2GV0A

The structure of the orthorhombic form of soft-shelled turtle lysozyme at 1.9 angstroms resolution
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
131
structure length
131
Chain Sequence
GKIYEQCELAREFKRHGMDGYHGYSLGDWVCTAKHESNFNTAATNYNRGDQSTDYGILQINSRWWCNDGKTPKAKNACGIECSELLKADITAAVNCAKRIVRDPNGMGAWVAWTKYCKGKDVSQWIKGCKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallization and the 1.9 angstroms of the egg-white lysozyme from a taiwanese soft-shelled turtle (trionyx sinensis wiegmann)
rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 49
structure length 131
sequence length 131
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2gv0A00
1OUDA 1LZAA 2BPUA 5I4WA 1OUAA 4G4HA 4OOOA 3LHMA 1CJ7A 1HSWA 1B5YA 1NKHA 2D4KA 2MEFA 1LMNA 1LPIA 1LSAA 2MEBA 1VDSA 5DL9A 1VDTA 3J6KA 4UWVA 1HEPA 4DD1A 1TDYA 4PJ2C 1BHZA 4R6CA 1GD6A 1BB4A 1I1ZA 2BQFA 3WU8A 1JEFA 2A7DA 1GFUA 1VAUA 5HMJA 1HMLA 4HV2A 4DDCA 5E9RA 3A6BY 4RDSA 3G3AB 4NHSA 1LZ6A 1C10A 1HELA 1SQ2L 2BQHA 2Z37A 5FDJA 4KL7A 4OW1A 1JSEA 1B5ZA 3W6FA 1REXA 4D9ZA 1YAQA 1LHHA 4GLVA 1WVUA 4HTNA 4J0LA 1LZTA 1GB2A 5L3IA 1OUGA 1KIPC 4LT0A 1DQJC 5B59A 1GXXA 1EQ5A 2BQDA 2DQJY 2YBNA 4RLNA 3TXJA 2YBLA 4ZIXA 1OUCA 4H9HA 4HP0A 1GDXA 1C43A 4AXTA 1TCYA 3ZEKA 1GB8A 1GBWA 1UACY 4PRQA 3AB6A 3WULA 5LAFA 2BQLA 3WXUA 1LZ4A 4NGVA 1FN5A 4LYBA 3WU7A 2FYDA 3D9AC 5ILFA 2I6ZA 4XJGA 4XJBA 3W6DA 1GBZA 3A3QA 2DQAA 3GXKA 5J7CA 1ZMYL 2W1LA 1B7NA 2VB1A 3WW5A 3FE0A 4H94A 1LZEA 1GFEA 1UIGA 1YKZX 3WMKA 1NMMA 5F9XA 9LYZA 1MELL 5LINA 5DN5A 1YQVY 4H91A 1BB3A 1GF6A 1HSXA 1UIEA 2ZYCA 4CFPA 1IWXA 1MLCE 1IP2A 5KXXA 4GN3A 5LAGA 3B0KA 4N5RA 4YF2A 4H8ZA 2YDGA 1D6QA 1IR7A 2HU1A 5KXPA 4ML7A 4TX7A 3A94A 3WVXA 1IC5Y 4B1AA 3W6EA 4J1AA 5C6LA 1LJHA 4G9SA 4XN6A 1HENA 2DQHY 2DKVA 1CNSA 1GF7A 2BAAA 2F4GA 2MEAA 1BWIA 1ZVHL 3RT5X 1JTTL 2DQEY 1B5XA 1B5UA 2LZTA 3A67Y 1IC7Y 3W6CA 1OP9B 1HEWA 4FJRA 193LA 4DT3A 4H9CA 2H5ZA 2I26L 1AKIA 2B5ZA 3LYTA 5KXTA 1KIQC 3WUAA 3TXDA 3LYZA 2W1MA 4XJDA 1WQPA 1IEEA 4WLTA 5FELA 1B0DA 4H9BA 2BQGA 4LT3A 4LZTA 1LOZA 3B72A 5LA8A 1EQ4A 2LYZA 5KXKA 1LSPA 2ZYPA 1DI5A 1JJ0A 4NIJA 3ZVQA 3ZVQB 1LHMA 1IWTA 3AJNA 3BKVA 2HU3A 2WARA 1LJNA 1YKYX 4LYMA 4WLXA 1BWJA 4BAPA 5A3ZA 1QQYA 2FYCA 5KXOA 133LA 1IO5A 1D9UA 4HJVA 5LA5A 3CT1A 2BQEA 3E3DA 1VDPA 1LHIA 4XYYA 1IP4A 1GXV2 2W1XA 4UWUA 1GBYA 3HFMY 3P4ZA 1OQMA 1IOQA 1PS5A 5C6JA 5I4YA 3A3RX 1GE1A 1AT6A 1QUTA 2HEEA 5HNLA 4GCCA 4G49A 4IJ4A 1GWDA 1HERA 1H87A 1IORA 3HBDA 1OUFA 1QDRA 4RLMA 5FSTA 4B0DA 2BQCA 5I54A 4NHPA 1IWVA 2ZNXY 3FI7A 3QE8A 5LYTA 2Z12A 3ATOA 4HJYA 4P2EA 2Y8PA 1YL1X 4I0CA 3OK0A 4G4CA 1IWYA 1A2YC 1YL0X 5F14A 3B6LA 4QEQA 2Z38A 1GB6A 2H9JA 5K7OA 6LYTA 1E8LA 1PZYA 1HEQA 3KAMA 3P68A 3P65A 1AZFA 5EBHA 3WW6A 1LZCA 4C5FA 4GCEA 2BQJA 2ZNWY 4WM5A 1LZNA 1HF4A 3AGIA 1XEJA 4ZEEA 5A3EA 1FBIX 4YEMA 2BQOA 2AUBA 1GF3A 4NSGA 1SLYA 1DPWA 4HTQA 5FEKA 4TSBA 3WU9A 1LJKA 3EMSA 4H8XA 4OWCA 1LSZA 1ZV5L 4ETDA 1FKVA 1XGTC 1F6SA 1LSEA 1REZA 1C46A 2ZILA 1FLQA 3AW6A 1GPQC 3K3TA 4KPMA 1LSGA 1ALCA 2DQGY 4U3XB 1TBYA 1INUA 4YEOA 4DWXA 1IWZA 5B07A 1G7IC 1NF5A 2ZIKA 4LFXA 2DQDY 4GN4A 1UIBA 1JISA 4HSFA 1B7OA 1HHLA 3IJVA 1LSBA 3N9AA 5IELA 3CSQA 3WPKA 4BAFA 2EQLA 4HPIA 6LYZA 1LMQA 135LA 1B7PA 1BWHA 2EIZC 4I8SA 4N1CC 5DLAA 2CJLA 1XSFA 4DYGA 1WVVA 4Z3MA 2D91A 3TXIA 5M1YA 4NSIA 153LA 5LVGA 1LZ8A 1LSFA 1WTNA 2LYMA 1GFKA 3IWRA 2X0AA 1B7QA 4MCKA 1F10A 2BQMA 3WYHA 1XEKA 1LZ9A 1T6VL 3AGGG 1NDMC 1GEZA 4NGZA 3LN2A 4WLDA 4EMNA 4WMGA 3RU5A 4X3BA 1GB3A 2Z19A 4WM1A 4WL7A 1C08C 4BS7A 4B49A 4ETEA 4LYOA 3WUNA 1GFRA 3LYMA 4NWHA 132LA 1GFJA 1IP5A 5KXYA 1JTPL 1HFZA 3RNXA 3VWOA 1LKRA 5B05A 2EPEA 4PRUA 4NG8A 4CFOA 1JJ1A 1YAPA 4NGWA 5DM9A 1V7TA 5KXNA 1T3PA 1LHLA 1LZDA 3QY4A 1JITA 2ZWBA 1LAAA 1ZVYB 1GB7A 1GEVA 1JTOL 5KKJA 4NWEA 4YM8A 4EOFA 1B2KA 1LZBA 2LYOA 4LGKA 4MR1A 1W08A 1A4VA 1GF8A 3LYOA 1LTMA 3CSZA 2W1YA 1HFYA 2HEFA 5AMYA 1EL1A 4NHQA 5KXSA 1RI8B 2HEDA 3TMWA 1DI4A 4M4OA 4NGYA 3LZTA 4H9FA 1VDQA 3WPLA 1UA6Y 1QDTA 1Z55A 4Z41A 4FDYA 1WQQA 4H9IA 1IR8A 2EKSC 5D5CA 3EXDA 4OWEA 1GF9A 1XGQC 3AZ5A 4B4EA 1YROA 4DD7A 4WG1A 5B1GA 1GE0A 1OUJA 4E3UA 4LYZA 1YKXX 1RJCB 4GCDA 1YIKA 5L9JA 1QTEA 1DPXA 4WL6A 1HMKA 1RFPA 1GHLA 3ATNA 1DXJA 4DC4A 3P64A 5KKIA 2F2NA 4Z98A 4LFPA 1FLWA 1WQRA 2F4AA 1QSAA 1FDLY 5HMVA 1CJ8A 4TUNA 2C8OA 1BB7A 3N9EA 3AGHA 1JKCA 2DQCY 1JPOA 3TMVA 4HV1A 4OWAA 4ET9A 1V7SA 2DBTA 1LJJA 1CKCA 4R0FA 4WG7A 1GE4A 1UBZA 1B5VA 1DKJA 1GBSA 1GFHA 1IVMA 2DQIY 1IY4A 1LYOA 1NBZC 1NWGA 3WPJA 3D3DA 5APCA 4N0JA 1KIRC 2HUBA 2D4JA 1LMTA 4DDBA 4MSTA 2PC2A 5APFA 1LZSA 3A90A 4H90A 2MEEA 1GF0A 2D6BA 4B4JA 1IP6A 4QY9A 4KXIA 1LYZA 1REMA 4NGKA 4ZFPA 2GV0A 1JKAA 1BQLY 1G7LC 3A6CY 1JSFA 1YAOA 2BQIA 3WVYA 4A7DA 4WM6A 5F9UA 8LYZA 1LSCA 3AYQA 1GB0A 1BGIA 1NHEA 1VEDA 5I4XA 3M18B 4ANRA 1CKDA 1N4FA 4OWBA 4NSHA 5LYMA 1IP1A 1IX0A 4WM2A 3EBAB 4IASA 3P66A 2ZQ3A 2ZQ4A 4N8ZA 4NGJA 4TSCA 1O23A 4YENA 1GB5A 1LJIA 4B4IA 1KXWA 4J7VA 1UIHA 1IC4Y 2IHLA 2Q0MX 1F0WA 2MEGA 3T36A 5DN4A 5HQ1A 4XJIA 4XADA 1LJGA 2HECA 1B7RA 2MECA 5E4PA 4NY5A 1LZ5A 1D0KA 2XBSA 1LSNA 207LA 3T6UA 2IFFY 3AW7A 4CJ2A 1GFTA 4DD9A 4CHXA 1WQOA 4XJHA 1IWWA 1UIDA 3W6AA 4QGZA 3WUMA 1YAMA 4WO9A 1CJ9A 1BB5A 3A8ZA 1P2CC 1CKHA 1LZ1A 2HEBA 2DQFC 4HJZA 5HLLA 1B9OA 3LZ2A 1GBXA 1OUEA 1G7MC 2G4PA 3G3BB 1FKQA 1QUSA 1RE2A 4AGAA 2MEIA 4C3WA 5KJ9A 1B7LA 1IP7A 1LYYA 1JIYA 1JKBA 1GE3A 3HBHA 5LXWA 1XGPC 4Z46A 2YBHA 3SP3A 1LZRA 4H92A 4CGEA 2MEHA 1H6MA 1IIZA 4PGJB 5F81A 5L3HA 1LZGA 1WQMA 2LHMA 4G4BA 4NSJA 4RW1A 5LVHA 1GFVA 2YBJA 3A92A 1GB9A 1OUHA 1OUIA 2YBMA 4L41A 1GFGA 3HBEX 4LYTA 3B0OA 3A91A 3M3UA 1C45A 1QTKA 2Z39A 1LJ4A 1JJ3A 1UICA 2ZIJA 4II8A 4H9AA 4H9EA 1LSYA 1HEMA 3ULRA 4WLYA 3N9CA 1OUBA 1UC0A 7LYZA 1W6ZA 1VATA 2F30A 1LSDA 5APDA 1LJ3A 2I25L 4ET8A 3WXTA 134LA 3CQLA 5LVIA 1KXYA 4DD3A 5F16A 1UIFA 5LYZA 3RZ4A 1DI3A 1DZBX 1GF4A 1BVXA 154LA 1J1OY 1CKFA 2H9KA 4GCBA 4LYCA 4HTKA 4UWNA 4N1EI 4BADA 5FCPA 2CDSA 5HNCA 3WL2A 4DDAA 1LHJA 2BLXA 3A95A 1AM7A 4NGOA 4QDNA 4TTDA 1XGRC 1LJFA 2A7FA 1CKGA 3W3EA 1JWRA 1IWUA 4LT2A 1G7HC 4J1BA 5KY1A 1IY3A 4W96A 1DKKA 1NBYC 1UCOA 4ETBA 5ILCA 1CJ6A 5T3FA 1FLYA 2C8PA 3OJPA 3TXHA 4WM3A 5C6IA 2LZ2A 4NHIA 1TEWA 1I20A 1GF5A 1NQIA 2YVBA 4NFVA 4HPEA 1IOTA 1IR9A 1J1XY 2G4QA 2BQBA 4NGLA 1D6PA 2YBIA 5II3A 1D0LA 3AZ6A 3EO5A 5IDDA 1KXXA 1LMPA 3B0IA 1GFAA 3TXEA 1RCMA 3AZ4A 5KXZA 1JHLA 1LMCA 1UUZC 4RW2A 4WO6A 5D5FA 1D0MA 5I53A 2MEDA 3CSRA 1GE2A 3TMUA 1EQEA 3GXRA 5APEA 2FBBA 3RW8A 4NG1A 4NHTA 1BB6A 1HC0A 1GAYA 1WQNA 2G4NA 5JENB 2CWIA 3AZ7A 1I56A 3CT5A 3QNGA 4OWHA 5LIOA 1C7PA 4PPOA 3TXBA 1LMAA 2RSCA 5KXMA 1F6RA 1LMOA 1TAYA 4LT1A 4O34A 5IHGA 4OOTA 3A96A 5B06A 2Z2EA 4NGIA 3TXGA 1HEOA 1WTMA 1IOSA 1JUGA 1REYA 1VFBC 4IATA 4H8YA 2BQNA 1FLUA 1GBOA 4PHIA 1LYSA 1QSWA 5B1FA 3TXFA 1LZYA 1HNLA 208LA 4WM4A 4N9RA 1BVKC 2N5ZA 4YOPA 4W94A 4GN5C 1LHKA 2HTXA 4ETAA 1IOCA 1LSMA 2BQAA 1AT5A 1IP3A 3W6BA 5KXRA 4DD0A 4DD2A 3CB7A 3WH1A 2BLYA 3IJUA 1YANA 2HEAA 3BKHA 3F6ZA 5LVKA 5KXWA 1LKSA 2D4IA 1XGUC 2Z2FA 2NWDX 3TMXA 194LA 2XTHA 1B7MA 5KXLA 1LCNA 1G7JC 1QIOA 1J1PY 2Z18A 4GCFA 4XJFA 1YILA 3J4GA 3CT0A 5I5QA 4KT3A 2CGIA 5FHWA 4ETCA 2XJWA 1B5WA 5LVJA 1XEIA 1B7SA 3A93A 4WOAA 1LJEA 1NDGC 3TXKA 1UIAA 1GAZA 2FBDA 4H93A 4GLAA 2XBRA 4XENA 1GDWA 1JKDA 4NEBA 4M6DA 3A34A 3MGWA 4H1PA 1XFPL 2BQKA 4TWSA 2YSSC 1HFXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OUDA 2LC9A 157LA 1L13A 1OUAA 3LHMA 1CJ7A 1B5YA 1NKHA 2D4KA 4EKPA 1LMNA 4UWVA 1HEPA 1L91A 4DD1A 1BHZA 1L72A 3HT6A 3WU8A 1D3JA 5HMJA 1HMLA 4DDCA 5E9RA 167LA 1OWYA 1T8AA 3A6BY 110LA 1C10A 2Z37A 5FDJA 3GUJA 4KL7A 1L62A 1B5ZA 156LA 1WVUA 3DN6A 1PQOA 152LA 4J0LA 5L3IA 4LT0A 1DQJC 5B59A 3VW7A 2YBNA 4RLNA 4ZIXA 1OUCA 4HP0A 2B7XA 3ZEKA 1GBWA 1UACY 4PRQA 1G1WA 1L60A 4NGVA 1P36A 1CV4A 239LA 3WU7A 1DYFA 2B6WA 2W1LA 2VB1A 1SWYA 3DN4A 4ARJA 5F9XA 1GF6A 2ZYCA 1IWXA 1L43A 1MLCE 159LA 5KXXA 107LA 1C69A 2YDGA 1IR7A 2IGCA 4ML7A 4W56A 196LA 1KY1A 1L06A 4XN6A 2F4GA 3PDSA 1BWIA 1ZVHL 4ARQB 1QTHA 2DQEY 2LZTA 155LA 1IC7Y 1HEWA 2I26L 2B5ZA 3UONA 1KIQC 1C68A 3LYZA 137LA 250LA 4LZTA 1SSWA 4K5YA 1EQ4A 2LYZA 2ZYPA 1JJ0A 3AJNA 253LA 2HU3A 2WARA 2OU9A 211LA 1L64A 1PQMA 3CT1A 1GBYA 3QAKA 1C6EA 3OE8A 5C6JA 1GE1A 1CVKA 1AT6A 145LA 5HNLA 4GCCA 252LA 1OUFA 5FSTA 1IWVA 4HJYA 213LA 1P2LA 4G4CA 4QEQA 2Z38A 1E8LA 2OTYX 5EBHA 1L59A 1DYEA 3AGIA 4OO9A 2AUBA 4NSGA 4BAFA 1SLYA 118LA 3HT9A 119LA 1L00A 4ETDA 2ZILA 3K3TA 1LSGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1OUD A;  1LZA A;  2BPU A;  5I4W A;  1OUA A;  4G4H A;  4OOO A;  3LHM A;  1CJ7 A;  1HSW A;  1B5Y A;  1NKH A;  2D4K A;  2MEF A;  1LMN A;  1LPI A;  1LSA A;  2MEB A;  1VDS A;  5DL9 A;  1VDT A;  3J6K A;  4UWV A;  1HEP A;  4DD1 A;  1TDY A;  4PJ2 C;  1BHZ A;  4R6C A;  1GD6 A;  1BB4 A;  1I1Z A;  2BQF A;  3WU8 A;  1JEF A;  2A7D A;  1GFU A;  1VAU A;  5HMJ A;  1HML A;  4HV2 A;  4DDC A;  5E9R A;  3A6B Y;  4RDS A;  3G3A B;  4NHS A;  1LZ6 A;  1C10 A;  1HEL A;  1SQ2 L;  2BQH A;  2Z37 A;  5FDJ A;  4KL7 A;  4OW1 A;  1JSE A;  1B5Z A;  3W6F A;  1REX A;  4D9Z A;  1YAQ A;  1LHH A;  4GLV A;  1WVU A;  4HTN A;  4J0L A;  1LZT A;  1GB2 A;  5L3I A;  1OUG A;  1KIP C;  4LT0 A;  1DQJ C;  5B59 A;  1GXX A;  1EQ5 A;  2BQD A;  2DQJ Y;  2YBN A;  4RLN A;  3TXJ A;  2YBL A;  4ZIX A;  1OUC A;  4H9H A;  4HP0 A;  1GDX A;  1C43 A;  4AXT A;  1TCY A;  3ZEK A;  1GB8 A;  1GBW A;  1UAC Y;  4PRQ A;  3AB6 A;  3WUL A;  5LAF A;  2BQL A;  3WXU A;  1LZ4 A;  4NGV A;  1FN5 A;  4LYB A;  3WU7 A;  2FYD A;  3D9A C;  5ILF A;  2I6Z A;  4XJG A;  4XJB A; 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 4WO6 A;  5D5F A;  1D0M A;  5I53 A;  2MED A;  3CSR A;  1GE2 A;  3TMU A;  1EQE A;  3GXR A;  5APE A;  2FBB A;  3RW8 A;  4NG1 A;  4NHT A;  1BB6 A;  1HC0 A;  1GAY A;  1WQN A;  2G4N A;  5JEN B;  2CWI A;  3AZ7 A;  1I56 A;  3CT5 A;  3QNG A;  4OWH A;  5LIO A;  1C7P A;  4PPO A;  3TXB A;  1LMA A;  2RSC A;  5KXM A;  1F6R A;  1LMO A;  1TAY A;  4LT1 A;  4O34 A;  5IHG A;  4OOT A;  3A96 A;  5B06 A;  2Z2E A;  4NGI A;  3TXG A;  1HEO A;  1WTM A;  1IOS A;  1JUG A;  1REY A;  1VFB C;  4IAT A;  4H8Y A;  2BQN A;  1FLU A;  1GBO A;  4PHI A;  1LYS A;  1QSW A;  5B1F A;  3TXF A;  1LZY A;  1HNL A;  208L A;  4WM4 A;  4N9R A;  1BVK C;  2N5Z A;  4YOP A;  4W94 A;  4GN5 C;  1LHK A;  2HTX A;  4ETA A;  1IOC A;  1LSM A;  2BQA A;  1AT5 A;  1IP3 A;  3W6B A;  5KXR A;  4DD0 A;  4DD2 A;  3CB7 A;  3WH1 A;  2BLY A;  3IJU A;  1YAN A;  2HEA A;  3BKH A;  3F6Z A;  5LVK A;  5KXW A;  1LKS A;  2D4I A;  1XGU C;  2Z2F A;  2NWD X;  3TMX A;  194L A;  2XTH A;  1B7M A;  5KXL A;  1LCN A;  1G7J C;  1QIO A;  1J1P Y;  2Z18 A;  4GCF A;  4XJF A;  1YIL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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