2DQJY

Crystal structure of hyhel-10 fv (wild-type) complexed with hen egg lysozyme at 1.8a resolution
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Immune system/hydrolase
source organism Mus musculus
publication title Structural consequences of mutations in interfacial Tyr residues of a protein antigen-antibody complex. The case of HyHEL-10-HEL
pubmed doi rcsb
molecule keywords lysozyme binding Ig kappa chain V23-J2 region
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-05-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Y PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2dqjY00
2IHLA 1UIBA 1JKBA 2F30A 5APDA 4CJ2A 1ZVYB 3WUAA 1OUFA 4LYZA 1JIYA 1GFVA 1WQQA 4GN5C 4X3BA 5F9XA 1IX0A 1EL1A 1GBXA 1GDWA 1AM7A 2IFFY 4G49A 132LA 2YBLA 1LSFA 1IP1A 1REYA 3OJPA 4NG1A 1IOCA 4GCBA 4WL6A 3W6EA 4Z3MA 1FN5A 4FJRA 1WQNA 3T6UA 4B4EA 1YROA 5KXXA 3TXEA 3FI7A 3G3BB 4KXIA 1JJ0A 4QGZA 5LVJA 1LJEA 3P4ZA 2G4NA 2BQHA 1HEOA 1GB3A 3AYQA 5HLLA 1UC0A 1GB7A 1C10A 4HPEA 3A92A 7LYZA 1B7MA 2DQJY 4B1AA 2MEDA 3WW6A 4NGYA 5I54A 1VAUA 5KKJA 1HNLA 4XJDA 3N9EA 1XEJA 1KIPC 1LJGA 1GBZA 3WYHA 1TCYA 1IOQA 4MCKA 4RLNA 3A94A 1GAYA 1A4VA 2BLXA 1LYOA 2I25L 4GCFA 5HQ1A 4OOTA 4YF2A 1GXV2 1B2KA 1IY3A 5JENB 5LAFA 2LYMA 3W6FA 4WM6A 1DQJC 1GBYA 4NHIA 1C43A 4RLMA 2BQJA 1IY4A 3EBAB 4UWNA 1GFJA 2HEAA 1YANA 1CNSA 2ZIKA 4YOPA 1GFHA 2HTXA 3FE0A 4ETAA 5C6LA 4XJIA 4B49A 1LSYA 2VB1A 1NBZC 3D9AC 4DD9A 1LSGA 1LMNA 1IOTA 1LZYA 1YKZX 3AB6A 4H9EA 1TAYA 4LFPA 2ZILA 1B7NA 5KXNA 3TMVA 4WM2A 1B5VA 4AXTA 1C46A 2BQCA 2BQKA 1FBIX 3W3EA 1IP3A 1FLQA 1J1XY 3CT0A 2Z37A 1IR7A 4QDNA 4WM3A 4ZEEA 3HBHA 1D0MA 2H9KA 1HEMA 4ET9A 5HMJA 2BQAA 4RDSA 1OUEA 5FELA 2A7FA 4WG7A 1GBSA 1LJFA 1AT6A 4UWUA 4QY9A 1OUBA 1UIFA 1LMOA 1IWVA 1XGUC 5I53A 4N5RA 4TUNA 1LMQA 154LA 4LFXA 1HMLA 1UCOA 3GXRA 1LZ8A 4H9IA 2YBJA 1JTPL 4ZIXA 3ZEKA 2BQBA 1CJ8A 2RSCA 2DQEY 1D0LA 2XTHA 1YIKA 4HJVA 3WW5A 3G3AB 5ILCA 1VDQA 3AW6A 1XGPC 3LYTA 2HEEA 2DBTA 5LYMA 1UIGA 4IJ4A 1JPOA 1LMAA 3IJVA 5HNCA 1FLUA 2DQHY 5I5QA 4LYTA 1JEFA 2BQLA 4II8A 4NEBA 1UUZC 1HERA 1MELL 1LMPA 1LZ9A 3IJUA 5AMYA 1IORA 4G4HA 4I8SA 1I1ZA 5DN4A 1LYZA 1LZ1A 1P2CC 3P68A 4WM5A 5LVHA 1GB9A 5B1FA 1C08C 3AJNA 4XJFA 1ZMYL 4NFVA 1EQEA 5D5CA 4YM8A 4GCCA 1Z55A 1CKCA 1NF5A 2Z39A 2PC2A 1INUA 5L3IA 3GXKA 4LYCA 2I26L 2ZWBA 1DKJA 1JHLA 1LJ4A 1OUAA 1YILA 3WPKA 1GF8A 3WXUA 4DWXA 5M1YA 1LSMA 1YAPA 2BQIA 2MECA 3CQLA 3AZ7A 5FCPA 1WVUA 1J1OY 4H93A 1GE0A 5B06A 4WOAA 2LZ2A 1H87A 1TEWA 8LYZA 5APEA 4ETEA 3W6AA 3WPJA 2NWDX 1GB2A 1GFKA 208LA 3BKVA 1HSXA 4G9SA 4CFPA 4AGAA 1XEIA 4GN3A 1HELA 1WTMA 1LZNA 4DD0A 3P66A 4H91A 2C8PA 1TDYA 3WUNA 1LSZA 2Y8PA 4HJZA 1HSWA 1B5YA 4XJBA 1JJ3A 2BAAA 5DL9A 2HEDA 5F9UA 4ET8A 1XGQC 1GF5A 1B9OA 2Z19A 4CHXA 1CJ9A 1GEVA 1LSCA 1GFAA 3B0IA 3M18B 2BPUA 2MEAA 1NDGC 1NWGA 3WU9A 3A95A 1QTEA 4N8ZA 3LYZA 4LYOA 1REXA 4KPMA 4WO6A 1HEPA 3A96A 2F2NA 1B7QA 4TTDA 1JWRA 1LAAA 5L3HA 5LAGA 3P65A 1RCMA 3A90A 1QUTA 2YBMA 4NHTA 4DD7A 2HU1A 2EIZC 1GF9A 4ETCA 4LZTA 5FEKA 1UIHA 5KXOA 133LA 3VWOA 1REZA 3TXJA 2YVBA 4LGKA 2CJLA 1JKAA 1LMCA 1A2YC 1WQMA 2YSSC 4IATA 3WU7A 5I4XA 1I20A 3CT5A 4MR1A 3WVYA 1NDMC 2ZNWY 6LYTA 4GLAA 4HTKA 4NSGA 1FLWA 3CT1A 1N4FA 1QSWA 1HEQA 5KJ9A 1FDLY 1GE1A 5A3ZA 1IP2A 3WVXA 4ZFPA 5LVGA 4XJHA 5C6IA 5F81A 1LZGA 1LSEA 1YL0X 1WTNA 2F4AA 4OOOA 2DQFC 1HFZA 3LZ2A 3QE8A 3TXGA 2Z2EA 1XFPL 1JJ1A 4KT3A 5HMVA 2F4GA 2DQIY 4RW2A 2BQOA 4TSCA 1OUDA 3OK0A 4J1BA 1BB6A 1V7SA 1BB3A 1VDPA 1QIOA 5LINA 1DPWA 2LHMA 1B7PA 2A7DA 3LYMA 4UWVA 1JSFA 1G7IC 1O23A 4OWAA 1LHHA 3WPLA 1EQ5A 4PGJB 4PRQA 2G4PA 1GB0A 1B5UA 1VDTA 1GAZA 3ATNA 5LYTA 3KAMA 1FKQA 1HFYA 2C8OA 4NG8A 1DI3A 1UA6Y 1B7OA 2HUBA 134LA 2BQGA 5EBHA 1LYSA 3CSZA 1QSAA 5I4WA 5KXTA 2ZQ4A 2XBSA 1F0WA 2HEBA 2XBRA 4B0DA 3TXIA 3LN2A 5K7OA 2DKVA 3A34A 3WL2A 1NMMA 4H92A 4H8ZA 2FBDA 3LYOA 4E3UA 1GF6A 3ATOA 1ZVHL 3AGGG 2LZTA 1D6QA 4NGKA 4XYYA 3A3RX 1G7HC 1NHEA 1QDRA 3T36A 1VATA 1QUSA 4ML7A 4Z46A 1LJIA 2H9JA 1IEEA 1LJHA 1VFBC 1LSAA 2ZIJA 4J0LA 4CFOA 1CKHA 4WL7A 1KXXA 5KXPA 3TXBA 2MEBA 4HPIA 3QNGA 2W1XA 3WUMA 5KY1A 2Q0MX 4O34A 2ZYCA 2MEEA 4WG1A 4YENA 1D0KA 1IP7A 3ULRA 4Z98A 5J7CA 3SP3A 4XENA 1GFTA 1BGIA 1XSFA 2BLYA 1LJNA 3W6DA 4BADA 5IELA 1E8LA 1W08A 2Z2FA 1HENA 1B7RA 1LCNA 1JUGA 2B5ZA 1OQMA 1IR8A 4ETBA 2I6ZA 5KXMA 1GPQC 1C7PA 207LA 5LYZA 4M4OA 1UACY 4H8XA 3B72A 1OUCA 1BHZA 2MEFA 1OP9B 3N9AA 1ZV5L 4GN4A 4XN6A 1W6ZA 4FDYA 4N0JA 1LJJA 2FYCA 1GHLA 1UIEA 3B0OA 135LA 5F14A 5ILFA 2BQFA 1UIAA 3B6LA 4LT3A 1CKGA 3A93A 2CWIA 1GE4A 2EQLA 4HTQA 4LYMA 4M6DA 1LZDA 4A7DA 6LYZA 2EKSC 4WLYA 2MEGA 3AGIA 3HBDA 1FLYA 4NGIA 3EXDA 4TWSA 1C45A 1WVVA 2XJWA 4TX7A 1CJ6A 3WU8A 3N9CA 4J1AA 1GXXA 3RT5X 5KXRA 2YBHA 1AZFA 1IR9A 3M3UA 1UBZA 1B7SA 4TSBA 3TXDA 4BAFA 1LHJA 1LYYA 1YAMA 4C5FA 1LHLA 1HFXA 2W1YA 3A6CY 1IC7Y 1WQPA 3ZVQA 2EPEA 1BWHA 3F6ZA 4PJ2C 1BQLY 3IWRA 1NBYC 4NHQA 1NKHA 194LA 1REMA 2CGIA 4H90A 4NGWA 5T3FA 1YKXX 4GCDA 1GFUA 2FBBA 1ALCA 4H9CA 4NGLA 3CSRA 4HP0A 4EMNA 2D4KA 5E4PA 3WXTA 1YQVY 1LZ5A 1YAQA 1UICA 5HNLA 4DYGA 1YL1X 1GB5A 1LZRA 193LA 1BVKC 1RFPA 2H5ZA 4NGJA 1HMKA 1LKRA 1F6RA 1LSDA 2DQCY 4WLXA 3HFMY 4W96A 1F6SA 3RNXA 3BKHA 1T3PA 2BQMA 4L41A 1IWYA 1IWWA 2N5ZA 4Z41A 4LYBA 2DQDY 2YBIA 4B4IA 2DQGY 1LHMA 1IWTA 4OWBA 4DD1A 4XJGA 2D6BA 1NQIA 5B59A 2MEHA 1UIDA 3MGWA 1XEKA 1GFGA 4H94A 5II3A 2ZNXY 1LKSA 4I0CA 1B5WA 1QTKA 4NGVA 1LOZA 3CSQA 4BAPA 1BWJA 3TXHA 3EO5A 1IWXA 3RW8A 5LXWA 2MEIA 3RZ4A 4NHPA 1PS5A 1GB6A 1JTTL 2HEFA 4GLVA 4R6CA 5LVKA 5IHGA 4NWHA 1LJ3A 4BS7A 1GWDA 4N9RA 4GCEA 3TXKA 1JISA 4H9BA 1LZ6A 4P2EA 5FSTA 5KXYA 1D6PA 1HHLA 5D5FA 3J6KA 5APFA 5B07A 2D91A 1DI4A 1AT5A 2DQAA 1B5ZA 1EQ4A 3TMXA 1HF4A 1V7TA 1RJCB 4D9ZA 4LT1A 3J4GA 2AUBA 2W1MA 3ZVQB 4OWHA 1DI5A 4NGZA 4HTNA 4KL7A 3TMUA 4G4CA 5A3EA 1JTOL 1IVMA 3WH1A 2X0AA 4W94A 1I56A 1GF7A 1MLCE 1BVXA 1HC0A 3CB7A 5KXKA 4H9HA 1LZ4A 3RU5A 2LYZA 4HJYA 4DDBA 1GBWA 4WLTA 1JITA 4WMGA 2W1LA 1AKIA 3TMWA 5B05A 2WARA 4NGOA 4R0FA 2ZYPA 1GB8A 1G7JC 2BQEA 3AW7A 1WQOA 5LVIA 4ANRA 4C3WA 1FKVA 4OW1A 4QEQA 1BB4A 1QDTA 5LA8A 1B7LA 1LSNA 2CDSA 3TXFA 1LZSA 1GBOA 1PZYA 1B0DA 3P64A 1LJKA 1GF0A 1BB5A 4OWCA 5KXWA 1GE2A 4NSHA 3B0KA 4OWEA 1GD6A 4WLDA 1LZCA 4HSFA 1J1PY 5FDJA 1G7MC 2YBNA 1DKKA 1KIRC 1SLYA 2G4QA 5I4YA 4ETDA 1VEDA 2ZQ3A 1G7LC 1LZEA 1BB7A 1GF3A 4NSIA 1LTMA 4XADA 1HEWA 3E3DA 5DN5A 1LZTA 2BQNA 1GE3A 3A67Y 3AZ5A 1OUHA 3W6CA 1IP4A 3LZTA 1LZAA 1DZBX 1KIQC 1JKDA 1OUGA 1XGRC 4EOFA 1RI8B 1IOSA 2YDGA 1IWZA 1IIZA 2D4JA 1RE2A 5C6JA 5F16A 3AGHA 4PRUA 4N1CC 1IWUA 4PHIA 1GF4A 3AZ4A 1DXJA 4B4JA 9LYZA 1IP6A 4N1EI 1D9UA 1SQ2L 2HECA 4H9FA 1T6VL 2Z18A 5IDDA 1CKFA 2HU3A 1CJ7A 4J7VA 4U3XB 2FYDA 153LA 5KXSA 4NWEA 5APCA 3D3DA 1B5XA 5LIOA 5LA5A 5DM9A 4DDAA 3K3TA 1OUIA 1KXWA 4NY5A 4WM4A 1GFEA 4DT3A 3EMSA 1QQYA 3WMKA 1LHIA 1TBYA 1KXYA 4HV1A 1YKYX 4LT0A 4DC4A 1F10A 4WO9A 3A3QA 5DLAA 1IC5Y 5KKIA 3A8ZA 3A91A 3HBEX 1GFRA 1LHKA 3QY4A 1LPIA 1LMTA 3LHMA 1H6MA 2LYOA 3A6BY 4YEMA 4H8YA 1DPXA 2Z38A 5KXLA 4DDCA 1JSEA 1YAOA 4G4BA 1IO5A 5KXZA 1CKDA 1LZBA 1OUJA 1LSPA 4WM1A 4H9AA 4NHSA 1LSBA 4LT2A 4YEOA 5E9RA 5B1GA 2GV0A 4NIJA 4IASA 2Z12A 2BQDA 4CGEA 1WQRA 4PPOA 5FHWA 1GDXA 1GEZA 4MSTA 3AZ6A 3WULA 4DD2A 1JKCA 1IP5A 4DD3A 4H1PA 4RW1A 3W6BA 4HV2A 5L9JA 1VDSA 1IC4Y 1BWIA 2D4IA 1XGTC 4NSJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1G07A 1JKBA 1JIYA 4X3BA 1L41A 5F9XA 1IX0A 1GBXA 1AM7A 2YBLA 4WL6A 3W6EA 3FI7A 3G3BB 4I7JA 5LVJA 168LA 4QGZA 3P4ZA 2G4NA 1GB3A 5HLLA 3A92A 1P2RA 1L75A 158LA 4XJDA 1KIPC 1LJGA 3WYHA 1TCYA 1C6AA 3UONA 243LA 1GAYA 3HDFA 5JENB 1GXV2 4RLMA 2OE4X 3EBAB 2ZIKA 1GFHA 1LSYA 2VB1A 4DD9A 1LMNA 1IOTA 4H9EA 1YKZX 1C65A 1B7NA 1OV5A 1L34A 1FBIX 4I7LA 4ZEEA 5HMJA 2BQAA 4RDSA 4UWUA 2RAYX 239LA 1LMOA 1IWVA 1G0LA 4N5RA 4W56A 3SN6R 4GRVA 1L96A 1CUPA 3GXRA 3DKEX 4ZIXA 2BQBA 1CJ8A 4DKLA 3G3AB 2HEEA 1LMAA 2DQHY 2BQLA 218LA 1XJUA 1I1ZA 5DN4A 1P2CC 3P68A 5D5CA 5L3IA 3GXKA 2I26L 2ZWBA 1DKJA 3L2XA 1L31A 3WXUA 1L52A 1L18A 5M1YA 1YAPA 2BQIA 111LA 1L35A 3G3XA 1L72A 3GUIA 4AGAA 4ARMB 1D3FA 1HELA 1WTMA 2IGCA 2F32A 1TDYA 3WUNA 4HJZA 2HEDA 4W58A 1GF5A 1CJ9A 137LA 4N8ZA 1REXA 4WO6A 232LA 151LA 209LA 1JWRA 5L3HA 1RCMA 4NHTA 1QUTA 4DD7A 1ZYTA 108LA 2EIZC 3DN0A 3TXJA 1JKAA 1WQMA 3CT5A 1L48A 1T8FA 1I6SA 4GLAA 3DNAA 1L80A 122LA 1N4FA 5A3ZA 5F81A 118LA 1LSEA 1WTNA 1L68A 3QE8A 1HFZA 4KT3A 1OUDA 3OK0A 1BB6A 1L74A 1DPWA 2HULA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2IHL A;  1UIB A;  1JKB A;  2F30 A;  5APD A;  4CJ2 A;  1ZVY B;  3WUA A;  1OUF A;  4LYZ A;  1JIY A;  1GFV A;  1WQQ A;  4GN5 C;  4X3B A;  5F9X A;  1IX0 A;  1EL1 A;  1GBX A;  1GDW A;  1AM7 A;  2IFF Y;  4G49 A;  132L A;  2YBL A;  1LSF A;  1IP1 A;  1REY A;  3OJP A;  4NG1 A;  1IOC A;  4GCB A;  4WL6 A;  3W6E A;  4Z3M A;  1FN5 A;  4FJR A;  1WQN A;  3T6U A;  4B4E A;  1YRO A;  5KXX A;  3TXE A;  3FI7 A;  3G3B B;  4KXI A;  1JJ0 A;  4QGZ A;  5LVJ A;  1LJE A;  3P4Z A;  2G4N A;  2BQH A;  1HEO A;  1GB3 A;  3AYQ A;  5HLL A;  1UC0 A;  1GB7 A;  1C10 A;  4HPE A;  3A92 A;  7LYZ A;  1B7M A;  2DQJ Y;  4B1A A;  2MED A;  3WW6 A;  4NGY A;  5I54 A;  1VAU A;  5KKJ A;  1HNL A;  4XJD A;  3N9E A;  1XEJ A;  1KIP C;  1LJG A;  1GBZ A;  3WYH A;  1TCY A;  1IOQ A;  4MCK A;  4RLN A;  3A94 A;  1GAY A;  1A4V A;  2BLX A;  1LYO A;  2I25 L;  4GCF A;  5HQ1 A;  4OOT A;  4YF2 A;  1GXV 2;  1B2K A;  1IY3 A;  5JEN B;  5LAF A;  2LYM A;  3W6F A;  4WM6 A;  1DQJ C;  1GBY A;  4NHI A;  1C43 A;  4RLM A;  2BQJ A;  1IY4 A;  3EBA B;  4UWN A;  1GFJ A;  2HEA A;  1YAN A;  1CNS A;  2ZIK A;  4YOP A;  1GFH A;  2HTX A;  3FE0 A;  4ETA A;  5C6L A;  4XJI A;  4B49 A;  1LSY A;  2VB1 A;  1NBZ C;  3D9A C;  4DD9 A;  1LSG A;  1LMN A;  1IOT A;  1LZY A;  1YKZ X;  3AB6 A;  4H9E A;  1TAY A;  4LFP A;  2ZIL A;  1B7N A;  5KXN A;  3TMV A;  4WM2 A;  1B5V A;  4AXT A;  1C46 A;  2BQC A;  2BQK A;  1FBI X;  3W3E A;  1IP3 A;  1FLQ A;  1J1X Y;  3CT0 A;  2Z37 A;  1IR7 A;  4QDN A;  4WM3 A;  4ZEE A;  3HBH A;  1D0M A;  2H9K A;  1HEM A;  4ET9 A;  5HMJ A;  2BQA A;  4RDS A;  1OUE A;  5FEL A;  2A7F A;  4WG7 A;  1GBS A;  1LJF A;  1AT6 A;  4UWU A;  4QY9 A;  1OUB A;  1UIF A;  1LMO A;  1IWV A;  1XGU C;  5I53 A;  4N5R A;  4TUN A;  1LMQ A;  154L A;  4LFX A;  1HML A;  1UCO A;  3GXR A;  1LZ8 A;  4H9I A;  2YBJ A;  1JTP L;  4ZIX A;  3ZEK A;  2BQB A;  1CJ8 A;  2RSC A;  2DQE Y;  1D0L A;  2XTH A;  1YIK A;  4HJV A;  3WW5 A;  3G3A B;  5ILC A;  1VDQ A;  3AW6 A;  1XGP C;  3LYT A;  2HEE A;  2DBT A;  5LYM A;  1UIG A;  4IJ4 A;  1JPO A;  1LMA A;  3IJV A;  5HNC A;  1FLU A;  2DQH Y;  5I5Q A;  4LYT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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