2NTHA

Structure of spin-labeled t4 lysozyme mutant l118r1
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSCRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural determinants of nitroxide motion in spin-labeled proteins: Tertiary contact and solvent-inaccessible sites in helix G of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 56
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-11-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2nthA00
138LA 1L27A 1LYFA 3G3XA 4I7QA 4W59A 240LA 3NY9A 112LA 229LA 2NTGA 221LA 143LA 238LA 1P46A 1K28A 1P36A 3HWLA 187LA 3PBLA 4PJZA 1L07A 131LA 1KW7A 1L19A 1EPYA 1CV0A 1ZYTA 1T6HA 217LA 3LZMA 1L61A 1D3NA 181LA 2QB0B 3GULA 3CDTA 178LA 2B75A 2B72A 4ARMA 3DNAA 1QT6A 1P64A 256LA 1PQKA 1L59A 3FA0A 233LA 2RAYX 144LA 1L41A 4YXAC 2Q9EA 3CDRA 1JQUA 1D2YA 4W53A 3DN0A 168LA 1C6NA 2HUKA 195LA 1C6TA 1L84A 3CDOA 1LGUA 1QT3A 212LA 3SBAA 246LA 1C6IA 3CDVA 1L96A 3HH5A 1CUQA 228LA 3NYAA 4EXMA 3C80A 177LA 4ARPA 1T97A 1SWZA 4LDLA 3SN6R 148LE 185LA 156LA 4LDEA 1C6BA 237LA 248LA 1QT4A 236LA 191LA 1C60A 2B74A 3HUQA 1QUOA 222LA 3HTGA 1QTHA 120LA 3OE0A 241LA 1KS3A 4DJHA 3HTFA 3DMXA 4YXCA 1L43A 1DYDA 1L10A 1L79A 1OV5A 1PQMA 4ARMB 227LA 150LA 1QS5A 1L95A 3GUNA 254LA 2RBSA 1L71A 2B70A 4W56A 1PQOA 2LCBA 253LA 2OEAX 4AQNA 2Q9DA 3DMZA 1L05A 1L87A 1L33A 1L11A 4EKQA 2QARC 2O4WA 4S0WA 3DN2A 2OU9A 1CV6A 1L66A 3SB6A 1C64A 1LWKA 2ANXA 1L68A 1D3JA 3GUMA 1L73A 1OVHA 3SB8A 1L38A 122LA 1C6PA 3HTDA 1CVKA 3RUNA 1CV1A 3GUJA 149LA 170LA 201LA 3OE8A 130LA 4I7NA 141LA 1QS9A 2OU0X 1L48A 103LA 1CU6A 4YX7C 186LA 4ARQA 215LA 219LA 2B73A 2OTYX 123LA 3DN8A 152LA 3UONA 252LA 4EPFA 1L55A 1P37A 255LA 1JTNA 1LYGA 151LA 1QUDA 2B6WA 3DMVA 3HUAA 1LYDA 2RBPA 146LA 1CV4A 1L82A 1L25A 3C7ZA 180LA 1P6YA 2O7AA 1L90A 1L09A 2Z6BA 3VW7A 145LA 4W55A 126LA 1T8AA 1C6QA 239LA 1L17A 4IAPA 1QT8A 147LA 1L85A 1L76A 3G3WA 1L72A 1C63A 250LA 3GUIA 1C67A 2B6TA 216LA 1D3MA 1SSWA 108LA 226LA 1CV3A 1LI2A 1L49A 1PQIA 4ARJA 1L12A 1L67A 1L04A 3HDEA 1C69A 102LA 3EMLA 1L51A 209LA 1QTCA 197LA 198LA 1L18A 104LA 1L26A 1I6SA 1L30A 142LA 1G0PA 1L91A 1CU3A 1OYUA 1L28A 3FADA 4OO9A 2OE4X 4GRVA 1C6EA 4ARQB 1LWGA 2B6ZA 3GUKA 1T8FA 2IGCA 4LZMA 2OTZX 1SWYA 3JR6A 260LA 1CX6A 3SBBC 1L63A 1G0GA 1QT5A 169LA 1C62A 1QSQA 192LA 173LA 3RZEA 220LA 1P3NA 157LA 1LI6A 2CUUA 1L75A 3D4SA 3G3VA 183LA 1L99A 3NY8A 2LZMA 4GBRB 1PQJA 225LA 1CTWA 205LA 1L00A 1DYBA 1L21A 5LZMA 3HU9A 1L06A 258LA 1L08A 1L45A 3C7YA 4K5YA 1C6MA 242LA 1CX7A 159LA 1L54A 172LA 3GUOA 3GUPA 3HTBA 4I7PA 1QTBA 3L64A 1XJUA 3SB5A 3HUKA 118LA 1L34A 4W52A 1L70A 232LA 1B6IA 1L22A 1LGWA 3DN6A 1C6DA 4W57A 1DYCA 1C6GA 1L01A 1NHBA 1L69A 1P7SA 190LA 1L56A 1P2LA 1XEPA 4PK0A 1P56A 2F47A 1QT7A 1L13A 1L50A 1TLAA 2ANVA 2L78A 213LA 261LA 3OE6A 3C8QA 4EKRA 5I14A 1L94A 2OU8A 2HUMA 1WTHA 244LA 4I7MA 3HH6A 1G0MA 243LA 3FI5A 3K2RA 1CU0A 139LA 2RAZX 1L31A 3C83A 1C6LA 1L62A 1L24A 1L42A 125LA 2B6YA 2O79A 1DYAA 2RBNA 1L58A 174LA 2OE9X 6LZMA 1C6FA 1LW9A 171LA 3L2XA 4EJ4A 3DN1A 1L74A 1D9WA 1L47A 2RBQA 2RB0X 1QSBA 1PQDA 1QTDA 4W54A 2LC9A 3DN3A 1L0KA 158LA 165LA 1L16A 2B7XA 1L88A 214LA 1SX2A 1P2RA 184LA 4I7RA 3C81A 1XJTA 1L36A 1LYHA 3C7WA 1CU5A 3V2WA 4ZPUA 4I7JA 1L53A 1L57A 2RBOA 1L80A 218LA 1L39A 1L29A 1SSYA 245LA 4E97A 1OWZA 1T8GA 113LA 1L81A 140LA 1L97A 167LA 1C6KA 1CUPA 3F8VA 1OVJA 1L52A 1OV7A 107LA 114LA 1L44A 2F32A 4I7LA 164LA 182LA 1G06A 247LA 7LZMA 166LA 115LA 1LYEA 119LA 230LA 211LA 1L83A 128LA 1G07A 1L92A 1KY0A 1KNIA 1CV5A 160LA 1DYFA 231LA 4DKLA 1QTZA 155LA 257LA 1D2WA 1C6JA 1L23A 1JTMA 3C8SA 1L15A 109LA 175LA 3DN4A 1CU2A 1QTVA 3SB9A 1LYJA 235LA 1L77A 4W51A 4I7OA 4EKSA 4ARLA 129LA 1C65A 200LA 4DAJA 2HULA 1QUGA 3HT7A 259LA 4I7TA 3HH3A 161LA 2RBRA 1KY1A 1KW5A 1G1WA 1L86A 3HU8A 3CDQA 1C6CA 3PDSA 262LA 1L40A 249LA 3ODUA 4I7SA 1C66A 1QUHA 1L65A 1C68A 2OE7X 2B6XA 3C8RA 163LA 1LLHA 224LA 1LI3A 199LA 1L37A 1L32A 2RH1A 3V2YA 1L14A 162LA 1G0QA 1L64A 1LYIA 210LA 1D3FA 234LA 3DKEX 1G0JA 1G0LA 127LA 1L20A 3HDFA 2RB1X 4W58A 1C61A 189LA 1ZURA 188LA 3HT9A 1L60A 1OVKA 1L03A 1L35A 3QAKA 223LA 137LA 176LA 3F9LA 2A4TA 2RB2X 111LA 3HT6A 1ZWNA 3SB7A 196LA 4EPIA 3HT8A 1DYEA 1C6AA 1L93A 2F2QA 4EKPA 3HH4A 1P5CA 1L98A 110LA 3C82A 1L0JA 1DYGA 251LA 1OWYA 1L02A 1C6HA 3OE9A 2NTHA 1LPYA 1L89A 206LA 1LGXA 1SX7A 1L46A 1G0KA 4I7KA 4LDOA 1G1VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L27A 5LIOA 3QNGA 4H90A 4I7QA 1IR7A 3NY9A 229LA 143LA 3HWLA 4PJZA 131LA 1L19A 2X0AA 1ZYTA 3WYHA 2Q0MX 217LA 2QB0B 4G4HA 3CDTA 5HMJA 2B75A 1QT6A 1P64A 4OWBA 3CSQA 5FELA 233LA 144LA 4WM5A 4NHPA 4DQ7A 2DQDY 2I25L 5LVIA 1OQMA 2DQJY 2YVBA 1D6PA 2ZNWY 4LYTA 1YKZX 4EXMA 4ETAA 4ARPA 1T97A 1HF4A 4J1BA 4NHQA 4NHIA 1LMPA 4CFPA 237LA 248LA 2HU3A 236LA 1NMMA 2B74A 4TX7A 1QUOA 1A2YC 5I54A 1NBZC 3B0IA 1FKQA 3DMXA 5B59A 1DYDA 2YBNA 1CKCA 2FYDA 1OV5A 1PQMA 4N1EI 5HQ1A 5C6LA 5KXSA 4H9EA 2Y8PA 4W56A 1LHLA 4AQNA 5C6IA 1J1OY 1GFGA 4QEQA 2YBLA 1IP2A 1HNLA 3SB6A 5D5FA 4H8ZA 1L68A 1D3JA 3GUMA 3SB8A 1C6PA 149LA 3OE8A 5KXYA 1IO5A 141LA 4YX7C 1TCYA 4AXTA 3DN8A 1XGTC 252LA 1JTNA 3HFMY 1LYGA 1QUDA 1DXJA 3LZTA 4UWVA 146LA 1QDTA 1RE2A 1BB7A 1L25A 1P6YA 4B1AA 2MEAA 4GCDA 1L09A 4QDNA 1B0DA 3VW7A 1GFEA 1ZVHL 1YILA 5A3EA 6LYZA 1HEPA 2GV0A 1I56A 2B6TA 216LA 1LSCA 108LA 4ETBA 4ARJA 1PQIA 4EOFA 1BVXA 1L67A 1L04A 1L51A 209LA 1QTCA 197LA 198LA 1DPWA 1QTKA 1L30A 4NG1A 1J1XY 1OUEA 4FJRA 4IJ4A 142LA 4OO9A 4GRVA 1C6EA 2DQIY 1IWWA 3A95A 4RDSA 5KXZA 1ZMYL 1NBYC 3SBBC 193LA 169LA 5B1FA 1B5VA 173LA 1LZ4A 1LZ1A 1P3NA 2HEBA 5ILFA 2H5ZA 3G3VA 183LA 1WVVA 4MCKA 3NY8A 4GBRB 1PQJA 1CTWA 1DYBA 5LAGA 2DQAA 3AGGG 1PS5A 3A94A 2EKSC 1BB5A 4BADA 3W6DA 1G7MC 2HU1A 1CX7A 2HECA 2YBIA 1UUZC 4XADA 2CGIA 3GUOA 1LYYA 1GBXA 2EPEA 1WQPA 4W52A 2Z2FA 2CJLA 1NHBA 3WU8A 1P7SA 190LA 1L56A 1P2LA 1BHZA 2F47A 1OUFA 4PJ2C 4ML7A 1QT7A 1L13A 1TLAA 2L78A 1LMOA 1HEMA 1A4VA 1CJ8A 3A67Y 1E8LA 3C8QA 2BLYA 4WMGA 1GFTA 4H9FA 5I14A 2OU8A 1JKDA 4LYZA 1BVKC 1FDLY 5C6JA 3A96A 1B7RA 2CDSA 134LA 4LZTA 4B0DA 1CU0A 1IP3A 1JTOL 1L24A 1L42A 125LA 2B6YA 4G9SA 1HHLA 1YROA 1L58A 4HP0A 6LZMA 1IVMA 2FBBA 1LW9A 4NSIA 1LKSA 171LA 1GFJA 3K3TA 1OUDA 3P4ZA 4EJ4A 1GFVA 1L74A 1D9WA 2RBQA 2LC9A 165LA 3CT0A 4H9IA 1O23A 1UACY 214LA 1SX2A 3CSRA 3M3UA 4B4JA 5DL9A 1LYHA 3C7WA 1CU5A 1HSXA 3V2WA 3BKVA 1B2KA 4ZPUA 218LA 2G4NA 6LYTA 5FCPA 1L97A 2DQEY 1L52A 1OV7A 5LA5A 1CJ6A 164LA 3KAMA 4G49A 1NDGC 5AMYA 4B4IA 128LA 1LZCA 1GFHA 1L92A 1JUGA 3WULA 2BQFA 1QTZA 4C5FA 1C6JA 4HTQA 3AJNA 1HFXA 3WH1A 3C8SA 2ZYCA 1L15A 1LPIA 1LCNA 1RCMA 1GXV2 2BQHA 1OUCA 1QTVA 2BLXA 4P2EA 1LSFA 3FI7A 4W51A 3A93A 4I7OA 1JJ1A 4WM1A 4EKSA 1OUGA 2H9JA 5L3IA 1YAOA 4NGOA 1QUGA 3TXHA 5DN4A 3HH3A 4XJFA 3WUMA 1G1WA 5B06A 1C66A 1QUHA 1LHJA 1L32A 1JIYA 4R0FA 1G0QA 1LYIA 210LA 4DDBA 3DKEX 1B5UA 3G3BB 2BQLA 2NWDX 5B05A 3HDFA 2RB1X 4W96A 1C61A 189LA 5F9XA 188LA 1KIRC 3E3DA 1L03A 1PZYA 4UWUA 2W1LA 2RB2X 1B7LA 1LSMA 1ZWNA 4WG7A 1VDTA 1HMLA 1JSFA 1OUBA 110LA 1GB2A 1DPXA 4LT3A 1OWYA 1C6HA 1LPYA 1GDXA 3W6EA 1JITA 4WM3A 1SX7A 1L46A 1G0KA 4B49A 2YBMA 1LYFA 1WQNA 3G3XA 1DI3A 4DD7A 240LA 4ZEEA 1FBIX 1LHKA 1P36A 1K28A 1B7MA 3BKHA 1LYSA 1EPYA 4H9BA 1T6HA 1D3NA 181LA 178LA 4ARMA 3DNAA 3GXKA 1PQKA 3FA0A 1LJHA 1NWGA 2AUBA 3M18B 1FKVA 1L41A 4QY9A 1LJJA 5F9UA 4LYMA 2ZILA 3LZ2A 168LA 1C6NA 2HUKA 195LA 1LZTA 1IOQA 2G4PA 3CDOA 1QT3A 1LZ6A 212LA 3AZ6A 5KXTA 3C80A 4LDLA 1HEOA 3SN6R 148LE 185LA 5L9JA 2ZIJA 1C60A 4RLMA 5B07A 1D0KA 4NGWA 4O34A 4RW2A 1KS3A 4YXCA 2C8PA 1IR9A 4WLTA 1L10A 2LZTA 2HEFA 3A6BY 1WTNA 4N0JA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L27 A;  5LIO A;  3QNG A;  4H90 A;  4I7Q A;  1IR7 A;  3NY9 A;  229L A;  143L A;  3HWL A;  4PJZ A;  131L A;  1L19 A;  2X0A A;  1ZYT A;  3WYH A;  2Q0M X;  217L A;  2QB0 B;  4G4H A;  3CDT A;  5HMJ A;  2B75 A;  1QT6 A;  1P64 A;  4OWB A;  3CSQ A;  5FEL A;  233L A;  144L A;  4WM5 A;  4NHP A;  4DQ7 A;  2DQD Y;  2I25 L;  5LVI A;  1OQM A;  2DQJ Y;  2YVB A;  1D6P A;  2ZNW Y;  4LYT A;  1YKZ X;  4EXM A;  4ETA A;  4ARP A;  1T97 A;  1HF4 A;  4J1B A;  4NHQ A;  4NHI A;  1LMP A;  4CFP A;  237L A;  248L A;  2HU3 A;  236L A;  1NMM A;  2B74 A;  4TX7 A;  1QUO A;  1A2Y C;  5I54 A;  1NBZ C;  3B0I A;  1FKQ A;  3DMX A;  5B59 A;  1DYD A;  2YBN A;  1CKC A;  2FYD A;  1OV5 A;  1PQM A;  4N1E I;  5HQ1 A;  5C6L A;  5KXS A;  4H9E A;  2Y8P A;  4W56 A;  1LHL A;  4AQN A;  5C6I A;  1J1O Y;  1GFG A;  4QEQ A;  2YBL A;  1IP2 A;  1HNL A;  3SB6 A;  5D5F A;  4H8Z A;  1L68 A;  1D3J A;  3GUM A;  3SB8 A;  1C6P A;  149L A;  3OE8 A;  5KXY A;  1IO5 A;  141L A;  4YX7 C;  1TCY A;  4AXT A;  3DN8 A;  1XGT C;  252L A;  1JTN A;  3HFM Y;  1LYG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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