2I25L

Crystal structure analysis of the nurse shark new antigen receptor pbla8 variable domain in complex with lysozyme
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Immune system
source organism Ginglymostoma cirratum
publication title Maturation of Shark Single-domain (IgNAR) Antibodies: Evidence for Induced-fit Binding
pubmed doi rcsb
molecule keywords New Antigen Receptor PBLA8
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence M
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-08-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2i25L00
1YL0X 1JJ0A 1NBYC 2EKSC 2C8OA 2HEAA 1BB4A 2BPUA 2LYZA 1BWHA 4N1EI 4LYZA 2HTXA 1WQOA 2Z2EA 1IP1A 1KXXA 3J6KA 1GB9A 1YAOA 1HMLA 4DD1A 1JKBA 1JTPL 4NFVA 1LZSA 4TUNA 1CKFA 1GAZA 1HSXA 2MEHA 4N1CC 5FELA 1JJ3A 5ILCA 2MEBA 3CSQA 3TXGA 4LYOA 4ANRA 3TXFA 4HV1A 3CT0A 5KXTA 3A91A 5J7CA 4LT2A 3WW5A 1UIDA 4E3UA 5KXRA 1GHLA 4ETCA 1LSAA 2D91A 2BQMA 1GF7A 3WXTA 5I4WA 1OUDA 4B4IA 5KXWA 1WQPA 1J1PY 1JTTL 207LA 3RZ4A 5F81A 1LSEA 3QNGA 1NWGA 4LYMA 1LSYA 1AT5A 4RLNA 4G4CA 2CDSA 5T3FA 1LJKA 3P4ZA 4O34A 4WMGA 1GF3A 1REXA 4XJIA 1YROA 4XJFA 3CT1A 3A6BY 5FEKA 1GEZA 4H9EA 2Q0MX 1QDRA 2HUBA 2BQKA 2YDGA 4BS7A 5I53A 4TTDA 3ATOA 4G4BA 1DKJA 1UIHA 1IP5A 1B7OA 4H9IA 1W08A 2ZIKA 3AZ4A 3OJPA 1F10A 2BQNA 1IOCA 5APCA 2ZYPA 4MR1A 2YSSC 4TSCA 1YL1X 4ETBA 4GCFA 4TWSA 3A92A 3T6UA 1GFRA 3A67Y 3K3TA 3ZVQA 1IIZA 2CGIA 5DL9A 5F9XA 5LVIA 5LYTA 1YAMA 4IJ4A 1LOZA 5E9RA 1GF9A 1KXYA 4LT3A 4YENA 4G4HA 4HPIA 5DM9A 1LMAA 5EBHA 5LA8A 5KXLA 2YBJA 1LHJA 4LGKA 1XGRC 2W1XA 1LMPA 1ZMYL 1YKXX 2HU3A 4LFPA 4WM5A 1GF8A 4P2EA 5B59A 132LA 4WLDA 4ML7A 5FHWA 3A90A 4R0FA 2CJLA 3N9AA 4UWUA 4OW1A 2DQAA 1IC7Y 1WTMA 4KL7A 4A7DA 5LINA 4NGKA 1DXJA 1LPIA 3AJNA 2YBHA 4DYGA 4ETDA 1NDGC 1DQJC 4N8ZA 1JPOA 4RLMA 3A6CY 3AW6A 5I4YA 4N5RA 1LHIA 1TBYA 1KIQC 4PPOA 194LA 4DT3A 3BKVA 3CSZA 5LA5A 1HENA 5I5QA 1DKKA 1GFVA 1JJ1A 2DQHY 1G7IC 1LMCA 2Y8PA 3FE0A 1I56A 5B07A 4M6DA 4DDAA 5AMYA 2MECA 1OUCA 3A34A 3G3BB 4J7VA 4XN6A 1HERA 5KXZA 4GN5C 1DI3A 1LZ8A 2H5ZA 4B4EA 3OK0A 1WVVA 4NG1A 5HMJA 1LZ1A 3TMUA 1W6ZA 4ZFPA 1BB7A 4II8A 4OWBA 3RU5A 1B7PA 1HC0A 4GCDA 2ZIJA 2LZ2A 1JISA 1GE1A 1GE0A 1LZ6A 8LYZA 1EQ4A 3GXKA 3HBEX 2Z2FA 2F2NA 1NDMC 3LN2A 5KXXA 3EMSA 1GWDA 3LZ2A 1BVXA 2A7FA 1ZV5L 1GFAA 1LJNA 1UIAA 2IFFY 4HPEA 1GPQC 3VWOA 5KXMA 1D6PA 5B1FA 5LXWA 3LHMA 1IWXA 3W6AA 4NGOA 2BQAA 4C3WA 1QUSA 1BWIA 1IWUA 4YEMA 1NF5A 5LVGA 1DI4A 2EPEA 5C6LA 1LYOA 4NSJA 4ZEEA 1IOTA 3A8ZA 1B5ZA 1NBZC 3WU7A 4DD9A 1BVKC 1B9OA 1QDTA 3EXDA 1LMNA 3WU9A 1C43A 1INUA 1QTEA 1UBZA 1BB5A 1LJ3A 1VATA 2W1YA 4GCCA 4Z41A 133LA 1GFEA 4OWEA 1MLCE 1HSWA 1BB6A 3LYZA 5KXSA 2FBDA 1IWWA 4H91A 2BQJA 4DD7A 1VDSA 1XSFA 3AB6A 4WM6A 1GBWA 4X3BA 4WM2A 1LJFA 4U3XB 1YIKA 1BHZA 1HEWA 3P64A 4LYCA 1VDQA 1G7MC 1GF4A 5APFA 5A3ZA 4J1BA 1CKCA 1SQ2L 2A7DA 1REMA 134LA 2D4JA 1XEKA 1GXV2 5E4PA 1YKYX 1JEFA 2G4NA 3ZVQB 1HELA 1AZFA 1GB3A 4GN4A 4H9CA 4H8YA 2BQHA 1XGTC 3M18B 1B5YA 2BQBA 2FYCA 1YQVY 1ZVYB 1KIPC 2DQCY 1LZCA 1YANA 1UC0A 4OOTA 4B1AA 5M1YA 1QUTA 2DQEY 4H9HA 4WO9A 1FLYA 1G7LC 2ZILA 5APDA 3QY4A 4CGEA 5I54A 3AZ7A 5L3HA 2I25L 5D5CA 3EBAB 1J1OY 4H1PA 5KY1A 1WQRA 1VFBC 1OUEA 4H9BA 4RW1A 1IP6A 5IELA 1XFPL 5DN5A 1LSFA 1IWZA 1LYZA 1JIYA 1RI8B 4H94A 5ILFA 1GAYA 2Z37A 1LMTA 1JHLA 1GE4A 3J4GA 3P68A 1C45A 2BQFA 2LHMA 2BAAA 4WLXA 193LA 2FYDA 1EQ5A 1P2CC 1PS5A 3IJVA 1KXWA 1XGQC 3WPKA 1GBOA 4PHIA 2ZWBA 3AZ6A 1C10A 2Z18A 1IEEA 4GLAA 4WOAA 1LJEA 4XJGA 3WL2A 1PZYA 1GDXA 4KXIA 1UCOA 5A3EA 4R6CA 2XBRA 4XJHA 4MSTA 1GE3A 1TEWA 5LAFA 1GF0A 4WLYA 1FLWA 3HBHA 4BADA 2MEGA 2MEAA 3A3RX 1GFUA 3TXDA 5HNCA 3CB7A 2BLYA 4WM3A 2D4IA 1IC4Y 1GBXA 3N9CA 4WL7A 3HBDA 1V7SA 4NGVA 2HECA 1IVMA 5APEA 5F16A 1B7MA 1VDTA 4NHTA 2I26L 2HEEA 1LKRA 5HNLA 4HTNA 2YBMA 1DPWA 1LTMA 1IR9A 1WTNA 4L41A 4HSFA 1LZGA 1AKIA 5HLLA 1LJJA 2ZQ4A 3QE8A 3RW8A 5KKIA 1LZBA 4HJZA 1IWVA 4CHXA 1HNLA 1NKHA 4G9SA 1TCYA 2EIZC 3ULRA 4RDSA 4XJDA 2Z38A 2G4QA 4CFPA 1QSWA 1DI5A 1A4VA 3T36A 1AT6A 1LYSA 1GFJA 1REYA 3B0OA 1LAAA 1OUHA 1Z55A 1DZBX 1WVUA 4NHSA 1UIEA 2BQDA 4PRQA 4Z3MA 2X0AA 2Z12A 1LCNA 3F6ZA 4DDBA 3WPLA 4EOFA 1LZTA 3B6LA 1LSNA 1GB5A 1HEMA 3CSRA 4FDYA 1JTOL 1GB6A 2HEBA 4NGYA 5C6IA 3EO5A 1CNSA 1LSMA 1BB3A 4PGJB 4HTQA 1HF4A 1TDYA 1MELL 1UA6Y 2DKVA 2W1LA 2DBTA 4WO6A 5KXKA 4J0LA 2H9JA 4NGJA 1BGIA 3W6EA 1LZ5A 4DC4A 1B5VA 2F30A 1FKVA 1DPXA 4DD3A 3M3UA 3TXIA 4QDNA 1GB2A 4WM1A 2ZNWY 1IY3A 5B06A 1EQEA 3WPJA 5L3IA 4B49A 4BAFA 1QSAA 1LZYA 3WXUA 2B5ZA 4HV2A 1GFGA 1LHLA 4OOOA 4HP0A 5L9JA 2D6BA 4LFXA 3W6BA 1D9UA 4LZTA 4CFOA 4HJYA 3AGIA 4NGLA 3TMXA 1LHMA 1YKZX 2LYOA 4YOPA 1UIFA 1IP4A 1T6VL 1IO5A 4NSGA 4DD0A 4LYBA 4G49A 1XEJA 2BQCA 1JITA 5F9UA 3RNXA 4AGAA 1LHHA 4NHQA 5B05A 1LKSA 1CKGA 1IY4A 3G3AB 2MEIA 3WULA 5I4XA 1LYYA 5FDJA 1QTKA 3WUAA 5B1GA 5LVKA 1QQYA 1GFKA 1LMQA 1JKDA 1IOQA 1SLYA 2XJWA 3AGGG 7LYZA 4XJBA 3WVYA 4NGZA 4YM8A 1T3PA 1LSCA 1LMOA 1GEVA 3WVXA 2DQDY 135LA 5KXPA 1EL1A 3WMKA 4QEQA 2W1MA 4MCKA 4YEOA 1GBYA 3A96A 4LYTA 4TX7A 1I1ZA 1J1XY 2N5ZA 1F6SA 1IR7A 208LA 1IORA 1LZRA 2BQOA 1TAYA 4J1AA 1G7HC 5HMVA 1VEDA 1GB7A 4WL6A 3TMVA 3W6FA 3A95A 1XEIA 1B7SA 1C08C 3MGWA 2EQLA 4NHIA 4I8SA 1E8LA 1GDWA 2PC2A 1HMKA 3D3DA 1CJ7A 1HFXA 4W96A 4BAPA 2ZQ3A 2BQIA 3A94A 1JUGA 1FDLY 1LSPA 3ATNA 3N9EA 4H9AA 3CT5A 1RJCB 4NWHA 3WW6A 4YF2A 2BLXA 2RSCA 4H90A 1UUZC 4H92A 1B7LA 6LYTA 3A93A 4NEBA 5DLAA 3ZEKA 2MEFA 2XTHA 3LYOA 5LIOA 154LA 1BWJA 2VB1A 4FJRA 1REZA 4NY5A 4OWCA 1JWRA 1NMMA 4NSHA 1IP7A 1UACY 3WH1A 1B5WA 1C7PA 5HQ1A 2BQGA 4LT1A 5KJ9A 1N4FA 1UIBA 4WG1A 3TXJA 3AW7A 4H9FA 4ETAA 4IASA 5DN4A 2NWDX 1CJ6A 1NHEA 4GCEA 1GB8A 1WQMA 2LZTA 1HEPA 1O23A 2I6ZA 5FSTA 5KXNA 3KAMA 1LJ4A 1RFPA 1LJIA 2F4GA 1JSFA 2HEDA 153LA 1F0WA 4IATA 3TXHA 4EMNA 1D0KA 1OUFA 1JSEA 1LJGA 1OQMA 1OUGA 2DQGY 4H93A 2BQEA 5FCPA 9LYZA 2DQIY 4HJVA 2YBLA 2CWIA 4RW2A 1CKHA 1HFZA 4AXTA 4ET9A 3TXKA 1B5XA 4UWNA 2HU1A 1LJHA 2WARA 4PJ2C 1B7RA 1CKDA 3LYTA 1H87A 1FBIX 1FLQA 1GFTA 5K7OA 3TXEA 1NQIA 1GBZA 3GXRA 1UIGA 3LYMA 3WUNA 1FKQA 1A2YC 1QIOA 2C8PA 1CJ8A 2ZYCA 2Z39A 3B0KA 4QGZA 4N9RA 5KXYA 5LAGA 1FLUA 1LZDA 1GB0A 4C5FA 4ETEA 3AGHA 1WQNA 3A3QA 4XENA 2Z19A 5LYZA 1IR8A 4XYYA 4QY9A 5F14A 1ZVHL 1FN5A 3D9AC 3HFMY 1D6QA 4UWVA 4ZIXA 1I20A 1OUIA 1UICA 1XGPC 4Z46A 2YVBA 5LVHA 4GCBA 1B7QA 2MEEA 2H9KA 1LZEA 3CQLA 1D0LA 1OUBA 1D0MA 2AUBA 1C46A 4N0JA 4D9ZA 1G7JC 1IP2A 3RT5X 1OP9B 2DQFC 5IHGA 3WYHA 1B2KA 2MEDA 1OUAA 3TXBA 1YILA 3TMWA 1XGUC 2YBIA 2FBBA 1LZAA 3WU8A 4CJ2A 3WUMA 3IWRA 4NGIA 3W3EA 5KKJA 1VAUA 1B7NA 3W6DA 1IX0A 1LZ9A 2G4PA 4H8XA 1GE2A 1KIRC 4NIJA 4OWHA 4WG7A 1HHLA 3AZ5A 4WM4A 2IHLA 4GLVA 1AM7A 1IP3A 4ET8A 3LZTA 1BQLY 3SP3A 1GF5A 2ZNXY 1GF6A 2LYMA 1GXXA 4NWEA 4B4JA 5LVJA 6LYZA 2F4AA 1RCMA 1ALCA 3W6CA 1CJ9A 1LZ4A 1VDPA 3B72A 1IOSA 1LSDA 4H8ZA 4OWAA 3BKHA 2BQLA 4KPMA 4PRUA 2XBSA 1HFYA 3P66A 2YBNA 4NGWA 1YAPA 5JENB 3B0IA 1GD6A 1IWYA 4NG8A 5LYMA 5C6JA 4WLTA 4M4OA 4B0DA 1GBSA 4GN3A 1OUJA 1JKAA 3E3DA 4XADA 1GFHA 4I0CA 4DDCA 3P65A 1B5UA 1V7TA 4W94A 1RE2A 3IJUA 3FI7A 4DWXA 4LT0A 1LSZA 2D4KA 2HEFA 4HTKA 1JKCA 2GV0A 1H6MA 4NSIA 1F6RA 5D5FA 1WQQA 4Z98A 1IC5Y 1HEOA 1HEQA 5IDDA 4TSBA 1LHKA 1B0DA 1LSGA 1YAQA 4NHPA 2DQJY 1LZNA 5KXOA 3AYQA 4KT3A 1IWTA 4DD2A 1LSBA 5II3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NBYC 2BPUA 1BWHA 2HTXA 2Z2EA 1JKBA 1LGXA 1L84A 1LZSA 1L31A 1GAZA 2MEHA 5FELA 1L73A 3TXFA 3CT0A 2B73A 5J7CA 5KXRA 158LA 1L20A 1L85A 4ETCA 1LSAA 102LA 2D91A 5I4WA 148LE 207LA 1J1PY 1P64A 3RZ4A 3QNGA 1LSYA 4RLNA 1LJKA 4XJIA 2OU9A 4XJFA 1GEZA 4H9EA 2YDGA 1L00A 4ARQB 4TTDA 4H9IA 1W08A 3AZ4A 1F10A 2BQNA 166LA 5APCA 2ZYPA 4ETBA 4TWSA 1D3FA 1L04A 3ZVQA 1OVKA 5LYTA 1YAMA 1QTZA 5DM9A 1L14A 1XGRC 1ZMYL 1GF8A 176LA 3NY9A 4ML7A 1L26A 1L70A 1L40A 4OW1A 138LA 1DXJA 1OWZA 2YBHA 1G1VA 227LA 2F32A 1QT3A 1CVKA 2CUUA 194LA 1G0GA 189LA 1HENA 3FE0A 2DQHY 2OEAX 2RAYX 3A34A 229LA 4XN6A 1ZURA 1WVVA 1BB7A 2OE7X 1HC0A 1LZ6A 1P46A 1L25A 3EMSA 1BVXA 3DN8A 3HDFA 1UIAA 3VWOA 5LXWA 250LA 1L88A 4NGOA 2BQAA 3W6AA 3OE8A 156LA 1QUSA 239LA 3SB7A 4DD9A 1BVKC 1L80A 1B9OA 4K5YA 1L74A 2W1YA 4I7SA 1MLCE 1HSWA 1L96A 1C6JA 3LYZA 1IWWA 4H91A 2BQJA 4DD7A 1XSFA 3AB6A 4LDOA 4EJ4A 1YIKA 3P64A 4LYCA 1I6SA 1VDQA 1GF4A 198LA 2F47A 1XEKA 107LA 1GB3A 3CDQA 1ZVYB 2DQCY 1UC0A 147LA 5M1YA 1C6DA 1QUTA 1QT4A 1FLYA 4I7PA 2ZILA 1L87A 3AZ7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YL0 X;  1JJ0 A;  1NBY C;  2EKS C;  2C8O A;  2HEA A;  1BB4 A;  2BPU A;  2LYZ A;  1BWH A;  4N1E I;  4LYZ A;  2HTX A;  1WQO A;  2Z2E A;  1IP1 A;  1KXX A;  3J6K A;  1GB9 A;  1YAO A;  1HML A;  4DD1 A;  1JKB A;  1JTP L;  4NFV A;  1LZS A;  4TUN A;  1CKF A;  1GAZ A;  1HSX A;  2MEH A;  4N1C C;  5FEL A;  1JJ3 A;  5ILC A;  2MEB A;  3CSQ A;  3TXG A;  4LYO A;  4ANR A;  3TXF A;  4HV1 A;  3CT0 A;  5KXT A;  3A91 A;  5J7C A;  4LT2 A;  3WW5 A;  1UID A;  4E3U A;  5KXR A;  1GHL A;  4ETC A;  1LSA A;  2D91 A;  2BQM A;  1GF7 A;  3WXT A;  5I4W A;  1OUD A;  4B4I A;  5KXW A;  1WQP A;  1J1P Y;  1JTT L;  207L A;  3RZ4 A;  5F81 A;  1LSE A;  3QNG A;  1NWG A;  4LYM A;  1LSY A;  1AT5 A;  4RLN A;  4G4C A;  2CDS A;  5T3F A;  1LJK A;  3P4Z A;  4O34 A;  4WMG A;  1GF3 A;  1REX A;  4XJI A;  1YRO A;  4XJF A;  3CT1 A;  3A6B Y;  5FEK A;  1GEZ A;  4H9E A;  2Q0M X;  1QDR A;  2HUB A;  2BQK A;  2YDG A;  4BS7 A;  5I53 A;  4TTD A;  3ATO A;  4G4B A;  1DKJ A;  1UIH A;  1IP5 A;  1B7O A;  4H9I A;  1W08 A;  2ZIK A;  3AZ4 A;  3OJP A;  1F10 A; 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 2MEE A;  2H9K A;  1LZE A;  3CQL A;  1D0L A;  1OUB A;  1D0M A;  2AUB A;  1C46 A;  4N0J A;  4D9Z A;  1G7J C;  1IP2 A;  3RT5 X;  1OP9 B;  2DQF C;  5IHG A;  3WYH A;  1B2K A;  2MED A;  1OUA A;  3TXB A;  1YIL A;  3TMW A;  1XGU C;  2YBI A;  2FBB A;  1LZA A;  3WU8 A;  4CJ2 A;  3WUM A;  3IWR A;  4NGI A;  3W3E A;  5KKJ A;  1VAU A;  1B7N A;  3W6D A;  1IX0 A;  1LZ9 A;  2G4P A;  4H8X A;  1GE2 A;  1KIR C;  4NIJ A;  4OWH A;  4WG7 A;  1HHL A;  3AZ5 A;  4WM4 A;  2IHL A;  4GLV A;  1AM7 A;  1IP3 A;  4ET8 A;  3LZT A;  1BQL Y;  3SP3 A;  1GF5 A;  2ZNX Y;  1GF6 A;  2LYM A;  1GXX A;  4NWE A;  4B4J A;  5LVJ A;  6LYZ A;  2F4A A;  1RCM A;  1ALC A;  3W6C A;  1CJ9 A;  1LZ4 A;  1VDP A;  3B72 A;  1IOS A;  1LSD A;  4H8Z A;  4OWA A;  3BKH A;  2BQL A;  4KPM A;  4PRU A;  2XBS A;  1HFY A;  3P66 A;  2YBN A;  4NGW A;  1YAP A;  5JEN B;  3B0I A;  1GD6 A;  1IWY A;  4NG8 A;  5LYM A;  5C6J A;  4WLT A;  4M4O A;  4B0D A;  1GBS A;  4GN3 A;  1OUJ A;  1JKA A;  3E3D A;  4XAD A;  1GFH A;  4I0C A;  4DDC A;  3P65 A;  1B5U A;  1V7T A;  4W94 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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