2C8PA

Lysozyme (60sec) and uv laser excited fluorescence
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Uv Laser-Excited Fluorescence as a Tool for the Visualization of Protein Crystals Mounted in Loops.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
molecule tags Hydrolase
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-12-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2c8pA00
1F6RA 4HV1A 2CWIA 1LYZA 5E9RA 2MEBA 4DD1A 1WVUA 2XBSA 4NIJA 2BQBA 3RZ4A 2BQOA 4AGAA 3D3DA 1OP9B 1YAQA 3WMKA 2FYDA 4GCFA 2HTXA 2DQIY 3J4GA 1LHJA 2DBTA 5HNLA 4DD9A 3IWRA 1B5WA 1LZ8A 2CGIA 1D6PA 5KXNA 2X0AA 2DQCY 153LA 2DQEY 1HEWA 1LZRA 1UICA 1IOCA 1IY4A 4TUNA 1FKQA 1NMMA 5FELA 5I4XA 4HSFA 1JEFA 1LJJA 3KAMA 3CSRA 2D4IA 3M18B 2BQHA 3WUMA 1YKYX 5F9XA 5KXXA 1LSBA 193LA 4LT1A 1RE2A 1JTPL 1NQIA 1YANA 2IHLA 1TCYA 207LA 2F30A 3A90A 3AB6A 2AUBA 5EBHA 1VAUA 4HJVA 4DD3A 1J1XY 3EMSA 5LAFA 5K7OA 3LYTA 4U3XB 5LVKA 1GF8A 3A92A 1WQQA 4OOTA 1B7SA 4N0JA 4IJ4A 1A2YC 2B5ZA 3P68A 1BB4A 5KXTA 4Z98A 1H87A 1UIGA 1CKCA 3A34A 3AZ4A 1LJHA 3TXKA 1W6ZA 4N8ZA 1VEDA 1UA6Y 1G7JC 1YQVY 1B5XA 1LJFA 1LMQA 4HP0A 2XJWA 3LN2A 1GB7A 1NHEA 2Z2FA 4G4CA 4NHTA 3N9CA 1LSMA 1GEVA 1HC0A 2D6BA 3AYQA 4GN3A 4D9ZA 1JJ3A 2Z18A 3T6UA 1SLYA 1XFPL 5B1GA 3TXGA 5ILCA 3AGIA 4WOAA 4RDSA 1F0WA 2F2NA 3FI7A 3QNGA 1B7RA 4WM3A 1HFZA 1GFTA 4NG8A 2HEDA 4XN6A 4AXTA 1P2CC 4QDNA 3IJVA 1GB9A 5LVJA 1CKFA 1H6MA 3IJUA 4QGZA 1IP7A 5KKIA 5I54A 1VATA 5HMVA 5M1YA 4J7VA 4PRUA 2C8PA 1LCNA 3RU5A 4CFOA 5B06A 4XENA 1OUCA 4DDBA 1QQYA 4KPMA 5KXKA 1LSGA 4H9FA 3A6BY 1LYYA 1LKRA 1KXXA 2MEGA 1GFEA 1B2KA 1LSNA 2BPUA 2BQEA 1GF4A 3A96A 2YDGA 3LZ2A 2G4PA 8LYZA 1LZNA 1RI8B 1QDRA 2FBDA 4LYTA 1B7NA 2EPEA 4DD7A 7LYZA 4B4IA 4YM8A 3B0KA 4H9CA 3WU8A 1JHLA 3CB7A 3WH1A 2H9JA 3F6ZA 5I5QA 1LZSA 1NBZC 4CGEA 1XEIA 3CT5A 2ZQ3A 1I20A 1IIZA 1IY3A 1GF9A 154LA 1B5YA 4J1BA 4BAFA 1WQPA 4WM5A 2I26L 134LA 1B5UA 2I6ZA 2W1LA 3B72A 4LT2A 3A91A 5LVGA 3LYOA 4I0CA 1BWIA 3VWOA 4PGJB 3CQLA 133LA 3QE8A 4ANRA 1YL0X 4W94A 1IVMA 1LJEA 4G4BA 1NKHA 2HEBA 4I8SA 1LHLA 2XBRA 1HEPA 1DKJA 4ML7A 1GFGA 3BKVA 4NSHA 4WG7A 5I4YA 3LZTA 4NGLA 1LHIA 1Z55A 2DKVA 3QY4A 4UWUA 2Z12A 1JIYA 2MEAA 4TSCA 1I56A 2BLYA 5LA8A 2WARA 1ZMYL 1LZ4A 4OOOA 5C6JA 2ZWBA 5I4WA 1BWHA 4Z46A 1B9OA 1ZV5L 5FCPA 4B1AA 1E8LA 1IWWA 3TXJA 4LT0A 4ET9A 5IHGA 1JKBA 2F4GA 1UC0A 1LMTA 2G4NA 3GXKA 4IATA 1HFYA 4NWHA 3HBEX 4H8XA 4YENA 5KY1A 1FN5A 4C3WA 4M4OA 1IO5A 2BLXA 2MEEA 5F9UA 4DC4A 1NDGC 4GCDA 4HJZA 4YOPA 2MEIA 4N1CC 4P2EA 1CKDA 3AZ7A 1EL1A 5B1FA 1LPIA 1B7LA 1LSEA 1NWGA 1UIFA 1UIHA 1T6VL 5LAGA 2IFFY 4ZEEA 4NGYA 3ZVQA 1FDLY 1D0LA 1G7LC 1YAPA 4OWHA 2YBIA 1BHZA 4KXIA 3WU9A 4RLMA 2GV0A 1GF5A 1OQMA 1IP5A 1LTMA 1AKIA 4LYMA 1GAYA 2YBHA 4NFVA 1I1ZA 1HEQA 5LXWA 2A7FA 1OUJA 1TBYA 2Z37A 1IOTA 1LZAA 1D0MA 2PC2A 3G3BB 4PJ2C 5II3A 3B0IA 4TSBA 3RW8A 5KXMA 5DLAA 4XJFA 2LZTA 1GE4A 1QUTA 1LMOA 3WULA 1GBSA 5F81A 2Z39A 5F14A 1IWXA 4LYOA 4XJBA 4B4EA 1LSPA 2VB1A 4H9EA 4BADA 1B7QA 1XGQC 1OUBA 1GBWA 2YBMA 3CT0A 1GE2A 1UIBA 3MGWA 1FLUA 4R6CA 1GDWA 1LAAA 1QDTA 3B6LA 2BQCA 5JENB 4PPOA 3TXBA 4KL7A 4LYZA 2HUBA 1WQRA 2W1YA 1VDQA 5E4PA 3W6DA 1FLWA 1XGRC 4L41A 1OUEA 5AMYA 1JISA 4FJRA 1XGUC 2Y8PA 1AT6A 1J1OY 5C6IA 4HPIA 1AM7A 2BQDA 2YBJA 3A93A 2ZNXY 4UWNA 2DQDY 1CJ7A 1BB7A 3WW6A 2BAAA 1GPQC 5LYMA 3ZEKA 1GBXA 2EKSC 4LZTA 5FEKA 1YAMA 1JWRA 2BQLA 2MEHA 1B7MA 1LZYA 1YAOA 1YL1X 1IR7A 1OUAA 1LKSA 2EQLA 1CJ6A 1YROA 1UACY 2ZYCA 4MSTA 5KKJA 1IP1A 1BGIA 1NF5A 4LFXA 1JTTL 4W96A 1LSFA 2D4KA 3HBHA 3ATOA 1LZ9A 1MELL 1EQ4A 2W1MA 3A94A 5LA5A 1EQEA 1F10A 1D0KA 1VDPA 1KIRC 1LSDA 4HTKA 4NWEA 3A8ZA 4H9AA 1IORA 2YBLA 1DKKA 4LYCA 3AGHA 1LJ3A 1B7OA 4GLAA 4GCEA 1HHLA 1IWYA 5B07A 4R0FA 1W08A 4YF2A 1IWTA 1GFJA 1GB5A 1GFRA 1YKXX 4H8ZA 1GF6A 5IDDA 4G4HA 1XGPC 3HBDA 4G9SA 1DI5A 2BQFA 1XEKA 3A95A 4XJDA 3CSQA 4ETDA 4WM4A 4RW2A 5APFA 1LMNA 3TMXA 1IWZA 4EMNA 1IP4A 3W3EA 1CKHA 1EQ5A 1WTNA 1HMLA 1IC7Y 1C45A 2Q0MX 1WQNA 3TMUA 1VDSA 3WL2A 2MEDA 4WL6A 1CJ8A 4WM6A 1DZBX 2LZ2A 3M3UA 4H8YA 1IC4Y 3WW5A 1ALCA 1CJ9A 3ZVQB 5B05A 1JKAA 1GDXA 1UIDA 208LA 3TXEA 5KXOA 1JJ0A 1YKZX 1JITA 4NGOA 1GE3A 1GFVA 1IP2A 1LZ6A 4H91A 4IASA 1JKDA 1GFHA 1JUGA 1GXXA 5LYZA 1V7SA 4E3UA 4X3BA 2DQHY 4PHIA 4CHXA 3EXDA 3P65A 1BVXA 2Z19A 4G49A 4H93A 4HTNA 4NSJA 3TXHA 6LYZA 2LYMA 1GE0A 5APDA 1FLYA 2BQJA 1GB0A 1YILA 1IWUA 2FYCA 1C7PA 2I25L 4FDYA 2DQAA 4LFPA 1KXWA 3BKHA 4XJHA 3CSZA 1QIOA 4NGJA 1GB6A 3W6CA 3A67Y 5IELA 1D9UA 2D91A 2HEEA 1QSWA 1JPOA 5D5CA 3CT1A 3FE0A 5HMJA 1FLQA 1INUA 4KT3A 4NHPA 4WO9A 4C5FA 3WUAA 5HNCA 1HEMA 4ETAA 2RSCA 4BS7A 2BQAA 1RCMA 4MCKA 3P66A 1IP3A 5I53A 1LZ1A 4N1EI 4OWCA 1LZCA 1LHMA 1OUIA 3ATNA 5A3EA 1GBYA 2D4JA 5L3HA 1OUDA 2MEFA 5ILFA 5DM9A 1D6QA 1DI4A 1LZTA 1LMCA 2LHMA 1HELA 3G3AB 4GCCA 135LA 1LJ4A 3E3DA 1C08C 2H9KA 2ZIKA 4MR1A 5DN4A 1C10A 1DI3A 4EOFA 132LA 1JJ1A 1LMAA 4N9RA 1GFUA 1RJCB 3W6BA 4ZIXA 5LYTA 1UIAA 1IC5Y 2DQFC 1LMPA 4M6DA 2YSSC 1B7PA 1BB6A 1GFAA 1LZBA 4WG1A 2N5ZA 4TWSA 3T36A 1WQMA 4B4JA 1LZ5A 2HU1A 2ZNWY 1LSYA 1G7MC 1TEWA 3P4ZA 1IEEA 1WVVA 1XSFA 4OWAA 2ZILA 3HFMY 1V7TA 3RNXA 4DDAA 4HV2A 1LYOA 1OUFA 1WQOA 2BQGA 5J7CA 3D9AC 5T3FA 5KXSA 1GWDA 4XJIA 2YVBA 4OW1A 3ULRA 1YIKA 5B59A 3W6FA 3AGGG 4NGVA 4CFPA 2CDSA 4WO6A 1JSEA 2EIZC 3B0OA 4UWVA 2MECA 1FKVA 1IR9A 3EO5A 4WMGA 1GF0A 5FHWA 1OUGA 4HPEA 1GHLA 4II8A 1C43A 5KJ9A 1KIQC 3OK0A 3AJNA 1JSFA 1GB8A 1FBIX 1HF4A 1TDYA 2LYZA 4NGZA 1LZEA 3W6EA 3WPLA 4GN4A 2C8OA 2LYOA 4H94A 1GEZA 4ETCA 2YBNA 4NGIA 4J1AA 1DXJA 1BVKC 1GAZA 3A6CY 1TAYA 5L9JA 1UUZC 3AW7A 4H1PA 1IOSA 1LHHA 3WPJA 1QTKA 2XTHA 1C46A 4NG1A 4BAPA 1CNSA 1CKGA 2W1XA 5KXRA 3TXIA 4CJ2A 3A3RX 5KXZA 3RT5X 1KXYA 2BQKA 4HTQA 4LGKA 4YEMA 1B5VA 4WL7A 5A3ZA 1A4VA 1OUHA 4XYYA 1NDMC 4QY9A 1O23A 1G7HC 3WPKA 4WLDA 1IOQA 4NSIA 1UBZA 5D5FA 1BB3A 1SQ2L 1UIEA 4O34A 5LINA 1HSXA 2HEAA 5HQ1A 4A7DA 6LYTA 1LSCA 3N9EA 3LYMA 1NBYC 1AZFA 2Z2EA 5KXWA 1LSAA 2HU3A 1LSZA 1HEOA 4PRQA 1VFBC 1GBZA 2FBBA 2ZIJA 4H9BA 4LT3A 5KXYA 4TX7A 4YEOA 3AZ5A 4NY5A 3WXTA 1GE1A 5LVIA 1BQLY 1GF7A 1MLCE 2BQNA 2F4AA 3A3QA 1JKCA 3AZ6A 3K3TA 1GB2A 4WLXA 5APCA 3TXDA 3J6KA 1J1PY 4NHSA 1B5ZA 3OJPA 1VDTA 1RFPA 1BWJA 4H9HA 5DN5A 5LVHA 1XEJA 4NHQA 4NHIA 1GXV2 4OWBA 4XADA 4GCBA 2ZQ4A 3EBAB 1XGTC 4OWEA 1G7IC 1QTEA 5F16A 4DYGA 4H92A 1AT5A 4DD2A 5DL9A 4GLVA 4TTDA 2HECA 1IX0A 1LJNA 1T3PA 4DD0A 1IWVA 1HENA 1QSAA 4DWXA 3WYHA 3GXRA 4B49A 2BQIA 3WUNA 1LJIA 1LZDA 1UCOA 2BQMA 2DQGY 4GN5C 4H9IA 4RW1A 2Z38A 4WM1A 3W6AA 1ZVYB 194LA 5C6LA 4DT3A 4NGWA 4RLNA 5APEA 1DPWA 1REMA 2H5ZA 1GD6A 1LYSA 5LIOA 3WU7A 4H90A 1ZVHL 2A7DA 4J0LA 4ZFPA 4Z3MA 1LJKA 3N9AA 1GF3A 4NGKA 1GB3A 2NWDX 4Z41A 1REZA 5KXLA 1HSWA 1HERA 3LHMA 9LYZA 4ET8A 1LJGA 1PS5A 2DQJY 4NSGA 3AW6A 2CJLA 1HFXA 4QEQA 1REYA 3P64A 2HEFA 2G4QA 5KXPA 5L3IA 2ZYPA 1B0DA 3WVYA 1BB5A 4HJYA 5FSTA 5HLLA 1PZYA 4LYBA 3WVXA 3TMVA 3LYZA 1QUSA 4B0DA 4ETBA 5FDJA 4WLTA 3TMWA 1HNLA 4WLYA 1IR8A 3WXUA 4WM2A 1DQJC 3SP3A 1F6SA 4N5RA 1LZGA 1LHKA 1JTOL 1HMKA 1DPXA 1GFKA 1N4FA 1IP6A 1WTMA 1KIPC 1REXA 4NEBA 4XJGA 3TXFA 4DDCA 4ETEA 1GBOA 1LOZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HV1A 2CUUA 2CWIA 1G1VA 3CDTA 3NY9A 4DD1A 1LI3A 3D3DA 3WMKA 4DD9A 2DBTA 1B5WA 5KXNA 239LA 2DQEY 1QT3A 1C6KA 5FELA 262LA 4YXCA 1PQKA 1JEFA 3KAMA 3G3WA 249LA 5F9XA 1L04A 1NQIA 1TCYA 207LA 1J1XY 2F47A 4U3XB 1LYJA 1P36A 4N0JA 1A2YC 160LA 1L20A 1B5XA 1LJFA 4G4CA 3GUKA 4S0WA 4NHTA 3N9CA 1LSMA 1HC0A 7LZMA 1C6IA 4YXAC 173LA 4XN6A 3IJVA 1H6MA 3IJUA 5KKIA 5HMVA 4J7VA 110LA 241LA 2B7XA 5KXKA 1LSGA 4ARLA 1KXXA 1B2KA 2BPUA 4ARPA 2B73A 3LZ2A 8LYZA 2FBDA 4LYTA 4DD7A 1L07A 1CV5A 4I7TA 4B4IA 4ARQB 5I5QA 253LA 1ZURA 192LA 4CGEA 2ZQ3A 3SB8A 1IY3A 1QUOA 154LA 104LA 4WM5A 1L92A 5LVGA 3VWOA 4PGJB 1YL0X 1L25A 3C8SA 4DKLA 1NKHA 103LA 3BKVA 4NGLA 2DKVA 1L53A 1JIYA 4TSCA 1I56A 1LZ4A 1BWHA 4Z46A 1LYFA 4LT0A 122LA 3C82A 138LA 2G4NA 1LMTA 113LA 1HFYA 4YENA 123LA 4C3WA 4GCDA 222LA 4HJZA 2MEIA 1P3NA 1B7LA 1L17A 1NHBA 1UIFA 1C68A 4NGYA 1D0LA 1SSYA 4RLMA 1IP5A 1LTMA 1D3JA 2A7FA 1OUJA 1D0MA 225LA 1L83A 3G3BB 5II3A 3B0IA 3RW8A 1L11A 165LA 1GE4A 5F14A 1LMOA 4K5YA 4B4EA 1LSPA 4H9EA 1B7QA 2YBMA 3MGWA 4PK0A 1UIBA 1GDWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1F6R A;  4HV1 A;  2CWI A;  1LYZ A;  5E9R A;  2MEB A;  4DD1 A;  1WVU A;  2XBS A;  4NIJ A;  2BQB A;  3RZ4 A;  2BQO A;  4AGA A;  3D3D A;  1OP9 B;  1YAQ A;  3WMK A;  2FYD A;  4GCF A;  2HTX A;  2DQI Y;  3J4G A;  1LHJ A;  2DBT A;  5HNL A;  4DD9 A;  3IWR A;  1B5W A;  1LZ8 A;  2CGI A;  1D6P A;  5KXN A;  2X0A A;  2DQC Y;  153L A;  2DQE Y;  1HEW A;  1LZR A;  1UIC A;  1IOC A;  1IY4 A;  4TUN A;  1FKQ A;  1NMM A;  5FEL A;  5I4X A;  4HSF A;  1JEF A;  1LJJ A;  3KAM A;  3CSR A;  2D4I A;  3M18 B;  2BQH A;  3WUM A;  1YKY X;  5F9X A;  5KXX A;  1LSB A;  193L A;  4LT1 A;  1RE2 A;  1JTP L;  1NQI A;  1YAN A;  2IHL A;  1TCY A;  207L A;  2F30 A;  3A90 A;  3AB6 A;  2AUB A;  5EBH A;  1VAU A;  4HJV A;  4DD3 A;  1J1X Y;  3EMS A;  5LAF A;  5K7O A;  3LYT A;  4U3X B;  5LVK A;  1GF8 A;  3A92 A;  1WQQ A;  4OOT A;  1B7S A;  4N0J A;  4IJ4 A;  1A2Y C;  2B5Z A;  3P68 A;  1BB4 A;  5KXT A;  4Z98 A;  1H87 A;  1UIG A;  1CKC A;  3A34 A;  3AZ4 A;  1LJH A;  3TXK A;  1W6Z A;  4N8Z A;  1VED A;  1UA6 Y;  1G7J C;  1YQV Y;  1B5X A;  1LJF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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