2I25L

Crystal structure analysis of the nurse shark new antigen receptor pbla8 variable domain in complex with lysozyme
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Maturation of Shark Single-domain (IgNAR) Antibodies: Evidence for Induced-fit Binding
pubmed doi rcsb
molecule keywords New Antigen Receptor PBLA8
molecule tags Immune system
source organism Ginglymostoma cirratum
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence M
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-08-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2i25L00
3AW6A 4NG8A 1REYA 1YAMA 1JIYA 1NQIA 1JWRA 2B5ZA 2BQAA 3P65A 4ZEEA 3A95A 4HPIA 1C08C 4CJ2A 4KL7A 1NDGC 1CKDA 1HFZA 1RE2A 3ATOA 1B7QA 3ZVQA 5LYTA 2BQHA 3P68A 1W6ZA 1WQRA 3B0OA 1NHEA 1QQYA 5KXLA 1UIHA 3B0IA 3TXEA 1LJEA 1RCMA 1LSNA 4G49A 3ULRA 4WM5A 1GFGA 2Q0MX 1JKDA 1GDXA 4LT0A 1TCYA 4MR1A 3RW8A 3A93A 2DQIY 2D91A 2F4AA 2XBSA 2HTXA 3F6ZA 1LHHA 1IOTA 4TSBA 4ETCA 3WMKA 4GCDA 1LTMA 2YBLA 1YKYX 5LYMA 1LMCA 1LSAA 2N5ZA 1VDQA 1D6PA 1D6QA 3A6CY 3WUMA 4GCBA 4P2EA 4GLVA 4YF2A 4N1EI 1FDLY 2BQKA 1IC7Y 1LZGA 3WYHA 3TXFA 2DQCY 1B7LA 1HEPA 1LJHA 2BQCA 2YBNA 1GBYA 2LYOA 4ET9A 4H9FA 2Z12A 4ETBA 5F14A 1GB0A 4YEMA 2ZNXY 3A3RX 4Z46A 4H93A 4H9CA 1DI5A 4G9SA 2BAAA 4FDYA 2IHLA 1PS5A 1YANA 5AMYA 1GE3A 5E9RA 1DXJA 2FBDA 1GE4A 1GFHA 2BQBA 2I25L 2CJLA 1IC4Y 1NDMC 4DC4A 2MEIA 1IVMA 5HMJA 1NKHA 2NWDX 1QDRA 4N5RA 3TXHA 4RLMA 1OUEA 3RU5A 1BB7A 1GFRA 1YAOA 1GF8A 1WQPA 4HTKA 4B4EA 2Z37A 4WO6A 1B2KA 1YL1X 1LJFA 5HQ1A 1B5VA 1MLCE 1OUGA 4XJIA 3LYTA 1HELA 2BLXA 2EPEA 4YM8A 4HJVA 153LA 5APFA 1GB8A 2F30A 1XGUC 3WW6A 4MCKA 4QDNA 3EBAB 208LA 1C45A 1H6MA 1UIGA 2ZWBA 1UIDA 4G4CA 1JJ0A 2BQGA 3TXDA 4M4OA 4HV1A 1HEWA 2RSCA 1I1ZA 4KPMA 1IP2A 2CGIA 1IR7A 1INUA 3OJPA 2BQFA 1Z55A 4NSHA 5KXSA 1RJCB 4AGAA 1XGRC 1VEDA 1LZBA 4H92A 4RW1A 4I0CA 4QY9A 1GEVA 2Z2FA 1NBZC 3AW7A 4WO9A 4CFPA 4X3BA 5LA5A 4H8XA 2Z39A 3A91A 3W6CA 1GFJA 1LSMA 1UC0A 1LZ8A 2EQLA 3EMSA 4NIJA 1LJNA 1LHLA 1LSEA 4BADA 1XEKA 2MEDA 4HSFA 4HPEA 1B7OA 1BVKC 2CWIA 2BQIA 2HUBA 4HP0A 1REXA 4KT3A 1UCOA 3N9CA 1GBOA 4LYZA 4LFXA 5I4XA 1IWUA 2YBMA 1KIQC 3CT1A 3HFMY 1MELL 4OOOA 1F0WA 1IR9A 4H1PA 2BQLA 3LYMA 4NFVA 4Z98A 5JENB 4DD2A 1WTNA 1XGQC 2HEAA 3FE0A 1YAPA 2A7DA 4BS7A 1F6SA 1IO5A 2HECA 1GB3A 1BWJA 1LMNA 2PC2A 3B72A 3K3TA 3IJUA 4GLAA 4H91A 5A3ZA 1LHJA 1XGTC 5I4WA 1GEZA 1GAYA 4NGZA 4GN3A 1JKCA 2DQFC 1QDTA 3A6BY 4NGKA 207LA 2ZILA 3W6AA 5DN4A 4WM3A 4PPOA 1FLWA 4IJ4A 4IASA 1GWDA 1BHZA 2D4JA 3LYOA 4RDSA 1P2CC 5F9UA 4CGEA 1LJ4A 1YL0X 1GB2A 4EMNA 4NY5A 3WXUA 1GAZA 1LSCA 1IORA 2XBRA 1LZ5A 2XJWA 3AB6A 3G3AB 3CSRA 4HV2A 1TAYA 1DPXA 1TDYA 2HEBA 1GPQC 3HBHA 1AKIA 3WU9A 4O34A 4CHXA 2D4KA 1YROA 5DN5A 1CNSA 1FKVA 2Z18A 2BQEA 5C6IA 3W3EA 3P64A 2Z38A 3TXIA 5D5CA 4YOPA 1JJ3A 2MEHA 5APCA 2ZQ4A 1GHLA 2ZYCA 4B1AA 1KXWA 2YVBA 1H87A 4WG7A 1HHLA 3TXKA 1C10A 2VB1A 1ZVYB 1A2YC 1GF3A 4LYCA 4NSGA 3A3QA 5FSTA 4NGWA 1JPOA 4H9BA 2FBBA 3D9AC 2ZNWY 1HNLA 4NHTA 3WUAA 4XN6A 3RNXA 4NEBA 1JEFA 1ALCA 1GF9A 4N0JA 4OWHA 4WG1A 5DM9A 1LAAA 3A34A 1QIOA 5DLAA 1BVXA 4BAPA 3LZTA 3RT5X 2HU3A 1QUSA 3LHMA 4G4BA 1B5WA 3A94A 1CKFA 4IATA 2YBJA 1LSGA 5KXZA 1OUHA 1LYOA 1UIAA 4WLYA 4NSJA 4LT3A 1GF4A 4NSIA 3TXBA 1IWTA 1LZAA 1F6RA 4W96A 1KIRC 134LA 1SQ2L 4TSCA 1IOQA 5C6JA 5KKIA 3AJNA 5IHGA 3W6FA 4ETDA 4RLNA 1CJ7A 5KXXA 4AXTA 5KXKA 3WW5A 3N9EA 1LJGA 1JSEA 4W94A 4GN5C 3T36A 2CDSA 3D3DA 3J6KA 1G7IC 4TUNA 4H9AA 1B9OA 4NWHA 1WQQA 1YKZX 1UIEA 2FYDA 4OWBA 5KXNA 1HEQA 2H9JA 2ZQ3A 5LVIA 1CJ8A 4XJDA 5EBHA 4NGVA 4ET8A 5I54A 3OK0A 1B7MA 5KJ9A 3A67Y 1HC0A 1NWGA 3B0KA 1JITA 2ZIKA 1N4FA 1IP1A 2GV0A 2Y8PA 1C7PA 4DD3A 4EOFA 1G7MC 2A7FA 5IELA 2W1MA 5L9JA 1GF7A 2BQOA 4ETEA 1IOSA 1LSPA 5I53A 1GB9A 3J4GA 1JTTL 4H90A 3N9AA 3E3DA 4DD9A 4FJRA 1B5UA 1G7LC 1LJKA 1CJ9A 3CSZA 2YDGA 3AGHA 3B6LA 5IDDA 4H8YA 5DL9A 1IP3A 1NMMA 2G4NA 5I5QA 1LZYA 1CKHA 2BQDA 1B7RA 2C8OA 3KAMA 4NHPA 5A3EA 1ZMYL 1CJ6A 5F16A 4DD0A 4N1CC 2MEFA 3CSQA 2MECA 4PHIA 3CQLA 1GB5A 3BKHA 1IWXA 1KXXA 1YAQA 2X0AA 1LZ6A 2AUBA 4RW2A 1G7HC 3A92A 3AZ6A 1O23A 1LHIA 1IP5A 1LZEA 1TBYA 5LVJA 4LZTA 4C3WA 4DD1A 4B49A 2G4PA 4OOTA 2HEEA 1LMQA 4NGOA 2FYCA 4WLDA 1XSFA 1YQVY 5KXYA 5J7CA 4OWEA 1I56A 1DZBX 3TXGA 1HMKA 4NGJA 1LOZA 1IC5Y 1LMAA 5KXOA 4LYTA 4II8A 1GBZA 3WUNA 4YEOA 1OUDA 2F2NA 4LT2A 3WULA 1UICA 1WVUA 1LSZA 1IP6A 5ILFA 1LZ4A 2LYZA 1D0KA 1HSXA 3MGWA 1AT5A 2DQAA 4UWVA 1YKXX 5LVHA 2BQMA 1WVVA 1LZTA 3AZ7A 5LVGA 4H9HA 1HFXA 1BB6A 1T3PA 4XJHA 5F9XA 1LZ1A 3AGIA 5L3IA 1IIZA 1HEOA 2D4IA 4XJBA 1EL1A 1CKGA 1GE2A 1C46A 1YILA 1LJIA 1AT6A 4LYOA 1IWVA 1LPIA 4J1BA 1GDWA 2H5ZA 2EIZC 5I4YA 1E8LA 1HFYA 1JUGA 1KXYA 1OUJA 4WM6A 1GBWA 5D5FA 3HBDA 5B05A 6LYZA 1QUTA 4NGIA 1HEMA 5KXRA 3RZ4A 4OWAA 4PGJB 3FI7A 1KIPC 3WPLA 1WTMA 4M6DA 4L41A 1B7SA 1B7NA 1IWYA 1EQ5A 2BQJA 5B59A 1J1PY 3LYZA 5KKJA 1UBZA 1LZDA 1VATA 4LYBA 3IJVA 2MEGA 1LMPA 5ILCA 3CB7A 4Z3MA 1V7SA 4H9EA 5FEKA 2W1LA 1QTKA 2YBIA 4GCEA 4LYMA 3QE8A 4B4JA 4HJZA 5FELA 2LZTA 3T6UA 5KXMA 1FBIX 1J1XY 4N8ZA 1NBYC 4XJGA 1JTOL 1UIBA 4J0LA 3TMWA 1GE0A 1LMOA 3P4ZA 4GCFA 5LINA 3IWRA 3HBEX 1BWHA 5LXWA 5FDJA 3WPJA 1FN5A 1GFEA 5II3A 1JKAA 1GFKA 1DKJA 4GN4A 5HMVA 1QSAA 2MEAA 1JJ1A 1A4VA 1PZYA 1ZV5L 2HEDA 4NHQA 3QNGA 3CT0A 1IEEA 2BPUA 3AZ5A 2DQGY 1DQJC 1FLQA 193LA 3LN2A 1GB7A 1LZ9A 2LHMA 2W1YA 3WL2A 3ZVQB 4DT3A 1LSFA 1UIFA 3BKVA 4DWXA 1JSFA 1LMTA 2DKVA 5KXPA 1OQMA 5HNCA 1LKRA 5L3HA 4C5FA 2ZYPA 3QY4A 4D9ZA 4WM1A 1HMLA 4TTDA 4DDAA 4N9RA 154LA 133LA 1LSYA 1BB5A 1IX0A 1WQMA 4UWNA 4WLXA 3SP3A 1D0MA 4H94A 1YIKA 1OUBA 3WPKA 5B07A 1LYZA 4WLTA 2G4QA 1RI8B 1GF5A 1LHMA 2HU1A 4XYYA 1VDPA 4GCCA 4UWUA 5FCPA 1FLUA 1AM7A 5KY1A 4CFOA 5APDA 3WU7A 4B4IA 3G3BB 2LZ2A 2C8PA 4YENA 194LA 5LAFA 4DDBA 1AZFA 1FLYA 3A96A 8LYZA 4OW1A 4QEQA 4KXIA 1NF5A 1B0DA 3M18B 4ML7A 1JHLA 4XJFA 1WQNA 4TX7A 1HERA 1BWIA 1HENA 4NWEA 1LZRA 2DQDY 9LYZA 1HSWA 4R6CA 1QSWA 1REMA 4PRUA 1B5YA 4NHSA 5LVKA 2ZIJA 1LZNA 5B06A 2DQJY 1BB3A 4ETAA 1BGIA 4J7VA 3LZ2A 1VDTA 3WVYA 1GFTA 1B5XA 3W6DA 1LSDA 2MEBA 1LHKA 4I8SA 2F4GA 3AGGG 3TMVA 1OUIA 1B7PA 1V7TA 1CKCA 1IP7A 1I20A 1REZA 1VFBC 4NGYA 2LYMA 1EQ4A 4PRQA 1GFVA 1RFPA 3WXTA 2XTHA 1C43A 1DI3A 1GD6A 1SLYA 1W08A 5T3FA 3WU8A 7LYZA 4DYGA 1LSBA 4E3UA 3ZEKA 2D6BA 5LYZA 1DKKA 3TXJA 1F10A 2HEFA 5APEA 2MEEA 1D9UA 4OWCA 3W6EA 1IY4A 1DI4A 3EO5A 5E4PA 5K7OA 1VDSA 1LJ3A 1G7JC 2DQHY 3P66A 1LKSA 2YBHA 1WQOA 3GXRA 3EXDA 3WH1A 2WARA 4LFPA 3WVXA 2DBTA 5LA8A 1OUCA 1JTPL 1IWZA 4WOAA 1LYYA 5LIOA 1XGPC 1GBSA 4HTQA 4G4HA 1BB4A 1GBXA 1IR8A 135LA 1GFAA 4MSTA 1LZSA 3AZ4A 4TWSA 4DD7A 132LA 2IFFY 5C6LA 5KXWA 1VAUA 5F81A 1IY3A 1GXXA 4LGKA 4WL7A 5LAGA 2H9KA 4BAFA 1GF6A 1T6VL 3A90A 4R0FA 4B0DA 4WM2A 1DPWA 3W6BA 5B1GA 1J1OY 4H9IA 4HJYA 4ANRA 5KXTA 4WL6A 1XEIA 4XADA 4ZFPA 4LT1A 4NHIA 2EKSC 5B1FA 1FKQA 1ZVHL 4PJ2C 4Z41A 4ZIXA 1HF4A 1B5ZA 1GB6A 4WM4A 1IOCA 1IP4A 1QTEA 1TEWA 4U3XB 1D0LA 3M3UA 1XFPL 3A8ZA 4J1AA 4NGLA 6LYTA 1LZCA 1BQLY 3GXKA 3VWOA 1JISA 1OUFA 3TMUA 3ATNA 1UACY 2DQEY 4A7DA 3CT5A 2I6ZA 1EQEA 1LYSA 2I26L 2W1XA 4XENA 1XEJA 4NG1A 5M1YA 2BQNA 1GF0A 1GXV2 1LJJA 2BLYA 1JKBA 3TMXA 5HNLA 1GE1A 3AYQA 4WMGA 1GFUA 1OP9B 5HLLA 1LCNA 4H8ZA 2Z19A 2YSSC 4HTNA 4QGZA 4DDCA 5FHWA 1OUAA 1UA6Y 2Z2EA 1UUZC 1IWWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AW6A 4NG8A 1REYA 1NQIA 4CJ2A 3PDSA 1CKDA 3P68A 1W6ZA 2B75A 1LJEA 119LA 4G49A 3DN8A 177LA 1GFGA 1TCYA 2D91A 2F4AA 1LTMA 2YBLA 1YKYX 1VDQA 1D6QA 3A6CY 1L89A 4GCBA 4GLVA 4N1EI 4I7QA 1IC7Y 1QTHA 2BQCA 1L34A 2YBNA 4ET9A 2Z12A 4ETBA 4ARPA 4YEMA 3A3RX 4Z46A 4H93A 2L78A 4H9CA 1WTHA 2IHLA 3FADA 1L84A 1GE3A 2FBDA 1NDMC 4DC4A 3OE6A 141LA 4RLMA 3RU5A 1BB7A 4B4EA 5HQ1A 1MLCE 5APFA 4MCKA 3C82A 181LA 1L19A 1UIGA 1UIDA 1JJ0A 120LA 1CV1A 247LA 1IP2A 1INUA 1VEDA 1LZBA 4H92A 4I0CA 1GEVA 2Z2FA 3AW7A 183LA 2Z39A 3EMSA 1LJNA 1LHLA 1LSEA 1XEKA 155LA 4HSFA 1L94A 4KT3A 3GULA 1UCOA 1GBOA 165LA 1F0WA 4H1PA 3LYMA 4DD2A 192LA 2PC2A 2OU0X 1QDTA 207LA 2ZILA 5DN4A 4WM3A 242LA 4IJ4A 252LA 2D4JA 3CDOA 195LA 3WXUA 1LZ5A 4HV2A 3WU9A 2RBSA 1YROA 5DN5A 5C6IA 1KW7A 3P64A 5APCA 4I7NA 1A2YC 3C7YA 3HTGA 1JPOA 4H9BA 2FBBA 2RBNA 1D2WA 2ZNWY 1HNLA 4N0JA 3A34A 4LZMA 1DYBA 1T8AA 2HU3A 4G4BA 3A94A 1CKFA 4IATA 3HWLA 1UIAA 4NSIA 3TXBA 1C6KA 1KIRC 4TSCA 1IOQA 5KKIA 126LA 3AJNA 5IHGA 1CJ7A 245LA 5KXKA 1L61A 1L50A 1L15A 3OE0A 1YKZX 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3AW6 A;  4NG8 A;  1REY A;  1YAM A;  1JIY A;  1NQI A;  1JWR A;  2B5Z A;  2BQA A;  3P65 A;  4ZEE A;  3A95 A;  4HPI A;  1C08 C;  4CJ2 A;  4KL7 A;  1NDG C;  1CKD A;  1HFZ A;  1RE2 A;  3ATO A;  1B7Q A;  3ZVQ A;  5LYT A;  2BQH A;  3P68 A;  1W6Z A;  1WQR A;  3B0O A;  1NHE A;  1QQY A;  5KXL A;  1UIH A;  3B0I A;  3TXE A;  1LJE A;  1RCM A;  1LSN A;  4G49 A;  3ULR A;  4WM5 A;  1GFG A;  2Q0M X;  1JKD A;  1GDX A;  4LT0 A;  1TCY A;  4MR1 A;  3RW8 A;  3A93 A;  2DQI Y;  2D91 A;  2F4A A;  2XBS A;  2HTX A;  3F6Z A;  1LHH A;  1IOT A;  4TSB A;  4ETC A;  3WMK A;  4GCD A;  1LTM A;  2YBL A;  1YKY X;  5LYM A;  1LMC A;  1LSA A;  2N5Z A;  1VDQ A;  1D6P A;  1D6Q A;  3A6C Y;  3WUM A;  4GCB A;  4P2E A;  4GLV A;  4YF2 A;  4N1E I;  1FDL Y;  2BQK A;  1IC7 Y;  1LZG A;  3WYH A;  3TXF A;  2DQC Y;  1B7L A;  1HEP A;  1LJH A;  2BQC A;  2YBN A;  1GBY A;  2LYO A;  4ET9 A;  4H9F A;  2Z12 A;  4ETB A;  5F14 A;  1GB0 A;  4YEM A;  2ZNX Y;  3A3R X;  4Z46 A;  4H93 A;  4H9C A;  1DI5 A;  4G9S A;  2BAA A;  4FDY A;  2IHL A;  1PS5 A;  1YAN A; 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 1D9U A;  4OWC A;  3W6E A;  1IY4 A;  1DI4 A;  3EO5 A;  5E4P A;  5K7O A;  1VDS A;  1LJ3 A;  1G7J C;  2DQH Y;  3P66 A;  1LKS A;  2YBH A;  1WQO A;  3GXR A;  3EXD A;  3WH1 A;  2WAR A;  4LFP A;  3WVX A;  2DBT A;  5LA8 A;  1OUC A;  1JTP L;  1IWZ A;  4WOA A;  1LYY A;  5LIO A;  1XGP C;  1GBS A;  4HTQ A;  4G4H A;  1BB4 A;  1GBX A;  1IR8 A;  135L A;  1GFA A;  4MST A;  1LZS A;  3AZ4 A;  4TWS A;  4DD7 A;  132L A;  2IFF Y;  5C6L A;  5KXW A;  1VAU A;  5F81 A;  1IY3 A;  1GXX A;  4LGK A;  4WL7 A;  5LAG A;  2H9K A;  4BAF A;  1GF6 A;  1T6V L;  3A90 A;  4R0F A;  4B0D A;  4WM2 A;  1DPW A;  3W6B A;  5B1G A;  1J1O Y;  4H9I A;  4HJY A;  4ANR A;  5KXT A;  4WL6 A;  1XEI A;  4XAD A;  4ZFP A;  4LT1 A;  4NHI A;  2EKS C;  5B1F A;  1FKQ A;  1ZVH L;  4PJ2 C;  4Z41 A;  4ZIX A;  1HF4 A;  1B5Z A;  1GB6 A;  4WM4 A;  1IOC A;  1IP4 A;  1QTE A;  1TEW A;  4U3X B;  1D0L A;  3M3U A;  1XFP L;  3A8Z A;  4J1A A;  4NGL A;  6LYT A;  1LZC A;  1BQL Y;  3GXK A;  3VWO A;  1JIS A;  1OUF A;  3TMU A;  3ATN A;  1UAC Y;  2DQE Y;  4A7D A;  3CT5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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