2BQLA

Contribution of hydrophobic effect to the conformational stability of human lysozyme
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KAFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNAAHLSCSALLQDNIADAVAAAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A general rule for the relationship between hydrophobic effect and conformational stability of a protein: stability and structure of a series of hydrophobic mutants of human lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 47
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2bqlA00
1REYA 1LSZA 1LSFA 4XADA 4OOTA 1VAUA 1AZFA 2BPUA 1B7NA 1HEQA 1UIDA 4H9IA 1GFRA 1JKBA 1LHHA 2PC2A 3A34A 4XJGA 3WULA 2MEFA 1GF3A 1CKGA 1LSNA 1OQMA 1IR7A 1LSEA 2FBBA 4U3XB 5FEKA 1GD6A 1GFUA 1JKDA 3CT1A 4H92A 1B7LA 1B5UA 3AGHA 4H9CA 3WXTA 4O34A 1VATA 1LSPA 1CNSA 1JIYA 1GFEA 1I20A 1OUHA 2AUBA 1GFGA 4N8ZA 4XN6A 4B4IA 5LINA 1LZSA 1AT5A 3TXBA 1HFXA 1GB7A 1OUJA 2CWIA 4CGEA 1LJJA 2DQJY 4H8YA 4H8ZA 1D0LA 1EQEA 5LAGA 1GF4A 4NGKA 1BB6A 1LHLA 1C08C 1RI8B 2F2NA 5K7OA 3P66A 5KXMA 4NY5A 5I4WA 1CJ7A 5F81A 1LHMA 2MEEA 1KIRC 3E3DA 4J7VA 2HU3A 1GEVA 3FI7A 1UC0A 1V7TA 4FJRA 3TXEA 1D6QA 3SP3A 1BVXA 5ILCA 3TXGA 2BQOA 4LYCA 1WQQA 1IVMA 4CJ2A 1HSWA 1KXWA 3A96A 1YAMA 4H9EA 1HEOA 1IOTA 1YKYX 4J1BA 4NGJA 4X3BA 1IWTA 4ETBA 2F4AA 3TXKA 4NHIA 4XJBA 4II8A 1GFVA 1G7LC 4HV2A 2X0AA 3A6BY 2CGIA 1TCYA 1O23A 1OUIA 1VDQA 3AZ5A 4UWNA 4NHPA 5B1GA 1LPIA 1YAOA 2Y8PA 4ETDA 5KKJA 1LZYA 2GV0A 5KJ9A 1RFPA 1LZ9A 3W6AA 1JWRA 1DI5A 3WUAA 4AGAA 1OUDA 1OUFA 1QTKA 1IIZA 1IC5Y 2FYDA 1B5YA 2I6ZA 1LYZA 2HEFA 1FLUA 4WM3A 6LYTA 2YDGA 1PZYA 1YQVY 5DLAA 1JHLA 4NIJA 2YBJA 3WUNA 2CDSA 4BS7A 4NGYA 3IJVA 1LHJA 1C45A 3A6CY 1YIKA 3IWRA 4DDBA 2MEBA 1IP4A 2ZIKA 3CSRA 3HFMY 4DD7A 5LVJA 5A3ZA 5EBHA 153LA 1DXJA 1LMQA 2N5ZA 5B59A 1LZGA 1LMAA 2FYCA 1DQJC 1HELA 4G4BA 1LJNA 1F0WA 1LZ8A 1LKRA 2BQBA 2HEDA 2I25L 4WM4A 2LYMA 1C7PA 1TDYA 4UWUA 1JEFA 1XGRC 5LXWA 1LZ5A 2BQFA 1B5WA 1GB6A 1GE3A 1NDMC 2EIZC 1VDTA 2LZ2A 3A3QA 1LSYA 4QGZA 1REZA 4FDYA 1QQYA 1B5ZA 1DI3A 3WW6A 1GB5A 1GHLA 1JSEA 1D9UA 3AYQA 5IHGA 5KXLA 1IP1A 1XGUC 4QEQA 1EQ5A 3TXDA 3EMSA 4J1AA 1LZBA 1GF8A 1JISA 5APEA 3AZ7A 3T6UA 1UIGA 4TTDA 2EQLA 5I4XA 1A2YC 4CFPA 4N1EI 1BB3A 1BQLY 5LIOA 1IEEA 1NWGA 2DQCY 2BQMA 2D4KA 2XBSA 3EXDA 193LA 1IP7A 5FHWA 1A4VA 4M6DA 3QE8A 1IWWA 4NSGA 4PJ2C 1IC4Y 4HTKA 2Z2FA 3TMWA 1QDTA 4LFPA 1IP2A 4NHTA 1JKAA 4NG1A 5I54A 1SQ2L 2ZNWY 1V7SA 4WM6A 1WVUA 3LHMA 1LJGA 2IFFY 5DM9A 1IOQA 1UIAA 3ATOA 1NBYC 2YBHA 1LTMA 4LFXA 5DN5A 1XEJA 2YVBA 1IOSA 1XGTC 1IY4A 1FN5A 4CFOA 1SLYA 2HEAA 4J0LA 1IP5A 4C3WA 3TMVA 5FCPA 1DKJA 3N9EA 5L3IA 1WQOA 1OUAA 3A94A 5HMVA 1XGPC 4C5FA 1LYOA 1BWHA 6LYZA 5KXZA 1IWZA 4ETAA 1DPXA 4GN4A 3A90A 1H6MA 5KXNA 3RW8A 4I0CA 4W96A 4WOAA 2A7DA 1UACY 4OWCA 4OWBA 4KXIA 1OUEA 1YL1X 3P4ZA 4XJFA 2DBTA 4H94A 2NWDX 1HEWA 5D5CA 1LZEA 1QSWA 3W6DA 207LA 1GBXA 1OP9B 5IDDA 1LJKA 4BAFA 5LVHA 1TEWA 5KY1A 1C43A 2H5ZA 1LMOA 4PGJB 1EL1A 1F6RA 1QSAA 1CKHA 1XSFA 1JTTL 2LYOA 1GE0A 1GF0A 1AM7A 2DQEY 1LSMA 1HEPA 1LZ1A 1LAAA 3B6LA 4GCDA 4TSBA 4OWEA 1LSCA 1ZMYL 4H8XA 4G9SA 1UCOA 3ULRA 5L9JA 4H9AA 4GLAA 4GCCA 4WM2A 3M3UA 1GWDA 3WYHA 1C10A 4WL7A 3CSQA 2I26L 4PRUA 5I53A 5I5QA 5KXYA 1GDXA 1GB9A 3BKHA 3W3EA 5KXTA 1GB2A 1W08A 2YBMA 4LT2A 4LT1A 4WM1A 1XGQC 1LMPA 3BKVA 1WTNA 3J6KA 3W6CA 1DPWA 4E3UA 5JENB 9LYZA 3D3DA 4N1CC 1HENA 3P68A 1H87A 1NQIA 2BQHA 4IJ4A 3WU9A 5J7CA 3TMXA 1I56A 1LSBA 2HECA 1GBSA 1UA6Y 4YOPA 5KXPA 3A67Y 1UICA 1GF5A 1LSGA 1HNLA 1BWJA 3WXUA 1WQRA 1KXXA 5APCA 1UIBA 1WVVA 3A8ZA 2XJWA 1JJ0A 2BQGA 4H1PA 1VEDA 4H9HA 3EBAB 3ZVQB 154LA 1AKIA 1CKDA 5LVKA 4NFVA 1IOCA 1RJCB 4TX7A 1UBZA 3GXKA 4PPOA 4H91A 2BQEA 4WG1A 3CB7A 1P2CC 1UUZC 5APFA 4BAPA 1J1XY 4N0JA 1KXYA 1WQNA 1LOZA 4ETEA 3P65A 1CJ6A 3J4GA 1LJHA 3A91A 1IO5A 3WPJA 1GBWA 4NGZA 4HJYA 1REXA 1FLWA 1GPQC 2Q0MX 3VWOA 1WQPA 4H93A 4NWHA 4WO9A 1LZCA 1XEKA 1ZVYB 1B5VA 1LCNA 1W6ZA 4ETCA 2Z2EA 2ZQ3A 2ZWBA 2G4NA 1LMCA 3N9CA 4N5RA 4YF2A 1NF5A 3HBDA 3HBEX 1B5XA 1IR8A 1LSDA 4UWVA 1GF6A 1GF9A 5F9XA 1F6SA 5F14A 1N4FA 2Z37A 2Z38A 3FE0A 3ZVQA 1HF4A 4B0DA 1G7IC 1YILA 2HEEA 3TXIA 2DQIY 4XENA 1HMKA 3B0IA 3LN2A 2DQAA 4WLYA 1J1OY 3HBHA 4QDNA 4GN5C 2Z12A 4TSCA 4XJIA 4YENA 1LSAA 1LJ3A 1GXV2 1J1PY 3W6FA 3P64A 5B06A 1HC0A 3LYMA 1YANA 4NGOA 3WH1A 1LZDA 1ZV5L 2HUBA 1QUSA 4HPIA 1IP6A 3ATNA 1FBIX 1GBYA 4KT3A 4AXTA 4R0FA 1BVKC 1GE2A 3IJUA 1AT6A 3D9AC 2BQAA 1CJ9A 2BLXA 5KKIA 2Z39A 2ZQ4A 3AGIA 1JUGA 1YAQA 3B72A 4DD3A 4G49A 1REMA 1QUTA 1BB4A 1LHKA 1ALCA 4RLMA 2A7FA 2G4QA 1LZ4A 2XBRA 3G3BB 4ZIXA 4LYOA 5IELA 2C8PA 5E9RA 1XFPL 2F30A 1GFAA 5DN4A 5B07A 1YKZX 1MELL 3W6EA 4HSFA 1JPOA 4R6CA 3RNXA 4DT3A 2LYZA 4TUNA 2BQNA 1LJIA 4LGKA 4RW2A 5C6IA 1GE4A 2HU1A 2HEBA 4WL6A 1YROA 1HFYA 4B49A 4M4OA 1GXXA 1UIHA 3TXJA 4GN3A 1WQMA 4W94A 1OUBA 4B1AA 3WVYA 1IWVA 1LMTA 4HPEA 1GBOA 1LZNA 2Z19A 1YAPA 1YKXX 1F10A 1WTMA 3ZEKA 4GLVA 2ZIJA 1Z55A 5FSTA 8LYZA 4Z3MA 5KXKA 1IWXA 2BQLA 1NDGC 4H90A 4ANRA 4YEMA 4WLTA 4MSTA 3B0KA 2W1XA 3CT0A 3MGWA 4I8SA 5LAFA 133LA 5KXOA 1B7QA 2YBNA 4NGWA 4G4CA 1KIQC 1DKKA 2F4GA 2ZILA 1LJFA 4ET8A 4KL7A 3KAMA 3AJNA 1D6PA 4MCKA 4DC4A 1DZBX 3TMUA 4N9RA 4L41A 1IX0A 1JKCA 4H9BA 1PS5A 4OWHA 5LVIA 194LA 3AZ4A 4NSHA 134LA 1LMNA 2W1MA 5F16A 4NWEA 1IWYA 3LYZA 5F9UA 3W6BA 3G3AB 5LYMA 2BAAA 1IP3A 2MEAA 4ML7A 3WPLA 1GFHA 1LYSA 7LYZA 4RLNA 1GAYA 1JJ1A 2DQFC 4Z41A 5M1YA 3OJPA 1B7MA 4DYGA 1GFTA 1DI4A 1QIOA 4LZTA 1GB3A 1XEIA 1OUGA 5ILFA 4KPMA 4NGVA 4OW1A 1GEZA 1HSXA 2BQJA 5C6LA 4WG7A 3QNGA 1HEMA 2MECA 2G4PA 1C46A 2EKSC 2VB1A 5LYZA 5HQ1A 4NG8A 1LZ6A 1JTOL 1QTEA 5HLLA 2ZYPA 3AB6A 4GCEA 1NHEA 1NMMA 1FKVA 4DDAA 1IC7Y 1INUA 1FKQA 1G7HC 2C8OA 1T3PA 2H9JA 5FELA 2DQDY 5KXWA 5FDJA 5HNLA 1GDWA 4QY9A 1CKFA 4HV1A 1LZTA 3A3RX 1B9OA 1GBZA 4RDSA 2YBIA 4NEBA 4G4HA 4BADA 4CHXA 2D4JA 1LJ4A 5A3EA 1GFKA 1GB8A 4NGLA 3TXFA 4NHSA 2Z18A 5KXSA 4HP0A 4ZEEA 1HFZA 1OUCA 2W1YA 4A7DA 135LA 1YL0X 2MEIA 5AMYA 3AW7A 2H9KA 4XJDA 1B2KA 4Z46A 1JITA 4YEOA 4B4EA 5KXXA 1BGIA 1B7RA 1B0DA 4NSJA 1TAYA 3RU5A 3RZ4A 1LZAA 1LHIA 1BB7A 1GFJA 1GE1A 3F6ZA 2D6BA 2ZNXY 5LA5A 2DKVA 4WO6A 4WMGA 1FLQA 2YSSC 4WM5A 2MEHA 3WW5A 4ET9A 4OWAA 1T6VL 4OOOA 2MEDA 3K3TA 4DD1A 4GCFA 5C6JA 132LA 1E8LA 4YM8A 1D0MA 3LYOA 2FBDA 2BQCA 4P2EA 1G7MC 2BLYA 4IASA 2D91A 3WU8A 1JJ3A 2LZTA 2W1LA 4NHQA 5L3HA 3M18B 2DQHY 1IR9A 4EMNA 3WUMA 1BWIA 5B05A 1VFBC 4MR1A 3T36A 4D9ZA 3LYTA 4PHIA 3LZTA 2HTXA 1BB5A 4LYTA 1LKSA 1VDPA 3A93A 5KXRA 3CT5A 4PRQA 5LA8A 2B5ZA 2WARA 1LZRA 3WL2A 1QDRA 5E4PA 1IORA 1LYYA 1TBYA 5LYTA 1I1ZA 5APDA 2BQDA 1B7OA 1ZVHL 5II3A 5B1FA 1BHZA 1UIFA 3A95A 3AW6A 3B0OA 3LZ2A 1VDSA 2D4IA 4HJVA 3CQLA 2CJLA 1RCMA 3QY4A 2ZYCA 1G7JC 4GCBA 2RSCA 3WPKA 2LHMA 4RW1A 4NSIA 3GXRA 1FDLY 2IHLA 1NKHA 3RT5X 3WVXA 1RE2A 1KIPC 4DDCA 4DD0A 4DWXA 1IY3A 1GAZA 1HERA 4LYZA 4LT3A 2DQGY 4HTNA 1D0KA 1GB0A 3OK0A 1JTPL 4NGIA 5HMJA 2BQKA 4H9FA 3TXHA 1MLCE 4TWSA 1B7PA 1GF7A 1HMLA 1NBZC 4EOFA 2MEGA 5HNCA 2BQIA 4LYBA 1B7SA 3AZ6A 4HJZA 1LJEA 2YBLA 5D5FA 1UIEA 3WMKA 4XJHA 4DD9A 4ZFPA 4LYMA 4LT0A 2XTHA 4WLXA 208LA 4XYYA 4HTQA 5LVGA 1CJ8A 4DD2A 1EQ4A 3N9AA 3CSZA 5DL9A 2EPEA 4B4JA 1CKCA 1JSFA 3WU7A 5T3FA 3A92A 4WLDA 3EO5A 5I4YA 1IWUA 1FLYA 4Z98A 1HHLA 4IATA 3AGGG
chains in the Genus database with same CATH superfamily
171LA 1REYA 2BPUA 4H9IA 1GFRA 3A34A 1PQMA 223LA 1GF3A 2FBBA 1L10A 3CT1A 237LA 3AGHA 1I20A 1GFEA 230LA 166LA 1LZSA 1OUJA 2CWIA 4CGEA 1G0LA 1L31A 1L77A 5LAGA 4NGKA 1BB6A 1L83A 5LZMA 1L95A 3OE9A 3E3DA 1L37A 1V7TA 1BVXA 1QTCA 127LA 125LA 1HSWA 1YAMA 4X3BA 256LA 1L55A 3G3WA 2F4AA 1L96A 1OVKA 2X0AA 178LA 4W57A 2F2QA 1OUIA 4ARMA 4NHPA 1YAOA 1L89A 5KKJA 1RFPA 3W6AA 3DN6A 1YQVY 1JHLA 1QTVA 3SBAA 3ODUA 2ZIKA 4DD7A 5EBHA 1G0MA 153LA 1L32A 1LMQA 2N5ZA 2FYCA 1F0WA 1LKRA 1C7PA 1TDYA 4UWUA 1XGRC 4YXAC 2OU8A 1NDMC 3V2WA 4QGZA 1LSYA 4DAJA 4FDYA 219LA 1B5ZA 189LA 1JSEA 4TTDA 4N1EI 1L02A 3QE8A 1IWWA 4PJ2C 2Z2FA 1D2WA 3G3VA 2ZNWY 1UIAA 236LA 2OE4X 1LTMA 3NY8A 2YVBA 3CDOA 2OU9A 1IP5A 3TMVA 1DKJA 1L35A 1L88A 6LYZA 4GN4A 3RW8A 4I0CA 4W96A 3HDFA 1YL1X 3P4ZA 1P36A 228LA 3W6DA 1HEWA 5LVHA 1TEWA 1XSFA 4AQNA 1GE0A 1T97A 1LAAA 4TSBA 4OWEA 1L85A 1UCOA 1P37A 4GLAA 4GCCA 3UONA 1G0KA 5I5QA 4PRUA 1GDXA 3BKHA 4LT2A 2YBMA 1XGQC 1LMPA 3HT6A 3BKVA 1LYDA 5JENB 1DPWA 4E3UA 3D3DA 4N1CC 1HENA 3GUJA 1NQIA 3WU9A 5J7CA 137LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1REY A;  1LSZ A;  1LSF A;  4XAD A;  4OOT A;  1VAU A;  1AZF A;  2BPU A;  1B7N A;  1HEQ A;  1UID A;  4H9I A;  1GFR A;  1JKB A;  1LHH A;  2PC2 A;  3A34 A;  4XJG A;  3WUL A;  2MEF A;  1GF3 A;  1CKG A;  1LSN A;  1OQM A;  1IR7 A;  1LSE A;  2FBB A;  4U3X B;  5FEK A;  1GD6 A;  1GFU A;  1JKD A;  3CT1 A;  4H92 A;  1B7L A;  1B5U A;  3AGH A;  4H9C A;  3WXT A;  4O34 A;  1VAT A;  1LSP A;  1CNS A;  1JIY A;  1GFE A;  1I20 A;  1OUH A;  2AUB A;  1GFG A;  4N8Z A;  4XN6 A;  4B4I A;  5LIN A;  1LZS A;  1AT5 A;  3TXB A;  1HFX A;  1GB7 A;  1OUJ A;  2CWI A;  4CGE A;  1LJJ A;  2DQJ Y;  4H8Y A;  4H8Z A;  1D0L A;  1EQE A;  5LAG A;  1GF4 A;  4NGK A;  1BB6 A;  1LHL A;  1C08 C;  1RI8 B;  2F2N A;  5K7O A;  3P66 A;  5KXM A;  4NY5 A;  5I4W A;  1CJ7 A;  5F81 A;  1LHM A;  2MEE A;  1KIR C;  3E3D A;  4J7V A;  2HU3 A;  1GEV A;  3FI7 A;  1UC0 A;  1V7T A;  4FJR A;  3TXE A;  1D6Q A;  3SP3 A;  1BVX A;  5ILC A;  3TXG A;  2BQO A;  4LYC A;  1WQQ A;  1IVM A;  4CJ2 A;  1HSW A;  1KXW A;  3A96 A;  1YAM A;  4H9E A;  1HEO A;  1IOT A;  1YKY X; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1NHE A;  1NMM A;  1IC7 Y;  2C8O A;  2H9J A;  1C6J A;  2DQD Y;  3F8V A;  1LZT A;  4CHX A;  5A3E A;  4NEB A;  1L11 A;  1GB8 A;  5KXS A;  4HP0 A;  1HFZ A;  2W1Y A;  135L A;  1C6T A;  167L A;  1L99 A;  2H9K A;  1L60 A;  4YEO A;  4B4E A;  5KXX A;  1BGI A;  1B7R A;  1L80 A;  4NSJ A;  3F6Z A;  2ZNX Y;  5LA5 A;  2DKV A;  1OWY A;  4WO6 A;  1FLQ A;  1L08 A;  4W53 A;  132L A;  1L51 A;  2LZT A;  5B05 A;  4MR1 A;  1CV6 A;  3LZT A;  5KXR A;  4PRQ A;  5LA8 A;  2B5Z A;  2WAR A;  140L A;  3WL2 A;  1G0Q A;  1B7O A;  1ZVH L;  1UIF A;  3A95 A;  3B0O A;  3LZ2 A;  149L A;  3CQL A;  108L A;  1EPY A;  2LHM A;  4NSI A;  1L23 A;  2NTH A;  122L A;  1NKH A;  3WVX A;  4EKQ A;  1DYA A;  1XJT A;  2DQG Y;  1GB0 A;  181L A;  1CVK A;  1MLC E;  1GF7 A;  2MEG A;  4W58 A;  4LYB A;  2ANV A;  4ZFP A;  5D5F A;  258L A;  1UIE A;  4LYM A;  172L A;  1CKC A;  216L A;  3A92 A;  3SBB C;  4WLD A;  3HDE A;  3K2R A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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