2O79A

T4 lysozyme with c-terminal extension
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MDIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Exploring subdomain cooperativity in T4 lysozyme I: Structural and energetic studies of a circular permutant and protein fragment.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-12-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2o79A00
1C6GA 197LA 1C6MA 3C7WA 147LA 4W59A 1LGXA 262LA 3SN6R 1QTHA 1PQJA 2B6TA 188LA 1L59A 1QUDA 3C83A 4ZPUA 3DN8A 1LLHA 1TLAA 1C62A 1L29A 4I7NA 252LA 238LA 3HT8A 1CU6A 4EKSA 1OWZA 3CDVA 3HTBA 2RB1X 4YX7C 1L18A 2RBQA 1L38A 2OTZX 257LA 1L87A 3DNAA 3HTFA 1DYBA 1D3NA 146LA 130LA 1L79A 1D3MA 1ZYTA 1OYUA 4YXCA 1CV5A 1DYAA 1L46A 1LYFA 2RAYX 2NTHA 1LI2A 1L05A 1G0KA 1L0JA 218LA 1QS9A 3HU9A 216LA 3GULA 3HH6A 1QT8A 3HH4A 3SB7A 3RZEA 128LA 1L72A 1XEPA 4ARPA 3HT7A 1C60A 2B72A 1L62A 1L44A 3GUMA 4EPIA 2RH1A 4W55A 1L09A 1CTWA 129LA 174LA 114LA 1PQOA 1LGWA 233LA 1QS5A 4ARJA 4EKPA 1LGUA 3G3VA 3HH3A 4LZMA 1L54A 1D9WA 1OVJA 3HTDA 1L32A 1L53A 4W57A 230LA 3PBLA 1LYIA 2ANXA 4I7PA 1C66A 2O7AA 162LA 1SSYA 2B74A 145LA 1P56A 3C8QA 1L94A 4K5YA 1C6HA 4PK0A 4DJHA 1L67A 1L23A 1CU0A 1P2LA 4S0WA 3GUJA 243LA 1LI3A 1JTNA 1L85A 1B6IA 1L21A 3LZMA 1C6FA 1D2YA 2B75A 3SBBC 1L96A 172LA 4I7JA 1L75A 1PQDA 125LA 177LA 1L57A 2RAZX 1L60A 3GUIA 1QT4A 1L47A 1JTMA 1ZWNA 1KW7A 1L22A 4W52A 1L40A 1L64A 2F32A 131LA 4IAPA 4ARQB 1LYEA 251LA 241LA 3GUKA 171LA 1G0PA 1L02A 1ZURA 206LA 1QT7A 3HUAA 1L01A 4LDLA 250LA 1D2WA 4I7TA 219LA 156LA 1C6LA 3OE8A 1L07A 1L66A 167LA 254LA 4W51A 1CUPA 165LA 1LYHA 1CV3A 1QUHA 261LA 1G0LA 1P64A 196LA 1L80A 4W53A 169LA 226LA 3V2YA 2NTGA 1C64A 2OU0X 109LA 4I7QA 118LA 1CU5A 120LA 1L83A 155LA 1L93A 2B6ZA 2HUKA 1P5CA 1L56A 1LWGA 222LA 200LA 3DN2A 4ARQA 3HT6A 3HUKA 137LA 1OVKA 1C69A 209LA 4W56A 1L49A 227LA 1SWYA 1C6DA 2LC9A 258LA 1XJUA 3ODUA 3CDRA 1CVKA 178LA 4ARMB 5I14A 138LA 1L15A 4EJ4A 1QUGA 1QUOA 4EPFA 1C6KA 1L82A 1T8GA 2IGCA 1L73A 3HT9A 3NY9A 4LDEA 1C6PA 242LA 3HH5A 1L03A 1CV6A 2A4TA 221LA 3NYAA 1L99A 3HDEA 159LA 3HUQA 1L31A 1WTHA 2RBSA 142LA 3K2RA 1L58A 1I6SA 170LA 1L0KA 2OTYX 1OVHA 176LA 4I7SA 2B6WA 2B6XA 4ARMA 1G0GA 4GRVA 229LA 2HULA 3CDQA 2OE9X 232LA 1DYEA 205LA 240LA 2B73A 3C82A 1L11A 1XJTA 3DN1A 102LA 1L55A 1QT5A 1L41A 1L71A 256LA 3C8SA 1CX6A 1L12A 1CV1A 215LA 1QTVA 1QTBA 244LA 3VW7A 2Q9EA 1L89A 189LA 1C6BA 228LA 1P46A 187LA 1KW5A 1T8FA 166LA 2B6YA 1SX7A 186LA 1LWKA 139LA 1C65A 163LA 1CUQA 2LZMA 1KNIA 1C6NA 1QT6A 168LA 236LA 1L63A 1G07A 7LZMA 185LA 1L24A 1L30A 1QSQA 3DN0A 1OV7A 198LA 181LA 3CDTA 1L65A 1DYFA 160LA 1CU2A 3SBAA 1D3FA 1QSBA 1L48A 2CUUA 112LA 1C6CA 1L19A 1L92A 211LA 1CV0A 3OE9A 183LA 3C80A 1P37A 245LA 6LZMA 1L81A 3DKEX 1L98A 3EMLA 3FADA 115LA 1OWYA 1SX2A 199LA 143LA 2Z6BA 1L70A 3SB6A 1L86A 2ANVA 3DN3A 210LA 3CDOA 1L77A 239LA 3GUPA 4I7KA 127LA 3G3WA 2HUMA 1L36A 1L76A 1LW9A 1P36A 4GBRB 3GUOA 3PDSA 1C67A 1C6IA 249LA 1L52A 1QTCA 4W58A 1P7SA 217LA 103LA 3SB8A 3L2XA 2OE7X 2B7XA 201LA 1EPYA 4EXMA 2Q9DA 237LA 111LA 108LA 1KY0A 220LA 1G1WA 1L61A 1L25A 1P2RA 144LA 1CX7A 152LA 1SWZA 4PJZA 1L69A 1PQMA 231LA 195LA 141LA 1L10A 234LA 3GUNA 4DAJA 2RBOA 260LA 259LA 1G1VA 2RB0X 1D3JA 253LA 2F2QA 3V2WA 2OE4X 1QTZA 3C8RA 3OE0A 1L88A 213LA 225LA 1L37A 1L20A 3HTGA 2F47A 1L00A 3F8VA 5LZMA 1L06A 2OU9A 3G3XA 1SSWA 4W54A 107LA 4LDOA 1K28A 1L17A 1LYJA 1G06A 164LA 1L33A 3RUNA 1LYGA 1DYCA 3HU8A 1QT3A 1L84A 1L34A 1T97A 1JQUA 2QARC 2LCBA 148LE 1OV5A 3SB5A 1L27A 1G0MA 110LA 2OU8A 1L14A 4OO9A 4DKLA 3QAKA 1PQIA 212LA 1C6TA 4EKRA 1L35A 247LA 2O4WA 1KS3A 248LA 1L74A 1L95A 4ARLA 2RB2X 150LA 1C61A 151LA 1P3NA 4AQNA 161LA 149LA 3FA0A 4I7RA 184LA 1NHBA 1L43A 223LA 2L78A 2RBRA 1L91A 3NY8A 4I7MA 175LA 123LA 122LA 1L97A 3UONA 1L39A 1L68A 1KY1A 1C6AA 1L16A 1L08A 3L64A 2O79A 3DMXA 2QB0B 3F9LA 173LA 1CV4A 3FI5A 1LYDA 1C68A 1L04A 1LI6A 2RBPA 104LA 1PQKA 1T8AA 1CU3A 1LPYA 3OE6A 4E97A 3DMVA 1DYDA 4I7LA 1G0QA 180LA 2RBNA 3HWLA 235LA 119LA 190LA 224LA 3C7ZA 3D4SA 1C6JA 1C6QA 3C81A 1C63A 3DN4A 157LA 3DN6A 1P6YA 4I7OA 191LA 182LA 1QTDA 1T6HA 2OEAX 1L45A 4EKQA 3C7YA 1L13A 3JR6A 2B70A 214LA 1L50A 1G0JA 1L28A 113LA 1L90A 3SB9A 140LA 3HDFA 1DYGA 3DMZA 1C6EA 158LA 246LA 1L26A 126LA 192LA 1L51A 1L42A 4YXAC 255LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JEFA 4J7VA 2EIZC 3B0KA 3P66A 4DDAA 147LA 1HEWA 1GB5A 1UBZA 2B6TA 2DQFC 3CQLA 4DC4A 3K3TA 1L59A 1QUDA 1QQYA 4DDBA 4CHXA 4AXTA 1GD6A 1GE2A 5HMVA 1CU6A 4XENA 1OWZA 3HTBA 2RB1X 1L18A 1DI3A 2RBQA 4H8XA 1L38A 2OTZX 4NGZA 257LA 4NSHA 3A6BY 1D3MA 4YXCA 3A34A 3ATNA 1PS5A 4OOOA 3EO5A 1LI2A 1L05A 1G0KA 1QS9A 1XEPA 4ARPA 2IFFY 4B4IA 4ETDA 174LA 1LSNA 114LA 1QS5A 4EKPA 5HLLA 1LGUA 1NBZC 6LYZA 1IWWA 4LZMA 1IP2A 2Z19A 1OUGA 1QIOA 4DD3A 1WQRA 4W57A 2DQIY 4I7PA 5KXRA 4OWCA 4PK0A 2DBTA 2RSCA 1OP9B 1KXYA 1L23A 1P2LA 4H1PA 2FBBA 4WG7A 4H9IA 4KPMA 1C6FA 4QEQA 3SBBC 1GBYA 1L96A 172LA 2YBLA 125LA 4XJHA 3AZ7A 4QY9A 1JTMA 4HV1A 1L22A 1SQ2L 4XJGA 131LA 1IP6A 2CJLA 4MSTA 4R0FA 1GB6A 4TTDA 206LA 1REXA 1GHLA 1LSMA 4LDLA 1D2WA 4H9EA 4G4BA 1DZBX 2N5ZA 5APDA 1GE1A 1LOZA 1QUHA 2C8PA 1GF4A 2MEEA 5LIOA 169LA 1VDPA 3V2YA 3M18B 2NTGA 1LZAA 193LA 1OUEA 4I7QA 4TWSA 2ZNWY 1L93A 1LSCA 5F9UA 1JSEA 1L56A 200LA 4ARQA 1B7OA 3HT6A 3WMKA 1OVKA 4GLAA 209LA 1YKXX 1SWYA 1DKJA 2DQAA 1GFEA 3CDRA 178LA 138LA 4HJYA 1VDSA 1L15A 4TX7A 4EJ4A 1LZGA 2XBSA 4NG8A 2I26L 2IGCA 2Z37A 1VAUA 4LDEA 1IWVA 3AW7A 242LA 2I25L 1CV6A 1RFPA 1IR9A 4H91A 1B7SA 3HDEA 1P2CC 159LA 3P64A 1B5VA 1QTEA 4P2EA 4Z3MA 142LA 1L0KA 1W08A 2OTYX 1FLUA 5I4YA 1KXXA 4GRVA 229LA 4YM8A 1DYEA 3GXKA 1B7PA 4L41A 2HU3A 1LZTA 2Z2FA 1XJTA 1L41A 4EOFA 3BKVA 1QTVA 244LA 3HFMY 1HC0A 3GXRA 189LA 228LA 1KW5A 1T8FA 166LA 4LT0A 4NGLA 1GDWA 2B5ZA 132LA 3W6CA 163LA 4N0JA 4DWXA 236LA 1BB4A 1LJ4A 1UIGA 198LA 181LA 3CDTA 160LA 1CU2A 3QNGA 2CUUA 112LA 211LA 3ZVQA 2HU1A 183LA 1P37A 245LA 4WMGA 1WTNA 1UC0A 1GBOA 3EMLA 115LA 5FEKA 143LA 1LZBA 2ZQ4A 1L70A 5KXOA 2D6BA 3DN3A 3VWOA 5IDDA 1L77A 1GF0A 4OWBA 1C7PA 5I5QA 5K7OA 4XJBA 1XGTC 207LA 5LAGA 3WPLA 4W58A 1P7SA 5FDJA 217LA 1CKDA 2YBJA 2MEIA 3WXTA 1OQMA 1OUHA 3L2XA 2B7XA 201LA 3EBAB 1QDRA 4U3XB 5APEA 4ET9A 4H9CA 1L61A 3WUAA 1P2RA 1H6MA 4ZFPA 3N9AA 1LPIA 4NHIA 1XEIA 1F0WA 3CSRA 4DAJA 4Z98A 259LA 1D3JA 4RDSA 4B49A 4I0CA 4WO6A 1DPWA 3TXGA 1VEDA 3J4GA 1L88A 213LA 225LA 4QGZA 1XGUC 3IJUA 4HPIA 1SSWA 5II3A 4N5RA 164LA 1CKHA 1HSXA 1GB9A 5KXSA 4NWEA 1GFUA 148LE 1L27A 1GBSA 4NWHA 2OU8A 1L14A 1PQIA 1G7HC 4X3BA 247LA 4N1EI 1W6ZA 5LXWA 2RB2X 1CKFA 1C61A 151LA 4GLVA 4AQNA 184LA 1BB5A 2L78A 2RBRA 123LA 3T6UA 1G7MC 1L68A 1L16A 4TSBA 3A95A 2PC2A 1IC4Y 2O79A 3F9LA 4A7DA 1LI6A 3OE6A 3DMVA 1TBYA 4I7LA 2WARA 190LA 224LA 3LHMA 1C6QA 3C81A 4N8ZA 3DN6A 1P6YA 1YKZX 191LA 3B72A 1LKSA 1GF3A 1LSEA 5FELA 3AW6A 3RNXA 113LA 1L90A 1LSDA 3SB9A 3DMZA 126LA 1HFZA 192LA 1L51A 2D4JA 1XEKA 3MGWA 1LJNA 1GBXA 4QDNA 4B4JA 3N9EA 1YAQA 2D91A 3N9CA 3FE0A 4YF2A 4HTQA 1FN5A 3WL2A 1CJ7A 1LLHA 1TLAA 1XFPL 4LYBA 1JWRA 2DQHY 1LZCA 252LA 1IWUA 238LA 2EPEA 4WLYA 4EKSA 4R6CA 3CDVA 5EBHA 1LYZA 5F81A 2DQEY 1L87A 3AGGG 1QTKA 2YBHA 3DNAA 3HTFA 4GN3A 1D3NA 146LA 4LFPA 4H8YA 1ZYTA 1OYUA 1CV5A 1L46A 1CJ8A 1J1XY 1XSFA 4DQJA 5E4PA 3AZ5A 1LJKA 3GULA 1VFBC 1GE3A 1LMAA 3SB7A 1IOSA 1HF4A 1L72A 3HT7A 1C60A 2B72A 2HECA 1L44A 3GUMA 4GN5C 1HFYA 2BQFA 3LZTA 1A2YC 1REZA 1PQOA 4YOPA 5C6IA 4ZIXA 4RLNA 4BAPA 1HFXA 1TEWA 2GV0A 2BQBA 4LFXA 1D0LA 1IWZA 2XQOA 2HEFA 4Z46A 1L54A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1JEF A;  4J7V A;  2EIZ C;  3B0K A;  3P66 A;  4DDA A;  147L A;  1HEW A;  1GB5 A;  1UBZ A;  2B6T A;  2DQF C;  3CQL A;  4DC4 A;  3K3T A;  1L59 A;  1QUD A;  1QQY A;  4DDB A;  4CHX A;  4AXT A;  1GD6 A;  1GE2 A;  5HMV A;  1CU6 A;  4XEN A;  1OWZ A;  3HTB A;  2RB1 X;  1L18 A;  1DI3 A;  2RBQ A;  4H8X A;  1L38 A;  2OTZ X;  4NGZ A;  257L A;  4NSH A;  3A6B Y;  1D3M A;  4YXC A;  3A34 A;  3ATN A;  1PS5 A;  4OOO A;  3EO5 A;  1LI2 A;  1L05 A;  1G0K A;  1QS9 A;  1XEP A;  4ARP A;  2IFF Y;  4B4I A;  4ETD A;  174L A;  1LSN A;  114L A;  1QS5 A;  4EKP A;  5HLL A;  1LGU A;  1NBZ C;  6LYZ A;  1IWW A;  4LZM A;  1IP2 A;  2Z19 A;  1OUG A;  1QIO A;  4DD3 A;  1WQR A;  4W57 A;  2DQI Y;  4I7P A;  5KXR A;  4OWC A;  4PK0 A;  2DBT A;  2RSC A;  1OP9 B;  1KXY A;  1L23 A;  1P2L A;  4H1P A;  2FBB A;  4WG7 A;  4H9I A;  4KPM A;  1C6F A;  4QEQ A;  3SBB C;  1GBY A;  1L96 A;  172L A;  2YBL A;  125L A;  4XJH A;  3AZ7 A;  4QY9 A;  1JTM A;  4HV1 A;  1L22 A;  1SQ2 L;  4XJG A;  131L A;  1IP6 A;  2CJL A;  4MST A;  4R0F A;  1GB6 A;  4TTD A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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