2LZT | Genus

Total Genus 49

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	49
sequence length	129
structure length	129
Chain Sequence	KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__650175831494292__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__650175831494292__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2LZT/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__650175831494292__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"650175831494292","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2LZT/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__650175831494292__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfd50d190fea93bf241b77e/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfd50d190fea93bf241b77e/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfd50d190fea93bf241b77e/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfd50d190fea93bf241b77e/pdb.gz): 109 ms

reading 129 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

129 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 18 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:128});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase(o-glycosyl)
source organism	Gallus gallus
publication title	Refinement of triclinic lysozyme: II. The method of stereochemically restrained least squares. pubmed doi rcsb
molecule keywords	HEN EGG WHITE LYSOZYME
total genus	49
structure length	129
sequence length	129
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	1989-08-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00062	Lys	C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	2lztA00

1FBIX 2YSSC 1LHHA 4XADA 4NGYA 3ZEKA 6LYZA 5IELA 3P4ZA 1FN5A 1ALCA 2IHLA 4B0DA 1HEMA 1OUAA 1VAUA 2DQEY 3G3AB 1JUGA 4YM8A 4FDYA 2YBMA 5B05A 1RFPA 1C43A 4ZIXA 4XJHA 5ILFA 1TDYA 2DQHY 3AW7A 1HERA 3GXRA 1OP9B 5KXKA 5FHWA 7LYZA 1B7QA 1F10A 4DC4A 4DWXA 2DQCY 4NGLA 1LKSA 1UIHA 4RW2A 1OUHA 1LMCA 1LAAA 1GF9A 1DKKA 1LSPA 1LZEA 1LYZA 2BLYA 1GBZA 4EMNA 5LVGA 3QY4A 4X3BA 3TMWA 4KXIA 5A3ZA 5M1YA 1DI4A 1GD6A 5E4PA 4TTDA 1DPWA 3WPKA 1IOSA 1F0WA 1GB0A 1UIBA 2HEAA 2Z38A 3ATNA 3M18B 4LZTA 1XGRC 3WUAA 2A7FA 4ETDA 3ZVQA 1HEWA 1XGQC 1NHEA 4HP0A 1GWDA 4RDSA 1BB6A 1GFUA 2CJLA 4LYOA 1YILA 1I56A 1GBYA 2D4JA 5AMYA 1WQMA 4YEOA 1B9OA 1B7OA 3CQLA 4OWEA 2LYMA 4LGKA 1UIGA 4NHTA 4NGIA 2W1YA 3A67Y 1IR7A 5KXZA 1WTNA 3RU5A 1HC0A 4G9SA 1YL0X 1IWZA 1LHKA 1DPXA 4QY9A 1IWTA 2WARA 3A34A 5LIOA 1LMQA 2BQHA 4ZFPA 2MECA 3W6BA 3WU8A 2MEEA 1NF5A 4GCFA 1N4FA 4J0LA 4QEQA 5D5FA 1IOCA 1GFRA 1JTTL 3A8ZA 5KXRA 1IR9A 4BAPA 1OQMA 2ZIKA 3ATOA 1HEOA 3W3EA 4QDNA 132LA 4DD1A 4PGJB 3MGWA 1IWYA 4WL6A 3WH1A 1BVXA 1CKFA 4W96A 1V7SA 4DDBA 1LSBA 1OUJA 1GPQC 2F4GA 1LZAA 4HPEA 1IP7A 3TMUA 5I54A 3W6AA 1VDQA 2RSCA 4CGEA 1UC0A 2Z19A 3WL2A 2EPEA 5LYMA 1GFAA 3WU7A 1BVKC 3TXBA 1EQ5A 3RZ4A 1B7MA 3BKHA 2FYDA 4XN6A 1WTMA 4NY5A 4H9HA 2LZTA 1MELL 3LN2A 1JIYA 1NBZC 2C8PA 1GBXA 1GE0A 1B7LA 1NDGC 3AGIA 1JKDA 2BQDA 1LZ9A 1EQEA 1LZSA 1G7JC 1KIPC 1HEPA 1LJ4A 2CWIA 3A6BY 4N1CC 1B5ZA 1LJFA 1QSWA 1NKHA 3AJNA 2YBNA 1FLYA 4HTNA 1GAZA 4DD9A 1CKGA 5LVHA 1SQ2L 1GF3A 1JSFA 4WOAA 4XJFA 1JJ3A 4DDAA 1IP1A 2F4AA 5APDA 4DDCA 1IP6A 3WPLA 2MEAA 4WL7A 2XBSA 4J1AA 1GB6A 2BQEA 4NSJA 2EKSC 4WG7A 2ZYCA 4OWAA 5APEA 1OUIA 5LYZA 154LA 1LCNA 1V7TA 1BGIA 4NGJA 1EQ4A 4RLNA 2HU3A 5JENB 1LJNA 1B7NA 4PPOA 3W6FA 4HV2A 4ET8A 2Z2FA 2XTHA 1H6MA 1RE2A 2BPUA 153LA 3AGGG 2GV0A 1D6QA 1LYYA 1LMOA 4WM6A 3RW8A 1IVMA 4NGZA 5J7CA 5HNLA 4NSHA 1LYOA 2BLXA 5LAFA 4HSFA 3T6UA 3IJVA 4H8XA 1GAYA 1T3PA 2G4PA 1LPIA 1LJGA 4LYMA 4GN4A 3TXFA 5LVIA 2Z2EA 1CJ8A 5APCA 5EBHA 2BQKA 5B1GA 4G49A 3G3BB 4KPMA 1GBSA 4OOTA 5KXYA 1UIEA 3A3RX 4N9RA 1YAQA 3J4GA 4H93A 4LFPA 3N9AA 1XSFA 4I0CA 1JJ1A 1BB7A 3WPJA 2MEGA 1ZVYB 4YOPA 2DQGY 2DQFC 5F16A 1JTPL 5F9XA 1GF8A 1JSEA 2MEDA 4H8YA 1GBOA 3QNGA 3A96A 4DYGA 5KXTA 1LSYA 4NWHA 3LYTA 2FBBA 2Z37A 1HHLA 1QTKA 4FJRA 4NGKA 2LHMA 4B1AA 1UIDA 3LYMA 1LZBA 3LZTA 1J1XY 5KJ9A 1GB8A 1IC5Y 2DQJY 4I8SA 4TWSA 1E8LA 4LYBA 1QDRA 1TAYA 4KL7A 4ETBA 1HMLA 4NGWA 5I4XA 1KXXA 3E3DA 4NHQA 4GCDA 5L3IA 1OUDA 2ZILA 2HEEA 1IP5A 1HENA 1WQRA 2YVBA 1A4VA 3CSZA 4HV1A 2F30A 5HLLA 5A3EA 1CJ7A 1LMPA 4N5RA 4NG8A 1LYSA 3A95A 5LVJA 1KXWA 5ILCA 1EL1A 4R0FA 3P65A 3LYOA 2DQAA 1LJIA 1JITA 4GCEA 2YBIA 3A93A 1YQVY 2BQIA 3HFMY 4A7DA 1D0LA 1WVUA 1LJ3A 1OUFA 1BQLY 4OW1A 1F6SA 2D4IA 4HJVA 4UWNA 1C10A 2BQNA 4OOOA 1LSEA 4NGVA 4RW1A 4H9IA 5C6IA 5F14A 3B6LA 5DN5A 1GXXA 4PJ2C 4G4HA 2I6ZA 1JHLA 1T6VL 2FYCA 3B0KA 3W6CA 3KAMA 5KXNA 1REMA 5IHGA 1LJEA 4N0JA 5I5QA 1LSNA 1VDPA 3TXJA 5F81A 1FLQA 1IORA 3TMXA 3B0OA 1IP3A 1YKZX 207LA 3CSRA 4WLDA 1GF0A 1GEZA 1GF7A 3F6ZA 4AXTA 2D4KA 4Z46A 3EO5A 4NHPA 1LMAA 4NG1A 1JKBA 4BS7A 1AZFA 1O23A 4Z98A 2ZIJA 4LYZA 1XFPL 4WLXA 1MLCE 3CT0A 2H9JA 4H9AA 1F6RA 1GFGA 4CJ2A 4ANRA 4DD2A 1D9UA 1JJ0A 1HEQA 4H1PA 1GDWA 4ETEA 3FE0A 1LSAA 1REZA 1ZVHL 2ZNWY 1FLUA 4WM3A 2LYOA 4GLAA 3W6DA 4ETAA 4L41A 1P2CC 2BQAA 3WULA 1C45A 2HU1A 1YIKA 4EOFA 1GE3A 1YAMA 3FI7A 1REXA 2I26L 2CGIA 3A92A 3EXDA 4G4CA 9LYZA 1TBYA 2B5ZA 4HPIA 3P68A 1BHZA 4YEMA 1LZ5A 5KKJA 1XGTC 4CFPA 1QUSA 5E9RA 5FDJA 4E3UA 2LZ2A 3A90A 1LZRA 1VFBC 1GXV2 1CJ6A 1J1PY 1B5VA 1HF4A 2MEBA 3WMKA 3A6CY 8LYZA 1B5YA 1IC4Y 4PHIA 1QUTA 5HQ1A 5L3HA 1G7LC 1GB5A 5B59A 208LA 1IP4A 1PZYA 4BAFA 3TXGA 1DKJA 5LAGA 1XEKA 5HMVA 1GBWA 4H9BA 4XJGA 4WLYA 4HJYA 1HMKA 5LINA 5B1FA 1JTOL 4WLTA 1I1ZA 2XJWA 5K7OA 4IASA 4XYYA 5HMJA 1B7PA 1NWGA 4KT3A 4OWCA 3LYZA 1REYA 3RT5X 1BWJA 4GCCA 135LA 4NHIA 4XJIA 1DI3A 3TXDA 5C6LA 4N8ZA 2ZQ4A 1GB7A 1GFJA 3SP3A 4AGAA 1DI5A 2EIZC 3W6EA 1LZ1A 4TSBA 3WUMA 4LFXA 5APFA 1AM7A 3LHMA 3AZ6A 4LT1A 4MR1A 4PRQA 1LOZA 1JPOA 1LZDA 2Q0MX 4Z3MA 4WM5A 1HFZA 1FLWA 2BQLA 1WVVA 1GF4A 1LZGA 1A2YC 1CJ9A 2HUBA 3CT5A 4NWEA 2A7DA 1UIFA 4LT3A 4ZEEA 2ZYPA 1GDXA 3LZ2A 1LZYA 4ETCA 2DBTA 2YBLA 5L9JA 5B06A 1IWUA 1HSXA 4NEBA 3ZVQB 1LHJA 1NMMA 4XENA 1HNLA 1YROA 4MSTA 1GHLA 3AZ7A 1B2KA 2H9KA 1XGUC 1BWHA 4O34A 4CHXA 1GB3A 2MEIA 2W1LA 5KXMA 2BQCA 1IOQA 4PRUA 4WM1A 3CSQA 5IDDA 3T36A 4H92A 1GFKA 1NQIA 1INUA 1LZTA 1NDMC 2BQGA 2EQLA 3TMVA 1IR8A 3AYQA 1WQQA 4TUNA 1WQOA 1C7PA 5KXOA 4NFVA 2HECA 3WVXA 3A94A 1LSZA 1BWIA 4U3XB 1LHLA 4NHSA 1WQPA 1ZV5L 1IWWA 1AT6A 1UCOA 1DZBX 3AB6A 4D9ZA 1LSDA 1AT5A 4G4BA 1KIQC 4P2EA 1IC7Y 1YKXX 3WXTA 5KY1A 1KXYA 4MCKA 1LMTA 5DLAA 1YL1X 3N9EA 1XEJA 1SLYA 1B5UA 4TSCA 4NGOA 2Y8PA 1GE4A 3IWRA 1RJCB 1VEDA 4LYTA 2NWDX 2H5ZA 1GB9A 3GXKA 1GF5A 4R6CA 1Z55A 3B72A 5DL9A 2LYZA 4LYCA 1IEEA 1FKQA 2D91A 4M6DA 4II8A 2N5ZA 4N1EI 1B7RA 1ZMYL 2YBJA 4WO6A 3A91A 1YAPA 3TXEA 1JISA 1HFXA 1LZCA 3M3UA 1HFYA 2D6BA 4HJZA 5I4YA 2W1XA 3BKVA 1G7MC 5DM9A 4B49A 3K3TA 3P66A 3HBDA 1GF6A 4J1BA 5KXSA 1AKIA 1JKCA 3TXKA 1TEWA 1YAOA 2XBRA 1UA6Y 3AZ5A 1DXJA 1GFVA 4H90A 2BQFA 4CFOA 4YF2A 1LZNA 3N9CA 2BQJA 1IOTA 5T3FA 5C6JA 2YDGA 4IJ4A 3WVYA 4GCBA 1GFTA 2AUBA 2ZWBA 1JKAA 1FKVA 3CT1A 1VATA 4WG1A 3TXIA 5II3A 5D5CA 4ML7A 5LA8A 5KXXA 1GE1A 4B4IA 4UWUA 5LYTA 1LZ8A 1OUGA 2C8OA 5KXPA 1UACY 5KKIA 1NBYC 2W1MA 1LHIA 2MEHA 4BADA 1QQYA 4GLVA 1JEFA 5B07A 134LA 4M4OA 1B7SA 1DQJC 3AZ4A 4H9EA 1BB4A 3D3DA 4HTKA 3ULRA 3WW6A 4W94A 1UBZA 1IP2A 193LA 1OUBA 1LZ6A 5HNCA 2F2NA 3WYHA 1KIRC 2HEDA 3AW6A 1LJKA 1I20A 4H91A 3EMSA 1OUCA 4LT2A 2HEBA 4OWBA 1LSGA 4TX7A 4C5FA 4RLMA 3AGHA 2ZQ3A 4WO9A 4QGZA 3QE8A 2VB1A 4XJDA 3TXHA 3WW5A 1TCYA 1GEVA 3WU9A 4OWHA 2G4QA 1QSAA 3A3QA 4H9CA 1QIOA 5FELA 5DN4A 4DD0A 4B4EA 1LSFA 2BQMA 3WUNA 3WXUA 1IY3A 1GFEA 1J1OY 1LSCA 4DT3A 1LTMA 1LJJA 2BQOA 3HBHA 1CNSA 2I25L 4GN5C 1QTEA 3D9AC 5FEKA 5LXWA 133LA 5FSTA 5FCPA 1LJHA 5KXWA 3EBAB 2YBHA 3OK0A 1CKCA 2Z12A 4IATA 5KXLA 1C08C 1H87A 4J7VA 4XJBA 5LA5A 1G7HC 2FBDA 4H94A 2DQIY 2DKVA 1HSWA 1GE2A 194LA 1LHMA 1UICA 4HTQA 2PC2A 1LSMA 3RNXA 3VWOA 1XEIA 1B5WA 1YKYX 2HEFA 1GFHA 2Z39A 1PS5A 1YANA 1IX0A 1IO5A 4ET9A 1UIAA 5LVKA 1W08A 3B0IA 4H8ZA 3HBEX 1W6ZA 4WMGA 3CB7A 1IY4A 1G7IC 1UUZC 1LZ4A 2IFFY 1D6PA 2G4NA 4GN3A 3OJPA 1FDLY 1QDTA 4LT0A 2BQBA 1LMNA 4DD7A 1GB2A 4WM4A 1B0DA 1BB5A 1D0KA 4NSGA 1IWXA 5F9UA 1RCMA 2X0AA 3IJUA 4YENA 6LYTA 5I4WA 4NSIA 1VDTA 2DQDY 1B5XA 1RI8B 1WQNA 4C3WA 4Z41A 3J6KA 2ZNXY 2MEFA 2CDSA 4DD3A 1BB3A 1LKRA 1C46A 1CKHA 1JWRA 1VDSA 1CKDA 1IIZA 2BAAA 1D0MA 2Z18A 3P64A 4H9FA 4WM2A 1OUEA 4UWVA 5I53A 1HELA 1XGPC 2HTXA 4B4JA 4NIJA 1IWVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FBI X;  2YSS C;  1LHH A;  4XAD A;  4NGY A;  3ZEK A;  6LYZ A;  5IEL A;  3P4Z A;  1FN5 A;  1ALC A;  2IHL A;  4B0D A;  1HEM A;  1OUA A;  1VAU A;  2DQE Y;  3G3A B;  1JUG A;  4YM8 A;  4FDY A;  2YBM A;  5B05 A;  1RFP A;  1C43 A;  4ZIX A;  4XJH A;  5ILF A;  1TDY A;  2DQH Y;  3AW7 A;  1HER A;  3GXR A;  1OP9 B;  5KXK A;  5FHW A;  7LYZ A;  1B7Q A;  1F10 A;  4DC4 A;  4DWX A;  2DQC Y;  4NGL A;  1LKS A;  1UIH A;  4RW2 A;  1OUH A;  1LMC A;  1LAA A;  1GF9 A;  1DKK A;  1LSP A;  1LZE A;  1LYZ A;  2BLY A;  1GBZ A;  4EMN A;  5LVG A;  3QY4 A;  4X3B A;  3TMW A;  4KXI A;  5A3Z A;  5M1Y A;  1DI4 A;  1GD6 A;  5E4P A;  4TTD A;  1DPW A;  3WPK A;  1IOS A;  1F0W A;  1GB0 A;  1UIB A;  2HEA A;  2Z38 A;  3ATN A;  3M18 B;  4LZT A;  1XGR C;  3WUA A;  2A7F A;  4ETD A;  3ZVQ A;  1HEW A;  1XGQ C;  1NHE A;  4HP0 A;  1GWD A;  4RDS A;  1BB6 A;  1GFU A;  2CJL A;  4LYO A;  1YIL A;  1I56 A;  1GBY A;  2D4J A;  5AMY A;  1WQM A;  4YEO A;  1B9O A;  1B7O A;  3CQL A;  4OWE A;  2LYM A;  4LGK A;  1UIG A;  4NHT A;  4NGI A;  2W1Y A;  3A67 Y; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2LZTA

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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