2O4WA

T4 lysozyme circular permutant
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
169
structure length
162
Chain Sequence
LRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNMDIFEMLRIDE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Exploring subdomain cooperativity in T4 lysozyme I: Structural and energetic studies of a circular permutant and protein fragment.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 60
structure length 162
sequence length 169
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2o4wA00
3QAKA 1L87A 1L47A 192LA 3K2RA 225LA 1L45A 3HT6A 1L82A 3HH5A 1QT4A 4LDLA 1DYDA 1L09A 2RB1X 1LYGA 3DMZA 3G3VA 1C6FA 1L44A 1L86A 1LWGA 3JR6A 1C63A 3G3WA 1CX6A 1L63A 169LA 1KY0A 3GUOA 180LA 2O7AA 1P46A 1QT5A 238LA 120LA 1L74A 2B73A 102LA 2F47A 4ARQB 3DN4A 222LA 3C82A 3OE9A 3L64A 1L12A 143LA 119LA 1G0MA 1QTCA 1QTDA 2B6YA 2O4WA 1L92A 1L43A 3SB5A 3CDRA 1D2WA 2B70A 1P6YA 2RBOA 1L83A 1L76A 4I7KA 3ODUA 254LA 1L42A 1C6DA 152LA 1P2LA 6LZMA 1P3NA 1L18A 4GRVA 1LWKA 1DYAA 4I7OA 2RAYX 1CV0A 1L52A 1CVKA 1LYHA 4W51A 1L15A 115LA 2RBRA 2CUUA 3HDFA 1SWZA 1G0JA 1G0QA 1P37A 1L84A 1G0KA 3GUPA 1P5CA 178LA 2Q9DA 162LA 1ZYTA 1LYDA 1PQMA 1WTHA 188LA 1D3MA 3EMLA 3SBBC 1C67A 3FI5A 1SSYA 221LA 2B7XA 174LA 1OVKA 4E97A 226LA 1CV3A 1DYGA 1L77A 3FADA 122LA 1T6HA 1P36A 2F2QA 229LA 1L06A 1L41A 3CDVA 251LA 232LA 3HUAA 1PQKA 184LA 4EXMA 1L11A 1L46A 3SB7A 1C6TA 4I7PA 1L01A 3F8VA 4LDOA 129LA 255LA 3GULA 4EJ4A 123LA 196LA 110LA 2B6WA 3C7WA 3GUKA 1P56A 2IGCA 1L97A 186LA 1JTMA 1C64A 1LW9A 190LA 4YX7C 2HUKA 156LA 1L51A 3HH4A 239LA 1OVHA 206LA 141LA 2RH1A 163LA 3HT8A 1L26A 4AQNA 252LA 1NHBA 1C6KA 1JTNA 1L00A 256LA 2QARC 4EPIA 4I7NA 261LA 145LA 260LA 150LA 1C6JA 1CV1A 195LA 3UONA 2O79A 244LA 1L48A 1L0JA 209LA 1ZURA 201LA 125LA 235LA 191LA 1L71A 216LA 113LA 3C8RA 1ZWNA 1LI6A 1L65A 237LA 3DN0A 3HTGA 2B75A 3V2WA 1C68A 258LA 3OE0A 160LA 161LA 1L08A 103LA 1D2YA 2OE7X 3C8QA 127LA 1LGWA 1T8GA 3DN6A 247LA 1L99A 108LA 1L75A 4EKPA 1KY1A 1L17A 1CU0A 1C62A 3CDTA 1G0LA 3NY8A 4LZMA 3SB9A 1L23A 4OO9A 1LGUA 3NYAA 112LA 2NTHA 1OVJA 155LA 3VW7A 2LC9A 3SB6A 4W54A 2B6TA 1G07A 2F32A 1CX7A 2B72A 1CV4A 1L39A 1L62A 1DYEA 1L40A 144LA 3C7YA 2OE9X 217LA 249LA 1C61A 1QTBA 4IAPA 4EKSA 1L14A 1QT3A 3HH6A 223LA 4EKRA 1C6BA 214LA 197LA 1JQUA 168LA 1L94A 1QTHA 1T8FA 4W55A 189LA 3SB8A 3RUNA 4W53A 3HH3A 1LGXA 1L38A 7LZMA 1LYIA 3DKEX 1QUHA 1DYCA 1C6GA 1L02A 1QSBA 1LYFA 3NY9A 1L64A 5LZMA 1KNIA 3D4SA 3DN8A 3L2XA 157LA 1L33A 1CU6A 1PQIA 4I7QA 3PBLA 1KW5A 1L27A 172LA 1L58A 1CU2A 1PQOA 1L81A 2B6ZA 3OE8A 241LA 3C81A 3RZEA 2HUMA 2RBNA 1L35A 176LA 1L32A 1L31A 4ARMA 1C6HA 211LA 3HTFA 1L88A 200LA 1XJUA 4GBRB 1QT6A 2LZMA 1L59A 1CU5A 1G0GA 1QUOA 1OWZA 1P64A 1SWYA 1D3NA 1L89A 1G0PA 240LA 4ARLA 220LA 1LYJA 248LA 1L79A 140LA 1C6MA 262LA 2RBQA 130LA 1C66A 1L07A 4S0WA 147LA 1P2RA 3HU8A 1L57A 148LE 246LA 175LA 1XJTA 1LLHA 1L36A 1SX7A 2OU9A 230LA 1QS5A 245LA 210LA 1OWYA 1L22A 2HULA 224LA 1L19A 1QTVA 1KS3A 1QT8A 5I14A 1L91A 2Z6BA 2RB2X 1L93A 2RB0X 3GUMA 253LA 199LA 137LA 1LPYA 2B6XA 1L69A 2RBPA 1C6IA 1L56A 4DKLA 128LA 146LA 1OV7A 182LA 1CUPA 1CU3A 1QT7A 1CV6A 4I7TA 107LA 158LA 1L70A 4ARQA 1L05A 131LA 1L30A 1L68A 233LA 170LA 159LA 1C6LA 1L34A 1L37A 198LA 109LA 1C60A 1L96A 3GUIA 1L20A 3SBAA 2OU8A 1K28A 3V2YA 1LI3A 1L0KA 3C7ZA 1XEPA 1D9WA 1L61A 1L21A 1OYUA 149LA 4DAJA 3HWLA 4I7LA 231LA 212LA 213LA 2Q9EA 1L67A 4PJZA 171LA 2RBSA 185LA 1D3FA 4YXCA 257LA 3OE6A 3C8SA 3HU9A 1T97A 4PK0A 177LA 1L28A 1D3JA 1L04A 1L29A 3SN6R 3DMXA 1QUDA 1L55A 1PQJA 250LA 3HTBA 4I7JA 4I7MA 3F9LA 3CDQA 164LA 4I7RA 118LA 187LA 2OTYX 4W56A 4I7SA 2ANXA 139LA 1L10A 3HT7A 3DN1A 1KW7A 1EPYA 3DMVA 151LA 1L49A 3HTDA 1QS9A 1LI2A 1L03A 3C83A 1L90A 1B6IA 1L95A 3HT9A 1L16A 1L13A 1L72A 3HUQA 3HUKA 1C6EA 219LA 1SX2A 2NTGA 1DYBA 1C69A 1G1WA 4ARJA 2QB0B 228LA 2LCBA 1L60A 3GUNA 4YXAC 1QUGA 4W58A 1L53A 165LA 1C6CA 3LZMA 1LYEA 3FA0A 4DJHA 3CDOA 1L80A 4ARMB 1C6PA 4W52A 4LDEA 4W57A 1SSWA 104LA 2ANVA 1QTZA 126LA 1L98A 2OU0X 1I6SA 1L50A 3GUJA 2B74A 3HDEA 1DYFA 1L66A 236LA 111LA 1CTWA 242LA 1L73A 1TLAA 1C6QA 1C6AA 1QSQA 227LA 2OTZX 2RAZX 1CUQA 234LA 1C6NA 1L54A 3DNAA 1L24A 1L85A 142LA 183LA 1G06A 4ARPA 243LA 167LA 1T8AA 181LA 1C65A 2OEAX 1OV5A 4ZPUA 1PQDA 218LA 3PDSA 215LA 3DN3A 114LA 173LA 3G3XA 4K5YA 2OE4X 2L78A 138LA 2A4TA 3C80A 1P7SA 205LA 3DN2A 4W59A 1L25A 166LA 1CV5A 259LA 4EKQA 4EPFA 1G1VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3K3TA 1L87A 1L47A 1LMAA 3A3RX 1QT4A 1DYDA 4WMGA 1C63A 1YAPA 1L63A 1TDYA 4HSFA 2O7AA 1P46A 1BB4A 1QT5A 4Z41A 120LA 4ANRA 2B73A 4ARQB 1JJ0A 3T6UA 4AGAA 1L12A 5LYMA 1GHLA 1L43A 1D2WA 3W6FA 4XJDA 1GD6A 2DQDY 4J7VA 4DQ7A 2B70A 4H90A 2RBOA 254LA 1L42A 1P2LA 1P3NA 1GAZA 4I7OA 2RAYX 1T3PA 1RI8B 1F0WA 4W51A 208LA 5KXPA 3WYHA 3IWRA 2HEDA 2DQIY 1CKHA 3P68A 4DQJA 4RLNA 7LYZA 1G0QA 4ZFPA 5KJ9A 4H9CA 1ZYTA 1FN5A 3WW5A 4DD1A 1LJNA 3T36A 1PQMA 3WUMA 1C67A 3AGGG 3FI5A 221LA 5KXKA 1YANA 1L77A 4OWCA 1IOQA 2CGIA 1JTOL 1P36A 5ILFA 5LA5A 1LMTA 1L41A 2MEHA 2D4KA 3HUAA 3SB7A 4PPOA 1GDWA 1L01A 5E9RA 4LDOA 3GULA 3W3EA 3GUKA 3LYTA 4DD0A 4H8ZA 6LYZA 1CJ6A 5B1FA 1LAAA 156LA 5FELA 1L51A 2EQLA 1OVHA 4H91A 5KXOA 4LT3A 141LA 163LA 2Z12A 4HV1A 1LZRA 4AQNA 1EQEA 1D0LA 1JTNA 1GFAA 1D6PA 256LA 3MGWA 4EPIA 2LYOA 4XJHA 5J7CA 1GE2A 1C6JA 1CV1A 4MCKA 1UIHA 1L0JA 5APFA 1B5YA 1ZURA 1L71A 1NDGC 2XQOA 1KIPC 3HTGA 4ET8A 4XN6A 1L08A 1CNSA 2OE7X 1B0DA 1T8GA 3DN6A 1GFRA 247LA 1GEVA 2FBBA 1L75A 1KY1A 4OWEA 1C62A 1JTPL 3CDTA 3NY8A 4WLDA 4LYTA 1L23A 5IELA 1UA6Y 1LGUA 2FYDA 112LA 2GV0A 4DC4A 1OVJA 1UIBA 155LA 4G4BA 4RW2A 4WM2A 3VW7A 1GBOA 1EQ4A 5I4XA 1LZYA 1B7LA 1L62A 1YKYX 2Z19A 4ETDA 1LZEA 217LA 1C61A 1QTBA 4WM1A 1L14A 1NMMA 4HJYA 1QT3A 2B5ZA 1LSDA 5DN4A 5LAGA 1QTHA 3HBHA 4W55A 189LA 3HH3A 1VDSA 1LGXA 7LZMA 4ETCA 4KT3A 3GXRA 3LYZA 1KXYA 2C8OA 1QSBA 1DI4A 1XGTC 3M3UA 2BQLA 5LZMA 4DT3A 1ZVYB 1CU6A 1PQIA 4I7QA 1L27A 4NSGA 1YAOA 1OUDA 1CU2A 4GCCA 3OE8A 1YAMA 2HUMA 3AGIA 4GLAA 1IWXA 1GFJA 4ARMA 1G7HC 1C6HA 1GBSA 1HMKA 3HTFA 3WU7A 4GBRB 1LOZA 1OP9B 2LZMA 1IP5A 2NWDX 2HTXA 1RE2A 2WARA 1L89A 240LA 1LZ1A 4GCBA 1LMOA 1LYJA 1GXXA 4WG7A 3J4GA 1LZNA 1L07A 4S0WA 5DLAA 1P2RA 4OOTA 1BWIA 1V7SA 1SX7A 1YKZX 2OU9A 1MELL 5HLLA 3EBAB 1JJ3A 1OWYA 1LZSA 4TWSA 1OUFA 5I14A 1LSZA 2Z6BA 4H92A 1IR9A 5IDDA 1BVXA 4WO9A 2RBPA 3WL2A 4OWAA 2MEFA 1QT7A 1CV6A 158LA 4ARQA 3J6KA 1FLQA 233LA 1L34A 198LA 1FKQA 1NBYC 4X3BA 3SBAA 6LYTA 4RDSA 1XEPA 3B72A 4G4CA 4DDCA 4I7LA 1DPXA 1LJJA 2BQOA 1IEEA 4PJZA 171LA 2YBMA 2RBSA 1REYA 1GF5A 1B7RA 5HNLA 1D9UA 257LA 4UWNA 3C8SA 1L04A 1ZV5L 3DMXA 1QUDA 1UCOA 4I7MA 3F9LA 1LKSA 164LA 118LA 2MEGA 2OTYX 2LYZA 1G7MC 2VB1A 1UUZC 3DN1A 4H93A 4NEBA 2BQMA 1B2KA 4N9RA 1P2CC 1IWVA 3P66A 4WO6A 5APCA 1L03A 4G49A 1QDTA 1B7MA 3M18B 1B7OA 2BQDA 3HUQA 3HUKA 2XBRA 4WM5A 5II3A 1UIGA 2QB0B 1B5WA 228LA 5C6IA 5B59A 4YXAC 4NGLA 3ZVQB 4UWVA 4XYYA 1IOCA 4HP0A 4B4EA 1L53A 1LSBA 2W1LA 1C7PA 5C6JA 3B0KA 4DJHA 1LYSA 1JITA 3CDOA 1L80A 4W57A 1IORA 104LA 1QUTA 1QTZA 1RCMA 3A6CY 2D4JA 3GUJA 4AXTA 4LZTA 111LA 1QSQA 234LA 3TXGA 1YQVY 167LA 4ETEA 1LSNA 1T8AA 1OV5A 1HELA 3PDSA 1IC7Y 3DN3A 1LPIA 1PS5A 1VAUA 2YVBA 1E8LA 2BQEA 4W59A 2BLYA 1L25A 4ZEEA 4N8ZA 2DBTA 2DQAA 3A8ZA 1G1VA 3QAKA 2C8PA 192LA 1G7JC 3K2RA 1LSMA 1OUHA 1W08A 1GFVA 3HH5A 1WTNA 1LSPA 4LDLA 1L09A 2YDGA 2DQEY 3DMZA 1C6FA 5FCPA 3VWOA 4TX7A 1IC4Y 4LYZA 102LA 2F47A 2Z18A 1IP7A 1LZCA 3C82A 5FSTA 1G0MA 2B6YA 4LT0A 1LHIA 2O4WA 1GAYA 2CDSA 4WL6A 1P6YA 4CFOA 4I7KA 1L76A 5DN5A 4EMNA 4YENA 1DZBX 1L18A 4GRVA 1DYAA 3HBDA 3A93A 5KXNA 115LA 2RBRA 1HEOA 1B5VA 4RW1A 1WTMA 1REZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3K3T A;  1L87 A;  1L47 A;  1LMA A;  3A3R X;  1QT4 A;  1DYD A;  4WMG A;  1C63 A;  1YAP A;  1L63 A;  1TDY A;  4HSF A;  2O7A A;  1P46 A;  1BB4 A;  1QT5 A;  4Z41 A;  120L A;  4ANR A;  2B73 A;  4ARQ B;  1JJ0 A;  3T6U A;  4AGA A;  1L12 A;  5LYM A;  1GHL A;  1L43 A;  1D2W A;  3W6F A;  4XJD A;  1GD6 A;  2DQD Y;  4J7V A;  4DQ7 A;  2B70 A;  4H90 A;  2RBO A;  254L A;  1L42 A;  1P2L A;  1P3N A;  1GAZ A;  4I7O A;  2RAY X;  1T3P A;  1RI8 B;  1F0W A;  4W51 A;  208L A;  5KXP A;  3WYH A;  3IWR A;  2HED A;  2DQI Y;  1CKH A;  3P68 A;  4DQJ A;  4RLN A;  7LYZ A;  1G0Q A;  4ZFP A;  5KJ9 A;  4H9C A;  1ZYT A;  1FN5 A;  3WW5 A;  4DD1 A;  1LJN A;  3T36 A;  1PQM A;  3WUM A;  1C67 A;  3AGG G;  3FI5 A;  221L A;  5KXK A;  1YAN A;  1L77 A;  4OWC A;  1IOQ A;  2CGI A;  1JTO L;  1P36 A;  5ILF A;  5LA5 A;  1LMT A;  1L41 A;  2MEH A;  2D4K A;  3HUA A;  3SB7 A;  4PPO A;  1GDW A;  1L01 A;  5E9R A;  4LDO A;  3GUL A;  3W3E A;  3GUK A;  3LYT A;  4DD0 A;  4H8Z A;  6LYZ A;  1CJ6 A;  5B1F A;  1LAA A;  156L A;  5FEL A;  1L51 A;  2EQL A; 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