2DQJY

Crystal structure of hyhel-10 fv (wild-type) complexed with hen egg lysozyme at 1.8a resolution
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural consequences of mutations in interfacial Tyr residues of a protein antigen-antibody complex. The case of HyHEL-10-HEL
pubmed doi rcsb
molecule keywords lysozyme binding Ig kappa chain V23-J2 region
molecule tags Immune system/hydrolase
source organism Mus musculus
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-05-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Y PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2dqjY00
5B59A 1QDTA 2ZYCA 1XEIA 2BPUA 4LT3A 3LYTA 4NHPA 3WMKA 5M1YA 3AGGG 1UIFA 1KIQC 4TX7A 1B9OA 3M3UA 4LYBA 1JSFA 1XGPC 2BQEA 5APFA 1IWWA 5KXLA 2N5ZA 3WVYA 1GXXA 4PPOA 1B2KA 1B7RA 4OOOA 1LOZA 1BWHA 5C6IA 1LZDA 2MEAA 3QNGA 1LZRA 3QY4A 5LXWA 1LSGA 4H94A 1LMPA 1BQLY 1FLYA 1GF3A 2D4KA 4J1AA 1CJ8A 5APDA 5T3FA 3TXBA 3AZ7A 5C6JA 8LYZA 1JWRA 5KJ9A 4KL7A 4WMGA 1UIDA 3M18B 1KXYA 1JTPL 1LMAA 4CGEA 1GBYA 1GFEA 1QQYA 2DKVA 4ETBA 1GF8A 1LHJA 4NGJA 2EKSC 1LJ3A 1LHIA 5B06A 153LA 1OUJA 1D0MA 4NHTA 1WVVA 1HHLA 4PRQA 5KXKA 4ZIXA 2DQGY 1LSFA 3OJPA 3W6EA 4LYTA 1HEQA 2YDGA 1GDWA 4WM2A 1LYSA 3E3DA 1GEZA 4CHXA 3RZ4A 1GE2A 1CKHA 5KKIA 2I6ZA 4G9SA 2HEAA 1YAMA 4NSGA 5ILFA 1AT5A 1LSCA 1JSEA 1LJJA 2HUBA 3W6DA 3WW6A 1NQIA 1FKQA 4NGWA 4YF2A 3A92A 1B7LA 1YKYX 4KT3A 4RLNA 4XJFA 4DDBA 5LYZA 1C46A 1LHMA 1QUSA 2B5ZA 2BAAA 1NDGC 3AZ5A 1HEWA 1LYZA 1YIKA 3LHMA 4MR1A 4HJYA 4ML7A 1MELL 4OWHA 4BAFA 1HNLA 1IC4Y 1LSZA 1TDYA 4HJVA 1D0KA 1DPWA 1QSAA 4H9EA 5J7CA 4WM6A 4J7VA 3WPLA 1LMCA 1GF4A 1C43A 1SLYA 1WQQA 3ATOA 1BWJA 1HSWA 1LMQA 1HFZA 3A3QA 2F2NA 2NWDX 3N9AA 2YBNA 1IVMA 1I20A 4GCFA 1XGQC 1LSBA 1LSNA 1FLQA 4RW1A 4DD9A 1T6VL 1FLUA 1XFPL 2CDSA 4W94A 2D91A 4TSCA 1GB3A 4X3BA 1IWVA 1GF5A 6LYZA 1LCNA 1UIBA 3N9EA 1F6SA 4KXIA 1GF7A 1LHKA 2W1MA 3A34A 4GCDA 1GB2A 135LA 133LA 6LYTA 1J1XY 2BQNA 1T3PA 5HMJA 1TBYA 3AGIA 2HECA 3IJVA 3TXKA 1JHLA 1HMKA 1AZFA 4HTQA 4H1PA 1RI8B 3EBAB 2BQFA 1REMA 4N5RA 2HEDA 4UWNA 4GN3A 2H9JA 1Z55A 5HMVA 3W6FA 1H87A 4NY5A 3A96A 4XADA 1REXA 1UC0A 1B7QA 2LZ2A 4YEOA 4XJBA 3WUMA 5L9JA 1JKAA 2LYMA 1BGIA 5KXYA 1XGUC 2LYZA 1LZ4A 1LHLA 2BQCA 4TUNA 4U3XB 4LGKA 4B4JA 4DDCA 4TSBA 1BB5A 1ALCA 1GFAA 1O23A 2YBIA 4WLYA 4ETEA 5B05A 1UBZA 1GFJA 1H6MA 1CKFA 3J6KA 4QDNA 1NWGA 3EXDA 1VAUA 2ZNWY 3FE0A 1UIGA 1UACY 1CNSA 1OQMA 4I8SA 3LZ2A 4IJ4A 5F9UA 4N0JA 2CJLA 4GN4A 4B49A 5KXXA 3BKHA 4N8ZA 3CB7A 4UWVA 2ZWBA 4XN6A 4DWXA 4WLDA 3A67Y 4GLAA 1B7SA 4ETAA 1F10A 1A2YC 2Z38A 4H8YA 1TCYA 4XENA 2I26L 3B0OA 1GD6A 1GE4A 1HSXA 3HBEX 4GCEA 4WL7A 4YOPA 5LVHA 4ZEEA 2HU1A 2BQAA 1P2CC 1I1ZA 2GV0A 1JPOA 2W1YA 3CSRA 1EQEA 1LZ1A 3K3TA 4XJHA 1LTMA 1OUHA 1JIYA 2XBSA 5I4YA 194LA 2Y8PA 4I0CA 1NBYC 1LKSA 4WG1A 4DYGA 1GBWA 4QEQA 2HTXA 1JKBA 2FYCA 1D9UA 1HFXA 4NGOA 4OW1A 4Z98A 1ZVYB 1XEJA 1IR7A 1REYA 1B5VA 4PRUA 3AZ4A 4NGYA 3RT5X 3CT5A 1BB4A 3AW7A 3BKVA 5AMYA 4WO9A 5D5CA 5FHWA 5LA8A 1LJHA 4N9RA 1JJ3A 2LYOA 2G4NA 4ANRA 5B1FA 1IEEA 1GFVA 2PC2A 1B7NA 4MCKA 4HSFA 2Z39A 5KY1A 1IOSA 1B5ZA 5II3A 2DQEY 2HEFA 5L3HA 1HELA 2IFFY 4PJ2C 2MECA 4LYOA 3WVXA 1OUGA 4LFPA 1VATA 4GN5C 2H9KA 5HNLA 3ZEKA 3T36A 1AM7A 3CQLA 4C5FA 1D6QA 1WTMA 5LVIA 1HF4A 5APEA 3D3DA 3RW8A 2ZNXY 1LZAA 1CKDA 1PZYA 5E9RA 1QIOA 4HTKA 1INUA 2MEGA 1OUCA 3HBHA 1G7JC 4Z3MA 3LYOA 4OOTA 5F14A 3AB6A 1LKRA 1FN5A 1GB0A 1LZCA 2BQMA 1IY3A 1F0WA 4WLTA 5KXZA 3T6UA 2EIZC 3TMXA 2H5ZA 1PS5A 3MGWA 4GCBA 1LAAA 1BWIA 2A7FA 7LYZA 4FJRA 3ZVQA 4D9ZA 1F6RA 1VFBC 4G4CA 1OUAA 4HTNA 1DKKA 2ZIJA 1NDMC 5LIOA 1C10A 1GBXA 1WQNA 4CJ2A 1ZVHL 1GAYA 1QDRA 4IATA 2RSCA 1ZV5L 3P66A 1C7PA 193LA 1B5UA 2XBRA 1JITA 2C8OA 3W3EA 4TTDA 3B72A 3WXUA 3ATNA 3D9AC 4HV1A 1I56A 2G4QA 4H8XA 4NGZA 1IP6A 4NIJA 3WUNA 5FDJA 1HENA 1IWUA 2DQDY 5HNCA 4NWHA 1TEWA 1VDTA 1IOQA 4H9IA 2BQBA 3RU5A 5FEKA 3A6CY 1JTTL 1TAYA 1UIHA 2MEHA 5LVJA 1IY4A 4PGJB 4M4OA 3WU8A 1LJFA 4CFPA 4QY9A 1LJIA 5ILCA 3WXTA 4WLXA 2Z2FA 3TXEA 3A95A 4HPEA 2D4IA 1HEPA 1UIEA 1YKZX 1OP9B 5LINA 3W6CA 1LJ4A 4H92A 4DD1A 4LT1A 2G4PA 4HJZA 2YBJA 5HLLA 1LMTA 3FI7A 1JTOL 2BQGA 5KXPA 4BAPA 2YVBA 3W6AA 2DQHY 3A90A 3F6ZA 3GXKA 4LYMA 1EL1A 4ETDA 3WPJA 3P64A 1BVXA 4NHSA 4H91A 5KXRA 1OUDA 1YROA 1GBOA 3HBDA 4WM5A 1UIAA 2BQIA 5F81A 1XEKA 1BHZA 3A91A 4DD0A 1G7LC 2X0AA 3EMSA 1LZ9A 3G3BB 5FELA 1IP3A 1LSMA 2BQDA 2DQJY 1IWTA 4L41A 4N1CC 4PHIA 3TMUA 1YKXX 4P2EA 1GFRA 4A7DA 1D0LA 1WQPA 4BS7A 4ETCA 1IWXA 4H9HA 1HFYA 4O34A 4NFVA 4XYYA 3AYQA 2Z12A 2BLXA 2D4JA 4B4IA 5FSTA 1IP1A 4WL6A 4DDAA 1VDPA 2W1XA 4XJDA 1DQJC 4NGLA 3QE8A 1GAZA 3A6BY 1YAQA 2CGIA 4LFXA 4NSIA 2YBLA 1JJ1A 4WOAA 1QSWA 1CKGA 1HC0A 1YAOA 1B0DA 1GB8A 4Z46A 3WU7A 1CJ9A 1GFUA 2BQKA 2MEBA 5LAGA 2CWIA 4H8ZA 4NHIA 3WUAA 1YL0X 5EBHA 5IELA 1NF5A 1UUZC 3LYMA 5JENB 5DN4A 3OK0A 2ZIKA 1RJCB 5DN5A 5KXWA 1B5WA 2C8PA 4DD2A 5DL9A 1QUTA 5I53A 1KXXA 2FBBA 2BQOA 4DT3A 1IP7A 1CKCA 4RDSA 4YM8A 1HERA 3AGHA 1ZMYL 3LN2A 4NG1A 4II8A 1HMLA 2XJWA 4EOFA 1JISA 4B0DA 1GWDA 5LYTA 1LJGA 2EQLA 3LYZA 1JEFA 4NSJA 2VB1A 3WU9A 5HQ1A 1BVKC 1GXV2 1YAPA 1LSDA 2LHMA 208LA 4NSHA 2MEIA 4Z41A 3P4ZA 1VDQA 2IHLA 2ZQ4A 1REZA 1GEVA 4R0FA 2Z18A 4CFOA 4G4BA 5LAFA 1WVUA 1YL1X 1V7SA 2Z19A 4HPIA 4LZTA 1GF6A 1C45A 2WARA 5KKJA 4G49A 1J1PY 3A8ZA 1C08C 3AJNA 4WG7A 1GFKA 3ZVQB 1G7IC 1XGRC 1W6ZA 1YQVY 207LA 4HP0A 1LJKA 1V7TA 3KAMA 4J0LA 4B1AA 1GFGA 3A94A 3B6LA 1GF0A 4RLMA 1AKIA 1WQRA 5KXOA 1DPXA 1DI4A 5I4WA 1IC5Y 1KIRC 4MSTA 1GFTA 4GCCA 4LT2A 3TXJA 5KXTA 4KPMA 1HEOA 2LZTA 3N9CA 4LT0A 1LSPA 1IIZA 4NG8A 3WL2A 1WQMA 2D6BA 4TWSA 3WYHA 1VEDA 4R6CA 2EPEA 4DD3A 1GB5A 1JJ0A 1W08A 1XSFA 2DQAA 1LZTA 4N1EI 1IWYA 5D5FA 5DM9A 1AT6A 1BB7A 2A7DA 1LMOA 1LYOA 4QGZA 1GE3A 4OWCA 3SP3A 1LMNA 1NKHA 1LZBA 3HFMY 4AXTA 2HEBA 1D6PA 1N4FA 1CJ6A 5APCA 1FLWA 1B5XA 2W1LA 2XTHA 1FBIX 4XJIA 3GXRA 2ZQ3A 3A3RX 2YBHA 1DI3A 3TMWA 1XGTC 4BADA 5KXNA 1UICA 2YSSC 9LYZA 3TMVA 1GF9A 1GB7A 3TXDA 1IX0A 2F4AA 1LSAA 2HEEA 2FYDA 1B7OA 1LZNA 2DQFC 132LA 2HU3A 4HV2A 4J1BA 3TXIA 1IC7Y 1NMMA 3P65A 3AW6A 1RE2A 4NGVA 154LA 5I5QA 4WM3A 1GPQC 1MLCE 2DQIY 5A3ZA 1DI5A 1UA6Y 3A93A 4WM4A 4ET9A 1GFHA 1CJ7A 2I25L 5KXSA 1RCMA 1IR9A 5FCPA 5IHGA 4W96A 1KXWA 1QTEA 1HEMA 1LZSA 2BQJA 1IWZA 1FDLY 1GB9A 5I4XA 1BB6A 1YANA 1J1OY 1RFPA 4H9AA 4NWEA 5K7OA 3CT1A 1NHEA 4DD7A 1E8LA 4H9CA 4WO6A 2BLYA 4H9BA 4OWAA 3ULRA 4XJGA 3AZ6A 5F16A 1DKJA 1UCOA 1LYYA 3W6BA 2FBDA 4GLVA 4RW2A 3WH1A 4NGIA 3RNXA 1LZ8A 3WW5A 1IO5A 2BQHA 4H93A 2Z2EA 4H9FA 4YEMA 3VWOA 1EQ4A 2F30A 1IOTA 4C3WA 3CSQA 4H90A 1IR8A 134LA 1B7MA 3J4GA 1B5YA 1GDXA 1DXJA 1OUEA 2BQLA 3IJUA 1QTKA 4NEBA 1IP2A 2MEDA 1WTNA 1G7MC 2YBMA 1OUIA 4EMNA 5LVGA 1VDSA 1JKDA 4DC4A 2DQCY 5B07A 1IP4A 1G7HC 5LVKA 2Q0MX 3TXHA 1EQ5A 2ZILA 1LHHA 3G3AB 5KXMA 1YILA 2F4GA 1GBSA 1WQOA 1JKCA 1GB6A 2DBTA 2MEEA 4ET8A 3B0IA 1GE0A 5IDDA 1LZ6A 3TXFA 1IP5A 1LJEA 3EO5A 4FDYA 5F9XA 2MEFA 4LYCA 4WM1A 3CSZA 4ZFPA 5LYMA 1LPIA 1GHLA 5I54A 4AGAA 3TXGA 1LSYA 1JUGA 4NHQA 1OUBA 1SQ2L 1B7PA 1LZYA 1KIPC 4IASA 3CT0A 4LYZA 1LZ5A 4UWUA 5DLAA 5B1GA 4YENA 4M6DA 4B4EA 5A3EA 5LA5A 1LSEA 3B0KA 1BB3A 1FKVA 3P68A 1OUFA 1NBZC 1IORA 2ZYPA 3IWRA 4OWBA 1LZEA 2Z37A 1A4VA 3WPKA 4E3UA 4G4HA 5L3IA 3WULA 1GE1A 1LZGA 3LZTA 2AUBA 4OWEA 5E4PA 1LJNA 5C6LA 1IOCA 1GBZA 4NGKA 1DZBX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1PQJA 169LA 2IGCA 2ZYCA 2BPUA 4LT3A 3LYTA 4NHPA 1P36A 5APFA 1L64A 3WVYA 1B2KA 1BWHA 3QNGA 2MEAA 1L95A 5T3FA 1CJ8A 3TXBA 195LA 3JR6A 4WMGA 4I7OA 2DKVA 3C7ZA 1CU0A 1QSQA 5B06A 5LZMA 5KXKA 2DQGY 1LSFA 4LDOA 2YDGA 1GDWA 4WM2A 108LA 3L64A 1GE2A 5KKIA 2OE7X 3CDRA 4G9SA 1YAMA 1LYFA 2HUBA 3W6DA 3WW6A 1C61A 1YKYX 4RLNA 4XJFA 5LYZA 1LHMA 1QUSA 1CX7A 1L74A 1HEWA 1LYZA 1YIKA 1LSZA 1TDYA 1G1VA 1DPWA 4H9EA 1LMCA 1L53A 2LCBA 200LA 1T6VL 1FLUA 126LA 4TSCA 197LA 4X3BA 6LYZA 1LCNA 1C6DA 4KXIA 1GF7A 1LHKA 3A34A 1GB2A 5HMJA 1L66A 1JHLA 1AZFA 2BQFA 4UWNA 125LA 1Z55A 3WUMA 1UC0A 4YEOA 5L9JA 2LYZA 4B4JA 1BB5A 1GFAA 2Q9DA 1H6MA 1CUQA 189LA 4I8SA 237LA 4IJ4A 2CJLA 4B49A 3BKHA 4N8ZA 4XN6A 161LA 243LA 3A67Y 3GUMA 1F10A 220LA 1HSXA 5LVHA 4ZEEA 2HU1A 1P2CC 1LZ1A 3NYAA 1OUHA 5I4YA 3FA0A 1NBYC 1D9UA 4OW1A 1IR7A 1REYA 225LA 1ZWNA 3AW7A 5AMYA 260LA 4WO9A 5FHWA 1JJ3A 2LYOA 5B1FA 2PC2A 2Z39A 2HEFA 1L36A 3CDOA 4PJ2C 3WVXA 1T8GA 211LA 4GN5C 3CQLA 1D6QA 1WTMA 5LVIA 1HF4A 5APEA 170LA 209LA 248LA 1L96A 1LYGA 1L70A 3HTFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5B59 A;  1QDT A;  2ZYC A;  1XEI A;  2BPU A;  4LT3 A;  3LYT A;  4NHP A;  3WMK A;  5M1Y A;  3AGG G;  1UIF A;  1KIQ C;  4TX7 A;  1B9O A;  3M3U A;  4LYB A;  1JSF A;  1XGP C;  2BQE A;  5APF A;  1IWW A;  5KXL A;  2N5Z A;  3WVY A;  1GXX A;  4PPO A;  1B2K A;  1B7R A;  4OOO A;  1LOZ A;  1BWH A;  5C6I A;  1LZD A;  2MEA A;  3QNG A;  1LZR A;  3QY4 A;  5LXW A;  1LSG A;  4H94 A;  1LMP A;  1BQL Y;  1FLY A;  1GF3 A;  2D4K A;  4J1A A;  1CJ8 A;  5APD A;  5T3F A;  3TXB A;  3AZ7 A;  5C6J A;  8LYZ A;  1JWR A;  5KJ9 A;  4KL7 A;  4WMG A;  1UID A;  3M18 B;  1KXY A;  1JTP L;  1LMA A;  4CGE A;  1GBY A;  1GFE A;  1QQY A;  2DKV A;  4ETB A;  1GF8 A;  1LHJ A;  4NGJ A;  2EKS C;  1LJ3 A;  1LHI A;  5B06 A;  153L A;  1OUJ A;  1D0M A;  4NHT A;  1WVV A;  1HHL A;  4PRQ A;  5KXK A;  4ZIX A;  2DQG Y;  1LSF A;  3OJP A;  3W6E A;  4LYT A;  1HEQ A;  2YDG A;  1GDW A;  4WM2 A;  1LYS A;  3E3D A;  1GEZ A;  4CHX A;  3RZ4 A;  1GE2 A;  1CKH A;  5KKI A;  2I6Z A;  4G9S A;  2HEA A;  1YAM A;  4NSG A;  5ILF A;  1AT5 A;  1LSC A;  1JSE A;  1LJJ A; 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 2BLY A;  4H9B A;  4OWA A;  3ULR A;  4XJG A;  3AZ6 A;  5F16 A;  1DKJ A;  1UCO A;  1LYY A;  3W6B A;  2FBD A;  4GLV A;  4RW2 A;  3WH1 A;  4NGI A;  3RNX A;  1LZ8 A;  3WW5 A;  1IO5 A;  2BQH A;  4H93 A;  2Z2E A;  4H9F A;  4YEM A;  3VWO A;  1EQ4 A;  2F30 A;  1IOT A;  4C3W A;  3CSQ A;  4H90 A;  1IR8 A;  134L A;  1B7M A;  3J4G A;  1B5Y A;  1GDX A;  1DXJ A;  1OUE A;  2BQL A;  3IJU A;  1QTK A;  4NEB A;  1IP2 A;  2MED A;  1WTN A;  1G7M C;  2YBM A;  1OUI A;  4EMN A;  5LVG A;  1VDS A;  1JKD A;  4DC4 A;  2DQC Y;  5B07 A;  1IP4 A;  1G7H C;  5LVK A;  2Q0M X;  3TXH A;  1EQ5 A;  2ZIL A;  1LHH A;  3G3A B;  5KXM A;  1YIL A;  2F4G A;  1GBS A;  1WQO A;  1JKC A;  1GB6 A;  2DBT A;  2MEE A;  4ET8 A;  3B0I A;  1GE0 A;  5IDD A;  1LZ6 A;  3TXF A;  1IP5 A;  1LJE A;  3EO5 A;  4FDY A;  5F9X A;  2MEF A;  4LYC A;  4WM1 A;  3CSZ A;  4ZFP A;  5LYM A;  1LPI A;  1GHL A;  5I54 A;  4AGA A;  3TXG A;  1LSY A;  1JUG A;  4NHQ A;  1OUB A;  1SQ2 L;  1B7P A;  1LZY A;  1KIP C;  4IAS A;  3CT0 A;  4LYZ A;  1LZ5 A;  4UWU A;  5DLA A;  5B1G A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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