2LZMA

Structure of bacteriophage t4 lysozyme refined at 1.7 angstroms resolution
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Structure of bacteriophage T4 lysozyme refined at 1.7 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1986-08-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2lzmA00
162LA 1L18A 1LW9A 2HULA 2F32A 1OWZA 1G0MA 129LA 1L37A 1L36A 1SX2A 2Q9DA 128LA 3G3WA 152LA 165LA 1KNIA 109LA 4EXMA 1C6HA 3QAKA 1L14A 3G3VA 1D3MA 1T8GA 2L78A 1LYHA 1C6TA 1ZURA 2B6WA 143LA 3EMLA 1L71A 209LA 1L91A 1D3FA 1L11A 1CV4A 4I7TA 177LA 1L54A 2RBPA 1SWZA 1D3JA 1NHBA 1JTMA 4E97A 197LA 2RB2X 2RB1X 2RBNA 4I7NA 231LA 1QS9A 3C82A 1PQMA 211LA 1JTNA 1G07A 1G1WA 1C6FA 3DN3A 145LA 1C62A 1LYFA 1KW5A 1KS3A 1KY0A 1OV7A 3DN2A 4I7KA 138LA 4ARLA 1L96A 1L27A 3PBLA 3SB9A 3CDTA 1L46A 3DMZA 1P64A 2RBQA 104LA 1QUGA 3C83A 4PJZA 3SBAA 1L73A 3HUQA 171LA 3GUIA 137LA 1QT4A 3F9LA 2ANVA 3GUKA 181LA 1L55A 1P36A 1L24A 1L98A 115LA 1L85A 249LA 3C8RA 164LA 1LLHA 3GUNA 178LA 220LA 1L56A 1P46A 1WTHA 1SWYA 3OE6A 232LA 1ZWNA 1QTCA 3CDOA 3NYAA 3LZMA 1G0GA 191LA 3HU9A 3DKEX 1CV3A 3GULA 3HDFA 3L2XA 1PQOA 1QT7A 1L84A 146LA 1L95A 1L74A 3DN1A 1C6GA 184LA 1L99A 4EKSA 3DNAA 222LA 4GBRB 1P56A 3HUAA 1G0LA 1JQUA 1C67A 4I7LA 1C6JA 1DYGA 1G0JA 1C6LA 1CU5A 244LA 3HTBA 1QUOA 3DMXA 7LZMA 245LA 4EKRA 1LGWA 1L28A 4I7PA 4GRVA 3FADA 2B73A 1P5CA 1PQDA 4ARPA 2RBRA 2B74A 3SB5A 1L45A 4IAPA 3RUNA 3FA0A 2OE7X 3GUOA 4W55A 111LA 1C64A 3G3XA 1TLAA 142LA 3HUKA 3DN8A 1CU3A 110LA 252LA 3HH5A 160LA 4DJHA 3SB7A 1L08A 2B75A 1DYFA 4ZPUA 4S0WA 1K28A 2OE4X 141LA 1C61A 4OO9A 3V2YA 126LA 155LA 166LA 1DYDA 1L22A 1SSWA 4I7QA 1P2LA 1L53A 173LA 1T6HA 1L67A 217LA 183LA 239LA 2ANXA 259LA 1DYEA 4W54A 1B6IA 1C6EA 1LI2A 4DAJA 188LA 190LA 4LDEA 1L44A 123LA 3PDSA 216LA 1L15A 1L79A 2OEAX 2RBSA 1CU6A 210LA 1T8FA 214LA 1C69A 1C6AA 1LGUA 1D2YA 1C60A 1DYCA 1P7SA 234LA 2O4WA 2RH1A 256LA 161LA 1L70A 172LA 174LA 240LA 1SSYA 1L51A 260LA 2OE9X 2QB0B 4ARQB 4YX7C 233LA 1L81A 4LDLA 4LDOA 4I7JA 163LA 1C63A 1L72A 1L62A 1G06A 237LA 3NY8A 176LA 1PQIA 1QSQA 1CV0A 1LWKA 1OWYA 1QTVA 4W51A 1LI3A 195LA 1QSBA 1T8AA 122LA 3C7WA 2Z6BA 4W53A 1G1VA 1L33A 1L75A 175LA 1XEPA 230LA 4ARMB 1L0JA 2F47A 1OVHA 248LA 2F2QA 2OU9A 150LA 4YXAC 1LYDA 1OVKA 1C66A 2HUMA 1L77A 3ODUA 4EKPA 1CX6A 2OU8A 1L76A 1L61A 4ARJA 158LA 3C81A 1L52A 3HT7A 5I14A 3DN4A 198LA 1CU2A 1L92A 1PQJA 224LA 1P37A 251LA 1L35A 103LA 1CVKA 187LA 3OE0A 1L63A 169LA 182LA 3C7YA 2CUUA 1L07A 2HUKA 4AQNA 2OTZX 236LA 1L40A 2LC9A 3CDQA 112LA 1L48A 1L39A 159LA 1I6SA 3SBBC 1L02A 4EJ4A 147LA 1QT8A 254LA 2O79A 2O7AA 2RB0X 3HT6A 3OE8A 1C6DA 1QUDA 2NTHA 3HH6A 4I7RA 1CV6A 1DYAA 226LA 1L38A 1QS5A 4W56A 1D9WA 1XJTA 1L58A 1L34A 140LA 2A4TA 3HH3A 2B7XA 1QT3A 156LA 114LA 1C68A 1D3NA 246LA 1CV5A 1G0KA 2NTGA 3GUMA 1OVJA 1C6PA 1L65A 130LA 1L93A 1C6IA 1L80A 1QTDA 3JR6A 3K2RA 1CTWA 3C80A 1QTBA 196LA 2B72A 1L23A 243LA 1KY1A 1L90A 1QT5A 3SB8A 1L32A 1LI6A 3C7ZA 3HDEA 1P6YA 4YXCA 4I7MA 1L88A 1L43A 107LA 199LA 241LA 1C6MA 1CV1A 3HT8A 2RBOA 157LA 3UONA 1P2RA 1L21A 212LA 1DYBA 1L87A 235LA 1OYUA 1L26A 1L06A 3C8SA 1PQKA 1C6CA 1CUPA 255LA 2B6ZA 1L16A 185LA 1C65A 1QTHA 131LA 192LA 1L0KA 1L68A 250LA 1L20A 225LA 213LA 1EPYA 1L41A 3DN0A 1C6QA 3C8QA 3GUJA 1XJUA 1L89A 189LA 4W59A 3SN6R 223LA 1CUQA 3HU8A 4PK0A 5LZMA 118LA 200LA 3HWLA 186LA 1OV5A 247LA 3CDRA 1L86A 227LA 1L13A 1L04A 1L17A 219LA 102LA 2B6TA 120LA 206LA 253LA 3OE9A 3VW7A 151LA 1L09A 221LA 1QUHA 3SB6A 4ARQA 170LA 1KW7A 228LA 4W57A 1L25A 4DKLA 3F8VA 1G0PA 1L00A 1L12A 1L42A 6LZMA 1L82A 4EPIA 4LZMA 262LA 4EKQA 3DMVA 4W52A 1L57A 3CDVA 125LA 201LA 3HH4A 1L50A 139LA 1G0QA 1LWGA 242LA 2B70A 2RAYX 4I7SA 4W58A 1L10A 1LPYA 3HTFA 3V2WA 1C6BA 229LA 261LA 144LA 257LA 1LYIA 1L31A 3L64A 2OU0X 127LA 1L66A 1T97A 2Q9EA 1L97A 4ARMA 1QTZA 1L01A 1L05A 1C6KA 1CX7A 205LA 2IGCA 113LA 1L30A 1CU0A 3HTGA 148LE 1L49A 1L59A 1LYGA 1QT6A 1L69A 218LA 2B6XA 1L60A 167LA 1LGXA 3D4SA 2OTYX 1L29A 3NY9A 4I7OA 168LA 108LA 215LA 4K5YA 1L19A 1C6NA 1LYEA 3HTDA 4EPFA 2B6YA 1ZYTA 2LZMA 2RAZX 3HT9A 1D2WA 1P3NA 1SX7A 1L03A 3GUPA 180LA 1L64A 1L83A 3RZEA 258LA 2QARC 3DN6A 3FI5A 119LA 149LA 238LA 2LCBA 1LYJA 1L47A 1L94A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L18A 4LT0A 3A90A 1G7IC 3WL2A 1GB5A 4XJFA 2DQAA 1L37A 4DD0A 152LA 3P65A 1B2KA 1XEKA 1T6VL 1D3MA 1HSWA 1NHEA 1LYHA 1JTPL 3TXFA 4CFOA 4HTNA 1L71A 2MEDA 2DQGY 1L91A 1DI4A 4RDSA 1IX0A 3A91A 4I7TA 1BGIA 1GF9A 2RBPA 1D3JA 4XYYA 1NHBA 1JTMA 4H9EA 197LA 3RT5X 4OWEA 2RBNA 4PHIA 1QS9A 2Y8PA 4NHPA 3C82A 1B5XA 4Z46A 1INUA 1LZCA 1C6FA 1C62A 4H9AA 2ZIJA 1KS3A 1GFEA 1LSNA 104LA 1SQ2L 171LA 2A7FA 5A3ZA 2ANVA 4WLDA 4AXTA 5KXTA 1L24A 1L98A 3C8RA 4TSCA 1LLHA 1RFPA 4FJRA 4FDYA 4ETAA 1WTHA 1DXJA 1GFUA 4X3BA 4U3XB 4MR1A 133LA 3LYTA 1VDPA 3M3UA 3WPLA 3HDFA 4PJ2C 2ZNWY 1YAQA 7LYZA 5HQ1A 1YQVY 184LA 2C8OA 1LSDA 3A8ZA 1L99A 1LHIA 4GBRB 1P56A 3HUAA 1C67A 5KXLA 1C6JA 3BKHA 1N4FA 3EMSA 2YBMA 1LZBA 4YEOA 1IO5A 1IOSA 4H9HA 7LZMA 1LGWA 5K7OA 1LJGA 1GD6A 3CT5A 5LAFA 1IOTA 2B74A 1L45A 4IAPA 1LJHA 1OUDA 1HERA 3GUOA 1GDXA 1C64A 1CU3A 3HH5A 160LA 3SB7A 4DD1A 1DYFA 3ZVQA 3W6CA 1DYDA 1BB3A 4I7QA 1DKKA 1P2LA 1LPIA 1GEZA 173LA 5IDDA 259LA 1DYEA 1UIGA 4W54A 1LI2A 1WQPA 2HEEA 1GF5A 4LDEA 1L44A 216LA 4DWXA 1L15A 2OEAX 4H94A 4MSTA 5A3EA 1GFJA 1B7MA 1P7SA 2RH1A 4DQ7A 4H92A 1XGPC 4NGJA 1W6ZA 1FBIX 3D9AC 1G7JC 4I7JA 163LA 1BWJA 1L62A 1LYSA 1GBWA 3AZ7A 4TUNA 176LA 1QSQA 1LTMA 1OWYA 1LZ8A 2HU1A 1OUAA 1AZFA 5KXYA 175LA 2LYZA 1XEPA 2F30A 5AMYA 3WVXA 2F47A 1OVHA 2MEGA 4NHSA 2XBRA 4DQJA 3EBAB 1GAYA 1L77A 4EKPA 1AT5A 4XJDA 1B7QA 4AGAA 158LA 1GF0A 2LYMA 4J7VA 4ARJA 5B1FA 4EOFA 3HT7A 1CU2A 3WU9A 4H1PA 4LYCA 187LA 3A6CY 1L07A 2HUKA 236LA 2HEDA 4J0LA 1E8LA 3SBBC 1L02A 2DQHY 1REMA 4EJ4A 1QT8A 1QUDA 3HH6A 2LYOA 1DYAA 2Z19A 1GE2A 5APDA 1JPOA 1L34A 1CNSA 3HH3A 2B7XA 3HBDA 1D3NA 1I56A 1CV5A 1G0KA 4M6DA 5KXOA 4WL6A 3JR6A 1EQEA 3C80A 2B72A 2BQAA 243LA 1D0LA 4YOPA 1P6YA 1L43A 1JKCA 4QDNA 4XADA 4YEMA 157LA 1P2RA 1LJNA 2G4PA 5J7CA 1YANA 1DYBA 5HNLA 1L87A 2YBNA 3WULA 1RI8B 1PQKA 1QQYA 2BQCA 1CUPA 1FKVA 4LZTA 255LA 1BB4A 4HJVA 4NHTA 1C65A 1V7SA 1L0KA 250LA 4I0CA 225LA 4Z3MA 1IP3A 4ZFPA 5B07A 1LMQA 4D9ZA 1JUGA 1HMKA 200LA 1WTMA 247LA 1L17A 4NGVA 3OE9A 3VW7A 151LA 1L09A 1IWTA 221LA 1HEWA 1QUHA 1GFRA 3SB6A 1KW7A 3LYZA 3F8VA 1L00A 3LYMA 3A92A 1UIHA 1L82A 4EPIA 2Z2EA 2H9JA 4NIJA 3AYQA 4LZMA 1IY3A 1DI5A 1LZAA 4DD7A 4NHQA 1L57A 201LA 3HH4A 139LA 1LWGA 4ET9A 1YROA 2F4GA 4IASA 1L31A 127LA 1L66A 1OUFA 5JENB 3TXEA 1DKJA 1C6KA 2C8PA 5IHGA 1LSPA 1B0DA 3HTGA 4HTQA 1LYGA 5I4YA 218LA 2B6XA 1IP5A 1L60A 4PRQA 167LA 2FYDA 1L29A 1YAOA 1YILA 3ZVQB 168LA 3N9EA 4K5YA 4CJ2A 2BQHA 4ET8A 4EPFA 2IFFY 1KIPC 4H93A 4LYTA 3WW5A 1SX7A 1L03A 3A93A 1L83A 1HNLA 2BQEA 1YKXX 1D0KA 3DN6A 1GB0A 1EQ5A 1IIZA 3WMKA 1LYJA 1I20A 4XN6A 162LA 5I4WA 1LW9A 2HULA 2F32A 1D6QA 1OWZA 129LA 1L36A 1UA6Y 4KT3A 1KNIA 4DD3A 1UIEA 207LA 1LZGA 1T8GA 2CJLA 3TMWA 1KXWA 2W1MA 2XTHA 4P2EA 1ZURA 1QTKA 1NQIA 3EMLA 1FDLY 1GFGA 1A2YC 209LA 2ZIKA 1XSFA 1HEQA 1BVXA 2EQLA 5DL9A 5KXXA 5B06A 4E97A 2RB2X 5DM9A 5L3HA 4ETEA 4I7NA 2D91A 4II8A 5LYMA 4J1BA 1LHJA 3DN3A 145LA 1ZVHL 1B7RA 1GF3A 1LJEA 4ARLA 1LJ3A 4N1EI 1IY4A 3F6ZA 3C83A 4PJZA 1LZ5A 3SBAA 4NSIA 3HUQA 3CQLA 1TCYA 2EIZC 1QT4A 3F9LA 3GUKA 1LZ1A 1L55A 9LYZA 115LA 1L85A 249LA 164LA 1GB9A 1LZEA 1TDYA 178LA 1DPWA 1SWYA 232LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L18 A;  4LT0 A;  3A90 A;  1G7I C;  3WL2 A;  1GB5 A;  4XJF A;  2DQA A;  1L37 A;  4DD0 A;  152L A;  3P65 A;  1B2K A;  1XEK A;  1T6V L;  1D3M A;  1HSW A;  1NHE A;  1LYH A;  1JTP L;  3TXF A;  4CFO A;  4HTN A;  1L71 A;  2MED A;  2DQG Y;  1L91 A;  1DI4 A;  4RDS A;  1IX0 A;  3A91 A;  4I7T A;  1BGI A;  1GF9 A;  2RBP A;  1D3J A;  4XYY A;  1NHB A;  1JTM A;  4H9E A;  197L A;  3RT5 X;  4OWE A;  2RBN A;  4PHI A;  1QS9 A;  2Y8P A;  4NHP A;  3C82 A;  1B5X A;  4Z46 A;  1INU A;  1LZC A;  1C6F A;  1C62 A;  4H9A A;  2ZIJ A;  1KS3 A;  1GFE A;  1LSN A;  104L A;  1SQ2 L;  171L A;  2A7F A;  5A3Z A;  2ANV A;  4WLD A;  4AXT A;  5KXT A;  1L24 A;  1L98 A;  3C8R A;  4TSC A;  1LLH A;  1RFP A;  4FJR A;  4FDY A;  4ETA A;  1WTH A;  1DXJ A;  1GFU A;  4X3B A;  4U3X B;  4MR1 A;  133L A;  3LYT A;  1VDP A;  3M3U A;  3WPL A;  3HDF A;  4PJ2 C;  2ZNW Y;  1YAQ A;  7LYZ A;  5HQ1 A;  1YQV Y;  184L A;  2C8O A;  1LSD A;  3A8Z A;  1L99 A;  1LHI A;  4GBR B;  1P56 A;  3HUA A;  1C67 A;  5KXL A;  1C6J A;  3BKH A;  1N4F A;  3EMS A;  2YBM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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