2HEDA

Contribution of water molecules in the interior of a protein to the conformational stability
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQANSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Contribution of water molecules in the interior of a protein to the conformational stability.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 52
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-09-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2hedA00
5F9XA 2D4KA 1LZGA 1DI5A 4ETAA 2BLYA 2IHLA 4D9ZA 1OP9B 4GN5C 4WLDA 3A34A 3TMXA 1GF6A 1GBOA 4X3BA 3WU9A 1F6SA 1LJEA 1LMQA 1FBIX 4L41A 4OWAA 1IORA 3LZ2A 2ZYPA 4HPIA 4H8ZA 1KXYA 3E3DA 5E4PA 1B7SA 2CWIA 3FI7A 1JSEA 5LYMA 1LPIA 3CSRA 4NSIA 3W6DA 1UIBA 2C8OA 1LSFA 1OUDA 3QE8A 1LJ4A 4WG7A 2LZTA 1HEQA 1JKBA 4G49A 4LYTA 1D0LA 5KXSA 1OUJA 3RZ4A 1LMTA 3WPJA 2W1MA 3F6ZA 3ATOA 3LZTA 5IDDA 1IY3A 1B7QA 2MEEA 4EMNA 1GF3A 1B5XA 1JTOL 2LYMA 3G3BB 3WL2A 1NKHA 4H1PA 4NFVA 2MECA 1UICA 1GBYA 1HEWA 1LZNA 3WXTA 2I25L 5L3IA 1RE2A 2CDSA 2YSSC 1OUBA 4LZTA 4BAPA 3TMUA 1LKSA 5LA5A 3WU8A 1GDXA 4QGZA 1BB5A 4ETEA 1B7NA 4J1AA 5AMYA 1NDMC 3N9AA 1JTTL 4ZIXA 4WM3A 5B59A 3P65A 2DQHY 4GCCA 1KIQC 4H93A 1NQIA 2BPUA 3CQLA 1B7RA 1VDSA 4GCFA 1GXV2 1GPQC 1LZCA 1GFJA 4P2EA 5ILCA 1CJ8A 1GFVA 4UWVA 4XJDA 3M3UA 2D91A 132LA 5DL9A 2HEAA 4KXIA 1NWGA 1F0WA 3WXUA 4AGAA 5A3ZA 3CSQA 1GWDA 3A8ZA 1YAQA 1GFUA 2G4NA 1BB7A 1GXXA 5B05A 4ET9A 3B6LA 1YROA 2WARA 1GHLA 1FLQA 1NDGC 1T6VL 1UIHA 1AT6A 2NWDX 193LA 1IP5A 1UIAA 4WO6A 3LYTA 1ALCA 1CKGA 2MEDA 3EXDA 4I0CA 1WQPA 1FDLY 1BVKC 2LYOA 3RT5X 4XADA 3RW8A 4CFOA 4N0JA 3W6CA 1JIYA 2FYDA 3W6BA 1D9UA 1UIEA 4H9AA 3A3QA 1IO5A 154LA 3GXKA 2I26L 1Z55A 2MEFA 5KJ9A 2BQIA 3OJPA 3WPKA 4YM8A 1LMCA 1QDRA 3RU5A 1KIPC 1C43A 1IY4A 1I56A 4EOFA 1HNLA 3KAMA 4FDYA 3WH1A 1VEDA 2G4QA 4WM1A 1HEOA 4N1EI 3TMVA 1LJGA 1GF8A 1EQ5A 1ZV5L 1JISA 134LA 1QTEA 4GCBA 1GE3A 1LSDA 4R0FA 4XJFA 5LAGA 3WVYA 1GEZA 3B72A 4DD2A 1GE0A 1CJ9A 4NSJA 1LMOA 4YF2A 2BQHA 4H9CA 5HQ1A 4GCEA 1LZBA 4B4EA 5HNLA 1J1XY 4ETCA 4ETBA 1BGIA 4RW2A 3CT0A 4OWEA 5C6IA 1IP6A 1GFHA 1W6ZA 1VAUA 2Z19A 4YOPA 5I5QA 3EBAB 4PHIA 2HEFA 4HV2A 2BQAA 2CGIA 2ZILA 4NSGA 5I53A 1V7TA 3TXEA 1OUCA 1IWXA 2B5ZA 1GDWA 1IC4Y 2BQNA 2BQLA 1UIDA 4NGKA 1DPXA 5C6LA 4E3UA 1JEFA 2YBHA 5C6JA 4DD3A 1W08A 1GB5A 2HEDA 4TTDA 2LYZA 1EQEA 1NMMA 2RSCA 5DM9A 4DD7A 1LSMA 5LVGA 4PRQA 4NHSA 5LINA 4NHTA 4HTKA 3TXDA 5KKJA 1GB7A 4G4CA 1B5ZA 1LSPA 4LYCA 4NY5A 4NIJA 4IATA 5FEKA 5KY1A 4MSTA 4B4IA 1REMA 4H92A 4WM2A 2BLXA 1BB4A 1NF5A 4LYMA 1AT5A 4XN6A 2D4JA 3HFMY 1QUTA 1B9OA 3N9CA 2EIZC 1REXA 3ZVQB 5L3HA 2YVBA 5F16A 4HJYA 4OW1A 1XGQC 3CT1A 4NGWA 1J1PY 1I1ZA 1GBZA 1LZ6A 2DQCY 1B5VA 4NG1A 1GE4A 1HC0A 3J6KA 4HPEA 2ZQ3A 3W3EA 4Z41A 1VDPA 1LZSA 2N5ZA 1JWRA 5E9RA 3CB7A 1IWZA 5LXWA 5M1YA 4PRUA 4YEMA 5APCA 1LHHA 2DQGY 3BKHA 3TXJA 5II3A 4LFPA 1B7OA 2ZYCA 1B0DA 4GLVA 1LSBA 1WQRA 4ETDA 1GFEA 1MLCE 1XEJA 5HMJA 1KIRC 1GB8A 2EQLA 1TCYA 1EL1A 2DKVA 4AXTA 4LYZA 5B07A 1GB2A 4QY9A 2ZIJA 4CHXA 4KPMA 1BVXA 2D4IA 3TXBA 2HTXA 1KXWA 3AB6A 4XJGA 1LZYA 4DDBA 2LHMA 4B0DA 2G4PA 1DZBX 5L9JA 4H8XA 5APEA 1UIGA 4HTQA 4WL6A 3AZ4A 3J4GA 1C10A 3WYHA 3ZVQA 1UACY 4NHIA 1LJJA 1A4VA 5HNCA 1QSAA 3TMWA 4YENA 1LSGA 1AM7A 3IJUA 1FLYA 4HV1A 1GFGA 2EKSC 4XJHA 1IR7A 5HLLA 4OOOA 4R6CA 1IP2A 4ZFPA 2DQJY 3A93A 5A3EA 5I4YA 2HEBA 1YANA 4DD1A 4KT3A 4NWEA 2F30A 3LYMA 2PC2A 1QTKA 3A6BY 1GFRA 1AZFA 2HUBA 1LSAA 4CJ2A 2Z12A 4WLYA 4M6DA 1BHZA 1GAYA 1OUEA 3W6AA 5KXTA 1NHEA 2H9KA 1GFTA 1YIKA 3A92A 1FLUA 5KKIA 2HU3A 1F6RA 4HSFA 1WQNA 4YEOA 1IOQA 4TX7A 1KXXA 1XGTC 1LMNA 3AGIA 1IWYA 1DQJC 1LZDA 3CT5A 5EBHA 3WUMA 1JITA 4N1CC 3ULRA 1LSYA 1SQ2L 4QEQA 1CKFA 1XGUC 1IWTA 4ET8A 1YAPA 4GCDA 2F4GA 1CKHA 1TEWA 1LSZA 4J1BA 4RW1A 4LT3A 5D5CA 2YDGA 5D5FA 5JENB 4WL7A 2FBDA 1DI4A 2BQBA 4II8A 4J0LA 4PJ2C 4TSCA 1HEPA 3WVXA 3WMKA 1HENA 1FLWA 2Z39A 2XJWA 1IWUA 4LT1A 1JPOA 4OWHA 1XSFA 4WM4A 1LZEA 4XENA 5KXPA 3VWOA 5HMVA 1WTNA 1IVMA 1LZTA 2VB1A 2BQCA 1UA6Y 3B0OA 5LVIA 1BQLY 4W96A 3K3TA 4MR1A 5I54A 2YBLA 5KXLA 1LJIA 1B5UA 1J1OY 4Z98A 1IP1A 4DD0A 2W1XA 1CKCA 3AW6A 1C08C 5FELA 5LA8A 3G3AB 1REYA 1BB6A 1HERA 1JJ1A 4IASA 4UWUA 3T36A 1DKKA 2YBMA 4KL7A 4ANRA 4C5FA 3A94A 1YKYX 4DD9A 4N9RA 4FJRA 4IJ4A 4NGJA 4H9IA 1H6MA 3TXKA 2BQEA 1LZ9A 1GD6A 1PZYA 3TXIA 2BQDA 1DXJA 1LHIA 5KXOA 1F10A 4N8ZA 207LA 2D6BA 4OWBA 1YL1X 3AZ7A 3P64A 1G7HC 194LA 4G4BA 1IX0A 4H90A 5FDJA 5F81A 4PPOA 5LVHA 1FKQA 1IP4A 2MEBA 5FHWA 2X0AA 1OUIA 2C8PA 5LVJA 1IWWA 4LT0A 4U3XB 4WM5A 4RLNA 4M4OA 1CKDA 1JUGA 1HSXA 1UIFA 1B5WA 1CJ6A 4I8SA 1YILA 1DI3A 1VATA 3AZ6A 4TSBA 1WTMA 3GXRA 1IOCA 1TDYA 2XTHA 3P4ZA 3P66A 1EQ4A 2F2NA 3P68A 5I4XA 1JKAA 1BWHA 4RLMA 4C3WA 1AKIA 4DC4A 5IHGA 1RFPA 4O34A 3HBDA 1GFAA 4HP0A 4XYYA 3D9AC 1XFPL 1JTPL 3A6CY 2GV0A 3AYQA 5LVKA 2A7FA 4BS7A 1LZ5A 2Z37A 1HMKA 5KXZA 4B49A 1HEMA 1MELL 1OUGA 1O23A 2YBNA 1IP7A 3OK0A 4H9BA 4NSHA 2FBBA 1B5YA 4MCKA 1UC0A 4OOTA 4CGEA 1YKZX 3QNGA 4NEBA 4CFPA 2DBTA 2DQIY 3AJNA 3M18B 1D0KA 1LZRA 2BQFA 4J7VA 5I4WA 1GBWA 3A67Y 4Z3MA 1LSEA 4WLXA 1LTMA 1LJKA 1FN5A 4BAFA 1TAYA 3LHMA 4QDNA 2MEIA 1D6QA 2HU1A 3W6EA 1XGRC 1UBZA 5K7OA 1QUSA 1LCNA 1VDQA 1T3PA 1N4FA 1GFKA 1REZA 2BQKA 1C7PA 4OWCA 1LYZA 1GF9A 5T3FA 1GE1A 1WQQA 4NHPA 1GBXA 3WU7A 4LGKA 1LJNA 6LYTA 1YQVY 1INUA 1D6PA 5KXXA 4WG1A 5LYTA 1TBYA 1QIOA 2ZIKA 1OUAA 2ZNWY 3B0KA 1FKVA 3LYZA 4NGZA 4XJIA 1RCMA 1ZVHL 4NWHA 1LMAA 1IEEA 1LHKA 4B4JA 3IWRA 4DT3A 5KXKA 1E8LA 2ZQ4A 1HFXA 4G9SA 2F4AA 4GN4A 2ZWBA 1LSCA 1LYOA 1DKJA 1OUHA 1HFYA 2Z2FA 3AZ5A 4NGLA 5KXRA 4Z46A 3A91A 3AW7A 1GE2A 1GF4A 1SLYA 1YAMA 3A95A 3HBHA 5KXNA 4NGYA 4GN3A 5KXMA 3WUAA 1VFBC 2AUBA 2DQEY 2H5ZA 3N9EA 1ZVYB 1G7JC 5B06A 4PGJB 1IWVA 1LZ4A 2FYCA 1JKDA 4HTNA 1GEVA 4N5RA 2XBSA 1IR8A 4DWXA 1LYSA 2BQMA 1HHLA 4H94A 3EO5A 5IELA 1LMPA 1XGPC 5KXYA 1P2CC 3IJVA 1OQMA 5DN5A 4NHQA 5DN4A 1G7IC 1HMLA 2Z18A 2IFFY 4TUNA 1CJ7A 1LHLA 1C46A 2DQFC 3SP3A 4BADA 3ZEKA 1H87A 1NBZC 2XBRA 1C45A 1G7MC 3EMSA 4XJBA 5DLAA 4ML7A 4H9EA 133LA 1GAZA 1LZ8A 3LYOA 1GF0A 4B1AA 1LHJA 5APDA 1B7PA 3BKVA 2MEAA 5APFA 1IR9A 1YKXX 1B2KA 1JJ3A 3A3RX 5LIOA 4WOAA 4LYOA 3WULA 9LYZA 2BAAA 4H8YA 1D0MA 1RI8B 1QSWA 2Z38A 4HJVA 4WLTA 2DQDY 3WPLA 1GB6A 1HSWA 1LSNA 1PS5A 5FSTA 1BB3A 4WM6A 1IIZA 1CNSA 3TXGA 1NBYC 1JKCA 1LJFA 3W6FA 1IP3A 3MGWA 1GB0A 4H91A 4HJZA 4NGVA 5KXWA 5J7CA 1A2YC 1GB3A 1HFZA 2ZNXY 4RDSA 4NGIA 1HELA 1IC5Y 1I20A 3QY4A 4DDAA 1WVUA 1G7LC 2Y8PA 7LYZA 1JHLA 2Z2EA 1LJHA 1WQOA 3LN2A 5ILFA 3WUNA 3ATNA 153LA 1IOTA 4W94A 2A7DA 4TWSA 1JSFA 1QDTA 1YL0X 2DQAA 2YBJA 3WW5A 1OUFA 3CSZA 1WVVA 5F9UA 5LYZA 3AGHA 3D3DA 3WW6A 1BWIA 1XEKA 2H9JA 2HEEA 8LYZA 5B1GA 3A90A 3B0IA 2CJLA 1B7LA 2YBIA 1UCOA 2HECA 4H9HA 3T6UA 3TXHA 5FCPA 4ZEEA 2I6ZA 1ZMYL 2LZ2A 5B1FA 2W1LA 2MEGA 4DDCA 1B7MA 1BWJA 1GB9A 2MEHA 3HBEX 4LYBA 4WMGA 5LAFA 1IOSA 1RJCB 1DPWA 3AGGG 1LKRA 1LJ3A 2BQOA 1LOZA 1XEIA 208LA 1VDTA 2BQGA 1GBSA 1LZ1A 1UUZC 1GF7A 1WQMA 4GLAA 2Q0MX 1HF4A 3RNXA 4DYGA 4NGOA 4H9FA 6LYZA 2BQJA 2EPEA 1GF5A 4A7DA 1V7SA 1LAAA 2W1YA 1LZAA 1LYYA 3TXFA 135LA 4NG8A 1JJ0A 3A96A 5F14A 4LFXA 1IC7Y 3FE0A 1LHMA 4G4HA 4UWNA 4LT2A 1QQYA 4WO9A 1YAOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2D4KA 1B6IA 1OP9B 4GN5C 197LA 3TMXA 1GBOA 3WU9A 1LMQA 4L41A 3LZ2A 4HPIA 3E3DA 2CWIA 3FI7A 5LYMA 1LPIA 1L94A 3CSRA 4NSIA 1L55A 3QE8A 1LJ4A 1IY3A 2MEEA 1D3MA 1JTOL 2OE4X 1QUGA 3G3BB 2RBPA 2MECA 3WXTA 1RE2A 4LZTA 3SB8A 3WU8A 1GDXA 1B7NA 1CU0A 1NHBA 1OVJA 5AMYA 255LA 1JTTL 1L20A 1L64A 3C8QA 183LA 4GCCA 3CQLA 213LA 1QS9A 1DYAA 2QARC 1CJ8A 4UWVA 126LA 2HEAA 3WXUA 4AGAA 1GWDA 1GFUA 1BB7A 3B6LA 2WARA 109LA 165LA 1FLQA 1NDGC 1BVKC 3RT5X 3RW8A 4CFOA 4W52A 1D9UA 1L03A 3OE8A 2O7AA 1QDRA 1LYDA 3RU5A 1IY4A 1L09A 2NTHA 3KAMA 4FDYA 2G4QA 149LA 1HEOA 1GF8A 1ZV5L 4GCBA 1L18A 1CU5A 4DD2A 5HQ1A 4B4EA 1BGIA 4OWEA 2B75A 1GFHA 1L81A 108LA 2BQAA 2CGIA 2RH1A 1QUHA 259LA 2BQLA 1UIDA 1DPXA 1OVKA 1L97A 1W08A 4DD7A 248LA 1C69A 1B5ZA 4LYCA 1L61A 1REMA 4EJ4A 4LYMA 1AT5A 1QT6A 1P64A 1C6DA 1C66A 3HFMY 1L45A 1B9OA 152LA 2HULA 2EIZC 2YVBA 2CUUA 1XGQC 2OE7X 1L96A 1HC0A 2ZQ3A 1SSYA 1L63A 1LZSA 2N5ZA 4PRUA 1G1VA 5APCA 5II3A 1B7OA 1QS5A 1LSBA 170LA 4ETDA 3PBLA 1KIRC 1GB8A 1L50A 1TCYA 2DKVA 3HT9A 1P7SA 111LA 1L57A 1LZYA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5F9X A;  2D4K A;  1LZG A;  1DI5 A;  4ETA A;  2BLY A;  2IHL A;  4D9Z A;  1OP9 B;  4GN5 C;  4WLD A;  3A34 A;  3TMX A;  1GF6 A;  1GBO A;  4X3B A;  3WU9 A;  1F6S A;  1LJE A;  1LMQ A;  1FBI X;  4L41 A;  4OWA A;  1IOR A;  3LZ2 A;  2ZYP A;  4HPI A;  4H8Z A;  1KXY A;  3E3D A;  5E4P A;  1B7S A;  2CWI A;  3FI7 A;  1JSE A;  5LYM A;  1LPI A;  3CSR A;  4NSI A;  3W6D A;  1UIB A;  2C8O A;  1LSF A;  1OUD A;  3QE8 A;  1LJ4 A;  4WG7 A;  2LZT A;  1HEQ A;  1JKB A;  4G49 A;  4LYT A;  1D0L A;  5KXS A;  1OUJ A;  3RZ4 A;  1LMT A;  3WPJ A;  2W1M A;  3F6Z A;  3ATO A;  3LZT A;  5IDD A;  1IY3 A;  1B7Q A;  2MEE A;  4EMN A;  1GF3 A;  1B5X A;  1JTO L;  2LYM A;  3G3B B;  3WL2 A;  1NKH A;  4H1P A;  4NFV A;  2MEC A;  1UIC A;  1GBY A;  1HEW A;  1LZN A;  3WXT A;  2I25 L;  5L3I A;  1RE2 A;  2CDS A;  2YSS C;  1OUB A;  4LZT A;  4BAP A;  3TMU A;  1LKS A;  5LA5 A;  3WU8 A;  1GDX A;  4QGZ A;  1BB5 A;  4ETE A;  1B7N A;  4J1A A;  5AMY A;  1NDM C;  3N9A A;  1JTT L;  4ZIX A;  4WM3 A;  5B59 A;  3P65 A;  2DQH Y;  4GCC A;  1KIQ C;  4H93 A; 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 3WPL A;  1GB6 A;  1HSW A;  1LSN A;  1PS5 A;  5FST A;  1BB3 A;  4WM6 A;  1IIZ A;  1CNS A;  3TXG A;  1NBY C;  1JKC A;  1LJF A;  3W6F A;  1IP3 A;  3MGW A;  1GB0 A;  4H91 A;  4HJZ A;  4NGV A;  5KXW A;  5J7C A;  1A2Y C;  1GB3 A;  1HFZ A;  2ZNX Y;  4RDS A;  4NGI A;  1HEL A;  1IC5 Y;  1I20 A;  3QY4 A;  4DDA A;  1WVU A;  1G7L C;  2Y8P A;  7LYZ A;  1JHL A;  2Z2E A;  1LJH A;  1WQO A;  3LN2 A;  5ILF A;  3WUN A;  3ATN A;  153L A;  1IOT A;  4W94 A;  2A7D A;  4TWS A;  1JSF A;  1QDT A;  1YL0 X;  2DQA A;  2YBJ A;  3WW5 A;  1OUF A;  3CSZ A;  1WVV A;  5F9U A;  5LYZ A;  3AGH A;  3D3D A;  3WW6 A;  1BWI A;  1XEK A;  2H9J A;  2HEE A;  8LYZ A;  5B1G A;  3A90 A;  3B0I A;  2CJL A;  1B7L A;  2YBI A;  1UCO A;  2HEC A;  4H9H A;  3T6U A;  3TXH A;  5FCP A;  4ZEE A;  2I6Z A;  1ZMY L;  2LZ2 A;  5B1F A;  2W1L A;  2MEG A;  4DDC A;  1B7M A;  1BWJ A;  1GB9 A;  2MEH A;  3HBE X;  4LYB A;  4WMG A;  5LAF A;  1IOS A;  1RJC B;  1DPW A;  3AGG G;  1LKR A;  1LJ3 A;  2BQO A;  1LOZ A;  1XEI A;  208L A;  1VDT A;  2BQG A;  1GBS A;  1LZ1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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