2DQFC

Crystal structure of hyhel-10 fv mutant (y33ay53a) complexed with hen egg lysozyme
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural consequences of mutations in interfacial Tyr residues of a protein antigen-antibody complex. The case of HyHEL-10-HEL
pubmed doi rcsb
molecule keywords lysozyme binding Ig kappa chain V23-J2 region
molecule tags Immune system/hydrolase
source organism Mus musculus
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence F
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-05-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2dqfC00
1BVXA 2H9KA 1EQ5A 1XEKA 4NY5A 1D0MA 1JISA 4DD1A 3P65A 135LA 1OUDA 1KXXA 4J7VA 5DLAA 1BWHA 4YF2A 1GE3A 3G3BB 2RSCA 2YBHA 3WVYA 4HPEA 5II3A 1QUSA 1YROA 1GFVA 4NGZA 1LZ5A 1LJKA 1TAYA 3CSRA 4NGYA 1BWIA 5LVIA 3TXDA 4GCEA 3TXJA 3B0KA 4BAPA 1B5WA 1JKCA 134LA 1QDTA 1GFKA 3ZEKA 1B7RA 3B72A 3WW6A 2IFFY 4AGAA 1NF5A 4GN4A 1CKCA 4ANRA 1REXA 1GDWA 4I0CA 5B1GA 2ZQ4A 133LA 5KY1A 3TMVA 3IWRA 3TXFA 3AGGG 2ZIKA 1HFXA 1LZBA 1PZYA 4H91A 2DQHY 4CFPA 2BQBA 1IC5Y 1CJ8A 2MEHA 2YBNA 4Z98A 1VATA 5LAGA 1LJFA 5LYTA 4WG1A 4XJIA 1B2KA 1LSPA 4M6DA 3WULA 1LZ1A 3OJPA 1GBXA 4J0LA 3GXKA 4HTNA 2HEFA 1GF4A 1LYZA 1IY3A 5B06A 4B4IA 5LA5A 1D9UA 5B07A 1D6QA 4WM3A 4LT2A 4LFPA 5KXZA 4B0DA 4G4CA 1NBYC 1FLUA 5DL9A 4C3WA 1HSWA 2YBJA 3CQLA 2I6ZA 194LA 5C6JA 5M1YA 5I4YA 1VDPA 5F16A 3LZ2A 4GLVA 1JWRA 1RJCB 3SP3A 4AXTA 3AW7A 4DC4A 3CSZA 4HTQA 1B7SA 1LHHA 4H92A 2GV0A 5APCA 1KXYA 3A95A 3K3TA 4RW1A 4DDAA 1YKZX 1GFUA 4RLNA 4EOFA 5DN4A 4CJ2A 1LJEA 3GXRA 2Q0MX 1LZGA 1FLQA 2DQGY 1IWWA 1NHEA 1NQIA 2FYDA 5LXWA 4HJZA 1B5ZA 4NGVA 4XN6A 4XJGA 4XJBA 1B7NA 7LYZA 4W96A 1GF9A 4BAFA 4BS7A 3W6BA 2FBBA 2WARA 3W6DA 1BB6A 1UIGA 4YENA 2Y8PA 4IJ4A 2Z2FA 1A4VA 4HV1A 1EL1A 2ZIJA 4ZEEA 5KXKA 1GE1A 4NEBA 1GFEA 2Z38A 5DM9A 2BQAA 4H9CA 2LYZA 2HUBA 4DT3A 3A93A 1YIKA 1DXJA 1DQJC 1JHLA 4HP0A 4L41A 4WLDA 1F6RA 4WMGA 3TXIA 4E3UA 1HFYA 1HERA 1LZAA 1NDGC 2FBDA 3BKHA 4XYYA 1UIAA 2FYCA 2YBIA 5KXLA 3A90A 4H9IA 4ML7A 1DPWA 2I25L 2MEGA 3A8ZA 4HTKA 5IHGA 4B1AA 4FJRA 5C6LA 3CT0A 1HENA 5FDJA 1JTTL 4UWVA 5J7CA 1GHLA 2DQJY 2Z2EA 3HBEX 4OOTA 5F81A 1H87A 2BQJA 2D4KA 2CDSA 4XENA 2EPEA 1YKYX 4Z3MA 5LINA 4NWHA 1CJ7A 1UIEA 2G4NA 2W1LA 2BQEA 1OUEA 1NDMC 1IIZA 1XEIA 4KXIA 4XJHA 1DI5A 5IELA 2LYOA 2YSSC 4RDSA 3TXBA 4WM6A 1VAUA 5HNCA 5F9UA 1WQNA 1GB6A 3WVXA 3QE8A 4WM1A 4LYTA 4WG7A 1C45A 1LZCA 1LSAA 1LZEA 4C5FA 5LYZA 1GB9A 1KIRC 1KIQC 1LMPA 1IC7Y 1WQPA 1LPIA 4WO9A 1WQOA 2LZ2A 2CWIA 153LA 4H9HA 2F4AA 4NIJA 4DD0A 1G7IC 1ZV5L 2VB1A 2Z37A 1FBIX 1ALCA 3WXUA 3ATOA 1B5YA 1I1ZA 3WPJA 1B0DA 1WTNA 3N9AA 2X0AA 4H1PA 4HSFA 4NGWA 9LYZA 4I8SA 1NWGA 1UUZC 1F6SA 3P66A 4LT0A 4OWEA 4DD3A 5KXWA 3J4GA 1ZMYL 4WM4A 2G4PA 4YOPA 1IOTA 1YL1X 3BKVA 1LJHA 1OUHA 2W1YA 4HJVA 3AGHA 3A96A 2A7DA 1OQMA 4H93A 1LMQA 1QUTA 4ETEA 3LYMA 1CKDA 1LYYA 1UC0A 1HEMA 1XEJA 4R6CA 5KJ9A 4MCKA 1QSAA 4NHTA 1UACY 4NHSA 1LHLA 5LYMA 3A6CY 2EIZC 1RCMA 1BHZA 4FDYA 4YEOA 3F6ZA 1FLWA 1IEEA 5I53A 1GF7A 2D4IA 1GAYA 2ZYCA 1J1OY 1LMNA 1G7HC 1GE0A 1RI8B 2EKSC 1DKKA 3IJUA 2HECA 2BQOA 3A34A 1C43A 3A6BY 2D4JA 1AT6A 3WU8A 1LHKA 4CHXA 2XBRA 2YBMA 1HEOA 1IP5A 2Z39A 4II8A 1JITA 2BQDA 4OOOA 4Z41A 5KXNA 4NSIA 1V7TA 1GBYA 1W08A 2MECA 4YM8A 2DQDY 1MLCE 4PRUA 3ZVQB 1G7LC 2N5ZA 5D5CA 1OUAA 3OK0A 3LYZA 3EXDA 1I56A 2DQIY 5A3ZA 1AM7A 1MELL 1VFBC 1REMA 2BQLA 1BGIA 1F0WA 5B05A 1C10A 1DPXA 1HF4A 2PC2A 4LT3A 2BQIA 2ZWBA 1LMOA 3CT5A 1B7PA 5E9RA 1GWDA 3WUAA 1GEZA 5L9JA 1EQEA 1LJGA 4DD7A 5LVHA 1LJNA 3KAMA 1GB0A 1ZVYB 5F9XA 4DD9A 5F14A 1AKIA 4A7DA 1LHIA 1LZTA 4LFXA 5APEA 1OP9B 1LZ9A 1UIBA 4NG8A 4U3XB 1JSFA 2C8OA 1XFPL 2ZNWY 4QY9A 2ZQ3A 4G4HA 4W94A 4ET8A 2CGIA 6LYZA 1D6PA 1IP3A 3P68A 4WLXA 1LSDA 2H5ZA 4OWCA 4TX7A 3TMWA 4WLYA 4NGIA 4CGEA 1IC4Y 1JJ3A 3WU7A 3AYQA 4H9FA 3TMXA 5C6IA 1LSYA 3B0OA 5JENB 1IWVA 1GFJA 1YAMA 3CT1A 3RT5X 4LYOA 3WUMA 1UIHA 1VEDA 1IWZA 1LSBA 1LZSA 2Z12A 1JUGA 1LZDA 1LOZA 2DBTA 1DI4A 5FCPA 1DI3A 1UIFA 2DKVA 5LVJA 1IWUA 3T36A 1SLYA 1GB2A 1IWTA 2Z18A 4HJYA 1GB7A 1LZYA 4N5RA 3A92A 5I4XA 1CNSA 4DYGA 1P2CC 1CKFA 1QSWA 2ZNXY 5DN5A 3LHMA 5KXSA 1LZRA 4YEMA 5ILFA 5B59A 3TXGA 1NBZC 1WQQA 6LYTA 1QIOA 1HEQA 1IR8A 2HEBA 2HU1A 3P4ZA 4LT1A 4NHQA 1IOCA 4N9RA 4WOAA 5L3HA 3TXEA 4M4OA 4GCBA 1JPOA 2A7FA 1T6VL 1NKHA 1IX0A 1HEPA 3FI7A 2HEDA 4GN5C 1LJ3A 3TXHA 3FE0A 1OUCA 5KXTA 3WPKA 1GFGA 1OUGA 1SQ2L 5LVKA 1XGQC 5KKJA 1GXXA 2I26L 1JKBA 193LA 4RLMA 1VDQA 2AUBA 1CJ6A 1GFHA 4BADA 2XTHA 3WYHA 1DZBX 2HTXA 1REYA 5ILCA 4OWHA 1YQVY 4N1EI 1NMMA 4PHIA 4GN3A 1JSEA 207LA 3A94A 2MEIA 2BQGA 2IHLA 4QGZA 4GLAA 1GE2A 1GF8A 2H9JA 4H9AA 1LSCA 3AZ7A 1QTKA 4WL6A 1JTPL 2DQFC 4OWAA 4ET9A 5HMVA 5HQ1A 4KPMA 4B4EA 1FN5A 1GEVA 3WL2A 5A3EA 4QEQA 4X3BA 1O23A 3T6UA 2CJLA 1XGRC 4LYZA 1GXV2 1B7OA 1HEWA 2DQCY 4IASA 4N1CC 1LJIA 1BWJA 1D0LA 1LSZA 4WO6A 3A91A 3TXKA 4G4BA 1IO5A 1IOQA 1OUFA 1TDYA 4H9EA 1E8LA 2BQKA 1LYOA 4DD2A 1KIPC 5LAFA 4H9BA 3ZVQA 1YAOA 1IWYA 1UBZA 4WM5A 1FKQA 4N8ZA 1C7PA 2DQEY 2BQNA 1HSXA 1HELA 1IR9A 1J1PY 4H8ZA 4PRQA 5HNLA 4LGKA 4ETDA 1IWXA 1GE4A 1LSNA 5D5FA 3WW5A 3N9CA 3QY4A 1LSGA 1LSEA 5T3FA 2HEAA 4B49A 1GBWA 1GFRA 8LYZA 2XJWA 3HBDA 3A3QA 3IJVA 1Z55A 1F10A 1YANA 2ZYPA 4GCCA 4HPIA 4J1BA 1BB4A 5LA8A 3RW8A 3WUNA 1CJ9A 1LMTA 1LJJA 1HFZA 1BB7A 2BQFA 1YILA 3LN2A 1FLYA 1JEFA 4NSJA 1BVKC 4OW1A 1GAZA 1LSMA 208LA 1W6ZA 1FDLY 1IP6A 1UCOA 1TEWA 3J6KA 3WU9A 4ETCA 1IVMA 4XJDA 4PPOA 1LHMA 3AJNA 3LZTA 4NGLA 4N0JA 5KXRA 2MEBA 3AGIA 1GD6A 1T3PA 4DDCA 5LIOA 5KXOA 1QQYA 2BLXA 5L3IA 1V7SA 4Z46A 4TSBA 2LYMA 1AZFA 4LYCA 1AT5A 1HMKA 3QNGA 5KKIA 3M18B 4XJFA 1EQ4A 2B5ZA 4LZTA 1HNLA 5FSTA 1GDXA 1C08C 3AB6A 4NFVA 3W6AA 5HMJA 1RFPA 1IP2A 1REZA 1GF6A 1IP1A 1IORA 1I20A 1IY4A 1OUBA 1PS5A 5K7OA 4MR1A 4MSTA 4PGJB 1TCYA 3A67Y 5B1FA 3WMKA 1QTEA 4H8YA 4J1AA 4WLTA 4TUNA 3EMSA 3W6EA 1GFTA 4ZFPA 1GBOA 2XBSA 4GCFA 1BB5A 1J1XY 3D3DA 4H94A 4NGJA 5APDA 2BQCA 2NWDX 1YAQA 1DKJA 1YKXX 1ZVHL 5KXYA 3AZ4A 4NSGA 3AZ6A 4WM2A 5E4PA 1LKRA 4G49A 1IP7A 1LMCA 2BQHA 2LZTA 3WH1A 1JKDA 3B0IA 4DDBA 1QDRA 3AW6A 1FKVA 2W1MA 4KL7A 1HHLA 1XGTC 3HFMY 1GPQC 4HV2A 1INUA 2C8PA 4ETAA 1GB3A 1HMLA 4EMNA 4GCDA 1VDSA 2MEAA 1WVVA 3B6LA 1WVUA 3MGWA 1B7MA 2YVBA 4NGOA 1G7MC 1GB5A 1GF3A 4ETBA 132LA 1LJ4A 1OUJA 2BLYA 1H6MA 1JKAA 1JIYA 4P2EA 3ATNA 5I4WA 3RNXA 4NHIA 4CFOA 4R0FA 3W6FA 1WQMA 1LZ4A 1KXWA 1D0KA 1VDTA 1N4FA 2MEDA 4KT3A 2W1XA 3VWOA 1B5UA 3P64A 1LHJA 1G7JC 2D6BA 2DQAA 2F30A 3LYTA 1HC0A 3A3RX 1LTMA 1LMAA 5KXMA 1TBYA 1B5XA 1UICA 4NG1A 1GB8A 4TTDA 5APFA 4RW2A 3TMUA 4IATA 1CKHA 1LZNA 1GF5A 1XGUC 2Z19A 4G9SA 2G4QA 1LZ6A 2BAAA 1UA6Y 3WPLA 1IR7A 5IDDA 5FEKA 3D9AC 2LHMA 4TWSA 2BPUA 3E3DA 2MEEA 2D91A 1B7QA 1LAAA 4UWUA 1LCNA 3ULRA 2YDGA 4NWEA 1UIDA 3AZ5A 3EO5A 4NGKA 3M3UA 1LZ8A 5KXXA 5FELA 1GBZA 4DWXA 3RZ4A 1B9OA 1OUIA 1JJ0A 2HU3A 4H90A 4UWNA 3W3EA 4WL7A 3N9EA 2EQLA 1BQLY 1YL0X 3LYOA 1XSFA 5AMYA 2YBLA 2MEFA 2F2NA 3RU5A 1LSFA 4LYBA 4TSCA 1IP4A 4OWBA 1CKGA 1XGPC 1A2YC 1B7LA 4XADA 5KXPA 2ZILA 4H8XA 3G3AB 1LYSA 1WQRA 4O34A 2BQMA 1RE2A 1GFAA 2F4GA 4PJ2C 2HEEA 5FHWA 3W6CA 5HLLA 3HBHA 1JTOL 3CSQA 154LA 3WXTA 1C46A 4LYMA 5EBHA 1GBSA 4NHPA 3CB7A 1B5VA 5I5QA 4QDNA 4D9ZA 4ZIXA 5LVGA 1BB3A 5I54A 1WTMA 1IOSA 1YAPA 3EBAB 4B4JA 1JJ1A 1LKSA 4NSHA 1GF0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1EQ5A 4NY5A 2Q9EA 3P65A 2B73A 2RBRA 1BWHA 4YF2A 1LYJA 4E97A 1QUSA 2LC9A 3CSRA 1BWIA 3HH6A 4GCEA 134LA 1QDTA 1L34A 1B7RA 3WW6A 1LLHA 2OE7X 1CKCA 133LA 1LZBA 1PZYA 4H91A 1WTHA 2YBNA 1VATA 5LYTA 188LA 4XJIA 3OJPA 219LA 1L06A 3GXKA 4HTNA 1IY3A 3SBBC 231LA 5LA5A 1D6QA 1QSBA 2XQOA 1NBYC 125LA 3L64A 5DL9A 1HSWA 4ZPUA 3GUNA 5M1YA 4I7QA 1C64A 1OWZA 211LA 1B7SA 1LHHA 2B6WA 5APCA 1KXYA 4DDAA 4RW1A 1YKZX 4RLNA 4CJ2A 1ZURA 190LA 2O79A 1LJEA 1DYFA 1L39A 1T8FA 1IWWA 1NHEA 2FYDA 4NGVA 1QTBA 3HDEA 3W6BA 2FBBA 3W6DA 3HT6A 1A4VA 1EL1A 4I7TA 5DM9A 2LYZA 239LA 4DT3A 1YIKA 1CU0A 1DQJC 1JHLA 3TXIA 4WMGA 1L26A 1HFYA 1HERA 4XYYA 4EJ4A 4HTKA 4FJRA 1CUPA 5J7CA 4UWVA 2Z2EA 4OOTA 2BQJA 2CDSA 5LINA 2G4NA 1C65A 3DMXA 5IELA 2YSSC 4WM6A 1T8GA 1L21A 3WVXA 3VW7A 1C6PA 199LA 1LZEA 5LYZA 1LMPA 1L68A 1WQPA 1LPIA 4NIJA 2Z37A 1L13A 3WXUA 4OWEA 3P66A 1L35A 1QS5A 1L97A 4S0WA 3A96A 2A7DA 1LMQA 229LA 1C6FA 1OVHA 4NHTA 1UACY 1L81A 5LYMA 248LA 1BHZA 1T97A 1IEEA 4K5YA 1GF7A 1L0KA 1J1OY 145LA 2EKSC 2D4JA 3JR6A 2XBRA 1IP5A 2NTGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BVX A;  2H9K A;  1EQ5 A;  1XEK A;  4NY5 A;  1D0M A;  1JIS A;  4DD1 A;  3P65 A;  135L A;  1OUD A;  1KXX A;  4J7V A;  5DLA A;  1BWH A;  4YF2 A;  1GE3 A;  3G3B B;  2RSC A;  2YBH A;  3WVY A;  4HPE A;  5II3 A;  1QUS A;  1YRO A;  1GFV A;  4NGZ A;  1LZ5 A;  1LJK A;  1TAY A;  3CSR A;  4NGY A;  1BWI A;  5LVI A;  3TXD A;  4GCE A;  3TXJ A;  3B0K A;  4BAP A;  1B5W A;  1JKC A;  134L A;  1QDT A;  1GFK A;  3ZEK A;  1B7R A;  3B72 A;  3WW6 A;  2IFF Y;  4AGA A;  1NF5 A;  4GN4 A;  1CKC A;  4ANR A;  1REX A;  1GDW A;  4I0C A;  5B1G A;  2ZQ4 A;  133L A;  5KY1 A;  3TMV A;  3IWR A;  3TXF A;  3AGG G;  2ZIK A;  1HFX A;  1LZB A;  1PZY A;  4H91 A;  2DQH Y;  4CFP A;  2BQB A;  1IC5 Y;  1CJ8 A;  2MEH A;  2YBN A;  4Z98 A;  1VAT A;  5LAG A;  1LJF A;  5LYT A;  4WG1 A;  4XJI A;  1B2K A;  1LSP A;  4M6D A;  3WUL A;  1LZ1 A;  3OJP A;  1GBX A;  4J0L A;  3GXK A;  4HTN A;  2HEF A;  1GF4 A;  1LYZ A;  1IY3 A;  5B06 A;  4B4I A;  5LA5 A;  1D9U A;  5B07 A;  1D6Q A;  4WM3 A;  4LT2 A;  4LFP A;  5KXZ A;  4B0D A;  4G4C A;  1NBY C;  1FLU A; 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 4CFO A;  4R0F A;  3W6F A;  1WQM A;  1LZ4 A;  1KXW A;  1D0K A;  1VDT A;  1N4F A;  2MED A;  4KT3 A;  2W1X A;  3VWO A;  1B5U A;  3P64 A;  1LHJ A;  1G7J C;  2D6B A;  2DQA A;  2F30 A;  3LYT A;  1HC0 A;  3A3R X;  1LTM A;  1LMA A;  5KXM A;  1TBY A;  1B5X A;  1UIC A;  4NG1 A;  1GB8 A;  4TTD A;  5APF A;  4RW2 A;  3TMU A;  4IAT A;  1CKH A;  1LZN A;  1GF5 A;  1XGU C;  2Z19 A;  4G9S A;  2G4Q A;  1LZ6 A;  2BAA A;  1UA6 Y;  3WPL A;  1IR7 A;  5IDD A;  5FEK A;  3D9A C;  2LHM A;  4TWS A;  2BPU A;  3E3D A;  2MEE A;  2D91 A;  1B7Q A;  1LAA A;  4UWU A;  1LCN A;  3ULR A;  2YDG A;  4NWE A;  1UID A;  3AZ5 A;  3EO5 A;  4NGK A;  3M3U A;  1LZ8 A;  5KXX A;  5FEL A;  1GBZ A;  4DWX A;  3RZ4 A;  1B9O A;  1OUI A;  1JJ0 A;  2HU3 A;  4H90 A;  4UWN A;  3W3E A;  4WL7 A;  3N9E A;  2EQL A;  1BQL Y;  1YL0 X;  3LYO A;  1XSF A;  5AMY A;  2YBL A;  2MEF A;  2F2N A;  3RU5 A;  1LSF A;  4LYB A;  4TSC A;  1IP4 A;  4OWB A;  1CKG A;  1XGP C;  1A2Y C;  1B7L A;  4XAD A;  5KXP A;  2ZIL A;  4H8X A;  3G3A B;  1LYS A;  1WQR A;  4O34 A;  2BQM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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