2MEFA

Contribution of hydrophobic effect to the conformational stability of human lysozyme
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQMNSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contribution of amino acid substitutions at two different interior positions to the conformational stability of human lysozyme
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 53
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-05-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2mefA00
4NHQA 1GF4A 3TXHA 3IJVA 4ZEEA 1GFAA 4HJZA 1FLQA 3BKVA 1PS5A 3WU7A 5LYTA 2EPEA 2MEAA 4LZTA 4WM6A 1LZEA 1CNSA 5KXXA 1GBOA 3A94A 3P4ZA 3WVXA 133LA 1GBWA 1W08A 4DDBA 1GBXA 2Z38A 4GLVA 1UIHA 2HUBA 3P64A 5KXYA 3WH1A 4DT3A 5KXOA 1LZNA 5KXTA 5I5QA 4ETAA 4Z98A 5AMYA 3P66A 3SP3A 3W3EA 1LZ8A 3EMSA 4NGWA 5LXWA 4D9ZA 4ETBA 5C6LA 2DKVA 3FI7A 4N5RA 2MEIA 2YBHA 4QGZA 3QE8A 132LA 4GN3A 4XENA 3T36A 3RNXA 1KIPC 4KPMA 1GFTA 3CT0A 1SQ2L 1UIAA 1GB6A 1B7QA 4WMGA 2AUBA 1XEIA 5D5FA 2MECA 3KAMA 3B72A 2BQOA 2BQKA 4P2EA 4BADA 4C5FA 5LA5A 3AZ4A 1EQEA 5A3EA 4WM3A 4H93A 1LJIA 2DQIY 4GCBA 1XGUC 2YBLA 1TAYA 4CGEA 5JENB 1IY4A 1FDLY 3LZ2A 1UIFA 1NWGA 4YEOA 4B4JA 1REZA 2BQCA 1LJEA 2DQGY 1LTMA 5B1FA 4B4EA 2BQGA 3D9AC 1LZTA 1G7IC 1LZSA 1RE2A 2EKSC 1CKHA 5D5CA 1BB5A 4TX7A 4RLMA 1RI8B 1LSMA 2ZNWY 4H9EA 3N9EA 1BB7A 1GAYA 1JKBA 3P68A 3RW8A 2PC2A 1B2KA 1BB4A 1GXXA 1IOCA 1F10A 1BWIA 1NDMC 3MGWA 5LYZA 4B1AA 2I26L 4OWCA 1IP5A 1CKDA 1PZYA 3WUNA 4ET8A 1D0MA 1YAPA 1IP2A 2Z39A 3AW7A 1B5XA 1JKDA 4ANRA 4AGAA 3EXDA 1IO5A 2HTXA 1GF7A 5KXWA 1JIYA 1GD6A 4LFXA 1VDSA 1LSAA 4NHIA 3AW6A 2BPUA 1DPXA 3A67Y 1CKGA 5F81A 5HQ1A 2N5ZA 1GFUA 4G4CA 4DD2A 5B59A 1LCNA 2BQHA 2MEBA 5C6IA 3W6AA 1Z55A 3WXTA 4DYGA 1LZBA 4N1CC 8LYZA 4LYMA 5LVIA 1D6PA 2Z12A 3AYQA 2H5ZA 3TXDA 1HEOA 2H9KA 2LZTA 4H90A 1FLYA 3A3QA 1LSDA 1LSEA 4LT3A 1QUTA 1HSXA 4LYBA 1HEWA 5KXPA 5HMJA 4QEQA 5EBHA 4LGKA 2FYDA 4FJRA 3W6DA 1I56A 1GBZA 1JITA 4ET9A 2W1XA 4WLDA 2BQEA 1P2CC 3WW5A 1JTPL 5FHWA 5ILFA 1QSAA 2RSCA 1LMNA 1XEJA 3WULA 5ILCA 1D6QA 1TBYA 4LYOA 3TMWA 1LHIA 1O23A 2I6ZA 3FE0A 1BB6A 1JTOL 1UIDA 1V7TA 4NSIA 1OUEA 4LT0A 3WUAA 3VWOA 5LVHA 1ZVYB 4PPOA 4WL6A 4NWHA 5KXKA 5L3IA 1UIBA 3WMKA 4UWUA 4HTNA 2Z2FA 2BQJA 4NIJA 1IC7Y 1DI5A 6LYTA 1UC0A 2XBSA 4NEBA 2BQMA 1IR8A 3BKHA 2HEAA 1KXXA 1IWYA 1GF0A 1HEQA 3AB6A 4WOAA 1XSFA 1IC4Y 4DD1A 4H92A 4OWAA 4NFVA 4YOPA 1A4VA 1C43A 1LMTA 4QDNA 1DKKA 1VEDA 1BHZA 5APEA 1UIEA 4M6DA 4PJ2C 4TUNA 9LYZA 4RW1A 1LSBA 1JKCA 2CWIA 1GFKA 1LYZA 1C46A 5KXMA 3A93A 1OUAA 1HHLA 4TSBA 5FEKA 1LYOA 3A95A 4B49A 4H8XA 1HMKA 1J1XY 1DI3A 3QY4A 1GFJA 2H9JA 1IWUA 1YAOA 4LYTA 1I1ZA 4NG1A 3F6ZA 5HNCA 1GFEA 1LHJA 4EOFA 3A92A 4HP0A 1LZ9A 5L3HA 4WM2A 4NSHA 2CDSA 4XJDA 1GHLA 2G4NA 3TMXA 4GCDA 1YKYX 1IWXA 4GN5C 5KY1A 1DPWA 1B5VA 1B5YA 1LKSA 1OUCA 5A3ZA 5K7OA 1LHHA 3AGIA 1UA6Y 4NG8A 1B7OA 1HNLA 4OW1A 3CT5A 2YBMA 4X3BA 1FLUA 1H6MA 3B0IA 3D3DA 2BQAA 1YAQA 5KJ9A 2XJWA 4CHXA 2W1MA 2MEGA 4N0JA 1IVMA 1LZ5A 1BQLY 4PRUA 4LFPA 1OUBA 2BQFA 3ULRA 1JISA 1J1PY 2X0AA 1LSZA 194LA 1LJGA 1JEFA 4HTQA 5LYMA 2I25L 1LOZA 1LSPA 1YROA 1OUDA 2LYMA 3QNGA 7LYZA 4TSCA 2DBTA 1KXYA 1YANA 2ZWBA 4J1AA 4WL7A 4FDYA 4WM5A 3WXUA 2A7DA 5KXSA 3CT1A 1RFPA 5FDJA 1JSFA 5IHGA 3RU5A 3A6BY 1MLCE 1IWVA 3CQLA 3A34A 1B5WA 1LZ6A 5B06A 4H9AA 5F14A 5HLLA 1LMAA 2DQAA 4J7VA 208LA 4N8ZA 1CKFA 2BAAA 2FBBA 3ATNA 1QSWA 1UIGA 4NHPA 1HF4A 4DD3A 4ETEA 3W6CA 5KXLA 1LSYA 4KXIA 4N1EI 3W6BA 4DC4A 2GV0A 1LYSA 2F4AA 2LYOA 1JJ1A 3AGHA 1BVKC 5FSTA 3WW6A 4HSFA 3ZEKA 1GXV2 2DQEY 4GCFA 4WLYA 1KIQC 4WO9A 1LJ4A 1B7MA 2HU3A 1B7LA 3TXFA 5DL9A 4QY9A 1LMPA 1IOSA 2XBRA 5LAFA 4CJ2A 5LVJA 5E4PA 153LA 3TMUA 1ALCA 4YM8A 1BB3A 4B0DA 4LYZA 4LT1A 1FKQA 5B1GA 4EMNA 3LYZA 4NSJA 1LMQA 2BLYA 4GCEA 1IORA 3LHMA 4I0CA 1N4FA 1KXWA 4XADA 3A6CY 2D4KA 4HJYA 4MR1A 1G7HC 3N9CA 2C8OA 3OK0A 2XTHA 1UUZC 4OOOA 5LA8A 3WU9A 1IOTA 1JJ3A 1VDTA 2BLXA 4WG1A 1D0KA 1OUHA 3G3BB 4L41A 1UCOA 1KIRC 4RW2A 4H9CA 5DN5A 4YEMA 1LZRA 2LYZA 1LKRA 1OQMA 4MSTA 1QTKA 1GWDA 2YBJA 1LZ1A 1AT6A 1EQ5A 5LINA 2BQDA 4W96A 4DD7A 1G7JC 1BVXA 1IWTA 4XJFA 1CJ9A 4HV1A 2CGIA 4NGVA 1IP3A 1DXJA 1D9UA 1FKVA 2DQCY 2Z2EA 5HMVA 1H87A 1HELA 3W6EA 2LHMA 3TXJA 4HTKA 1B7RA 4NGKA 1HFYA 1GEVA 2HEEA 5FELA 3AZ6A 1HMLA 1QDRA 5KXZA 3A96A 1GB8A 1ZV5L 2HU1A 4I8SA 1FBIX 1RCMA 1YKZX 4G4BA 4J1BA 4WLTA 2BQNA 2DQJY 3IJUA 3RT5X 4ETCA 5KXNA 5B05A 1LMOA 1QTEA 4H9IA 1GE4A 1JSEA 3A91A 1WQQA 3TXBA 4TTDA 1LSGA 3AGGG 4PGJB 1NMMA 1GF8A 2IHLA 3ZVQB 1IIZA 1IP6A 3EBAB 1REMA 4IASA 1F6RA 5DN4A 5APFA 4NGOA 3B0OA 4R0FA 4OOTA 1HERA 2B5ZA 1J1OY 1WQOA 2MEDA 1QDTA 4G49A 4PHIA 3B0KA 4DD9A 1UICA 3LZTA 1YL1X 1JPOA 2Q0MX 1B5ZA 1CJ7A 1HEPA 4NY5A 4HV2A 1GB2A 1NDGC 5J7CA 1QQYA 1GF5A 1GF9A 4XJGA 4BAPA 4YF2A 5LIOA 1VDPA 1GFVA 4II8A 3TMVA 1GE3A 2W1YA 2D6BA 5L9JA 1HC0A 1IR7A 2DQFC 1IP4A 1DKJA 1WQNA 1GB7A 3A3RX 4GCCA 3WPKA 1RJCB 5F9XA 3WUMA 5I54A 1QUSA 1AZFA 1LHMA 1D0LA 1REYA 2MEHA 4H9FA 2D91A 1QIOA 2C8PA 3WYHA 5DLAA 4J0LA 1IWWA 1GE2A 1AM7A 4NGZA 1LJNA 1BWJA 1GE0A 1G7LC 4Z46A 1SLYA 1LHLA 1LMCA 2ZQ3A 4H8YA 2ZIJA 2DQDY 5APCA 5I53A 3IWRA 1NF5A 1WVVA 2W1LA 135LA 1V7SA 1WQMA 4HPIA 4DDAA 1AT5A 4M4OA 2Y8PA 1T3PA 3TXGA 4NGYA 4AXTA 1DZBX 1LZYA 1VFBC 2LZ2A 2MEFA 3A90A 4H1PA 1OP9B 3AJNA 4DWXA 3LYOA 1F0WA 2EIZC 3OJPA 4H8ZA 4G4HA 1B7SA 1GB9A 1OUFA 1LSFA 3AZ7A 1B5UA 3M3UA 1YAMA 4GLAA 2Z18A 1GBYA 3E3DA 1VDQA 1NBYC 1TCYA 4BS7A 5KKIA 1BGIA 1GFRA 2EQLA 1GAZA 4UWNA 4ETDA 4H9HA 2BQIA 2D4IA 1LJ3A 3WPLA 4NWEA 3J6KA 207LA 1CJ6A 1WQPA 1GB0A 4B4IA 1YQVY 2F2NA 4HJVA 2ZYPA 4NHSA 4O34A 1ZMYL 1EL1A 4Z41A 3AZ5A 1T6VL 1AKIA 1NQIA 2F4GA 4XJBA 4NHTA 1C45A 1XGQC 3TXKA 1TDYA 4ZIXA 1XEKA 1IX0A 1XGRC 1VAUA 4N9RA 2ZILA 4E3UA 1UACY 1LYYA 3M18B 4OWHA 4A7DA 3LYTA 3K3TA 1IR9A 4DDCA 2BQLA 3GXRA 4WM1A 3WPJA 5APDA 1GDXA 1HEMA 1NHEA 4WG7A 4YENA 3A8ZA 3W6FA 1IEEA 1B7PA 1HFZA 1MELL 5I4YA 1HENA 1GDWA 1OUGA 5F16A 1HFXA 1CJ8A 1TEWA 1WVUA 4H94A 1A2YC 1GEZA 2ZNXY 3CB7A 4WM4A 1NKHA 6LYZA 5LAGA 4RDSA 5IELA 4IJ4A 1UBZA 1F6SA 4PRQA 5I4WA 1B7NA 4NGJA 2D4JA 4IATA 4ML7A 5B07A 5KXRA 3EO5A 4LT2A 5E9RA 2HEBA 3TXIA 4BAFA 1LAAA 3GXKA 1REXA 4CFPA 3P65A 4W94A 1LSCA 1JWRA 2CJLA 3CSRA 154LA 3CSZA 3LN2A 1IOQA 4DD0A 1JUGA 4R6CA 2YBNA 5FCPA 2FYCA 1LJFA 5I4XA 2NWDX 1JTTL 4GN4A 4CFOA 4XYYA 4HPEA 1WQRA 4LYCA 1C08C 1G7MC 2ZYCA 3CSQA 1LPIA 3ATOA 3HBEX 4XJIA 5LVKA 1C7PA 3LYMA 5C6JA 1LSNA 3HBDA 1FN5A 3HFMY 4WO6A 3WVYA 3T6UA 1IP7A 4ZFPA 1IY3A 2G4QA 1XGTC 1LJJA 1ZVHL 2FBDA 1IP1A 1OUIA 4Z3MA 4XJHA 2YVBA 1GE1A 4KL7A 1GPQC 1WTNA 134LA 1NBZC 1B0DA 1E8LA 1INUA 1LJHA 4RLNA 3N9AA 5T3FA 1GF6A 2G4PA 3TXEA 1LZGA 2Z37A 1OUJA 5M1YA 1LJKA 2VB1A 1IWZA 4C3WA 1CKCA 3G3AB 4NSGA 4WLXA 1FLWA 1IC5Y 5F9UA 4XN6A 2YDGA 1JKAA 4KT3A 2ZIKA 5II3A 2MEEA 1JJ0A 2WARA 1WTMA 4UWVA 1XFPL 1B9OA 1BWHA 1W6ZA 2HEFA 4OWBA 1LZ4A 3WL2A 3RZ4A 1LZAA 3J4GA 1DI4A 1DQJC 1GFGA 1GFHA 2HEDA 1GBSA 2ZQ4A 1VATA 2BQBA 5LVGA 2DQHY 1LZCA 1I20A 1GB3A 4H91A 2HECA 1GF3A 4G9SA 5KKJA 4OWEA 1GB5A 1XGPC 4U3XB 1EQ4A 3B6LA 4NGLA 3HBHA 5DM9A 1YIKA 4TWSA 1YL0X 5IDDA 3WU8A 1YKXX 2A7FA 1JHLA 4H9BA 2F30A 3ZVQA 1HSWA 1LZDA 1LHKA 2YSSC 1YILA 2Z19A 1C10A 2YBIA 4MCKA 4NGIA 193LA 2IFFY 5HNLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IJVA 1OVJA 186LA 3BKVA 2EPEA 4WM6A 2F2QA 3A94A 1GBXA 3C7WA 1P2LA 4ARPA 5LXWA 4N5RA 1C6EA 1CX7A 4XENA 1KIPC 3DKEX 1GB6A 2MECA 1OYUA 1L02A 3B72A 2BQKA 4C5FA 1DYBA 1L07A 3AZ4A 4H93A 4GCBA 2DQIY 4I7KA 4EXMA 1L38A 2B6YA 1C68A 1NWGA 1REZA 1LJEA 2DQGY 4B4EA 2BQGA 3HH5A 1RE2A 2EKSC 1WTHA 1CKHA 1RI8B 1BB7A 3P68A 2B6ZA 2B73A 3RW8A 1L37A 1BB4A 1F10A 4OWCA 172LA 1IP5A 3ODUA 3WUNA 3AW7A 1P64A 2Q9DA 4YXAC 5HQ1A 1CKGA 200LA 5B59A 138LA 1L88A 4ARQB 4N1CC 1D6PA 2Z12A 2H5ZA 177LA 3HUQA 4H90A 1KY0A 4PJZA 5EBHA 4LGKA 2BQEA 1K28A 3WW5A 1JTPL 3DMZA 1QTDA 1QS9A 4LYOA 1L14A 2I6ZA 4NSIA 1V7TA 1L54A 1OUEA 1ZVYB 4PPOA 2BQJA 3BKHA 1L33A 1KXXA 1IWYA 3AB6A 1L19A 1C43A 1KW5A 1LMTA 1DKKA 5APEA 1UIEA 9LYZA 1LSBA 1L83A 1L09A 1OUAA 1HHLA 1L95A 3A95A 4H8XA 1LI6A 1J1XY 4EKSA 3QY4A 1YAOA 4NG1A 4EOFA 4HP0A 1LLHA 5L3HA 4WM2A 2G4NA 4GCDA 1KY1A 1L56A 4NG8A 4OW1A 1FLUA 3B0IA 5KJ9A 3LZMA 1C6JA 2MEGA 4N0JA 108LA 2L78A 3SB6A 1L49A 160LA 1LOZA 2LYMA 3QNGA 7LYZA 4TSCA 1CV3A 4WM5A 2A7DA 3CT1A 1B5WA 5B06A 4H9AA 4N8ZA 1P46A 3ATNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4NHQ A;  1GF4 A;  3TXH A;  3IJV A;  4ZEE A;  1GFA A;  4HJZ A;  1FLQ A;  3BKV A;  1PS5 A;  3WU7 A;  5LYT A;  2EPE A;  2MEA A;  4LZT A;  4WM6 A;  1LZE A;  1CNS A;  5KXX A;  1GBO A;  3A94 A;  3P4Z A;  3WVX A;  133L A;  1GBW A;  1W08 A;  4DDB A;  1GBX A;  2Z38 A;  4GLV A;  1UIH A;  2HUB A;  3P64 A;  5KXY A;  3WH1 A;  4DT3 A;  5KXO A;  1LZN A;  5KXT A;  5I5Q A;  4ETA A;  4Z98 A;  5AMY A;  3P66 A;  3SP3 A;  3W3E A;  1LZ8 A;  3EMS A;  4NGW A;  5LXW A;  4D9Z A;  4ETB A;  5C6L A;  2DKV A;  3FI7 A;  4N5R A;  2MEI A;  2YBH A;  4QGZ A;  3QE8 A;  132L A;  4GN3 A;  4XEN A;  3T36 A;  3RNX A;  1KIP C;  4KPM A;  1GFT A;  3CT0 A;  1SQ2 L;  1UIA A;  1GB6 A;  1B7Q A;  4WMG A;  2AUB A;  1XEI A;  5D5F A;  2MEC A;  3KAM A;  3B72 A;  2BQO A;  2BQK A;  4P2E A;  4BAD A;  4C5F A;  5LA5 A;  3AZ4 A;  1EQE A;  5A3E A;  4WM3 A;  4H93 A;  1LJI A;  2DQI Y;  4GCB A;  1XGU C;  2YBL A;  1TAY A;  4CGE A;  5JEN B;  1IY4 A;  1FDL Y;  3LZ2 A;  1UIF A;  1NWG A;  4YEO A;  4B4J A;  1REZ A;  2BQC A;  1LJE A;  2DQG Y;  1LTM A;  5B1F A; 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 2FYC A;  1LJF A;  5I4X A;  2NWD X;  1JTT L;  4GN4 A;  4CFO A;  4XYY A;  4HPE A;  1WQR A;  4LYC A;  1C08 C;  1G7M C;  2ZYC A;  3CSQ A;  1LPI A;  3ATO A;  3HBE X;  4XJI A;  5LVK A;  1C7P A;  3LYM A;  5C6J A;  1LSN A;  3HBD A;  1FN5 A;  3HFM Y;  4WO6 A;  3WVY A;  3T6U A;  1IP7 A;  4ZFP A;  1IY3 A;  2G4Q A;  1XGT C;  1LJJ A;  1ZVH L;  2FBD A;  1IP1 A;  1OUI A;  4Z3M A;  4XJH A;  2YVB A;  1GE1 A;  4KL7 A;  1GPQ C;  1WTN A;  134L A;  1NBZ C;  1B0D A;  1E8L A;  1INU A;  1LJH A;  4RLN A;  3N9A A;  5T3F A;  1GF6 A;  2G4P A;  3TXE A;  1LZG A;  2Z37 A;  1OUJ A;  5M1Y A;  1LJK A;  2VB1 A;  1IWZ A;  4C3W A;  1CKC A;  3G3A B;  4NSG A;  4WLX A;  1FLW A;  1IC5 Y;  5F9U A;  4XN6 A;  2YDG A;  1JKA A;  4KT3 A;  2ZIK A;  5II3 A;  2MEE A;  1JJ0 A;  2WAR A;  1WTM A;  4UWV A;  1XFP L;  1B9O A;  1BWH A;  1W6Z A;  2HEF A;  4OWB A;  1LZ4 A;  3WL2 A;  3RZ4 A;  1LZA A;  3J4G A;  1DI4 A;  1DQJ C;  1GFG A;  1GFH A;  2HED A;  1GBS A;  2ZQ4 A;  1VAT A;  2BQB A;  5LVG A;  2DQH Y;  1LZC A;  1I20 A;  1GB3 A;  4H91 A;  2HEC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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