2DQIY

Crystal structure of hyhel-10 fv mutant (ly50a) complexed with hen egg lysozyme
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural consequences of mutations in interfacial Tyr residues of a protein antigen-antibody complex. The case of HyHEL-10-HEL
pubmed doi rcsb
molecule keywords lysozyme binding Ig kappa chain V23-J2 region
molecule tags Immune system/hydrolase
source organism Mus musculus
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-05-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Y PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2dqiY00
5DLAA 2D4IA 1IWUA 4XJBA 1QTKA 3A92A 4BAPA 1BGIA 5KXKA 3D9AC 4WOAA 2EIZC 2H9JA 1CJ8A 1GBZA 1LPIA 1GF7A 2ZYCA 3W6DA 1WVVA 5KJ9A 3M3UA 1LSDA 3AZ6A 4BS7A 2W1XA 2YVBA 5LYZA 1UIAA 1YAQA 4DDBA 1AT5A 4H91A 5M1YA 1GDWA 1I20A 4WMGA 5FSTA 5APDA 4II8A 1YANA 5KXXA 5KXLA 1LSBA 2YBIA 1F10A 1GFJA 5HNLA 5HMVA 5ILFA 3LYTA 4KXIA 5I4YA 3TXHA 1NF5A 4DD1A 2C8OA 3TXBA 4NHIA 5FEKA 1B5XA 1JKAA 4NWHA 5EBHA 1QDRA 1FKQA 2D6BA 3BKVA 3SP3A 1LHHA 1HSXA 5II3A 1GD6A 4FDYA 3LZ2A 1IX0A 4TWSA 1XGPC 1I1ZA 2IHLA 5B59A 1F6SA 2NWDX 1TAYA 2Z2EA 4WLTA 2H5ZA 5E9RA 1DPWA 1REXA 2DKVA 1B7OA 3VWOA 5IHGA 4G4CA 1IR8A 2ZILA 4ETEA 5L3HA 1GHLA 1MLCE 2MEAA 1BVKC 1JHLA 1LAAA 1H6MA 1DZBX 1XGUC 3CSQA 1LZAA 5B05A 2HEAA 2YBJA 1TBYA 1WQMA 4UWUA 2RSCA 5B06A 4B0DA 1IP1A 4WM3A 1HFYA 1XEJA 5JENB 1IP6A 1FKVA 1ZMYL 1BB5A 1VDPA 4H9AA 3WXTA 2ZIJA 3WVXA 4HSFA 2G4PA 1LHMA 1BB7A 2BQOA 3WMKA 5LVKA 1REZA 2BQNA 4NSHA 1G7JC 1QDTA 1OUCA 1LZNA 4IJ4A 5A3EA 1IR9A 4N0JA 1LJJA 4EOFA 3A34A 1JJ1A 4XN6A 1DI3A 1J1OY 2ZQ4A 5FHWA 4HTKA 3AZ7A 1WQRA 1FLYA 1GB9A 2H9KA 2WARA 1C45A 1XGTC 4G4HA 4NGKA 1LSGA 1BB3A 3TXFA 1UA6Y 3WH1A 133LA 1VATA 2DQHY 4WG7A 3WXUA 1GPQC 3WUMA 1LSMA 1VDSA 4N8ZA 2YDGA 4TUNA 2Z37A 3FE0A 1VDQA 4YM8A 4CFOA 194LA 3T36A 3G3BB 4LZTA 5KXPA 1UIGA 5D5CA 1JIYA 2ZNWY 5HMJA 1IOSA 4YOPA 1GF6A 1IR7A 1NBYC 1GF0A 2Y8PA 5C6LA 1LZRA 4NGIA 4J1BA 4NGOA 1UIHA 4LYTA 4NGLA 5J7CA 1D9UA 1CJ6A 2BQIA 1LSCA 1CKHA 1NMMA 1B7RA 5F16A 3TXJA 3ULRA 5HNCA 207LA 2F4GA 1V7TA 1LZCA 1NDGC 4HJZA 4NHPA 2LZ2A 1N4FA 1HNLA 1CJ7A 1KXXA 2Z19A 1KIQC 5ILCA 1HEOA 3J4GA 5B07A 1P2CC 4I8SA 3A93A 4LYCA 1LYSA 5LVJA 1LJ4A 1LMOA 1DI4A 5FELA 3P65A 1RCMA 3N9CA 4H8ZA 1BVXA 1BB4A 1YL0X 3WPKA 1OUIA 1RFPA 1LZGA 132LA 1RE2A 1LJNA 1UACY 2XJWA 1OP9B 1UICA 2C8PA 4NSGA 4QEQA 4YF2A 5DN4A 1JKDA 1T3PA 3D3DA 4BADA 3WUNA 4ZFPA 2DQAA 3AB6A 4IATA 5D5FA 4OWBA 1D0MA 1IP4A 4NEBA 1OUBA 1QIOA 3B6LA 4GCDA 4CFPA 4ZIXA 3N9AA 208LA 2BQFA 1IP2A 5LVIA 1AZFA 1UIDA 1IWXA 1GB5A 1YAPA 3W6FA 2MEFA 4NGYA 7LYZA 5FCPA 1LMQA 1WTMA 2CDSA 1EQEA 1B7LA 1F0WA 1QSWA 1GB7A 1LZEA 3A67Y 4HPEA 3TXDA 3B0OA 1GFAA 1GFEA 2W1LA 3M18B 1IVMA 1XSFA 1NQIA 3TXGA 4ETBA 1IP5A 3BKHA 4H93A 2DQFC 4LYZA 3AZ4A 1E8LA 3AJNA 1DKKA 3WUAA 3HBDA 1LMPA 4ML7A 1GBSA 1LHJA 3AGGG 4NFVA 4NGWA 3QNGA 1WTNA 1XEIA 4M4OA 3TMUA 3RNXA 1OUJA 1OUFA 1LKSA 2HU3A 2I6ZA 4TX7A 1B9OA 1FN5A 1G7IC 1YILA 4GCEA 4MCKA 1IOTA 1GAYA 1YROA 4XADA 5LA5A 1YAMA 4RW2A 4W94A 1CNSA 4DD0A 5IELA 2BQCA 2MEBA 1HSWA 1BWJA 5I5QA 3AW6A 4DD9A 3K3TA 1XGQC 5F81A 2CJLA 1LSPA 1GDXA 4WM6A 2YSSC 5DN5A 1IWVA 1LSFA 1LTMA 3A6BY 3WW5A 1IC4Y 4EMNA 3TMVA 1VDTA 5HQ1A 2ZWBA 1NKHA 5T3FA 1IOCA 2FBDA 2HU1A 2DQIY 5F9UA 3B72A 1LZ6A 1YQVY 3ATNA 2BLXA 1GB0A 1J1XY 4H9HA 4HP0A 4OW1A 3CQLA 4G49A 5A3ZA 4YEOA 3HBHA 1KXYA 4WL7A 4QY9A 1LZSA 1G7MC 1HEWA 1LZ8A 4GN3A 5K7OA 4DYGA 1GFUA 1OUGA 1OUAA 2A7FA 5LA8A 1IWWA 5KKIA 5LXWA 2MEEA 1HC0A 1C46A 2DQEY 1B5YA 1GF4A 1GFVA 1JWRA 1HELA 1INUA 4H8XA 4OWHA 4NHTA 2GV0A 2MEIA 4LT1A 4KL7A 1JJ0A 4OWCA 2BLYA 1GAZA 1LOZA 1LSAA 4H94A 1IC7Y 3LYMA 4XJDA 4DDAA 4N9RA 2BQHA 2DBTA 2XTHA 1LMTA 1IWYA 1HFZA 1AM7A 1KXWA 1LJGA 1D6PA 1LYYA 1IY4A 2BQKA 4WLXA 1HFXA 2BQJA 1REYA 1I56A 1JPOA 4RW1A 1IP7A 4U3XB 5KXNA 3OK0A 1CKFA 2XBRA 3CSRA 2IFFY 4IASA 3KAMA 2MEHA 4PGJB 1DI5A 2LYMA 3TXEA 1LYZA 4O34A 3CT5A 3QY4A 1UUZC 3AW7A 1VFBC 1ZV5L 1JUGA 2BQDA 1HMLA 1LHKA 4Z41A 4BAFA 1YIKA 2LYZA 4ETAA 1TCYA 5LVGA 4HV1A 1QUSA 6LYTA 4QDNA 1T6VL 2BQAA 1JJ3A 1EQ4A 1LZBA 5DM9A 4WM5A 1C43A 1GBOA 1GXXA 2XBSA 193LA 1GB6A 4GCFA 4C5FA 4NWEA 1OQMA 1GFTA 1IY3A 2FYDA 2CGIA 4DT3A 1F6RA 3P4ZA 1LZ5A 1UIEA 2B5ZA 4OWAA 4GCCA 4WG1A 4DC4A 4ET8A 5APCA 1B5ZA 4LT0A 4XYYA 1LCNA 1GB2A 1UIFA 1JKCA 1IORA 1FLWA 1XGRC 4XJFA 3WYHA 1HEQA 1CKCA 2I25L 1LJIA 2ZQ3A 4DD7A 3WVYA 4GLAA 4LYBA 1QUTA 3EBAB 1GFRA 2W1YA 3A94A 2X0AA 4LGKA 4Z46A 5I4XA 1TDYA 1LJFA 3FI7A 4GLVA 1GWDA 2YBLA 3GXKA 4R6CA 4CHXA 3ATOA 4HJYA 4XJHA 3MGWA 2HEFA 3AYQA 5F9XA 3W3EA 1LJEA 1D6QA 1AKIA 1OUDA 4LT2A 3WW6A 5AMYA 1D0KA 1LJHA 5C6JA 1QTEA 2D4JA 2HECA 4HTNA 4H9BA 4M6DA 4LYMA 5B1FA 1GF8A 5E4PA 3LHMA 4J1AA 1B5VA 4YENA 3P68A 1ZVYB 4NHSA 3A6CY 2BQEA 1W08A 4J0LA 5KXZA 3WPLA 4AXTA 2LHMA 4WLDA 2FYCA 1B7SA 4AGAA 3A95A 1B2KA 5KXMA 5KXTA 3A96A 2DQCY 1IC5Y 1LSYA 4B4JA 2BQLA 4B4IA 4ANRA 4N1CC 4WLYA 1A2YC 5LAFA 4NGVA 4QGZA 2HEEA 1C7PA 4B4EA 5KY1A 4GN5C 3ZEKA 1Z55A 4G9SA 1HEMA 2G4NA 4NG8A 2EPEA 5L9JA 5DL9A 5LINA 135LA 4WO6A 3RU5A 4N5RA 1HF4A 2BQGA 1BB6A 1WQPA 3E3DA 3WPJA 1UCOA 4WM4A 2F4AA 3T6UA 5F14A 134LA 3AGIA 1YL1X 4Z3MA 4UWNA 4B1AA 1CKGA 3TMXA 4H1PA 1GFHA 1LMNA 2CWIA 2ZYPA 5KXWA 5KXYA 1JTPL 1JSEA 4H9CA 2LYOA 1LJ3A 1GE2A 1C08C 3WU9A 3CSZA 1JKBA 3A8ZA 3CB7A 1YAOA 3P64A 4XJGA 1C10A 4DWXA 4CGEA 4PRQA 1SQ2L 3WU8A 1IIZA 4ET9A 3B0KA 1FLUA 2N5ZA 4TSBA 1B5WA 5KXRA 1RJCB 2YBMA 1MELL 1LZTA 3TXIA 1GEVA 4TSCA 1HMKA 4H92A 1BWIA 1BWHA 1NWGA 1NHEA 2HEDA 1RI8B 4A7DA 5I54A 2Z12A 3CT0A 1WQQA 4HJVA 1ALCA 3W6CA 2F30A 2HEBA 1LJKA 153LA 9LYZA 1JTOL 1GBXA 2PC2A 3HFMY 4LT3A 5KXOA 1YKXX 1JEFA 4H90A 4GN4A 2HTXA 1LZ4A 4P2EA 5APFA 4D9ZA 4YEMA 4GCBA 1H87A 5KKJA 3ZVQB 1GE4A 4NGJA 1GBWA 1O23A 1LZ1A 2W1MA 4OOOA 4N1EI 4RLNA 1EL1A 4X3BA 3A3RX 3W6BA 2BQMA 6LYZA 2Q0MX 1HEPA 1HHLA 1G7HC 4NIJA 1B0DA 4C3WA 1LSZA 3F6ZA 8LYZA 3A3QA 4PPOA 3TXKA 2VB1A 1V7SA 1B7QA 1B7PA 3A90A 4FJRA 1JISA 5I4WA 5C6IA 1KIRC 2MEDA 3N9EA 1LYOA 2FBBA 4NG1A 1QSAA 2BAAA 1IOQA 4Z98A 3W6AA 1GBYA 1SLYA 1IO5A 1DQJC 1TEWA 1UC0A 1LZYA 3RW8A 3WL2A 3WULA 4ZEEA 5L3IA 1FBIX 3J6KA 4L41A 5I53A 4MSTA 2ZIKA 4DD2A 4ETCA 1YKZX 5HLLA 1LZ9A 1LMAA 3HBEX 1GF3A 1FDLY 1REMA 3IWRA 1LHLA 1XFPL 3EXDA 1LHIA 1IWTA 1W6ZA 2YBHA 4H9EA 2MEGA 1BHZA 2Z18A 4W96A 4PHIA 4DDCA 4H9IA 5LIOA 2DQDY 2LZTA 1FLQA 2ZNXY 4LFPA 1PS5A 1VAUA 1LMCA 3B0IA 4LYOA 4NSJA 4RLMA 4H8YA 4RDSA 3WU7A 1GXV2 2D4KA 5B1GA 4OOTA 3LYOA 1JITA 2EQLA 1NBZC 2A7DA 4XENA 1D0LA 4PJ2C 3LZTA 1B7MA 4WM2A 5LYTA 5LVHA 1DPXA 2AUBA 3W6EA 4G4BA 1WVUA 4PRUA 4WL6A 1OUEA 1BQLY 1GB8A 1ZVHL 4KT3A 1IWZA 2F2NA 3QE8A 3IJVA 1B5UA 1HERA 3OJPA 4NGZA 1JTTL 3ZVQA 1GFKA 154LA 1WQNA 1HENA 2I26L 4J7VA 5IDDA 4KPMA 1DXJA 1LKRA 3IJUA 3EO5A 3LYZA 1A4VA 4UWVA 2Z39A 2YBNA 1G7LC 1CJ9A 1GEZA 1GFGA 4HPIA 1DKJA 3LN2A 4XJIA 3EMSA 4NY5A 1KIPC 1WQOA 3G3AB 4LFXA 3AGHA 5LAGA 2D91A 3TMWA 1JSFA 2Z2FA 1GE1A 2BQBA 1B7NA 1GF9A 1PZYA 5APEA 1J1PY 4WM1A 5FDJA 3AZ5A 4HTQA 3RT5X 4NHQA 1LSEA 4WO9A 4ETDA 4I0CA 1CKDA 4NSIA 3RZ4A 2G4QA 1QQYA 3GXRA 2Z38A 1UIBA 4R0FA 1GE0A 4TTDA 3CT1A 5LYMA 1NDMC 5KXSA 1XEKA 1EQ5A 1LSNA 1UBZA 2BPUA 1GE3A 1OUHA 1GB3A 4CJ2A 1YKYX 2DQJY 1LZDA 4H9FA 1AT6A 4HV2A 4B49A 3A91A 4E3UA 2EKSC 1VEDA 2HUBA 1IEEA 1GF5A 2MECA 3P66A 4DD3A 2DQGY 4OWEA 4MR1A 1IP3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2D4IA 1IWUA 4XJBA 3A92A 4WOAA 1CJ8A 4ARMB 3M3UA 1LSDA 195LA 4BS7A 2W1XA 2YVBA 5LYZA 4DDBA 4H91A 108LA 5M1YA 4WMGA 5FSTA 3GUKA 5APDA 1CVKA 110LA 3HT6A 5HNLA 1GFJA 4KXIA 3SN6R 3HUQA 137LA 1CTWA 2IHLA 5E9RA 1REXA 3VWOA 1C6MA 184LA 1IR8A 3PDSA 1C65A 5L3HA 1MLCE 4I7QA 1L58A 3QAKA 2YBJA 1TBYA 159LA 2RSCA 1IP1A 1XEJA 5JENB 1IP6A 1BB5A 2ZIJA 2G4PA 1LHMA 2BQNA 2QB0B 1LZNA 4IJ4A 1IR9A 4N0JA 4XN6A 1QTBA 206LA 2ZQ4A 253LA 5FHWA 3TXFA 1LSGA 1LSMA 1L21A 2YDGA 2B6WA 1G1WA 4W51A 4LZTA 5KXPA 2ZNWY 3C81A 3C83A 1NBYC 222LA 1LZRA 4J1BA 4NGOA 5J7CA 4NGLA 1D9UA 1CJ6A 1L14A 1LSCA 1CKHA 3ULRA 5HNCA 1N4FA 227LA 1KXXA 1CJ7A 1QUGA 1L73A 3A93A 1QTZA 2B6XA 2RH1A 5LVJA 1C60A 3C7WA 1PQOA 1BVXA 4H8ZA 214LA 1RFPA 1LZGA 4QEQA 3NY8A 5DN4A 3DMVA 3D3DA 3DKEX 1DYGA 2DQAA 1D3JA 1QT6A 4OWBA 1IP4A 3G3XA 1L07A 5LVIA 1AZFA 188LA 1IWXA 1L94A 1EQEA 1B7LA 1LZEA 3A67Y 168LA 1GFAA 3B0OA 2ANXA 102LA 1L41A 1L11A 1DKKA 3WUAA 3HBDA 1GBSA 4NGWA 230LA 250LA 1LKSA 3CDRA 3NY9A 1QUOA 3GUOA 1GAYA 4XADA 2B73A 1L09A 4DD9A 1C6TA 4WM6A 187LA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DLA A;  2D4I A;  1IWU A;  4XJB A;  1QTK A;  3A92 A;  4BAP A;  1BGI A;  5KXK A;  3D9A C;  4WOA A;  2EIZ C;  2H9J A;  1CJ8 A;  1GBZ A;  1LPI A;  1GF7 A;  2ZYC A;  3W6D A;  1WVV A;  5KJ9 A;  3M3U A;  1LSD A;  3AZ6 A;  4BS7 A;  2W1X A;  2YVB A;  5LYZ A;  1UIA A;  1YAQ A;  4DDB A;  1AT5 A;  4H91 A;  5M1Y A;  1GDW A;  1I20 A;  4WMG A;  5FST A;  5APD A;  4II8 A;  1YAN A;  5KXX A;  5KXL A;  1LSB A;  2YBI A;  1F10 A;  1GFJ A;  5HNL A;  5HMV A;  5ILF A;  3LYT A;  4KXI A;  5I4Y A;  3TXH A;  1NF5 A;  4DD1 A;  2C8O A;  3TXB A;  4NHI A;  5FEK A;  1B5X A;  1JKA A;  4NWH A;  5EBH A;  1QDR A;  1FKQ A;  2D6B A;  3BKV A;  3SP3 A;  1LHH A;  1HSX A;  5II3 A;  1GD6 A;  4FDY A;  3LZ2 A;  1IX0 A;  4TWS A;  1XGP C;  1I1Z A;  2IHL A;  5B59 A;  1F6S A;  2NWD X;  1TAY A;  2Z2E A;  4WLT A;  2H5Z A;  5E9R A;  1DPW A;  1REX A;  2DKV A;  1B7O A;  3VWO A;  5IHG A;  4G4C A;  1IR8 A;  2ZIL A;  4ETE A;  5L3H A;  1GHL A;  1MLC E;  2MEA A;  1BVK C;  1JHL A;  1LAA A;  1H6M A;  1DZB X;  1XGU C;  3CSQ A;  1LZA A;  5B05 A;  2HEA A; 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 1PS5 A;  1VAU A;  1LMC A;  3B0I A;  4LYO A;  4NSJ A;  4RLM A;  4H8Y A;  4RDS A;  3WU7 A;  1GXV 2;  2D4K A;  5B1G A;  4OOT A;  3LYO A;  1JIT A;  2EQL A;  1NBZ C;  2A7D A;  4XEN A;  1D0L A;  4PJ2 C;  3LZT A;  1B7M A;  4WM2 A;  5LYT A;  5LVH A;  1DPX A;  2AUB A;  3W6E A;  4G4B A;  1WVU A;  4PRU A;  4WL6 A;  1OUE A;  1BQL Y;  1GB8 A;  1ZVH L;  4KT3 A;  1IWZ A;  2F2N A;  3QE8 A;  3IJV A;  1B5U A;  1HER A;  3OJP A;  4NGZ A;  1JTT L;  3ZVQ A;  1GFK A;  154L A;  1WQN A;  1HEN A;  2I26 L;  4J7V A;  5IDD A;  4KPM A;  1DXJ A;  1LKR A;  3IJU A;  3EO5 A;  3LYZ A;  1A4V A;  4UWV A;  2Z39 A;  2YBN A;  1G7L C;  1CJ9 A;  1GEZ A;  1GFG A;  4HPI A;  1DKJ A;  3LN2 A;  4XJI A;  3EMS A;  4NY5 A;  1KIP C;  1WQO A;  3G3A B;  4LFX A;  3AGH A;  5LAG A;  2D91 A;  3TMW A;  1JSF A;  2Z2F A;  1GE1 A;  2BQB A;  1B7N A;  1GF9 A;  1PZY A;  5APE A;  1J1P Y;  4WM1 A;  5FDJ A;  3AZ5 A;  4HTQ A;  3RT5 X;  4NHQ A;  1LSE A;  4WO9 A;  4ETD A;  4I0C A;  1CKD A;  4NSI A;  3RZ4 A;  2G4Q A;  1QQY A;  3GXR A;  2Z38 A;  1UIB A;  4R0F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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