2HUKA

Crystal structure of t4 lysozyme v131c synthetic dimer
Total Genus 61
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAACNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)AH3 (60-80)S3 (31-34)TI2 (81-84)AH9 (137-141)AH6 (108-113)O1 (113-115)AH7 (115-123)AH8 (126-135)AH10 (143-155)S2 (25-28)AH2 (39-50)AH4 (84-90)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title An approach to crystallizing proteins by synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 61
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-07-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2hukA00
3D4SA 1L33A 1L65A 1P37A 3DN3A 120LA 123LA 4W54A 4EPIA 167LA 1QT5A 3HT6A 212LA 1G06A 1CV1A 4I7JA 1QT4A 3SB7A 3HTDA 140LA 200LA 1L88A 1L0KA 1OWYA 3HT9A 3DN2A 1L31A 1P5CA 1P3NA 1C68A 2O7AA 2RBNA 3UONA 2OE9X 1LYJA 1CU6A 1XJTA 3PBLA 243LA 115LA 1SX2A 1L71A 1L14A 1L84A 1LYDA 4DAJA 1L05A 4S0WA 172LA 1C6GA 1C65A 1L29A 1LYHA 3C7WA 1L75A 2RB2X 3C8SA 1L28A 1L53A 3DMVA 216LA 148LE 1DYBA 214LA 1L99A 4DKLA 155LA 1L27A 1L19A 1QTZA 1KY0A 1ZWNA 180LA 3DMXA 144LA 1QTHA 112LA 3SBAA 1L35A 1SX7A 151LA 3OE9A 1G0QA 1L52A 2B74A 1G0GA 1L80A 1L22A 248LA 2ANXA 259LA 1L59A 1L96A 2Q9DA 1L73A 1L92A 4I7PA 1CTWA 3C81A 3RUNA 3GUOA 1P6YA 1D2WA 1C67A 1L20A 3HUQA 3C83A 2OE4X 3HTBA 1LGUA 1C6TA 3HTFA 142LA 118LA 211LA 3CDTA 2OE7X 2LZMA 1PQJA 3VW7A 250LA 3NY8A 137LA 1L57A 169LA 1KW5A 1L48A 195LA 1L64A 3GUNA 3G3WA 237LA 3HDEA 176LA 1XJUA 2OTZX 218LA 1QT7A 205LA 141LA 1L0JA 1G0JA 1KW7A 1P7SA 4EJ4A 3L2XA 2NTGA 4W51A 7LZMA 1L18A 3GUKA 1L98A 4GBRB 2RBRA 150LA 166LA 213LA 174LA 189LA 1L54A 1B6IA 1C6KA 1L01A 1OVJA 245LA 4ARLA 4E97A 1PQDA 3NY9A 159LA 260LA 1C6DA 186LA 1L66A 2OU8A 1JQUA 1QS5A 1L43A 1NHBA 2B75A 4W55A 1L85A 4YXAC 1K28A 3C82A 1LI2A 138LA 210LA 3HUAA 1CUQA 1T97A 224LA 1C6CA 1C6HA 1OV5A 4EKRA 229LA 1L55A 1L50A 2RBOA 261LA 1L40A 1WTHA 177LA 4OO9A 1C69A 2IGCA 2OTYX 168LA 4W53A 1KS3A 1L77A 182LA 1D3NA 3GUIA 2F47A 206LA 3V2WA 3HDFA 122LA 1JTMA 1QTDA 4PJZA 1T8FA 4AQNA 3NYAA 3HH3A 2B7XA 3C7ZA 1L37A 4EXMA 1PQKA 164LA 4IAPA 3CDRA 219LA 1C6MA 1QUGA 4ZPUA 3DN4A 1LYIA 191LA 2HUMA 4I7RA 2O4WA 1L62A 3OE6A 139LA 1C61A 1G0MA 1T8GA 4ARMA 4I7LA 1P64A 1C60A 3CDQA 1L72A 1L32A 2QARC 1QUOA 1QUHA 209LA 2B6XA 1L93A 2Z6BA 1QTVA 3GULA 184LA 1L12A 1LLHA 246LA 199LA 3DN0A 1P36A 1ZYTA 4EKSA 3FADA 131LA 3QAKA 1L60A 3SB6A 181LA 1L51A 1LI6A 3F9LA 258LA 1OWZA 1P2RA 1L45A 2B70A 1CV0A 2F32A 3CDVA 4W58A 1C6PA 3HH4A 2OU0X 4W57A 1SSYA 1QT3A 1L13A 6LZMA 196LA 3DNAA 221LA 1CU2A 1L26A 146LA 2NTHA 2RBSA 187LA 2CUUA 3DN1A 255LA 3K2RA 1KNIA 1CU0A 2RBQA 145LA 1C6LA 2B6WA 3C80A 173LA 241LA 1L69A 2HUKA 1D3FA 222LA 1P56A 1DYFA 223LA 252LA 3GUMA 1C63A 3FA0A 192LA 171LA 1D9WA 1C64A 1L79A 1QTBA 1L36A 4YX7C 1L07A 1L15A 3HU9A 1D2YA 4YXCA 2LC9A 1L87A 1PQIA 215LA 226LA 1QTCA 2LCBA 253LA 111LA 1L04A 254LA 4ARJA 1CV4A 251LA 256LA 1L30A 1PQMA 130LA 2B6ZA 3C8QA 1T6HA 2RB1X 233LA 3EMLA 1L97A 1DYGA 1DYDA 156LA 107LA 109LA 4I7NA 190LA 108LA 1OVHA 4ARQA 2F2QA 126LA 185LA 1D3JA 2B72A 3HU8A 1CVKA 1L09A 1LYGA 3CDOA 3HT8A 1L90A 143LA 238LA 4DJHA 235LA 102LA 4EKPA 3SB8A 103LA 1D3MA 1P2LA 188LA 178LA 1CV5A 5I14A 1CUPA 201LA 1L56A 262LA 2ANVA 4LDEA 3SB9A 4EPFA 1CU5A 2OU9A 104LA 4W52A 1L11A 1L16A 1QUDA 1LI3A 1CV6A 1C6QA 1L23A 1ZURA 3DN6A 2OEAX 1L58A 4LZMA 2RBPA 147LA 2B73A 2L78A 1TLAA 197LA 1T8AA 127LA 1G07A 3C8RA 3L64A 249LA 1OV7A 1C6NA 1L74A 227LA 3G3XA 5LZMA 1L95A 242LA 2A4TA 1L06A 1LPYA 231LA 3HUKA 1OYUA 3GUPA 114LA 161LA 1XEPA 1L94A 1PQOA 1L82A 3OE0A 1C6EA 3LZMA 165LA 1L91A 1QSQA 220LA 228LA 1G0PA 1DYAA 3HTGA 1SWYA 3HWLA 1L00A 1LYEA 1OVKA 125LA 1L42A 160LA 1G1WA 4LDLA 128LA 1L63A 162LA 1C6BA 170LA 1DYCA 1LYFA 4I7SA 3RZEA 152LA 1L86A 2RAYX 4K5YA 1L25A 1C6IA 2B6TA 3HT7A 1G0LA 4ARMB 1C62A 1LGWA 1C6FA 1L67A 4I7QA 3GUJA 1C6AA 198LA 3G3VA 110LA 3V2YA 1CX6A 149LA 1L03A 1QSBA 3PDSA 3ODUA 1LWGA 1SWZA 1LWKA 240LA 2B6YA 1L21A 175LA 183LA 119LA 158LA 1L70A 1QT6A 1L49A 163LA 234LA 1L24A 1C6JA 3C7YA 4PK0A 1L76A 1JTNA 232LA 247LA 2HULA 3FI5A 1L08A 4I7MA 2O79A 1L47A 3OE8A 1I6SA 1G1VA 1L61A 4EKQA 4GRVA 1KY1A 1QT8A 2QB0B 257LA 1LW9A 239LA 2RB0X 1L38A 3HH6A 4LDOA 113LA 157LA 1L44A 4W56A 1EPYA 1DYEA 230LA 1L83A 3F8VA 4I7OA 3SB5A 217LA 1L41A 4ARPA 1L89A 1G0KA 1L10A 129LA 1C66A 4I7KA 3DMZA 3DN8A 3SN6R 1L46A 3HH5A 4I7TA 225LA 1L39A 236LA 1QS9A 1L02A 1P46A 1SSWA 1L17A 1L68A 2RH1A 2RAZX 1L81A 3JR6A 1CU3A 1L34A 3SBBC 4ARQB 244LA 1CV3A 1CX7A 1LGXA 4W59A 3DKEX 2Q9EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L33A 1QDTA 3A93A 5I53A 1P37A 2CDSA 3A3RX 4J1AA 1GBOA 5HNCA 3AZ7A 5FHWA 3HT6A 1LSFA 1CV1A 4I7JA 140LA 1GB6A 1OWYA 1VDTA 4NSIA 4LT1A 4DC4A 1LZ4A 1P3NA 3W6DA 2BQNA 1A2YC 1H6MA 3PBLA 243LA 1HHLA 4DD7A 1LYDA 1GB7A 4LT0A 4DAJA 3ZVQB 5DN5A 2IFFY 1L29A 3WVXA 1L53A 216LA 3WPKA 214LA 4UWNA 1GDXA 155LA 1JUGA 1KY0A 180LA 2YBIA 1HC0A 112LA 3W6AA 151LA 3RT5X 3OE9A 2BPUA 1G0QA 1L52A 2HEAA 1L22A 248LA 4DD1A 1XGQC 5HMJA 4LGKA 2BQKA 4H8ZA 2G4NA 2XQOA 1YL1X 4NHIA 1IOCA 3TXKA 2OE4X 3A6BY 1LGUA 3TXDA 1T6VL 1CJ9A 5KXZA 1LZYA 4CGEA 3A92A 211LA 5C6IA 5B1GA 1LYOA 4NHTA 5LYZA 169LA 1L48A 3GUNA 1FLWA 2XBSA 4HPIA 176LA 2OTZX 2YDGA 141LA 1L0JA 4EJ4A 2NTGA 1DI5A 4GBRB 2MEHA 4OOTA 1C6DA 4B4JA 1F6SA 1NHEA 1ZV5L 2ZYCA 1B5YA 2B75A 1KXXA 1LZ1A 1L85A 1FBIX 2CGIA 3E3DA 4ET9A 4WO6A 4WL7A 210LA 2DQJY 1LMPA 1IR8A 1CKHA 1C6HA 1L50A 2RBOA 4N1EI 1L40A 2I25L 1WTHA 1WTNA 5KXNA 2IGCA 1HFZA 5F81A 5T3FA 182LA 1D3NA 1RJCB 3GUIA 3N9AA 3TMXA 5A3ZA 4BAPA 1JTMA 2D91A 1T8FA 1UIBA 1BB5A 3P68A 5I4WA 1L37A 1G7MC 1DZBX 219LA 1UIAA 3CSQA 132LA 1XEIA 2HECA 4I7RA 2O4WA 3OE6A 3G3BB 1P64A 1C60A 1ZVHL 5I5QA 5C6LA 209LA 1INUA 3GULA 1L12A 199LA 1P36A 1FN5A 1HERA 4N1CC 1VEDA 4PHIA 4EKSA 1XGTC 3AW6A 1GBYA 181LA 3WW5A 3LZ2A 2B70A 3IWRA 1CV0A 5LA8A 4W58A 1GBSA 2OU0X 4W57A 1L13A 6LZMA 1DI4A 3AGHA 3WPJA 1KNIA 2RBQA 145LA 1LPIA 2B6WA 3LN2A 241LA 4DQ7A 1TCYA 1DYFA 4WM3A 1C63A 3FA0A 1C64A 4TUNA 4G4CA 1D2YA 1L87A 3A67Y 1YAMA 253LA 2D6BA 4N0JA 1JKDA 135LA 5KJ9A 4PGJB 1CV4A 3QNGA 251LA 208LA 4DD2A 2EIZC 2LZTA 3C8QA 233LA 1JJ0A 109LA 1IOQA 5LVIA 4I7NA 190LA 108LA 1IORA 1SLYA 1OVHA 1HENA 185LA 5APFA 4M4OA 3HU8A 1GD6A 1LYGA 4KT3A 4TX7A 3M18B 4DJHA 3AW7A 4NEBA 3WU7A 4EKPA 1P2LA 5DL9A 188LA 153LA 1IWUA 5I14A 1CUPA 1NBYC 3BKHA 1IP4A 1B5WA 4W52A 104LA 3HBEX 1C46A 1QUDA 1LHMA 1LI3A 1LSBA 4HP0A 1LZBA 5KXSA 1CV6A 1C6QA 4L41A 2OEAX 4H9FA 4LZMA 147LA 2B73A 5KXMA 1T8AA 1G07A 1JSFA 3AGIA 4LYCA 1IWZA 231LA 4AGAA 3GUPA 114LA 4PRQA 1L82A 1L91A 1QSQA 228LA 1JTPL 3HTGA 1WQNA 3EBAB 2G4PA 4NGZA 1JKAA 2MEAA 1AKIA 1KIQC 4ETDA 170LA 4P2EA 3RZEA 1L86A 2B6TA 4N8ZA 1KXWA 3CT1A 3GUJA 3G3VA 110LA 2LHMA 2YBNA 1LZTA 3V2YA 1JTOL 1GB5A 1LWGA 240LA 1HFYA 3B0OA 2HEDA 1L70A 1LOZA 1QT6A 4ETBA 1L49A 5D5FA 1CKDA 232LA 2HULA 4QGZA 5FELA 2W1LA 1JKBA 4I7MA 5LAFA 1L47A 3EXDA 1D0LA 4X3BA 1G1VA 4EKQA 2MEFA 2BQAA 3MGWA 3HH6A 230LA 1FKVA 1UBZA 217LA 1LKRA 1LZDA 4LFXA 4GCFA 1LZNA 1C66A 4I7KA 3SN6R 2F30A 1L46A 4NGJA 225LA 4NHSA 2NWDX 1L68A 2EPEA 2RAZX 1BWHA 2MEDA 2Z37A 1L81A 2LZ2A 2ZNWY 1F10A 3EMSA 244LA 4I8SA 3DKEX 2Q9EA 1SQ2L 3D4SA 1NF5A 2PC2A 4CFPA 1GFEA 1CJ8A 1EL1A 2MEIA 4LT3A 1IP1A 1B5UA 3N9CA 1L88A 1L0KA 1W6ZA 1LMNA 1CJ7A 3UONA 2OE9X 1LYJA 1FLUA 1FLYA 115LA 3A3QA 1L14A 1IX0A 5ILCA 4S0WA 4C3WA 1C65A 3C7WA 2RB2X 1L28A 1NKHA 4WLTA 1P2CC 2MEEA 4HJZA 1QTZA 1ZWNA 4NGKA 144LA 1BWIA 1LMAA 4W96A 3SBAA 1SX7A 1QTEA 2HTXA 1GB0A 1RI8B 4H8YA 1L59A 1L96A 1LJHA 1L92A 2Z19A 4I7PA 4HV2A 4H9BA 3C81A 1IWWA 1DPWA 1P6YA 1D2WA 3HUQA 1TBYA 3LZTA 1GFRA 2Q0MX 3WVYA 1B7PA 1B9OA 2Z2FA 5F9XA 2OE7X 1UICA 1PQJA 5IHGA 1KW5A 4H92A 1NDGC 195LA 1D9UA 237LA 3HDEA 4OWBA 1D0MA 5I54A 1KW7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L33 A;  1QDT A;  3A93 A;  5I53 A;  1P37 A;  2CDS A;  3A3R X;  4J1A A;  1GBO A;  5HNC A;  3AZ7 A;  5FHW A;  3HT6 A;  1LSF A;  1CV1 A;  4I7J A;  140L A;  1GB6 A;  1OWY A;  1VDT A;  4NSI A;  4LT1 A;  4DC4 A;  1LZ4 A;  1P3N A;  3W6D A;  2BQN A;  1A2Y C;  1H6M A;  3PBL A;  243L A;  1HHL A;  4DD7 A;  1LYD A;  1GB7 A;  4LT0 A;  4DAJ A;  3ZVQ B;  5DN5 A;  2IFF Y;  1L29 A;  3WVX A;  1L53 A;  216L A;  3WPK A;  214L A;  4UWN A;  1GDX A;  155L A;  1JUG A;  1KY0 A;  180L A;  2YBI A;  1HC0 A;  112L A;  3W6A A;  151L A;  3RT5 X;  3OE9 A;  2BPU A;  1G0Q A;  1L52 A;  2HEA A;  1L22 A;  248L A;  4DD1 A;  1XGQ C;  5HMJ A;  4LGK A;  2BQK A;  4H8Z A;  2G4N A;  2XQO A;  1YL1 X;  4NHI A;  1IOC A;  3TXK A;  2OE4 X;  3A6B Y;  1LGU A;  3TXD A;  1T6V L;  1CJ9 A;  5KXZ A;  1LZY A;  4CGE A;  3A92 A;  211L A;  5C6I A;  5B1G A;  1LYO A;  4NHT A;  5LYZ A;  169L A;  1L48 A;  3GUN A;  1FLW A;  2XBS A;  4HPI A;  176L A;  2OTZ X;  2YDG A;  141L A;  1L0J A;  4EJ4 A;  2NTG A;  1DI5 A;  4GBR B;  2MEH A;  4OOT A;  1C6D A;  4B4J A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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