2LZMA

Structure of bacteriophage t4 lysozyme refined at 1.7 angstroms resolution
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of bacteriophage T4 lysozyme refined at 1.7 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1986-08-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2lzmA00
3CDOA 199LA 1QTBA 1XJTA 3HT8A 130LA 1L0JA 113LA 231LA 1XJUA 3C7WA 1L94A 217LA 3V2WA 1P5CA 3DN4A 138LA 1QT5A 1DYGA 242LA 258LA 3DKEX 1G0PA 1C63A 3C7ZA 3C83A 3DMZA 4W59A 1C6NA 4DKLA 1QTZA 1L81A 250LA 1P2LA 2OTYX 4EPFA 1P3NA 112LA 1QTVA 2O4WA 175LA 2CUUA 186LA 122LA 260LA 230LA 1P37A 205LA 3ODUA 2HUMA 1L33A 4W54A 1QS5A 206LA 104LA 2B6XA 161LA 3FI5A 3V2YA 1L96A 4GRVA 109LA 4ARMA 1C6IA 1P46A 247LA 155LA 4I7LA 2LZMA 3HDEA 1L95A 1T8AA 1D3FA 221LA 111LA 147LA 1L82A 1KW5A 191LA 151LA 2RBPA 1QTHA 2LCBA 1KNIA 218LA 3C80A 1C64A 1L0KA 146LA 1L37A 1LYDA 3DN2A 2ANVA 1L74A 3C8SA 3SB7A 3QAKA 1CV1A 1LGUA 1DYBA 1SSYA 3RUNA 3NY8A 4I7KA 118LA 262LA 1P36A 144LA 152LA 1CUQA 1PQJA 1L16A 1QUDA 3HU9A 4ARPA 3JR6A 1L66A 1QTCA 131LA 3OE0A 183LA 252LA 3HT9A 1QT8A 164LA 142LA 1PQMA 4E97A 1KW7A 1LI6A 1QT6A 255LA 1L77A 3C7YA 1LYIA 2QB0B 1L99A 210LA 1C6LA 1L49A 1C6FA 1LYFA 3SBBC 160LA 1G07A 1L04A 2OU9A 223LA 1C6PA 3C8RA 3DN8A 2RAYX 245LA 1SWZA 110LA 243LA 4W51A 3RZEA 214LA 4LDLA 3HH4A 1L69A 1L98A 201LA 2L78A 4W55A 1LLHA 1L54A 3SN6R 3HH6A 2OTZX 1C66A 3HH3A 1L06A 2OU0X 1L29A 2RBRA 1L57A 1L44A 167LA 1C6AA 1L72A 145LA 4EPIA 2B6WA 3FA0A 1C62A 1XEPA 229LA 3DN6A 140LA 1L61A 1G1VA 1LWKA 2OEAX 1C67A 177LA 1SSWA 1T6HA 1L85A 3HTGA 157LA 1L12A 228LA 1JQUA 4I7QA 1C6GA 1L76A 3HDFA 1L41A 1TLAA 125LA 156LA 3FADA 1L22A 1I6SA 1PQDA 3G3VA 220LA 2OE7X 1C61A 240LA 137LA 2F2QA 3C8QA 4I7PA 1CV0A 3HT7A 3GUJA 4IAPA 3CDTA 1L27A 1T8FA 123LA 174LA 1L58A 1L13A 1L35A 1L83A 1L25A 120LA 3SB9A 3HTBA 3HTFA 5I14A 3SB8A 1L51A 215LA 3G3WA 5LZMA 1L21A 3HUKA 3GUNA 4I7MA 4PK0A 139LA 1B6IA 1OV7A 2B6YA 1T97A 1C6MA 1L40A 3K2RA 4I7RA 1OYUA 3D4SA 1L15A 3DN0A 1CU2A 150LA 3HUAA 256LA 4EJ4A 209LA 1ZYTA 1LPYA 1L65A 4LDOA 1QSQA 1T8GA 2A4TA 1L08A 1L59A 1K28A 176LA 1OWZA 1C65A 4ARLA 4YXCA 3F8VA 1QSBA 1OVKA 1L52A 7LZMA 1L68A 261LA 4EKQA 1G0JA 1CTWA 248LA 1DYFA 1L17A 3GULA 3HWLA 1L10A 1L46A 2RBQA 4ARQB 1L97A 182LA 1C68A 158LA 2OE4X 1OVJA 3NY9A 141LA 3CDQA 4W52A 1L18A 2RB1X 1G0KA 197LA 1DYDA 1L31A 1L88A 4I7TA 3GUOA 166LA 1CX7A 1L48A 4AQNA 1L91A 102LA 4W56A 238LA 108LA 1CV4A 1L63A 1L36A 128LA 1L93A 163LA 1L09A 2B75A 169LA 3L64A 1L07A 1C6BA 1OV5A 181LA 1QS9A 1G0LA 1LYGA 1ZURA 1CV5A 1L92A 1LI3A 6LZMA 1D2WA 1L50A 149LA 1DYEA 1LYEA 1G06A 200LA 4ARMB 4YX7C 3G3XA 1LGWA 1PQIA 1L38A 1L42A 1L56A 178LA 3PBLA 1D3JA 3CDVA 1L34A 2HULA 3EMLA 234LA 171LA 1QT3A 1CVKA 1WTHA 1LWGA 2B6TA 1C6EA 1C6CA 1L73A 4LDEA 165LA 1D2YA 114LA 1L45A 213LA 4GBRB 1C6DA 2F47A 244LA 1L00A 226LA 187LA 1QUHA 2RAZX 4EKRA 1SWYA 1L14A 241LA 2B7XA 198LA 3C81A 1CV3A 3GUKA 4I7SA 1LYHA 2B70A 4OO9A 239LA 1P7SA 1L47A 1L90A 2RH1A 257LA 2Q9DA 3CDRA 2RBSA 3UONA 3HH5A 2F32A 1C6QA 1CU6A 1LGXA 236LA 1G1WA 1CU0A 1L02A 3PDSA 2ANXA 1CV6A 1L43A 216LA 3LZMA 4S0WA 1C6HA 2HUKA 126LA 1G0GA 1QTDA 1DYCA 185LA 1L32A 1CUPA 3F9LA 3GUIA 1CU3A 2OU8A 4W57A 3OE9A 1L70A 259LA 4I7NA 1L67A 233LA 173LA 4ARJA 1L05A 232LA 1OWYA 4LZMA 253LA 127LA 1D3NA 4EKSA 2RB0X 1D9WA 3SBAA 1OVHA 1JTMA 1C69A 1L87A 222LA 3NYAA 1ZWNA 1LYJA 184LA 1L28A 1P2RA 2B74A 211LA 1L01A 2OE9X 3OE8A 1L39A 2NTHA 1L11A 2LC9A 1G0MA 1PQKA 1QT7A 1SX7A 225LA 180LA 103LA 1P64A 4DJHA 237LA 1LI2A 4EXMA 129LA 1LW9A 1L26A 1JTNA 1L19A 1SX2A 143LA 1KY0A 3DN3A 1L24A 2RB2X 2O79A 3HTDA 3HUQA 119LA 4DAJA 1C60A 3DMXA 1L75A 4EKPA 1C6JA 254LA 1P56A 1CX6A 1L60A 4W58A 1C6KA 1L71A 1L89A 188LA 224LA 4I7OA 4YXAC 162LA 196LA 1KS3A 1G0QA 1NHBA 192LA 1L64A 148LE 1PQOA 3GUMA 115LA 2IGCA 4W53A 1P6YA 3HT6A 1QUGA 159LA 235LA 2NTGA 1L23A 1C6TA 2Q9EA 219LA 3SB6A 3SB5A 3OE6A 2B73A 1L84A 1KY1A 2B6ZA 3HU8A 4ZPUA 212LA 246LA 1L53A 1L79A 1L86A 1L62A 2RBNA 2B72A 1L80A 3C82A 3GUPA 251LA 3DMVA 3DN1A 190LA 1CU5A 4K5YA 2QARC 107LA 2O7AA 227LA 2Z6BA 168LA 1L20A 4I7JA 195LA 1QT4A 1L30A 1EPYA 1D3MA 1L55A 1L03A 1QUOA 3VW7A 170LA 4PJZA 172LA 1DYAA 249LA 2RBOA 3L2XA 4ARQA 189LA 3DNAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QTBA 4NWEA 3HT8A 5KKIA 1JKBA 1NDGC 231LA 4LGKA 1BWJA 2Y8PA 4TSCA 3SP3A 1HSXA 217LA 4J1AA 2MEGA 2DQDY 3DKEX 1DYGA 1HEMA 4DKLA 1NQIA 1GE0A 3GXRA 3W6DA 1UIAA 1LTMA 4CFOA 4DC4A 1GPQC 230LA 1P37A 4GCEA 1LHHA 2YBMA 1GXXA 206LA 104LA 161LA 1L96A 1LPIA 3TXEA 1VDSA 1P46A 247LA 155LA 1GAZA 2H9KA 5FSTA 3A94A 1IWUA 4H91A 1NDMC 2G4QA 2YVBA 3WW5A 1C45A 191LA 2RBPA 1FKQA 1WVUA 1YANA 1KNIA 1FKVA 146LA 1IOTA 4NGKA 4OWHA 1LZDA 2BQKA 1QUDA 1L66A 1QTCA 3FI7A 3HT9A 2F30A 2DQCY 5HMVA 1VDQA 1GB5A 5DL9A 1KW7A 1OQMA 4ETCA 3D9AC 4NHTA 1XGTC 1L77A 1L49A 1C6FA 160LA 5KXPA 2LYZA 1G07A 2W1MA 223LA 4DD3A 3C8RA 3DN8A 245LA 243LA 4W51A 4R6CA 4LDLA 4W55A 154LA 2ZIKA 4OWAA 1C66A 4H92A 1HERA 3CSRA 2OU0X 1D6PA 2RBRA 1L44A 4EPIA 1IC5Y 1LSEA 1JHLA 1EQ4A 4YENA 2Z2EA 2BQJA 5FELA 1L61A 1YKZX 3LZTA 177LA 5II3A 4GN3A 5F9UA 4NGVA 2BQNA 3HDFA 4QGZA 1OUIA 4FJRA 4RLMA 4N0JA 1I6SA 4PRQA 1LJ3A 1C61A 2Q0MX 1IY3A 1B7OA 1CV0A 1MELL 2D91A 4LFXA 2IHLA 1JPOA 4GCDA 1T8FA 4LYCA 123LA 174LA 3IJUA 1L35A 1L25A 120LA 2BQIA 3HTBA 4FDYA 5I14A 3SB8A 3GUNA 3D3DA 3KAMA 2B6YA 1T97A 4WG1A 3K2RA 3DN0A 5APCA 5ILFA 3B0IA 4EJ4A 3OK0A 4WOAA 1QSQA 1LSMA 2CWIA 3WPJA 4NSHA 1L08A 1L59A 5LYMA 3ULRA 176LA 1IWTA 4RW1A 4N5RA 1L68A 194LA 1D0KA 1IWZA 1L17A 1LHKA 4LYZA 1L10A 1LSGA 1F10A 1C68A 1LAAA 4UWNA 1DYDA 1L31A 1L88A 4I7TA 3A91A 4EMNA 1L91A 1LZ5A 102LA 193LA 4Z46A 1FLUA 1JSEA 128LA 1L93A 3L64A 181LA 1QS9A 1CV5A 1L92A 1LI3A 6LZMA 1LZCA 1IWYA 1D2WA 1L50A 149LA 1LYEA 2ZNWY 4YX7C 1UBZA 4N8ZA 1L38A 3WU8A 1VATA 1D3JA 3CDVA 1ZVHL 171LA 4YEOA 1LWGA 1C6EA 1C6CA 1L73A 3G3AB 4CGEA 4TTDA 2MEAA 3B6LA 213LA 1C6DA 2F47A 1IOQA 244LA 3EO5A 4R0FA 4XJHA 1BB4A 3W6EA 1QUHA 2RAZX 4EKRA 3WUNA 2HEEA 3GUKA 4QDNA 4CFPA 1LJHA 3AGGG 5DM9A 1P7SA 1LSFA 5B06A 1KXXA 3WUMA 1HFYA 257LA 2I6ZA 4ZIXA 1C6QA 5C6LA 1LGXA 1G1WA 1QUSA 1AKIA 1CV6A 1L43A 4J0LA 5IELA 1QTEA 1L32A 3GUIA 1CU3A 1DQJC 1EL1A 1HMLA 1XFPL 259LA 1L67A 233LA 2XTHA 3RNXA 232LA 4UWUA 2D4KA 1GFHA 4EKSA 1C69A 1GD6A 3NYAA 211LA 1L01A 2MEBA 3OE8A 1LMOA 2NTHA 4ET8A 1L11A 2BQGA 3HBEX 1LSBA 1PQKA 1SX7A 2CGIA 4RW2A 5J7CA 103LA 3FE0A 5K7OA 5IDDA 1REMA 5B59A 5FHWA 5LYTA 3A95A 3HUQA 6LYTA 1IY4A 1DZBX 3A34A 1C6JA 4WO6A 2C8PA 2CJLA 1P56A 1L60A 4N9RA 2BLXA 4NGYA 3HBDA 1NF5A 4YXAC 1LYYA 4PJ2C 5LAGA 1KS3A 4NWHA 3LZ2A 1PQOA 3GUMA 5LVGA 2IGCA 4NGZA 4HPEA 235LA 5F16A 1YAMA 4H8ZA 3SB5A 1B5WA 1VFBC 2WARA 2B6ZA 4NGLA 2D6BA 1L53A 2FBDA 2Z39A 3J4GA 2B72A 3T6UA 1LSPA 107LA 2O7AA 1G7LC 5C6JA 1L20A 2YBJA 3M18B 1QT4A 2DQHY 1EPYA 3AGHA 3VW7A 170LA 1CJ7A 4ARQA 189LA 1LHMA 1IC7Y 3G3BB 1L0JA 4NEBA 3C7WA 1B9OA 2DQAA 3DN4A 138LA 1JTTL 3C7ZA 3AZ5A 3P66A 4HTKA 4DT3A 2D4IA 1QTZA 1P2LA 4EPFA 1P3NA 1B7SA 1QTVA 4W96A 1GEZA 1J1OY 5I4WA 5I4XA 1JJ1A 3AB6A 260LA 1IP1A 2HUMA 5B1GA 4ETEA 1INUA 3V2YA 1LHIA 4B4EA 1C6IA 2LZMA 1AT5A 4GLAA 4XN6A 3LYTA 6LYZA 4IJ4A 1LZ1A 2LCBA 3C80A 2ANVA 1L74A 3C8SA 1CV1A 1DYBA 1T6VL 3HFMY 1SLYA 2ZYPA 1DI4A 262LA 1EQEA 3A96A 1PQJA 2ZIJA 4ARPA 3T36A 2ZQ3A 183LA 4ML7A 4G49A 1IO5A 2BQHA 1LI6A 3A92A 3C7YA 1LYIA 1L99A 210LA 2FYDA 4H94A 3LYOA 1C6LA 1LYFA 4W94A 1CKFA 1B7LA 1C6PA 1SWZA 3RZEA 2Z12A 3HH4A 1YQVY 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2NTG A;  1L23 A;  1C6T A;  2Q9E A;  219L A;  3SB6 A;  3SB5 A;  3OE6 A;  2B73 A;  1L84 A;  1KY1 A;  2B6Z A;  3HU8 A;  4ZPU A;  212L A;  246L A;  1L53 A;  1L79 A;  1L86 A;  1L62 A;  2RBN A;  2B72 A;  1L80 A;  3C82 A;  3GUP A;  251L A;  3DMV A;  3DN1 A;  190L A;  1CU5 A;  4K5Y A;  2QAR C;  107L A;  2O7A A;  227L A;  2Z6B A;  168L A;  1L20 A;  4I7J A;  195L A;  1QT4 A;  1L30 A;  1EPY A;  1D3M A;  1L55 A;  1L03 A;  1QUO A;  3VW7 A;  170L A;  4PJZ A;  172L A;  1DYA A;  249L A;  2RBO A;  3L2X A;  4ARQ A;  189L A;  3DNA A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1QTB A;  4NWE A;  3HT8 A;  5KKI A;  1JKB A;  1NDG C;  231L A;  4LGK A;  1BWJ A;  2Y8P A;  4TSC A;  3SP3 A;  1HSX A;  217L A;  4J1A A;  2MEG A;  2DQD Y;  3DKE X;  1DYG A;  1HEM A;  4DKL A;  1NQI A;  1GE0 A;  3GXR A;  3W6D A;  1UIA A;  1LTM A;  4CFO A;  4DC4 A;  1GPQ C;  230L A;  1P37 A;  4GCE A;  1LHH A;  2YBM A;  1GXX A;  206L A;  104L A;  161L A;  1L96 A;  1LPI A;  3TXE A;  1VDS A;  1P46 A;  247L A;  155L A;  1GAZ A;  2H9K A;  5FST A;  3A94 A;  1IWU A;  4H91 A;  1NDM C;  2G4Q A;  2YVB A;  3WW5 A;  1C45 A;  191L A;  2RBP A;  1FKQ A;  1WVU A;  1YAN A;  1KNI A;  1FKV A;  146L A;  1IOT A;  4NGK A;  4OWH A;  1LZD A;  2BQK A;  1QUD A;  1L66 A;  1QTC A;  3FI7 A;  3HT9 A;  2F30 A;  2DQC Y;  5HMV A;  1VDQ A;  1GB5 A;  5DL9 A;  1KW7 A;  1OQM A;  4ETC A;  3D9A C;  4NHT A;  1XGT C;  1L77 A;  1L49 A;  1C6F A;  160L A;  5KXP A;  2LYZ A;  1G07 A;  2W1M A;  223L A;  4DD3 A;  3C8R A;  3DN8 A;  245L A;  243L A;  4W51 A;  4R6C A;  4LDL A;  4W55 A;  154L A;  2ZIK A;  4OWA A;  1C66 A;  4H92 A;  1HER A;  3CSR A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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