2CGIA

Siras structure of tetragonal lysozyme using derivative data collected at the high energy remote holmium kedge
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Anomalous Diffraction at Ultra-High Energy for Protein Crystallography.
doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME C
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-03-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2cgiA00
1RE2A 1DQJC 1MLCE 1CKHA 1WTMA 1GEVA 4G4CA 1IP4A 2XTHA 4TSBA 4DDBA 4N0JA 3ZVQA 5LIOA 1LZDA 3QNGA 3A3RX 3WL2A 1REZA 1E8LA 1DKKA 1CKFA 1GBZA 1CJ6A 1VDSA 2HECA 1NHEA 1N4FA 1GB9A 4WO6A 1GB3A 1IEEA 2FBDA 1IOQA 3TMVA 3WU9A 4WL6A 4DDAA 4OW1A 2W1XA 1LZAA 1SQ2L 3BKVA 1XFPL 1OUIA 2HUBA 5IHGA 3SP3A 2X0AA 1DXJA 1GF8A 1F6RA 193LA 3LZTA 1VDQA 5K7OA 1GFRA 3P65A 3P64A 1GBOA 2G4PA 4RW1A 5DL9A 5KJ9A 1REXA 1B0DA 4H8YA 1VATA 1LHJA 4QGZA 2D91A 1IP5A 5EBHA 1IOTA 1CJ7A 1OUCA 2IFFY 4YOPA 1B7PA 4HV1A 1T3PA 3TXFA 1DPXA 5B1GA 4NSGA 1GFEA 4N1EI 1GXV2 153LA 1Z55A 4OWCA 1LYOA 4TX7A 3CQLA 2H5ZA 3A67Y 1DZBX 2MEGA 2BQLA 3B0KA 6LYZA 1YANA 4XJBA 1B5WA 4Z98A 4B49A 2HEAA 3KAMA 1WQPA 4H94A 4GCEA 3FI7A 1HEMA 5LYMA 5KXWA 2BQNA 4E3UA 132LA 3AYQA 4WO9A 1NDMC 1UICA 3FE0A 1BVKC 1DI4A 1FDLY 4WG7A 3W3EA 5II3A 4XN6A 1NKHA 1QUTA 1YAOA 2BLYA 1IOCA 1OUHA 5DN5A 3F6ZA 1GF5A 4N1CC 3RZ4A 5I4XA 4LYZA 1XGTC 4YF2A 3WUNA 4EOFA 1HFYA 2F4GA 1FKQA 1HEQA 1NF5A 4KXIA 5KKIA 1I20A 5C6LA 1AKIA 5L3IA 4AXTA 1D6QA 3RT5X 1PS5A 1QTKA 4NSJA 3T36A 1GFHA 4H90A 1JHLA 4J7VA 1LYZA 1VEDA 3WVXA 1GE3A 1LZ4A 1QTEA 2ZWBA 3ATNA 1IORA 4OWEA 4PGJB 3WU8A 2BAAA 5KKJA 1NWGA 5A3ZA 1IR8A 5F9XA 9LYZA 1KIQC 1BQLY 1B5YA 2DQJY 2BPUA 2D6BA 4H8ZA 4NGOA 5D5FA 1LJNA 3CSQA 4WOAA 1LZ1A 2DQEY 3J4GA 1ZV5L 1HSWA 4RLNA 4UWNA 1XEJA 1GEZA 5E9RA 4G4HA 1LSDA 1EQ5A 1ZVHL 3WYHA 2WARA 4YEOA 2DQDY 4NGJA 1GHLA 1LHKA 1GB0A 1LSAA 1LSEA 1SLYA 2ZYPA 2Z38A 3B0IA 3TXKA 1QQYA 1IIZA 1NQIA 1HHLA 1C7PA 1WQRA 1AZFA 1G7MC 3HBEX 3AGGG 3K3TA 3N9EA 4ETAA 1IO5A 1CJ9A 4CGEA 1UIFA 5M1YA 3A93A 3W6BA 4XYYA 1QDTA 1GXXA 1UIDA 1TAYA 4H9IA 4NSHA 1IOSA 1BVXA 4L41A 2A7DA 4DD2A 4ZEEA 1LSYA 3CSZA 1G7HC 3W6CA 4IASA 3HFMY 1IC4Y 2BQFA 1IWWA 4U3XB 4XADA 4BAFA 5F81A 4NG8A 3TMUA 1LPIA 1UA6Y 2MECA 2H9KA 1AT5A 3LN2A 2YDGA 2Y8PA 1IP6A 4AGAA 1IP1A 5HNLA 5LVKA 4G4BA 5APCA 5HMJA 4XENA 1WQQA 1GBYA 4KPMA 1JIYA 1TEWA 2HU3A 4PRUA 1JKDA 2G4NA 2XBRA 3G3AB 1GF3A 1WQNA 1F6SA 4ML7A 2YBIA 1D0MA 3TMWA 2BQOA 1LSCA 1D0LA 4H9BA 4DD3A 1HEOA 2D4JA 1CKGA 1YKYX 5KXTA 2BQMA 2HEEA 4WM6A 1JTOL 3HBDA 4QY9A 1RJCB 1B7QA 1WVVA 4GLVA 1YAPA 2FBBA 5I53A 2BQHA 4NIJA 1I1ZA 1G7JC 5C6JA 1OUJA 2I26L 1D0KA 1OUGA 1IY4A 2BQIA 3VWOA 1JTTL 1BB3A 1HF4A 1XGPC 1V7SA 2IHLA 2CJLA 3TMXA 1GFVA 2A7FA 1B5UA 4OWHA 3ATOA 4R0FA 3B72A 1BWIA 5B05A 3CT5A 4FDYA 5DLAA 3TXEA 1LJKA 1IP3A 4ANRA 5T3FA 1BWJA 3J6KA 3QE8A 3WPLA 2ZNXY 1HFZA 4OWAA 1DPWA 3GXRA 3W6DA 133LA 4WL7A 2EKSC 4GLAA 1GF7A 5KXLA 4HTQA 5FDJA 4H9AA 1REMA 3WXUA 3B6LA 4ETEA 1B5ZA 4WLTA 2ZYCA 1LZRA 4NHPA 1HC0A 4FJRA 4B4JA 5ILCA 4NGLA 4ZFPA 4RW2A 5KXYA 1FLYA 2H9JA 4HJZA 4LT1A 1LJGA 4NG1A 1LZTA 1OUFA 4HP0A 2HEDA 5LVGA 8LYZA 3AJNA 1LZSA 4H93A 1FKVA 1HELA 1W6ZA 4NEBA 2Q0MX 3WUMA 1OQMA 2GV0A 4J0LA 1JISA 1GBXA 1FBIX 1BGIA 1GF0A 4PHIA 1EQEA 1LZ8A 2YBNA 1BB7A 3EMSA 4OOTA 4B4EA 1C08C 2XJWA 3QY4A 1UBZA 4B4IA 2DQIY 2Z2EA 1GF6A 1LZBA 1YAQA 2YBLA 4G49A 4MR1A 134LA 3A90A 4OWBA 5LYZA 3RU5A 2ZNWY 5KXNA 3A6CY 1XSFA 4XJGA 3G3BB 2FYCA 1BB4A 1LZEA 1LOZA 1QSAA 5IDDA 3AZ7A 4HPEA 4H8XA 1W08A 1JEFA 3WULA 4WM1A 1GAYA 1JKAA 4MCKA 1GE1A 5D5CA 1GFTA 2NWDX 3W6FA 1YQVY 2BQDA 4ETDA 4H9EA 1IWUA 1HSXA 1JSFA 1B5VA 4LT0A 1LMTA 1JKBA 1GFGA 4BS7A 5LAFA 5KXOA 1UIEA 2Z39A 2HEFA 4LT2A 5HLLA 1VAUA 4GCDA 1WQOA 1BWHA 1NBZC 1B7RA 1G7LC 2I25L 2VB1A 3BKHA 5J7CA 3IJUA 3AZ4A 2YBJA 1GE2A 1VFBC 4H92A 4H91A 4NY5A 4PRQA 1LZ6A 1GFAA 1T6VL 1KIPC 1J1PY 1A2YC 3AW7A 1DI3A 1OUDA 1ALCA 4NSIA 3ZVQB 1XEKA 1YL0X 4NGKA 4PPOA 2DQAA 4HJVA 1BB6A 3WPJA 1CJ8A 2DKVA 3A3QA 2LYOA 2DQCY 5LA8A 1AT6A 2BQJA 1EQ4A 2F2NA 2F30A 4DDCA 4WM5A 1D6PA 1IC5Y 4W94A 4HPIA 1GDWA 3W6EA 1KIRC 1J1OY 2DQFC 4GCCA 3CT1A 1IY3A 1F10A 1GB6A 5LVHA 3HBHA 4M4OA 5KY1A 3LYOA 4NWHA 1LSFA 2LYMA 1LAAA 1YL1X 4ET9A 1IWXA 1C45A 1LZCA 5APEA 1TCYA 1PZYA 3P66A 4NHSA 2EPEA 1IR7A 1I56A 1B9OA 2PC2A 1LSZA 1LTMA 1GF9A 3A95A 5C6IA 1FLUA 4Z3MA 154LA 3TXHA 4XJDA 4N8ZA 1OUEA 1GE4A 4HTKA 5FCPA 5ILFA 3OK0A 2B5ZA 1CKCA 1QUSA 1GDXA 4LYOA 1BHZA 1JJ0A 4DYGA 2AUBA 1O23A 2BQGA 3A92A 1B7MA 5DM9A 207LA 2N5ZA 4UWUA 3RW8A 1J1XY 5I5QA 5KXMA 5F14A 4WLXA 4NGWA 1DI5A 208LA 4NGZA 5I4YA 2DQHY 4TUNA 1G7IC 2EIZC 1LJ4A 1LYSA 1LJHA 4I8SA 4O34A 3P4ZA 5E4PA 4LYBA 1JPOA 1KXYA 2C8OA 4NWEA 3WW5A 1GF4A 4WLDA 1VDPA 1QIOA 2ZIJA 1REYA 1HEPA 2C8PA 2ZIKA 1JITA 5KXZA 3TXDA 4CFPA 1ZMYL 2W1YA 1CNSA 194LA 4WG1A 3EBAB 2FYDA 4N5RA 1LJ3A 2HEBA 3AZ6A 3MGWA 1LMCA 5LVJA 3D9AC 4IATA 3ZEKA 4Z46A 4DC4A 5I4WA 3IJVA 1JWRA 1LZNA 1XGRC 1UC0A 1UCOA 5FELA 4CHXA 1JUGA 3AGIA 1XEIA 2HTXA 1C43A 1LJJA 2Z19A 2Z12A 3A6BY 1LZYA 2BQEA 4Z41A 1KXWA 1LYYA 3A8ZA 5FEKA 4QEQA 1LSNA 1QSWA 1LHIA 2Z18A 3AZ5A 4YENA 3EXDA 4DD1A 1YROA 5I54A 2W1MA 2RSCA 1GAZA 4RDSA 1CKDA 1GBWA 3OJPA 4GN5C 4H1PA 4WM3A 1HERA 3LYZA 1LKSA 4QDNA 4RLMA 1WQMA 3T6UA 1NMMA 1RFPA 4ZIXA 1YKZX 1LMOA 2YBHA 1TDYA 1UIBA 2LZ2A 1D9UA 1YIKA 4NGYA 5B06A 3CSRA 4J1AA 5IELA 1GFJA 4ETBA 4LYTA 4KL7A 2W1LA 4LZTA 2MEHA 2DQGY 3W6AA 4NGIA 3TXIA 1IX0A 2MEAA 1GWDA 4H9HA 5KXRA 1LMQA 4GCFA 1EL1A 1LZ5A 2YSSC 1LHHA 4ETCA 4R6CA 1B7SA 5KXKA 1A4VA 4EMNA 1OP9B 1JJ3A 4DWXA 3CT0A 3WW6A 3AB6A 4HTNA 4DD0A 2CDSA 5A3EA 4XJFA 1JJ1A 1OUAA 5JENB 4A7DA 1LZ9A 1IP7A 1GFKA 1JTPL 3RNXA 3A96A 2HU1A 4TSCA 1LCNA 4HV2A 3A34A 5KXSA 2MEFA 2MEDA 2BQKA 4NFVA 5LAGA 1C46A 1FLQA 2EQLA 4DD9A 7LYZA 1H6MA 1UIGA 2BQBA 5HMVA 5LXWA 4DD7A 3A91A 4H9CA 1H87A 1YKXX 1DKJA 4LYCA 1TBYA 3WU7A 5APDA 4HSFA 1B7NA 5KXXA 1IWTA 4C5FA 1B2KA 5HNCA 3WUAA 2ZQ4A 5F16A 2YVBA 1UUZC 4MSTA 4NHTA 1AM7A 1GPQC 1HEWA 3WVYA 1GFUA 3WXTA 1IVMA 1HMLA 4LT3A 1GB7A 5LVIA 1HFXA 2BQAA 1HMKA 3M3UA 1UACY 4H9FA 1GD6A 3WMKA 4BADA 4C3WA 2I6ZA 5LA5A 4GN3A 1WTNA 4NHQA 1GB8A 1P2CC 1YILA 2CGIA 2LYZA 1LZGA 1LJEA 5LYTA 4II8A 1UIHA 1LJFA 1HENA 3M18B 5F9UA 3LHMA 4I0CA 5DN4A 3WH1A 4GCBA 4TTDA 1NDGC 4CFOA 4GN4A 2F4AA 1ZVYB 3CB7A 3N9AA 5AMYA 2CWIA 1INUA 4XJHA 1LMAA 2YBMA 1GB5A 2BQCA 1IWVA 4OOOA 1LJIA 3IWRA 1VDTA 1XGQC 2XBSA 2Z2FA 1HNLA 3AW6A 3B0OA 1JKCA 1FN5A 1C10A 1YAMA 2D4KA 4KT3A 4WM4A 1IR9A 3TXGA 4CJ2A 1MELL 2G4QA 4WLYA 3TXBA 2ZILA 3GXKA 4UWVA 5FSTA 4NHIA 4BAPA 1IWZA 135LA 1B5XA 2MEEA 2ZQ3A 1XGUC 5B59A 4D9ZA 1F0WA 5LINA 1LHLA 1OUBA 3ULRA 5KXPA 1GB2A 1QDRA 4WMGA 4LFXA 3D3DA 1LMNA 2LHMA 3P68A 4B0DA 4B1AA 5L9JA 3WPKA 5B07A 1LMPA 5FHWA 4YM8A 4IJ4A 1LKRA 1LSMA 1LSGA 3E3DA 3TXJA 3A94A 4X3BA 1IP2A 4W96A 4HJYA 4DT3A 1RI8B 1B7LA 1IC7Y 5APFA 4M6DA 1RCMA 4LFPA 5HQ1A 3LZ2A 4WM2A 4LYMA 1LHMA 1V7TA 4J1BA 5B1FA 4ET8A 4YEMA 1JSEA 2DBTA 4XJIA 2D4IA 3LYTA 4LGKA 1FLWA 4NGVA 1B7OA 1IWYA 2LZTA 4N9RA 2BLXA 4G9SA 1LSPA 3AGHA 4TWSA 2MEIA 6LYTA 1KXXA 3LYMA 1GBSA 1WVUA 2MEBA 3N9CA 5L3HA 2Z37A 1BB5A 1LSBA 1UIAA 1GE0A 4P2EA 4PJ2C 1NBYC 3EO5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RE2A 3SN6R 1WTMA 4N0JA 4E97A 1REZA 1GBZA 1GB3A 1IOQA 3WU9A 4WL6A 2W1XA 1L72A 3BKVA 3C8SA 2HUBA 1WTHA 2HUKA 193LA 3LZTA 104LA 2RB0X 1GBOA 4EPIA 196LA 4H8YA 1LHJA 238LA 1OUCA 4YOPA 1B7PA 1QT3A 1GFEA 1L0KA 1Z55A 1QUOA 118LA 4XJBA 1XJTA 4E3UA 206LA 1UICA 2RBQA 3W3EA 147LA 1QUTA 161LA 1LI6A 1YAOA 2BLYA 1IOCA 3RZ4A 1XGTC 2F4GA 1NF5A 2OTZX 4PJZA 1QTKA 1JHLA 1VEDA 4OWEA 1IORA 4PGJB 1QT4A 4I7MA 2BAAA 5A3ZA 2RAZX 4ARJA 1B5YA 1BQLY 2BPUA 4NGOA 1LZ1A 1HSWA 2F2QA 1L46A 2O4WA 4YEOA 1SLYA 2ZYPA 1G0GA 1LYGA 1IIZA 1C7PA 3N9EA 3K3TA 1G0QA 4XYYA 1L56A 1C6JA 1IOSA 1BVXA 4DD2A 1G7HC 1L61A 3HFMY 1P36A 1IWWA 4ARPA 4BAFA 1L81A 1L75A 1L51A 3FI5A 3HWLA 2B75A 5APCA 168LA 1TEWA 4PRUA 2G4NA 2XBRA 1WQNA 175LA 257LA 2YBIA 5KXTA 3HBDA 4QY9A 2RAYX 5I53A 130LA 1L49A 3HT8A 1C6BA 1D0KA 1L92A 1OUGA 1IY4A 1L15A 1BB3A 1LGWA 1HF4A 2IHLA 3TMXA 3ATOA 214LA 1L28A 5B05A 5DLAA 1HFZA 3W6DA 3HTBA 4GLAA 3L64A 3WXUA 4ETEA 1B5ZA 1HC0A 5ILCA 1C6KA 1FLYA 4LT1A 1LZTA 1L91A 3C8QA 5LVGA 8LYZA 1P56A 1L07A 1W6ZA 2GV0A 189LA 1JISA 1BGIA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1RE2 A;  1DQJ C;  1MLC E;  1CKH A;  1WTM A;  1GEV A;  4G4C A;  1IP4 A;  2XTH A;  4TSB A;  4DDB A;  4N0J A;  3ZVQ A;  5LIO A;  1LZD A;  3QNG A;  3A3R X;  3WL2 A;  1REZ A;  1E8L A;  1DKK A;  1CKF A;  1GBZ A;  1CJ6 A;  1VDS A;  2HEC A;  1NHE A;  1N4F A;  1GB9 A;  4WO6 A;  1GB3 A;  1IEE A;  2FBD A;  1IOQ A;  3TMV A;  3WU9 A;  4WL6 A;  4DDA A;  4OW1 A;  2W1X A;  1LZA A;  1SQ2 L;  3BKV A;  1XFP L;  1OUI A;  2HUB A;  5IHG A;  3SP3 A;  2X0A A;  1DXJ A;  1GF8 A;  1F6R A;  193L A;  3LZT A;  1VDQ A;  5K7O A;  1GFR A;  3P65 A;  3P64 A;  1GBO A;  2G4P A;  4RW1 A;  5DL9 A;  5KJ9 A;  1REX A;  1B0D A;  4H8Y A;  1VAT A;  1LHJ A;  4QGZ A;  2D91 A;  1IP5 A;  5EBH A;  1IOT A;  1CJ7 A;  1OUC A;  2IFF Y;  4YOP A;  1B7P A;  4HV1 A;  1T3P A;  3TXF A;  1DPX A;  5B1G A;  4NSG A;  1GFE A;  4N1E I;  1GXV 2;  153L A;  1Z55 A;  4OWC A;  1LYO A;  4TX7 A;  3CQL A;  2H5Z A;  3A67 Y;  1DZB X;  2MEG A;  2BQL A;  3B0K A;  6LYZ A;  1YAN A;  4XJB A;  1B5W A;  4Z98 A;  4B49 A;  2HEA A;  3KAM A;  1WQP A;  4H94 A;  4GCE A;  3FI7 A; 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 3M18 B;  5F9U A;  3LHM A;  4I0C A;  5DN4 A;  3WH1 A;  4GCB A;  4TTD A;  1NDG C;  4CFO A;  4GN4 A;  2F4A A;  1ZVY B;  3CB7 A;  3N9A A;  5AMY A;  2CWI A;  1INU A;  4XJH A;  1LMA A;  2YBM A;  1GB5 A;  2BQC A;  1IWV A;  4OOO A;  1LJI A;  3IWR A;  1VDT A;  1XGQ C;  2XBS A;  2Z2F A;  1HNL A;  3AW6 A;  3B0O A;  1JKC A;  1FN5 A;  1C10 A;  1YAM A;  2D4K A;  4KT3 A;  4WM4 A;  1IR9 A;  3TXG A;  4CJ2 A;  1MEL L;  2G4Q A;  4WLY A;  3TXB A;  2ZIL A;  3GXK A;  4UWV A;  5FST A;  4NHI A;  4BAP A;  1IWZ A;  135L A;  1B5X A;  2MEE A;  2ZQ3 A;  1XGU C;  5B59 A;  4D9Z A;  1F0W A;  5LIN A;  1LHL A;  1OUB A;  3ULR A;  5KXP A;  1GB2 A;  1QDR A;  4WMG A;  4LFX A;  3D3D A;  1LMN A;  2LHM A;  3P68 A;  4B0D A;  4B1A A;  5L9J A;  3WPK A;  5B07 A;  1LMP A;  5FHW A;  4YM8 A;  4IJ4 A;  1LKR A;  1LSM A;  1LSG A;  3E3D A;  3TXJ A;  3A94 A;  4X3B A;  1IP2 A;  4W96 A;  4HJY A;  4DT3 A;  1RI8 B;  1B7L A;  1IC7 Y;  5APF A;  4M6D A;  1RCM A;  4LFP A;  5HQ1 A;  3LZ2 A;  4WM2 A;  4LYM A;  1LHM A;  1V7T A;  4J1B A;  5B1F A;  4ET8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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