2IGCA

Structure of spin labeled t4 lysozyme mutant t115r1a
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFCNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural determinants of nitroxide motion in spin-labeled proteins: Tertiary contact and solvent-inaccessible sites in helix G of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-09-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2igcA00
1L86A 3HWLA 1DYCA 1L03A 2LZMA 256LA 1L21A 1L77A 1L95A 1P7SA 2Q9EA 4EPIA 159LA 1L54A 1G06A 4EPFA 1QTBA 259LA 1P56A 235LA 2B7XA 2B73A 1CV5A 1G07A 1L22A 3C81A 1G0PA 1C6DA 3HUAA 4I7RA 178LA 3RZEA 228LA 212LA 4EJ4A 1L04A 261LA 1L88A 2L78A 3V2YA 3CDQA 112LA 1SX7A 3PDSA 1C64A 2A4TA 3HU8A 226LA 1D3JA 1CU6A 3SB9A 1C6FA 4GRVA 1SSYA 1L37A 239LA 138LA 1WTHA 234LA 2B6YA 3CDTA 163LA 3OE9A 1C67A 189LA 195LA 3FADA 1L30A 2Q9DA 127LA 1L19A 199LA 3UONA 2B6ZA 251LA 1DYFA 2B74A 1L34A 3HH6A 147LA 165LA 225LA 4I7OA 1QTCA 3SB6A 1KW7A 1C62A 166LA 1L81A 1L07A 3GUKA 1JQUA 1L45A 122LA 3C82A 2RBQA 1L36A 3GUJA 3C8QA 1L48A 1LYIA 152LA 4ARPA 1QT5A 1L69A 3DNAA 1KS3A 1C6JA 4W57A 1L15A 184LA 216LA 3C7YA 1CU0A 1LYJA 1G1WA 1LYHA 1L12A 164LA 1QUOA 1I6SA 5I14A 1L23A 2QARC 187LA 4EKPA 4YXCA 227LA 104LA 1QT7A 1LI3A 1L70A 123LA 4EXMA 181LA 1LGXA 1C6BA 2QB0B 3HT6A 3SB8A 1PQMA 157LA 3C83A 102LA 1K28A 3HTGA 1L02A 1L85A 2RBOA 2RAYX 4YXAC 118LA 3K2RA 161LA 1L59A 1OV7A 113LA 4I7NA 3SN6R 1P37A 1C6NA 3C7ZA 1L83A 3F8VA 3C80A 3VW7A 242LA 1C60A 2RH1A 109LA 3G3WA 1L76A 215LA 1JTNA 1P6YA 1L28A 1KY0A 196LA 1C6QA 1P2LA 3OE6A 1L89A 1LW9A 4W54A 206LA 1C6EA 1QS5A 2O79A 4S0WA 3FI5A 3DN4A 1L06A 131LA 1CU3A 1CV4A 1G0LA 3DN0A 1L98A 3HTFA 1LI2A 4LDEA 1C6MA 1C68A 177LA 2CUUA 2OTZX 205LA 3HT8A 1L97A 1OVHA 2B6TA 140LA 2OE4X 4I7MA 110LA 1C6IA 1QT8A 3NYAA 252LA 1LYDA 1L0JA 4EKSA 4W56A 1JTMA 1PQKA 143LA 2RB0X 1G1VA 4GBRB 168LA 222LA 3HUQA 1CV0A 1L20A 1QT4A 185LA 3DN3A 2RB2X 3HUKA 1LWKA 4ARMA 1L55A 236LA 253LA 191LA 3CDVA 1SX2A 1LGUA 125LA 1L26A 1L10A 115LA 162LA 1C6PA 1T8FA 1L80A 2B72A 2B6XA 3DN6A 6LZMA 155LA 3CDRA 4EKQA 211LA 1L61A 4LDOA 244LA 4W52A 1NHBA 198LA 1L82A 1L90A 160LA 3LZMA 4W53A 4ARQA 213LA 175LA 1C63A 1L11A 1L62A 190LA 1SWZA 1KW5A 1LYGA 3QAKA 1L17A 223LA 4LDLA 169LA 1EPYA 171LA 1D3NA 1L42A 1T97A 1C6CA 1C6HA 128LA 126LA 167LA 1L09A 1P2RA 2ANXA 2O7AA 3GUNA 3C8SA 1B6IA 1CUPA 1CVKA 2O4WA 1L72A 240LA 1OYUA 3OE0A 1CUQA 1DYBA 3C8RA 1P3NA 2RBSA 1QTZA 1CV1A 1LYEA 1L87A 1L57A 3F9LA 2RBRA 232LA 1OV5A 3D4SA 1DYDA 1PQDA 2F47A 1LYFA 1L49A 4ARJA 3DN2A 1L67A 1T6HA 2OU0X 2F2QA 1QUDA 1L44A 1C6AA 1D2YA 1L75A 1L24A 1OWYA 3SBBC 156LA 3GUOA 1C69A 1L39A 3HH3A 1CTWA 247LA 1L73A 1T8AA 4ZPUA 3GUMA 129LA 3DKEX 1LI6A 1PQIA 2RB1X 3ODUA 1L33A 3OE8A 1D9WA 1QUGA 1SSWA 1P46A 3G3XA 1CU5A 4DAJA 1L46A 3PBLA 1L38A 1L84A 7LZMA 4YX7C 1L66A 107LA 1XJUA 1D2WA 245LA 3HTBA 4LZMA 1L0KA 1CU2A 1DYAA 257LA 1L35A 254LA 1QT3A 1T8GA 1C6KA 151LA 4W51A 1PQOA 1OWZA 188LA 1L25A 1L16A 1L43A 243LA 1G0JA 1L71A 1L47A 1L31A 1L93A 1C61A 2RBPA 262LA 1D3FA 258LA 4I7QA 1L53A 4K5YA 255LA 3GUIA 201LA 1OVJA 1CX7A 3HDEA 182LA 241LA 4ARMB 1P36A 1P5CA 1CV3A 1L13A 1L27A 2HUKA 4W59A 1ZURA 108LA 4EKRA 260LA 3NY9A 4W58A 218LA 149LA 4OO9A 186LA 2NTHA 3GUPA 2B70A 1LPYA 3DN8A 1QUHA 1L56A 3HDFA 103LA 2OU9A 3HU9A 1L94A 4ARQB 2RAZX 141LA 248LA 1CV6A 180LA 3L2XA 3NY8A 250LA 1DYGA 1L74A 219LA 146LA 1L91A 3HH5A 1C6GA 2HULA 120LA 1L63A 4PJZA 1C66A 197LA 2OTYX 1L51A 4IAPA 3EMLA 1L29A 200LA 233LA 1KNIA 1L05A 1QTVA 4ARLA 170LA 1L00A 119LA 1L79A 1P64A 142LA 2OE9X 2HUMA 3DMVA 4I7KA 4I7TA 5LZMA 3HH4A 238LA 230LA 2NTGA 4I7JA 220LA 2B75A 4W55A 1QS9A 145LA 221LA 148LE 1L52A 1L01A 1L60A 2OEAX 1CX6A 130LA 1L32A 1OVKA 172LA 2OE7X 1G0GA 1QT6A 209LA 4E97A 3SB7A 3V2WA 246LA 3SBAA 1L18A 2OU8A 1L40A 1G0QA 1L08A 1PQJA 217LA 231LA 2ANVA 224LA 1LWGA 2LC9A 3JR6A 1C6LA 3RUNA 1L14A 3FA0A 3DMZA 173LA 2LCBA 3HT7A 1L99A 1QSBA 3G3VA 150LA 176LA 1L96A 2IGCA 1TLAA 2Z6BA 4I7PA 3HTDA 1XEPA 4DJHA 1LGWA 1QTHA 1XJTA 249LA 174LA 3DMXA 1C6TA 158LA 1L92A 3CDOA 1QSQA 4DKLA 3C7WA 2B6WA 1QTDA 1G0KA 2F32A 3SB5A 111LA 1L41A 214LA 1ZWNA 1L68A 3GULA 4I7LA 183LA 1L58A 3DN1A 1ZYTA 1LLHA 1KY1A 192LA 210LA 1L50A 1L65A 1L64A 3L64A 114LA 229LA 144LA 1D3MA 4PK0A 137LA 3HT9A 139LA 1SWYA 1C65A 1G0MA 237LA 4AQNA 2RBNA 1DYEA 4I7SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5A3ZA 1L86A 1IWVA 1L03A 5L3HA 1HEWA 1V7SA 1L21A 256LA 1L77A 4EPIA 1IWTA 159LA 1KIPC 3N9AA 1G06A 259LA 1P56A 235LA 5LAFA 3C81A 1G0PA 1GFEA 1KXWA 3HUAA 228LA 5B1FA 2YBIA 1I56A 4WM6A 4XENA 1YL0X 2L78A 1QDTA 3EBAB 3PDSA 1IP5A 1C64A 2LZ2A 1D3JA 1CU6A 2BQAA 4ML7A 2MEDA 1B7OA 1SSYA 1WTHA 1DKKA 1YIKA 1B5VA 4G4CA 5LYZA 5F14A 1GFUA 5I4WA 1JKCA 189LA 2DQEY 1L30A 5FELA 127LA 4GCFA 4H8ZA 3BKHA 1FKQA 2IFFY 1IR7A 1L34A 1VFBC 1LZYA 3A95A 1XFPL 1KW7A 4M4OA 3M18B 3AGGG 3ULRA 1L81A 2D6BA 1JQUA 5LXWA 5LA8A 3WW5A 3OJPA 3WVXA 4NSJA 1JTPL 4L41A 5KXLA 4OWAA 152LA 5DM9A 1L69A 1WQRA 4J1BA 1C6JA 4B4EA 184LA 2MEIA 1C43A 1CU0A 3HBHA 1LYHA 1L12A 1LSEA 187LA 227LA 2Z18A 5B07A 1VAUA 1LI3A 123LA 1FKVA 3WPKA 181LA 2EPEA 5II3A 2QB0B 4R0FA 1GHLA 4NG8A 1GE4A 5APDA 157LA 3TXEA 1LSYA 1L85A 1JEFA 2RBOA 118LA 1WTNA 1NMMA 3K2RA 4I7NA 1P37A 1INUA 3OK0A 1L83A 1PS5A 3VW7A 1C60A 109LA 3G3WA 1L76A 1LTMA 1L28A 1OQMA 4HTKA 5C6JA 1L89A 1LW9A 1VDPA 4IASA 4S0WA 1L06A 4LFPA 1G7JC 1C10A 1LJIA 1XGQC 1CV4A 1LI2A 1UUZC 1EQ4A 1I1ZA 3CQLA 1C6MA 3W6BA 4DD1A 207LA 6LYTA 205LA 3HT8A 1L97A 4LYBA 1HF4A 1QT8A 3MGWA 1LJEA 4W56A 5APFA 1G1VA 3LN2A 222LA 4XJBA 1CV0A 2RB2X 4ARMA 1LWKA 1L55A 1YAOA 1WQMA 133LA 253LA 191LA 5LVIA 1GXXA 4WMGA 4LT3A 2BLYA 1LHHA 2YBHA 2B72A 3EXDA 2DQCY 4Z3MA 211LA 1IY3A 4GCDA 3LZMA 4W53A 4ARQA 213LA 5KXXA 5LINA 5DL9A 1BGIA 1KW5A 4J1AA 1L17A 2DQAA 3ZEKA 169LA 3GXKA 1D6PA 4Z98A 1L42A 5KXYA 1RI8B 1C6HA 1GAZA 3B0KA 1CUPA 1IWZA 2O4WA 4QDNA 1LHIA 4C5FA 4YEMA 1HFZA 1LSAA 2YBNA 2RBSA 1OUBA 208LA 1LPIA 232LA 1OV5A 1DYDA 1L49A 1T6HA 4GN3A 1LHJA 2BPUA 4NGLA 1OWYA 3SBBC 1XEKA 4NHTA 3GUOA 1QQYA 4WM5A 3FI7A 1BB6A 5I5QA 3HH3A 1JSEA 1T8AA 4ZPUA 4ET8A 1GF4A 129LA 3DKEX 1HHLA 2RB1X 1GBOA 1QUGA 3N9CA 3ZVQA 4OOOA 4WM2A 1G7IC 1IX0A 2XBSA 2HU3A 3BKVA 4RLNA 1QIOA 2BAAA 1D2WA 1CU2A 1PQOA 1OWZA 1YROA 1L25A 1B7LA 1OUDA 4NSIA 1L31A 1L93A 1LZBA 1D3FA 258LA 4I7QA 1GPQC 4H94A 4BAFA 4HJZA 1L13A 2FBBA 3J4GA 1BVXA 1REZA 1IO5A 5LIOA 5APEA 1BWHA 2LYZA 4OWBA 1CJ9A 5J7CA 2NTHA 3GUPA 3DN8A 1QUHA 3HDFA 4ZFPA 4LYTA 2CGIA 3NY8A 1GD6A 3HH5A 4H9IA 7LYZA 1DI5A 4LYCA 5DLAA 5HNCA 1DI4A 1L29A 1A2YC 4ARLA 4DC4A 2DKVA 2GV0A 4ETEA 1IOSA 1D9UA 119LA 1LZTA 1RFPA 4DT3A 193LA 1C08C 1NHEA 4I7TA 4B4JA 220LA 2A7DA 4CHXA 1L52A 1IOQA 1CX6A 1OVKA 4G49A 2BQIA 2OE7X 1GBSA 1FLWA 209LA 4DD7A 2G4PA 1VDSA 3HFMY 4J0LA 1L18A 4YEOA 1LZDA 4NG1A 1EL1A 217LA 4PHIA 4U3XB 1LYSA 5FEKA 5LYMA 4BS7A 1IP2A 2D91A 1L14A 3FA0A 3CSRA 2LCBA 3G3VA 3WVYA 150LA 4OWHA 2IGCA 4I7PA 3HTDA 1XEPA 3RW8A 1LGWA 3DMXA 4NHSA 132LA 2Y8PA 2IHLA 4DKLA 3C7WA 2B6WA 1QTDA 5L3IA 1KXXA 3SB5A 1JPOA 111LA 1LSDA 1YKZX 1ZWNA 3AZ7A 4TWSA 5KXPA 1GEZA 1L58A 1UIFA 210LA 4N1CC 2ZQ3A 3WU8A 1L64A 114LA 1BWJA 4NGOA 1BHZA 1OP9B 139LA 1SWYA 2MEEA 1G0MA 1NBZC 4LYMA 1IORA 4WOAA 1JWRA 1XSFA 2RSCA 3QY4A 1B7PA 1B5WA 5KXTA 3WULA 4J7VA 1UA6Y 1L22A 1C6DA 4QGZA 178LA 1L04A 3P4ZA 3AZ5A 2HUBA 1SX7A 2A4TA 1IP3A 5IELA 1C6FA 4NGWA 5I4XA 3RU5A 5M1YA 2NWDX 163LA 3WW6A 2MEBA 4TUNA 1D0KA 1WVUA 4N5RA 2YSSC 1LHKA 4A7DA 1GE0A 199LA 3UONA 2B6ZA 251LA 1REYA 5I54A 1WTMA 3HH6A 5D5CA 2MEHA 2HEDA 147LA 1B7MA 225LA 1GDWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5A3Z A;  1L86 A;  1IWV A;  1L03 A;  5L3H A;  1HEW A;  1V7S A;  1L21 A;  256L A;  1L77 A;  4EPI A;  1IWT A;  159L A;  1KIP C;  3N9A A;  1G06 A;  259L A;  1P56 A;  235L A;  5LAF A;  3C81 A;  1G0P A;  1GFE A;  1KXW A;  3HUA A;  228L A;  5B1F A;  2YBI A;  1I56 A;  4WM6 A;  4XEN A;  1YL0 X;  2L78 A;  1QDT A;  3EBA B;  3PDS A;  1IP5 A;  1C64 A;  2LZ2 A;  1D3J A;  1CU6 A;  2BQA A;  4ML7 A;  2MED A;  1B7O A;  1SSY A;  1WTH A;  1DKK A;  1YIK A;  1B5V A;  4G4C A;  5LYZ A;  5F14 A;  1GFU A;  5I4W A;  1JKC A;  189L A;  2DQE Y;  1L30 A;  5FEL A;  127L A;  4GCF A;  4H8Z A;  3BKH A;  1FKQ A;  2IFF Y;  1IR7 A;  1L34 A;  1VFB C;  1LZY A;  3A95 A;  1XFP L;  1KW7 A;  4M4O A;  3M18 B;  3AGG G;  3ULR A;  1L81 A;  2D6B A;  1JQU A;  5LXW A;  5LA8 A;  3WW5 A;  3OJP A;  3WVX A;  4NSJ A;  1JTP L;  4L41 A;  5KXL A;  4OWA A;  152L A;  5DM9 A;  1L69 A;  1WQR A;  4J1B A;  1C6J A;  4B4E A;  184L A;  2MEI A;  1C43 A;  1CU0 A;  3HBH A;  1LYH A;  1L12 A;  1LSE A;  187L A;  227L A;  2Z18 A;  5B07 A;  1VAU A;  1LI3 A;  123L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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