2LZTA

Refinement of triclinic lysozyme. ii. the method of stereochemically restrained least-squares
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Refinement of triclinic lysozyme: II. The method of stereochemically restrained least squares.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Gallus gallus
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2lztA00
4WM5A 1BB5A 1V7SA 2YDGA 4DD7A 1NQIA 1NWGA 1OUGA 2BLYA 1G7IC 1IOCA 4KXIA 2I26L 4QY9A 1BWHA 2Z12A 5L3IA 1LHIA 4Z98A 1LZ5A 1LSPA 1B5VA 1D0MA 3CSRA 4WMGA 5LYTA 1HSXA 1O23A 1QSAA 2HEDA 1LSNA 132LA 3FI7A 5KXOA 1PS5A 1UIBA 2D91A 1IOQA 2ZNXY 3J4GA 5KXMA 1EQ5A 1UIDA 1GBZA 1GFUA 134LA 3ATOA 4NEBA 4HSFA 1GE0A 1WTMA 2YBHA 4WLTA 1LSFA 2RSCA 1DI4A 1GFEA 3T36A 4XJIA 3CT5A 2BQKA 2LHMA 3AZ7A 9LYZA 4II8A 4B49A 4ML7A 1RI8B 1UIHA 2FBDA 4LT2A 2CJLA 1JJ1A 1C7PA 3WMKA 4D9ZA 1AKIA 4DT3A 5C6JA 2ZQ3A 4I8SA 1ALCA 1GFAA 1GB0A 1LZDA 2DQGY 1LSMA 1LJEA 4NSIA 1PZYA 1MELL 5D5FA 3AGIA 2FYCA 1XEIA 4GLAA 1ZMYL 3W6EA 2W1LA 2ZIJA 3G3AB 5LAGA 1I20A 3K3TA 4H9EA 1YQVY 4UWUA 1HMKA 1LZBA 5APCA 1GE4A 3BKHA 4XJFA 3WH1A 3WVXA 1JISA 3P66A 1RJCB 1QTEA 3MGWA 4XJBA 1HERA 1GEZA 1TDYA 4NGLA 2ZILA 4NG8A 1FN5A 1GWDA 1GF5A 6LYTA 5KKIA 2BLXA 1GXXA 1D9UA 4NHSA 3WULA 3B6LA 154LA 5A3EA 5KXXA 1IO5A 2DQHY 3ZVQB 1CJ6A 1CJ9A 2A7DA 3TXKA 2C8OA 2IHLA 3A6CY 1KIRC 3F6ZA 4DD3A 3TXBA 4DD1A 1B5XA 5HNCA 5FCPA 2BQDA 4R0FA 4OWCA 1VDPA 3RZ4A 2CGIA 4LFXA 4ANRA 2HUBA 1LKSA 3SP3A 3LYZA 4O34A 1TCYA 3CB7A 1F6RA 1F6SA 2IFFY 1JWRA 4GCCA 4N1EI 4IJ4A 1SLYA 1A4VA 5B05A 2ZYPA 1IP5A 1LJKA 5LVGA 4OWBA 4NSJA 1LHMA 3B0KA 1LSDA 3T6UA 1HEQA 3WW5A 3AZ5A 1VDQA 3P4ZA 1VAUA 3IWRA 4LGKA 1LJJA 1GFRA 1YROA 4CFOA 1B7NA 1UICA 1UA6Y 1B5WA 5LINA 1GFTA 1FLUA 4B4EA 1BB6A 4NGKA 4ETEA 1D0KA 3AZ6A 1LYYA 4WO6A 1JPOA 1YKYX 1LSEA 2DQFC 4PRQA 6LYZA 1J1PY 3M18B 4NGJA 4HJYA 4PRUA 1GFHA 1IWTA 4OWEA 3AJNA 5KXZA 1LKRA 3WPJA 3ZVQA 1V7TA 2HEAA 5KXKA 3AZ4A 1RFPA 1LJNA 1GB7A 4KL7A 1OUHA 1LSAA 2NWDX 1LZ1A 5FDJA 2I25L 2EKSC 4TSBA 3A90A 1REMA 4G4HA 1GE3A 1GBWA 3W6DA 3N9AA 4NGWA 1LZ8A 4ZIXA 2LYZA 2YVBA 4WL6A 1KXYA 1GFKA 1UC0A 1LMTA 4J0LA 1RE2A 1BVXA 3E3DA 1LZCA 3IJUA 5IHGA 2AUBA 5HMJA 5LYZA 1C43A 2DKVA 1REXA 3A92A 3QE8A 1VEDA 1LSBA 1WQNA 1GE1A 1LAAA 3KAMA 4NHTA 2Z38A 2BQHA 1IWYA 3LZ2A 5HLLA 3A6BY 5I4XA 5DN4A 1LPIA 3FE0A 2MEEA 5L3HA 1YKZX 5LAFA 3HBEX 1DKKA 3EMSA 1P2CC 5I5QA 2VB1A 2MEDA 1JHLA 3AYQA 4YM8A 1JSFA 1C46A 1LYSA 5B06A 1NBYC 1VDTA 4WM1A 4ETBA 1LTMA 1GE2A 4H8ZA 3HFMY 5IELA 1G7HC 4WLDA 1XGQC 194LA 3TXFA 7LYZA 1W6ZA 1IWXA 1XSFA 4HV1A 1HMLA 1BGIA 4W96A 5J7CA 3BKVA 1WQMA 1VATA 3HBHA 5HQ1A 4BAFA 2EPEA 5AMYA 1JTPL 5KXPA 4DYGA 1IOSA 1UCOA 2A7FA 3OK0A 2YBJA 4R6CA 4NSHA 2ZWBA 4PHIA 4DD9A 1EL1A 4H9CA 4Z41A 4YEMA 1XEJA 3A91A 3TMXA 4H9HA 4H9AA 1QIOA 4H9BA 4ZFPA 4H9IA 2YBMA 3EBAB 1LZ4A 3B0IA 4QEQA 5LVHA 208LA 4B4JA 1DXJA 5IDDA 5I53A 1YAOA 1LZGA 1GDXA 4ET9A 4TTDA 1F10A 2DQCY 1XGRC 4CJ2A 4RW2A 1RCMA 2BQFA 1GB3A 4H93A 2F4AA 1AT6A 1B5UA 1HEWA 1IR9A 4WOAA 1D6QA 4HJZA 1HF4A 1GB9A 1CKFA 1FBIX 3P65A 1GF6A 2MEGA 5C6IA 1GF7A 1OUDA 2HU3A 5EBHA 1NHEA 5FELA 4WM4A 3WL2A 4J1BA 1INUA 3WXUA 4HTKA 1OUEA 4NWHA 3P68A 5E4PA 5KXNA 2LZ2A 4H9FA 5F16A 4FDYA 1C10A 1BWIA 1LJ3A 5LIOA 4DWXA 1JJ3A 1HEOA 4NGOA 1LZ9A 1GEVA 1BVKC 1HENA 2BQBA 4RLNA 3QNGA 1KIPC 2D6BA 1MLCE 2MECA 1IP7A 4TWSA 1AZFA 1GD6A 4C3WA 2Z37A 1GB2A 1GF4A 3TXEA 4N5RA 1UIGA 4H94A 3LYMA 3AGHA 5I4WA 207LA 3CQLA 1IWVA 5KJ9A 3B0OA 1WQPA 1FKQA 3M3UA 1H87A 4IASA 4N1CC 1IWWA 1LJ4A 1VDSA 3WUAA 1TEWA 4DDBA 5M1YA 1DI3A 1Z55A 3WUMA 5DL9A 1LYZA 1D0LA 1IX0A 1JSEA 1D6PA 4ETCA 1IP2A 1B5YA 1XEKA 3GXRA 4LYBA 1GF0A 1GFVA 2BQAA 1LJFA 1YKXX 2F30A 1QDTA 3A3RX 4GN3A 1WQRA 3RNXA 3RU5A 1F0WA 4EOFA 135LA 1GBYA 1YANA 3LYOA 1ZVHL 2Q0MX 4LYOA 5A3ZA 3N9CA 5KXRA 3CSQA 1AT5A 4GCFA 1GB8A 1UBZA 1GB5A 1YIKA 3W6FA 4WM6A 1T3PA 2XBRA 4GN4A 4GN5C 3D3DA 1WQOA 1LHJA 193LA 4X3BA 5JENB 3TMWA 3A8ZA 5HMVA 4M4OA 1NKHA 1LZSA 1HEPA 2BQEA 1IC4Y 1DI5A 4G49A 1GF9A 1IP4A 1OQMA 1IORA 2Z19A 5DM9A 2XBSA 4I0CA 2BQGA 4DDCA 4LYZA 3A93A 2LYMA 1KXWA 1LHHA 1NDMC 4BS7A 3LHMA 4Z3MA 5I4YA 2HEEA 4OWHA 1QTKA 4QGZA 3WU7A 2YSSC 2Y8PA 2HTXA 4NGIA 4DD2A 2HECA 4WL7A 1IY3A 4XENA 5I54A 1CJ8A 1JTOL 3CT1A 1ZVYB 4HV2A 4WM3A 1FKVA 1LSYA 4OOTA 1LMOA 1GDWA 1UIEA 4NSGA 4WLYA 1KIQC 1B7LA 2XJWA 2EIZC 2I6ZA 2BQLA 3W6AA 4HPIA 3AGGG 1CJ7A 4AXTA 1HHLA 5FEKA 2YBLA 4KT3A 1IVMA 4GCEA 2F2NA 3W3EA 3ATNA 2W1YA 1B7PA 1LHLA 4G9SA 3W6CA 1LMNA 1CKHA 2BAAA 2D4JA 4PJ2C 1G7JC 1TAYA 4GCDA 3ULRA 3AW6A 4WLXA 5ILCA 5L9JA 4IATA 1JTTL 153LA 1HFYA 4MCKA 4W94A 1LZRA 1C45A 1JJ0A 1GBSA 1SQ2L 1GF3A 1LZEA 3TXIA 5LVJA 1CKCA 2ZIKA 4EMNA 4RLMA 1CNSA 2G4PA 3TMUA 4PGJB 5F14A 1UIAA 4XJDA 3A94A 1C08C 1JKBA 4LYTA 1NBZC 1IWUA 3RT5X 4NGZA 1FLYA 3ZEKA 1BWJA 4N8ZA 4CGEA 2MEBA 2H9JA 4BAPA 1BB3A 1GAZA 4XJHA 1GBOA 2MEIA 2DQDY 4KPMA 2B5ZA 4LYCA 3TMVA 1BHZA 4LZTA 4NIJA 1GXV2 5II3A 1LJGA 2LYOA 1NF5A 5KXSA 3WW6A 1B9OA 1NDGC 1IP6A 2FBBA 5K7OA 1LZNA 3P64A 3WU8A 1IC5Y 1HEMA 1LYOA 1IP3A 3A95A 5LXWA 3WVYA 3W6BA 1LMAA 2H5ZA 1QUSA 4GLVA 1T6VL 3VWOA 4YENA 1HNLA 1AM7A 1GAYA 2MEHA 4UWVA 3J6KA 4ET8A 4NHQA 2Z18A 2Z39A 4H91A 2G4NA 5D5CA 4WM2A 4WG1A 1GFGA 1JITA 1GB6A 2MEFA 1TBYA 1YILA 4B1AA 5B1GA 1J1XY 1CKDA 1OP9B 3WPKA 5F9UA 1ZV5L 1GPQC 1FLWA 4XJGA 1NMMA 1G7MC 4M6DA 1QSWA 2F4GA 1JEFA 4G4CA 3IJVA 5KKJA 3N9EA 1HC0A 2W1XA 4UWNA 1YL1X 2BQIA 1B7RA 1IWZA 4PPOA 5APDA 1IIZA 3OJPA 4DC4A 4YEOA 1KXXA 5DLAA 3GXKA 4TSCA 1JKAA 1J1OY 2ZNWY 4Z46A 5B1FA 2BQCA 3A67Y 1LSGA 1IY4A 2CWIA 1GBXA 1I1ZA 2X0AA 4ETDA 4N0JA 2ZQ4A 4RDSA 5E9RA 4HPEA 4BADA 3CSZA 4DD0A 1LSZA 2D4IA 1B2KA 4NWEA 1FDLY 1FLQA 4H8YA 1QQYA 1UUZC 4L41A 4NGVA 4ZEEA 1REYA 4TUNA 4OWAA 2N5ZA 4MSTA 4H8XA 1H6MA 1DPWA 4OOOA 4OW1A 4A7DA 4FJRA 2DQIY 4WG7A 1GF8A 2H9KA 2ZYCA 1G7LC 1LMQA 5HNLA 1A2YC 2PC2A 3D9AC 3EXDA 1QUTA 5T3FA 5KXWA 2D4KA 2C8PA 1DQJC 1UIFA 3LN2A 4WO9A 2WARA 1HSWA 2YBIA 5F81A 1LZTA 4DDAA 1DKJA 3WUNA 1WVUA 3CT0A 4ETAA 3LZTA 1LZYA 5LYMA 1JKCA 5KY1A 1W08A 2BQNA 1QDRA 3A3QA 4HP0A 4C5FA 1B7MA 2W1MA 1EQ4A 2Z2FA 4NY5A 4XN6A 5C6LA 1HFXA 1WTNA 4RW1A 4B0DA 5B59A 3G3BB 3WYHA 5KXTA 1HFZA 1LHKA 2DQEY 3RW8A 3TXDA 1EQEA 1OUBA 4N9RA 4NFVA 1LMPA 1DZBX 1OUCA 4GCBA 4NHPA 4J1AA 4XADA 2YBNA 4MR1A 2BQMA 4NGYA 2CDSA 5FSTA 4U3XB 4E3UA 2MEAA 4LT0A 4YF2A 5B07A 1YAQA 4HTQA 2DBTA 1N4FA 1XGUC 3HBDA 2DQAA 5FHWA 4H90A 1B0DA 4LT3A 2HEFA 1YAPA 1B7OA 3WXTA 1GFJA 2HEBA 1HELA 4NHIA 1LJIA 1VFBC 4G4BA 1JUGA 5LA5A 1IR7A 1REZA 3WU9A 1OUFA 3EO5A 2BQOA 4H1PA 5KXYA 4B4IA 1BB4A 1OUAA 2HU1A 2XTHA 133LA 5LVKA 8LYZA 4P2EA 1LJHA 1LZ6A 5ILFA 1LZAA 1WVVA 2DQJY 2GV0A 2LZTA 3LYTA 2BQJA 1IOTA 1OUIA 1JIYA 2G4QA 3AB6A 3QY4A 4LFPA 1B5ZA 4LT1A 1IP1A 2FYDA 1YAMA 2EQLA 4LYMA 5DN5A 3TXHA 1XGPC 5F9XA 1I56A 4QDNA 4AGAA 1B7SA 1IEEA 5LA8A 1XFPL 2BPUA 1YL0X 4CFPA 4HJVA 3WPLA 1LCNA 1WQQA 5APEA 1OUJA 1LOZA 5LVIA 1UACY 2Z2EA 4TX7A 5APFA 4YOPA 4H92A 3TXJA 1LSCA 1B7QA 1IC7Y 1LMCA 4J7VA 5KXLA 1JKDA 3A34A 1CKGA 4NG1A 4XYYA 4CHXA 1BB7A 1E8LA 1IR8A 1GHLA 1DPXA 3AW7A 3TXGA 4HTNA 1XGTC 3B72A 1BQLY 3A96A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WM5A 1KY0A 2BLYA 4KXIA 3C8QA 2I26L 221LA 1LHIA 1LZ5A 1QTDA 1PQMA 227LA 3FI7A 1L24A 1UIDA 1GBZA 1GFUA 1L88A 1WTMA 4WLTA 1DI4A 3CT5A 142LA 3DN0A 1PQIA 2CJLA 170LA 4D9ZA 3VW7A 3GUOA 4NSIA 189LA 1GB0A 1LJEA 141LA 2FYCA 1L13A 3GULA 2W1LA 3G3AB 156LA 5LAGA 1L34A 3K3TA 4H9EA 1L57A 4YXCA 1L46A 1LZBA 1L36A 1L63A 3GUJA 1D9UA 1L23A 3B6LA 1L18A 4W54A 1CJ6A 2IHLA 4W56A 4W55A 3A6CY 1B5XA 3HH6A 1SX2A 1VDPA 3RZ4A 4LFXA 252LA 1LKSA 1TCYA 4IJ4A 3L2XA 1LJKA 4NSJA 3B0KA 3T6UA 236LA 200LA 1QTVA 4CFOA 1L81A 3PBLA 1B5WA 4B4EA 4LZMA 3AZ6A 1LYYA 4WO6A 4PRQA 1LSEA 1QSQA 2ANVA 4EKRA 4PRUA 1GFHA 4LDEA 1B6IA 1L0KA 1GB7A 4KL7A 6LZMA 3SBAA 1LZ1A 2I25L 1REMA 1GBWA 3W6DA 1CV1A 4ZIXA 2OU9A 4E97A 1LGUA 1KXYA 1GFKA 1UC0A 1RE2A 3IJUA 1DYEA 1C43A 3QE8A 1LSBA 3C83A 1QUHA 261LA 4EKSA 3L64A 1LPIA 1JTNA 2OE4X 2MEDA 4YM8A 5ILFA 1JSFA 1C46A 3OE9A 5B06A 1GE2A 2RBRA 4W52A 4WLDA 1W6ZA 3HTFA 3BKVA 1WQMA 144LA 110LA 5AMYA 3SB7A 4ARJA 4NSHA 2ZWBA 4Z41A 3A91A 1QIOA 4H9IA 165LA 1DXJA 1GDXA 4TTDA 3CDRA 201LA 243LA 1GB3A 1L06A 1L99A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4WM5 A;  1BB5 A;  1V7S A;  2YDG A;  4DD7 A;  1NQI A;  1NWG A;  1OUG A;  2BLY A;  1G7I C;  1IOC A;  4KXI A;  2I26 L;  4QY9 A;  1BWH A;  2Z12 A;  5L3I A;  1LHI A;  4Z98 A;  1LZ5 A;  1LSP A;  1B5V A;  1D0M A;  3CSR A;  4WMG A;  5LYT A;  1HSX A;  1O23 A;  1QSA A;  2HED A;  1LSN A;  132L A;  3FI7 A;  5KXO A;  1PS5 A;  1UIB A;  2D91 A;  1IOQ A;  2ZNX Y;  3J4G A;  5KXM A;  1EQ5 A;  1UID A;  1GBZ A;  1GFU A;  134L A;  3ATO A;  4NEB A;  4HSF A;  1GE0 A;  1WTM A;  2YBH A;  4WLT A;  1LSF A;  2RSC A;  1DI4 A;  1GFE A;  3T36 A;  4XJI A;  3CT5 A;  2BQK A;  2LHM A;  3AZ7 A;  9LYZ A;  4II8 A;  4B49 A;  4ML7 A;  1RI8 B;  1UIH A;  2FBD A;  4LT2 A;  2CJL A;  1JJ1 A;  1C7P A;  3WMK A;  4D9Z A;  1AKI A;  4DT3 A;  5C6J A;  2ZQ3 A;  4I8S A;  1ALC A;  1GFA A;  1GB0 A;  1LZD A;  2DQG Y;  1LSM A;  1LJE A;  4NSI A;  1PZY A;  1MEL L;  5D5F A;  3AGI A;  2FYC A;  1XEI A;  4GLA A;  1ZMY L;  3W6E A;  2W1L A;  2ZIJ A;  3G3A B;  5LAG A;  1I20 A;  3K3T A;  4H9E A;  1YQV Y;  4UWU A;  1HMK A;  1LZB A;  5APC A;  1GE4 A;  3BKH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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