2LC9A

Solution structure of a minor and transiently formed state of a t4 lysozyme mutant
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAAFTNSLPMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Solution structure of a minor and transiently formed state of a T4 lysozyme mutant.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 52
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-04-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2lc9A00
1C6NA 130LA 1QT4A 1G07A 1ZURA 231LA 1L35A 166LA 142LA 183LA 1P3NA 1LYJA 5I14A 2OU9A 4I7SA 216LA 145LA 138LA 1L68A 2A4TA 2B74A 1CU5A 3D4SA 3CDTA 1CTWA 1L55A 2OEAX 1L47A 3G3VA 1D2WA 2LCBA 3HH6A 169LA 4I7TA 261LA 156LA 158LA 1C6FA 3GUMA 3HTDA 1L88A 2O79A 1OYUA 5LZMA 4ARQA 4I7LA 1C67A 2OE9X 2RBSA 131LA 155LA 1P56A 2LC9A 1DYAA 1L39A 1T6HA 2ANXA 3FA0A 1L61A 257LA 3FADA 2O4WA 3PDSA 102LA 219LA 251LA 1L70A 1L85A 4I7KA 1C6PA 248LA 1L13A 1LI3A 1QSQA 3CDVA 3GUOA 1LI2A 3HU9A 176LA 147LA 1L34A 1OVKA 4W54A 3UONA 125LA 234LA 186LA 1CV1A 1KS3A 3L64A 2OE4X 1PQOA 3DN0A 1L59A 1QUOA 1KY0A 1G0PA 1L25A 167LA 119LA 4ARMB 1C64A 1QUHA 1SX2A 1LYFA 1I6SA 1L43A 172LA 1SX7A 3C82A 249LA 4E97A 1L29A 1QTDA 1KW5A 3NY8A 1L18A 164LA 258LA 3G3WA 1SWYA 1QS9A 1C69A 1P5CA 1QS5A 157LA 3HUKA 1L21A 170LA 1B6IA 1DYCA 1L09A 1L30A 2B6TA 2OU8A 3SB8A 3GUIA 1C6BA 1P2RA 2F2QA 1L98A 3CDQA 1CV0A 1L84A 1L92A 1L05A 1L93A 1C6QA 190LA 2RBPA 201LA 3RUNA 238LA 1C6DA 2F32A 3L2XA 1D2YA 4LDOA 122LA 1L89A 1QUGA 189LA 1C6AA 3HUAA 2B6WA 222LA 120LA 1G0JA 2RB2X 2HUMA 1L27A 3CDOA 1D3JA 3HH5A 1L60A 2Z6BA 187LA 252LA 1LYEA 123LA 1OV7A 3HT6A 1EPYA 2RAYX 3SN6R 220LA 3SBBC 1L53A 1D3MA 259LA 1L77A 1L91A 4W52A 3C83A 1L06A 1L81A 185LA 2B70A 1G0KA 152LA 3DN3A 1L28A 245LA 1L63A 3DN6A 1L96A 1L62A 209LA 1QTCA 1LGUA 180LA 1L23A 1T97A 2RBQA 151LA 1LWKA 1LGWA 1L22A 1CX6A 2B6YA 3LZMA 1L00A 1QUDA 225LA 3GUNA 4EKSA 1SSWA 3HWLA 4PK0A 4K5YA 1CV6A 228LA 6LZMA 262LA 3GUJA 1C6GA 1C6IA 246LA 3K2RA 1C6JA 213LA 1L73A 111LA 1P6YA 1L40A 233LA 206LA 4DAJA 1D3NA 160LA 3ODUA 173LA 1P46A 137LA 3JR6A 3PBLA 4ARJA 2RB1X 1CVKA 3OE9A 4I7MA 3SB7A 1DYGA 1QTZA 1L50A 1L67A 3HTGA 1QT5A 3DKEX 224LA 1L33A 2B73A 1L46A 4ARQB 1PQJA 4LZMA 2B72A 4LDEA 1PQIA 2NTGA 2O7AA 4ZPUA 1LLHA 1L86A 3VW7A 1QT8A 2HULA 3G3XA 215LA 4YXAC 4AQNA 241LA 2B6XA 4W59A 3DMVA 3QAKA 1L04A 1L07A 1QT7A 2RBNA 118LA 3FI5A 168LA 1TLAA 4I7JA 4IAPA 1K28A 4I7RA 3HT7A 2B7XA 1SWZA 2CUUA 2RH1A 4I7OA 2RB0X 198LA 254LA 1KNIA 141LA 163LA 1L69A 1QTBA 174LA 1C6CA 3DN8A 4YX7C 4EPIA 3DN1A 1OWYA 188LA 150LA 2NTHA 3CDRA 3OE8A 212LA 2OU0X 127LA 3V2WA 235LA 1CV4A 1P64A 108LA 1C60A 1C65A 1C63A 3HH4A 3SB9A 3F9LA 1T8FA 3V2YA 1PQMA 1G0MA 2QB0B 1SSYA 143LA 3NY9A 1QTVA 7LZMA 1L52A 1WTHA 2Q9DA 1D3FA 1JTNA 1LI6A 229LA 4EXMA 230LA 237LA 129LA 1L48A 1L54A 1LWGA 3EMLA 1T8AA 2ANVA 4EKQA 247LA 1L87A 1C6HA 1DYEA 1LPYA 4DJHA 175LA 1C6MA 1CUPA 1L45A 1G06A 1L26A 210LA 1CU6A 2HUKA 1LYIA 112LA 2L78A 1L38A 192LA 126LA 1L01A 178LA 1LGXA 2QARC 1P2LA 221LA 3GULA 149LA 1XEPA 1NHBA 1L95A 1CV5A 1L71A 2OTYX 1L12A 3C81A 1L15A 1L82A 4EKPA 1L19A 1L37A 165LA 1L02A 1OWZA 1G0QA 4LDLA 1L08A 1C6TA 3C80A 1CU2A 1L11A 128LA 1L42A 200LA 3OE6A 1L31A 3DN4A 1L64A 1L74A 1L16A 3SB5A 240LA 1L20A 1L24A 1L36A 1L51A 227LA 3HDFA 1JTMA 3GUKA 1ZWNA 236LA 1D9WA 162LA 104LA 4PJZA 1C6KA 232LA 1G0GA 1CU0A 1L03A 3DMZA 1C6LA 1LW9A 1PQKA 1CU3A 4EKRA 1P36A 1C62A 1L76A 2B6ZA 4YXCA 1T8GA 3SB6A 1DYFA 2LZMA 103LA 148LE 114LA 1KY1A 4W56A 4W55A 3HT9A 1JQUA 1LYGA 3C7WA 1L32A 182LA 256LA 1L17A 181LA 3HTFA 4ARMA 4I7NA 1XJTA 195LA 3HT8A 2Q9EA 3DMXA 1L99A 1P7SA 4EJ4A 196LA 1L94A 226LA 113LA 4W57A 1G1VA 1C68A 3C7YA 1DYBA 1G0LA 139LA 4OO9A 1CUQA 4I7PA 1OV5A 2RAZX 2OTZX 4DKLA 1L58A 2RBRA 217LA 1P37A 1DYDA 146LA 1L72A 177LA 1L10A 1L14A 2IGCA 1L79A 1L0JA 1L80A 197LA 1LYDA 2OE7X 4I7QA 110LA 1G1WA 1L41A 1L0KA 3NYAA 1C6EA 260LA 3SBAA 1QTHA 144LA 140LA 3OE0A 171LA 3C8QA 3HU8A 2RBOA 191LA 3RZEA 115LA 1OVJA 250LA 1XJUA 3C8RA 244LA 205LA 1L44A 4GRVA 255LA 239LA 3C7ZA 199LA 1ZYTA 2F47A 3HTBA 4ARPA 1QT6A 2B75A 211LA 1L56A 3HDEA 223LA 1PQDA 1L90A 1CV3A 161LA 1L65A 253LA 1C66A 214LA 243LA 3F8VA 1QT3A 4W51A 4GBRB 3C8SA 1L66A 1L83A 159LA 4W58A 107LA 218LA 1L49A 3HUQA 1C61A 184LA 4EPFA 1L97A 1OVHA 1QSBA 3DN2A 4W53A 1CX7A 4S0WA 1L57A 4ARLA 1LYHA 3HH3A 1L75A 242LA 3DNAA 109LA 3GUPA 1KW7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C6NA 1DKJA 166LA 183LA 1GF4A 1RCMA 4TSCA 145LA 138LA 1NDMC 1OUGA 4YEMA 3MGWA 3G3VA 4HTKA 261LA 1GBYA 3GUMA 3HTDA 4WM4A 1L88A 2O79A 4H8XA 1ZVYB 4LYOA 131LA 1YAPA 1P56A 1IOQA 1DYAA 4H90A 3FA0A 3IJVA 3FADA 2Z12A 1L85A 1L13A 5B06A 1OVKA 5C6LA 1JPOA 1LZ1A 2BQBA 1LSMA 5B1GA 4WLYA 1JJ1A 5KXOA 1L25A 119LA 1NMMA 3EBAB 1IOTA 2DQDY 4ARMB 1C64A 1GFGA 2DQJY 2A7FA 4LFPA 2C8PA 1SX7A 1L29A 4ETBA 1YAMA 2A7DA 164LA 258LA 1FKVA 1QDTA 4B1AA 170LA 1DYCA 3GUIA 1LHLA 1YAQA 1C6BA 1P2RA 1JKAA 1VDQA 1LHHA 2ZYCA 4GCBA 3CDQA 1UIHA 4BADA 2DQIY 190LA 2RBPA 3RUNA 1C6DA 4L41A 1G0JA 3M3UA 1HC0A 1JEFA 3HH5A 1B9OA 2BQMA 3N9CA 2EKSC 1MELL 3W6DA 1QSAA 4DQ5A 259LA 3B0IA 4W52A 3C83A 4HTNA 1LAAA 152LA 1LHMA 2MEDA 4QGZA 1GE4A 1Z55A 1L62A 4H9EA 3W6CA 4LFXA 4LYZA 1LWKA 1CX6A 3GUNA 4PK0A 1TDYA 2IHLA 262LA 4CFPA 1L73A 1P6YA 1JUGA 4KXIA 173LA 2D4IA 4NHTA 3BKHA 1CVKA 1WVVA 4WMGA 1QTZA 1QSWA 1QT5A 5IELA 1B5WA 1L46A 4ARQB 4LZMA 4NGVA 1PQIA 2NTGA 4ZPUA 2DBTA 2HULA 4AQNA 3DMVA 4RW2A 1W6ZA 4GN3A 2HUBA 4H91A 168LA 5KJ9A 1IEEA 4Z41A 3HT7A 2CUUA 2ZWBA 3TMUA 1VFBC 174LA 5B1FA 3DN1A 188LA 2CWIA 1GFAA 4ANRA 2YBNA 3WPJA 127LA 3V2WA 235LA 4RLMA 1CV4A 4LYTA 1BB5A 3F9LA 1JSFA 193LA 2BQDA 1PQMA 1G0MA 2QB0B 3P66A 5D5FA 1IWUA 1LJEA 4WM6A 4I8SA 2Z18A 1D3FA 4PGJB 3CSZA 1JKCA 3M18B 3RW8A 3ZEKA 237LA 1B7RA 129LA 3WH1A 1L54A 4NG8A 4N9RA 2VB1A 1LZ4A 1YL0X 4DJHA 2WARA 1JTPL 1L26A 2YDGA 1IWWA 1CU6A 4LT0A 5KXWA 2HUKA 5APEA 3WYHA 2L78A 1L38A 1B0DA 3A8ZA 4XYYA 1HFXA 2QARC 1EL1A 2MEAA 1VEDA 149LA 1LSNA 1L95A 1HEPA 3GXRA 1L19A 1A2YC 1LSYA 3P4ZA 4LDLA 5L9JA 1J1XY 3TMXA 5APCA 5KXRA 1L16A 4KT3A 3BKVA 3SB5A 2DQEY 1JHLA 3W6FA 1LJ3A 4WG7A 3HDFA 1JTMA 3GUKA 5KXPA 1FLWA 236LA 1D9WA 1CKDA 2BQGA 4J0LA 1LPIA 1UIEA 4H9CA 1LW9A 4YENA 3AGIA 1C62A 1L76A 1DYFA 2LZMA 1NDGC 114LA 1KY1A 4W56A 3HT9A 1JQUA 5LAFA 1AT5A 182LA 1GE3A 3A34A 2B5ZA 3WW5A 181LA 3HTFA 4ARMA 4I7NA 1XJTA 195LA 3HT8A 1L99A 1YQVY 4NEBA 1GBXA 5KXXA 4OOOA 2D4JA 1C68A 1ZV5L 4ML7A 1G0LA 139LA 3TXGA 1JITA 2OTZX 2W1LA 3P68A 4NY5A 4WM1A 2H5ZA 4BAFA 1P37A 2W1XA 1DKKA 1GF8A 1HSWA 1NQIA 3A92A 1L0JA 2BQNA 4WM5A 1C08C 1LYDA 1IR9A 4I7QA 3E3DA 4B4EA 5DN5A 1L0KA 1REZA 1C6EA 4GCCA 1WQNA 4H1PA 4DDAA 140LA 1IR8A 4NHSA 4WO9A 2RBOA 1OVJA 1HELA 4ETEA 1XJUA 4GN4A 3AB6A 2Z37A 1GXV2 161LA 3WL2A 1L65A 5KXYA 214LA 4N8ZA 4WO6A 159LA 4W58A 3CSQA 1BHZA 3FI7A 5KXMA 1QSBA 1VDPA 4FJRA 3D9AC 2BQFA 2BLYA 1J1PY 1CJ9A 1LOZA 1CKGA 1OUAA 3SP3A 1HEWA 130LA 1GBZA 2MEGA 4H9AA 1G07A 4DQJA 1ZURA 1L35A 4WLTA 1BVXA 1LYJA 5LVHA 1LSGA 3P65A 3A95A 1L68A 2B74A 4XENA 3D4SA 3K3TA 3CDTA 2PC2A 4EOFA 2OEAX 5KKJA 1D2WA 2CGIA 1HMLA 2LCBA 4I7TA 169LA 1XGRC 156LA 2EPEA 1AT6A 1LJHA 4XJGA 1T6VL 4ARQA 2OE9X 155LA 4RW1A 1T6HA 1L61A 257LA 3AW7A 2O4WA 1GAYA 1QUSA 2D6BA 251LA 4I7KA 1C6PA 248LA 1LYOA 3CDVA 1L34A 3A94A 1KIQC 1LZYA 2GV0A 1PQOA 2OE4X 3DN0A 3CT1A 4NSGA 1LZRA 1QUOA 5F9UA 3CQLA 1OUEA 1GF5A 4GCEA 2YBLA 1QUHA 3CT5A 1WVUA 1LMOA 4M4OA 172LA 3C82A 1ZMYL 1GF9A 249LA 4UWUA 1KW5A 4XJFA 3NY8A 1L18A 1I20A 3G3WA 4AGAA 1C69A 157LA 4H8YA 1B6IA 2B6TA 2BAAA 5APFA 1IY4A 1CV0A 1L92A 1DPXA 1OUHA 4NSJA 3ZVQB 3OK0A 1D2YA 132LA 122LA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1C6N A;  1DKJ A;  166L A;  183L A;  1GF4 A;  1RCM A;  4TSC A;  145L A;  138L A;  1NDM C;  1OUG A;  4YEM A;  3MGW A;  3G3V A;  4HTK A;  261L A;  1GBY A;  3GUM A;  3HTD A;  4WM4 A;  1L88 A;  2O79 A;  4H8X A;  1ZVY B;  4LYO A;  131L A;  1YAP A;  1P56 A;  1IOQ A;  1DYA A;  4H90 A;  3FA0 A;  3IJV A;  3FAD A;  2Z12 A;  1L85 A;  1L13 A;  5B06 A;  1OVK A;  5C6L A;  1JPO A;  1LZ1 A;  2BQB A;  1LSM A;  5B1G A;  4WLY A;  1JJ1 A;  5KXO A;  1L25 A;  119L A;  1NMM A;  3EBA B;  1IOT A;  2DQD Y;  4ARM B;  1C64 A;  1GFG A;  2DQJ Y;  2A7F A;  4LFP A;  2C8P A;  1SX7 A;  1L29 A;  4ETB A;  1YAM A;  2A7D A;  164L A;  258L A;  1FKV A;  1QDT A;  4B1A A;  170L A;  1DYC A;  3GUI A;  1LHL A;  1YAQ A;  1C6B A;  1P2R A;  1JKA A;  1VDQ A;  1LHH A;  2ZYC A;  4GCB A;  3CDQ A;  1UIH A;  4BAD A;  2DQI Y;  190L A;  2RBP A;  3RUN A;  1C6D A;  4L41 A;  1G0J A;  3M3U A;  1HC0 A;  1JEF A;  3HH5 A;  1B9O A;  2BQM A;  3N9C A;  2EKS C;  1MEL L;  3W6D A;  1QSA A;  4DQ5 A;  259L A;  3B0I A;  4W52 A;  3C83 A;  4HTN A;  1LAA A;  152L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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