2HUKA

Crystal structure of t4 lysozyme v131c synthetic dimer
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAACNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title An approach to crystallizing proteins by synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 61
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-07-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2hukA00
1PQJA 4ARJA 4ARQB 2OU0X 1CV3A 113LA 1L61A 149LA 1OWYA 3SB7A 3HH6A 249LA 123LA 238LA 1L0KA 2B7XA 1L84A 1SSWA 261LA 182LA 4I7LA 3HUQA 115LA 1WTHA 1L72A 1SX2A 4K5YA 2Q9EA 1C6HA 3GUPA 1L97A 190LA 1CU6A 1EPYA 1P2LA 1L36A 1LW9A 4I7MA 4ARMA 1QTCA 3CDTA 4W58A 216LA 236LA 4EKRA 167LA 2OE7X 1QTVA 3DN3A 1LGUA 1L30A 1L65A 4DJHA 1LYEA 120LA 2ANXA 2RBNA 3OE0A 1T8GA 3HTDA 1G1WA 151LA 1L14A 1L0JA 1P2RA 3HTGA 4I7JA 1CU3A 1L35A 155LA 1DYGA 206LA 1KW5A 1B6IA 231LA 1DYFA 4OO9A 1CV5A 1L68A 2OE9X 1L59A 1JQUA 2OEAX 2F32A 3HTBA 1OVKA 181LA 3SB5A 1QT5A 3C8RA 4EKSA 138LA 1K28A 250LA 2RBOA 3PDSA 4PK0A 3GUIA 3JR6A 1CV4A 3C8SA 1CX6A 248LA 127LA 137LA 184LA 162LA 1C61A 160LA 245LA 2B73A 1L18A 1SWZA 1KW7A 1D3MA 1L34A 3G3VA 1L24A 1P5CA 3DN1A 125LA 1L42A 258LA 2CUUA 131LA 1L91A 168LA 4DKLA 176LA 2RBQA 183LA 1L25A 152LA 1L04A 1LYJA 244LA 1QT6A 1L98A 1L56A 2Z6BA 1L92A 3DN0A 1L54A 1L22A 4W59A 1TLAA 1L88A 2B74A 112LA 1L80A 1P64A 103LA 1QSBA 2Q9DA 1D3NA 4GBRB 186LA 1CTWA 4I7RA 145LA 1L05A 157LA 163LA 1L55A 1D9WA 2B6XA 3HU8A 3NY8A 1P36A 3CDRA 1P37A 1C6DA 1L48A 1OWZA 1DYEA 109LA 201LA 1C6BA 1L45A 232LA 1DYAA 130LA 161LA 3SB9A 4W54A 144LA 2F2QA 2OU8A 229LA 1L06A 1QS5A 1L32A 4EPFA 1CU2A 2O4WA 257LA 1QTDA 222LA 3DMXA 148LE 187LA 2B6TA 4I7PA 3DKEX 4LZMA 3HU9A 4EXMA 1C69A 1L99A 4W56A 234LA 2OTZX 3UONA 255LA 170LA 1L09A 2OU9A 1OVJA 1LI6A 1KS3A 3DN2A 4ZPUA 3QAKA 3OE8A 260LA 185LA 3C8QA 1L40A 4IAPA 3SB6A 259LA 3HDEA 164LA 1G0MA 111LA 1L83A 3FA0A 1ZYTA 3GUMA 1C65A 1OV7A 1CV0A 114LA 1G07A 1G1VA 141LA 1D2YA 3HTFA 3DMVA 3HUAA 3LZMA 1L12A 262LA 3HDFA 239LA 1G0PA 2RB0X 4ARQA 1L27A 169LA 1L58A 1C6LA 3HWLA 1LYHA 159LA 223LA 1L16A 1T8AA 3C7ZA 233LA 1QUHA 256LA 2RBPA 1LI2A 212LA 3NYAA 1L39A 1L94A 2QARC 3OE9A 4YX7C 1OYUA 197LA 217LA 3C80A 1OVHA 1L02A 1QTZA 221LA 1PQDA 3FI5A 1L81A 2ANVA 2RAZX 4W53A 142LA 1QTHA 3HUKA 3F8VA 1LYIA 1PQOA 3GUKA 146LA 1QUOA 1C6MA 200LA 150LA 1T6HA 241LA 3C81A 3GUOA 3C83A 1JTNA 1SWYA 1L19A 2HUMA 3ODUA 1CUPA 2L78A 1C6GA 1L75A 1C66A 215LA 1P46A 1LLHA 1PQIA 1PQMA 1CVKA 5LZMA 2A4TA 2LCBA 3V2YA 3HT7A 240LA 1L77A 2IGCA 140LA 1C6TA 1KY0A 1L10A 1G0QA 126LA 2LC9A 1D3FA 1CX7A 2RH1A 3HH5A 1L00A 1LGXA 1L07A 2B6YA 3G3XA 4I7TA 4W57A 177LA 237LA 1L89A 3DN6A 4I7OA 1L17A 1C62A 1L33A 3VW7A 1L70A 1SSYA 1C6KA 3V2WA 3GUJA 1L08A 118LA 1LWGA 178LA 1LYGA 1C60A 219LA 119LA 3OE6A 1C6CA 230LA 1L93A 1C6AA 139LA 1L76A 1XJTA 2NTGA 1SX7A 1C6QA 1L95A 4I7SA 1G0JA 1LPYA 2B6WA 3PBLA 253LA 4ARLA 1XJUA 122LA 1L96A 1G0KA 3SBBC 1L49A 1D2WA 1L01A 192LA 1L74A 4YXCA 171LA 1C63A 242LA 2RAYX 1QT8A 1P7SA 1C6EA 1XEPA 1CV1A 1L47A 1ZURA 1L52A 1C6NA 199LA 1L79A 1DYCA 107LA 1QS9A 4PJZA 3D4SA 4LDEA 1L71A 1L60A 1L26A 4ARMB 196LA 4I7KA 1L57A 4YXAC 1CV6A 1L23A 4EJ4A 1G06A 1I6SA 129LA 247LA 2RB1X 108LA 3SBAA 2NTHA 3G3WA 3K2RA 166LA 1L87A 3CDOA 1L13A 218LA 1L11A 1ZWNA 1QT7A 1L43A 1LI3A 3L2XA 1QUDA 1G0LA 1KNIA 1T97A 2QB0B 3RZEA 3HT6A 1L20A 1L21A 1T8FA 2LZMA 1PQKA 2RBRA 1L31A 110LA 174LA 1L90A 3NY9A 198LA 1JTMA 1LYFA 210LA 5I14A 3CDVA 1QSQA 4W55A 1L44A 1KY1A 102LA 156LA 104LA 3FADA 4I7NA 1L28A 220LA 3L64A 3SB8A 1L66A 1LGWA 1P6YA 1C64A 4EKPA 2RB2X 3HT8A 1NHBA 2HULA 1DYBA 1C6JA 1L73A 3HT9A 2B72A 211LA 3DN8A 3GULA 1CUQA 7LZMA 1L64A 1QT3A 2B6ZA 4EKQA 4AQNA 1L38A 1OV5A 1C67A 158LA 195LA 4EPIA 2OTYX 2F47A 252LA 1L85A 1CU5A 2O79A 1C6FA 3F9LA 3HH4A 3HH3A 3SN6R 1L53A 1L37A 1P3NA 173LA 128LA 1CU0A 228LA 251LA 1C6PA 3RUNA 225LA 3C7YA 235LA 1L67A 147LA 2B70A 1L86A 246LA 2B75A 4GRVA 1D3JA 4LDOA 213LA 214LA 2RBSA 1P56A 1L46A 1LYDA 209LA 3DMZA 175LA 1QTBA 4S0WA 3C7WA 1L51A 224LA 189LA 4LDLA 1L41A 165LA 1L63A 254LA 1C68A 2OE4X 1L03A 3EMLA 4W51A 3DNAA 226LA 1LWKA 1L62A 1QT4A 180LA 1C6IA 1G0GA 1L29A 1QUGA 4ARPA 6LZMA 2HUKA 2O7AA 4DAJA 4W52A 227LA 191LA 1L69A 1L82A 4E97A 3C82A 188LA 3DN4A 3CDQA 1DYDA 205LA 1L15A 172LA 1L50A 243LA 4I7QA 3GUNA 143LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1PQJA 4ARJA 2LYMA 3GXRA 1GD6A 149LA 1JKCA 1HERA 2I26L 5KKIA 5LYTA 4DDCA 1SSWA 182LA 4B1AA 4K5YA 1LZ8A 1OUFA 2Q9EA 4IATA 4ANRA 5LIOA 3A3QA 2XBRA 1LW9A 1QTCA 1VFBC 3CDTA 3RU5A 2IHLA 1XGUC 216LA 3P65A 1KXYA 1QTVA 2YSSC 4GN5C 4DJHA 4G4CA 1T8GA 1P2RA 2BQFA 2ZQ3A 1JHLA 206LA 2HEDA 2PC2A 1LJHA 2OE9X 3HTBA 1OVKA 181LA 5I53A 4R0FA 1QT5A 138LA 4NHSA 4PK0A 3GUIA 1GE0A 1DI4A 1CX6A 4WL6A 193LA 1LSAA 245LA 2B73A 1KIQC 1KW7A 3OJPA 4H92A 1GB3A 3G3VA 4XENA 1OUAA 2I25L 3DN1A 4E3UA 2CUUA 3CT5A 131LA 1LKSA 168LA 4DKLA 1QIOA 1HNLA 1LYJA 244LA 1L56A 3WVXA 1L92A 1YROA 3DN0A 4W59A 1TLAA 4KPMA 186LA 1CTWA 2LYZA 4LYZA 3TMXA 1AZFA 3B0KA 1IOTA 1P36A 3AGHA 1BWIA 3B72A 144LA 1LJJA 7LYZA 5KKJA 3EBAB 1LJKA 1L06A 1QS5A 3EMSA 1GB8A 1QTDA 222LA 3DMXA 1UCOA 148LE 1CKFA 4I7PA 1C69A 1L99A 3UONA 4I8SA 3N9CA 1LSMA 4ET9A 1TBYA 2DQJY 1OVJA 1IC5Y 4ZPUA 1DQJC 3QAKA 1YQVY 2YBIA 3EXDA 3D9AC 2X0AA 1CV0A 1G1VA 1D2YA 1FN5A 3CT0A 5LYZA 3F6ZA 3LZTA 5IELA 1KIPC 4N1EI 1YILA 1OP9B 1GBZA 3NYAA 1L39A 1L94A 2QARC 1XEIA 4NSIA 2BQEA 4WM1A 1OYUA 217LA 4RLMA 1OVHA 1L02A 1WTNA 4BS7A 2ANVA 2BQLA 1IWZA 1VDSA 4WLTA 5A3ZA 1W6ZA 4NFVA 1T6HA 1JTNA 1CUPA 4YOPA 1IX0A 1L75A 215LA 1HFXA 1P46A 5I4YA 1F6SA 5LZMA 2LCBA 1JWRA 240LA 1L77A 2IGCA 4XJBA 1TAYA 4HTKA 126LA 4Z98A 1IY4A 1G7MC 3A6CY 2RH1A 4WG7A 1LGXA 1WVUA 2BQNA 3WW5A 2B6YA 1D9UA 1GF8A 2HEEA 1LSFA 5LAFA 5LVKA 1T3PA 118LA 1D6PA 1LSGA 4G4HA 1KXWA 4M4OA 1LHLA 1B5WA 119LA 1LZCA 1N4FA 139LA 1AM7A 1EQ5A 5D5FA 4I7SA 132LA 1XJUA 4GLVA 1L49A 1L01A 2F4AA 4NSJA 1GFKA 4UWUA 4YXCA 1IOCA 1GE3A 2W1MA 1RJCB 4CHXA 5IHGA 3TMWA 4TTDA 1NDGC 1C6NA 199LA 3AZ4A 2CDSA 107LA 4BAPA 1QS9A 2C8OA 4NHQA 1UUZC 1L71A 1H6MA 4ZFPA 4I7KA 1I6SA 1GFTA 129LA 247LA 108LA 1B2KA 166LA 1L87A 1L13A 5KXOA 218LA 3W6AA 2BAAA 4WL7A 1MLCE 1G0LA 1KNIA 1T97A 2CJLA 4UWNA 1GFRA 1LYYA 5FDJA 1L21A 4H9EA 4Z3MA 1KIRC 174LA 4NSHA 1UA6Y 3AB6A 4CFOA 1J1PY 2B5ZA 4Z46A 1LZ9A 4WG1A 3TXGA 1JTTL 1LGWA 1P6YA 4DD9A 4NGIA 2W1XA 4EKPA 1CJ8A 2DQCY 2RB2X 1TDYA 6LYZA 3B0OA 1GE4A 1DYBA 1L73A 3DN8A 3GULA 1OUEA 4EKQA 1EL1A 1FLWA 3W6CA 3WULA 158LA 5APDA 2HTXA 195LA 252LA 3GXKA 5HNCA 2O79A 4ETCA 3SN6R 1RCMA 1C6PA 3TXDA 5ILCA 1B7MA 3C7YA 2DQIY 4DD7A 2B70A 1L86A 1REMA 246LA 4HPEA 3WL2A 2RBSA 1P56A 1GPQC 1LYDA 209LA 3AZ6A 4S0WA 1QDRA 2MEDA 1L51A 3BKVA 4N8ZA 189LA 1QUSA 1LCNA 1L41A 165LA 1L63A 5F81A 2OE4X 3ZEKA 1CKDA 1LPIA 2EQLA 3DNAA 1EQEA 1LZNA 1HMLA 1NKHA 1IOSA 180LA 1CJ6A 1B5XA 1QUGA 1BB3A 227LA 1L69A 2D4KA 188LA 2BQCA 3DN4A 1FBIX 1DYDA 172LA 1IP1A 5FEKA 1IY3A 5APCA 2H5ZA 113LA 1L61A 2F30A 3WYHA 3RZ4A 1CKHA 1RFPA 238LA 1L0KA 5I4WA 1L84A 261LA 1ALCA 1GDXA 1IC7Y 5FHWA 3LYOA 1SX2A 3GUPA 1IP3A 1YKXX 190LA 1EPYA 1QDTA 1L36A 4W58A 2FYDA 2RBNA 2ANXA 1YAPA 4NWEA 151LA 5L3IA 4NGVA 4KT3A 3AZ7A 4I7JA 1QSWA 1L35A 3A34A 4DQ5A 3AW6A 1KW5A 1B6IA 1LZ1A 2FBDA 3A92A 2Z37A 1CJ9A 3SB5A 3PDSA 3A6BY 5KXNA 5LVHA 3LYMA 3JR6A 1F10A 162LA 5FELA 3MGWA 5DN4A 1LMQA 1P5CA 1L42A 258LA 4LT1A 1JEFA 1NQIA 1LHJA 176LA 3W6EA 152LA 1L04A 4YEOA 1QT6A 5B1GA 1L98A 4H9CA 3QY4A 4CJ2A 1L80A 103LA 1QSBA 2Q9DA 4I7RA 2HU1A 5C6IA 163LA 1GB6A 1LZDA 1L55A 1UICA 2B6XA 3HU8A 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1G7HC 1LTMA 4LFPA 1HF4A 1DYCA 4RLNA 1GFHA 4PJZA 1OUIA 1JIYA 1L26A 196LA 1GXXA 1LSDA 1JJ0A 4A7DA 1L23A 1LZ4A 4GCCA 3BKHA 5DL9A 3LZ2A 4HV1A 3RNXA 2NTHA 3G3WA 3WU8A 1GBXA 4NGOA 1B7QA 1IWVA 4Z41A 1L11A 1L43A 1LI3A 3LHMA 3TXKA 4N1CC 3RZEA 1JTPL 3HT6A 1LHKA 2EKSC 1L20A 4DT3A 1IWXA 4NGZA 2LZMA 3TXBA 1L90A 4PPOA 1LYFA 1V7SA 5I14A 1QSQA 1L44A 1GF0A 2WARA 2YBJA 4HJVA 3B0IA 5LVJA 1VATA 2A7DA 3L64A 3RW8A 1GWDA 3A67Y 6LYTA 1C64A 4WMGA 1V7TA 1C6JA 1HEOA 211LA 4LYOA 1VDQA 1E8LA 5LAGA 1SLYA 1LAAA 4XN6A 4OWEA 2B6ZA 2BQKA 4AQNA 3HFMY 1OV5A 3W3EA 5L9JA 3A90A 3RT5X 1LJ3A 1XFPL 1GXV2 1GEZA 4ET8A 1P3NA 173LA 228LA 1INUA 2HECA 4DYGA 147LA 4C3WA 2B75A 2XJWA 1D3JA 1SQ2L 213LA 4WO9A 3CT1A 214LA 1BHZA 1IWTA 2W1YA 2ZQ4A 175LA 1G7LC 1IIZA 1NBZC 224LA 5DM9A 1LJ4A 3W6DA 3A94A 4B4JA 4NGJA 4W51A 226LA 1OUCA 4H9BA 1BVKC 4TWSA 1G7JC 5F9UA 1QT4A 4DD0A 1L29A 1GFAA 4H90A 4ZIXA 4ARPA 1L82A 4E97A 1UIFA 205LA 1L15A 1C10A 4I7QA 1GE1A 4ARQB 1CV3A 1G7IC 4MR1A 1REZA 3SB7A 3HH6A 249LA 1DI3A 1JSEA 4I7LA 1JSFA 3VWOA 1L72A 2YVBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1PQJ A;  4ARJ A;  2LYM A;  3GXR A;  1GD6 A;  149L A;  1JKC A;  1HER A;  2I26 L;  5KKI A;  5LYT A;  4DDC A;  1SSW A;  182L A;  4B1A A;  4K5Y A;  1LZ8 A;  1OUF A;  2Q9E A;  4IAT A;  4ANR A;  5LIO A;  3A3Q A;  2XBR A;  1LW9 A;  1QTC A;  1VFB C;  3CDT A;  3RU5 A;  2IHL A;  1XGU C;  216L A;  3P65 A;  1KXY A;  1QTV A;  2YSS C;  4GN5 C;  4DJH A;  4G4C A;  1T8G A;  1P2R A;  2BQF A;  2ZQ3 A;  1JHL A;  206L A;  2HED A;  2PC2 A;  1LJH A;  2OE9 X;  3HTB A;  1OVK A;  181L A;  5I53 A;  4R0F A;  1QT5 A;  138L A;  4NHS A;  4PK0 A;  3GUI A;  1GE0 A;  1DI4 A;  1CX6 A;  4WL6 A;  193L A;  1LSA A;  245L A;  2B73 A;  1KIQ C;  1KW7 A;  3OJP A;  4H92 A;  1GB3 A;  3G3V A;  4XEN A;  1OUA A;  2I25 L;  3DN1 A;  4E3U A;  2CUU A;  3CT5 A;  131L A;  1LKS A;  168L A;  4DKL A;  1QIO A;  1HNL A;  1LYJ A;  244L A;  1L56 A;  3WVX A;  1L92 A;  1YRO A;  3DN0 A;  4W59 A;  1TLA A;  4KPM A;  186L A;  1CTW A;  2LYZ A;  4LYZ A;  3TMX A;  1AZF A;  3B0K A;  1IOT A;  1P36 A;  3AGH A;  1BWI A;  3B72 A;  144L A;  1LJJ A;  7LYZ A;  5KKJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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