2F30A

Triclinic cross-linked lysozyme soaked with 4.5m urea
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title On the edge of the denaturation process: Application of X-ray diffraction to barnase and lysozyme cross-linked crystals with denaturants in molar concentrations.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-11-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2f30A00
5B07A 4WLXA 4BADA 1DQJC 3G3AB 1BWIA 4HV2A 4LFPA 4HJVA 1YAQA 1LHHA 1FKQA 1IR8A 1GB2A 2W1YA 1DI3A 5DLAA 5HNCA 1GAZA 5L3HA 3LZ2A 3TXKA 1LSYA 3OJPA 1LJ4A 4R6CA 3CT1A 2YVBA 1LKSA 4KXIA 1GE0A 1LMTA 5LAGA 4AXTA 1LSPA 6LYZA 3IWRA 2ZIKA 1ZVYB 5FELA 2F2NA 2ZNXY 4G9SA 3E3DA 4L41A 4N0JA 1GF7A 1A2YC 4NY5A 4PJ2C 5E4PA 4AGAA 1E8LA 1D6PA 5DN4A 3KAMA 3A92A 5LVHA 2LYOA 1B5WA 1J1PY 1WTNA 3TXGA 2BQJA 1HFZA 2DQJY 3QY4A 3WU9A 4H90A 2EKSC 2HEEA 4C5FA 1HNLA 1UA6Y 3CQLA 4Z3MA 1GAYA 1GF3A 1CNSA 1LTMA 1LPIA 1GFGA 2HU3A 4GN5C 1RCMA 4ET9A 5HQ1A 1XGPC 2PC2A 3WMKA 2CJLA 1GF5A 1TDYA 3TMXA 1LZBA 4WLYA 1XEJA 2MEAA 4YOPA 3W6DA 1LSCA 4H9IA 1WVVA 4NGZA 4H9CA 4W94A 3ULRA 4H9EA 2BAAA 5B1GA 3TXFA 3TXIA 2D4IA 1CKGA 4RW1A 1HHLA 1GB3A 1YL0X 1VAUA 1OP9B 2DQIY 2MECA 5APEA 1HFYA 1LJEA 1CKDA 1JTPL 1IWZA 1YAPA 2EQLA 4II8A 4LYZA 1GE1A 3FI7A 1AT5A 1IR9A 2YBNA 4NG1A 1BB6A 4H9HA 1YROA 2H9KA 4TSBA 1RI8B 1JITA 1NKHA 4GCCA 1LJGA 3LHMA 1GD6A 1CJ7A 4E3UA 9LYZA 3LYZA 2I6ZA 2I25L 4Z46A 4ZFPA 1RJCB 2BQOA 3W6EA 3A95A 4YEMA 2HEFA 4NEBA 1XFPL 4IASA 2DQDY 3P65A 1QDTA 1B7QA 1OUDA 4TSCA 4TTDA 4BAFA 5ILCA 1GE2A 5IDDA 2YBLA 4DC4A 1B7RA 5I4YA 1TCYA 5IELA 3WXTA 4QDNA 1FLWA 4NHPA 4RW2A 1AT6A 5F9UA 1XSFA 1GEZA 4HTKA 4J7VA 4TWSA 3A3QA 1XGRC 4NSIA 1LZEA 1LHMA 1IR7A 1GPQC 1LMPA 2DKVA 2YSSC 1C7PA 1VEDA 2F30A 3AZ6A 5LA5A 4B4IA 5I54A 4A7DA 4WLDA 1G7MC 5KXPA 2Z18A 5F9XA 4HTQA 4XJFA 4X3BA 4M6DA 1IP7A 4ETEA 1OUBA 2AUBA 1TEWA 2ZIJA 3W6CA 4ETBA 1UBZA 4WM2A 3ZEKA 4H8YA 4HPEA 2MEDA 3AZ4A 1LYYA 2BPUA 1UIDA 3WVXA 1IP5A 1DZBX 1JJ1A 1RE2A 2F4AA 1CKHA 3BKHA 1QSAA 1WQMA 5LXWA 1KXYA 2LHMA 4G49A 1GFEA 1LSBA 5KXYA 1B2KA 1JJ0A 2BQFA 5AMYA 1I56A 4EMNA 1UIBA 1FKVA 1HELA 1UIAA 2BLYA 5C6LA 1HSWA 8LYZA 1QIOA 5I4WA 1NMMA 2YBMA 4B4JA 6LYTA 4OW1A 4WOAA 5KKJA 3SP3A 1YANA 4N1EI 1CJ9A 3WU8A 4NGOA 4NIJA 1D6QA 1GFTA 1HMLA 1LZAA 1LHIA 1IC7Y 1LMOA 1B7SA 3CSRA 3CSZA 4HP0A 4J1AA 4OWCA 3TXBA 4OWBA 1GB5A 4D9ZA 1IC4Y 4YENA 4RDSA 1QUSA 1IY3A 1T3PA 3W6FA 5FCPA 5KY1A 1LSAA 3W3EA 1EL1A 4XJHA 2YDGA 5FEKA 2XBSA 1HEQA 1YKYX 2Q0MX 4OOOA 3TMWA 5KXWA 1VDTA 2HEDA 1LZRA 1GF4A 1GFRA 1WQOA 3WPLA 4GCBA 1GFVA 4U3XB 2ZYCA 4B0DA 4GLAA 4LZTA 1BHZA 2MEHA 4H8ZA 1D0KA 4TUNA 4PRQA 5HNLA 1KXXA 2B5ZA 4WM5A 3A6CY 3B0IA 5LVGA 1LAAA 2G4NA 2ZNWY 4DDCA 1G7HC 3QE8A 3TXEA 4O34A 4N9RA 4WLTA 4TX7A 5HMJA 2BQGA 1B7MA 1JEFA 1GE3A 1H6MA 1IWUA 1ZV5L 4WM4A 1AKIA 1C43A 1JKAA 1GFHA 1WQPA 133LA 2BLXA 5HMVA 1YKXX 2Z39A 5B06A 5KXZA 3TXHA 3ATNA 4B4EA 2D4KA 1CJ8A 5ILFA 1ALCA 3T6UA 1IP2A 1DPXA 1JISA 1GDXA 5DN5A 2DQFC 1LMAA 1WQQA 1LJFA 1WQNA 2D91A 1B5UA 1IOQA 5F14A 1HSXA 2LYMA 3CT0A 1T6VL 1VDPA 1UACY 5LVIA 4LYBA 1QSWA 4B1AA 4C3WA 2BQCA 3N9CA 3AGIA 1DPWA 1WTMA 1LMCA 4DT3A 2BQNA 3CSQA 4DD7A 1PS5A 1VATA 1B7NA 1FLYA 2GV0A 5KXXA 2G4QA 4UWNA 2W1MA 1UIHA 2Z12A 3AW7A 2Z37A 1B9OA 1JKDA 3K3TA 1C08C 1GBWA 1Z55A 5KKIA 4UWUA 1JSFA 4OWHA 4XJIA 2ZYPA 5A3EA 1IP3A 4ZEEA 1YKZX 2BQKA 4PHIA 4Z41A 3N9AA 4CFOA 2DQGY 5I4XA 2LZ2A 3D3DA 1JJ3A 1IVMA 3B72A 5LVJA 3WL2A 4LT1A 1V7TA 1G7JC 1YAOA 3ZVQB 5B05A 5C6JA 4G4CA 2G4PA 4GLVA 1SLYA 4LGKA 1LYZA 3WVYA 1F6RA 4LYMA 2Z38A 2MEIA 4WM3A 1F6SA 5J7CA 1JPOA 4HJZA 1BB5A 4DD9A 4LYCA 4OWAA 1GFUA 2XJWA 4DD2A 2DBTA 154LA 1FLUA 1LHJA 5LAFA 1P2CC 1A4VA 1OUEA 1FN5A 2BQAA 4H94A 1NQIA 5IHGA 1ZMYL 1LZ9A 207LA 3FE0A 1GFAA 1RFPA 3OK0A 4UWVA 1HMKA 3AZ5A 1NBZC 1EQ5A 2BQMA 2DQEY 1ZVHL 4GN3A 4HJYA 1GF6A 1GB9A 2NWDX 3WULA 1GBYA 4G4HA 3VWOA 1D0MA 1GBZA 4NGJA 1LJIA 4LFXA 1HEWA 2CGIA 1W08A 5LA8A 4NSJA 4NGLA 3D9AC 4H8XA 4GCDA 1HEMA 5DL9A 4ET8A 5EBHA 1GBXA 4J1BA 1REYA 5F81A 4PPOA 1IWTA 1LJJA 1IWYA 2HU1A 4NSHA 1GF8A 1VDSA 1LSMA 3B0OA 4WG1A 1LZ1A 4CGEA 3HFMY 3B6LA 4KPMA 153LA 3AJNA 4WM6A 1NDGC 5KXNA 3WXUA 3TMVA 1LSDA 1GHLA 1HEOA 4WO9A 4ZIXA 4WM1A 1LZYA 3AW6A 3EO5A 4XJDA 4FDYA 2MEFA 2HEBA 1H87A 1LZDA 1OUHA 4FJRA 4HTNA 4XN6A 5T3FA 3A34A 3WYHA 3LYOA 3N9EA 4RLMA 4MCKA 1O23A 1OUJA 1GBSA 4R0FA 4PRUA 1FBIX 1JUGA 3A3RX 3EBAB 1B7OA 1UUZC 1LHKA 4KT3A 1QQYA 1TBYA 2BQDA 3MGWA 3RNXA 2MEEA 1IOSA 1DI4A 2DQCY 4I0CA 4LYTA 1LSZA 4Z98A 2EPEA 1GFKA 2BQBA 1BB7A 4LYOA 4H91A 1LHLA 1OUGA 1NHEA 4HPIA 3CT5A 4NSGA 4XENA 3AZ7A 4MR1A 1QDRA 3A67Y 1LSGA 1LZ8A 1GXXA 4NG8A 1MLCE 1WQRA 2FBBA 3B0KA 5KXSA 4NGKA 1HERA 2DQHY 4W96A 1FDLY 4WL6A 4GCEA 5D5CA 1JKCA 5KXOA 3WUMA 2HTXA 4LT0A 4HV1A 5I5QA 4NWEA 4J0LA 1BQLY 1EQ4A 2IHLA 1QTEA 1JHLA 3LN2A 2BQHA 1LJ3A 1VDQA 1OUFA 1FLQA 1LZ4A 3WH1A 3P68A 4H92A 1BVKC 2Z2EA 1N4FA 3A91A 1YL1X 1IEEA 4NGYA 5D5FA 1CKFA 5B59A 1XGQC 4CJ2A 4NHSA 1REZA 2YBHA 1C45A 4RLNA 2N5ZA 2Z19A 4GN4A 3ZVQA 1GB8A 1B5YA 1JWRA 4B49A 4N1CC 5LYMA 134LA 1OUAA 1REMA 2FYCA 2H5ZA 2X0AA 4IATA 3WW5A 4DD1A 3HBDA 4OOTA 1UIFA 1LCNA 1LZNA 3GXKA 3J4GA 1JKBA 5KXRA 3LYMA 4BS7A 3AGHA 4DYGA 1LSFA 1F10A 1I1ZA 5LYZA 4LT3A 1QTKA 4NHTA 1I20A 1IX0A 3A90A 3HBEX 1LZSA 1D0LA 1XGUC 2LZTA 2HECA 4WO6A 1GBOA 4XYYA 2D4JA 3QNGA 3IJUA 4G4BA 2CDSA 3G3BB 5F16A 2CWIA 3WU7A 1XGTC 1IWXA 2MEGA 3WPJA 3AB6A 4YEOA 4ETDA 1B5ZA 1HC0A 1UC0A 1B5VA 1HFXA 3P4ZA 4H1PA 1DKJA 1LZGA 2C8OA 1LJHA 5L9JA 2ZWBA 4H9FA 193LA 2F4GA 2YBJA 2Z2FA 2FYDA 2HUBA 5KJ9A 3LZTA 1IWWA 3GXRA 3A6BY 1V7SA 1D9UA 4GCFA 5KXTA 1J1XY 1C46A 4I8SA 1BVXA 1W6ZA 2EIZC 7LYZA 5LYTA 1LJNA 2ZQ4A 1IP6A 1HEPA 132LA 1BWHA 1EQEA 1J1OY 3HBHA 5C6IA 1BB3A 3M18B 3W6AA 5LIOA 2Y8PA 4OWEA 4WMGA 4HSFA 208LA 4N8ZA 1GEVA 2DQAA 3T36A 1IOCA 4CFPA 1KIRC 2LYZA 5HLLA 1OUIA 1KIQC 1LOZA 3RZ4A 2D6BA 1OUCA 1LKRA 3BKVA 2FBDA 1LJKA 2XTHA 2A7FA 2XBRA 1B5XA 1IY4A 5M1YA 1MELL 4CHXA 1AM7A 1HF4A 1LYOA 4QEQA 2VB1A 1CJ6A 5DM9A 4DD3A 1XEIA 4WG7A 4WL7A 1NWGA 1LSNA 4ANRA 5KXKA 1C10A 2YBIA 4MSTA 4EOFA 1YAMA 4ETAA 5JENB 194LA 3F6ZA 5B1FA 5LINA 1KXWA 3EXDA 4PGJB 4N5RA 2C8PA 3IJVA 5APFA 4QGZA 3ATOA 5FDJA 1F0WA 2HEAA 1REXA 1UICA 1LMNA 1LZ6A 2I26L 4XJBA 1NF5A 4DDAA 1UIGA 3A96A 3EMSA 1JIYA 1GWDA 3AYQA 4LT2A 5FSTA 3TXDA 4P2EA 1JTOL 5K7OA 2W1LA 1GFJA 4NGVA 4H93A 2MEBA 2IFFY 5LVKA 1KIPC 1IIZA 1IWVA 1GF0A 1DKKA 1GB7A 1GB0A 2H9JA 1LYSA 3CB7A 1LZ5A 1IOTA 1IP4A 4DD0A 5KXLA 4H9BA 1JSEA 3M3UA 4YM8A 4NHIA 3LYTA 3WUNA 1GXV2 1QUTA 2ZQ3A 2BQLA 1LZTA 4NGIA 4QY9A 4YF2A 4ML7A 1YIKA 1YQVY 4NWHA 5APCA 4DWXA 1SQ2L 1G7IC 5II3A 4XJGA 1IORA 5FHWA 1G7LC 4NFVA 1UIEA 4KL7A 2W1XA 4H9AA 2A7DA 4NHQA 1GDWA 3A8ZA 5I53A 1LZCA 1BB4A 4DDBA 3AGGG 2BQEA 1INUA 1BWJA 4IJ4A 1XEKA 3W6BA 1PZYA 3P66A 5E9RA 1NDMC 3WUAA 3J6KA 1LMQA 1GE4A 1VFBC 1GF9A 1YILA 2ZILA 3A93A 3RU5A 1CKCA 3TMUA 5L3IA 1HENA 135LA 3A94A 1AZFA 1IP1A 5APDA 2WARA 3TXJA 5A3ZA 1OQMA 4M4OA 4ETCA 2BQIA 1JTTL 5KXMA 1B0DA 4NGWA 3WW6A 4BAPA 4XADA 3RT5X 1LSEA 2RSCA 3WPKA 3RW8A 1WVUA 1NBYC 1DI5A 1DXJA 1GB6A 1B7LA 1B7PA 1BGIA 1UCOA 3P64A 1IC5Y 1IO5A 1TAYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WLXA 3HU9A 3DN4A 4HJVA 1LHHA 1P2LA 5HNCA 1GB2A 5L3HA 3OJPA 4KXIA 1GE0A 1L71A 104LA 1GF7A 1L79A 189LA 1B5WA 1J1PY 1HFZA 4C5FA 2EKSC 2HEEA 1HNLA 3CQLA 1GAYA 1GF3A 1KW5A 1RCMA 4EKSA 1L44A 191LA 1C6PA 3TMXA 2MEAA 244LA 1LSCA 4NGZA 3C8RA 5B1GA 219LA 1CKGA 1C6GA 2B6WA 5APEA 5LZMA 1LJEA 1CKDA 1YAPA 3FI7A 1IR9A 205LA 4H9HA 2H9KA 140LA 1JITA 1NKHA 1LJGA 1GD6A 1ZYTA 2I25L 4Z46A 3W6EA 215LA 3FI5A 4IASA 1B7QA 4TTDA 5ILCA 5IDDA 2YBLA 1L74A 1L82A 3WXTA 3HT9A 213LA 4J7VA 257LA 4E97A 1C7PA 5KXPA 2Z18A 1CV4A 234LA 3W6CA 1UBZA 3CDOA 4WM2A 1C6EA 3HU8A 1L94A 1G07A 1GFEA 1L64A 232LA 1LYDA 1UIBA 1UIAA 5C6LA 1NMMA 3SP3A 4NGOA 4NIJA 262LA 1IC7Y 3DMZA 3CSZA 4OWBA 3OE6A 2NTHA 1IC4Y 3W6FA 1KS3A 3W3EA 1P36A 4XJHA 1YKYX 2OE4X 1P3NA 1VDTA 1G0GA 1GF4A 1GFRA 1WQOA 1GFVA 4PRQA 5HNLA 2B5ZA 103LA 1WTHA 1G7HC 3QE8A 4I7KA 1K28A 1OVKA 5HMJA 1L16A 1ZV5L 1GE3A 2BLXA 1YKXX 5B06A 5KXZA 3DN8A 1L17A 4B4EA 1L52A 1CJ8A 1ALCA 3T6UA 1DPXA 2DQFC 1LMAA 4W52A 1WQNA 168LA 1T6VL 5LVIA 4LYBA 2B6YA 1WTMA 3CSQA 1VATA 1L12A 2G4QA 173LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5B07 A;  4WLX A;  4BAD A;  1DQJ C;  3G3A B;  1BWI A;  4HV2 A;  4LFP A;  4HJV A;  1YAQ A;  1LHH A;  1FKQ A;  1IR8 A;  1GB2 A;  2W1Y A;  1DI3 A;  5DLA A;  5HNC A;  1GAZ A;  5L3H A;  3LZ2 A;  3TXK A;  1LSY A;  3OJP A;  1LJ4 A;  4R6C A;  3CT1 A;  2YVB A;  1LKS A;  4KXI A;  1GE0 A;  1LMT A;  5LAG A;  4AXT A;  1LSP A;  6LYZ A;  3IWR A;  2ZIK A;  1ZVY B;  5FEL A;  2F2N A;  2ZNX Y;  4G9S A;  3E3D A;  4L41 A;  4N0J A;  1GF7 A;  1A2Y C;  4NY5 A;  4PJ2 C;  5E4P A;  4AGA A;  1E8L A;  1D6P A;  5DN4 A;  3KAM A;  3A92 A;  5LVH A;  2LYO A;  1B5W A;  1J1P Y;  1WTN A;  3TXG A;  2BQJ A;  1HFZ A;  2DQJ Y;  3QY4 A;  3WU9 A;  4H90 A;  2EKS C;  2HEE A;  4C5F A;  1HNL A;  1UA6 Y;  3CQL A;  4Z3M A;  1GAY A;  1GF3 A;  1CNS A;  1LTM A;  1LPI A;  1GFG A;  2HU3 A;  4GN5 C;  1RCM A;  4ET9 A;  5HQ1 A;  1XGP C;  2PC2 A;  3WMK A;  2CJL A;  1GF5 A;  1TDY A;  3TMX A;  1LZB A;  4WLY A;  1XEJ A;  2MEA A;  4YOP A;  3W6D A;  1LSC A;  4H9I A;  1WVV A;  4NGZ A;  4H9C A;  4W94 A;  3ULR A;  4H9E A;  2BAA A;  5B1G A;  3TXF A;  3TXI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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