2MEFA

Contribution of hydrophobic effect to the conformational stability of human lysozyme
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQMNSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contribution of amino acid substitutions at two different interior positions to the conformational stability of human lysozyme
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 53
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-05-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2mefA00
1BWIA 1B0DA 1EQ5A 5FEKA 1OQMA 5AMYA 1HSXA 1BB7A 1IORA 3A90A 3AZ4A 1G7HC 1LZ6A 5L9JA 1GD6A 1JSEA 4RDSA 1LJNA 3CSRA 1JUGA 3A3QA 3WUAA 2BQFA 1HELA 4LFPA 1F6SA 1TEWA 5LXWA 1UIHA 1LMTA 2W1LA 4HTNA 4ETCA 3TXJA 5KY1A 4DD9A 2MEEA 1IP2A 3WW6A 2D4KA 154LA 1IWVA 3N9AA 2Z19A 1IP4A 2Z39A 2MEGA 2Z2EA 1EQ4A 2W1XA 4IASA 3ULRA 1OUBA 1IOCA 1VATA 1GEZA 5KXWA 3IJUA 1GB5A 1DZBX 1DPWA 1EQEA 1T6VL 3TMVA 4GLAA 1LPIA 1LZ5A 4P2EA 2YSSC 3W3EA 2LZ2A 1LSYA 2DQEY 4I0CA 4XJHA 1YL1X 1LZ1A 1JKCA 1JJ3A 1GDXA 8LYZA 4TSBA 1BB4A 1FN5A 1WTNA 3AW6A 1I1ZA 1LKRA 5LYTA 2DQCY 4PPOA 1LSPA 4OWBA 1B2KA 1IOQA 3ZVQB 3A3RX 1HEQA 1DKJA 3B0IA 2HU1A 1HERA 2F2NA 4ET9A 1IC7Y 1GE2A 2DQAA 1WQMA 2DQFC 3BKVA 1REZA 1IWYA 1LMNA 2LYMA 3MGWA 1H87A 4NFVA 1UA6Y 4EMNA 4B4JA 1XSFA 5L3HA 1H6MA 4KXIA 1N4FA 2BQJA 1BVKC 2LZTA 3AB6A 1B7NA 1CJ6A 1GF4A 4MR1A 1REMA 2DQIY 2Z38A 4AXTA 1LSDA 2CJLA 3A6BY 3VWOA 3HBEX 5IELA 2HECA 1GFUA 3RZ4A 1GB3A 4QGZA 4RW1A 2NWDX 4HJVA 1BVXA 4RLMA 2D4IA 3TMWA 134LA 1IOTA 4XADA 3GXRA 1D6QA 3WVXA 1CKHA 5B07A 208LA 1IP3A 4WG7A 5F81A 5FDJA 2CDSA 5FELA 5LVKA 3A96A 4HP0A 1LYOA 2C8OA 4I8SA 5ILFA 1GPQC 2A7DA 3TXIA 4DT3A 3B6LA 5KXZA 1LZDA 1LYZA 3AZ6A 1LZEA 1WQOA 2BQAA 4N8ZA 2YBNA 3WW5A 1GXXA 1G7MC 1LSMA 1LSEA 3J6KA 2BQCA 5APCA 3LN2A 4NHQA 3WMKA 4B0DA 1GE0A 5M1YA 1YL0X 3TXGA 1WQRA 2YBIA 2F4AA 1LJEA 1IVMA 1HHLA 4NGOA 1JTOL 1LZTA 1RE2A 5LA8A 1GFGA 5ILCA 1FDLY 1RI8B 2ZYPA 4ANRA 1LHKA 3SP3A 1LYSA 3QY4A 4WM2A 2FBBA 2G4QA 5E9RA 2DQDY 1HFYA 2Y8PA 4GN5C 1GE4A 5APFA 3WU8A 5KXXA 2IHLA 4HJZA 1GWDA 4NGIA 3QNGA 4XJFA 4NHIA 1IIZA 5I4YA 1QTEA 5FHWA 4ZIXA 1IWZA 1G7IC 1KIQC 1WQPA 132LA 1HEPA 5KXMA 3EMSA 3LYMA 3P68A 1V7SA 5D5CA 1G7LC 1LCNA 1W08A 1LJ3A 4H8YA 4J1BA 4WM1A 1FKVA 1YAPA 2BQNA 1LZ4A 1LMAA 1LSAA 1O23A 3CSQA 4YF2A 1NF5A 1VFBC 3TXDA 4C3WA 2X0AA 2DKVA 4DD7A 1KXYA 5I4WA 3RNXA 4GCCA 1YIKA 2GV0A 2LYZA 1B7PA 5DN4A 1GF3A 1ZMYL 1JEFA 1JSFA 4WM3A 1UIEA 1UACY 5D5FA 2N5ZA 1B5WA 4TWSA 4DWXA 1GHLA 1LZSA 1QUTA 4TSCA 3W6CA 1GF0A 2Z12A 1LJIA 4WM5A 4H1PA 1BWHA 1OUDA 4R0FA 4OWCA 4CFOA 2HEDA 1GF8A 1GEVA 3LYZA 1OUAA 4LT3A 1LHMA 4XJDA 3WU7A 5LVGA 1FLQA 4NHSA 4ZFPA 1HEWA 1UC0A 4BAFA 4ETEA 4G9SA 1XGPC 3EBAB 4YEMA 4FDYA 5E4PA 3D3DA 1HNLA 1QSAA 1HEOA 3OK0A 1LSGA 2DBTA 1REYA 2BQEA 2MEBA 4DDBA 2MECA 1C43A 4N5RA 1B9OA 1GBWA 2F30A 2EKSC 2XBRA 4NG8A 4DD2A 5LAFA 5C6IA 4NGZA 1CJ7A 2D4JA 3W6FA 3AYQA 3RU5A 2MEDA 4BADA 1B5UA 4H9IA 4NGKA 1J1XY 2RSCA 4OOOA 3WUMA 3HBDA 1FLUA 1DPXA 1ZVYB 1LZAA 1NDMC 2BQDA 4NHPA 1INUA 4NHTA 5B05A 1ZV5L 3EO5A 1CKCA 2BQBA 5KKJA 4HSFA 4H8XA 5HQ1A 1UUZC 4DDCA 4QDNA 1SQ2L 4LYTA 4LYZA 1OUCA 1GB6A 1WTMA 3FE0A 4BS7A 1LMPA 2FYDA 4WOAA 1RFPA 4YENA 3LZ2A 2LYOA 1SLYA 4E3UA 2HTXA 4ETBA 2DQGY 3N9EA 3B0OA 1LZRA 4YM8A 3FI7A 1HSWA 3TXBA 3CT1A 2BQHA 4UWNA 6LYZA 1UIFA 5LYMA 3WXTA 1YKZX 5LINA 3P4ZA 4PHIA 1JKBA 3TXEA 3BKHA 1AT6A 4NIJA 4PRUA 4B4IA 4NGWA 2MEAA 1G7JC 1TBYA 4WG1A 5K7OA 1TCYA 2H5ZA 3WU9A 1D0LA 1V7TA 4KL7A 4LYBA 4DDAA 1LJHA 1GAZA 3A94A 1LHHA 3IWRA 1A2YC 4HV2A 4NGVA 1LZCA 2A7FA 3ATOA 3TXKA 1IOSA 2PC2A 1LJGA 1LZBA 1JITA 1J1PY 1GBSA 5HNCA 1B7SA 1C45A 3GXKA 1BB3A 1GF9A 4J7VA 1KXXA 5FCPA 1LHIA 1GF5A 4W94A 1IP7A 2DQHY 1QTKA 3TXHA 1IWWA 1XEIA 1ZVHL 1NHEA 5APDA 1DI4A 2W1MA 4CHXA 1CJ9A 1VDQA 1WQNA 4XYYA 3ZEKA 3IJVA 4HPIA 2BQOA 4Z46A 2HEAA 5KXRA 2CGIA 1GB2A 1B5YA 4B49A 1IP1A 1GB7A 4D9ZA 2LHMA 194LA 1IWUA 2EIZC 3LZTA 4KPMA 4NEBA 4W96A 4WM4A 1BB6A 1T3PA 3CSZA 1OUEA 3WYHA 4NSGA 1F10A 1KIPC 4MCKA 4XENA 2CWIA 2Z37A 1GBOA 1LOZA 2H9KA 1BB5A 5LVIA 1TDYA 1IX0A 1LMQA 1TAYA 4HPEA 4NWEA 5KXKA 3D9AC 1RJCB 3B72A 2ZQ4A 3W6AA 2I25L 9LYZA 3WL2A 5KJ9A 7LYZA 3M18B 1QDRA 2G4PA 4UWUA 3ATNA 1YQVY 1JIYA 4WLYA 4NY5A 1BWJA 4DYGA 1IO5A 1JKAA 4LYMA 1CNSA 1OUIA 1XFPL 3LYTA 1IWXA 4TX7A 1W6ZA 1JJ0A 153LA 3TXFA 1IEEA 4L41A 2ZIJA 1YAQA 5DM9A 3B0KA 5IHGA 1JJ1A 1LZNA 4HV1A 4CGEA 5EBHA 2BQMA 4J1AA 3T36A 1GBXA 2BLXA 4WL7A 2ZWBA 1GFHA 1LHLA 1LSCA 5HNLA 1HC0A 4TUNA 1JPOA 1UBZA 1VDTA 4GCBA 3A91A 5F9XA 3QE8A 4YOPA 2ZNXY 1VDPA 4WLXA 4WO9A 5F9UA 3AZ5A 1BQLY 2YDGA 4H9EA 5KXYA 193LA 5T3FA 4IATA 4DC4A 4NSJA 1XGTC 1C08C 1LYYA 1UCOA 3WPLA 4ET8A 4C5FA 1YKXX 5APEA 4A7DA 1D9UA 1LJKA 2I26L 2ZNWY 1UICA 1B7RA 5LA5A 1VAUA 1FLWA 2D6BA 1C46A 2C8PA 4EOFA 3LHMA 4GN3A 3WPJA 1OUJA 2ZILA 3P64A 1B7OA 4LYOA 1J1OY 1AM7A 1GF6A 1B7MA 1LTMA 2MEHA 3A92A 4H93A 4II8A 4XJBA 5HMJA 1GE1A 1IP6A 4MSTA 2MEIA 3CQLA 4H8ZA 3P65A 5I53A 1AZFA 1GB8A 5J7CA 2YVBA 133LA 1REXA 1FBIX 1OUFA 1XGUC 1IC5Y 4PGJB 3W6DA 2Z18A 4M4OA 4DD0A 1FLYA 1LSNA 2YBMA 1QQYA 1WVVA 3WPKA 4GCFA 2YBLA 3A6CY 1DI3A 3RT5X 5LVJA 1GFTA 4DD3A 1BGIA 2EPEA 1QUSA 5II3A 1LSBA 5KXNA 4G4CA 4NSIA 1GB9A 3A93A 3HFMY 4BAPA 4N1CC 1IWTA 1CJ8A 3AGGG 1IY4A 4B1AA 4M6DA 135LA 4HTQA 4Z98A 5KXPA 4WLDA 1MELL 207LA 3N9CA 1IR7A 5I4XA 1XGQC 2BQGA 4LGKA 2ZIKA 4PJ2C 3F6ZA 3G3BB 5HLLA 1LMOA 3CB7A 5LVHA 4H90A 1NWGA 3HBHA 3A34A 4CJ2A 1IY3A 1CKDA 4N1EI 5JENB 1VDSA 1CKFA 1GFKA 3A67Y 5F16A 4N9RA 1LJJA 2ZQ3A 2F4GA 3WVYA 4OOTA 1XEKA 1JHLA 4Z41A 4G4HA 4H92A 5KXTA 3WH1A 1QDTA 1F6RA 1GBYA 1UIGA 4XJGA 4H9BA 4HJYA 1XEJA 1B5ZA 1NBZC 3AW7A 5C6JA 1HMLA 4NWHA 1LZ8A 4OWAA 5HMVA 1NDGC 1LJ4A 1RCMA 3CT5A 1KXWA 4OWEA 1LSZA 1JTTL 1DQJC 4O34A 1LZGA 4H9AA 2AUBA 4OWHA 1HF4A 4NG1A 1ALCA 4TTDA 4Z3MA 1AKIA 1VEDA 1LMCA 1EL1A 1YAOA 2HEBA 3E3DA 4ML7A 5KXLA 2Z2FA 3T6UA 4X3BA 4WL6A 1NMMA 1HENA 4HTKA 5KXOA 1NBYC 1LSFA 1YROA 2D91A 3OJPA 2H9JA 4ETAA 1LAAA 2HUBA 2BQLA 3W6EA 4OW1A 3J4GA 5B06A 3K3TA 1LJFA 1B5VA 4IJ4A 1YAMA 4WMGA 3WULA 1GBZA 1LKSA 1GAYA 1D0KA 1IR8A 2BLYA 3WUNA 1GFVA 1OP9B 3LYOA 4H9FA 4H91A 2HU3A 4XJIA 4LFXA 1GFEA 1OUHA 1JTPL 2ZYCA 3WXUA 1PS5A 2XBSA 5B1FA 5IDDA 2DQJY 3G3AB 5DLAA 2BAAA 4R6CA 1DKKA 1C10A 2XTHA 4XN6A 5KKIA 1UIAA 5A3EA 4RLNA 3EXDA 5L3IA 1IP5A 5I5QA 1CKGA 4LT1A 2G4NA 2BQKA 1WVUA 2EQLA 1YILA 1E8LA 2HEFA 1GB0A 1LZ9A 5A3ZA 1HFXA 1DXJA 1XGRC 2B5ZA 1PZYA 1IC4Y 1QIOA 1QSWA 5F14A 5B1GA 1GXV2 1JWRA 2W1YA 2MEFA 4GLVA 1MLCE 1OUGA 3TMXA 2IFFY 2YBJA 1HMKA 1NKHA 1JISA 1D0MA 1AT5A 2VB1A 5C6LA 1I20A 2FBDA 1F0WA 2Q0MX 2XJWA 3AGIA 1JKDA 1B7QA 1FKQA 3P66A 4LT0A 4N0JA 4H9CA 1GFAA 4CFPA 4G49A 1GDWA 4WM6A 4ETDA 1IR9A 1A4VA 1P2CC 2FYCA 2WARA 4NGYA 4PRQA 4B4EA 1GE3A 1WQQA 3M3UA 4GCEA 3TMUA 4AGAA 3AGHA 4H9HA 1KIRC 5DN5A 5LYZA 6LYTA 4NSHA 4KT3A 1UIDA 4WO6A 5FSTA 4GCDA 3AZ7A 1LZYA 4J0LA 4NGJA 1BHZA 1B7LA 1C7PA 1YKYX 1DI5A 5KXSA 3ZVQA 4G4BA 4GN4A 1LHJA 1GFJA 2YBHA 4LZTA 3RW8A 2BQIA 1NQIA 3A8ZA 4H94A 4RW2A 4WLTA 3W6BA 4ZEEA 1Z55A 1B5XA 3KAMA 4NGLA 5I54A 1YANA 1UIBA 3AJNA 4UWVA 2I6ZA 5LAGA 4FJRA 2BPUA 1HEMA 4LYCA 1D6PA 5LIOA 3A95A 4QEQA 2HEEA 3CT0A 5B59A 4QY9A 4DD1A 1GF7A 4YEOA 1I56A 5DL9A 4LT2A 1HFZA 4U3XB 1GFRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZURA 1XJTA 5AMYA 111LA 150LA 1L14A 1JSEA 1SSYA 1CV3A 257LA 1JUGA 3NY8A 1F6SA 3F9LA 5LXWA 2W1LA 3WW6A 2D4KA 242LA 1L67A 1L44A 2O4WA 1GEZA 1L98A 1L43A 1G0QA 1DPWA 1L89A 1ZYTA 3HTBA 4P2EA 2DQEY 3AW6A 1I1ZA 1IOQA 3ZVQB 4ET9A 1IC7Y 2DQFC 3BKVA 1L54A 1LLHA 4NFVA 4EMNA 5L3HA 1L59A 1N4FA 174LA 3AB6A 1L36A 1GF4A 1C6JA 201LA 2CJLA 1C6NA 2RB1X 2HECA 3RZ4A 2D4IA 4XADA 5FELA 5ILFA 1LYOA 4I8SA 3TXIA 3HH5A 1LYZA 4W57A 236LA 3WW5A 2YBNA 1G7MC 1L65A 1LSEA 247LA 2BQCA 4B0DA 3WMKA 156LA 1LJEA 1HHLA 4NGOA 1L86A 1L73A 4ANRA 1LHKA 3SP3A 2G4QA 5E9RA 1HFYA 1CV5A 4GN5C 1L02A 4XJFA 4ZIXA 5KXMA 153LA 3EMSA 2RAZX 1V7SA 5D5CA 1P56A 4H8YA 1L85A 1LZ4A 1NF5A 3HH4A 3GUIA 2X0AA 2B75A 4GCCA 1YIKA 1C6BA 2A4TA 1B7PA 2GV0A 2NTHA 1ZMYL 1JEFA 1JSFA 1UIEA 2N5ZA 4EKPA 1CVKA 4TWSA 1QUTA 138LA 1GF0A 224LA 2HUMA 2Z12A 1BWHA 1GF8A 3LYZA 1D9WA 1C6FA 1LHMA 4LT3A 1KW7A 1FLQA 1QT3A 1UC0A 1C6PA 3VW7A 3D3DA 3OK0A 3HT8A 1DYGA 2BQEA 2DBTA 4DDBA 1CUPA 2F30A 2XBRA 3HTGA 168LA 5LAFA 5C6IA 4NGZA 3W6FA 3AYQA 3RU5A 1L55A 2MEDA 1B5UA 1L00A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BWI A;  1B0D A;  1EQ5 A;  5FEK A;  1OQM A;  5AMY A;  1HSX A;  1BB7 A;  1IOR A;  3A90 A;  3AZ4 A;  1G7H C;  1LZ6 A;  5L9J A;  1GD6 A;  1JSE A;  4RDS A;  1LJN A;  3CSR A;  1JUG A;  3A3Q A;  3WUA A;  2BQF A;  1HEL A;  4LFP A;  1F6S A;  1TEW A;  5LXW A;  1UIH A;  1LMT A;  2W1L A;  4HTN A;  4ETC A;  3TXJ A;  5KY1 A;  4DD9 A;  2MEE A;  1IP2 A;  3WW6 A;  2D4K A;  154L A;  1IWV A;  3N9A A;  2Z19 A;  1IP4 A;  2Z39 A;  2MEG A;  2Z2E A;  1EQ4 A;  2W1X A;  4IAS A;  3ULR A;  1OUB A;  1IOC A;  1VAT A;  1GEZ A;  5KXW A;  3IJU A;  1GB5 A;  1DZB X;  1DPW A;  1EQE A;  1T6V L;  3TMV A;  4GLA A;  1LPI A;  1LZ5 A;  4P2E A;  2YSS C;  3W3E A;  2LZ2 A;  1LSY A;  2DQE Y;  4I0C A;  4XJH A;  1YL1 X;  1LZ1 A;  1JKC A;  1JJ3 A;  1GDX A;  8LYZ A;  4TSB A;  1BB4 A;  1FN5 A;  1WTN A;  3AW6 A;  1I1Z A;  1LKR A;  5LYT A;  2DQC Y;  4PPO A;  1LSP A;  4OWB A;  1B2K A;  1IOQ A;  3ZVQ B;  3A3R X;  1HEQ A;  1DKJ A;  3B0I A;  2HU1 A;  1HER A;  2F2N A;  4ET9 A;  1IC7 Y;  1GE2 A;  2DQA A;  1WQM A;  2DQF C;  3BKV A;  1REZ A;  1IWY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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