2L78A

Design and structural analysis of alternative hydrophobic core packing arrangements in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 62
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGIAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-110)3H2 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)AH8 (137-141)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)3H1 (111-113)AH6 (114-123)AH7 (126-134)AH9 (143-155)AH2 (39-50)AH4 (83-90)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Design and structural analysis of alternative hydrophobic core packing arrangements in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 62
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2l78A00
1T8FA 2RAZX 4YXAC 187LA 1L58A 1C63A 2OE7X 3SB5A 4W53A 1P3NA 1P37A 1L60A 2B6XA 1LWKA 127LA 4I7QA 1L09A 227LA 1LGWA 2O4WA 219LA 214LA 1LPYA 1C6PA 3C7YA 4EKSA 2B75A 1QT7A 4DKLA 3HU8A 1KNIA 1XJTA 1L10A 1L81A 236LA 1CU3A 2RB0X 1L16A 213LA 3C7ZA 4OO9A 1I6SA 1KY0A 1DYAA 4I7KA 146LA 1L84A 1B6IA 1CX7A 3V2WA 3DN8A 161LA 4W58A 4PK0A 1L99A 1DYEA 3HH5A 4W57A 255LA 222LA 228LA 248LA 1L79A 1ZWNA 3OE0A 196LA 3HTGA 1L0JA 1L59A 1QTCA 3L64A 1L69A 3C7WA 2O79A 199LA 1CU5A 4GBRB 1TLAA 1C6LA 4LDEA 1L62A 1G06A 3NYAA 3NY9A 1KS3A 195LA 1CV4A 1G0JA 4I7RA 166LA 2RBNA 149LA 4LDLA 169LA 1L04A 2QB0B 4EXMA 160LA 2LZMA 4EKQA 144LA 237LA 1L06A 1L46A 143LA 241LA 242LA 1OWZA 1L47A 1C6EA 3CDTA 141LA 140LA 1L87A 1L32A 170LA 4I7JA 1L92A 1PQDA 1L82A 200LA 1QT6A 1P36A 1L23A 2RB2X 216LA 3K2RA 157LA 239LA 1C6TA 3C80A 2LC9A 1L71A 1C6BA 1ZYTA 240LA 3GUJA 1L00A 3JR6A 176LA 1LYGA 150LA 173LA 3CDRA 3DN4A 155LA 1L95A 1C6DA 4W52A 233LA 243LA 3HTFA 1L20A 1OVKA 1LI3A 186LA 168LA 1NHBA 1C6GA 1L24A 4EKRA 1L03A 129LA 3GULA 1L66A 1C64A 246LA 3DMVA 4EKPA 3HWLA 3L2XA 3SB6A 2HUKA 1C6QA 128LA 1SWZA 6LZMA 1L36A 1L55A 1L07A 1CV0A 1DYGA 2QARC 138LA 4W56A 3HT9A 4EPFA 1L93A 210LA 1QUHA 252LA 1QTVA 206LA 1JTNA 1PQMA 4PJZA 3DN0A 1C6NA 1PQIA 2Z6BA 1D2WA 3G3WA 123LA 119LA 4W59A 1D3FA 2B6WA 1L34A 3DNAA 3FADA 3C8SA 262LA 3RUNA 3HH4A 2A4TA 1C69A 212LA 2F2QA 1C6IA 2OTYX 1G0PA 1DYBA 1G1WA 3EMLA 229LA 126LA 1C6MA 1KW7A 1JQUA 1LYDA 2ANXA 1QSQA 4W55A 250LA 3GUIA 122LA 180LA 1L12A 1OVHA 3DN6A 1KW5A 1D2YA 198LA 5LZMA 1QS9A 2OU8A 177LA 1G0GA 2OU9A 3CDQA 249LA 110LA 114LA 120LA 1L21A 1G0QA 1P6YA 1C6HA 1L08A 3GUNA 2B70A 1C6KA 1L41A 253LA 181LA 1CUQA 102LA 1L56A 209LA 2B7XA 2LCBA 3LZMA 3QAKA 113LA 1QTDA 1XJUA 1QUOA 247LA 1C68A 162LA 3OE6A 238LA 223LA 2Q9EA 1L97A 1LYEA 167LA 104LA 1C60A 259LA 211LA 1C66A 4LDOA 3CDVA 225LA 1SSWA 1EPYA 1L90A 2HULA 1LI6A 1L53A 1CV1A 3HH6A 4YXCA 1LW9A 1L88A 3HUAA 115LA 1L40A 1L89A 3VW7A 4ARMA 1CV5A 1OVJA 1L86A 152LA 172LA 1SSYA 1L76A 183LA 3C8QA 184LA 3SB9A 1L01A 1L49A 260LA 1D3MA 1L15A 2OE9X 3HTDA 1G0KA 1L43A 4S0WA 174LA 1L98A 1QT3A 3ODUA 2B6ZA 2RBRA 185LA 4W54A 4EPIA 139LA 2RAYX 3OE8A 191LA 188LA 3C83A 1L54A 1G0MA 1L42A 2NTHA 1T8GA 165LA 1L77A 1QS5A 3F8VA 3OE9A 2B74A 1L0KA 148LE 4E97A 125LA 2B72A 1P5CA 221LA 2RBSA 1L39A 3PDSA 2ANVA 3GUPA 1PQKA 1CUPA 108LA 1P2LA 118LA 1LGXA 2RBPA 3FI5A 3DN1A 189LA 112LA 2RH1A 111LA 1L25A 3F9LA 3HU9A 1L70A 4I7OA 197LA 254LA 1QT4A 261LA 1L05A 1QTHA 1JTMA 1QTBA 3SB8A 224LA 3C8RA 1CU6A 1L35A 3HT6A 2F32A 1L33A 218LA 2HUMA 1LI2A 4I7NA 4I7SA 3HUKA 4EJ4A 4ARJA 1DYFA 1L22A 158LA 1OWYA 2NTGA 2B6YA 2O7AA 4I7TA 4ARMB 1L64A 1CTWA 1C62A 2OU0X 201LA 1QT8A 1LLHA 1XEPA 1L83A 2L78A 3RZEA 3DMXA 1P56A 1L57A 1L02A 182LA 1WTHA 1QUDA 1LWGA 256LA 178LA 4YX7C 1C6AA 217LA 2OE4X 4ARQA 190LA 2OEAX 1L18A 1ZURA 1L67A 3HH3A 4DJHA 257LA 3NY8A 1L80A 164LA 4I7PA 1CV3A 215LA 1QUGA 1T97A 1P2RA 4W51A 3SN6R 1C6FA 1L31A 1PQOA 3PBLA 1L45A 4I7MA 2Q9DA 1P64A 1L91A 1C65A 235LA 1D9WA 1L51A 3HUQA 3HDFA 1L52A 2F47A 151LA 109LA 1L48A 1G1VA 3V2YA 1CVKA 1G0LA 1D3JA 1L26A 1L65A 1LYJA 7LZMA 1T6HA 226LA 3C82A 205LA 1QTZA 3D4SA 1L96A 1L17A 3DKEX 3FA0A 4DAJA 159LA 4IAPA 1CU2A 2IGCA 2B73A 1PQJA 1L61A 234LA 1L72A 3HTBA 175LA 1CU0A 3DMZA 1CV6A 103LA 1D3NA 1C61A 1L37A 147LA 244LA 3G3XA 107LA 156LA 1L68A 2CUUA 145LA 3SBBC 1L94A 1LYFA 3HT8A 1L50A 1SX2A 4I7LA 1C6CA 258LA 130LA 4LZMA 3G3VA 137LA 1C67A 1G07A 192LA 1K28A 142LA 4ZPUA 4ARQB 3GUOA 3GUKA 1CX6A 1OV7A 3HDEA 2RB1X 1L85A 1L13A 1DYDA 231LA 3DN2A 3GUMA 1L63A 220LA 1L74A 3DN3A 171LA 1OYUA 1L30A 3SBAA 2RBOA 163LA 1L75A 1L11A 1QT5A 3C81A 4AQNA 4ARPA 5I14A 4ARLA 232LA 2OTZX 3SB7A 1L38A 1SWYA 1OV5A 4K5YA 1LGUA 1KY1A 1LYIA 1P46A 1C6JA 1L14A 251LA 3HT7A 1L27A 3UONA 1SX7A 1L28A 1DYCA 245LA 1QSBA 230LA 1L19A 1L44A 1L73A 4GRVA 3CDOA 1T8AA 2RBQA 2B6TA 131LA 1LYHA 1L29A 1P7SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CKGA 187LA 1JJ0A 2OE7X 3A94A 4XJBA 1P37A 1L60A 1GB9A 1LMQA 127LA 4G49A 1L09A 2BQEA 2YBIA 3AGHA 219LA 1LPYA 1BB7A 4GCCA 2MEAA 1XJTA 1L16A 4OO9A 1I20A 146LA 1B6IA 3AB6A 1JJ1A 161LA 4W58A 4HTQA 1L99A 4II8A 5KXMA 3HH5A 1LYZA 2AUBA 2Z2EA 3HBHA 4G4HA 4W94A 228LA 2ZQ3A 3OE0A 5HNLA 3HTGA 1IC4Y 3RZ4A 5FCPA 1GF7A 1IWUA 3C7WA 199LA 1CKFA 2BQOA 5LVJA 4LDEA 1L62A 2D4JA 2HU1A 2RBNA 4LDLA 149LA 1LMOA 1L04A 4NHIA 4LT2A 4EXMA 2LZMA 1GE2A 2DBTA 4HJYA 1LSZA 5KXPA 4U3XB 3QY4A 4ZIXA 241LA 4H91A 1L47A 1L87A 4D9ZA 1L32A 1L82A 1SLYA 2EQLA 1EQ4A 3G3BB 2RB2X 133LA 4NGKA 239LA 1VDSA 5KKIA 1OP9B 1LSAA 173LA 3CDRA 1WVUA 233LA 3HTFA 1GBXA 1TEWA 1JITA 1C6GA 1L03A 1IWWA 1KXXA 1PS5A 5FDJA 4O34A 246LA 4EKPA 1GBSA 3L2XA 1SWZA 3A91A 2ZIKA 4TWSA 4XYYA 1JKDA 1DPXA 2WARA 2XTHA 4W56A 1LZBA 210LA 1IP5A 206LA 1GFJA 1WQPA 4PJZA 1C6NA 1JIYA 2D91A 1UIHA 2Z6BA 3OK0A 3FADA 4NIJA 1JSFA 1F6SA 1IO5A 2I6ZA 4OWHA 1B7RA 3EMLA 1GHLA 4DWXA 1LJJA 1LYDA 2ANXA 4HTNA 1QSQA 4W55A 2HEDA 122LA 180LA 3GUIA 4QGZA 1OVHA 1GXXA 3DN6A 1JWRA 1QS9A 2OU8A 110LA 120LA 4WL7A 4WLDA 3GUNA 2XQOA 1XSFA 1XGRC 1YAOA 4NGLA 2B7XA 3CB7A 3LZMA 113LA 1XJUA 247LA 162LA 167LA 259LA 2EIZC 2YBNA 4G4CA 1GF9A 3CDVA 5KXYA 1SSWA 4M6DA 1AT5A 154LA 1VDPA 1IVMA 3TXEA 1CV5A 1TAYA 5C6LA 1HEPA 172LA 3AZ7A 1LMPA 1L76A 3IJUA 183LA 3C8QA 4HPIA 3WW5A 1D3MA 2W1XA 4HJVA 4XJHA 4ZFPA 4LFXA 3HTDA 1G0KA 4S0WA 4PPOA 5APEA 3MGWA 2B6ZA 1B7PA 5E4PA 2RBRA 4W54A 1LZSA 1AZFA 3WXUA 1IWTA 3D3DA 1J1PY 193LA 2B74A 1CJ7A 2DQHY 125LA 1D6PA 2B72A 1GB2A 5F9XA 3EBAB 4XJIA 2RBSA 1HENA 1OUGA 1OUBA 4NHQA 3PDSA 1IP1A 1P2LA 1D0MA 3CSRA 2RBPA 189LA 112LA 4PHIA 111LA 1XGTC 3F9LA 1D0KA 4RDSA 1QT4A 3SB8A 1L35A 1CNSA 4J1BA 1HFXA 4J0LA 1A2YC 1NWGA 1WQQA 3FE0A 4EJ4A 1DYFA 1L22A 2NWDX 2B5ZA 2B6YA 2O7AA 1J1OY 1L64A 2DQDY 2I25L 1C10A 1C62A 4GN4A 1E8LA 1QT8A 4LYBA 1LLHA 3KAMA 1YAMA 1WQNA 1GF8A 1P56A 2Z19A 182LA 1QUDA 4YX7C 217LA 5I4XA 4ARQA 5I54A 1L18A 4J7VA 4ZEEA 1LKSA 3K3TA 3EO5A 1W6ZA 3QNGA 5LYMA 4LYZA 3LYOA 1AM7A 3SN6R 1C6FA 1PQOA 2Z39A 2Q9DA 1P64A 2F4GA 1C65A 1D9WA 5K7OA 2F47A 109LA 1CVKA 1G0LA 1C45A 5I4WA 1T6HA 3M18B 1ZVHL 1OUEA 2ZNWY 1L96A 8LYZA 1L17A 3FA0A 5HMVA 4DAJA 4DD0A 1J1XY 2CJLA 2IGCA 5FEKA 4HV2A 1BB5A 1D6QA 1L72A 175LA 1NF5A 1LHJA 5KJ9A 1ZVYB 1LSBA 1JHLA 3G3XA 3A3QA 1NDMC 3SBBC 1GE4A 5EBHA 3RU5A 1L50A 1LHLA 1LZTA 4LZMA 1LZ6A 3IWRA 142LA 3GUOA 4QEQA 4Z98A 4MCKA 1OV7A 1AT6A 3ATOA 1DYDA 1OUHA 2MEFA 5LYZA 3VWOA 5L3IA 5KXLA 1UACY 1L75A 4YEMA 2Z2FA 1QT5A 2BLYA 1GFGA 4R6CA 4ARLA 1L38A 2Z12A 1KY1A 5L3HA 1LJKA 1F10A 1GXV2 1JKBA 1L27A 1UIEA 1QSBA 1L19A 3J6KA 1OUAA 3WU9A 131LA 4DDAA 1GE3A 1L58A 3A93A 1WVVA 1IC5Y 3P68A 1UIBA 4WOAA 1HEOA 1LYOA 4I7QA 2O4WA 214LA 3C7YA 4ET8A 4Z3MA 3P4ZA 2MEBA 1KNIA 1JEFA 236LA 1L81A 2RB0X 213LA 1I6SA 1DYAA 4I7KA 1L84A 3A8ZA 3DN8A 4LGKA 194LA 1GF0A 1DYEA 4HP0A 255LA 1YKZX 1D9UA 5B1FA 4DQJA 248LA 5E9RA 1IWYA 1L79A 2D4IA 4ETBA 196LA 3AGIA 3L64A 1L69A 2O79A 1G7HC 4WM2A 3CT0A 1LJEA 1LHKA 2DQIY 2ZWBA 4C5FA 3NY9A 4HV1A 1CV4A 4I7RA 169LA 5KXXA 1LPIA 160LA 4NGJA 4EKQA 144LA 1QDRA 1T3PA 1L46A 1DZBX 3W6AA 141LA 140LA 170LA 4I7JA 4CGEA 1RJCB 1XGUC 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1CKG A;  187L A;  1JJ0 A;  2OE7 X;  3A94 A;  4XJB A;  1P37 A;  1L60 A;  1GB9 A;  1LMQ A;  127L A;  4G49 A;  1L09 A;  2BQE A;  2YBI A;  3AGH A;  219L A;  1LPY A;  1BB7 A;  4GCC A;  2MEA A;  1XJT A;  1L16 A;  4OO9 A;  1I20 A;  146L A;  1B6I A;  3AB6 A;  1JJ1 A;  161L A;  4W58 A;  4HTQ A;  1L99 A;  4II8 A;  5KXM A;  3HH5 A;  1LYZ A;  2AUB A;  2Z2E A;  3HBH A;  4G4H A;  4W94 A;  228L A;  2ZQ3 A;  3OE0 A;  5HNL A;  3HTG A;  1IC4 Y;  3RZ4 A;  5FCP A;  1GF7 A;  1IWU A;  3C7W A;  199L A;  1CKF A;  2BQO A;  5LVJ A;  4LDE A;  1L62 A;  2D4J A;  2HU1 A;  2RBN A;  4LDL A;  149L A;  1LMO A;  1L04 A;  4NHI A;  4LT2 A;  4EXM A;  2LZM A;  1GE2 A;  2DBT A;  4HJY A;  1LSZ A;  5KXP A;  4U3X B;  3QY4 A;  4ZIX A;  241L A;  4H91 A;  1L47 A;  1L87 A;  4D9Z A;  1L32 A;  1L82 A;  1SLY A;  2EQL A;  1EQ4 A;  3G3B B;  2RB2 X;  133L A;  4NGK A;  239L A;  1VDS A;  5KKI A;  1OP9 B;  1LSA A;  173L A;  3CDR A;  1WVU A;  233L A;  3HTF A;  1GBX A;  1TEW A;  1JIT A;  1C6G A;  1L03 A;  1IWW A;  1KXX A;  1PS5 A;  5FDJ A;  4O34 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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