2F30A

Triclinic cross-linked lysozyme soaked with 4.5m urea
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title On the edge of the denaturation process: Application of X-ray diffraction to barnase and lysozyme cross-linked crystals with denaturants in molar concentrations.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-11-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2f30A00
133LA 4TSCA 4H9AA 4TSBA 5E4PA 1FLUA 1LMNA 2N5ZA 3RNXA 4WMGA 135LA 1CJ6A 194LA 5APCA 5KXRA 1GE2A 1BQLY 3OJPA 4EOFA 1G7HC 5HNLA 1DZBX 1IC5Y 4G4HA 3HBEX 4NHPA 4R0FA 4NHTA 5J7CA 4ETEA 1IWTA 4QDNA 1JWRA 1YKYX 2VB1A 1YL0X 1JTPL 2BQGA 1GBYA 1LHIA 1LMCA 5FEKA 4HTNA 5FDJA 4H9FA 1D9UA 1B7RA 5LA8A 3A93A 1LSBA 5F16A 207LA 1BB4A 2Z37A 3AZ6A 1IP6A 3WXTA 3TXJA 3WW5A 1UIEA 5FELA 1QTKA 3TXFA 1JKAA 1GF6A 1GFVA 5HNCA 3A90A 1LZCA 2F30A 2Z38A 5LYMA 5T3FA 4TTDA 4LYBA 4M6DA 1BWIA 1LSPA 4I8SA 4DDAA 3W6EA 1LSCA 1IWYA 5I4XA 1B7PA 2PC2A 1HMKA 1IP3A 1LZYA 1B5VA 1LYOA 3AYQA 4OOOA 1BVKC 5KKJA 2IHLA 1LKRA 4LYCA 1O23A 1SLYA 3CT5A 1UICA 4XYYA 4LYZA 3TXGA 4LFXA 1JEFA 1XEKA 4GN4A 2BQHA 4OWCA 1LJIA 1VDSA 3E3DA 4TUNA 6LYTA 4DD0A 1B7QA 3A6CY 1GFUA 1TEWA 208LA 3CSRA 4MR1A 1D6PA 1J1OY 1NDMC 1V7SA 4WG1A 1W08A 1A4VA 1ZVHL 2ZILA 1B7OA 1JTTL 1F10A 5HQ1A 4NGWA 1CKCA 5LYZA 2ZWBA 4DD9A 2YBIA 4II8A 4LFPA 5KXLA 3RZ4A 1LSAA 1YKXX 1UUZC 4CHXA 4NSHA 3A92A 1LZSA 1LHMA 4UWUA 4ANRA 3RU5A 1YKZX 4WO6A 1Z55A 1F6RA 2MECA 3CT0A 4H91A 1YIKA 4LT0A 2Z39A 3CB7A 4UWVA 1JTOL 1IP4A 4KPMA 4WLTA 4XJFA 4XN6A 5K7OA 1WQRA 2HEAA 1B7LA 1LHHA 4CGEA 4H8YA 3LHMA 1HEWA 1DI4A 5L9JA 4NG1A 5HLLA 1LPIA 1OUIA 4IASA 4KL7A 4NFVA 4N8ZA 3WH1A 4HV2A 1EQ5A 1IP5A 4HV1A 4W96A 4N0JA 5APEA 1JSFA 1LHJA 1LOZA 1KXYA 4LZTA 2Z19A 1GF9A 2BPUA 4B4IA 1LJEA 3ATOA 4BAPA 4LT2A 1D0MA 1OUHA 5F9XA 5B05A 4NG8A 2MEFA 1NBZC 1C08C 2EIZC 3WU7A 1LSYA 1PZYA 5A3EA 5I4YA 2G4NA 3RW8A 4D9ZA 1GBSA 2BQAA 1GB9A 4OWBA 5KXYA 1GXXA 1GDWA 3WVYA 5APFA 3TXKA 5LAFA 1LYYA 3TXIA 1WQPA 1BB3A 4LGKA 1JPOA 1LZBA 1T3PA 1IC4Y 4HJZA 1BB7A 1B5ZA 1IY3A 1DXJA 2I26L 3P66A 3B6LA 4H9CA 2BLXA 4OWEA 4DYGA 2G4QA 3WU9A 1VATA 1J1PY 1JIYA 2CWIA 2YBJA 4XJIA 1GB8A 2YDGA 4ZIXA 1TDYA 5F9UA 1FBIX 1FN5A 1IWUA 2AUBA 4TX7A 1UACY 2F4GA 4O34A 2MEAA 1LJ3A 4TWSA 2ZNWY 3WUAA 5C6LA 2BQOA 3AGIA 4WM6A 2D4IA 1GFRA 1QDRA 1HHLA 3N9CA 1IOQA 3LYZA 1BWHA 1LJFA 1LSFA 3B0IA 1GXV2 1ZMYL 4IJ4A 3W3EA 4WL6A 1IP7A 3IJVA 5F14A 4M4OA 5B07A 2HU1A 2DQJY 1HMLA 3ATNA 3W6CA 1IWVA 1LSDA 3HFMY 1YILA 4FJRA 4H92A 2EPEA 1DPWA 2FBDA 1LJHA 2C8OA 4H90A 4HP0A 4HPIA 4B0DA 5LA5A 1IO5A 3KAMA 1CKFA 1MELL 2A7FA 5L3HA 3B0KA 1GBXA 1BVXA 5D5CA 1JISA 1WTMA 4RDSA 3WVXA 1IOCA 1UIBA 3WPKA 1LHLA 1BGIA 1XGQC 2MEHA 3B0OA 4ETBA 2Z18A 4GCFA 1NQIA 1AKIA 1QSWA 1VEDA 4WG7A 3QE8A 1IP2A 1LMPA 2DQCY 3VWOA 2BQJA 6LYZA 1EL1A 4N1CC 2RSCA 1CJ9A 1LZEA 3QNGA 4Z41A 1KXXA 4C5FA 1UIGA 5DLAA 5KY1A 1CJ8A 4LYTA 3EBAB 1G7JC 3F6ZA 4AXTA 1DKJA 1W6ZA 2FBBA 1TAYA 1LZ4A 3W6DA 3M3UA 2D6BA 1B5WA 3WL2A 4H9HA 1UA6Y 1XSFA 5AMYA 1C45A 1LZDA 3GXRA 1LSZA 1LYZA 5LVGA 2ZIKA 4WM2A 2DQHY 4KT3A 5LIOA 1EQ4A 4XADA 1P2CC 2D4JA 3W6FA 4YENA 3G3BB 3WYHA 4OWHA 1OUJA 4IATA 5IHGA 1GF3A 3TXEA 1YROA 4NGZA 4J0LA 4A7DA 2BQEA 1CKHA 1D6QA 2BQKA 1QDTA 3FI7A 2BQBA 1RFPA 1FLQA 4QEQA 3AGGG 3ZVQB 1BHZA 1HEPA 5LINA 3A95A 4NSIA 2BQDA 4WLXA 1IIZA 1UIFA 1IOSA 1GFHA 4YOPA 1XGPC 2HU3A 1REYA 1IEEA 4LT1A 1KIRC 1LZAA 1QIOA 1B5XA 4H94A 1YAQA 3CT1A 4NGLA 1AT5A 5LVKA 1LTMA 3W6BA 1NDGC 2W1MA 4B1AA 1LYSA 4GCEA 5A3ZA 4YF2A 1N4FA 5DM9A 1GFTA 4ETAA 2D4KA 1J1XY 1IR7A 4XENA 2MEIA 4B4EA 4NGOA 1VFBC 5B06A 3LYTA 1GBWA 3HBHA 1YQVY 4HPEA 1GE0A 5D5FA 1B5YA 1GFAA 1V7TA 1CJ7A 2LZ2A 5FHWA 4CFOA 1GD6A 2IFFY 4H93A 4WM1A 1OUDA 4NGVA 4B49A 2X0AA 4N1EI 4NGKA 2CGIA 1LZTA 1QQYA 1YAPA 154LA 5ILFA 1G7LC 5LAGA 3TMVA 2BLYA 4DD7A 1FLYA 9LYZA 3AW7A 4XJBA 5F81A 3A91A 4PHIA 4WO9A 4BAFA 2MEBA 2W1YA 2Z2FA 3A8ZA 1LZGA 1B0DA 2Y8PA 5LXWA 1IVMA 2LYOA 4H8ZA 3ZVQA 2LHMA 1AZFA 1XGTC 2WARA 3WW6A 4L41A 4DDBA 1DKKA 4YEMA 4RW2A 1GWDA 1B5UA 1YL1X 5I5QA 4NEBA 1GBZA 3P64A 4DC4A 1LZ1A 2A7DA 3TXBA 5KKIA 1LZRA 4XJGA 4HTKA 4N9RA 5KXWA 2MEGA 1DQJC 2BAAA 2MEDA 4J1AA 2HECA 5LVJA 134LA 1CKGA 1YANA 1GF7A 1C46A 4Z98A 2BQLA 4AGAA 1NMMA 1GFEA 2ZQ4A 132LA 4NSGA 1QUTA 1LMAA 2XJWA 3IJUA 1WQQA 1HENA 1JHLA 2DQIY 1IWXA 3G3AB 4W94A 4WM4A 1HEQA 5ILCA 3A6BY 5E9RA 1GDXA 1GE3A 4KXIA 2YBLA 1AM7A 1KIPC 3D3DA 4P2EA 5I4WA 1GB0A 1LJKA 1REZA 5KXPA 1IP1A 2YSSC 4H1PA 1GFJA 3P4ZA 4NHIA 1INUA 2EKSC 1I56A 1LSGA 2YVBA 4PPOA 3IWRA 4MSTA 4WOAA 4J1BA 3LZ2A 2DQFC 3LYMA 2YBHA 193LA 3A96A 2CJLA 1LZNA 4HTQA 4H9EA 1GF5A 1GF0A 3AB6A 2W1LA 1DPXA 4GCBA 4I0CA 1XGUC 4NWEA 3TMWA 1KIQC 1UCOA 5HMVA 4LYMA 3P65A 3AZ7A 4U3XB 1GF4A 1WQNA 1WQMA 2BQIA 2LYMA 3EMSA 4G4BA 1C43A 1GE1A 2B5ZA 4WL7A 5B1GA 1JUGA 5L3IA 1ZV5L 1XGRC 1OUEA 2I25L 1LCNA 1BB5A 4ML7A 5C6IA 1NWGA 4NY5A 3WPLA 4Z46A 4WM5A 3GXKA 4NGIA 2FYDA 5KXTA 1RE2A 1CKDA 5JENB 2Q0MX 2DBTA 4DWXA 1VAUA 2I6ZA 1GE4A 1G7IC 4WM3A 3WPJA 4ET8A 2HEFA 4OOTA 1OUGA 1GEZA 3CSQA 1FKQA 1LMQA 1IORA 5EBHA 5HMJA 1YAOA 3WULA 2NWDX 1F0WA 3TMUA 1ZVYB 1QTEA 3HBDA 1IWZA 1VDTA 1HNLA 1HFZA 1XEJA 3AGHA 4NHQA 3SP3A 2BQFA 1GPQC 3ZEKA 5C6JA 1FDLY 1JKCA 4WLYA 1TCYA 3TXHA 3J6KA 4DDCA 1VDPA 4H9IA 1GB3A 4RW1A 1LHKA 1JITA 2ZNXY 1HC0A 1REXA 4NHSA 1SQ2L 2Z2EA 5DN4A 5DN5A 3W6AA 1GB5A 4G9SA 1E8LA 4ZEEA 2BQMA 2HTXA 3QY4A 1OQMA 5LYTA 1IX0A 1QSAA 1LSEA 3EXDA 1JKDA 2HUBA 1IC7Y 2HEDA 4QGZA 1DI3A 1HFYA 2XBRA 4GN3A 3WXUA 4PJ2C 2ZIJA 2W1XA 1EQEA 2YBNA 3K3TA 1HELA 3MGWA 3P68A 1GB7A 4DT3A 1OUCA 1B2KA 2DQEY 1LJGA 2XTHA 3N9AA 1OUAA 1UC0A 1WVUA 3A34A 4UWNA 4GLVA 1H87A 2MEEA 4X3BA 1HERA 2DQGY 3WMKA 1HSXA 2G4PA 5KXZA 8LYZA 3A3RX 3ULRA 1IR8A 4XJDA 2F4AA 1GB6A 4PGJB 2DQAA 3A3QA 5IDDA 5KXSA 1WTNA 2ZYPA 3WU8A 4C3WA 2HEEA 153LA 1HFXA 4G49A 4H8XA 4ETDA 2BQNA 1B7SA 4RLNA 5IELA 5KXMA 5LVIA 1NF5A 4HSFA 4CFPA 3AZ5A 2EQLA 2BQCA 7LYZA 1LZ8A 2H5ZA 4GCCA 4GCDA 5II3A 1I20A 4HJYA 3AW6A 4B4JA 4NSJA 4PRQA 3LN2A 5I53A 1OUBA 1UBZA 1LZ9A 1IWWA 3A67Y 1C7PA 1BB6A 1HF4A 4QY9A 1LSNA 1XEIA 4XJHA 4BS7A 4E3UA 5B59A 2XBSA 1JSEA 4GN5C 4GLAA 2DQDY 3T36A 1T6VL 4HJVA 1MLCE 1GFKA 5APDA 1KXWA 1PS5A 1UIHA 1JJ0A 1JJ1A 1NHEA 2D91A 5KXNA 1F6SA 1HEOA 5FCPA 1B7MA 5M1YA 1GFGA 5LVHA 2GV0A 4H9BA 1REMA 3CSZA 3M18B 1LZ5A 4BADA 2YBMA 3TMXA 1B9OA 3BKVA 4MCKA 3TXDA 3A94A 3AZ4A 1YAMA 1IOTA 1CNSA 2CDSA 1IY4A 4J7VA 3RT5X 1UIDA 1WQOA 1HSWA 2HEBA 1D0KA 4NWHA 3FE0A 3OK0A 4ZFPA 1GB2A 2LZTA 1JKBA 1H6MA 1NKHA 3CQLA 4DD2A 1LSMA 4RLMA 4LYOA 1LMTA 2LYZA 3D9AC 4ETCA 5DL9A 2H9JA 1VDQA 2Z12A 1ALCA 2ZYCA 1RI8B 5KJ9A 3N9EA 5KXOA 1GHLA 4G4CA 1UIAA 1NBYC 3BKHA 2H9KA 1QUSA 3J4GA 4ET9A 1LJJA 5KXXA 4PRUA 4FDYA 4N5RA 1FKVA 1AT6A 4NGYA 3T6UA 4YM8A 1OUFA 1BWJA 1RCMA 1B7NA 2FYCA 3LZTA 1C10A 5KXKA 2F2NA 4OW1A 4OWAA 1GF8A 1LKSA 1DI5A 1A2YC 1I1ZA 4NIJA 3EO5A 1IR9A 1TBYA 1JJ3A 2ZQ3A 4Z3MA 4DD1A 4EMNA 1LJNA 1XFPL 1WVVA 4R6CA 4NGJA 1LZ6A 3WUNA 1OP9B 3AJNA 1LMOA 2DKVA 5B1FA 1GAZA 1HEMA 1GAYA 1LAAA 1GEVA 4DD3A 1RJCB 4LT3A 5I54A 3WUMA 1GBOA 5FSTA 4YEOA 4CJ2A 3B72A 1FLWA 1D0LA 1G7MC 1LJ4A 2C8PA 4WLDA 3LYOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H9AA 5E4PA 1FLUA 115LA 5KXRA 4LDOA 1L05A 5HNLA 1IC5Y 1L63A 4G4HA 3HBEX 5J7CA 3HH6A 1IWTA 2BQGA 1LMCA 4HTNA 1L34A 4H9FA 162LA 207LA 1QTKA 1L11A 5HNCA 1QT3A 4TTDA 1LSPA 4K5YA 1B7PA 1G07A 2PC2A 1B5VA 3OE8A 109LA 1BVKC 2IHLA 4LYCA 2QB0B 4XYYA 1L03A 1LJIA 208LA 3C7YA 4MR1A 1L45A 1D6PA 1J1OY 206LA 1CKCA 4I7LA 4II8A 3V2YA 1G0MA 1G0LA 1P46A 1LPYA 2MECA 4H91A 1C66A 1SSWA 4KPMA 1IP4A 1C6HA 1WQRA 3HH4A 4N8ZA 4HV2A 1IP5A 107LA 1JSFA 1GF9A 3NY8A 4B4IA 1L92A 1D0MA 3GUKA 4NG8A 1NBZC 1C08C 3HT8A 1PZYA 170LA 1GBSA 3WVYA 1T8GA 1C63A 1L95A 4LGKA 1JPOA 4DYGA 2RAZX 196LA 5F9UA 1D3JA 1L00A 2MEAA 2BQOA 2XQOA 209LA 1IOQA 3W3EA 1GXV2 1IP7A 4M4OA 212LA 3W6CA 2DQJY 1IWVA 3HFMY 4FJRA 219LA 1L20A 1LJHA 1IO5A 3KAMA 1CKFA 1L69A 3GUJA 3B0KA 1GBXA 3HWLA 3B0OA 2HUKA 4GCFA 1NQIA 1LMPA 1EL1A 2RSCA 1CJ9A 4I7TA 3QNGA 4Z41A 167LA 3DN2A 4LYTA 1T8FA 3F6ZA 2FBBA 3W6DA 2D6BA 1B5WA 1T6HA 1XSFA 4I7KA 1C45A 1LSZA 1C60A 159LA 244LA 5LIOA 1EQ4A 4EPFA 5IHGA 3PDSA 1YROA 4NGZA 1CKHA 119LA 2BQBA 1FLQA 1BHZA 4WLXA 180LA 1IEEA 4LT1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 133L A;  4TSC A;  4H9A A;  4TSB A;  5E4P A;  1FLU A;  1LMN A;  2N5Z A;  3RNX A;  4WMG A;  135L A;  1CJ6 A;  194L A;  5APC A;  5KXR A;  1GE2 A;  1BQL Y;  3OJP A;  4EOF A;  1G7H C;  5HNL A;  1DZB X;  1IC5 Y;  4G4H A;  3HBE X;  4NHP A;  4R0F A;  4NHT A;  5J7C A;  4ETE A;  1IWT A;  4QDN A;  1JWR A;  1YKY X;  2VB1 A;  1YL0 X;  1JTP L;  2BQG A;  1GBY A;  1LHI A;  1LMC A;  5FEK A;  4HTN A;  5FDJ A;  4H9F A;  1D9U A;  1B7R A;  5LA8 A;  3A93 A;  1LSB A;  5F16 A;  207L A;  1BB4 A;  2Z37 A;  3AZ6 A;  1IP6 A;  3WXT A;  3TXJ A;  3WW5 A;  1UIE A;  5FEL A;  1QTK A;  3TXF A;  1JKA A;  1GF6 A;  1GFV A;  5HNC A;  3A90 A;  1LZC A;  2F30 A;  2Z38 A;  5LYM A;  5T3F A;  4TTD A;  4LYB A;  4M6D A;  1BWI A;  1LSP A;  4I8S A;  4DDA A;  3W6E A;  1LSC A;  1IWY A;  5I4X A;  1B7P A;  2PC2 A;  1HMK A;  1IP3 A;  1LZY A;  1B5V A;  1LYO A;  3AYQ A;  4OOO A;  1BVK C;  5KKJ A;  2IHL A;  1LKR A;  4LYC A;  1O23 A;  1SLY A;  3CT5 A;  1UIC A;  4XYY A;  4LYZ A;  3TXG A;  4LFX A;  1JEF A;  1XEK A;  4GN4 A;  2BQH A;  4OWC A;  1LJI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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