2D4JA

Transformed monoclinic crystal of hen egg-white lysozyme from a heavy water solution
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural phase transition of monoclinic crystals of hen egg-white lysozyme
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-10-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2d4jA00
1ZMYL 4RLNA 4WM1A 3GXKA 4DD2A 1LJKA 1QTEA 1GF6A 1B5XA 4NGWA 4Z41A 4TX7A 1UA6Y 1PS5A 5APDA 5FCPA 1QIOA 4ETAA 3E3DA 3CT1A 1DI4A 4WMGA 1GB6A 2MEDA 3P66A 4QDNA 3WL2A 4GCEA 3LYZA 1LOZA 1WVVA 4TSBA 4HTNA 1AKIA 5I53A 1OUEA 4X3BA 1LZBA 1G7IC 4NHIA 1GF7A 2G4PA 2BQEA 5B1GA 4KL7A 1BWHA 2Z39A 4WM6A 1VAUA 4H9EA 1LSPA 2XTHA 2DQCY 1YAQA 5LVGA 5DN5A 5K7OA 3LZ2A 4H9IA 4WLTA 4XJIA 5B06A 5KXKA 2BQAA 4J7VA 4NG8A 1FBIX 3A96A 5IHGA 1HSWA 1JTOL 3B0KA 4D9ZA 2BLYA 1J1OY 1BHZA 1LKSA 1LSBA 2D4IA 2ZNXY 1LZ1A 4NHTA 3N9EA 4PRUA 3AB6A 4GN3A 3ULRA 4PPOA 3WVYA 4NHPA 3AYQA 1FLYA 2XBSA 5B59A 2CDSA 1HEPA 4YM8A 5HMVA 1DPXA 1NHEA 2DQFC 3LHMA 1H87A 2F2NA 4WL6A 4CHXA 4ML7A 2EPEA 5C6LA 1LZCA 4G4BA 2HU1A 1LZGA 3B0IA 4GCFA 5KJ9A 4WL7A 1LSEA 1JJ0A 4NWEA 4H1PA 1JIYA 1UIFA 5KXRA 1LJ3A 1B7SA 4GLAA 5LXWA 3WYHA 2DBTA 4N9RA 5LA5A 1CJ6A 1EQEA 5JENB 2FBBA 1DQJC 1GF3A 5LVIA 2AUBA 1KIQC 1YILA 1WQRA 2YSSC 1FKVA 1LZSA 1G7HC 4NGZA 1QQYA 2Z19A 3HBDA 1LJNA 208LA 4OWAA 3RU5A 1FN5A 3M3UA 5I5QA 1VDSA 5LINA 1HEOA 1GF4A 4QEQA 4U3XB 4II8A 1NBZC 5L3HA 1HNLA 4I0CA 1C08C 1XEIA 1UACY 1W6ZA 5F16A 1QUSA 2YBHA 3A90A 1GFKA 3TXDA 3AJNA 2DQGY 2XJWA 1OQMA 4GCCA 4HJZA 3TXIA 1G7JC 4HP0A 2HEBA 5C6IA 1I56A 2XBRA 3F6ZA 1IP2A 1LYYA 4LYCA 5DM9A 1WQMA 3A34A 4UWUA 3T36A 2Z2EA 3TMUA 3RT5X 1B5VA 4HPIA 5E4PA 4OWCA 5KXTA 2DQJY 3AW7A 4HTKA 1BQLY 3A6BY 4G9SA 4AGAA 3WUNA 4DDCA 1EL1A 4W94A 5FDJA 3TXFA 3OJPA 1IOTA 1YKXX 1F6SA 2D91A 1ZV5L 5EBHA 1LZ9A 4HJVA 4BADA 4GCBA 1HHLA 2W1LA 6LYTA 4E3UA 3ZVQA 1NDGC 1UUZC 2FBDA 3IWRA 3WW5A 4IJ4A 1JEFA 2EQLA 3AGGG 4ET8A 3WMKA 134LA 1HFZA 4Z3MA 4WLDA 1LYZA 1OUGA 3MGWA 3TXEA 4XJHA 4BAFA 4LZTA 4ZEEA 4OWEA 4NWHA 1JJ1A 1LSAA 1WTNA 1GHLA 2G4NA 1OUIA 1BB4A 2IHLA 3AGIA 1IR9A 1QDTA 3CSZA 4TSCA 4WLXA 5E9RA 5HNLA 3A3RX 3TMVA 4H92A 5LYMA 2C8PA 2CGIA 3W3EA 1JPOA 4KPMA 1GD6A 1I1ZA 2DQHY 3D9AC 4DYGA 6LYZA 4TWSA 1AT6A 4O34A 1OUJA 1N4FA 1B0DA 1UC0A 3W6EA 1IWWA 1JSFA 4IASA 5I4YA 1JWRA 1SLYA 1JKAA 4MR1A 1NWGA 4LYOA 4UWVA 3G3BB 1ZVHL 2MEEA 2LZ2A 2RSCA 1RE2A 3EBAB 3IJVA 2W1MA 1REXA 4LFPA 3W6FA 4CFPA 1IC5Y 1CKFA 3WUAA 1GE1A 1HERA 4XJGA 2BQIA 2BQKA 3M18B 2BQLA 1B9OA 4B4EA 2WARA 2NWDX 1B5YA 1F0WA 1LSZA 3CQLA 4RW2A 5HLLA 1GF0A 1YL1X 5D5FA 3CT5A 3J4GA 2HUBA 4CFOA 5B05A 3WPJA 1REYA 1D0KA 2W1XA 5LYTA 2EIZC 3EMSA 2LYMA 1GDWA 4N1EI 2I26L 1OUHA 3TXKA 4BAPA 1LTMA 3AZ7A 3N9AA 5I54A 1HELA 4WM4A 3AW6A 1UIBA 4M6DA 1GBWA 2BQNA 1BGIA 5KXZA 3W6BA 4QY9A 1LJEA 4YENA 1IR8A 1D0MA 4RW1A 1REZA 4DD1A 1IORA 1KXXA 5APFA 8LYZA 1QTKA 4DD3A 3A93A 3K3TA 1JKBA 4J1AA 1V7TA 1IP5A 5A3EA 1LSNA 2BLXA 3WPKA 3AZ6A 1LJHA 4DC4A 5A3ZA 1CJ7A 2EKSC 2ZIJA 3AZ5A 1VFBC 4NGJA 4H90A 1B7MA 4EOFA 2D4KA 1IWUA 2MECA 3BKHA 1CKGA 1HFXA 1DZBX 2YDGA 4PGJB 1SQ2L 1GF5A 3EXDA 1HFYA 4J0LA 2I6ZA 4DDAA 5KXXA 4M4OA 4H9CA 1GE2A 1P2CC 2HEFA 2Z2FA 4UWNA 3IJUA 1LMPA 1F6RA 1BB7A 4Z46A 1JJ3A 1LYSA 1TEWA 3LYTA 4LFXA 1WQQA 4OOTA 1VATA 5LAFA 4ET9A 5KY1A 1IEEA 4AXTA 1YQVY 4B49A 2Z18A 1IC4Y 5LVHA 1RFPA 1GE3A 3RNXA 1IO5A 4EMNA 1YKZX 1A2YC 2A7FA 1GDXA 3N9CA 3SP3A 1C10A 1YAOA 1GFRA 1D6QA 4NGIA 5LVJA 1VEDA 4W96A 4QGZA 1GPQC 4NIJA 2ZNWY 4H9FA 2LYZA 4Z98A 1IP4A 4TUNA 4YEOA 3AZ4A 2CWIA 2B5ZA 2LHMA 2HU3A 1HMLA 1O23A 3VWOA 3P4ZA 2BQDA 1GFHA 1LHHA 2F4GA 2MEFA 1LZDA 1ZVYB 1FLUA 5I4WA 1KIRC 1IWVA 1INUA 1CKDA 1GB3A 2CJLA 4N0JA 4NEBA 3CSQA 1B7OA 1IOQA 1HEMA 1DPWA 1KIPC 1UIDA 4DD7A 1YAMA 4NSJA 5APCA 1CNSA 2HEDA 1LHJA 1AZFA 4LYBA 1OUCA 2PC2A 1B5UA 3EO5A 3FE0A 4WLYA 3A91A 5KXWA 2FYCA 5AMYA 1LMAA 1BVKC 1IP7A 1UIEA 2MEBA 1UIAA 3CT0A 1GBXA 2HECA 2BQJA 4GLVA 4LT1A 5HMJA 2YVBA 4DD0A 1LZEA 1LCNA 1IY4A 1T3PA 4N5RA 4I8SA 1KXWA 2MEAA 2Z37A 3ATOA 1BB6A 5KXYA 4DD9A 2BQCA 2F4AA 1IY3A 2X0AA 3TXHA 193LA 1GBZA 1TAYA 1UIHA 3TXBA 5I4XA 2ZYPA 4NGLA 1XEKA 2ZIKA 4XN6A 1CKCA 4H91A 5IDDA 2BPUA 2ZWBA 3B72A 1GB7A 1LHLA 2DQIY 1LZRA 1LSDA 5T3FA 3AGHA 4YF2A 5HNCA 1NF5A 4LYMA 1GFTA 2YBNA 4XYYA 5DN4A 3WUMA 1GB5A 1BWIA 1QUTA 3BKVA 1GBOA 4L41A 5KXLA 1A4VA 1GFVA 1B7RA 1BB5A 1WQOA 3QNGA 1LSCA 3T6UA 2H5ZA 4R0FA 2DQDY 5M1YA 1LKRA 1D0LA 4LYZA 1HEWA 4PHIA 4ZFPA 1GF8A 1GFGA 2YBLA 4H9HA 1XGRC 3WU9A 2LYOA 1XSFA 1GFJA 2BQGA 1B5WA 1LMQA 1CJ8A 4HJYA 5FEKA 4J1BA 1LZ6A 1GFEA 4TTDA 1IWZA 4HTQA 1YROA 1REMA 4LYTA 3KAMA 1DXJA 1LZ8A 4ANRA 1LHMA 1LJ4A 1UBZA 2DQAA 3ATNA 4YEMA 1IR7A 1B7LA 2Z12A 3A3QA 1IP1A 3A8ZA 3LYOA 1HC0A 4NY5A 4GN4A 1BWJA 1C46A 4GCDA 1XGUC 4C5FA 2BQFA 1AT5A 2YBJA 1IIZA 1KXYA 1GFUA 2HTXA 1ALCA 4XJFA 1GB0A 1LJFA 3B0OA 3B6LA 4G49A 4A7DA 4ETEA 4NGOA 5FSTA 1EQ4A 2Q0MX 1JKDA 1NDMC 4WM3A 5B07A 1IP6A 1GFAA 4WM5A 2I25L 3QY4A 1TCYA 5ILCA 1DI3A 4WO9A 3P68A 2IFFY 5F81A 4IATA 5II3A 1FLWA 1WVUA 2FYDA 2H9JA 3A94A 1FLQA 5D5CA 2D4JA 1VDPA 2LZTA 1XGTC 3WU8A 3WVXA 4MCKA 4OWBA 1YANA 1YKYX 2BQBA 2ZILA 4G4CA 4OWHA 5KXOA 4B4IA 154LA 3WU7A 1J1XY 2MEGA 5C6JA 1JSEA 3A95A 5FELA 4PRQA 1HMKA 1GE0A 1XGPC 1LHIA 5HQ1A 5L9JA 3TXJA 1GB8A 3TMWA 2A7DA 4H8YA 3WPLA 1JISA 3P65A 2ZYCA 1DKKA 1JUGA 2C8OA 1JKCA 1LMOA 4FDYA 1IVMA 3A6CY 1RJCB 5KKIA 1LAAA 4H94A 2Z38A 2Y8PA 1Z55A 3CB7A 1LZ4A 1YAPA 4NSGA 4OOOA 4YOPA 1QSAA 5LVKA 3W6AA 3ZEKA 1EQ5A 1B2KA 4HSFA 1MLCE 1T6VL 2W1YA 3OK0A 4PJ2C 1C43A 1XEJA 4WO6A 2BAAA 1IX0A 5F9UA 1OP9B 2G4QA 4H9AA 1GEZA 1HSXA 1GB2A 2ZQ4A 1BB3A 4RLMA 1CJ9A 1NKHA 1GXV2 3P64A 4XJDA 3W6DA 1FKQA 1TDYA 1VDTA 4LT2A 4G4HA 3A92A 1UIGA 1XFPL 1D9UA 5B1FA 3J6KA 4DDBA 1MELL 2D6BA 2F30A 4BS7A 4ETCA 4MSTA 3GXRA 4FJRA 3CSRA 1LZNA 5KXNA 3ZVQB 4DWXA 3LN2A 5LA8A 1JTTL 1LYOA 4WG7A 194LA 5APEA 1OUAA 3QE8A 1GWDA 1F10A 4N1CC 1J1PY 4NFVA 4NGVA 5FHWA 4P2EA 3HBEX 153LA 4OW1A 4GN5C 1B7PA 1OUFA 1OUBA 2ZQ3A 4HV2A 1LHKA 2BQMA 2H9KA 4ETDA 3D3DA 4NHQA 1I20A 9LYZA 207LA 1C7PA 4H93A 1NMMA 5KXSA 5F14A 1DKJA 1FDLY 4WOAA 5L3IA 3HFMY 1BVXA 2VB1A 1G7LC 1HF4A 1B7QA 1OUDA 1AM7A 5KXPA 4XADA 133LA 1NBYC 1GBYA 1LSGA 1LPIA 4CGEA 3FI7A 3TMXA 1NQIA 1GEVA 4H9BA 2DKVA 1IOSA 4ETBA 5LAGA 4NSIA 5KKJA 1HENA 3WW6A 1UCOA 1XGQC 2YBIA 4NHSA 5DLAA 3G3AB 3LYMA 4WG1A 2N5ZA 1GBSA 1H6MA 1LZAA 1WTMA 4H8XA 4LGKA 1LSMA 4NG1A 4B0DA 4B4JA 5ILFA 1LSYA 135LA 1D6PA 1JTPL 1PZYA 1IP3A 1GAYA 1LZYA 1IWYA 4H8ZA 1GE4A 1LMTA 5DL9A 1IC7Y 1V7SA 4NGYA 1GXXA 4KT3A 4LT0A 5KXMA 1HEQA 4RDSA 3WH1A 4NSHA 1IWTA 1E8LA 1LJGA 3W6CA 1IOCA 4XJBA 4NGKA 1WQNA 1WQPA 1JITA 1QDRA 1QSWA 1LZTA 4LT3A 3RW8A 3LZTA 4C3WA 4KXIA 1W08A 1YIKA 3WXTA 5J7CA 7LYZA 2BQOA 1DI5A 3HBHA 3TXGA 1RCMA 4B1AA 1B5ZA 1CKHA 3RZ4A 1B7NA 1LMCA 1RI8B 132LA 1JHLA 4HV1A 2HEEA 4CJ2A 2BQHA 4ZIXA 1LMNA 2GV0A 1TBYA 2DQEY 4HPEA 4WM2A 1LZ5A 5LYZA 1YL0X 1LJIA 1LJJA 1VDQA 5F9XA 2MEIA 2YBMA 1GB9A 4N8ZA 1GF9A 2MEHA 1G7MC 1GAZA 5LIOA 3WXUA 4R6CA 2HEAA 1UICA 1C45A 1LSFA 3A67Y 4DT3A 3WULA 4XENA 5IELA 1IWXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DD2A 1L01A 4TX7A 1QIOA 4DJHA 3E3DA 4ARQA 4ETAA 1PQOA 4WMGA 1L48A 1GB6A 4QDNA 4GCEA 3LYZA 1LOZA 1LYFA 4HTNA 5I53A 3C7YA 159LA 2G4PA 5B1GA 1BWHA 4WM6A 3HH6A 3F9LA 1L45A 3LZ2A 4WLTA 5B06A 1T97A 156LA 1PQKA 4YXAC 3B0KA 3L64A 2ZNXY 3ULRA 4PPOA 1NHBA 2CDSA 5HMVA 2DQFC 1L28A 4CHXA 4GCFA 5KXRA 4GLAA 5LXWA 3WYHA 2DBTA 3HH4A 3DN6A 3OE9A 1DQJC 2YSSC 1FKVA 2Z19A 3HBDA 1LJNA 4OWAA 4I7SA 1QUSA 3AJNA 178LA 2RBPA 2HEBA 2XBRA 3T36A 3TMUA 1WQMA 1QSQA 1C6CA 4HPIA 5E4PA 1OVHA 4OWCA 5KXTA 142LA 1BQLY 3A6BY 4G9SA 1LGXA 4DDCA 1EL1A 5FDJA 1QS9A 1QUHA 1IOTA 3OJPA 2D91A 4HJVA 141LA 6LYTA 4I7QA 1JEFA 3AGGG 1HFZA 1L18A 3MGWA 3TXEA 1L25A 1L91A 4NWHA 2LCBA 1BB4A 3AGIA 1IR9A 3TMVA 1CUQA 138LA 4PK0A 3A3RX 242LA 1P6YA 3C8RA 2C8PA 2CGIA 1JPOA 1GD6A 4DYGA 6LYZA 1L81A 1UC0A 1N4FA 3W6EA 1IWWA 1L87A 1JWRA 1L66A 1ZVHL 3IJVA 1RE2A 1GE1A 1HERA 1L29A 4XJGA 2B6YA 1L92A 2WARA 4RW2A 1B5YA 5B05A 3WPJA 1D0KA 5LYTA 2B6TA 4N1EI 2I26L 1OUHA 3AZ7A 5I14A 1UIBA 4I7RA 3K2RA 1GBWA 2L78A 1LJEA 4YENA 1QT4A 200LA 1L34A 3C83A 220LA 1V7TA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ZMY L;  4RLN A;  4WM1 A;  3GXK A;  4DD2 A;  1LJK A;  1QTE A;  1GF6 A;  1B5X A;  4NGW A;  4Z41 A;  4TX7 A;  1UA6 Y;  1PS5 A;  5APD A;  5FCP A;  1QIO A;  4ETA A;  3E3D A;  3CT1 A;  1DI4 A;  4WMG A;  1GB6 A;  2MED A;  3P66 A;  4QDN A;  3WL2 A;  4GCE A;  3LYZ A;  1LOZ A;  1WVV A;  4TSB A;  4HTN A;  1AKI A;  5I53 A;  1OUE A;  4X3B A;  1LZB A;  1G7I C;  4NHI A;  1GF7 A;  2G4P A;  2BQE A;  5B1G A;  4KL7 A;  1BWH A;  2Z39 A;  4WM6 A;  1VAU A;  4H9E A;  1LSP A;  2XTH A;  2DQC Y;  1YAQ A;  5LVG A;  5DN5 A;  5K7O A;  3LZ2 A;  4H9I A;  4WLT A;  4XJI A;  5B06 A;  5KXK A;  2BQA A;  4J7V A;  4NG8 A;  1FBI X;  3A96 A;  5IHG A;  1HSW A;  1JTO L;  3B0K A;  4D9Z A;  2BLY A;  1J1O Y;  1BHZ A;  1LKS A;  1LSB A;  2D4I A;  2ZNX Y;  1LZ1 A;  4NHT A;  3N9E A;  4PRU A;  3AB6 A;  4GN3 A;  3ULR A;  4PPO A;  3WVY A;  4NHP A;  3AYQ A;  1FLY A;  2XBS A;  5B59 A;  2CDS A;  1HEP A;  4YM8 A;  5HMV A;  1DPX A;  1NHE A;  2DQF C;  3LHM A;  1H87 A;  2F2N A;  4WL6 A;  4CHX A;  4ML7 A;  2EPE A;  5C6L A;  1LZC A;  4G4B A;  2HU1 A; 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 1BVX A;  2VB1 A;  1G7L C;  1HF4 A;  1B7Q A;  1OUD A;  1AM7 A;  5KXP A;  4XAD A;  133L A;  1NBY C;  1GBY A;  1LSG A;  1LPI A;  4CGE A;  3FI7 A;  3TMX A;  1NQI A;  1GEV A;  4H9B A;  2DKV A;  1IOS A;  4ETB A;  5LAG A;  4NSI A;  5KKJ A;  1HEN A;  3WW6 A;  1UCO A;  1XGQ C;  2YBI A;  4NHS A;  5DLA A;  3G3A B;  3LYM A;  4WG1 A;  2N5Z A;  1GBS A;  1H6M A;  1LZA A;  1WTM A;  4H8X A;  4LGK A;  1LSM A;  4NG1 A;  4B0D A;  4B4J A;  5ILF A;  1LSY A;  135L A;  1D6P A;  1JTP L;  1PZY A;  1IP3 A;  1GAY A;  1LZY A;  1IWY A;  4H8Z A;  1GE4 A;  1LMT A;  5DL9 A;  1IC7 Y;  1V7S A;  4NGY A;  1GXX A;  4KT3 A;  4LT0 A;  5KXM A;  1HEQ A;  4RDS A;  3WH1 A;  4NSH A;  1IWT A;  1E8L A;  1LJG A;  3W6C A;  1IOC A;  4XJB A;  4NGK A;  1WQN A;  1WQP A;  1JIT A;  1QDR A;  1QSW A;  1LZT A;  4LT3 A;  3RW8 A;  3LZT A;  4C3W A;  4KXI A;  1W08 A;  1YIK A;  3WXT A;  5J7C A;  7LYZ A;  2BQO A;  1DI5 A;  3HBH A;  3TXG A;  1RCM A;  4B1A A;  1B5Z A;  1CKH A;  3RZ4 A;  1B7N A;  1LMC A;  1RI8 B;  132L A;  1JHL A;  4HV1 A;  2HEE A;  4CJ2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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