2A 1IWXA 3WU7A 4YEMA 1GB8A 5KXZA 4B4EA 2B5ZA 2Z18A 1IY3A 1B7OA 1F6SA 4LYZA 3ULRA 5KKIA 1JJ1A 3QY4A 3W6BA 5KXTA 5LVJA 1GBZA 2HU1A 154LA 1GBWA 2Z39A 3F6ZA 1LJNA 4NG8A 5F9XA 1GF8A 1BB7A 2BQJA 1LSPA 1LSNA 2GV0A 1B7PA 135LA 3WPJA 4Z41A 2H9KA 3WVXA 1LZYA 1B2KA 1B5WA 4LYOA 2YBLA 1LSBA 2HUBA 2DQAA 4DDCA 1VATA 4H9CA 4UWVA 4DT3A 2ZQ4A 1IIZA 2H9JA 1BB4A 4IJ4A 3A3QA 3B6LA 1OUAA 2BQKA 3CQLA 1BB6A 3EBAB 5B05A 1D9UA 1UA6Y 2DQHY 3WW5A 5F81A 4ETBA 1EQEA 1FN5A 3TMVA 1PS5A 3IWRA 1IO5A 4DYGA 3RZ4A 1YILA 1YAOA 133LA 4KXIA 5ILCA 2CDSA 3AGHA 4H9BA 2BPUA 3SP3A 1IWZA 4OOTA 1IWTA 5D5CA 2I26L 1CJ8A 4BAFA 2BAAA 4M6DA 1VAUA 3ATNA 1A2YC 2HEAA 4RDSA 5LIOA 4BAPA 4MSTA 1VDTA 5FSTA 4DD9A 1IORA 5KXNA 5I54A 1LJIA 5KXOA 5LA8A 1GE4A 4GCCA 1UCOA 1GB6A 1LHMA 1LJKA 2D4KA 4LYTA 3AYQA 4NHTA 4LFPA 3WUAA 1UUZC 1GF6A 2ZQ3A 1D6PA 1LZRA 1J1OY 4LT0A 1LZBA 1IOQA 2BQIA 1DI3A 4XJIA 3T36A 3RT5X 5HQ1A 1GB3A 1IVMA 4XJGA 2DKVA 4DD0A 1UBZA 3WUMA 4WM5A 5I4XA 1UACY 5LYZA 2A7DA 4TSBA 2BLYA 3LZ2A 4NIJA 1LJGA 2LYZA 2EKSC 2MEGA 2WARA 2HU3A 2FYCA 4GLAA 1IWVA 1RI8B 1UIGA 1F0WA 5HMJA 4LYCA 1CKHA 5LVHA 1P2CC 2G4NA 4PRUA 1HEWA 1KIRC 1UC0A 1HF4A 1GXXA 1B5ZA 2F2NA 1JITA 1LZ4A 2W1LA 4NGLA 2DQFC 4DWXA 3N9AA 1GF5A 4N1CC 1LJHA 3OJPA 1YAQA 1G7HC 1GFUA 2Z12A 3E3DA 5DL9A 4H9EA 1WQRA 2ZNWY 4H94A 1RCMA 2NWDX 3RW8A 2W1XA 1LZ9A 5L3IA 1LKRA 1BWHA 1FKQA 193LA 2MEAA 3ATOA 2HECA 4NHPA 3WUNA 1LMOA 4B1AA 2G4PA 4R0FA 1GFRA 3P4ZA 4NHQA 1QTEA 2N5ZA 4E3UA 5A3EA 1HERA 4Z3MA 1YIKA 4YF2A 1TCYA 2MEFA 4XENA 1W08A 1XEJA 3A67Y 4H91A 1HENA 1IEEA 3TMWA 1JJ3A 1CJ7A 2HEDA 2Y8PA 1N4FA 4HP0A 1UIHA 1FLQA 134LA 1F10A 1LHIA 1IC4Y 1OUGA 2BQDA 1LJFA 2MEBA 1LYOA 1LZTA 5EBHA 4YEOA 2XJWA 2W1MA 1OUFA 4LT1A 5IDDA 1AKIA 1NBYC 4LT3A 5LAGA 4TWSA 3N9CA 2FYDA 2BQMA 5E9RA 5HNCA 2MEDA 1H87A 5II3A 4ETCA 5D5FA 4B0DA 4UWUA 4WM2A 1IP6A 4UWNA 4Z46A 1DQJC 4GN5C 1NDMC 4HPEA 4FDYA 2YBHA 1BB5A 4I0CA 4TTDA 1GEVA 2BQEA 2YBMA 2BQCA 1GF4A 4GLVA 1DKKA 2DQDY 1FLUA 2F30A 1B7LA 1GFKA 3P65A 3QNGA 6LYZA 3LHMA 1HNLA 1REYA 4WMGA 4NFVA 1LJ4A 3WW6A 3LYTA 4LYMA 1WTMA 3GXKA 3W6DA 1IP4A 2DQEY 2D91A 3WXUA 4X3BA 1GB5A 1JKDA 1HEQA 1LSZA 1IP7A 1VDPA 1BGIA 5B06A 1LYYA 1IX0A 4H90A 3TXIA 4B4JA 4WL6A 4KT3A 2ZNXY 1CKFA 1EL1A 1SLYA 9LYZA 1QDTA 4N1EI
chains in the Genus database with same CATH superfamily
234LA 4ARLA 1EQ5A 3DN8A 1AT6A 2BQNA 1JIYA 4LZMA 3A3RX 1JTTL 1RFPA 4EMNA 4I8SA 3K2RA 118LA 1QTZA 2I25L 1GPQC 4B49A 1B7SA 2DQGY 1C66A 1ZURA 3C8RA 3D3DA 213LA 1L88A 1G7JC 1IP1A 4AQNA 3ZVQB 4ARJA 1HFZA 1G7MC 3EMLA 5APFA 1L39A 3HFMY 3A92A 1B7NA 4GCEA 2IHLA 1LMQA 5LVIA 2RBSA 1T8GA 2O4WA 262LA 4TSCA 1L31A 209LA 1QT5A 1LYFA 1L34A 3FI5A 1L57A 1B7RA 1L30A 1LSDA 3SB6A 233LA 2MEEA 1HHLA 4OOOA 3HT8A 4LZTA 1OUHA 2RB1X 1L96A 4PGJB 1IY4A 4DQ7A 255LA 3HH6A 1LZCA 1LHLA 1KXXA 1YKYX 1WQNA 2IFFY 4AGAA 1O23A 1OYUA 4H1PA 4WO9A 1C65A 3G3AB 224LA 115LA 1CNSA 1EQ4A 3VWOA 3TMUA 1CVKA 3UONA 4YENA 4WG7A 3J4GA 1L14A 4CJ2A 1TLAA 4YM8A 1LMPA 1UIFA 3WU8A 1LWKA 4XJFA 1L05A 2C8OA 3SBAA 2ZWBA 3L2XA 4H93A 2LZMA 3P66A 1NDGC 1L42A 4ML7A 2LYOA 1ZVYB 1LHJA 4CGEA 1DYEA 1D6QA 1LMCA 4I7MA 3TMXA 1C6LA 3C8SA 4YOPA 1IWWA 1D3FA 4HTNA 3N9EA 1GB0A 2DQJY 1HC0A 4W57A 5DN4A 1LKSA 4I7PA 3W6FA 1DYDA 2DBTA 5KXWA 4LDEA 4PHIA 1L91A 1B5XA 1FBIX 1C6IA 4J0LA 4C3WA 4DKLA 1C08C 3WUMA 160LA 188LA 3HUQA 3GXRA 1LJJA 3SB5A 4LFXA 1REZA 2EQLA 3IJUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4HPI A;  1EQ5 A;  1AT6 A;  2BQN A;  1REM A;  1JIY A;  1BWI A;  1B7Q A;  1JHL A;  4OWB A;  4DD3 A;  2LZ2 A;  1J1P Y;  1HML A;  3A3R X;  2BQA A;  1JTT L;  1RFP A;  4EMN A;  2MEI A;  1WQQ A;  4I8S A;  4NGY A;  5HLL A;  2BQO A;  2I25 L;  3AZ7 A;  5F14 A;  2HEB A;  4DD1 A;  2F4G A;  1GPQ C;  4QEQ A;  4WM4 A;  3AW6 A;  4G4H A;  4OWH A;  4B49 A;  1YKZ X;  4H8Y A;  1GF3 A;  1B7S A;  1C10 A;  1VFB C;  3T6U A;  2DQG Y;  3ZVQ A;  1XGQ C;  2Z19 A;  1ZMY L;  1ZVH L;  1JPO A;  3D3D A;  3TXG A;  1C46 A;  1IOC A;  1G7J C;  1IP1 A;  4XJB A;  1CKC A;  1GE3 A;  3ZVQ B;  5KJ9 A;  4NSJ A;  4TUN A;  1UIE A;  2CGI A;  1HFZ A;  1QIO A;  4G9S A;  1GAY A;  1G7M C;  3P68 A;  5APF A;  3HFM Y;  3LYO A;  3A92 A;  4BAD A;  1OUJ A;  1B7N A;  4GCE A;  2IHL A;  1LMQ A;  1GB9 A;  1REX A;  5LVI A;  5KXK A;  1XEK A;  4NGZ A;  3G3B B;  4Z98 A;  4J1A A;  4XAD A;  3BKH A;  1G7L C;  5KXR A;  4TSC A;  1DPW A;  1WQM A;  2Z37 A;  4HJZ A;  3LZT A;  3W6A A;  1LAA A;  4O34 A;  4DD7 A;  1DKJ A;  3A94 A;  5T3F A;  5LA5 A;  1UID A;  208L A; 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 2NWD X;  3RW8 A;  2W1X A;  1LZ9 A;  5L3I A;  1LKR A;  1BWH A;  1FKQ A;  193L A;  2MEA A;  3ATO A;  2HEC A;  4NHP A;  3WUN A;  1LMO A;  4B1A A;  2G4P A;  4R0F A;  1GFR A;  3P4Z A;  4NHQ A;  1QTE A;  2N5Z A;  4E3U A;  5A3E A;  1HER A;  4Z3M A;  1YIK A;  4YF2 A;  1TCY A;  2MEF A;  4XEN A;  1W08 A;  1XEJ A;  3A67 Y;  4H91 A;  1HEN A;  1IEE A;  3TMW A;  1JJ3 A;  1CJ7 A;  2HED A;  2Y8P A;  1N4F A;  4HP0 A;  1UIH A;  1FLQ A;  134L A;  1F10 A;  1LHI A;  1IC4 Y;  1OUG A;  2BQD A;  1LJF A;  2MEB A;  1LYO A;  1LZT A;  5EBH A;  4YEO A;  2XJW A;  2W1M A;  1OUF A;  4LT1 A;  5IDD A;  1AKI A;  1NBY C;  4LT3 A;  5LAG A;  4TWS A;  3N9C A;  2FYD A;  2BQM A;  5E9R A;  5HNC A;  2MED A;  1H87 A;  5II3 A;  4ETC A;  5D5F A;  4B0D A;  4UWU A;  4WM2 A;  1IP6 A;  4UWN A;  4Z46 A;  1DQJ C;  4GN5 C;  1NDM C;  4HPE A;  4FDY A;  2YBH A;  1BB5 A;  4I0C A;  4TTD A;  1GEV A;  2BQE A;  2YBM A;  2BQC A;  1GF4 A;  4GLV A;  1DKK A;  2DQD Y;  1FLU A;  2F30 A;  1B7L A;  1GFK A;  3P65 A;  3QNG A;  6LYZ A;  3LHM A;  1HNL A;  1REY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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