2MEDA

Contribution of hydrophobic effect to the conformational stability of human lysozyme
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQFNSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contribution of amino acid substitutions at two different interior positions to the conformational stability of human lysozyme
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2medA00
1LSPA 1GFEA 1UC0A 1B5ZA 4HV2A 1ZMYL 4UWUA 4NGYA 4N8ZA 1HFXA 1GDWA 2EIZC 3ULRA 3WUMA 1HF4A 1LZCA 5F9UA 4WO9A 1LJFA 2XBRA 4W96A 2ZIKA 1NHEA 5FDJA 1DKJA 1LZAA 1UIEA 2Z18A 1ZVHL 4LFPA 2H9JA 5KXZA 1DXJA 1LJIA 3EBAB 4A7DA 1UACY 3TMWA 2X0AA 3WPJA 4NGOA 2W1XA 3D9AC 1WQPA 1GBYA 1ZVYB 3EO5A 3AB6A 5KXWA 3BKHA 3AZ5A 4NFVA 4ETEA 1IO5A 2C8OA 5KKIA 2D4IA 1REXA 2N5ZA 1WTMA 2Z37A 5LYZA 1HHLA 1LSMA 1UUZC 2ZWBA 3AGGG 2G4PA 1QIOA 3RU5A 3LN2A 4H9IA 1VEDA 2HEBA 1LMOA 4ZEEA 1C08C 3A6CY 3LZTA 6LYZA 3A95A 5B06A 1LSAA 3T6UA 1LZDA 1XSFA 8LYZA 1MELL 2BQNA 2CGIA 1B2KA 4TSCA 2FBBA 2BLXA 1NQIA 1LTMA 4WM3A 1IC4Y 4WOAA 1GFUA 4M4OA 1XEJA 1GF9A 2BAAA 1LMTA 1JTPL 1AT5A 4HTQA 4DWXA 1JSEA 1YKXX 3AW6A 5L3HA 2I26L 1LJ4A 1A2YC 1F6SA 4NGWA 5KXNA 1IWYA 1G7IC 3GXKA 2Z19A 1HEQA 135LA 1AT6A 1TDYA 1UIHA 1XGRC 2HEAA 3N9CA 4II8A 4LGKA 1LSDA 3IWRA 4KPMA 153LA 2CJLA 1BVXA 2AUBA 2GV0A 3ZEKA 1B7MA 1JISA 2ZIJA 4C3WA 1ALCA 2B5ZA 1CJ7A 2FYCA 3CSQA 4XJIA 2ZNXY 4LYTA 1PZYA 4GN4A 4M6DA 5FCPA 3G3AB 5HMVA 1IP6A 132LA 1LZGA 5LA8A 1IVMA 1GDXA 1A4VA 1GEVA 1IOTA 2HU3A 1LJKA 4YOPA 1LSEA 4LT0A 4NGVA 1B7SA 5LVIA 5C6IA 3A3QA 4ZIXA 1DPXA 4LYBA 3SP3A 4NWEA 3J4GA 3M3UA 1UIAA 9LYZA 4FDYA 1IWXA 2YBHA 1LSBA 2DQIY 4LT1A 2BPUA 4NSJA 5KXPA 4G4CA 4LYCA 2I6ZA 4XENA 1DQJC 1IY3A 5B1GA 5F16A 1Z55A 1KXWA 4G4HA 4GCFA 2XBSA 3AJNA 4LZTA 4WL7A 2Z12A 5L9JA 2BQIA 1PS5A 4N0JA 4WG7A 2CWIA 1B5WA 4WM1A 1E8LA 3WVXA 1JTTL 3W3EA 4B1AA 4PRQA 5F14A 1LZ1A 3WPLA 5L3IA 2D4KA 1XEKA 2MEFA 3IJUA 1BVKC 1GBZA 3TXGA 1IWUA 1IEEA 4I0CA 3CB7A 1BQLY 1LSNA 1UIGA 4B4IA 1YAMA 2LZTA 1YIKA 1T3PA 5HMJA 2WARA 1GPQC 1BB5A 1C43A 5I54A 1H6MA 1FKQA 5DL9A 3M18B 1GFJA 1NBYC 4OWAA 2A7DA 3HBEX 4OOTA 5APFA 3QNGA 1GBSA 1YROA 1AM7A 4IASA 1NDGC 4GN3A 4PGJB 4N1CC 2D91A 5LAGA 3RZ4A 4NSGA 4RW1A 1T6VL 1VDPA 4QY9A 1OUAA 2DQGY 1JUGA 4LYMA 1I20A 1NWGA 2XJWA 4YM8A 4MCKA 2BQJA 4Z98A 1LZEA 1OUIA 5F9XA 4CGEA 2W1MA 3LHMA 5KXLA 1UICA 2Z39A 4HPIA 1DI5A 5DM9A 1GE3A 1XEIA 4H93A 4TWSA 2DKVA 1LJEA 1BHZA 1DPWA 2HECA 3TMUA 1YKYX 1LSFA 1IWVA 3D3DA 4GCBA 5A3ZA 4H9CA 4EMNA 4H9FA 1QTEA 5LAFA 3F6ZA 4CFOA 4H94A 1LHLA 3WXUA 1LAAA 4Z46A 1IC7Y 2LHMA 3TXDA 1SLYA 1CKCA 1JHLA 2BQLA 1GEZA 1GAZA 4MR1A 1FLWA 4WLYA 3RNXA 1JJ1A 1LYZA 3FI7A 1GF5A 2PC2A 2XTHA 2F4GA 1QTKA 1LZYA 2D6BA 2Z2FA 3P68A 5AMYA 1VDQA 2HEFA 4NGKA 2F2NA 4B4EA 4N9RA 1B7OA 1JTOL 1HEMA 1EQ4A 1LMNA 1IR8A 4H8YA 1B9OA 3QY4A 1VDTA 4DD1A 5C6JA 5KY1A 4BS7A 4WM4A 2DQHY 3AZ6A 1QDRA 3AGIA 207LA 1LKRA 3WW5A 2DQJY 3J6KA 4WL6A 1LYOA 1B5VA 1LHHA 2BLYA 1IP7A 1GXV2 1LSCA 1SQ2L 3WU8A 1HC0A 1GB9A 1N4FA 1D9UA 4J1BA 1D0LA 1UIBA 3TXEA 3W6EA 4N1EI 1QQYA 5KXSA 5F81A 4ETDA 1FLYA 5I4YA 4CHXA 5DLAA 1B7LA 3KAMA 2EPEA 2MEDA 1CJ8A 2BQEA 4W94A 1D6PA 1HEWA 1OUCA 5I53A 2IFFY 3OJPA 3TXHA 1UCOA 2DQEY 4GLAA 4HV1A 1H87A 1HERA 3A93A 4NGLA 1FDLY 1V7TA 2G4QA 4N5RA 3AGHA 4LYOA 1UA6Y 4OWHA 1VAUA 1UIDA 5HQ1A 5DN4A 4NHSA 1DKKA 4TX7A 1WQQA 4XYYA 3CT5A 3W6AA 1B5XA 4RLNA 1JEFA 2BQHA 3E3DA 3BKVA 5KKJA 4WM2A 3WH1A 1LZ8A 4O34A 3W6DA 1B7RA 3LYOA 4QEQA 3WMKA 2F4AA 133LA 4NSHA 5IDDA 4DD7A 5IHGA 1CJ6A 1C45A 4H9EA 1D0KA 1KIRC 1HMLA 1WQOA 1VDSA 2DQAA 3AZ7A 4GCCA 4OWCA 3WPKA 3A6BY 4XN6A 2FBDA 3N9AA 4H91A 4H9AA 4MSTA 5C6LA 1REMA 2MEBA 4QGZA 4B49A 5ILFA 1NMMA 1YILA 4NHQA 1REYA 1WQRA 1B5YA 1LYSA 1BWHA 4H9HA 5D5CA 1LZBA 2YSSC 1LMCA 2ZYPA 1LMQA 1GBOA 2HEEA 4U3XB 4H9BA 4OWEA 4XJBA 5B05A 2RSCA 1YANA 4XADA 5I4WA 1DI3A 5KXOA 1RCMA 1VATA 1WTNA 1UIFA 1IP5A 1W6ZA 4KXIA 1EL1A 3WUAA 4WM5A 4DYGA 2BQGA 5DN5A 2ZNWY 1GF7A 4PRUA 5KXYA 4NG1A 4ET9A 3EXDA 1JKDA 193LA 4NSIA 5I5QA 3P66A 2ZILA 4HTKA 1JWRA 4GLVA 4KT3A 2NWDX 1GE2A 4AXTA 134LA 1GFAA 1O23A 5KXMA 4NGZA 2LZ2A 4J1AA 1IP3A 3ATOA 1FN5A 1DZBX 2G4NA 4DDAA 3ZVQA 4H92A 4NY5A 5APDA 2YBMA 3LZ2A 1WQMA 5J7CA 1LZ4A 2YBLA 1BGIA 1LPIA 2MEIA 1GB8A 3WUNA 5HNCA 1OUJA 1ZV5L 3EMSA 5LVJA 1V7SA 2BQCA 3A92A 5B1FA 5IELA 5II3A 1XGTC 1LMAA 3AW7A 1LHIA 1WVVA 4DC4A 1KXXA 1JKBA 1YQVY 5E9RA 1HSWA 4LFXA 1DI4A 1HMKA 2MEGA 4NIJA 4DDBA 1KIPC 1OUBA 4NGIA 4X3BA 1TAYA 1BB4A 4NEBA 1GF4A 2IHLA 1HELA 5HLLA 3A91A 5LYMA 4FJRA 1IP4A 1LZTA 5JENB 1C10A 1UBZA 3OK0A 1NBZC 3T36A 4TTDA 4XJDA 5LYTA 4NHIA 3TXFA 4YF2A 1RE2A 3RT5X 1GF8A 154LA 4G4BA 2LYMA 3A90A 1G7HC 4GCDA 1GB5A 3W6BA 1FKVA 2HTXA 3K3TA 4BAFA 4H1PA 4HJYA 1QDTA 5FHWA 2CDSA 1B5UA 1QSAA 5KXXA 1FLUA 4QDNA 1NF5A 208LA 3LYZA 1B7QA 1D0MA 2DQDY 1IC5Y 1I1ZA 3A94A 4NHTA 5KXKA 2HUBA 2FYDA 1GFRA 4HTNA 1HSXA 1GFGA 1LYYA 1BB3A 3LYMA 1IWZA 4H90A 5LIOA 4DD0A 1J1OY 1IORA 5T3FA 1GBXA 5E4PA 1OUGA 1XGQC 3AZ4A 4DD9A 2BQFA 1LJJA 1P2CC 4OW1A 1LMPA 1OUFA 4TSBA 1LKSA 1NDMC 1REZA 2HEDA 3TMXA 3AYQA 1INUA 4HSFA 3A3RX 1G7JC 1GXXA 4ANRA 4R0FA 1C46A 1GBWA 1F0WA 1J1XY 4HJZA 3N9EA 5KJ9A 4BAPA 1RJCB 1G7LC 4IATA 6LYTA 3B0KA 3VWOA 4J0LA 4H8ZA 5EBHA 3TMVA 5LVKA 2ZYCA 1YAQA 2MEAA 1IOCA 5LVGA 1IR7A 1GFKA 5LXWA 2BQDA 1FBIX 1GAYA 1LJHA 4H8XA 2VB1A 5KXRA 4DD2A 1KIQC 4DT3A 1KXYA 2H5ZA 2I25L 1GB0A 2MEHA 2W1LA 4PHIA 1QUTA 194LA 5FEKA 1GWDA 5M1YA 2HU1A 2Z2EA 4OOOA 3TXBA 4WLXA 1LJ3A 1D6QA 1GB7A 1IR9A 1LSYA 4ZFPA 1GF3A 1LJNA 5APCA 2ZQ3A 4LYZA 1MLCE 1JKAA 5LINA 2DQCY 3CT0A 3CSRA 3W6CA 4GCEA 5B59A 4CJ2A 1TEWA 4UWVA 3WULA 4G49A 4J7VA 1JJ0A 1LZ6A 4KL7A 4NGJA 4PPOA 4UWNA 5HNLA 3A96A 3GXRA 3WXTA 3W6FA 3CQLA 1BB7A 1TBYA 5D5FA 4YEOA 5FELA 1GB6A 4WLDA 1CKFA 2C8PA 3WW6A 1LHMA 4G9SA 2BQOA 2EQLA 3WL2A 4HPEA 1HFYA 4L41A 1FLQA 2Q0MX 1LZNA 1WVUA 3WU9A 2A7FA 4AGAA 3MGWA 4RDSA 1LJGA 4YEMA 1CKDA 1B7NA 4B4JA 1JJ3A 5KXTA 1TCYA 1LZSA 1IWWA 1YAPA 1GE4A 1JPOA 1JKCA 3FE0A 1LZ9A 1YL0X 4NHPA 2ZQ4A 5LVHA 1IX0A 3HBHA 3ZVQB 2LYOA 1BB6A 3B6LA 4Z3MA 1QUSA 3TXJA 1WQNA 2LYZA 5A3EA 4P2EA 1HNLA 3QE8A 2YBJA 1JIYA 5ILCA 1CKHA 2EKSC 3ATNA 1GB2A 4HP0A 3WYHA 1LZ5A 4D9ZA 1IOQA 3P64A 1B7PA 4RLMA 2H9KA 1LCNA 4R6CA 1B0DA 1VFBC 1YAOA 1IOSA 4NWHA 4ML7A 4I8SA 5B07A 4ET8A 4ETCA 3RW8A 3IJVA 4PJ2C 2Z38A 1F6RA 1HEOA 1GB3A 3TXKA 1OP9B 4NG8A 1YKZX 1JSFA 2YVBA 4LT2A 1GF0A 4XJFA 4EOFA 1IIZA 1EQEA 1GHLA 1LSZA 1GFTA 5LA5A 4DD3A 3CSZA 3P65A 1EQ5A 3WU7A 2Y8PA 4YENA 3CT1A 1W08A 5APEA 2MECA 1HENA 1GE1A 3A34A 4OWBA 1J1PY 4GN5C 4WLTA 4IJ4A 3WVYA 3B0OA 4LT3A 4BADA 1GFVA 2D4JA 4Z41A 2MEEA 4ETAA 2BQAA 1LZRA 3B0IA 1XGUC 3B72A 1GFHA 1HFZA 1OUDA 2BQBA 7LYZA 4ETBA 4C5FA 1OUHA 1BWIA 4WG1A 1CKGA 1RI8B 5I4XA 4XJGA 1AZFA 1GE0A 1OUEA 2DBTA 1IP2A 1CNSA 2YBNA 3A8ZA 1RFPA 2YDGA 4XJHA 2BQMA 3HFMY 1CJ9A 4WM6A 4WMGA 4WO6A 1LOZA 1AKIA 4DDCA 1XFPL 1IY4A 1YL1X 3A67Y 4RW2A 4CFPA 1LSGA 1IWTA 1LHKA 3TXIA 3P4ZA 1I56A 1NKHA 1LHJA 1QSWA 1XGPC 3HBDA 2YBIA 1GD6A 2DQFC 3G3BB 3LYTA 1OQMA 5FSTA 2W1YA 1BWJA 1GF6A 2F30A 4TUNA 1F10A 2BQKA 1C7PA 4HJVA 1JITA 1IP1A 1HEPA 4B0DA 4E3UA 5K7OA 1G7MC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UC0A 1B5ZA 1ZMYL 4NGYA 3OE9A 198LA 1KW5A 2ZIKA 2Z18A 2H9JA 1DXJA 2X0AA 1WQPA 1L84A 3V2WA 1QTVA 2Z37A 205LA 2HULA 3RU5A 1L35A 1C60A 1L49A 1L90A 3HTBA 3NYAA 3A95A 1L07A 1XSFA 4S0WA 1MELL 2B7XA 1L16A 2BLXA 2OU9A 1LTMA 2RAZX 1GFUA 1XEJA 1C6TA 1LMTA 1AT5A 1YKXX 3AW6A 1D2YA 1LJ4A 1F6SA 1IWYA 1G7IC 2Z19A 2HEAA 1T8AA 4II8A 3IWRA 2CJLA 4ARPA 1TLAA 3ZEKA 1JISA 2B5ZA 1CJ7A 185LA 2ZNXY 210LA 4W57A 2B75A 221LA 4K5YA 102LA 2HUMA 1GDXA 1A4VA 3HT8A 1QTDA 4I7SA 3M3UA 1P64A 2YBHA 1LSBA 4LYCA 1DQJC 1IY3A 2XBSA 1SSWA 1E8LA 231LA 1D9WA 1BVKC 3TXGA 1IEEA 1T3PA 4EKQA 5I54A 1C43A 1H6MA 104LA 1GFJA 4OWAA 5APFA 3SBBC 1AM7A 1C6CA 4PGJB 2D91A 5LAGA 3RZ4A 1L06A 4RW1A 1L48A 1OUAA 1JUGA 3GUMA 2XJWA 4YM8A 1L47A 1OUIA 3LHMA 2Z39A 1DI5A 4H93A 2DKVA 113LA 1L32A 3TMUA 1L33A 1LSFA 1IWVA 3D3DA 4GCBA 4H9CA 4EKRA 5LAFA 1L36A 4CFOA 4H94A 141LA 4MR1A 4WLYA 1FLWA 3RNXA 3FI7A 2PC2A 5AMYA 2D6BA 2Z2FA 4NGKA 2F2NA 3DN6A 1LYEA 4DKLA 241LA 1D3JA 1SQ2L 3WU8A 3TXEA 1QQYA 1SX7A 5F81A 1FLYA 5DLAA 2Q9DA 1D6PA 1OUCA 5I53A 4GLAA 4HV1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LSP A;  1GFE A;  1UC0 A;  1B5Z A;  4HV2 A;  1ZMY L;  4UWU A;  4NGY A;  4N8Z A;  1HFX A;  1GDW A;  2EIZ C;  3ULR A;  3WUM A;  1HF4 A;  1LZC A;  5F9U A;  4WO9 A;  1LJF A;  2XBR A;  4W96 A;  2ZIK A;  1NHE A;  5FDJ A;  1DKJ A;  1LZA A;  1UIE A;  2Z18 A;  1ZVH L;  4LFP A;  2H9J A;  5KXZ A;  1DXJ A;  1LJI A;  3EBA B;  4A7D A;  1UAC Y;  3TMW A;  2X0A A;  3WPJ A;  4NGO A;  2W1X A;  3D9A C;  1WQP A;  1GBY A;  1ZVY B;  3EO5 A;  3AB6 A;  5KXW A;  3BKH A;  3AZ5 A;  4NFV A;  4ETE A;  1IO5 A;  2C8O A;  5KKI A;  2D4I A;  1REX A;  2N5Z A;  1WTM A;  2Z37 A;  5LYZ A;  1HHL A;  1LSM A;  1UUZ C;  2ZWB A;  3AGG G;  2G4P A;  1QIO A;  3RU5 A;  3LN2 A;  4H9I A;  1VED A;  2HEB A;  1LMO A;  4ZEE A;  1C08 C;  3A6C Y;  3LZT A;  6LYZ A;  3A95 A;  5B06 A;  1LSA A;  3T6U A;  1LZD A;  1XSF A;  8LYZ A;  1MEL L;  2BQN A;  2CGI A;  1B2K A;  4TSC A;  2FBB A;  2BLX A;  1NQI A;  1LTM A;  4WM3 A;  1IC4 Y;  4WOA A;  1GFU A;  4M4O A;  1XEJ A;  1GF9 A;  2BAA A;  1LMT A;  1JTP L;  1AT5 A;  4HTQ A;  4DWX A;  1JSE A;  1YKX X;  3AW6 A; 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 3TXB A;  4WLX A;  1LJ3 A;  1D6Q A;  1GB7 A;  1IR9 A;  1LSY A;  4ZFP A;  1GF3 A;  1LJN A;  5APC A;  2ZQ3 A;  4LYZ A;  1MLC E;  1JKA A;  5LIN A;  2DQC Y;  3CT0 A;  3CSR A;  3W6C A;  4GCE A;  5B59 A;  4CJ2 A;  1TEW A;  4UWV A;  3WUL A;  4G49 A;  4J7V A;  1JJ0 A;  1LZ6 A;  4KL7 A;  4NGJ A;  4PPO A;  4UWN A;  5HNL A;  3A96 A;  3GXR A;  3WXT A;  3W6F A;  3CQL A;  1BB7 A;  1TBY A;  5D5F A;  4YEO A;  5FEL A;  1GB6 A;  4WLD A;  1CKF A;  2C8P A;  3WW6 A;  1LHM A;  4G9S A;  2BQO A;  2EQL A;  3WL2 A;  4HPE A;  1HFY A;  4L41 A;  1FLQ A;  2Q0M X;  1LZN A;  1WVU A;  3WU9 A;  2A7F A;  4AGA A;  3MGW A;  4RDS A;  1LJG A;  4YEM A;  1CKD A;  1B7N A;  4B4J A;  1JJ3 A;  5KXT A;  1TCY A;  1LZS A;  1IWW A;  1YAP A;  1GE4 A;  1JPO A;  1JKC A;  3FE0 A;  1LZ9 A;  1YL0 X;  4NHP A;  2ZQ4 A;  5LVH A;  1IX0 A;  3HBH A;  3ZVQ B;  2LYO A;  1BB6 A;  3B6L A;  4Z3M A;  1QUS A;  3TXJ A;  1WQN A;  2LYZ A;  5A3E A;  4P2E A;  1HNL A;  3QE8 A;  2YBJ A;  1JIY A;  5ILC A;  1CKH A;  2EKS C;  3ATN A;  1GB2 A;  4HP0 A;  3WYH A;  1LZ5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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