2I25L

Crystal structure analysis of the nurse shark new antigen receptor pbla8 variable domain in complex with lysozyme
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Maturation of Shark Single-domain (IgNAR) Antibodies: Evidence for Induced-fit Binding
pubmed doi rcsb
molecule tags Immune system
source organism Ginglymostoma cirratum
molecule keywords New Antigen Receptor PBLA8
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence M
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-08-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2i25L00
2IHLA 2MEAA 2F4AA 2MEDA 1HSXA 1WQOA 1LSBA 1LHHA 3CSQA 4WM5A 2DQJY 4HTKA 5DM9A 5APFA 3WU8A 3HBHA 1GF3A 1GAZA 2HEDA 4IASA 5F16A 1LZTA 4Z3MA 1UCOA 3AGIA 2BQHA 1T3PA 5FELA 1WQQA 1XGPC 4B49A 1DZBX 1LMOA 1UIDA 1P2CC 4NSJA 1AKIA 1GB0A 5F9UA 2C8PA 3TMUA 4HPEA 1XGUC 5F9XA 3BKVA 1GEVA 5HNCA 1GE4A 4XENA 4YEMA 1HENA 2DQHY 4TUNA 3WYHA 1LSDA 1QUTA 2XTHA 4XJBA 2MEIA 1LMCA 4GCDA 3TXKA 1YKZX 1IP1A 1FKQA 1GEZA 1LZEA 1ALCA 1LJ3A 2YBLA 3OK0A 4LYTA 1IWYA 4N0JA 2A7FA 2H5ZA 1B5ZA 135LA 5ILFA 1B7MA 2A7DA 3RU5A 1VAUA 1WTNA 1NWGA 2DQEY 4B4JA 1LZ1A 4UWUA 3TMXA 1GAYA 2LHMA 3WVXA 1LSMA 2BQDA 3AZ7A 2I26L 2NWDX 1GF4A 2ZYPA 1KXXA 3N9CA 1LSAA 3IJVA 1LZSA 4GCFA 1EQ4A 3LN2A 1NDMC 4WLDA 1IIZA 4CFPA 1GFRA 1VDSA 1G7IC 3J6KA 3LZ2A 4ZEEA 4DDBA 5KXTA 1FLWA 3P4ZA 5C6IA 4ZIXA 1BHZA 1C45A 1LZ9A 1HFZA 4KL7A 5APDA 1GDWA 1IP6A 5KXZA 3FI7A 1I20A 4PPOA 5LIOA 5FCPA 5FEKA 1KIPC 1JWRA 5L3HA 1LZBA 1GFTA 1LHJA 3B0IA 2D91A 1CJ6A 3AZ4A 4TTDA 1ZVHL 1GE2A 1CKCA 4L41A 5AMYA 1GB6A 3ZVQB 4Z46A 5KXNA 1I1ZA 8LYZA 5HMVA 3WUNA 4H1PA 1GF5A 1LSCA 1V7SA 4NSGA 1OP9B 1YKYX 1IP7A 3FE0A 4WM6A 4LZTA 1QSWA 1Z55A 2D4JA 5I5QA 1JSFA 2H9JA 1LJ4A 2W1MA 3AGGG 4XJGA 4WO9A 4H92A 1WQPA 1NDGC 5FHWA 4WM1A 5LINA 2CJLA 5KXRA 5HMJA 2D6BA 1JKDA 4HSFA 4J7VA 3A3RX 4G49A 1YAOA 4WM2A 4B4EA 1KIRC 4W96A 3BKHA 1JJ3A 4OWCA 4WLYA 4N1EI 1D0MA 1LMNA 5HNLA 1HNLA 3A95A 1HEQA 2DQFC 3HFMY 1IOCA 3WMKA 1HSWA 5KXSA 3HBEX 4LT1A 3AJNA 4A7DA 2YBNA 5DN4A 207LA 4WL6A 3WUAA 1LHMA 2MEGA 2EKSC 3A67Y 3N9AA 2IFFY 3MGWA 4WM3A 3A6CY 5EBHA 2GV0A 1REXA 2W1YA 3QY4A 2LZTA 3TMWA 1CKHA 4J0LA 4ET8A 1WVVA 1LZAA 2ZWBA 4WG1A 4ANRA 1LZ5A 3RNXA 1GB7A 5APEA 1GFAA 4ETEA 4PHIA 4YEOA 1OUHA 1OUCA 2BQBA 4MSTA 3CT1A 1JKAA 4C5FA 5II3A 1EQ5A 2BQAA 3OJPA 5LYTA 1LYSA 4XJFA 1OUEA 1OUFA 1BB4A 3A90A 1KXYA 1IR8A 3SP3A 1CKFA 1JTPL 4FDYA 1CJ7A 5KXWA 1YKXX 4GCBA 3GXKA 3CQLA 1GFVA 1J1XY 1LSYA 1REMA 1V7TA 4DT3A 5LVJA 1IWVA 1HMKA 1YIKA 134LA 4GCCA 4RW2A 1XGTC 6LYZA 1XGQC 1FN5A 1F0WA 3N9EA 5D5CA 3AGHA 1AM7A 1CJ8A 1GE3A 1CKGA 1IY4A 4GLVA 3W6AA 1GB9A 4NSIA 1LZCA 1DI4A 5I4WA 2HEAA 1LTMA 5LVHA 5LVKA 1GFGA 1PZYA 3WXUA 1GB8A 1LMAA 2ZIKA 2YSSC 2YVBA 3WL2A 4CHXA 5FDJA 3W6EA 1LCNA 1OQMA 2G4QA 5LYMA 4H9BA 3WXTA 2DBTA 1LMPA 3RW8A 1D0LA 1B5XA 4H8ZA 5D5FA 2C8OA 4UWVA 1JITA 1UIGA 4H91A 4HJVA 1FDLY 1I56A 4H8YA 132LA 1YL0X 4NGVA 1O23A 208LA 3WPLA 3TXIA 5APCA 4KT3A 1IC4Y 1OUJA 2W1XA 3P64A 4HJYA 3LYOA 1HEPA 1LJFA 4XJIA 3CSRA 2Z38A 4DDAA 3IWRA 1XEJA 2BQGA 4RDSA 1JTTL 2F2NA 3A8ZA 4LFPA 4NWEA 1RE2A 4XADA 4R0FA 1NQIA 4YENA 1VDTA 1JPOA 4LFXA 4BAFA 1LHKA 2HEFA 4IJ4A 1IOQA 1IP4A 1BB3A 3EMSA 4I0CA 2BQIA 2Z19A 5KY1A 1B9OA 3G3AB 3WULA 3QNGA 1REZA 2FYDA 2Z37A 4TSBA 4G9SA 3WPKA 1YAQA 4YM8A 5LYZA 1GBXA 1GD6A 3TXFA 4AXTA 3TMVA 4WL7A 1PS5A 4DD7A 3W3EA 1IC5Y 1GE1A 1GFHA 1UC0A 1B7LA 5KXXA 4NGZA 2BQLA 1WQMA 5KXOA 4IATA 4RLMA 4RW1A 2PC2A 2BLXA 3GXRA 1C10A 4OWHA 2HU1A 1LSGA 1TBYA 2W1LA 4NHTA 3WU7A 1OUAA 1FLUA 2EQLA 4OOTA 1GDXA 4YF2A 2WARA 1QDTA 1TCYA 4CJ2A 2HTXA 1DPXA 5LAGA 1TDYA 1GBSA 1JUGA 1CJ9A 1IEEA 3K3TA 1LYYA 1YAMA 4G4BA 4LYMA 1YL1X 1QDRA 3E3DA 1LZ6A 4RLNA 1LZRA 1HC0A 4TX7A 4DDCA 2D4IA 4NY5A 4CGEA 5JENB 4XJDA 5FSTA 1NF5A 1LHLA 3B6LA 1N4FA 1YROA 4H9CA 3HBDA 4WLTA 1GF7A 1J1PY 1JEFA 1JIYA 1GHLA 2BQJA 2HEEA 3ATOA 3P66A 1D6PA 1DI3A 1DKJA 2CGIA 4DD9A 153LA 3IJUA 2CDSA 3G3BB 4WO6A 2DQAA 2YBIA 4II8A 5I54A 2RSCA 1IR9A 1YQVY 5A3EA 1RI8B 2F4GA 1INUA 1JHLA 1HFYA 2H9KA 1LZGA 1HEMA 3J4GA 1BWIA 4BS7A 1IP5A 2HEBA 4QGZA 1LZYA 5LA8A 1HERA 3A34A 5IDDA 1LZDA 1IX0A 1GFUA 1LJIA 2HUBA 3AW6A 2MEEA 1LMQA 1BWJA 5B07A 4ET9A 4J1BA 4ETBA 1AZFA 4HV2A 5ILCA 4OW1A 4W94A 4G4HA 1VDPA 3B72A 4HP0A 4DWXA 1WQNA 1WQRA 9LYZA 4LT2A 2XJWA 1TAYA 2BQKA 1GFKA 5LVIA 1LJEA 1UUZC 3T6UA 1H6MA 3WPJA 1AT6A 1LJHA 1LMTA 4N8ZA 2Z18A 1UIFA 1IO5A 1LSNA 1XGRC 2BQMA 3EBAB 4B1AA 4B4IA 5E4PA 1LSZA 1FBIX 1ZVYB 4XJHA 4H90A 3TXBA 3WVYA 2G4NA 3EO5A 4PRQA 1FLQA 1OUDA 4NG1A 1MELL 1BB5A 4LYZA 3ZVQA 4GN3A 1DPWA 4J1AA 4NGLA 2ZNXY 6LYTA 1JKBA 1B7SA 1HELA 3VWOA 3A96A 4N1CC 3CSZA 1BWHA 4I8SA 3WU9A 2X0AA 2Z2EA 2ZNWY 5LXWA 5IELA 1B7RA 1G7HC 4NHSA 1B7PA 3EXDA 4H8XA 5KXKA 1QTKA 1GBOA 5I4YA 5F14A 3ZEKA 1FLYA 4ETDA 5I53A 3ULRA 3RZ4A 3A3QA 4P2EA 1AT5A 1VDQA 1XEKA 2YBJA 5M1YA 1IOTA 5KXPA 4QEQA 5B06A 1UIHA 1LYOA 1LSEA 5L9JA 2D4KA 3QE8A 3W6CA 3B0KA 2MEFA 1IC7Y 2DQDY 1VFBC 3AW7A 4MR1A 1UICA 2ZQ4A 1W6ZA 1RCMA 3WW6A 4LT0A 1HEOA 3TXDA 2YDGA 4DC4A 1IP3A 4MCKA 3ATNA 4H9FA 1HF4A 3A92A 4X3BA 4M4OA 4FJRA 1LYZA 2BPUA 5LA5A 5B05A 1QTEA 5IHGA 5DLAA 1LJNA 2FYCA 2G4PA 3D9AC 1UA6Y 2AUBA 1IR7A 4HJZA 4EOFA 2DQGY 2BAAA 4PJ2C 194LA 1GF0A 1GF9A 4WMGA 4YOPA 4UWNA 1GBWA 1UIBA 1XSFA 1NHEA 3LHMA 4WOAA 2BQCA 4DD0A 5J7CA 2ZILA 3KAMA 7LYZA 5C6LA 4H9HA 1EQEA 3RT5X 4TSCA 4NSHA 1LKRA 1J1OY 1QQYA 4H93A 1LZ8A 1QSAA 1C7PA 2XBSA 3CT5A 5I4XA 4GLAA 4HTQA 5B1FA 1IVMA 1C43A 1LJGA 2ZIJA 4LT3A 2LYMA 4AGAA 1DQJC 2LYOA 1RFPA 2BQOA 1LSPA 1G7MC 1TEWA 1HFXA 1DI5A 1IWTA 5DL9A 1IWUA 1GB5A 1W08A 1GF6A 5A3ZA 5L3IA 2Y8PA 4ETAA 5C6JA 1YANA 4DD2A 4DYGA 4WM4A 1SQ2L 1B7OA 2LZ2A 1OUBA 2CWIA 5T3FA 154LA 1VEDA 2ZQ3A 1JJ0A 1D0KA 3F6ZA 3LYZA 2MECA 4WG7A 4OOOA 4QY9A 4PGJB 1UIEA 1B5VA 1BVKC 1F6SA 1GXV2 1BQLY 1B2KA 1NBZC 4N5RA 4NGKA 4DD3A 1DKKA 3AYQA 133LA 2BQNA 2I25L 2LYZA 1GFJA 4ZFPA 3M18B 5B1GA 4TWSA 2Z12A 4LYCA 4NWHA 1DXJA 1OUIA 1LSFA 4NEBA 1F6RA 5KKIA 4H9EA 1IOSA 4OWAA 1GF8A 1QIOA 1GXXA 1GFEA 1BB6A 3WH1A 4XYYA 5DN5A 4H9AA 5K7OA 1GWDA 3TXHA 1LHIA 4HTNA 4E3UA 1LPIA 4Z41A 2MEHA 4N9RA 1LOZA 4LYOA 1BB7A 2VB1A 1CNSA 1JISA 1XEIA 4NGWA 1IORA 1UIAA 1RJCB 1LZ4A 193LA 1B0DA 3LYTA 4NFVA 3WW5A 5B59A 2XBRA 3T36A 1EL1A 4HV1A 1E8LA 5HLLA 3TXGA 2BQFA 1F10A 1D6QA 1LKSA 1YILA 1LZNA 1UACY 2N5ZA 4ETCA 4CFOA 4Z98A 1HEWA 1IWZA 1NKHA 4C3WA 1WTMA 4NHQA 1B5UA 2HU3A 4M6DA 2YBHA 3A94A 1A2YC 1XFPL 2BQEA 1IY3A 3AZ5A 3AB6A 3CB7A 1HMLA 1B7QA 4EMNA 4R6CA 2EPEA 4WLXA 5KKJA 4H9IA 2MEBA 4OWBA 3W6FA 1G7JC 4B0DA 4O34A 1C08C 3D3DA 1T6VL 4NGYA 4H94A 3W6BA 1GPQC 1GB3A 3M3UA 3W6DA 2Z39A 4NHPA 4BADA 4ML7A 3A91A 3TXJA 1NBYC 3P68A 1LJJA 1SLYA 1D9UA 5F81A 3LYMA 4NIJA 1NMMA 4OWEA 1GBZA 2F30A 2HECA 1GE0A 1YAPA 4U3XB 3WUMA 1C46A 1GB2A 3CT0A 2Z2FA 3A6BY 3AZ6A 1UBZA 4GN5C 3B0OA 3LZTA 2BLYA 4BAPA 4DD1A 5KXLA 1JKCA 2YBMA 2DQCY 4GCEA 1QUSA 1KXWA 2DQIY 4KXIA 4G4CA 5LVGA 2EIZC 2B5ZA 1HHLA 3TXEA 4D9ZA 2FBDA 1B5YA 1G7LC 4KPMA 1BGIA 5HQ1A 2FBBA 4PRUA 4GN4A 1GBYA 4QDNA 1B5WA 1LAAA 1OUGA 4NGJA 4NHIA 2I6ZA 5KXYA 4LYBA 1ZMYL 1VATA 1A4VA 1REYA 2ZYCA 4NGIA 1JJ1A 2DKVA 4NG8A 3A93A 1JTOL 1BVXA 1IWWA 4NGOA 1H87A 2Q0MX 4HPIA 1MLCE 5KJ9A 5KXMA 5E9RA 1JSEA 1LJKA 1KIQC 4XN6A 5LAFA 1CKDA 1ZV5L 1IWXA 1IP2A 3P65A 4LGKA 1FKVA 1WVUA 1B7NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2MEAA 1L50A 1WQOA 4WM5A 1LHHA 3WU8A 1GF3A 2HEDA 3OE0A 5F16A 4ARMA 1UCOA 2BQHA 1T3PA 1P64A 1WQQA 4B49A 1P2CC 175LA 4NSJA 1AKIA 122LA 3TMUA 2C8PA 123LA 5HNCA 1XGUC 1HENA 178LA 4TUNA 3WYHA 164LA 1LMCA 1FKQA 1LZEA 1C6QA 3OK0A 1IWYA 189LA 1B5ZA 5ILFA 2A7DA 3HH3A 3RU5A 3C7YA 1OYUA 4B4JA 4UWUA 3TMXA 1DYAA 3AZ7A 3CDOA 1CV5A 2ZYPA 3RUNA 3D4SA 115LA 3VW7A 1NDMC 1B6IA 1VDSA 1P36A 4ZEEA 109LA 2B74A 3P4ZA 5C6IA 1LZ9A 4I7OA 1D2WA 108LA 5KXZA 3FI7A 3GUJA 5FEKA 3HDEA 184LA 1KIPC 127LA 235LA 1GE2A 1CKCA 186LA 2OU0X 3ZVQB 4Z46A 1QUHA 5HMVA 161LA 1L34A 1LSCA 1QT8A 1V7SA 3FE0A 4LZTA 4XJGA 4WO9A 4H92A 1NDGC 1JKDA 1L61A 4B4EA 4W96A 3V2YA 1D0MA 104LA 2XQOA 3A95A 217LA 4A7DA 5DN4A 3ODUA 1REXA 4J0LA 114LA 1C6BA 1GB7A 198LA 3GUNA 1GFAA 4YEOA 4C5FA 3A90A 1BB4A 4E97A 1IR8A 1CKFA 4FDYA 3CQLA 3OE6A 2RB2X 2B75A 3HUKA 168LA 3AGHA 1AM7A 1GE3A 1CKGA 4GLVA 3W6AA 1XJTA 5I4WA 5LVHA 5LVKA 3WXUA 3WL2A 5FDJA 5LYMA 2G4QA 3HH4A 2DBTA 3RW8A 2O7AA 143LA 2C8OA 1G0JA 1JITA 4HJVA 1FDLY 1L23A 1C6TA 208LA 3WPLA 4KT3A 1OUJA 2IGCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2IHL A;  2MEA A;  2F4A A;  2MED A;  1HSX A;  1WQO A;  1LSB A;  1LHH A;  3CSQ A;  4WM5 A;  2DQJ Y;  4HTK A;  5DM9 A;  5APF A;  3WU8 A;  3HBH A;  1GF3 A;  1GAZ A;  2HED A;  4IAS A;  5F16 A;  1LZT A;  4Z3M A;  1UCO A;  3AGI A;  2BQH A;  1T3P A;  5FEL A;  1WQQ A;  1XGP C;  4B49 A;  1DZB X;  1LMO A;  1UID A;  1P2C C;  4NSJ A;  1AKI A;  1GB0 A;  5F9U A;  2C8P A;  3TMU A;  4HPE A;  1XGU C;  5F9X A;  3BKV A;  1GEV A;  5HNC A;  1GE4 A;  4XEN A;  4YEM A;  1HEN A;  2DQH Y;  4TUN A;  3WYH A;  1LSD A;  1QUT A;  2XTH A;  4XJB A;  2MEI A;  1LMC A;  4GCD A;  3TXK A;  1YKZ X;  1IP1 A;  1FKQ A;  1GEZ A;  1LZE A;  1ALC A;  1LJ3 A;  2YBL A;  3OK0 A;  4LYT A;  1IWY A;  4N0J A;  2A7F A;  2H5Z A;  1B5Z A;  135L A;  5ILF A;  1B7M A;  2A7D A;  3RU5 A;  1VAU A;  1WTN A;  1NWG A;  2DQE Y;  4B4J A;  1LZ1 A;  4UWU A;  3TMX A;  1GAY A;  2LHM A;  3WVX A;  1LSM A;  2BQD A;  3AZ7 A;  2I26 L;  2NWD X;  1GF4 A;  2ZYP A;  1KXX A;  3N9C A;  1LSA A;  3IJV A;  1LZS A;  4GCF A;  1EQ4 A;  3LN2 A;  1NDM C;  4WLD A;  1IIZ A;  4CFP A; 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 1HEW A;  1IWZ A;  1NKH A;  4C3W A;  1WTM A;  4NHQ A;  1B5U A;  2HU3 A;  4M6D A;  2YBH A;  3A94 A;  1A2Y C;  1XFP L;  2BQE A;  1IY3 A;  3AZ5 A;  3AB6 A;  3CB7 A;  1HML A;  1B7Q A;  4EMN A;  4R6C A;  2EPE A;  4WLX A;  5KKJ A;  4H9I A;  2MEB A;  4OWB A;  3W6F A;  1G7J C;  4B0D A;  4O34 A;  1C08 C;  3D3D A;  1T6V L;  4NGY A;  4H94 A;  3W6B A;  1GPQ C;  1GB3 A;  3M3U A;  3W6D A;  2Z39 A;  4NHP A;  4BAD A;  4ML7 A;  3A91 A;  3TXJ A;  1NBY C;  3P68 A;  1LJJ A;  1SLY A;  1D9U A;  5F81 A;  3LYM A;  4NIJ A;  1NMM A;  4OWE A;  1GBZ A;  2F30 A;  2HEC A;  1GE0 A;  1YAP A;  4U3X B;  3WUM A;  1C46 A;  1GB2 A;  3CT0 A;  2Z2F A;  3A6B Y;  3AZ6 A;  1UBZ A;  4GN5 C;  3B0O A;  3LZT A;  2BLY A;  4BAP A;  4DD1 A;  5KXL A;  1JKC A;  2YBM A;  2DQC Y;  4GCE A;  1QUS A;  1KXW A;  2DQI Y;  4KXI A;  4G4C A;  5LVG A;  2EIZ C;  2B5Z A;  1HHL A;  3TXE A;  4D9Z A;  2FBD A;  1B5Y A;  1G7L C;  4KPM A;  1BGI A;  5HQ1 A;  2FBB A;  4PRU A;  4GN4 A;  1GBY A;  4QDN A;  1B5W A;  1LAA A;  1OUG A;  4NGJ A;  4NHI A;  2I6Z A;  5KXY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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