2O7AA

T4 lysozyme c-terminal fragment
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
123
structure length
115
Chain Sequence
KDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKMDIFEMLRIDEG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Exploring subdomain cooperativity in T4 lysozyme I: Structural and energetic studies of a circular permutant and protein fragment.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 47
structure length 115
sequence length 123
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-12-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2o7aA00
173LA 2B72A 1C66A 247LA 1P36A 1L82A 1LI6A 147LA 103LA 3HH5A 1CU3A 1QUDA 1L14A 1LWKA 143LA 1P46A 2B6TA 3G3VA 1DYEA 128LA 159LA 4I7JA 188LA 4LDOA 1L33A 1P37A 3CDOA 1L86A 1CV0A 138LA 251LA 3C83A 1L46A 1L84A 4W51A 1C6IA 1LW9A 7LZMA 3L64A 3DN3A 1G0QA 1L34A 3HTFA 1L52A 1L21A 227LA 1CV5A 1L55A 1QTBA 1CV6A 235LA 1L68A 1L42A 169LA 2B6WA 141LA 1L72A 1SSYA 131LA 4E97A 1ZURA 1QTVA 1QUHA 1L99A 1L76A 1L80A 2IGCA 155LA 180LA 3DNAA 2OU8A 242LA 211LA 249LA 232LA 172LA 1L00A 1QT8A 234LA 2B6XA 261LA 1C6DA 114LA 1C60A 228LA 1L62A 2OTYX 4W55A 1T8FA 1D3FA 1D3NA 3SB5A 1L54A 1OV7A 3HWLA 3SN6R 4W53A 1QUGA 1C61A 1L91A 1L95A 4YXCA 4ZPUA 2B6YA 163LA 1PQOA 160LA 210LA 1P7SA 1L43A 1C6BA 4I7QA 1DYFA 3GUPA 1P5CA 213LA 4IAPA 1CU6A 181LA 3NYAA 201LA 231LA 3OE6A 3OE8A 1C64A 4I7LA 1D9WA 1C6QA 1JQUA 1L44A 1LGWA 1L50A 3HDFA 2OE7X 156LA 4I7PA 1QT4A 142LA 2RAZX 3G3XA 1DYGA 1QS5A 250LA 110LA 1L03A 4EPIA 2F47A 4EPFA 5LZMA 1L85A 4I7SA 1QTHA 1L12A 3CDVA 4W58A 1SX7A 1L01A 1L41A 3DN4A 2RBPA 1DYDA 2QARC 112LA 145LA 4K5YA 4DJHA 1KY1A 1T6HA 1L96A 1L71A 4EJ4A 1L02A 236LA 3HTDA 104LA 240LA 2OEAX 1LI3A 209LA 1C6MA 1L83A 1C6JA 2OU0X 214LA 1L08A 4LZMA 1CVKA 3GULA 1LYEA 2RBRA 1C6TA 1P2LA 115LA 1QSQA 1C6EA 3CDTA 6LZMA 1DYBA 4I7OA 253LA 1P64A 1L75A 2RB2X 1G0GA 196LA 3QAKA 1L29A 212LA 3GUOA 3PBLA 3C8SA 1KNIA 2RBQA 4ARMB 184LA 2RBOA 108LA 2LC9A 3DMVA 1LYFA 3HH6A 1L53A 4I7NA 2HUKA 1L13A 226LA 2OE9X 1JTMA 1G1WA 3SB8A 3UONA 1L64A 4GRVA 183LA 1LGUA 4ARQB 3HT8A 197LA 1L28A 1CU2A 1PQKA 126LA 1QT3A 4I7RA 1C6KA 182LA 3SB7A 2Q9EA 3FADA 2RB1X 1CV1A 218LA 2O79A 254LA 3NY9A 2F32A 3HT7A 1C67A 2OE4X 1L51A 3GUMA 1L73A 1C68A 2NTHA 199LA 3ODUA 1G0KA 1P6YA 3FA0A 233LA 1CV4A 225LA 3HUQA 1L31A 1LPYA 3HH4A 3HUAA 1L24A 1C6CA 123LA 1LYHA 119LA 256LA 1P2RA 1PQDA 198LA 1L38A 1LYDA 1NHBA 1SX2A 3CDQA 4YXAC 195LA 167LA 4EXMA 120LA 3DMZA 1C6LA 2HULA 4ARMA 3C7WA 4ARPA 1LWGA 161LA 1OYUA 3F9LA 176LA 3HT6A 1C6AA 4DKLA 171LA 1QTZA 2L78A 4W57A 2O4WA 3HTBA 4W54A 4EKQA 3F8VA 4ARQA 1L37A 246LA 2B7XA 3DN1A 1L30A 1XJUA 4PK0A 125LA 174LA 165LA 1OVJA 1SSWA 3EMLA 1T8GA 4W52A 127LA 1L67A 178LA 1KW5A 1QTCA 1DYCA 1L58A 1L77A 4LDLA 1L87A 3RZEA 1C63A 1JTNA 1L61A 1D2WA 216LA 1C6PA 1L47A 1L0KA 2B74A 2RBNA 3JR6A 191LA 2LZMA 3SBBC 1G0JA 221LA 1L19A 1SWYA 4EKPA 3CDRA 1PQJA 1WTHA 1L17A 2OTZX 1C6GA 1LYIA 1QT5A 3V2WA 4I7MA 3C81A 1L98A 3C7ZA 239LA 3DN0A 158LA 220LA 149LA 3C8RA 152LA 1P56A 205LA 3SB6A 1LYJA 245LA 4W56A 257LA 1ZWNA 224LA 1L09A 1QT7A 1CV3A 238LA 1XJTA 168LA 4EKRA 1KS3A 3GUJA 1QUOA 215LA 1L81A 4OO9A 1QTDA 244LA 3C7YA 1L56A 1L66A 3DN8A 255LA 1L16A 4ARJA 2A4TA 139LA 1L63A 186LA 122LA 1L45A 118LA 1TLAA 2NTGA 2B75A 170LA 3C82A 259LA 1T8AA 1L23A 241LA 1D2YA 222LA 206LA 1G06A 252LA 1L10A 1L18A 1G0MA 4ARLA 2B6ZA 4I7KA 1CU5A 1QT6A 1PQIA 1ZYTA 3C8QA 2Q9DA 4EKSA 1C6NA 3FI5A 3RUNA 1LGXA 2RBSA 3GUNA 3HU9A 237LA 1G07A 3HUKA 3HT9A 2HUMA 3HTGA 1L20A 1L97A 2B70A 1EPYA 1G1VA 1CX6A 223LA 1LLHA 1C6FA 1CU0A 1K28A 1L60A 3HH3A 1L05A 1L39A 113LA 1C62A 1L74A 1L25A 1L92A 1L48A 248LA 1LI2A 1DYAA 1L26A 229LA 4LDEA 1L11A 1G0LA 1L69A 219LA 1KY0A 148LE 3K2RA 3OE0A 3PDSA 1L35A 1D3MA 1G0PA 1L70A 1OVKA 4DAJA 4AQNA 162LA 3GUIA 2RB0X 4S0WA 3DKEX 3SBAA 1PQMA 4YX7C 3HU8A 3V2YA 217LA 192LA 109LA 2LCBA 1L06A 1L88A 1L22A 1T97A 230LA 3OE9A 1L32A 3L2XA 1LYGA 175LA 4W59A 3GUKA 189LA 1L40A 1L36A 2F2QA 1OWYA 1L79A 185LA 1L49A 166LA 151LA 3DMXA 187LA 4I7TA 1KW7A 107LA 190LA 4GBRB 2RAYX 1B6IA 1CUQA 3DN2A 1L93A 2RH1A 3SB9A 3NY8A 3VW7A 3C80A 1D3JA 1CTWA 146LA 2ANVA 1I6SA 1C65A 164LA 140LA 1C69A 1L27A 1OWZA 4PJZA 137LA 3G3WA 1L0JA 1L90A 1L07A 2ANXA 258LA 1L57A 1CUPA 3LZMA 1XEPA 150LA 1L59A 144LA 1L15A 3HDEA 1L89A 2CUUA 1CX7A 130LA 2Z6BA 260LA 1QSBA 3D4SA 200LA 1SWZA 102LA 2B73A 1L94A 1OVHA 1C6HA 111LA 177LA 157LA 3DN6A 1P3NA 1OV5A 2O7AA 129LA 5I14A 1QS9A 243LA 2OU9A 262LA 1L65A 1L04A 2QB0B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ETBA 2B72A 1C66A 1P36A 1LI6A 1G7HC 1IWYA 1FLYA 2W1LA 4XJFA 1LWKA 1V7SA 1UIGA 3T6UA 188LA 5KXRA 251LA 1IC4Y 1D0KA 2BQAA 1GF4A 4OOOA 1L52A 4PRUA 4LT2A 1L55A 235LA 2ZQ3A 2DQDY 141LA 1GB8A 2ZWBA 1QTVA 1OUBA 2IGCA 180LA 3DNAA 249LA 261LA 1C6DA 3D3DA 1OUGA 2A7DA 2RSCA 1AZFA 3WUAA 2OTYX 1HSWA 1D3NA 2BQIA 1L54A 1NDMC 1OV7A 3SN6R 1PZYA 1LZ1A 4ZPUA 3ATOA 163LA 5C6IA 4HJZA 160LA 1BVXA 1IX0A 1P7SA 4HJYA 4DQJA 1C6BA 4DD9A 4NGJA 181LA 4LT1A 1LZEA 1B5UA 3IJUA 1IOTA 1C6QA 4NSHA 4NWHA 1JQUA 1L44A 1LGWA 3HDFA 3TMXA 4WG1A 4LZTA 1VDPA 1ZVYB 1DYGA 1JISA 1QS5A 4N1CC 5LXWA 4DDCA 110LA 1LZ9A 2F47A 4FDYA 1B2KA 1NHEA 1XEIA 1HF4A 2LYMA 1JPOA 1L12A 2RBPA 4K5YA 1L96A 4GCBA 3HTDA 1RE2A 5L3IA 1MELL 2OU0X 2Z38A 1PS5A 3EXDA 3WULA 1GAZA 1EQ5A 5LVGA 4NY5A 5FCPA 4M4OA 1P2LA 4NG8A 3P65A 3CDTA 4DWXA 1LJFA 2RB2X 3PBLA 1BWHA 4GLAA 3C8SA 1KNIA 2RBQA 4ARMB 4WLTA 108LA 2LC9A 3DMVA 4J1AA 1L53A 4H9HA 2HUKA 3P4ZA 3MGWA 1L13A 3HBDA 1ZVHL 2FYCA 4XENA 4B49A 4AXTA 1GBOA 5IHGA 4LYMA 1XGQC 3HT8A 3CQLA 1GHLA 4LT3A 4DC4A 1REMA 1C6KA 1GXXA 3FADA 1CV1A 3A94A 5II3A 2ZYCA 133LA 1LHKA 2D6BA 1L51A 3GUMA 1L73A 2NTHA 3SP3A 1HEPA 5KXOA 3GXKA 5APDA 5J7CA 1C6CA 3ZVQB 119LA 256LA 2BQNA 1PQDA 3TXBA 1IWZA 195LA 120LA 2W1YA 3C7WA 4I0CA 5F16A 6LYZA 1IP3A 1LWGA 4I8SA 4XADA 3EBAB 4DKLA 171LA 3ULRA 2O4WA 4EKQA 1GF7A 4D9ZA 1IO5A 1LYZA 2AUBA 1RJCB 3LYZA 2DQGY 246LA 4HJVA 2B7XA 1XJUA 4PK0A 125LA 174LA 3EMLA 1OVJA 4W52A 1L67A 178LA 1KW5A 1QTCA 1LSCA 4WG7A 4IJ4A 4KXIA 4LGKA 4DD3A 1L17A 2HEEA 3B72A 4H8YA 1JKCA 1LYYA 4NGIA 4BS7A 4BADA 3V2WA 3C81A 1L98A 4WMGA 2DQHY 5LINA 1P56A 1RFPA 205LA 1LYJA 2BQFA 1OUJA 3T36A 3CT0A 3LHMA 5I4WA 4KT3A 1SQ2L 1KS3A 1N4FA 1B7LA 1BVKC 3DN8A 4HSFA 3A6CY 1LJ3A 4ARJA 4DQ7A 1LJIA 4H8ZA 1LJKA 1TEWA 186LA 122LA 1L45A 1IC5Y 1LZCA 2X0AA 1IOQA 1GB0A 1VDSA 4UWUA 1LZTA 259LA 1L23A 206LA 4ZFPA 1G06A 1C43A 1XSFA 1L18A 1G0MA 1OUHA 2GV0A 4G4BA 1PQIA 4NSGA 3C8QA 4QY9A 2Q9DA 3ATNA 3FI5A 5B05A 4RLNA 1YKXX 1GFVA 3CT1A 4H93A 3HT9A 1INUA 2PC2A 1L97A 1VATA 4M6DA 223LA 3LZ2A 1C6FA 1IR8A 3G3BB 4IATA 1DI4A 1L48A 3B0OA 1L26A 1REXA 2XTHA 1G0LA 219LA 4NHPA 2Z18A 1YKYX 2EKSC 2Z39A 4X3BA 162LA 5F81A 4L41A 3GUIA 5KY1A 4N9RA 3HU8A 2LCBA 1QTEA 4MSTA 4DD7A 4G49A 1IWXA 1L22A 1T97A 3OE9A 1L32A 1LYGA 1JJ3A 175LA 4W59A 1LSZA 3A6BY 5B07A 189LA 1L36A 1OWYA 185LA 1LSAA 5T3FA 4CJ2A 3M3UA 1QSWA 1ALCA 187LA 2FBBA 2YBIA 5HMVA 1B7SA 1B6IA 1CUQA 4NHSA 1L93A 5I4YA 3VW7A 3C80A 4MCKA 2BQMA 1CTWA 1G7JC 4HTNA 1UIFA 140LA 1L0JA 1L90A 1L07A 5KXLA 5I54A 3LZMA 1G7LC 144LA 1L15A 1CX7A 2Y8PA 2Z6BA 2MEEA 260LA 1AT6A 5D5CA 2ZIKA 4EMNA 102LA 1OVHA 2O7AA 4ANRA 2YBMA 129LA 1HERA 2OU9A 5L9JA 2W1XA 1IWTA 1DQJC 173LA 3WUMA 2EPEA 1L82A 5LAFA 2D4JA 1JSFA 5B06A 1IWVA 1CU3A 1QUDA 3TXEA 1HEMA 2HEAA 1LSEA 1BQLY 1GB2A 3CDOA 1HEQA 1JKDA 1OUAA 1QUTA 3AYQA 1CV0A 3A3QA 1L46A 1DPXA 1CKDA 2D4IA 2HUBA 4PPOA 1VDQA 2DQFC 1LSFA 5LAGA 1LW9A 5AMYA 7LZMA 3L64A 3DN3A 1HHLA 1UUZC 4OWHA 1GB5A 1CV6A 169LA 1ZURA 1GFUA 4XJGA 1L99A 1L80A 155LA 1G7MC 2OU8A 5KXNA 211LA 2ZNWY 4PJ2C 1D0LA 4Z3MA 1QT8A 4ZEEA 1BWJA 1KIRC 3FI7A 4W55A 3SB5A 154LA 4W53A 1L95A 1LZBA 2B6YA 1JTPL 2C8PA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4ETB A;  2B72 A;  1C66 A;  1P36 A;  1LI6 A;  1G7H C;  1IWY A;  1FLY A;  2W1L A;  4XJF A;  1LWK A;  1V7S A;  1UIG A;  3T6U A;  188L A;  5KXR A;  251L A;  1IC4 Y;  1D0K A;  2BQA A;  1GF4 A;  4OOO A;  1L52 A;  4PRU A;  4LT2 A;  1L55 A;  235L A;  2ZQ3 A;  2DQD Y;  141L A;  1GB8 A;  2ZWB A;  1QTV A;  1OUB A;  2IGC A;  180L A;  3DNA A;  249L A;  261L A;  1C6D A;  3D3D A;  1OUG A;  2A7D A;  2RSC A;  1AZF A;  3WUA A;  2OTY X;  1HSW A;  1D3N A;  2BQI A;  1L54 A;  1NDM C;  1OV7 A;  3SN6 R;  1PZY A;  1LZ1 A;  4ZPU A;  3ATO A;  163L A;  5C6I A;  4HJZ A;  160L A;  1BVX A;  1IX0 A;  1P7S A;  4HJY A;  4DQJ A;  1C6B A;  4DD9 A;  4NGJ A;  181L A;  4LT1 A;  1LZE A;  1B5U A;  3IJU A;  1IOT A;  1C6Q A;  4NSH A;  4NWH A;  1JQU A;  1L44 A;  1LGW A;  3HDF A;  3TMX A;  4WG1 A;  4LZT A;  1VDP A;  1ZVY B;  1DYG A;  1JIS A;  1QS5 A;  4N1C C;  5LXW A;  4DDC A;  110L A;  1LZ9 A;  2F47 A;  4FDY A;  1B2K A;  1NHE A;  1XEI A;  1HF4 A;  2LYM A;  1JPO A;  1L12 A;  2RBP A;  4K5Y A;  1L96 A;  4GCB A;  3HTD A;  1RE2 A;  5L3I A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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