2LZMA

Structure of bacteriophage t4 lysozyme refined at 1.7 angstroms resolution
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of bacteriophage T4 lysozyme refined at 1.7 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1986-08-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2lzmA00
219LA 3HUAA 1L81A 217LA 1L77A 1P7SA 129LA 1L70A 1L17A 3PDSA 4ARJA 1G1VA 5I14A 2IGCA 3CDRA 3NY8A 1L74A 1D3FA 1T6HA 2F32A 4I7OA 1OV7A 1G0KA 1L34A 1L68A 250LA 2OE9X 143LA 1QUDA 1OVJA 4YX7C 1QUOA 1L50A 1L87A 226LA 1QSBA 3RUNA 3SB9A 2RB1X 3FA0A 3LZMA 1L40A 109LA 1LYIA 1KY0A 3CDTA 1C61A 1L45A 171LA 262LA 4W54A 166LA 1C63A 3C7WA 1LGWA 251LA 119LA 3HT8A 4W53A 1LYJA 4EKPA 4EPIA 2A4TA 1OWZA 102LA 1P64A 1L60A 1L93A 111LA 2OE4X 1KNIA 1D3MA 1L44A 3HT7A 151LA 1DYBA 1CUQA 1QT7A 158LA 1CV5A 164LA 1L33A 4I7KA 1C6EA 182LA 2HULA 3DN6A 3GULA 3HWLA 1CX6A 1L02A 1T8FA 2HUMA 1L58A 2HUKA 3FADA 3HT9A 1L23A 1P5CA 159LA 1L38A 7LZMA 196LA 1L76A 165LA 1C6PA 1L61A 3DN3A 1LWKA 1LYDA 1L47A 3GUIA 1SSWA 3HU9A 107LA 3L64A 169LA 3GUNA 178LA 187LA 1L39A 4GRVA 137LA 4DAJA 3CDQA 3DN8A 1P36A 2OU8A 260LA 2QARC 172LA 1L30A 1L41A 1L05A 1XEPA 3C8QA 1T97A 1LWGA 1L84A 1D9WA 1L24A 183LA 1KW7A 3DNAA 1D2WA 1T8GA 231LA 1C6HA 3HH5A 126LA 1C6IA 146LA 1L56A 1L46A 3G3XA 1PQOA 1C6GA 1QT3A 2NTGA 4ARMB 254LA 1L54A 1QTBA 186LA 3GUPA 1G0MA 155LA 1DYEA 3HH6A 2L78A 3HDFA 1L69A 3DN0A 1QTVA 3GUKA 3PBLA 148LE 211LA 3NY9A 1CU6A 229LA 188LA 1K28A 3C7ZA 1L27A 1L29A 212LA 4E97A 3OE8A 1L13A 1CU3A 175LA 1OVHA 209LA 235LA 252LA 1LGXA 1P2LA 1ZYTA 2ANVA 114LA 122LA 141LA 4ARQA 1LW9A 261LA 167LA 3V2YA 2NTHA 1P56A 144LA 223LA 2O7AA 1ZURA 257LA 2F2QA 3G3VA 156LA 2OU9A 118LA 181LA 1D3NA 1L53A 4EKQA 1CX7A 1CV4A 4DKLA 1L36A 225LA 1DYFA 1L20A 236LA 1QUGA 1L15A 1L63A 3C81A 3HTGA 3UONA 1PQDA 1L88A 4OO9A 4I7JA 195LA 1SWZA 1SX7A 1EPYA 1L35A 150LA 147LA 1G0GA 2RBNA 2B7XA 3K2RA 170LA 1C69A 216LA 1L57A 1C6KA 244LA 110LA 1CU0A 197LA 1L0JA 2ANXA 1LYHA 4I7QA 4W58A 2LCBA 103LA 1L83A 1OYUA 1L22A 3RZEA 140LA 1L32A 4W55A 1CV0A 1L79A 4I7RA 128LA 3NYAA 4S0WA 200LA 1JQUA 3GUJA 4ARQB 1L91A 1L92A 1C6JA 1L16A 1PQIA 3DMZA 1L07A 1QSQA 1P37A 2B73A 1C6FA 3OE6A 3C8RA 3VW7A 4AQNA 1C66A 113LA 1C6QA 221LA 1L82A 1L55A 3C83A 1L49A 4K5YA 1L99A 255LA 3CDOA 120LA 1L94A 145LA 1L97A 1LYGA 2QB0B 1CV1A 1DYAA 192LA 3L2XA 1G1WA 2Z6BA 108LA 198LA 2Q9EA 1C6DA 1P46A 1L03A 2RBPA 3HU8A 4IAPA 2B70A 3G3WA 1QS9A 1G07A 2B6WA 2RBOA 214LA 1L08A 1L86A 1SSYA 3DN4A 1QTDA 3HTDA 4LDOA 2RAYX 3SBBC 4PJZA 1CV3A 1L72A 1L85A 1QTZA 1LPYA 1L67A 3HDEA 149LA 1L31A 2B6ZA 3HTFA 3GUMA 1G0JA 222LA 1PQJA 1LYFA 3HTBA 1L95A 3C7YA 4I7TA 1G0QA 138LA 3DN1A 1CVKA 3V2WA 1L11A 1L66A 1L0KA 3SB7A 1WTHA 1CU2A 256LA 3EMLA 2OTYX 232LA 2OEAX 3C82A 3DN2A 2LC9A 247LA 1T8AA 162LA 3SB5A 1XJUA 4EKSA 3D4SA 1C65A 3GUOA 1L90A 2O79A 160LA 3DMVA 168LA 131LA 4W56A 4EKRA 1L80A 1CV6A 1L73A 1P2RA 239LA 1QT5A 1TLAA 1L26A 2RB2X 4W57A 234LA 112LA 184LA 4I7SA 253LA 4ARLA 1D2YA 1LGUA 1L06A 1I6SA 3F8VA 258LA 1C6CA 230LA 2RH1A 1G0PA 3SBAA 152LA 4I7LA 4LZMA 4LDEA 1L25A 161LA 1QT8A 1OVKA 4LDLA 130LA 1C64A 1D3JA 1PQMA 2CUUA 157LA 1KS3A 1CTWA 1QTCA 1P3NA 3FI5A 1L59A 1SWYA 1DYCA 241LA 3HUKA 210LA 228LA 1KY1A 4I7PA 1QT6A 127LA 1L19A 215LA 220LA 123LA 1L65A 1C6TA 2RB0X 1C6LA 173LA 206LA 227LA 115LA 1DYGA 4ZPUA 2F47A 4ARPA 2B6TA 2RBRA 3QAKA 1L09A 2B6XA 180LA 248LA 1QT4A 1L89A 249LA 1L21A 2LZMA 1QUHA 4PK0A 1LI6A 1C6MA 174LA 3F9LA 1C62A 1L10A 4ARMA 3HT6A 163LA 3HH3A 1C6AA 1DYDA 4YXCA 1PQKA 1L04A 1JTNA 1QS5A 1OWYA 201LA 2RAZX 218LA 2OE7X 3CDVA 1L37A 3C8SA 142LA 1L14A 233LA 2B6YA 5LZMA 242LA 4EXMA 1OV5A 1NHBA 3DMXA 1C6BA 213LA 238LA 3OE0A 1P6YA 1L43A 4DJHA 1LI3A 3OE9A 4EJ4A 3ODUA 185LA 4I7MA 243LA 1L18A 1L96A 1C68A 176LA 1XJTA 245LA 2Q9DA 2RBSA 1L01A 189LA 1C67A 4GBRB 1B6IA 1C6NA 3HH4A 3HUQA 1L42A 4W51A 4I7NA 4EPFA 1L12A 1L64A 3JR6A 1ZWNA 2RBQA 2OU0X 125LA 1LYEA 191LA 4W59A 190LA 3SB6A 1JTMA 2B74A 4W52A 240LA 1KW5A 1LI2A 3C80A 1L98A 4YXAC 199LA 246LA 1CUPA 177LA 259LA 1L48A 1SX2A 237LA 1G06A 3SN6R 104LA 2OTZX 1CU5A 2B72A 2O4WA 1L51A 205LA 3DKEX 139LA 1G0LA 1L28A 224LA 1LLHA 1L71A 6LZMA 1L52A 2B75A 1QTHA 1L62A 1L75A 3SB8A 1L00A 1C60A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
219LA 2MEAA 1L81A 217LA 4H91A 5LVGA 2IGCA 1GBSA 4NSGA 4GCFA 1D3FA 1T6HA 1OV7A 1L34A 1RE2A 1J1PY 1GF7A 4H9AA 4H9FA 4NGWA 1JEFA 1Z55A 208LA 1QSBA 1HENA 4HTKA 1L40A 1LZ9A 1KY0A 3CDTA 1C61A 5B07A 4PRQA 4B4JA 4YF2A 3WULA 1LTMA 1C63A 3WU8A 3HT8A 4HJZA 1LYJA 4EPIA 1OWZA 4UWVA 3LZTA 1CKHA 1L60A 1L93A 3AJNA 2OE4X 1KNIA 1L44A 2ZIJA 5L3HA 5IHGA 5LXWA 1LZ6A 151LA 1ZMYL 3AW6A 1CUQA 1QT7A 1GFHA 5JENB 1RI8B 1IVMA 1JKBA 1L33A 5APFA 182LA 1OUGA 4YEOA 1LYOA 4FDYA 2VB1A 1GFAA 2HUKA 1LSBA 3FADA 3HT9A 2BQLA 1L23A 1XGTC 1L76A 1C6PA 5KXOA 1L47A 1DQJC 2CJLA 107LA 2D4JA 4WLYA 1L39A 5KXSA 3GXRA 3N9AA 1P36A 2OU8A 260LA 2YBHA 1YAMA 194LA 1LWGA 1L84A 1J1XY 1YAPA 3AW7A 3DNAA 3HH5A 126LA 1L56A 3G3XA 4XJDA 5LA8A 4WM1A 1MELL 1UACY 2X0AA 5KKJA 1QT3A 4ARMB 1FDLY 4DD7A 4CFPA 3TXHA 155LA 1DYEA 3HDFA 3HFMY 2MEFA 2MECA 3EXDA 3HBHA 4H9EA 3T6UA 1K28A 2YDGA 1G7LC 1L27A 1LZYA 4E97A 1WQPA 1CU3A 3RNXA 4LYMA 3A94A 2HUBA 4LZTA 261LA 5KXNA 1P56A 144LA 223LA 4MSTA 1ZURA 3CQLA 3G3VA 181LA 2DQDY 4J7VA 1CX7A 4NHSA 4WM5A 3LHMA 3A3QA 225LA 3TMVA 1GFTA 5LA5A 1L15A 1IP4A 1PQDA 4I7JA 3WPLA 1SX7A 1LSAA 4H8YA 1GAYA 4N9RA 110LA 3AGHA 1O23A 5FEKA 4B49A 1JKCA 4NGVA 1GBWA 4WMGA 4YENA 4B1AA 1CV0A 1L79A 4I7RA 4WL6A 1GAZA 3IWRA 2H5ZA 2DBTA 1P37A 1JSEA 1C66A 1C6QA 1IIZA 1LJKA 1DI4A 1NDMC 5FDJA 120LA 1FLUA 145LA 1LYGA 1DYAA 3L2XA 4J0LA 3A34A 1KXXA 3A6BY 1NHEA 3G3BB 1VDSA 4KL7A 1P46A 5B05A 2Z12A 3HU8A 1QS9A 4BADA 2B6WA 5LVIA 2DQJY 1HC0A 2RAYX 2YVBA 1JJ3A 1L67A 2GV0A 4DDBA 1L31A 2B6ZA 1B7LA 3HTFA 1B5WA 1LYYA 1LYFA 2ZNWY 4H90A 1GB5A 3TMXA 1AKIA 1VAUA 4I7TA 1NWGA 1LZDA 1B7PA 1IR7A 1L0KA 1BHZA 1LZEA 3EMLA 3C82A 1IC4Y 2LC9A 4N5RA 1LSGA 1XJUA 2ZQ3A 168LA 2D6BA 1DKKA 4W56A 6LYTA 1LZ4A 1P2RA 1CKFA 5FELA 1WVVA 2RB2X 184LA 2IFFY 3WU9A 1YL1X 1GB7A 3F8VA 2FBBA 3QE8A 1TBYA 230LA 1QSWA 2RH1A 1HHLA 1IWUA 1L25A 5I5QA 4QY9A 1OVKA 1LYSA 2CUUA 157LA 5IELA 1QTCA 1P3NA 3FI5A 2BQEA 228LA 4XADA 127LA 1BB6A 1CKGA 123LA 2RB0X 1C6LA 1DPXA 115LA 1KXWA 4ZPUA 1T3PA 1BQLY 1EQ5A 4LYOA 1HERA 1B2KA 174LA 3F9LA 1IWZA 3ZVQB 1DYDA 1GB9A 1GF6A 1L04A 1JTNA 3WYHA 1BVXA 201LA 1GDXA 2Z37A 3CSQA 2BQNA 142LA 1LHIA 2I25L 1NHBA 1HEPA 3DMXA 213LA 238LA 1LI3A 1NBZC 2LHMA 3J4GA 4EJ4A 1F0WA 4R0FA 2XBRA 4I7MA 1LHKA 243LA 1C68A 3LYTA 1BB3A 245LA 1L01A 1XSFA 3HH4A 4C3WA 1I56A 1L42A 4EPFA 5D5FA 1ZWNA 2RBQA 125LA 1LYEA 1UCOA 3A96A 1OP9B 1JTMA 2B74A 4OWCA 1IP3A 1UICA 1LMCA 4OWHA 4QGZA 1LZRA 1LI2A 3C80A 1DKJA 3AZ6A 1PS5A 4EMNA 4UWUA 5A3EA 104LA 2OTZX 1N4FA 1CKDA 1IWXA 1VDPA 4RW2A 5DM9A 1KIPC 3DKEX 1L71A 1C08C 2LYMA 2XTHA 1QTHA 1L62A 1L75A 3SB8A 4ETDA 1UUZC 1OUAA 1P7SA 3PDSA 4ARJA 1G1VA 1W08A 1SLYA 5B59A 3NY8A 1L74A 1AT6A 4OOOA 5I53A 1C43A 2DQAA 4WL7A 3WPJA 2ZIKA 2DQFC 1H87A 1LSZA 143LA 1QUOA 1B5VA 3SB9A 3FA0A 3LZMA 4M6DA 1DXJA 4ET8A 1B7MA 3WW5A 171LA 1ZVHL 4LYTA 2DQCY 1CJ6A 4AXTA 5B06A 102LA 3W3EA 4DDAA 1FLWA 2YBIA 1RCMA 1D3MA 4P2EA 1UC0A 4WLXA 4H94A 4LT1A 4L41A 164LA 1REMA 4XJGA 4I7KA 2HULA 3GULA 1IO5A 2CDSA 1GF3A 1UIGA 2Z39A 3LYMA 1UIEA 2BAAA 4WM3A 1P2CC 5LVJA 3WVXA 1YANA 4WLDA 1OUCA 7LZMA 1D0LA 1L61A 5KXTA 1QUSA 3L64A 169LA 187LA 1SQ2L 137LA 2BQIA 2QARC 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 219L A;  2MEA A;  1L81 A;  217L A;  4H91 A;  5LVG A;  2IGC A;  1GBS A;  4NSG A;  4GCF A;  1D3F A;  1T6H A;  1OV7 A;  1L34 A;  1RE2 A;  1J1P Y;  1GF7 A;  4H9A A;  4H9F A;  4NGW A;  1JEF A;  1Z55 A;  208L A;  1QSB A;  1HEN A;  4HTK A;  1L40 A;  1LZ9 A;  1KY0 A;  3CDT A;  1C61 A;  5B07 A;  4PRQ A;  4B4J A;  4YF2 A;  3WUL A;  1LTM A;  1C63 A;  3WU8 A;  3HT8 A;  4HJZ A;  1LYJ A;  4EPI A;  1OWZ A;  4UWV A;  3LZT A;  1CKH A;  1L60 A;  1L93 A;  3AJN A;  2OE4 X;  1KNI A;  1L44 A;  2ZIJ A;  5L3H A;  5IHG A;  5LXW A;  1LZ6 A;  151L A;  1ZMY L;  3AW6 A;  1CUQ A;  1QT7 A;  1GFH A;  5JEN B;  1RI8 B;  1IVM A;  1JKB A;  1L33 A;  5APF A;  182L A;  1OUG A;  4YEO A;  1LYO A;  4FDY A;  2VB1 A;  1GFA A;  2HUK A;  1LSB A;  3FAD A;  3HT9 A;  2BQL A;  1L23 A;  1XGT C;  1L76 A;  1C6P A;  5KXO A;  1L47 A;  1DQJ C;  2CJL A;  107L A;  2D4J A;  4WLY A;  1L39 A;  5KXS A;  3GXR A;  3N9A A;  1P36 A;  2OU8 A;  260L A;  2YBH A;  1YAM A;  194L A;  1LWG A;  1L84 A;  1J1X Y;  1YAP A;  3AW7 A;  3DNA A;  3HH5 A;  126L A;  1L56 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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