2DQAA

Crystal structure of tapes japonica lysozyme
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
123
structure length
123
Chain Sequence
FAPGMVSQKCLLCMCKLESGGCKPIGCRMDVGSLSCGYFQIKQPYWIDCGKPGKDWKSCSNDINCSSKCVQQYMKRYATHYRCPLNCEGFAREHNGGPNGCHSSRTLKYWELLQKIPGCKGVK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Tapes japonica Lysozyme with Substrate Analogue: STRUCTURAL BASIS OF THE CATALYTIC MECHANISM AND MANIFESTATION OF ITS CHITINASE ACTIVITY ACCOMPANIED BY QUATERNARY STRUCTURAL CHANGE
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Tapes japonica
total genus 47
structure length 123
sequence length 123
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-05-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF05497 Destabilase Destabilase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2dqaA00
2BQLA 4WG1A 3AZ5A 4H90A 1FLYA 4J7VA 1B7NA 5B1FA 4WO9A 1LPIA 1RFPA 5LVKA 4IATA 1LJIA 5KXWA 1WQRA 4HJYA 2H5ZA 4NSHA 5EBHA 4W94A 3WUNA 4N8ZA 1FLWA 1D6QA 4RDSA 4ETDA 1ZVHL 1NBZC 3TXKA 1REXA 2HU3A 4MSTA 1AZFA 3WU8A 4LGKA 1B0DA 2EQLA 3AGGG 4YF2A 1OUHA 1LHMA 1FDLY 1GFRA 2I26L 4DT3A 2CGIA 5L3IA 1DPWA 1D6PA 5A3ZA 1KIPC 2BQCA 5KXXA 3ATNA 2ZYCA 6LYTA 5LVGA 1GFHA 3B0KA 1HF4A 1VEDA 2BQMA 1LYYA 4XJBA 1LZGA 2BQIA 4XJHA 1J1PY 4LFXA 4LT3A 1LZDA 4ZEEA 3J4GA 3A67Y 2LZ2A 1GB3A 3GXRA 5DL9A 2BQNA 1GAZA 1GE0A 4J1BA 1VDPA 1IIZA 4ZFPA 1KXXA 4GN5C 1N4FA 4PJ2C 3WH1A 4RW2A 1XEKA 4R0FA 1F6SA 4HV2A 2Z2EA 2EIZC 1IOSA 1C08C 2G4QA 1IWYA 1GBOA 1LZSA 2W1MA 1IP1A 1LZTA 5KJ9A 1YAOA 1QDTA 5APDA 2HEEA 1JJ1A 1GF7A 1IP7A 1LZCA 3HBEX 2WARA 4WM1A 4IASA 1OP9B 1UIBA 2D4KA 2A7DA 3D9AC 2BQKA 1TBYA 4I0CA 5KXZA 4G4BA 4NGVA 3WU7A 1BGIA 4LFPA 5LINA 1IY3A 1ZMYL 4GCCA 1C46A 1LHIA 4WM4A 4G4CA 2ZIKA 4LYCA 2D6BA 2LZTA 4TSBA 3QY4A 1IC4Y 4YM8A 1BWIA 4H9BA 4QDNA 3TMVA 1LSGA 3B72A 3LYOA 4PRUA 1LMCA 1LYZA 5KXNA 4NGYA 1GB0A 5APEA 5FCPA 1VDTA 1D0KA 2F4AA 1FKQA 4DDCA 1GBWA 1TDYA 1AM7A 135LA 1GD6A 1FKVA 3SP3A 5T3FA 1HC0A 4G4HA 1CNSA 208LA 4DDAA 4GN3A 1HMLA 1LJGA 4LYZA 2HEDA 3VWOA 1GFJA 4XN6A 1VDSA 1CKFA 4H93A 4M6DA 3TXHA 1GE2A 1HMKA 1O23A 1UC0A 1YAPA 5KXKA 1UIAA 3LZTA 4NSIA 5KXYA 2Z39A 4TWSA 5F14A 1E8LA 4NIJA 5IHGA 1LMOA 2ZQ4A 5L3HA 4XJFA 3WL2A 1C10A 1BWHA 1IWXA 2MEAA 5HMVA 5FDJA 1GB2A 3A6BY 1B5VA 1BB3A 4WM2A 1JTTL 1OUGA 4PPOA 5FSTA 5J7CA 1B5ZA 1GFGA 4BADA 4ET8A 5ILFA 1UACY 4NHTA 1BVXA 1IEEA 1NQIA 1IORA 1LZ1A 1F0WA 1GHLA 1TEWA 5JENB 1KIRC 1LKSA 5I4YA 1W08A 1IC7Y 2BQOA 2BQBA 4H9EA 4NG1A 1UA6Y 3A95A 1F6RA 1OUAA 4RW1A 4PRQA 4XADA 3ZEKA 3M3UA 4CFPA 5L9JA 1UIHA 1QTKA 1YKXX 3TXJA 6LYZA 1B7RA 1C43A 4WMGA 1JTPL 1IP4A 5IELA 134LA 1DZBX 4CHXA 3W6EA 1JSFA 1BWJA 3A8ZA 1VDQA 2F2NA 2W1XA 2D4JA 3WPKA 3WXUA 1WQNA 3N9EA 1VATA 1AKIA 5LA8A 4TUNA 5HMJA 1GEZA 2BQFA 1LAAA 1LZEA 3AJNA 4UWUA 5APCA 4P2EA 2BQAA 5D5CA 4II8A 1OUCA 1QSWA 3OK0A 1UIFA 4ANRA 5I54A 1GB5A 1UICA 3A94A 1LJHA 3AYQA 3ZVQA 1DI4A 2FBBA 4WL6A 3LZ2A 4DD0A 2BQGA 5I5QA 3N9CA 3A90A 3CSQA 4LT1A 5LVHA 1GWDA 1HFXA 4Z41A 1LJEA 1GB6A 1J1XY 3AW6A 2ZQ3A 1CKHA 4LYMA 3W6BA 1EQEA 3B0OA 2BLYA 1JKDA 2DBTA 4AGAA 1CJ7A 1LSFA 4G9SA 1GE4A 4DD3A 193LA 207LA 2YVBA 3GXKA 4ETCA 2CDSA 1IR8A 4NWEA 1LHHA 3LYMA 1JJ3A 3QE8A 3P64A 4N9RA 5B59A 4RLMA 1NDGC 2Z19A 4OWAA 5B07A 4Z98A 1FLQA 2DQIY 4KXIA 1LKRA 4KPMA 2A7FA 1LJ4A 1UIEA 1WTNA 9LYZA 2ZNXY 1JHLA 1XGQC 5M1YA 1AT6A 4WLYA 4B0DA 4B1AA 2D4IA 4G49A 4GLVA 1QIOA 4B4JA 1GB8A 1YIKA 4YEOA 3FI7A 1IX0A 5FHWA 2XBSA 1W6ZA 3RW8A 1GE3A 3AW7A 3WMKA 3ZVQB 1IP5A 2BQDA 4BAFA 4LYBA 5KXSA 5LIOA 5I4XA 1JJ0A 1EQ5A 1REYA 4H91A 4KL7A 1HSXA 3LYTA 3CSRA 2YBNA 1LMPA 3WVXA 5LXWA 1GDXA 4HJZA 1FN5A 1G7MC 4GLAA 4I8SA 4MR1A 1QTEA 1I56A 5ILCA 1YKZX 1B7LA 2Y8PA 4OOOA 2Z37A 1QSAA 3P4ZA 4H9AA 3BKVA 3WUMA 5K7OA 1D0LA 1LSBA 1J1OY 1NF5A 5DM9A 1DI3A 3TMXA 2YSSC 1LHJA 2DQGY 2MECA 1YKYX 3FE0A 4NEBA 1YAMA 3CT0A 2XTHA 3WULA 5F81A 1WQPA 4N1CC 3LN2A 1WTMA 1HFZA 4H9IA 4DDBA 5KXMA 2DQAA 1SLYA 4H94A 4NHIA 1JWRA 2ZILA 4N0JA 4NFVA 2BAAA 3AZ7A 3AGHA 4EMNA 1QUSA 1IP2A 1LZBA 2BQHA 1B7MA 1GFVA 2DQFC 1CKGA 1B9OA 1SQ2L 2YBMA 3AGIA 3AZ6A 7LYZA 1YQVY 4N1EI 1V7TA 1G7LC 4HV1A 4NGKA 1ZVYB 2DQDY 1LSPA 1IY4A 1GB9A 1H87A 2MEBA 1MLCE 2XJWA 3AZ4A 5E9RA 1HEOA 3WYHA 1WVVA 3TMWA 1IWWA 1UBZA 4NHSA 1HEPA 1D0MA 4EOFA 5C6JA 2B5ZA 4GCDA 1B7PA 4NSJA 4YOPA 1GPQC 1GBSA 4OWHA 1D9UA 2HECA 4DC4A 3M18B 5D5FA 3A93A 1LZ4A 1LYOA 1BB5A 1GBYA 1GEVA 1GF5A 1WQMA 2DQEY 2HUBA 2IFFY 1GFEA 1IWZA 3E3DA 5FEKA 1NHEA 1GXXA 1LMNA 5LA5A 1GXV2 4WO6A 4YEMA 1XGPC 1LZ9A 1F10A 4GCEA 1JITA 4DD9A 1LSAA 1IWVA 1G7IC 3T6UA 2VB1A 2MEIA 4Z3MA 4OWCA 5LVJA 1WQQA 4XJDA 5B05A 2DQJY 1HHLA 2RSCA 4R6CA 5B06A 3P66A 2CWIA 2FYCA 1MELL 1IOCA 1LJJA 1DXJA 1KIQC 1JKBA 4PHIA 3A34A 1PS5A 2W1YA 2C8OA 1NDMC 1IO5A 1GBZA 5LAGA 5F9UA 3B0IA 2HEBA 3BKHA 5LYTA 3J6KA 3WVYA 1LSMA 2EKSC 1A2YC 1JEFA 1B7SA 2Z38A 1CJ8A 1YANA 1GB7A 4HPIA 1OUDA 1I20A 4DWXA 1LMTA 1WVUA 4OOTA 4DD1A 5II3A 5HNCA 2DQCY 1PZYA 2F4GA 5DN4A 3TMUA 4ZIXA 1BQLY 153LA 1V7SA 1C7PA 2FBDA 4KT3A 3P65A 1TCYA 2LYMA 5KY1A 3W6CA 4GCBA 1LJ3A 5LYZA 4H92A 4HTKA 4WM6A 3AB6A 1B5XA 1GE1A 1HEQA 1NKHA 2ZWBA 154LA 1IWTA 8LYZA 2MEDA 132LA 4IJ4A 4L41A 5F16A 4Z46A 4NGIA 5HLLA 1LTMA 4NY5A 4CGEA 4WG7A 1OUFA 2Q0MX 4MCKA 4NGZA 1LZYA 1DPXA 4H8XA 1EL1A 1RE2A 1LSDA 3CB7A 3WPJA 3OJPA 3TXIA 2DQHY 2GV0A 1UUZC 4WM5A 1C45A 1GBXA 3TXGA 1NMMA 2H9KA 4WLDA 2Z18A 4HP0A 4LT2A 4DYGA 5FELA 1LJNA 1JPOA 1B5WA 1WQOA 4C3WA 1GFKA 2G4NA 3A91A 2LYZA 4QEQA 2CJLA 4J1AA 4CJ2A 1LHKA 3P68A 1BHZA 1QQYA 4DD2A 1LZ5A 1HSWA 3RT5X 2IHLA 3TXEA 1LHLA 1CKCA 1XSFA 3A6CY 3HBDA 1B2KA 4TTDA 5A3EA 3WU9A 4WL7A 1LZ8A 2C8PA 3EMSA 5IDDA 3IWRA 1GF6A 1JUGA 1LJKA 1UIGA 4H8YA 2NWDX 1FBIX 1HENA 3IJUA 4H8ZA 4ML7A 4OW1A 1EQ4A 1G7HC 3A3QA 2X0AA 1LSEA 1HERA 2I25L 1LZRA 3QNGA 3CSZA 1LMAA 1GFTA 3ATOA 3D3DA 3W6DA 1IVMA 5E4PA 4ETAA 4AXTA 5LYMA 4GCFA 4TX7A 2Z12A 4HTNA 2ZNWY 1JSEA 1GF0A 1JKCA 4FDYA 4E3UA 1ALCA 1LSYA 4HTQA 4LZTA 3T36A 4B49A 4BAPA 1B5YA 1JKAA 2YBHA 4NGOA 1DQJC 4WOAA 4XJGA 1IOQA 1JTOL 4NHQA 4CFOA 1B7QA 4XENA 3LHMA 1AT5A 1IR7A 4QGZA 5KXOA 1P2CC 4M4OA 1GF8A 4H9CA 4NGWA 1YAQA 4UWNA 5I4WA 4XYYA 4H1PA 1I1ZA 4H9HA 3K3TA 4NHPA 4XJIA 1QDRA 1HEMA 3N9AA 5LVIA 3W6FA 1KXYA 2HEAA 2F30A 5DN5A 1REMA 2MEGA 2BQJA 1KXWA 1XGUC 1GF9A 3WUAA 1OQMA 4D9ZA 1LZ6A 4U3XB 4NG8A 4QY9A 2LHMA 1OUJA 1IOTA 4GN4A 1HFYA 5HNLA 1B5UA 1TAYA 1LZNA 1LJFA 4ETEA 1XEIA 3EBAB 1NWGA 5KKJA 5KXLA 2LYOA 2EPEA 2YBJA 4PGJB 3WPLA 1DKJA 2G4PA 4LT0A 1IR9A 1B7OA 1Z55A 2FYDA 3A3RX 1A4VA 3TXDA 4B4EA 2HU1A 4ET9A 3RZ4A 4H9FA 1OUIA 1BB4A 3WXTA 1BB7A 4RLNA 2I6ZA 1OUBA 4DD7A 1YL0X 1YL1X 3ULRA 1BVKC 1YROA 3CT5A 1YILA 4FJRA 3W3EA 1GFAA 1FLUA 2HEFA 1RI8B 1LSZA 5LAFA 5KXPA 1RCMA 1JIYA 1VFBC 2H9JA 1REZA 1IP3A 3TXFA 4A7DA 133LA 1CKDA 3F6ZA 3RNXA 4OWBA 1LSNA 1XGTC 2Z2FA 3LYZA 2MEHA 1LCNA 1IP6A 1LZAA 3W6AA 1G7JC 4B4IA 1LSCA 4NSGA 1IC5Y 5F9XA 1H6MA 3TXBA 3HBHA 5B1GA 194LA 4W96A 1XEJA 3KAMA 1DI5A 4YENA 4J0LA 1T3PA 2DKVA 4NGJA 5HQ1A 3CQLA 1CJ9A 5DLAA 1GF4A 1OUEA 1XFPL 1XGRC 3G3BB 4WLXA 4NGLA 1LYSA 1INUA 2BPUA 1GFUA 2YBIA 4N5RA 4HJVA 2ZYPA 1GAYA 2YDGA 4UWVA 4X3BA 1LOZA 2W1LA 2D91A 1HEWA 4HPEA 2ZIJA 5KXRA 2BQEA 2N5ZA 1HNLA 1GDWA 3MGWA 3RU5A 4WLTA 3HFMY 4C5FA 3CT1A 5I53A 1ZV5L 3EXDA 4TSCA 2MEEA 1T6VL 1BB6A 3A92A 3WW6A 4WM3A 2YBLA 1CJ6A 2HTXA 1QUTA 3B6LA 3EO5A 1NBYC 4BS7A 4LYTA 4ETBA 5C6LA 1UIDA 5KKIA 1LMQA 2AUBA 4LYOA 1GF3A 3WW5A 1JISA 2PC2A 5C6IA 1RJCB 3G3AB 4NWHA 4OWEA 5KXTA 1DKKA 1IWUA 5APFA 3A96A 2BLXA 4O34A 1UCOA 3IJVA 2MEFA 1VAUA 2XBRA 5AMYA 4HSFA 1HELA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4J7VA 4WO9A 5LVKA 1D3FA 3OE9A 4HJYA 1C6MA 4NSHA 5EBHA 4W94A 1D3NA 4ETDA 1D6QA 3WU8A 1B0DA 3C7ZA 2I26L 4DT3A 2CGIA 190LA 1D6PA 216LA 6LYTA 1HF4A 211LA 2BQMA 1D2WA 1L45A 1G0LA 1QT4A 3C80A 1GAZA 1GE0A 4J1BA 103LA 1KXXA 3WH1A 3CDOA 4RW2A 1KNIA 3DMXA 2Z2EA 2EIZC 1C08C 2W1MA 3HTBA 1IWYA 1L23A 1IP1A 3OE8A 1L38A 1T8AA 1LYIA 1P6YA 1JJ1A 1GF7A 1LZCA 2WARA 1OP9B 1UIBA 1L46A 3D9AC 4G4BA 4LFPA 1P36A 1TLAA 1C46A 1L57A 245LA 1SX2A 1QTVA 3G3WA 1QTZA 1BWIA 4H9BA 3LYOA 1LYZA 4YXAC 4W53A 4DDCA 1FKQA 3CDQA 1TDYA 135LA 1GD6A 1D2YA 2LZMA 1HMLA 1LJGA 1L26A 2HEDA 3VWOA 3C82A 1CKFA 1GE2A 1YAPA 2OTYX 3LZTA 5IHGA 5L3HA 4DQJA 4XJFA 1C10A 165LA 1IWXA 1NHBA 1OVJA 1GFGA 4ET8A 1L58A 1BVXA 1F0WA 235LA 1W08A 1IC7Y 2BQBA 4NG1A 3CDRA 4XADA 173LA 5L9JA 1UIHA 1YKXX 1L56A 3DNAA 4ARMB 4WMGA 1L70A 182LA 1C6BA 3WPKA 1L02A 3N9EA 247LA 5HMJA 4W51A 140LA 4P2EA 3HT7A 1OUCA 127LA 1UICA 3AYQA 1DI4A 4WL6A 4DD0A 5LVHA 4I7LA 102LA 1LJEA 1CKHA 4I7JA 1JKDA 2DBTA 1CJ7A 1L15A 4G9SA 4CGEA 207LA 1KW7A 3P64A 2Z19A 4OWAA 4Z98A 2DQIY 1WTNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2BQL A;  4WG1 A;  3AZ5 A;  4H90 A;  1FLY A;  4J7V A;  1B7N A;  5B1F A;  4WO9 A;  1LPI A;  1RFP A;  5LVK A;  4IAT A;  1LJI A;  5KXW A;  1WQR A;  4HJY A;  2H5Z A;  4NSH A;  5EBH A;  4W94 A;  3WUN A;  4N8Z A;  1FLW A;  1D6Q A;  4RDS A;  4ETD A;  1ZVH L;  1NBZ C;  3TXK A;  1REX A;  2HU3 A;  4MST A;  1AZF A;  3WU8 A;  4LGK A;  1B0D A;  2EQL A;  3AGG G;  4YF2 A;  1OUH A;  1LHM A;  1FDL Y;  1GFR A;  2I26 L;  4DT3 A;  2CGI A;  5L3I A;  1DPW A;  1D6P A;  5A3Z A;  1KIP C;  2BQC A;  5KXX A;  3ATN A;  2ZYC A;  6LYT A;  5LVG A;  1GFH A;  3B0K A;  1HF4 A;  1VED A;  2BQM A;  1LYY A;  4XJB A;  1LZG A;  2BQI A;  4XJH A;  1J1P Y;  4LFX A;  4LT3 A;  1LZD A;  4ZEE A;  3J4G A;  3A67 Y;  2LZ2 A;  1GB3 A;  3GXR A;  5DL9 A;  2BQN A;  1GAZ A;  1GE0 A;  4J1B A;  1VDP A;  1IIZ A;  4ZFP A;  1KXX A;  4GN5 C;  1N4F A;  4PJ2 C;  3WH1 A;  4RW2 A;  1XEK A;  4R0F A;  1F6S A;  4HV2 A;  2Z2E A;  2EIZ C;  1IOS A;  1C08 C;  2G4Q A;  1IWY A;  1GBO A;  1LZS A;  2W1M A;  1IP1 A;  1LZT A;  5KJ9 A;  1YAO A;  1QDT A;  5APD A;  2HEE A; 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 1YL0 X;  1YL1 X;  3ULR A;  1BVK C;  1YRO A;  3CT5 A;  1YIL A;  4FJR A;  3W3E A;  1GFA A;  1FLU A;  2HEF A;  1RI8 B;  1LSZ A;  5LAF A;  5KXP A;  1RCM A;  1JIY A;  1VFB C;  2H9J A;  1REZ A;  1IP3 A;  3TXF A;  4A7D A;  133L A;  1CKD A;  3F6Z A;  3RNX A;  4OWB A;  1LSN A;  1XGT C;  2Z2F A;  3LYZ A;  2MEH A;  1LCN A;  1IP6 A;  1LZA A;  3W6A A;  1G7J C;  4B4I A;  1LSC A;  4NSG A;  1IC5 Y;  5F9X A;  1H6M A;  3TXB A;  3HBH A;  5B1G A;  194L A;  4W96 A;  1XEJ A;  3KAM A;  1DI5 A;  4YEN A;  4J0L A;  1T3P A;  2DKV A;  4NGJ A;  5HQ1 A;  3CQL A;  1CJ9 A;  5DLA A;  1GF4 A;  1OUE A;  1XFP L;  1XGR C;  3G3B B;  4WLX A;  4NGL A;  1LYS A;  1INU A;  2BPU A;  1GFU A;  2YBI A;  4N5R A;  4HJV A;  2ZYP A;  1GAY A;  2YDG A;  4UWV A;  4X3B A;  1LOZ A;  2W1L A;  2D91 A;  1HEW A;  4HPE A;  2ZIJ A;  5KXR A;  2BQE A;  2N5Z A;  1HNL A;  1GDW A;  3MGW A;  3RU5 A;  4WLT A;  3HFM Y;  4C5F A;  3CT1 A;  5I53 A;  1ZV5 L;  3EXD A;  4TSC A;  2MEE A;  1T6V L;  1BB6 A;  3A92 A;  3WW6 A;  4WM3 A;  2YBL A;  1CJ6 A;  2HTX A;  1QUT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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