2MEH | Genus

Total Genus 52

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	52
sequence length	130
structure length	130
Chain Sequence	KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQTNSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__067528626972278__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__067528626972278__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2MEH/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__067528626972278__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"067528626972278","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2MEH/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__067528626972278__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfd516d90fea93bf241b8e0/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfd516d90fea93bf241b8e0/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfd516d90fea93bf241b8e0/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfd516d90fea93bf241b8e0/pdb.gz): 146 ms

reading 130 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

130 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 19 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:129});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Homo sapiens
publication title	Contribution of amino acid substitutions at two different interior positions to the conformational stability of human lysozyme pubmed doi rcsb
molecule keywords	LYSOZYME
total genus	52
structure length	130
sequence length	130
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	1998-05-02

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00062	Lys	C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	2mehA00

3CSRA 3LZTA 2EIZC 2DQIY 4XADA 4NGOA 3N9EA 4XYYA 1OUGA 3W6BA 2LHMA 4WOAA 4HTQA 1HMLA 1IWWA 1HHLA 1BWHA 1YKYX 1NDGC 1DKJA 1YROA 1VDSA 5APCA 1LSAA 4QDNA 1C46A 1KXYA 2EQLA 4I8SA 1JTPL 1WQQA 3AZ6A 1LYOA 3TMXA 1GWDA 2D6BA 2MECA 3LYOA 5LVKA 2MEFA 3LYTA 4N5RA 1GEVA 4HJVA 2AUBA 1ALCA 1LHHA 3A92A 1IWXA 1D9UA 5C6LA 1HEPA 5APEA 3WU7A 3A3QA 3LHMA 3WVXA 1O23A 1WQRA 2BQJA 1GE0A 4CFOA 5HNLA 4MR1A 1LKRA 3N9AA 1CKDA 1DPWA 1BB7A 1GF5A 1LPIA 1BB3A 3BKHA 3GXRA 1XGQC 4G4HA 5KXNA 4WG7A 5FSTA 4GN5C 3RZ4A 1HELA 2X0AA 4NWEA 4NHSA 1UUZC 2MEHA 3K3TA 2ZIJA 4WG1A 4KPMA 4NSGA 3A94A 2ZILA 4HTNA 4PJ2C 1DI3A 1J1PY 1J1OY 4WLTA 1TEWA 4ZFPA 4XJBA 1NDMC 2HEAA 3ZVQB 3WVYA 1GF6A 3M3UA 1C08C 1JSFA 1UIFA 1LKSA 2Z39A 3P65A 1BB5A 1DZBX 3D3DA 4ET8A 1IP5A 4WM2A 3G3AB 1IP3A 1EQEA 1LHIA 1VAUA 5E9RA 5FDJA 2W1YA 4DWXA 3WXUA 3WPKA 1GAZA 5EBHA 1QSAA 1GEZA 4C5FA 3E3DA 2DQAA 3AGHA 5F16A 4C3WA 1LSPA 2BQIA 1GBXA 1LZAA 1UACY 1BB6A 2LYMA 5LYZA 2HEDA 4LYBA 4QY9A 6LYZA 1XGRC 1REYA 1HFXA 1CKGA 3BKVA 2H9KA 1HEQA 1YL0X 1JSEA 1LAAA 1GPQC 4LYTA 4ETDA 5LXWA 1IWTA 4XJFA 1WTMA 1ZVHL 2HUBA 4RLNA 1QUTA 1LZYA 2BPUA 1LZCA 4WLXA 1DQJC 1REMA 5KKIA 1DXJA 5D5FA 1N4FA 1W08A 1LZGA 5B05A 1OQMA 1GB6A 1I20A 2BAAA 4LYMA 1GE2A 1VDPA 4W94A 2EPEA 4LT3A 4GCDA 1FBIX 1LSEA 2G4NA 2LZ2A 5T3FA 4CGEA 4XENA 3WW6A 5KY1A 1QTEA 2YVBA 1AT6A 1GE1A 4ETBA 1B2KA 5FELA 1RCMA 2HEFA 4N8ZA 1TAYA 1LSFA 1IP7A 4GLVA 2D4JA 2LYZA 3T36A 4HJYA 1IP6A 1FLQA 4ANRA 5HLLA 1CJ7A 2BQOA 3EMSA 1B7PA 1JUGA 1LZEA 1NMMA 4LT1A 4PPOA 4ET9A 1GB2A 1YQVY 4YEMA 4B4IA 1GE3A 5IDDA 1LSMA 4AGAA 1QDRA 1CJ8A 1JJ0A 2F30A 2Z37A 4LGKA 2WARA 3TXHA 3TXJA 1IOSA 4B1AA 1DKKA 5C6JA 4EMNA 3P4ZA 5HMVA 4IATA 4H9EA 4NGJA 1LHKA 1GHLA 2BQBA 4WMGA 3WUNA 4NSHA 2W1LA 4H9CA 4I0CA 4IASA 3WYHA 1WTNA 4LYCA 1W6ZA 1WQNA 2F4GA 1LJIA 4NSIA 1PS5A 1C10A 2FBDA 3AZ4A 2HECA 5LA5A 2PC2A 2ZQ3A 3WMKA 5L3HA 2YBJA 1IY4A 1CKFA 1D6QA 1HENA 1LMQA 4H9BA 1IWZA 3OJPA 3WUAA 4YF2A 1C45A 1D0LA 3GXKA 4NGIA 2ZNWY 4DD2A 2YBHA 4XN6A 5B1GA 4NEBA 4XJGA 1LTMA 1YAOA 4N9RA 4RLMA 2W1MA 5LVHA 3TXEA 2A7FA 5F9XA 4CFPA 4LFXA 1LJFA 2YBIA 5F14A 1GB8A 2G4PA 1JKBA 1QDTA 4NHIA 2HU3A 1IOQA 1UC0A 4CHXA 4QEQA 5DM9A 1UIGA 1G7IC 1GFTA 1IOTA 3J6KA 1YAPA 5LYTA 1WVUA 1B9OA 1BWIA 1UIDA 3TMVA 4J1BA 2H5ZA 3F6ZA 3QE8A 1LZ6A 1D6PA 3A6BY 1GFEA 5F81A 1HFZA 4HV1A 1B5YA 5A3EA 4WM4A 1LMAA 1HSWA 2MEIA 1IX0A 1NKHA 4WO6A 1GFJA 1GF8A 3CB7A 4TWSA 4H94A 1LJHA 1CKCA 1WQOA 4R6CA 1IR7A 2ZNXY 3EXDA 3CT0A 5KXKA 4NG8A 4WM5A 5AMYA 2YBMA 4WLYA 3QNGA 1LSDA 2ZWBA 5I4XA 4H90A 4UWVA 2BQNA 3ATNA 4NSJA 3VWOA 4CJ2A 1IC5Y 1BVXA 1QIOA 2BQHA 2MEEA 1LMNA 134LA 2BQGA 1OUFA 132LA 4NGLA 4OW1A 1CJ9A 4G9SA 1TCYA 1XGPC 3TXDA 1YIKA 1GB5A 1LSCA 4ZIXA 154LA 1J1XY 1AT5A 1QUSA 1JISA 1QSWA 1G7LC 4UWUA 5DLAA 1GBWA 1G7JC 2GV0A 5I53A 3WPJA 3G3BB 1LJGA 1B0DA 1XEJA 4H9HA 4NIJA 3T6UA 1F0WA 1VDTA 1LJ3A 1INUA 1YKXX 3FI7A 3RNXA 9LYZA 1FLYA 1LJ4A 1D0KA 4ETCA 2XBRA 1RE2A 1RJCB 2DQFC 3EBAB 4XJIA 1LZDA 4RDSA 1HSXA 1CKHA 5DN5A 4ETEA 4GN4A 1IWVA 5JENB 2FYDA 1GFKA 1D0MA 1BWJA 6LYTA 193LA 3AYQA 1E8LA 4QGZA 3AW6A 1HC0A 3WL2A 3P64A 1LSBA 4WM1A 1LJJA 5LVGA 1LCNA 4GCBA 1B7OA 1REZA 3CQLA 1CJ6A 1H87A 4NGZA 1B5XA 4M6DA 4DD7A 5KXWA 153LA 4NGVA 1FKQA 1IEEA 2BQEA 2HEBA 4GCEA 3TMUA 2I6ZA 3A34A 4DD3A 4NGYA 4DT3A 4N1CC 1WQMA 207LA 4OOOA 1G7MC 1KXWA 5L9JA 4HPIA 3IWRA 1LOZA 1C43A 2LYOA 1NHEA 1KXXA 4PRUA 4LT0A 1GBSA 4FJRA 5E4PA 4DC4A 2Z19A 2NWDX 4H91A 5KKJA 4M4OA 1YKZX 3W6EA 1GFUA 1OP9B 1ZV5L 1GFAA 1KIRC 5I4WA 1LHJA 1KIPC 3HBHA 2C8OA 1LMCA 5LINA 3TMWA 2W1XA 4UWNA 1TDYA 1GB3A 1HEWA 3AJNA 1EL1A 2Z18A 4WO9A 5J7CA 2ZYCA 1GF0A 1NBZC 1GB9A 4Z98A 5D5CA 3WU9A 3RU5A 1IIZA 1B7RA 1UIAA 3WULA 2F4AA 4H8ZA 5B07A 5I4YA 2BQFA 1GF4A 4H92A 1IR9A 1DPXA 1YL1X 1JHLA 1GD6A 2DQCY 2FBBA 2BLYA 2YSSC 1JTTL 3EO5A 3M18B 4XJHA 1HNLA 1YAMA 4TX7A 1JITA 3WU8A 5APDA 4DDAA 5LVJA 1NWGA 1BHZA 1VFBC 1LZRA 1DI5A 4G49A 5DL9A 1GAYA 1LZ1A 3HBEX 1KIQC 4H93A 1IWYA 3B0IA 4HV2A 1B5ZA 1I56A 1IP1A 3P66A 1NQIA 5L3IA 3W3EA 5B59A 1B7MA 1B7LA 5FHWA 1OUHA 3WW5A 2DQJY 1LMOA 3LN2A 3RT5X 5A3ZA 5IHGA 1F6RA 1T6VL 4LT2A 5KXMA 3A91A 5KJ9A 4NFVA 3CT5A 1GB0A 5LVIA 2XJWA 4H9AA 1LSGA 1AKIA 1TBYA 2F2NA 1UIHA 3B0KA 3WH1A 5FCPA 3W6AA 3CSQA 5HNCA 3A6CY 2D91A 4ZEEA 4KT3A 3TXFA 5I54A 4HSFA 4P2EA 1LSYA 2ZYPA 4NWHA 4WM3A 4PGJB 5KXPA 1WQPA 1IC7Y 2DQEY 4IJ4A 3SP3A 1UA6Y 1JWRA 1LZ8A 1BVKC 1LZ4A 1JEFA 4MCKA 2DQDY 1LYYA 1WVVA 1VDQA 1AM7A 1B5UA 4NHPA 3A8ZA 1HMKA 1VATA 1IVMA 1B7SA 4LFPA 4WLDA 5HQ1A 1UIBA 1SQ2L 1GB7A 4BS7A 1LMTA 3ATOA 1HERA 3CT1A 3HFMY 5M1YA 5HMJA 2MEBA 2IFFY 1GXXA 1LZNA 2EKSC 4II8A 4GLAA 1B5WA 2HTXA 4NGWA 1GFVA 4B4JA 3WXTA 1G7HC 1HEMA 1GDWA 2C8PA 1V7TA 3A96A 1OUEA 1B5VA 3A90A 5LYMA 4WM6A 1QTKA 4O34A 194LA 2Y8PA 1UIEA 3KAMA 1JKCA 1HEOA 1UICA 2G4QA 5KXZA 5B1FA 1XGTC 4DDCA 4D9ZA 2N5ZA 1V7SA 3LYZA 4DD9A 4Z3MA 2DQHY 3FE0A 4OWAA 1BGIA 2CDSA 1B7QA 1JIYA 4A7DA 4OWCA 4N0JA 4PHIA 1OUCA 1BB4A 1HFYA 2DQGY 3IJVA 4NHTA 4TTDA 1CNSA 1LJKA 5C6IA 1FKVA 5KXLA 4J0LA 5KXYA 4HJZA 1JTOL 5ILCA 1JJ3A 5LAGA 2D4KA 2CJLA 1AZFA 3B0OA 5FEKA 4TSCA 1REXA 4RW2A 5B06A 5K7OA 4LYZA 4Z46A 1IC4Y 1UBZA 1FDLY 1IORA 1LHMA 1GBYA 2DKVA 1C7PA 2MEAA 2Q0MX 2LZTA 2BQCA 1JKAA 2XTHA 3B6LA 4FDYA 2BQAA 1H6MA 8LYZA 4OWBA 4MSTA 1DI4A 1IY3A 1IP2A 2H9JA 3A93A 1GF7A 2I26L 5II3A 3OK0A 4H8XA 2MEDA 4GN3A 1T3PA 4NG1A 4YEOA 5KXSA 1OUIA 3A95A 3AZ7A 4DD0A 3D9AC 4PRQA 2D4IA 4TUNA 3J4GA 1VEDA 1MLCE 1LSNA 2Z12A 1B7NA 2ZQ4A 4HTKA 4B4EA 1GF9A 1IOCA 4OWHA 1GE4A 2CGIA 135LA 1LSZA 1OUDA 3MGWA 1I1ZA 1A4VA 4YENA 1IR8A 2BQMA 1XFPL 3LYMA 4OWEA 1RFPA 2HU1A 3IJUA 1JKDA 1GFRA 1LZBA 2BQKA 5IELA 1OUAA 1JPOA 1UCOA 4NY5A 4KXIA 2DBTA 1GBZA 3LZ2A 4BADA 4DDBA 1BQLY 1SLYA 4TSBA 1OUJA 1IWUA 3TXIA 1MELL 1F6SA 4J1AA 4U3XB 1GXV2 2ZIKA 2YBLA 1GBOA 2I25L 3AZ5A 4H1PA 5ILFA 4HPEA 1HF4A 3N9CA 4J7VA 1LZSA 1LZ9A 4WL7A 1XSFA 1ZVYB 1YILA 4E3UA 1GFHA 2BLXA 2CWIA 4GCFA 3ZVQA 2IHLA 4AXTA 1LHLA 7LYZA 5KXOA 1A2YC 1QQYA 2FYCA 5LAFA 1NBYC 5LA8A 2MEGA 4H8YA 4H9FA 1NF5A 3WPLA 4ETAA 4RW1A 2BQDA 2Z38A 5DN4A 1RI8B 1LYSA 4HP0A 3AGGG 2RSCA 4LZTA 2VB1A 4G4BA 5F9UA 133LA 1YANA 1PZYA 3QY4A 3W6CA 1FN5A 4B49A 3W6DA 3HBDA 4GCCA 4X3BA 3TXGA 1EQ4A 4B0DA 2B5ZA 4YM8A 4WL6A 3TXKA 4NHQA 3B72A 4BAFA 208LA 3RW8A 3W6FA 5KXTA 2XBSA 1LJNA 3CSZA 3WUMA 4Z41A 4W96A 2Z2FA 4G4CA 4NGKA 3TXBA 1JJ1A 4LYOA 3A3RX 5APFA 4H9IA 1XGUC 4ML7A 3ZEKA 4DYGA 4N1EI 5KXRA 1EQ5A 3A67Y 4R0FA 1ZMYL 1FLWA 1OUBA 4EOFA 4L41A 1LJEA 1FLUA 1GDXA 3AGIA 3AW7A 4OOTA 3ULRA 1YAQA 1GF3A 2Z2EA 4XJDA 4BAPA 2BQLA 2YBNA 1XEIA 1IP4A 4KL7A 1LZ5A 2YDGA 5I5QA 5KXXA 1XEKA 1IO5A 1LMPA 3AB6A 5LIOA 2A7DA 1F10A 1GFGA 4YOPA 1LYZA 1Z55A 3P68A 1P2CC 1LZTA 2HEEA 4DD1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2MEHA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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