2O4WA

T4 lysozyme circular permutant
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
169
structure length
162
Chain Sequence
LRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNMDIFEMLRIDE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Exploring subdomain cooperativity in T4 lysozyme I: Structural and energetic studies of a circular permutant and protein fragment.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 60
structure length 162
sequence length 169
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2o4wA00
4I7SA 1L88A 1C60A 2LZMA 4EKRA 174LA 3CDOA 1G0PA 1LWGA 129LA 1CU3A 1L94A 165LA 1L09A 2QB0B 3SB8A 180LA 1KY1A 3HUKA 3EMLA 1CU0A 1SSWA 4W53A 144LA 2RBRA 1L56A 1L47A 1L11A 3L2XA 3GUNA 1C68A 3GULA 1QTCA 4S0WA 2A4TA 1L06A 1QS5A 1L95A 2OU8A 3C8RA 2F32A 213LA 2Q9DA 1L37A 4LDEA 1LYDA 3C83A 1C6BA 1CU6A 1SSYA 1C6PA 3QAKA 155LA 2RB1X 225LA 1L22A 1PQDA 201LA 1L21A 3FI5A 1L30A 209LA 1L03A 102LA 1L46A 2B6YA 3DN4A 3HTDA 232LA 1CV3A 4W56A 182LA 152LA 218LA 1KY0A 1KNIA 1L00A 3HDFA 1L02A 1QUDA 251LA 1SWZA 230LA 4ARPA 1L83A 1P6YA 1DYCA 1QT8A 181LA 1L50A 1C6CA 1OV5A 167LA 1CV6A 4ARQA 220LA 3G3XA 1C6NA 1G07A 3GUIA 3HTGA 1L49A 1L41A 262LA 1C6JA 1L98A 1L24A 2OE7X 2OE9X 1C6MA 1L60A 147LA 223LA 1L01A 122LA 1L67A 1L07A 1OWZA 104LA 1C65A 3GUMA 185LA 1WTHA 1DYBA 197LA 205LA 3HH4A 1QS9A 1LYJA 3OE9A 1C6LA 196LA 1XEPA 1ZYTA 2OU9A 250LA 4ARLA 248LA 192LA 237LA 1C66A 1L79A 173LA 1LGWA 2CUUA 1L20A 1L52A 111LA 1L26A 1CVKA 1L39A 3HU9A 212LA 1CV4A 1LYHA 1P64A 3SBAA 4W58A 210LA 1L71A 3RZEA 189LA 1P5CA 3NYAA 2OU0X 2B74A 4I7KA 6LZMA 3NY8A 2RBQA 109LA 1LWKA 128LA 1L58A 231LA 1C67A 4DKLA 4I7RA 1SWYA 238LA 4PK0A 2Z6BA 1PQKA 1CX6A 1T6HA 4DAJA 3V2YA 1L19A 1T8FA 235LA 1L82A 166LA 5LZMA 1L45A 142LA 1C6DA 2B6XA 1KW7A 1D3FA 172LA 3C82A 108LA 3LZMA 3HDEA 188LA 1PQOA 1L72A 1L86A 1L38A 1L54A 2RH1A 123LA 1L69A 2ANVA 1QT5A 1QTDA 1OVJA 3G3VA 233LA 161LA 2B75A 3GUOA 1C6HA 1L05A 249LA 1G0JA 1QTBA 1L61A 1L17A 140LA 1P56A 2NTHA 4LDLA 1QT4A 151LA 3JR6A 243LA 3FA0A 1L70A 1L33A 1T8GA 1L76A 4I7JA 1P3NA 1XJTA 2B6TA 110LA 3F8VA 158LA 186LA 1LW9A 4EPFA 112LA 1L43A 4EKQA 2B70A 168LA 1LLHA 261LA 4GBRB 178LA 2RBSA 1G0KA 3C7ZA 3HUQA 1L25A 2IGCA 1L12A 1LYIA 1QUGA 3DN2A 3SB7A 118LA 1C6GA 1QUHA 146LA 1KW5A 1LGUA 206LA 1D9WA 1L80A 239LA 1G1VA 2F2QA 1QSBA 1L73A 229LA 1ZURA 1JTNA 1CU5A 1QT7A 3HT7A 1L97A 1L0JA 1L42A 1SX2A 3G3WA 224LA 1QT6A 4W52A 3NY9A 1L34A 247LA 4ARMA 1L68A 184LA 1L48A 2OTYX 3V2WA 131LA 1LGXA 4ARQB 3HU8A 234LA 1QTZA 1L81A 127LA 164LA 4LZMA 1TLAA 1KS3A 126LA 1P37A 1DYFA 1G06A 2F47A 1G0LA 115LA 255LA 1L36A 3F9LA 1L89A 171LA 2OTZX 1CTWA 256LA 1L59A 1C6AA 2RAYX 191LA 1DYGA 1L31A 3SB6A 1DYAA 4I7MA 1C63A 1D3JA 2RBNA 1C6TA 200LA 246LA 1L90A 137LA 3UONA 1PQMA 159LA 1L93A 157LA 139LA 2B7XA 1PQIA 3C7YA 1JTMA 3CDQA 3DN8A 3GUKA 143LA 236LA 222LA 156LA 2RB2X 187LA 130LA 1G1WA 1L0KA 1L85A 4GRVA 4ZPUA 3HTFA 107LA 1CU2A 252LA 3HH5A 141LA 1OYUA 3C80A 1OV7A 2O7AA 3D4SA 138LA 259LA 169LA 3DMZA 2B6ZA 162LA 260LA 2O4WA 175LA 226LA 113LA 1QSQA 1L23A 3DN3A 4DJHA 1L57A 4PJZA 3HTBA 258LA 114LA 3GUJA 4I7LA 1D3MA 2HUKA 221LA 3SBBC 7LZMA 3SN6R 3CDTA 4I7TA 1B6IA 219LA 228LA 148LE 170LA 4W54A 125LA 2RBOA 4EKPA 1OVKA 1C6EA 3HT9A 1DYEA 1L40A 4I7QA 3DMXA 1CX7A 1K28A 2Q9EA 3OE0A 1LI6A 245LA 195LA 1L87A 215LA 4W59A 1C61A 1L53A 1ZWNA 2OE4X 3DN0A 3HH3A 217LA 190LA 240LA 2B73A 1D2WA 1P2RA 2HUMA 1L75A 3C8QA 1G0GA 3HUAA 3DNAA 149LA 4W57A 1G0QA 244LA 254LA 5I14A 3C7WA 1L55A 1L08A 3DKEX 103LA 1OWYA 3ODUA 1L10A 1L13A 3SB9A 1L35A 1P36A 150LA 227LA 4IAPA 4EJ4A 163LA 1CV5A 1L84A 1L27A 3OE8A 2B72A 4E97A 1L18A 1P7SA 3OE6A 2LC9A 216LA 1G0MA 1L14A 2HULA 1L15A 1L91A 1L28A 119LA 1L29A 1XJUA 1C6KA 4K5YA 2O79A 1C6IA 2NTGA 4ARMB 2OEAX 177LA 3CDVA 3FADA 1QUOA 183LA 1NHBA 1T8AA 3HWLA 2LCBA 4YX7C 3HT6A 1C62A 3HH6A 2RAZX 3CDRA 3VW7A 160LA 3C81A 176LA 1C6FA 241LA 198LA 1EPYA 3L64A 120LA 211LA 1P2LA 3HT8A 4W51A 4LDOA 1QT3A 3DN1A 4YXAC 1L32A 1L92A 4AQNA 4EKSA 4YXCA 2RB0X 1D2YA 1L51A 1I6SA 1L96A 1LPYA 4EXMA 1CV0A 242LA 4ARJA 2QARC 3DMVA 3RUNA 1L04A 1LI2A 1LYFA 1CV1A 1T97A 3K2RA 4W55A 3GUPA 1PQJA 3C8SA 1C6QA 4I7PA 1L77A 1CUQA 3DN6A 1LYEA 1CUPA 1DYDA 199LA 3PDSA 1L44A 1SX7A 4I7OA 1L64A 1C69A 2RBPA 3SB5A 1L63A 2ANXA 1OVHA 1L62A 2L78A 4OO9A 1C64A 1LYGA 1QTHA 1P46A 253LA 1D3NA 4EPIA 257LA 214LA 1L74A 1L99A 145LA 1JQUA 4I7NA 1L65A 1LI3A 1L16A 1QTVA 2B6WA 3PBLA 1L66A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I7SA 5B1FA 1C60A 1CKGA 1QTKA 1HMKA 4NGIA 1G0PA 1BHZA 3TXJA 1UIEA 4TSCA 1UIDA 1L94A 4LYTA 1GE2A 4WG1A 3WU7A 4DWXA 1CU0A 1L47A 4BS7A 3ZEKA 3L2XA 2PC2A 3GULA 1QTCA 3IJUA 2BQIA 1GE3A 2D91A 3C83A 4GN3A 1CU6A 2YSSC 155LA 1BWHA 2RB1X 4WLYA 5LVJA 1C7PA 4H9CA 1L30A 1L03A 1L46A 4OWEA 1CV3A 2YBJA 1D6PA 1DPXA 1L02A 2HECA 4TX7A 4B1AA 1QT8A 1JJ0A 1OV5A 220LA 3B72A 5EBHA 3LYMA 1G07A 1N4FA 5APFA 4WO9A 1L41A 4LT1A 262LA 1J1OY 3CT0A 2OE9X 1HHLA 1L01A 1L67A 4RW1A 1GEZA 1OWZA 1LSEA 1DYBA 205LA 3WU9A 1GXV2 248LA 192LA 4WM5A 1L79A 173LA 4X3BA 8LYZA 3AGGG 1L39A 1B2KA 210LA 1LJJA 2D6BA 5HMVA 3B0KA 4H91A 2RBQA 2BQCA 4H9IA 2HEEA 1IWWA 1T8FA 1REZA 166LA 5F16A 1C6DA 2B6XA 1QQYA 1HENA 3CT1A 1RFPA 1PQOA 4C5FA 1L54A 2RH1A 5LA5A 1JKAA 1QTDA 1RJCB 3GXRA 1B0DA 1C10A 3G3VA 1WQMA 5FCPA 3A34A 4RLNA 1AZFA 3GUOA 3AZ5A 5FSTA 2I6ZA 1YL1X 1IP2A 1LHJA 3WUNA 1L61A 2Z38A 140LA 5L3IA 4N1EI 4OWAA 1LSMA 1HEPA 243LA 1L70A 1GFJA 4I7JA 1GFKA 1BVXA 3F8VA 158LA 4LFPA 186LA 1CKFA 4GBRB 178LA 4WM6A 4DT3A 1L25A 1IEEA 4NGZA 1L12A 146LA 206LA 1LHHA 2Y8PA 4B0DA 1GE0A 3A92A 4NG1A 1QSBA 4PHIA 1LMOA 3QE8A 2Z19A 1LJNA 3GXKA 1QT6A 3NY9A 1GB5A 1RCMA 4H1PA 1L68A 2BQKA 4BAPA 4FJRA 1IWUA 4N8ZA 1GFEA 234LA 1C46A 2MEBA 1QTZA 4LZMA 1FLWA 5HLLA 4A7DA 126LA 1P37A 1G06A 5DN5A 1BB7A 4H9AA 255LA 1L89A 1VEDA 1GDWA 1C6AA 2RAYX 1C08C 4B49A 2IHLA 1FLQA 1DYAA 2C8OA 246LA 3M3UA 2YBMA 1L93A 4WM3A 1IO5A 2ZQ4A 3C7YA 3CDQA 1IIZA 4LGKA 156LA 1HSWA 4DYGA 3AZ4A 1BWJA 2Z2FA 4WM1A 1CU2A 1QDTA 3TMVA 5I54A 141LA 1OYUA 1LZTA 2DQDY 1SQ2L 2O7AA 1LZ6A 4B4IA 1QSQA 3B6LA 4BAFA 4DJHA 4PJZA 1XGUC 3GUJA 5IELA 4NGWA 4DD3A 1GFUA 4OWHA 5HQ1A 1HEWA 2Z12A 5AMYA 2BQJA 4G49A 4NGOA 148LE 2FBBA 4IJ4A 4EOFA 1LZ8A 4CFOA 1C6EA 3HT9A 4GCDA 1DYEA 1XGTC 1CX7A 5HMJA 245LA 195LA 2G4NA 1F0WA 4RW2A 1L53A 2OE4X 5KXMA 5E4PA 3DN0A 217LA 3AYQA 1B5UA 1D2WA 2GV0A 1GEVA 2XBSA 149LA 4W57A 4M6DA 1D0LA 2H9KA 1LJIA 1L55A 1GDXA 1OWYA 1D9UA 1HFXA 4EJ4A 1CV5A 4DD7A 3A93A 1YL0X 2BQFA 3OE6A 2MEHA 1L14A 2CWIA 1LSZA 1C6IA 4HV1A 3FE0A 2DQJY 2LCBA 1LOZA 3VW7A 160LA 1CKDA 1BWIA 4ML7A 3C81A 1AM7A 1OUJA 3HFMY 198LA 1B7RA 1FN5A 1REYA 1LJHA 3QY4A 5FEKA 4LDOA 1XSFA 4RDSA 2BQDA 1L92A 1V7TA 2ZQ3A 4QY9A 1JIYA 2DQEY 2MECA 242LA 3W6EA 2QARC 4GN5C 1LYFA 1GF3A 4LYCA 2DQCY 1T97A 3W6DA 1DQJC 4DC4A 4CFPA 3FI7A 1PQJA 3A96A 4ANRA 1CUQA 2BQEA 3DN6A 1LZCA 1LYEA 1CUPA 4OWBA 5IHGA 2MEFA 2H5ZA 2HEFA 1C69A 2RBPA 5J7CA 2YDGA 3WH1A 4ETDA 1NDGC 1NKHA 4TUNA 1OVHA 4CHXA 1GE4A 5L3HA 3G3AB 1QTHA 1DZBX 1KXYA 3IJVA 1WTMA 1QTVA 2A7DA 1F6SA 4WLDA 5LXWA 4YENA 4N9RA 1LMCA 4N0JA 3W6BA 6LYTA 165LA 4R6CA 1LPIA 2QB0B 1JTOL 3RZ4A 1SSWA 4TTDA 5C6IA 4WM2A 1L11A 1TEWA 3GUNA 5L9JA 4S0WA 2A4TA 1L06A 1QS5A 4YM8A 1LZ4A 3C8RA 4NIJA 213LA 4LDEA 1C6BA 5APCA 1C6PA 1WQOA 1GBSA 1UIGA 201LA 3FI5A 1EQ5A 209LA 3HTDA 2B6YA 152LA 1KIRC 1KNIA 5LAFA 1LZNA 1QUDA 251LA 1SWZA 1TCYA 2H9JA 2EKSC 1WQNA 1MELL 1LZ1A 1L50A 1C6CA 167LA 4ARQA 9LYZA 3WUAA 1GF5A 2Z39A 3WMKA 3N9AA 4G4BA 4XJHA 1GHLA 2OE7X 5KXZA 1C6MA 3A95A 2BQGA 122LA 3SP3A 104LA 3GUMA 5ILCA 3HH4A 3J4GA 1YANA 1LYJA 4NSJA 1C6LA 1XEPA 4H93A 194LA 1IOCA 2ZIKA 1L20A 4MCKA 2YBHA 1CVKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4I7S A;  5B1F A;  1C60 A;  1CKG A;  1QTK A;  1HMK A;  4NGI A;  1G0P A;  1BHZ A;  3TXJ A;  1UIE A;  4TSC A;  1UID A;  1L94 A;  4LYT A;  1GE2 A;  4WG1 A;  3WU7 A;  4DWX A;  1CU0 A;  1L47 A;  4BS7 A;  3ZEK A;  3L2X A;  2PC2 A;  3GUL A;  1QTC A;  3IJU A;  2BQI A;  1GE3 A;  2D91 A;  3C83 A;  4GN3 A;  1CU6 A;  2YSS C;  155L A;  1BWH A;  2RB1 X;  4WLY A;  5LVJ A;  1C7P A;  4H9C A;  1L30 A;  1L03 A;  1L46 A;  4OWE A;  1CV3 A;  2YBJ A;  1D6P A;  1DPX A;  1L02 A;  2HEC A;  4TX7 A;  4B1A A;  1QT8 A;  1JJ0 A;  1OV5 A;  220L A;  3B72 A;  5EBH A;  3LYM A;  1G07 A;  1N4F A;  5APF A;  4WO9 A;  1L41 A;  4LT1 A;  262L A;  1J1O Y;  3CT0 A;  2OE9 X;  1HHL A;  1L01 A;  1L67 A;  4RW1 A;  1GEZ A;  1OWZ A;  1LSE A;  1DYB A;  205L A;  3WU9 A;  1GXV 2;  248L A;  192L A;  4WM5 A;  1L79 A;  173L A;  4X3B A;  8LYZ A;  3AGG G;  1L39 A;  1B2K A;  210L A;  1LJJ A;  2D6B A;  5HMV A;  3B0K A;  4H91 A;  2RBQ A;  2BQC A;  4H9I A;  2HEE A;  1IWW A;  1T8F A;  1REZ A;  166L A;  5F16 A;  1C6D A;  2B6X A;  1QQY A;  1HEN A;  3CT1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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