2LHMA

Crystal structures of the apo-and holomutant human lysozymes with an introduced ca2+ binding site
Total Genus 50

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLDDNIADDVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYTI1 (39-42)O1 (6-128)TI'1 (36-39)3H4 (122-124)AH1 (5-15)TII1 (17-20)AH3 (89-100)AH2 (25-36)3H1 (20-22)TI3 (55-58)S1 (43-46)TIV1 (46-49)TI2 (47-50)S2 (51-54)TI4 (60-63)TIV3 (67-70)S3 (59-60)TIV2 (61-64)TII2 (70-73)TI5 (75-78)3H2 (81-84)3H3 (105-108)AH4 (110-116)TII4 (125-128)TIV4 (102-105)TII3 (116-119)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Homo sapiens
publication title Crystal structures of the apo- and holomutant human lysozymes with an introduced Ca2+ binding site.
pubmed rcsb
molecule keywords HUMAN LYSOZYME
total genus 50
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-10-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2lhmA00
3A93A 3P66A 1GBYA 132LA 1DPXA 4NEBA 1IC7Y 2W1XA 4ZFPA 1B5VA 4WM2A 1Z55A 1IWYA 1HSWA 3J4GA 2F30A 1CJ9A 1MELL 1GB5A 1GBWA 2LZTA 1JIYA 1IVMA 193LA 3WMKA 4TSBA 1LSZA 1DKKA 1BQLY 1HEQA 2DQIY 3CQLA 3J6KA 1NWGA 1BHZA 1GF5A 1OUJA 1JUGA 3A94A 1FKQA 1B7SA 2YBHA 3A6BY 4RLMA 5L3IA 4H9CA 3K3TA 1OUEA 4XJFA 2W1YA 3AZ6A 1GE3A 1QDRA 5LVHA 1KXXA 1JJ1A 2WARA 2X0AA 3CSQA 4WO6A 5ILFA 3LYMA 3ZVQA 3WL2A 2LYMA 1OUDA 5KXXA 1LZNA 4WM3A 2YBLA 1GFAA 3LZTA 1REMA 5FDJA 3WPJA 1LZ6A 4CFOA 3WU8A 1RJCB 2BQBA 2H9KA 1VDQA 1GFVA 1LZYA 5DM9A 1GFKA 2D91A 207LA 1GFHA 1HF4A 3WVYA 1JTTL 5F9UA 1GE0A 1IY4A 5KXRA 1LJNA 1YL0X 1GB6A 1D6QA 1QTEA 1WVUA 2BPUA 2MEGA 4GN4A 4HSFA 1EL1A 1YKYX 5D5CA 1WVVA 4HJYA 3W6CA 3WVXA 1W6ZA 2N5ZA 1IP2A 1IORA 5FELA 2XJWA 5FSTA 2EPEA 2MEEA 4H8YA 1IWUA 4I8SA 4XJGA 1NBYC 3A91A 5KXMA 4LFPA 1IP3A 1GPQC 1LSAA 2FYCA 3AYQA 1LSPA 3LN2A 1LZGA 5LVIA 1LZ5A 1C46A 5EBHA 4CFPA 5F16A 1HC0A 1BB4A 2FBBA 2FBDA 1VFBC 3AW7A 1IY3A 1HEPA 4TSCA 1LZ4A 5DL9A 2BQNA 5LAGA 3W6DA 4DD3A 5KXKA 1IP7A 1SLYA 2HU1A 2YVBA 3GXRA 2LZ2A 1B9OA 1LZ9A 1TAYA 2F2NA 1GXV2 5FHWA 5KXSA 3B0KA 1P2CC 1IX0A 4W94A 3W6AA 4GN5C 4WM5A 4DDCA 4YOPA 3P68A 1YKXX 4NGJA 4WMGA 1CKCA 2IFFY 1BVKC 4HJZA 1LSGA 1LSCA 5C6JA 1LYZA 1XEIA 5KXTA 1GFGA 1OUAA 1B5XA 3T6UA 1IWTA 3B6LA 1NHEA 4EMNA 4ET8A 3LYOA 1J1PY 1GBZA 2HU3A 4R6CA 3D3DA 4BAFA 5II3A 1N4FA 4PPOA 1CJ8A 1NF5A 3KAMA 1CJ7A 5F81A 1B5WA 1FKVA 4NSHA 3B0OA 4W96A 1I56A 1LZEA 1GAYA 1TEWA 3CB7A 3QNGA 3RNXA 3N9EA 4TTDA 1DQJC 2BQCA 2ZYPA 3WXUA 1XGQC 2A7DA 1LMTA 4H90A 1GF3A 2DQGY 1LHMA 2HECA 5F9XA 5I54A 5B06A 1YANA 1B2KA 2MEDA 5A3ZA 2Z39A 1QIOA 3AGIA 1JTOL 4RW1A 4UWNA 3BKVA 3CT0A 2HEEA 4TX7A 1JPOA 1LSBA 1NKHA 5B1FA 1LJJA 5D5FA 1UBZA 1W08A 4UWUA 2YBNA 4NG1A 1LZRA 4LT1A 1IC5Y 4MCKA 1DI3A 1HENA 1BVXA 2Z19A 1GF6A 4B4JA 4Z46A 1LHKA 1XGTC 2YBMA 4XJIA 5HQ1A 4XENA 4DC4A 3P64A 3TXEA 1KIQC 1LMCA 4H9HA 3ATOA 1BGIA 5DLAA 3WH1A 4NSGA 5ILCA 2IHLA 4ML7A 3W6BA 1LSDA 2YDGA 1REZA 4XJHA 5T3FA 1UA6Y 4WL6A 4PGJB 2AUBA 3W6FA 4DD2A 5LVJA 1B0DA 4ANRA 4WLTA 5I4XA 3M18B 4DD7A 1YIKA 1LHIA 1NQIA 1GB3A 3IJVA 5F14A 1LJFA 3TXBA 2Z18A 2ZNWY 2F4GA 1GFJA 2DQEY 1CKDA 2FYDA 1ZVYB 4ETAA 1D6PA 1OQMA 3G3BB 4EOFA 3FE0A 2DQHY 4N8ZA 4PHIA 3WUMA 1OP9B 1IC4Y 1OUGA 1BB7A 1JHLA 1C43A 2CJLA 3N9AA 5KKIA 4NY5A 4N9RA 1HNLA 4YEMA 1H6MA 2PC2A 1WQPA 1D0KA 3FI7A 4KXIA 4G4HA 2Y8PA 1ALCA 1AM7A 3AB6A 5HLLA 1GF8A 4LT3A 1GBOA 1ZV5L 4OWBA 4QGZA 5APEA 1G7JC 3WW6A 3SP3A 3TMUA 1HEMA 4ETDA 1QUTA 1TCYA 1LMPA 3CSRA 1B5ZA 3EXDA 3HBHA 1UICA 1AKIA 4NG8A 4C3WA 4HV1A 1SQ2L 3IJUA 4HV2A 5E4PA 1J1OY 1GB2A 1IP1A 1RI8B 2EQLA 4J1AA 5LINA 4M4OA 4CHXA 5KXOA 3EBAB 1AT5A 1GE1A 1UIAA 1V7TA 1JKAA 1YILA 1GXXA 1GHLA 3ZVQB 3MGWA 1LMQA 1F6SA 5IDDA 3ZEKA 1KIRC 3F6ZA 4B0DA 1KIPC 2MEBA 4Z3MA 2W1MA 4U3XB 2Z38A 1C7PA 1FN5A 3TXIA 1JKDA 194LA 2DBTA 4HPIA 4PRUA 4MSTA 5DN4A 5HNLA 3RU5A 3OJPA 5DN5A 1JJ0A 4HTQA 4P2EA 2BLXA 3IWRA 3TXFA 4GN3A 3AZ5A 2H9JA 5M1YA 1NDMC 1QDTA 4N1CC 3EO5A 4OWAA 4KT3A 4DDAA 2G4PA 4OW1A 5I53A 2BQIA 1IR9A 1WQQA 4YEOA 4WG7A 1QUSA 1YKZX 4A7DA 1B7MA 5I4YA 5APDA 5LYMA 1CKGA 2HEFA 1RFPA 1G7HC 4O34A 1LYSA 2MEAA 1LZ1A 1GF4A 1BB3A 4DWXA 4H9EA 2I6ZA 3RZ4A 1GFUA 3P4ZA 3B0IA 1CJ6A 4AGAA 4H8ZA 5LVKA 2DQCY 1IOCA 135LA 1G7LC 4H91A 2HTXA 4PJ2C 3WW5A 1LAAA 1QSAA 1IOTA 3A92A 5B1GA 1VDSA 4AXTA 2BQJA 4WLYA 5LA8A 1C08C 4DD9A 1FLUA 2MEIA 1WTMA 1UIBA 4QDNA 4I0CA 1KXYA 2YBJA 1IWWA 4NHQA 4NGIA 4RW2A 1GDWA 4B4EA 5L3HA 2BQGA 5KXWA 3CSZA 1IOSA 5KXZA 5LXWA 4J7VA 1LCNA 4H8XA 4YM8A 1LKRA 4TUNA 2C8PA 1C10A 2BQAA 3BKHA 1LPIA 3GXKA 2BQDA 4WG1A 1YAPA 4NGYA 1JWRA 6LYZA 5J7CA 1VAUA 1GBXA 4GCFA 4XJDA 4OWEA 1PS5A 1G7IC 1WQMA 4H9FA 1JKBA 1D0MA 3AGHA 4XJBA 5A3EA 4NGKA 4HPEA 1GFTA 4LFXA 5LAFA 2XTHA 1HHLA 1UCOA 4H9IA 2NWDX 3RW8A 1INUA 3WPKA 208LA 1GBSA 1JITA 1XFPL 1AZFA 1BB6A 8LYZA 2Z2EA 1RE2A 2BQFA 4H9BA 4BS7A 2LYOA 1QSWA 4HP0A 3HBDA 4ETEA 2BQOA 1REXA 1XSFA 1EQ5A 2MEHA 1LSNA 1IR8A 1HFXA 1LJEA 3LYZA 4LYCA 4GLVA 1UIGA 2XBSA 1RCMA 3TMVA 5LIOA 1LZSA 2XBRA 1J1XY 1LOZA 2DKVA 1FDLY 5KXLA 1A2YC 4RDSA 1REYA 4C5FA 3A3QA 5JENB 1XEJA 4GLAA 4NWHA 4II8A 5B59A 3P65A 2EKSC 1UACY 4RLNA 3OK0A 3B72A 5LVGA 1LKSA 4WM4A 2DQJY 3VWOA 4NWEA 4DD0A 4Z41A 1LJ4A 2MECA 2C8OA 1GFEA 2DQDY 5IHGA 3WUAA 1VATA 3A34A 4DYGA 1IOQA 1G7MC 4XADA 1HSXA 1IEEA 3RT5X 1UIFA 2DQAA 7LYZA 2ZQ3A 2B5ZA 5KKJA 1V7SA 1LSFA 4LYBA 1IO5A 5KJ9A 1JKCA 1LHJA 5C6IA 3AZ4A 3CT1A 4NGWA 1I1ZA 1EQ4A 5HMVA 4DT3A 1BB5A 3AJNA 1ZVHL 1LZ8A 1DI5A 2D4KA 2DQFC 4D9ZA 4IATA 134LA 1HELA 5K7OA 3A96A 2ZWBA 1JISA 1LZCA 4B1AA 1JSEA 1HEOA 3TMWA 3LYTA 4Z98A 1IWZA 1IIZA 4WO9A 3AZ7A 5KXYA 3WU7A 1T3PA 4H1PA 4N1EI 3WXTA 1DPWA 1GF9A 1VDPA 1B5UA 4B4IA 3WYHA 1LJKA 4GCEA 1OUFA 2CWIA 1GB7A 1LSYA 1DI4A 1VEDA 4YENA 1LHLA 1D9UA 1LYOA 1QQYA 3AW6A 1IWXA 2BQKA 2F4AA 4HTNA 1GD6A 5KXPA 5B05A 4ET9A 1B7OA 1LZDA 4WM6A 1UIDA 2BQEA 1I20A 4B49A 1YAOA 5HNCA 4R0FA 4NSIA 5B07A 3WUNA 4LYMA 4MR1A 2A7FA 1WQRA 3QY4A 1B7NA 1LJ3A 3G3AB 3LHMA 1GAZA 1MLCE 4DD1A 1NBZC 5AMYA 4QY9A 1CKFA 4H92A 2ZQ4A 3A6CY 2G4QA 4H93A 1B7RA 1JTPL 3TXDA 2D4JA 1HMKA 4FDYA 1OUIA 4ZIXA 1EQEA 1XEKA 4YF2A 1HEWA 1UUZC 2G4NA 1H87A 3LZ2A 4NGZA 1GEVA 2ZYCA 1UIEA 2HEAA 1LJHA 1DXJA 1FLYA 1HMLA 1WQOA 1B7QA 2Z37A 4G4CA 4G49A 4LYOA 2BLYA 4PRQA 4ZEEA 3WPLA 1WQNA 2ZNXY 1XGRC 5FCPA 1F6RA 1NDGC 1CNSA 4OWHA 2YBIA 4N5RA 4NGLA 3A67Y 1HERA 1T6VL 2GV0A 4QEQA 1IP4A 1ZMYL 1YROA 3AGGG 1VDTA 4KPMA 4NHIA 4GCCA 2LHMA 1B7LA 2BQMA 4G4BA 3ULRA 4IASA 4OOOA 5LYTA 1GB9A 1UC0A 2Q0MX 1LMAA 1IWVA 4LYZA 4NIJA 3WULA 4CJ2A 2Z2FA 2HEDA 3A95A 3W6EA 1BWHA 1D0LA 4M6DA 4NSJA 1GB8A 4ETCA 1KXWA 4LYTA 1OUBA 1WTNA 4NHSA 1GDXA 4G9SA 4LT0A 4WL7A 1LZAA 1B5YA 1GFRA 3E3DA 1LZBA 3D9AC 4J0LA 1FBIX 4NGOA 1GB0A 1GE2A 1LMNA 2W1LA 2Z12A 1XGUC 1IP6A 3A90A 4WOAA 4BADA 5HMJA 2HUBA 1DKJA 4H94A 4OOTA 1GEZA 2I25L 4DDBA 1JSFA 1GF7A 3HFMY 5E9RA 2ZIKA 4L41A 1LMOA 4OWCA 2BQHA 1YL1X 5APCA 1YAQA 3N9CA 2ZIJA 4E3UA 3A8ZA 3EMSA 4WM1A 1C45A 4H9AA 4LGKA 1CKHA 3HBEX 4XN6A 1OUCA 4CGEA 1GWDA 1TDYA 3TXGA 5I5QA 5LA5A 2H5ZA 5LYZA 1DZBX 133LA 2VB1A 3TXJA 1IP5A 2BAAA 1QTKA 2D6BA 4NHPA 4NGVA 1NMMA 2MEFA 4TWSA 9LYZA 1BWJA 3T36A 4J1BA 3A3RX 1PZYA 3QE8A 4WLXA 2ZILA 1BWIA 1HFZA 4GCDA 3TXHA 6LYTA 1O23A 1JJ3A 3CT5A 3M3UA 1A4VA 1XGPC 4FJRA 4KL7A 4LZTA 5FEKA 2D4IA 2LYZA 1TBYA 1AT6A 3TXKA 4IJ4A 4XYYA 4NHTA 5I4WA 1IR7A 4HTKA 1LHHA 4NFVA 153LA 4N0JA 1FLQA 2HEBA 4GCBA 1LYYA 1FLWA 5IELA 5L9JA 2YSSC 3ATNA 2EIZC 4LT2A 4ETBA 1LSEA 2RSCA 1LJGA 1E8LA 5KY1A 1JEFA 1LJIA 2CDSA 4BAPA 1F0WA 5C6LA 1LSMA 4UWVA 154LA 2BQLA 1B7PA 1OUHA 1HFYA 4WLDA 3W3EA 1GF0A 1YQVY 1GE4A 1F10A 4HJVA 3WU9A 1LTMA 1UIHA 1YAMA 2CGIA 2I26L 4X3BA 5KXNA 3TMXA 5APFA 1LZTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3A93A 3P66A 1KNIA 3HT8A 1IC7Y 2W1XA 1IWYA 1D3FA 1CJ9A 1JIYA 1P46A 221LA 4TSBA 1HEQA 2DQIY 1PQJA 1L67A 1NWGA 1G0PA 1GF5A 1OUJA 3A94A 138LA 1FKQA 4RLMA 4H9CA 4XJFA 1KXXA 2WARA 3CSQA 3LYMA 3OE6A 2YBLA 1C6HA 1L98A 4CFOA 2BQBA 222LA 1GFVA 1D2YA 156LA 1LZYA 189LA 2Q9EA 2F2QA 2BPUA 231LA 4GN4A 3W6CA 5FELA 1CU6A 1G07A 1IP3A 1GPQC 1L22A 1LZGA 3HH4A 1T97A 2FBBA 3NY8A 1VFBC 1IP7A 2O7AA 1L44A 5KXSA 4W94A 4GN5C 4WM5A 4YOPA 3P68A 4WMGA 4NGJA 4HJZA 1GFGA 4EKQA 1L50A 1L86A 2HU3A 4R6CA 1N4FA 2B70A 181LA 1T6HA 1TEWA 1L96A 1DYCA 254LA 2ZYPA 1XGQC 1P37A 2A7DA 4GBRB 1YANA 3HT9A 1QIOA 4RW1A 4UWNA 3BKVA 3CT0A 2RBQA 1JPOA 1LSBA 1NKHA 141LA 5D5FA 200LA 4UWUA 4NG1A 4LT1A 4MCKA 1C6PA 1BVXA 1GF6A 2HUMA 4B4JA 2Z6BA 1XGTC 2YBMA 1L46A 1SSYA 1G0GA 241LA 1LMCA 3ATOA 142LA 3WH1A 4ML7A 1PQMA 151LA 229LA 4PGJB 4WL6A 1L03A 1B0DA 4WLTA 3GUOA 1NQIA 3IJVA 1L73A 1GFJA 2FYDA 1D6PA 4N8ZA 1OP9B 1L28A 1OUGA 1BB7A 3N9AA 251LA 1HNLA 4ARPA 3FI7A 1D0KA 1AM7A 1GF8A 4LT3A 4OWBA 4ETDA 1LMPA 1CV0A 3HBHA 1AKIA 4NG8A 1IP1A 4J1AA 4W59A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3A93 A;  3P66 A;  1GBY A;  132L A;  1DPX A;  4NEB A;  1IC7 Y;  2W1X A;  4ZFP A;  1B5V A;  4WM2 A;  1Z55 A;  1IWY A;  1HSW A;  3J4G A;  2F30 A;  1CJ9 A;  1MEL L;  1GB5 A;  1GBW A;  2LZT A;  1JIY A;  1IVM A;  193L A;  3WMK A;  4TSB A;  1LSZ A;  1DKK A;  1BQL Y;  1HEQ A;  2DQI Y;  3CQL A;  3J6K A;  1NWG A;  1BHZ A;  1GF5 A;  1OUJ A;  1JUG A;  3A94 A;  1FKQ A;  1B7S A;  2YBH A;  3A6B Y;  4RLM A;  5L3I A;  4H9C A;  3K3T A;  1OUE A;  4XJF A;  2W1Y A;  3AZ6 A;  1GE3 A;  1QDR A;  5LVH A;  1KXX A;  1JJ1 A;  2WAR A;  2X0A A;  3CSQ A;  4WO6 A;  5ILF A;  3LYM A;  3ZVQ A;  3WL2 A;  2LYM A;  1OUD A;  5KXX A;  1LZN A;  4WM3 A;  2YBL A;  1GFA A;  3LZT A;  1REM A;  5FDJ A;  3WPJ A;  1LZ6 A;  4CFO A;  3WU8 A;  1RJC B;  2BQB A;  2H9K A;  1VDQ A;  1GFV A;  1LZY A;  5DM9 A;  1GFK A;  2D91 A;  207L A;  1GFH A;  1HF4 A;  3WVY A;  1JTT L;  5F9U A;  1GE0 A;  1IY4 A;  5KXR A;  1LJN A;  1YL0 X;  1GB6 A;  1D6Q A;  1QTE A;  1WVU A;  2BPU A;  2MEG A;  4GN4 A;  4HSF A;  1EL1 A;  1YKY X;  5D5C A;  1WVV A;  4HJY A;  3W6C A; 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 2W1L A;  2Z12 A;  1XGU C;  1IP6 A;  3A90 A;  4WOA A;  4BAD A;  5HMJ A;  2HUB A;  1DKJ A;  4H94 A;  4OOT A;  1GEZ A;  2I25 L;  4DDB A;  1JSF A;  1GF7 A;  3HFM Y;  5E9R A;  2ZIK A;  4L41 A;  1LMO A;  4OWC A;  2BQH A;  1YL1 X;  5APC A;  1YAQ A;  3N9C A;  2ZIJ A;  4E3U A;  3A8Z A;  3EMS A;  4WM1 A;  1C45 A;  4H9A A;  4LGK A;  1CKH A;  3HBE X;  4XN6 A;  1OUC A;  4CGE A;  1GWD A;  1TDY A;  3TXG A;  5I5Q A;  5LA5 A;  2H5Z A;  5LYZ A;  1DZB X;  133L A;  2VB1 A;  3TXJ A;  1IP5 A;  2BAA A;  1QTK A;  2D6B A;  4NHP A;  4NGV A;  1NMM A;  2MEF A;  4TWS A;  9LYZ A;  1BWJ A;  3T36 A;  4J1B A;  3A3R X;  1PZY A;  3QE8 A;  4WLX A;  2ZIL A;  1BWI A;  1HFZ A;  4GCD A;  3TXH A;  6LYT A;  1O23 A;  1JJ3 A;  3CT5 A;  3M3U A;  1A4V A;  1XGP C;  4FJR A;  4KL7 A;  4LZT A;  5FEK A;  2D4I A;  2LYZ A;  1TBY A;  1AT6 A;  3TXK A;  4IJ4 A;  4XYY A;  4NHT A;  5I4W A;  1IR7 A;  4HTK A;  1LHH A;  4NFV A;  153L A;  4N0J A;  1FLQ A;  2HEB A;  4GCB A;  1LYY A;  1FLW A;  5IEL A;  5L9J A;  2YSS C;  3ATN A;  2EIZ C;  4LT2 A;  4ETB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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