2NTHA

Structure of spin-labeled t4 lysozyme mutant l118r1
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSCRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural determinants of nitroxide motion in spin-labeled proteins: Tertiary contact and solvent-inaccessible sites in helix G of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 56
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-11-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2nthA00
1SX2A 3SB5A 1CV5A 1G1WA 123LA 1SWZA 170LA 1L40A 1OV7A 1L76A 1L21A 3DN1A 1QSBA 1LI3A 1XEPA 1CX6A 120LA 144LA 4ARMA 261LA 102LA 233LA 198LA 1P7SA 249LA 1PQOA 161LA 1I6SA 1L91A 1L0KA 252LA 1D3MA 210LA 1CTWA 139LA 166LA 1C6NA 1LYJA 215LA 4W56A 4EKPA 1PQIA 131LA 3L64A 2B73A 2HUKA 3C8SA 1G0LA 3GUNA 2OU9A 1JQUA 164LA 114LA 1QS5A 3UONA 1C6GA 1L09A 1G1VA 1C6IA 1L27A 1C6LA 1QT7A 1L39A 254LA 126LA 4ARLA 1LYEA 1T8AA 3HU9A 201LA 237LA 2B6YA 172LA 1C6JA 1QSQA 1QUOA 1KS3A 107LA 1P2LA 1L92A 4YX7C 2L78A 1G0KA 174LA 4LDLA 1L45A 3HH3A 1L33A 1CU0A 2RAYX 150LA 1LI2A 262LA 1DYBA 1L87A 1P5CA 3C82A 1QUDA 1L57A 3HT7A 1G0GA 3DKEX 1T6HA 4GRVA 1L25A 1L06A 3DN2A 3GUMA 4EKSA 4I7PA 1G07A 169LA 1LGWA 1LW9A 162LA 1L63A 3HT9A 1L82A 4EXMA 4DJHA 241LA 3C81A 3C7WA 1QT8A 1ZYTA 1QT5A 255LA 1L70A 1D2YA 1ZURA 112LA 1L38A 1L42A 3OE9A 1L36A 3HTDA 219LA 1LWGA 238LA 2RB0X 3HTBA 1G0JA 176LA 2F2QA 2RH1A 225LA 4I7TA 1L31A 213LA 250LA 1L85A 3C83A 1QUHA 1L55A 1SX7A 3L2XA 1L52A 1L72A 1JTMA 2A4TA 1G0QA 3HH4A 2HULA 1WTHA 234LA 1L81A 145LA 1QTVA 1C6MA 1ZWNA 3DMXA 3HUKA 122LA 2RBPA 1C6CA 253LA 1L04A 146LA 3HTGA 1L15A 1L75A 2Z6BA 224LA 1QT4A 4I7SA 3C7YA 177LA 1L71A 1CUQA 4DAJA 4LZMA 1QT6A 3C7ZA 1L60A 3OE8A 1D2WA 188LA 175LA 2RB1X 1OYUA 1L08A 4EKQA 1C6DA 1QUGA 3QAKA 1DYCA 1OWZA 1LYFA 1C66A 148LE 4PK0A 2O79A 2RBQA 1L05A 141LA 1G06A 183LA 1TLAA 1C64A 3NYAA 1C63A 3RZEA 2B70A 1CV0A 232LA 1PQMA 1LYIA 3PDSA 2RBRA 1OWYA 3DN3A 248LA 1T8FA 3CDOA 1C6FA 159LA 1K28A 258LA 1LLHA 178LA 3SBAA 3HU8A 1C6PA 4I7QA 2Q9EA 1T8GA 152LA 3GUJA 1L29A 3HUQA 1C6BA 220LA 1L00A 1L79A 156LA 2OU8A 3C80A 4ARMB 3DN4A 2O7AA 209LA 1L01A 4W58A 1L0JA 1C61A 2B6XA 257LA 1L47A 1L26A 1L49A 1L02A 1L22A 4I7OA 2NTGA 1LPYA 4ARQA 1G0PA 5I14A 4IAPA 143LA 1L16A 1L51A 1CV3A 239LA 228LA 3DN0A 3HDEA 4EPIA 4W52A 2QARC 2QB0B 4DKLA 2RB2X 3SN6R 1SSWA 160LA 3CDQA 2O4WA 197LA 4I7KA 3CDRA 4LDOA 2OU0X 2LCBA 3HUAA 1C6AA 1CV4A 1D3FA 240LA 1T97A 142LA 4ARQB 1L65A 1D3JA 1CV1A 1L54A 246LA 4ZPUA 4I7JA 236LA 1B6IA 1CU6A 2LC9A 1L43A 1C69A 157LA 1L13A 1L98A 244LA 4EPFA 113LA 147LA 3CDVA 189LA 155LA 1L41A 1C67A 1CVKA 1L99A 1LYGA 181LA 1OV5A 4I7MA 151LA 1PQJA 3FA0A 1QTCA 217LA 3LZMA 4W55A 1CU5A 1G0MA 230LA 3DNAA 3SB9A 158LA 4E97A 1L24A 1LYHA 2NTHA 2OTZX 163LA 2F47A 1L93A 195LA 1L07A 1L73A 2HUMA 1L56A 190LA 3NY9A 4ARPA 231LA 2CUUA 180LA 4EJ4A 1D3NA 226LA 1L53A 2B7XA 1C65A 1C6TA 214LA 7LZMA 3GUKA 1L64A 165LA 223LA 1L74A 1L97A 3V2YA 1L90A 2RAZX 1QS9A 1L61A 4I7RA 187LA 3DMVA 3OE0A 3G3XA 103LA 1L48A 4EKRA 1CU2A 1L50A 4I7LA 2OE4X 1C6HA 137LA 1L94A 3HTFA 1L10A 3OE6A 1C68A 1L66A 3HDFA 3SBBC 1L18A 1L19A 173LA 3HT6A 1L83A 4I7NA 227LA 1EPYA 2OEAX 119LA 199LA 1KW7A 167LA 3GUPA 1L88A 138LA 4W51A 3GUIA 4PJZA 2LZMA 211LA 1L77A 1DYAA 1SSYA 4ARJA 1L11A 4W54A 1CX7A 1L12A 3DN6A 1L69A 171LA 2IGCA 130LA 3JR6A 3F8VA 1SWYA 1P2RA 1L44A 259LA 4S0WA 1L58A 1NHBA 3SB6A 256LA 4K5YA 125LA 192LA 129LA 2OE7X 168LA 205LA 4OO9A 111LA 1L30A 216LA 1L03A 2F32A 221LA 1L89A 1P37A 3PBLA 2B6TA 1CUPA 1OVKA 1P56A 1JTNA 1L62A 191LA 4LDEA 1DYEA 5LZMA 1CV6A 4W59A 3GUOA 200LA 1L23A 4YXCA 4AQNA 196LA 1CU3A 1L20A 2Q9DA 3ODUA 182LA 251LA 3HH6A 3RUNA 1L67A 3NY8A 3C8QA 3DMZA 3FI5A 149LA 1XJUA 4W53A 1P36A 1KY1A 1QT3A 2RBOA 1PQKA 1L37A 2ANVA 1OVHA 3EMLA 218LA 128LA 3HWLA 118LA 4YXAC 3G3VA 2B6WA 1L59A 127LA 1QTDA 1QTZA 243LA 4W57A 6LZMA 1LYDA 3GULA 245LA 1KW5A 3SB7A 1LGXA 247LA 2B72A 3K2RA 3F9LA 3G3WA 110LA 1L46A 1L96A 2ANXA 2OTYX 3CDTA 4GBRB 1L35A 1D9WA 1DYFA 1L86A 1L14A 1DYGA 140LA 185LA 1L28A 1QTHA 242LA 1C60A 1P46A 1DYDA 2B6ZA 184LA 2B75A 186LA 1L34A 2RBSA 1L68A 1OVJA 260LA 3D4SA 1XJTA 1C6QA 1P3NA 3VW7A 1L80A 1C6KA 1C6EA 229LA 235LA 2OE9X 2B74A 1LGUA 206LA 1C62A 108LA 1PQDA 212LA 104LA 3FADA 3SB8A 1L95A 3C8RA 1P64A 1L84A 1L17A 3HH5A 115LA 1L32A 1QTBA 222LA 1LWKA 1LI6A 1KNIA 3HT8A 2RBNA 1KY0A 3V2WA 109LA 3DN8A 1P6YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LSMA 1SX2A 1G1WA 1JKBA 1IR7A 3DN1A 4BAPA 1G7JC 261LA 233LA 249LA 1PQOA 161LA 5B07A 5KXNA 252LA 4RW2A 139LA 166LA 1LYJA 4EKPA 4I0CA 1PQIA 131LA 4J1BA 3C8SA 4LZTA 4IASA 1SLYA 1JQUA 3UONA 1L09A 1LJGA 4LT2A 1JKCA 1LSPA 1IC5Y 1QT7A 1T8AA 1B2KA 5HNLA 172LA 1QSQA 1YKYX 2YVBA 4HP0A 2HTXA 1B5ZA 2F4GA 1L92A 4XJDA 1LZEA 1G0KA 4LT0A 4R6CA 2DQDY 3HH3A 1FLQA 5KKIA 1XEKA 1D9UA 1L87A 1P5CA 5B1GA 1L57A 1G0GA 3DKEX 1QSWA 1T6HA 1GFRA 1L25A 2NWDX 4H9AA 3W6DA 1LPIA 3GUMA 3TXDA 1BVKC 3BKHA 4I7PA 1BVXA 3HT9A 1UIHA 2ZYCA 2ZNXY 1CJ8A 3C7WA 1QT8A 4ETEA 1QT5A 1XGUC 5KKJA 1B5VA 1L36A 1LWGA 4OWHA 3HTBA 1G0JA 1Z55A 9LYZA 1L31A 6LYZA 1V7TA 1L72A 1G0QA 3HH4A 2MEIA 2HULA 1WTHA 1L04A 4WLXA 1L15A 4WM1A 3AZ7A 3AZ6A 2BQMA 2CWIA 4Z41A 1UCOA 1D2WA 1LZ9A 4ET8A 2RB1X 3A34A 1I1ZA 1C6DA 2HECA 1DYCA 4B4EA 1GD6A 1LYFA 1TEWA 1IP5A 1XSFA 4PK0A 2RBQA 4H90A 1HSWA 1IP1A 183LA 2Z19A 4NEBA 1N4FA 3G3BB 232LA 1GB7A 1UICA 3A3RX 2HUBA 2RBRA 4EOFA 2BQFA 2H9KA 248LA 3LYOA 2X0AA 3AYQA 5KXXA 4LFPA 258LA 3A94A 3D9AC 1JTTL 2Q9EA 1ALCA 4CHXA 5LAGA 1L0JA 3KAMA 1C61A 257LA 1QTKA 2NTGA 2ZYPA 2YBMA 1LPYA 1CJ7A 1G0PA 4H91A 1FN5A 4WLDA 3DN0A 1GF4A 4W52A 4HPIA 4DKLA 1GF6A 3AGIA 3EBAB 3CDRA 4LDOA 4FJRA 2HEBA 2Z2EA 1MLCE 4LYOA 1D3JA 2YBJA 3M3UA 4XENA 1LSBA 2Q0MX 1B6IA 2LC9A 1NMMA 1L43A 157LA 1L98A 4EPFA 3QY4A 113LA 189LA 1C67A 1F0WA 3WXTA 2FYDA 1LZSA 4ETAA 1IIZA 1UC0A 4X3BA 1OUBA 4LT1A 1KXWA 230LA 4OWCA 3SB9A 2BQCA 5EBHA 4ML7A 1L93A 1LJKA 195LA 1IP2A 1L07A 4CFOA 5B1FA 1L73A 2HUMA 1WQMA 2LZTA 4U3XB 1DKJA 1W08A 180LA 1B5XA 1QIOA 4D9ZA 1NWGA 4GCEA 4TSBA 1L64A 1GBXA 1QS9A 187LA 1JSEA 3DMVA 1OUIA 1IY4A 4EKRA 4XJIA 2HU3A 1GAZA 1CU2A 4WL6A 3P66A 5I54A 4H8XA 1OQMA 5L3HA 1L10A 7LYZA 3IJVA 3OE6A 1L66A 4NG8A 1IWZA 3G3AB 1GDWA 4NWEA 3CSRA 2I6ZA 1GE1A 3M18B 3TXGA 119LA 199LA 3WXUA 2YBIA 1KW7A 167LA 4W51A 2BQNA 4LYCA 1REZA 4PJZA 2LZMA 4GN4A 4NSGA 3EO5A 3TXBA 3AZ5A 1IC4Y 1SSYA 1CKFA 1L11A 3DN6A 2I25L 1E8LA 2IGCA 3F8VA 1JITA 1GFUA 4WG1A 2ZNWY 1XFPL 1JWRA 3WYHA 259LA 4S0WA 4ZFPA 1T3PA 3SB6A 4K5YA 125LA 2OE7X 205LA 4OO9A 111LA 3OK0A 216LA 1UIFA 3GXKA 5JENB 3PBLA 1P37A 1CUPA 1P56A 5LINA 1JTNA 1GFEA 1L62A 1DYEA 1CV6A 4BADA 4DD0A 4ZEEA 4AQNA 1YIKA 2Q9DA 2VB1A 182LA 251LA 3HH6A 5DM9A 1BWIA 3FI5A 1UA6Y 4NGJA 5F81A 1PQKA 1F10A 1L37A 4WL7A 1DPXA 128LA 4L41A 5K7OA 4W57A 2I26L 1VDPA 3SB7A 3LN2A 2OTYX 1GF9A 5B05A 1I20A 1LJEA 1HEOA 1L86A 1V7SA 1DYGA 1L28A 1QTHA 1P46A 1IWTA 2B6ZA 5AMYA 184LA 1WQRA 186LA 2YBNA 1OVJA 4KT3A 3VW7A 1BB5A 1LOZA 1L80A 5KJ9A 3P68A 2OE9X 1KIQC 1TAYA 1B7MA 108LA 4E3UA 4YENA 1NHEA 5E4PA 2W1XA 104LA 1IP4A 3FADA 1GF5A 1H87A 3C8RA 4UWVA 1P64A 4H94A 4HJYA 3W3EA 1C43A 2DQHY 115LA 4WOAA 135LA 1IORA 2FBBA 5FELA 1LMAA 1KY0A 1IWXA 2F4AA 3V2WA 2F2NA 3DN8A 5LXWA 1P6YA 153LA 1LCNA 1C7PA 4PRQA 1LZ8A 1OV7A 2EIZC 1LKSA 1NDGC 1LJNA 1GWDA 3HBEX 120LA 5FEKA 144LA 3WVYA 5D5CA 1IP7A 1QDRA 198LA 1P7SA 3ZEKA 1L91A 1L0KA 1CTWA 215LA 4DDAA 2B73A 2HUKA 1QTEA 1D0KA 1G0LA 1YQVY 2IHLA 164LA 1QS5A 4J1AA 1ZVYB 2ZQ4A 1QUTA 1G1VA 2C8PA 4H9HA 4NGWA 237LA 2RSCA 1BB6A 1C6JA 4NHTA 1FLUA 1YKXX 3E3DA 4LDLA 4LT3A 1LSZA 1A4VA 3A92A 262LA 1DYBA 1GFJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LSM A;  1SX2 A;  1G1W A;  1JKB A;  1IR7 A;  3DN1 A;  4BAP A;  1G7J C;  261L A;  233L A;  249L A;  1PQO A;  161L A;  5B07 A;  5KXN A;  252L A;  4RW2 A;  139L A;  166L A;  1LYJ A;  4EKP A;  4I0C A;  1PQI A;  131L A;  4J1B A;  3C8S A;  4LZT A;  4IAS A;  1SLY A;  1JQU A;  3UON A;  1L09 A;  1LJG A;  4LT2 A;  1JKC A;  1LSP A;  1IC5 Y;  1QT7 A;  1T8A A;  1B2K A;  5HNL A;  172L A;  1QSQ A;  1YKY X;  2YVB A;  4HP0 A;  2HTX A;  1B5Z A;  2F4G A;  1L92 A;  4XJD A;  1LZE A;  1G0K A;  4LT0 A;  4R6C A;  2DQD Y;  3HH3 A;  1FLQ A;  5KKI A;  1XEK A;  1D9U A;  1L87 A;  1P5C A;  5B1G A;  1L57 A;  1G0G A;  3DKE X;  1QSW A;  1T6H A;  1GFR A;  1L25 A;  2NWD X;  4H9A A;  3W6D A;  1LPI A;  3GUM A;  3TXD A;  1BVK C;  3BKH A;  4I7P A;  1BVX A;  3HT9 A;  1UIH A;  2ZYC A;  2ZNX Y;  1CJ8 A;  3C7W A;  1QT8 A;  4ETE A;  1QT5 A;  1XGU C;  5KKJ A;  1B5V A;  1L36 A;  1LWG A;  4OWH A;  3HTB A;  1G0J A;  1Z55 A;  9LYZ A;  1L31 A;  6LYZ A;  1V7T A;  1L72 A;  1G0Q A;  3HH4 A;  2MEI A;  2HUL A;  1WTH A;  1L04 A;  4WLX A;  1L15 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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