2HUMA

Crystal structure of t4 lysozyme d72c synthetic dimer
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVCAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An approach to crystallizing proteins by synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-07-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2humA00
177LA 1PQKA 4W52A 2F47A 2LC9A 2OU8A 1KW7A 3C80A 4EKPA 1CX6A 3HU9A 1C67A 214LA 1L17A 3C82A 3FI5A 1QTHA 1L46A 1L69A 2F32A 182LA 1CVKA 217LA 2B72A 176LA 1CV0A 1L58A 1QT3A 3CDOA 212LA 139LA 148LE 3DMXA 1L75A 3G3WA 4YX7C 1ZYTA 2RBQA 1C6DA 1CU5A 3HH4A 1DYGA 3GUIA 252LA 172LA 1C69A 1L36A 3DMVA 4GRVA 1PQJA 4ARQB 1KS3A 1OVKA 1L56A 1P56A 1C6GA 1LYFA 1L15A 1SWZA 3HUKA 2Q9EA 3OE9A 4EKSA 2Q9DA 3C7ZA 3SBAA 1L66A 190LA 2RBSA 2B74A 3OE0A 1OWZA 226LA 1L85A 187LA 1SX2A 4I7NA 1G1WA 3HT8A 1L99A 2NTHA 1D3MA 250LA 1L67A 1L28A 1QUHA 1L91A 3K2RA 1OV5A 142LA 1CX7A 2CUUA 1QT5A 1C65A 198LA 3GUJA 1JQUA 1L79A 1P64A 186LA 1LYJA 1KY1A 1D2WA 1T8FA 114LA 146LA 3C8RA 4LDEA 1L06A 1L95A 1T8AA 1L47A 205LA 1L94A 1G0QA 1L71A 1DYEA 223LA 120LA 231LA 1C6BA 1L12A 236LA 149LA 3ODUA 3SBBC 6LZMA 1I6SA 1G06A 1L42A 2B6YA 1L41A 2OU0X 3L2XA 174LA 1L18A 1XJUA 4LZMA 4DAJA 1L90A 260LA 3HH5A 247LA 1C6QA 3HH6A 169LA 1CV6A 251LA 1L0KA 3C83A 2OTYX 167LA 3EMLA 3OE6A 1LGWA 2QARC 243LA 1C63A 1CU2A 1L65A 1L98A 4I7MA 2RB1X 4EXMA 4ZPUA 1KY0A 234LA 3RUNA 1L92A 2B6WA 199LA 2IGCA 3C7YA 2RBOA 3FA0A 1P2RA 143LA 1OWYA 225LA 2HUMA 1L76A 3HT9A 140LA 227LA 1L29A 241LA 4I7PA 1L84A 2Z6BA 3HU8A 2ANVA 1LGXA 1TLAA 1LGUA 1L13A 1L30A 2OEAX 3F9LA 2O79A 213LA 4ARLA 1L22A 4LDLA 152LA 107LA 1CV5A 1L72A 1QS9A 3C8QA 2O7AA 163LA 1CTWA 1L35A 218LA 3HDFA 104LA 1G0MA 1L00A 1QT8A 115LA 2LZMA 2B73A 150LA 1D9WA 4E97A 159LA 4ARPA 3DMZA 2NTGA 197LA 185LA 108LA 1P2LA 122LA 4I7TA 1DYAA 3HTFA 1OVHA 1L52A 2OTZX 155LA 1C6HA 1L62A 141LA 3DN4A 4W56A 1CV1A 244LA 1C62A 162LA 1C64A 3HT7A 3JR6A 1L26A 1QTDA 4ARJA 1L10A 157LA 126LA 1L38A 102LA 3GUPA 1L63A 183LA 1LLHA 1QT6A 2ANXA 238LA 1QUOA 1L07A 2HULA 3NY8A 1D2YA 3SN6R 1PQDA 165LA 1L05A 1P5CA 109LA 1L83A 5LZMA 4I7RA 224LA 2LCBA 2RBNA 1QT4A 1NHBA 1L27A 1L25A 4K5YA 237LA 253LA 3C7WA 3C81A 2OU9A 151LA 1P7SA 3SB5A 1L81A 1L86A 3OE8A 1QTCA 3HTGA 1C60A 184LA 3VW7A 4W57A 1LI2A 1CU6A 200LA 178LA 1L93A 1C6AA 2L78A 2RBPA 1C6JA 1LWKA 1L14A 147LA 168LA 4EJ4A 249LA 2RB0X 175LA 1D3JA 103LA 1L48A 4DKLA 1L50A 1LYHA 222LA 1C61A 1DYBA 1DYFA 3FADA 128LA 1L44A 4I7QA 3DNAA 1L80A 1QSQA 3SB7A 1L97A 191LA 129LA 110LA 1L61A 232LA 1L33A 111LA 1L21A 3C8SA 1JTMA 1P36A 1KW5A 1L55A 1L74A 240LA 256LA 1LYEA 4YXCA 4PJZA 206LA 254LA 4EPIA 171LA 3G3XA 1C6TA 3NY9A 261LA 1OV7A 1L51A 1WTHA 229LA 189LA 1L54A 221LA 156LA 158LA 1L60A 246LA 258LA 160LA 1L43A 1C6LA 2HUKA 3D4SA 3HTBA 4W55A 2RAYX 1OYUA 1L45A 2RBRA 1L03A 1L40A 3CDQA 2O4WA 188LA 259LA 1L23A 1QTVA 1CV4A 3DN2A 1L39A 4ARMA 1ZURA 1L70A 1QUGA 220LA 1L37A 144LA 4EKQA 3CDVA 4OO9A 2QB0B 1G1VA 127LA 1L31A 1LI3A 1P37A 233LA 1CUPA 1L49A 1KNIA 242LA 4YXAC 3HTDA 245LA 257LA 1L87A 3GUNA 3PDSA 1L09A 1LWGA 3HUAA 4S0WA 2RAZX 1C6CA 1SWYA 2A4TA 1QUDA 181LA 4W59A 3DN1A 1B6IA 1XEPA 2B6ZA 2F2QA 1DYCA 4I7SA 1L0JA 1ZWNA 166LA 3HT6A 5I14A 3DN3A 1LI6A 4GBRB 1G0JA 1L04A 3DN0A 2OE4X 1XJTA 2B7XA 216LA 3CDTA 1L73A 4DJHA 1EPYA 1PQOA 1C66A 1L53A 1C6PA 3L64A 4W53A 228LA 1L11A 1C6MA 3HDEA 4IAPA 3GUKA 3UONA 195LA 1C68A 1LYIA 1JTNA 4AQNA 3NYAA 4EKRA 1P3NA 1C6KA 4I7LA 137LA 3SB6A 1QTBA 1T6HA 7LZMA 112LA 131LA 196LA 219LA 3QAKA 3DKEX 1L64A 1T8GA 4ARMB 1G0KA 1L88A 210LA 3V2WA 138LA 1PQMA 1QT7A 145LA 3DN6A 1CU0A 1G0GA 3HWLA 1SSWA 1L96A 215LA 4EPFA 1G0LA 3SB9A 2B75A 3DN8A 1L08A 3G3VA 1L82A 1PQIA 173LA 1L01A 4I7OA 1G0PA 2OE9X 3GUOA 4LDOA 1L89A 119LA 2B6TA 2B70A 1QTZA 3GUMA 1L68A 1LPYA 262LA 3GULA 4PK0A 1C6EA 1P46A 1K28A 248LA 1L59A 3V2YA 123LA 1L02A 1C6NA 1L57A 1G07A 2RB2X 113LA 4ARQA 3F8VA 161LA 1L34A 4W58A 3RZEA 1QS5A 2RH1A 3CDRA 3LZMA 4I7KA 1C6IA 130LA 1C6FA 1P6YA 1SSYA 1LYGA 164LA 1D3FA 1SX7A 4W51A 1CV3A 170LA 180LA 3SB8A 1D3NA 1DYDA 3HH3A 1CU3A 2B6XA 230LA 1T97A 3PBLA 235LA 201LA 1LYDA 1L32A 1L16A 2OE7X 1L24A 255LA 125LA 1QSBA 1CUQA 1L19A 4W54A 118LA 192LA 239LA 4I7JA 3HUQA 1LW9A 1OVJA 211LA 209LA 1L77A 1L20A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
177LA 4CJ2A 3C80A 3WPJA 1C67A 4OWAA 1LHLA 1LZ1A 1L69A 1CKGA 1QDTA 217LA 176LA 1CV0A 1NMMA 1INUA 4H9FA 3DMXA 2RBQA 4ET9A 4XENA 1G7JC 1IP3A 1AKIA 1WQNA 1C69A 1IX0A 2HECA 2BLXA 1PQJA 1UIEA 4GCCA 1L56A 3A67Y 5DN5A 1P56A 1GBXA 1XFPL 2IFFY 1LYFA 3WUMA 2Q9EA 3OE9A 5HMJA 2F4GA 1L66A 3W6DA 190LA 1YKZX 2C8PA 4NEBA 3A91A 226LA 1L85A 187LA 4TSBA 1GHLA 3HT8A 1WQRA 1L28A 1L91A 3K2RA 1QT5A 2LHMA 3ZEKA 1XGQC 1LYJA 4H9EA 2A7FA 4MSTA 3B6LA 1C10A 1WQPA 3WPLA 1IWUA 1EQ5A 1OUGA 3N9EA 4WG1A 1LHHA 4N9RA 1GF9A 1OUHA 1BHZA 1C08C 4NWEA 1HNLA 4WM1A 4NGKA 149LA 3P65A 1HEQA 6LZMA 1G06A 1VDPA 1L18A 1XJUA 1GB6A 169LA 1CV6A 251LA 3TXHA 3C83A 1CJ7A 3EMLA 3WH1A 2BQIA 1L65A 3HBEX 2RB1X 2D91A 3RUNA 2IGCA 5DL9A 1JSEA 2RBOA 4M6DA 2Z39A 3OJPA 4YENA 2MECA 1IR9A 140LA 241LA 4NGVA 1LGXA 2W1MA 3A3QA 1TBYA 5F81A 4ARLA 152LA 107LA 1CV5A 1UIHA 5FHWA 4HV1A 1YANA 2O7AA 1CTWA 1G0MA 1L00A 1GE2A 4CHXA 2LZMA 2B73A 1PZYA 4YEMA 5IDDA 4NIJA 1P2LA 3HTFA 1HMLA 2OTZX 1LYSA 141LA 4BAPA 2I25L 3WUAA 4KT3A 5LYTA 3ATNA 3HT7A 2CGIA 5B1GA 1OQMA 2B5ZA 1GXV2 5L9JA 5LA5A 183LA 1LLHA 1LHMA 1QUOA 3RZ4A 1LHJA 109LA 1QIOA 1L83A 5LZMA 4I7RA 1LCNA 2LCBA 2RBNA 4R6CA 237LA 4DQ7A 151LA 1GB7A 4GCDA 4HV2A 1LSEA 1C60A 2LYOA 5EBHA 2FYDA 1GPQC 178LA 2RBPA 249LA 1NDMC 1L48A 3TMWA 1LYHA 1C61A 1RE2A 1DYBA 4H94A 4MR1A 3FADA 1DYFA 5LIOA 1QSQA 4ETEA 4WL6A 129LA 110LA 4J1BA 1CKCA 154LA 1L33A 1L21A 4NGJA 5LAGA 1LYEA 3A34A 3A90A 1WTMA 4YXCA 3NY9A 1OUEA 1IO5A 2DQHY 3J4GA 156LA 1QDRA 1QTEA 158LA 1LTMA 1XEIA 2RAYX 1HERA 1L03A 4NGZA 1QTVA 1ZURA 3IJUA 3GXKA 5KKJA 4G4HA 220LA 1GB0A 1J1OY 2BAAA 4OO9A 1JJ1A 1FKVA 5LYZA 3A94A 2YBIA 5C6JA 233LA 5B05A 4XJBA 4HTKA 3HTDA 245LA 5A3EA 5KXLA 1ALCA 1L87A 6LYZA 4UWNA 1UIGA 1YAQA 3RNXA 2ZQ3A 4LYZA 2RSCA 2F2QA 1DYCA 4DD2A 2YBMA 166LA 5LVJA 1IWTA 1G0JA 2YDGA 2Y8PA 4RLNA 1XJTA 1JKBA 5T3FA 1P2CC 2BQJA 1I56A 1IY3A 4W53A 4LGKA 1G7LC 1YQVY 4Z3MA 1C6MA 3IJVA 1C7PA 3UONA 1LYIA 5LVGA 1DPXA 1IOQA 4WM2A 4DWXA 4CGEA 4H93A 131LA 196LA 1UIDA 1XEJA 1D9UA 4NY5A 1REYA 3WVXA 1L88A 210LA 1NHEA 3W6EA 145LA 1JUGA 3HWLA 4RDSA 1SSWA 215LA 5L3HA 1W6ZA 1FLYA 4EPFA 3WXUA 5DLAA 1NBZC 2F4AA 1Z55A 3ATOA 3TXIA 4XADA 5IELA 5LYMA 1L01A 4TX7A 1GXXA 4NGWA 2B6TA 1QTZA 3TXFA 3GUMA 4EMNA 1L59A 3V2YA 123LA 1D0MA 1NQIA 1GFHA 3F8VA 4GCFA 2EQLA 2HEDA 1YAMA 1LJ4A 2DQFC 2RH1A 5II3A 1LMPA 1DKKA 2BQHA 5I53A 1LYGA 2I26L 180LA 4N1CC 4N0JA 3SB8A 4WLXA 1OUIA 5LA8A 1UCOA 1AT6A 1HMKA 4NGLA 3AZ6A 1T97A 1B7OA 1L16A 3AYQA 4G49A 1B5VA 1GFRA 3ULRA 4W54A 118LA 2I6ZA 4NHPA 2XQOA 1GBWA 5F9XA 1WQMA 5ILFA 1OVJA 1L26A 1JTTL 4EOFA 4W52A 2ZNWY 5APEA 4EKPA 4GLVA 2CWIA 1B0DA 1B5YA 1QTHA 1IP6A 1GFGA 1LYZA 2B72A 4HSFA 1QT3A 3WU8A 1KXWA 1LJIA 5K7OA 1L75A 5I4WA 4DDBA 1LJNA 1C6DA 1CU5A 4XN6A 1BB7A 3DMVA 3QY4A 2CDSA 1OVKA 1C6GA 1JTOL 1UUZC 4QEQA 1BB5A 2YBJA 3RU5A 1JKDA 135LA 3WVYA 2X0AA 3LYTA 1HENA 1GD6A 1L99A 1FLQA 4H8ZA 1L67A 1JITA 2MEHA 1UACY 1BVXA 3GUJA 1I1ZA 1JJ3A 2BQKA 1KIPC 1KY1A 5I4YA 2C8OA 1T8FA 5ILCA 146LA 4LDEA 1JSFA 1L47A 1GB5A 1KXYA 4GLAA 1C46A 1DYEA 223LA 5APDA 4WG7A 153LA 236LA 1QUSA 4DD3A 2B6YA 1L42A 3T6UA 2OU0X 4FDYA 4LZMA 1L90A 260LA 1HF4A 4NG8A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 177L A;  4CJ2 A;  3C80 A;  3WPJ A;  1C67 A;  4OWA A;  1LHL A;  1LZ1 A;  1L69 A;  1CKG A;  1QDT A;  217L A;  176L A;  1CV0 A;  1NMM A;  1INU A;  4H9F A;  3DMX A;  2RBQ A;  4ET9 A;  4XEN A;  1G7J C;  1IP3 A;  1AKI A;  1WQN A;  1C69 A;  1IX0 A;  2HEC A;  2BLX A;  1PQJ A;  1UIE A;  4GCC A;  1L56 A;  3A67 Y;  5DN5 A;  1P56 A;  1GBX A;  1XFP L;  2IFF Y;  1LYF A;  3WUM A;  2Q9E A;  3OE9 A;  5HMJ A;  2F4G A;  1L66 A;  3W6D A;  190L A;  1YKZ X;  2C8P A;  4NEB A;  3A91 A;  226L A;  1L85 A;  187L A;  4TSB A;  1GHL A;  3HT8 A;  1WQR A;  1L28 A;  1L91 A;  3K2R A;  1QT5 A;  2LHM A;  3ZEK A;  1XGQ C;  1LYJ A;  4H9E A;  2A7F A;  4MST A;  3B6L A;  1C10 A;  1WQP A;  3WPL A;  1IWU A;  1EQ5 A;  1OUG A;  3N9E A;  4WG1 A;  1LHH A;  4N9R A;  1GF9 A;  1OUH A;  1BHZ A;  1C08 C;  4NWE A;  1HNL A;  4WM1 A;  4NGK A;  149L A;  3P65 A;  1HEQ A;  6LZM A;  1G06 A;  1VDP A;  1L18 A;  1XJU A;  1GB6 A;  169L A;  1CV6 A;  251L A;  3TXH A;  3C83 A;  1CJ7 A;  3EML A;  3WH1 A;  2BQI A;  1L65 A;  3HBE X;  2RB1 X;  2D91 A;  3RUN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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