2D6BA

Novel bromate species trapped within a protein crystal
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An ensemble of crystallographic models enables the description of novel bromate-oxoanion species trapped within a protein crystal
pubmed doi rcsb
molecule keywords lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-11-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2d6bA00
2H9JA 2BQEA 1SLYA 4HJZA 1DI3A 1LYYA 1IP2A 3TXGA 3A91A 3E3DA 3K3TA 1GDXA 1CKHA 2ZWBA 1XEIA 1LZYA 4TSCA 2Z2EA 3WYHA 1LSNA 5B05A 1UBZA 3A3QA 4J0LA 5DN5A 1IWUA 2F2NA 1KIQC 1GB3A 4KT3A 5E4PA 5ILCA 4TWSA 4WL7A 1WTNA 5LA8A 2A7FA 3OK0A 1LTMA 4G49A 1G7JC 3LZTA 5L3IA 2BQHA 3TMUA 1PS5A 2MEGA 1HEWA 1GFGA 2ZNXY 4G4HA 1IO5A 3OJPA 3A6BY 5F14A 1GXV2 1MLCE 1B7QA 1XGRC 3AGGG 4BAFA 3SP3A 4GN4A 4N5RA 208LA 4C5FA 3WXTA 1BHZA 1FDLY 4XJDA 3W6FA 6LYZA 5B1GA 1B5YA 2EIZC 3P64A 1LSBA 1BVXA 1IEEA 1GF0A 2DQCY 4H9AA 1AM7A 2YSSC 4ML7A 3N9CA 3ZVQB 4ETAA 1G7MC 4ETEA 4NGLA 4WLYA 4A7DA 4LYOA 3TXIA 1WQMA 2LZTA 4ET9A 1B5ZA 1FLUA 4DD2A 3P66A 1HC0A 4WL6A 1UIDA 153LA 3IJVA 4FDYA 5K7OA 1GPQC 1W08A 3B72A 1UA6Y 1ZVYB 2I26L 3FE0A 4H93A 4HV1A 1B2KA 2HEDA 4XENA 1RJCB 4CJ2A 1DZBX 1GBWA 1WTMA 2MEEA 4NSHA 5KXTA 3W6BA 1REMA 4UWNA 1YROA 4CFPA 4NGOA 2RSCA 3ATOA 4PJ2C 4B0DA 2FBBA 1GB6A 1DPWA 1YILA 5LINA 3A95A 154LA 2D6BA 4M4OA 1LZ4A 1HENA 3EXDA 4NFVA 3ZVQA 1IR7A 1YAOA 3A34A 4WLXA 4G9SA 5I53A 1B9OA 1B7RA 3AGIA 1Z55A 4OWAA 1LMPA 4DD3A 5KKIA 1CJ9A 4P2EA 1GBZA 5LXWA 1HELA 1PZYA 3EO5A 4UWUA 1YL1X 1RFPA 1EQ4A 1GFHA 3B0IA 3EMSA 4R6CA 1NBYC 2BQGA 1LYOA 4DDBA 4MSTA 2BQBA 2HUBA 1JWRA 1LPIA 1JJ3A 1LZRA 3J4GA 2W1LA 4WLDA 5LAFA 1UACY 1HEOA 1KXYA 2G4NA 3VWOA 1FLYA 1GF6A 5DM9A 1IR9A 1IX0A 1JTPL 5D5FA 1E8LA 4D9ZA 1DQJC 4RLMA 4DWXA 4LZTA 1VAUA 5KXMA 3AW7A 4Z46A 4NHTA 1T6VL 2HU3A 3A92A 4NGYA 4CFOA 1LMOA 4NWHA 1ZVHL 1FLWA 1KIPC 1J1XY 1ZMYL 4GCFA 1LSAA 4C3WA 1GE1A 4M6DA 4E3UA 4HJVA 1WQPA 4YF2A 5IHGA 2MEIA 3WULA 1ZV5L 1WVUA 1GAZA 1F6RA 3AZ4A 2ZILA 1XEJA 5LYTA 2NWDX 3TXEA 1GFKA 5I4XA 5B06A 1I20A 4WO9A 2CWIA 1AT5A 2XBRA 1WQQA 1GE2A 3A6CY 1QUSA 1LZ6A 5KXNA 1VDTA 1XGUC 2C8OA 1YIKA 4CGEA 5DL9A 1IWVA 1HFZA 4G4CA 7LYZA 1UICA 9LYZA 5KY1A 5LA5A 1INUA 1O23A 1IWWA 1UIHA 3A90A 1GBSA 1GBYA 2BQAA 4NWEA 1CNSA 1NF5A 5JENB 4LGKA 1HEPA 4H9IA 3WW6A 4H1PA 3EBAB 1VDQA 1LHIA 1VFBC 1YKXX 1JTTL 2IHLA 4FJRA 4LYBA 3T6UA 4GLAA 4B49A 1IR8A 4GN3A 2BQKA 4WLTA 3WUAA 3RZ4A 2FBDA 1HERA 2YBIA 3IWRA 2B5ZA 1D0MA 1YAQA 3KAMA 4KL7A 1D6PA 1LHHA 2DQIY 2DBTA 4YENA 1DKJA 4XJBA 1GFJA 2XJWA 2HEFA 1B5WA 2BQCA 4LFPA 4H9EA 4OWBA 1GFVA 4QEQA 3WUMA 2YBMA 4YEOA 2CDSA 1XEKA 2I6ZA 4NSIA 1OUDA 1QTEA 2BQDA 1NWGA 4HTKA 4N8ZA 5ILFA 4DYGA 3HFMY 3TMWA 1YAPA 1LCNA 1OUEA 4WM3A 1GE0A 1QSAA 1LZ5A 3B0KA 4N9RA 4LT3A 1BWJA 1NDGC 1B7MA 1QIOA 1UC0A 1IOQA 1XGPC 2ZQ3A 4L41A 4HP0A 4ETBA 4H9FA 4OWCA 2HU1A 1JTOL 1J1PY 1GF9A 1LYSA 2LZ2A 1IC7Y 4EMNA 1G7IC 1I56A 4RW2A 1C10A 5LAGA 4DDAA 4DD9A 1EL1A 1LZ8A 1B7PA 1LZGA 4TTDA 3ATNA 1GWDA 1CKGA 2BPUA 3MGWA 1HMKA 1IP1A 1LJEA 2A7DA 2Z12A 5I5QA 1YANA 4RW1A 3G3AB 1D0KA 5T3FA 3LYMA 4KPMA 4YM8A 1YAMA 3B6LA 3M18B 4XADA 4J1AA 4ETCA 3RT5X 4ET8A 4OOOA 3LYTA 2IFFY 1GFTA 1CKFA 4DD0A 1GD6A 5KXXA 1QDTA 4B4IA 3QNGA 1B7LA 1FKVA 1RE2A 1GB7A 4H8YA 1RCMA 4LT1A 4NHQA 1D9UA 2I25L 3RW8A 3W6CA 1WVVA 2HEBA 2VB1A 1GBXA 4QY9A 1YL0X 4QGZA 3RU5A 2CJLA 1LJHA 1FKQA 1IP6A 4GN5C 4H9CA 3TMXA 3WU9A 2YBJA 1JJ0A 1LSPA 1P2CC 1LZAA 2MEFA 1OUAA 1GEZA 1YKZX 1IOTA 2W1YA 1OUCA 2GV0A 3AGHA 4NG1A 1VDSA 3WXUA 4TX7A 5FDJA 3CT5A 2D4JA 3TXJA 5C6JA 3J6KA 5KXOA 1JJ1A 5KXWA 1JKBA 1TBYA 4NGIA 3ULRA 4HTNA 3WW5A 5APFA 3CSZA 4G4BA 4NEBA 4Z41A 1LZBA 1LSGA 2Y8PA 5DN4A 1LZEA 2EQLA 3CSRA 2BQIA 2EPEA 2HTXA 2DQEY 5IELA 4N1EI 1EQ5A 1GFAA 2BQFA 2LYMA 3G3BB 1IWTA 5C6LA 1F0WA 5HMVA 3LN2A 1UCOA 1C08C 1JHLA 1YQVY 1JITA 3W6AA 1LJ3A 4GLVA 1OP9B 4NHSA 4WM1A 2LHMA 2Q0MX 1H6MA 1V7TA 2LYZA 4GCCA 193LA 5D5CA 4AXTA 1AKIA 3N9EA 4LYMA 3HBDA 2YVBA 4II8A 2MEAA 5I54A 3CB7A 1GE4A 1B5XA 1LHMA 4DD7A 1MELL 3CQLA 1GXXA 4GCBA 1OUJA 4R0FA 4BS7A 3LHMA 1JSEA 1WQOA 5HNLA 5LYZA 1I1ZA 4PRQA 1KXXA 4B4JA 1B7OA 1LHJA 3CT0A 1REXA 4HSFA 1BWIA 2Z2FA 2G4QA 1GF8A 4Z3MA 1NBZC 2BLXA 2YBLA 1JSFA 1LZTA 1YKYX 1A2YC 2ZYPA 4RDSA 3WVYA 4XN6A 4N1CC 2XTHA 4ANRA 1B7SA 2BQJA 2HEEA 4WG7A 3AZ6A 3TXHA 5LYMA 1F6SA 5KXLA 2DQJY 5F16A 4DC4A 5F9XA 1LJFA 4DT3A 1C43A 2W1XA 4H8ZA 5FSTA 3CT1A 1REZA 4B4EA 1LMCA 1GAYA 1HSXA 1SQ2L 1QSWA 3FI7A 4O34A 4X3BA 5I4YA 2BQOA 6LYTA 5KXKA 4H90A 4Z98A 1UIBA 2DQFC 2Z39A 5C6IA 1HF4A 1FBIX 4HPIA 4QDNA 1FLQA 1DI5A 1LSYA 1LJKA 1T3PA 2PC2A 207LA 3A8ZA 4WOAA 1BB3A 4GCDA 5B1FA 3WMKA 1TDYA 1C46A 4LT0A 4WM6A 5IDDA 5J7CA 5LVHA 1LJGA 1D6QA 4YOPA 1GFEA 4NHIA 1JPOA 1BGIA 2D91A 1BVKC 4OWHA 2BLYA 1J1OY 1BB4A 4KXIA 4W94A 1IORA 2G4PA 1D0LA 1GDWA 5APEA 135LA 4XJGA 1LHKA 5LIOA 3WH1A 1GF3A 2MEBA 1GF7A 3P4ZA 4OWEA 3TXBA 1CJ8A 2ZIKA 2MEHA 3W6EA 4H94A 1EQEA 1LZ1A 2F30A 1DKKA 1UIEA 1XSFA 5A3ZA 1TCYA 4XYYA 5KXZA 4NSJA 4HV2A 4MR1A 1ALCA 133LA 1BB7A 3LYZA 5FELA 2MECA 1LZDA 5KKJA 3A96A 1LSFA 2Z38A 8LYZA 1IOSA 1JISA 4NGJA 1JKAA 2DQHY 1GB2A 2FYDA 3LYOA 1JKCA 4HTQA 1OUBA 2MEDA 4H91A 5LVJA 1IWZA 1AZFA 1DI4A 3BKHA 3AB6A 4MCKA 4NSGA 5II3A 1JUGA 1NMMA 1LZ9A 5APDA 5FEKA 1LMNA 4ZFPA 194LA 1HMLA 1LHLA 2ZQ4A 1JEFA 5APCA 5KXYA 1B5VA 1C45A 4BADA 1LMTA 1KIRC 1NDMC 1HEQA 1LKSA 3QY4A 4NGKA 4U3XB 3TXKA 4HJYA 2BAAA 3GXRA 5HMJA 1AT6A 1IY3A 4NY5A 5LVKA 1LJIA 1OUFA 4WM2A 1GBOA 1IWXA 1FN5A 4H8XA 1IVMA 1GFRA 4AGAA 1DPXA 2LYOA 3A94A 4PHIA 4RLNA 1QUTA 1OUHA 2YBNA 4TUNA 1WQNA 4OOTA 1GB5A 3F6ZA 1GEVA 1NQIA 4H9BA 4NIJA 1CJ6A 1RI8B 4WM5A 4OW1A 1LZNA 2ZNWY 4PPOA 1LKRA 4ETDA 2ZIJA 1OUGA 1LMAA 3WPJA 2W1MA 3N9AA 4ZEEA 1HEMA 2Z19A 1LJNA 3W6DA 1IWYA 1KXWA 1V7SA 1VDPA 1GB9A 4LYTA 1DXJA 1IC4Y 1BB5A 2F4AA 4LYZA 4LFXA 5FCPA 1IP7A 4IATA 3GXKA 132LA 1LZCA 1VEDA 2DQGY 1B5UA 3HBEX 3TMVA 1BWHA 3TXFA 5KXRA 5M1YA 4N0JA 4LYCA 4NGWA 1XGQC 4XJHA 4HPEA 1W6ZA 4PGJB 4WM4A 1GF5A 3A3RX 4UWVA 4B1AA 2XBSA 5KJ9A 2BQNA 1IC5Y 1HFXA 1OQMA 1REYA 3P68A 4H92A 1LOZA 3TXDA 4NHPA 1GB8A 1XFPL 3D3DA 3T36A 1F10A 4PRUA 1LYZA 3AJNA 3AZ7A 4EOFA 1GE3A 1IY4A 4I0CA 1JKDA 1C7PA 1B0DA 4WMGA 4CHXA 1LSMA 1LMQA 2BQLA 2H9KA 5E9RA 2D4KA 3BKVA 4J7VA 1OUIA 3AZ5A 3A67Y 1A4VA 1B7NA 2WARA 3A93A 3WU7A 5HQ1A 2Z18A 2YBHA 1GHLA 1LSCA 2CGIA 2Z37A 5I4WA 3WL2A 1NHEA 3HBHA 5B07A 1LJ4A 1HHLA 2AUBA 2F4GA 5A3EA 4H9HA 1XGTC 2ZYCA 2EKSC 4NGVA 134LA 3CSQA 5KXSA 1LAAA 4NGZA 1NKHA 4BAPA 3ZEKA 2H5ZA 4XJIA 3AYQA 1JIYA 1GB0A 1HFYA 1UUZC 5HNCA 2C8PA 1CJ7A 1GFUA 3WU8A 1LJJA 2DQAA 2DKVA 3M3UA 5LVGA 1IP5A 3WVXA 5HLLA 5FHWA 4NG8A 4WG1A 1LSZA 4ZIXA 1BQLY 5LVIA 4IJ4A 1VATA 1CKDA 1UIFA 2HEAA 1N4FA 1IOCA 4LT2A 2N5ZA 4TSBA 5F9UA 4WO6A 1HSWA 5KXPA 1GF4A 3IJUA 2X0AA 1CKCA 1QQYA 3W3EA 5AMYA 4GCEA 3D9AC 3QE8A 1G7HC 1LSDA 4I8SA 5F81A 4J1BA 2YDGA 4YEMA 3WPLA 3P65A 1LSEA 4DD1A 3B0OA 1QTKA 1WQRA 4IASA 5EBHA 1BB6A 2DQDY 3WPKA 1LZSA 1TAYA 4W96A 4DDCA 1UIGA 3LZ2A 3AW6A 1HNLA 5L3HA 1G7LC 1IP3A 2D4IA 2BQMA 1TEWA 3WUNA 1IP4A 1QDRA 1UIAA 2FYCA 5B59A 5L9JA 1IIZA 3RNXA 2HECA 4XJFA 5DLAA 1H87A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2H9JA 4HJZA 1DI3A 1LYYA 2Z6BA 1GDXA 1LZYA 1L56A 141LA 5LZMA 2F2NA 148LE 1G0LA 1QTDA 2CUUA 5LA8A 4G49A 2Q9EA 2BQHA 1LYJA 1HEWA 2F2QA 4G4HA 3OJPA 1L83A 1MLCE 1B7QA 5I14A 1L50A 208LA 4C5FA 1C6DA 1CV4A 4XJDA 2EIZC 1LSBA 2B6WA 4ETAA 1G7MC 4ETEA 4WLYA 4A7DA 262LA 4LYOA 1B5ZA 1L22A 1L41A 4WL6A 1QT8A 1L43A 4I7PA 2HEDA 2HULA 3W6BA 102LA 1REMA 4CFPA 3RUNA 1DPWA 3A95A 4M4OA 1HENA 1CTWA 4G9SA 4I7OA 5I53A 137LA 1Z55A 3DMXA 1CJ9A 5LXWA 1PQMA 126LA 1EQ4A 1EPYA 1GFHA 2B7XA 1P2LA 1QTZA 4R6CA 4YXAC 1LZRA 2W1LA 2RB0X 1HEOA 2G4NA 5D5FA 4PJZA 3AW7A 4DKLA 3A92A 3C8RA 1KIPC 4GCFA 5IHGA 4E3UA 1WQPA 1ZV5L 3AZ4A 1F6RA 2ZILA 1XEJA 5LYTA 2NWDX 4I7SA 5I4XA 4WO9A 2CWIA 5KXNA 1LZ6A 1XGUC 3DMZA 4G4CA 1UICA 1LGWA 9LYZA 3A90A 1CNSA 1NF5A 4LGKA 4H9IA 4H1PA 1YKXX 3T6UA 1L85A 4GLAA 2BQKA 1JTMA 2HUMA 3WUAA 2FBDA 3KAMA 2DBTA 2OEAX 2OU8A 2XJWA 1B5WA 1OWYA 4I7TA 4I7MA 3WUMA 1XEKA 4NSIA 1OV5A 1L06A 4HTKA 4DYGA 114LA 127LA 1YAPA 1GE0A 4N9RA 1QIOA 1L80A 4HP0A 1QUOA 1LYSA 1PQKA 1PQDA 1L33A 1G7IC 5LAGA 4DD9A 1C6GA 1KNIA 2BPUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2H9J A;  2BQE A;  1SLY A;  4HJZ A;  1DI3 A;  1LYY A;  1IP2 A;  3TXG A;  3A91 A;  3E3D A;  3K3T A;  1GDX A;  1CKH A;  2ZWB A;  1XEI A;  1LZY A;  4TSC A;  2Z2E A;  3WYH A;  1LSN A;  5B05 A;  1UBZ A;  3A3Q A;  4J0L A;  5DN5 A;  1IWU A;  2F2N A;  1KIQ C;  1GB3 A;  4KT3 A;  5E4P A;  5ILC A;  4TWS A;  4WL7 A;  1WTN A;  5LA8 A;  2A7F A;  3OK0 A;  1LTM A;  4G49 A;  1G7J C;  3LZT A;  5L3I A;  2BQH A;  3TMU A;  1PS5 A;  2MEG A;  1HEW A;  1GFG A;  2ZNX Y;  4G4H A;  1IO5 A;  3OJP A;  3A6B Y;  5F14 A;  1GXV 2;  1MLC E;  1B7Q A;  1XGR C;  3AGG G;  4BAF A;  3SP3 A;  4GN4 A;  4N5R A;  208L A;  4C5F A;  3WXT A;  1BHZ A;  1FDL Y;  4XJD A;  3W6F A;  6LYZ A;  5B1G A;  1B5Y A;  2EIZ C;  3P64 A;  1LSB A;  1BVX A;  1IEE A;  1GF0 A;  2DQC Y;  4H9A A;  1AM7 A;  2YSS C;  4ML7 A;  3N9C A;  3ZVQ B;  4ETA A;  1G7M C;  4ETE A;  4NGL A;  4WLY A;  4A7D A;  4LYO A;  3TXI A;  1WQM A;  2LZT A;  4ET9 A;  1B5Z A;  1FLU A;  4DD2 A;  3P66 A;  1HC0 A;  4WL6 A;  1UID A;  153L A;  3IJV A;  4FDY A;  5K7O A;  1GPQ C;  1W08 A;  3B72 A; 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 1LJI A;  1OUF A;  4WM2 A;  1GBO A;  1IWX A;  1FN5 A;  4H8X A;  1IVM A;  1GFR A;  4AGA A;  1DPX A;  2LYO A;  3A94 A;  4PHI A;  4RLN A;  1QUT A;  1OUH A;  2YBN A;  4TUN A;  1WQN A;  4OOT A;  1GB5 A;  3F6Z A;  1GEV A;  1NQI A;  4H9B A;  4NIJ A;  1CJ6 A;  1RI8 B;  4WM5 A;  4OW1 A;  1LZN A;  2ZNW Y;  4PPO A;  1LKR A;  4ETD A;  2ZIJ A;  1OUG A;  1LMA A;  3WPJ A;  2W1M A;  3N9A A;  4ZEE A;  1HEM A;  2Z19 A;  1LJN A;  3W6D A;  1IWY A;  1KXW A;  1V7S A;  1VDP A;  1GB9 A;  4LYT A;  1DXJ A;  1IC4 Y;  1BB5 A;  2F4A A;  4LYZ A;  4LFX A;  5FCP A;  1IP7 A;  4IAT A;  3GXK A;  132L A;  1LZC A;  1VED A;  2DQG Y;  1B5U A;  3HBE X;  3TMV A;  1BWH A;  3TXF A;  5KXR A;  5M1Y A;  4N0J A;  4LYC A;  4NGW A;  1XGQ C;  4XJH A;  4HPE A;  1W6Z A;  4PGJ B;  4WM4 A;  1GF5 A;  3A3R X;  4UWV A;  4B1A A;  2XBS A;  5KJ9 A;  2BQN A;  1IC5 Y;  1HFX A;  1OQM A;  1REY A;  3P68 A;  4H92 A;  1LOZ A;  3TXD A;  4NHP A;  1GB8 A;  1XFP L;  3D3D A;  3T36 A;  1F10 A;  4PRU A;  1LYZ A;  3AJN A;  3AZ7 A;  4EOF A;  1GE3 A;  1IY4 A;  4I0C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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