2O7AA

T4 lysozyme c-terminal fragment
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
123
structure length
115
Chain Sequence
KDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKMDIFEMLRIDEG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Exploring subdomain cooperativity in T4 lysozyme I: Structural and energetic studies of a circular permutant and protein fragment.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 47
structure length 115
sequence length 123
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-12-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2o7aA00
125LA 1L23A 3C7YA 1L85A 219LA 227LA 2RB2X 4I7MA 1D3NA 113LA 1PQMA 1L39A 1TLAA 1P36A 3CDOA 1JQUA 1L38A 162LA 1L53A 246LA 1DYFA 1XEPA 1L69A 1C6JA 1L01A 111LA 1QT7A 166LA 1LLHA 1CUPA 3D4SA 3V2YA 1C66A 1D3JA 3UONA 1L72A 1C6LA 2B6ZA 1L16A 1PQDA 3DKEX 2RBNA 3DN3A 3DMZA 3RZEA 1L22A 131LA 1QS9A 4ARMA 230LA 156LA 237LA 1QSBA 2HUMA 3VW7A 118LA 1L84A 4W52A 3RUNA 1B6IA 2RBRA 4AQNA 112LA 221LA 185LA 150LA 1CU0A 1LI6A 195LA 1C67A 4I7LA 1L14A 2B73A 1L45A 1OV5A 3DN0A 186LA 1L57A 3CDRA 234LA 1LI3A 4I7PA 107LA 158LA 1C6AA 1EPYA 2RBOA 1L76A 3HTFA 1LW9A 1PQKA 103LA 1P2LA 120LA 3DMXA 1QTBA 2QB0B 3HH6A 238LA 3HT6A 4ARLA 3HUQA 102LA 1DYAA 3CDVA 1L64A 183LA 1QTZA 2OE4X 1L65A 3C7WA 3HH3A 1L46A 1SSYA 2B6YA 4LDOA 1L34A 2F32A 1L82A 1LYHA 1L09A 1G06A 1G1VA 2RBPA 3GUNA 1L04A 173LA 220LA 109LA 4EPFA 1P7SA 1L12A 108LA 1CX7A 1C6MA 1D9WA 3C81A 1CTWA 3K2RA 2L78A 1L25A 1CU6A 1OVKA 1L73A 2OU9A 1L42A 3OE6A 1OVHA 259LA 143LA 1L44A 1L54A 1KY1A 140LA 1QUOA 3NY8A 1G0KA 1L50A 1C6KA 3EMLA 3GUKA 3HDFA 1QT5A 2O7AA 129LA 3HH4A 249LA 180LA 1C64A 1DYGA 1L62A 1P3NA 1L59A 4I7TA 4ARJA 4W56A 1L55A 4ARMB 3SB9A 1SX7A 3G3WA 1L36A 127LA 1D2WA 1DYCA 1QTVA 1T8GA 1CU5A 247LA 1C6BA 4W51A 1ZURA 1L07A 3SB8A 1SSWA 1L29A 2A4TA 151LA 191LA 223LA 3SB6A 174LA 114LA 1L74A 3F8VA 3FA0A 4YXAC 1G0JA 1L56A 228LA 7LZMA 1P56A 1L37A 192LA 229LA 4GBRB 2OEAX 253LA 218LA 4LDLA 4I7QA 201LA 1L88A 1L19A 4EXMA 2OE9X 2LCBA 3NYAA 1D3MA 1L43A 3DN1A 1T8FA 1L15A 1L97A 1PQIA 205LA 165LA 1DYDA 1L91A 1C6DA 187LA 128LA 4ARPA 2OTZX 4EKSA 1L41A 1OWYA 168LA 3HT8A 1KS3A 2CUUA 1L93A 3NY9A 211LA 2OU8A 3HUKA 4I7KA 1QTCA 148LE 1C6PA 3SB7A 3G3VA 2B6TA 250LA 2LZMA 3F9LA 1L80A 251LA 3HWLA 3OE8A 4DJHA 1L0KA 1LWGA 2HULA 3SBBC 2O4WA 3DN6A 1L32A 155LA 2B70A 1XJTA 210LA 5LZMA 2Q9DA 1SWYA 1T8AA 2B7XA 1P2RA 164LA 1C6FA 199LA 1QTHA 1OVJA 3G3XA 4ZPUA 4DKLA 1L66A 1P46A 1L0JA 1L71A 1L52A 1C63A 256LA 3V2WA 1L28A 1PQOA 3HUAA 1L06A 1OYUA 3GUPA 1L20A 248LA 1QTDA 4GRVA 115LA 1C6TA 130LA 167LA 1CV4A 1XJUA 214LA 1G0LA 1L83A 4W57A 4LZMA 252LA 1LYEA 1L68A 139LA 3GULA 159LA 232LA 138LA 146LA 177LA 225LA 104LA 1L81A 1G0MA 3C8SA 1SWZA 2OE7X 122LA 215LA 1L51A 1CU2A 1L47A 1L79A 1NHBA 1CV5A 171LA 262LA 3CDQA 2Q9EA 4E97A 3C7ZA 142LA 244LA 1L89A 1L96A 1SX2A 3HU8A 1LYIA 3GUMA 4EJ4A 209LA 3DNAA 1LYGA 1L95A 1DYEA 3C80A 141LA 4DAJA 1L26A 6LZMA 3GUJA 2IGCA 4PK0A 2RAZX 1L33A 1DYBA 3FI5A 169LA 1C6HA 1QT4A 1C62A 2NTHA 1C6GA 2QARC 1L99A 3HTGA 1OWZA 2OTYX 1LWKA 3HH5A 4PJZA 1CV3A 1PQJA 3HTBA 1L87A 1D3FA 3HU9A 1L27A 2B72A 2RAYX 196LA 1C6QA 4LDEA 224LA 160LA 1C6CA 1CVKA 1L86A 239LA 4W58A 1C68A 1CV6A 1QT8A 261LA 2ANVA 1C61A 1L40A 2B75A 1L60A 126LA 1L48A 1LI2A 3SB5A 4W53A 4I7NA 222LA 2F47A 3L2XA 1K28A 4K5YA 3C8QA 1C69A 213LA 1QUGA 2ANXA 3OE0A 206LA 4I7OA 1C60A 189LA 240LA 147LA 137LA 170LA 2RB0X 3C82A 1ZWNA 1T6HA 216LA 152LA 233LA 2LC9A 1I6SA 1QS5A 1L61A 4YX7C 3SBAA 4YXCA 212LA 1C6EA 1L21A 1LYJA 3PBLA 149LA 1L98A 182LA 178LA 1CU3A 1P6YA 3C83A 3SN6R 257LA 1CUQA 3JR6A 1L35A 4W55A 161LA 1L13A 188LA 245LA 123LA 1L18A 3FADA 200LA 3ODUA 1QUHA 3HTDA 2B6XA 2F2QA 1L77A 4EPIA 3L64A 198LA 163LA 1C6NA 2HUKA 1C65A 231LA 3DMVA 1T97A 190LA 4I7SA 1JTMA 4I7RA 1L11A 4I7JA 255LA 3GUOA 1P64A 3QAKA 1L94A 2NTGA 1L08A 1LGWA 1CV0A 1CV1A 3HDEA 3HT9A 1QT6A 1L67A 145LA 1QT3A 1L58A 4IAPA 157LA 1G0QA 1L05A 236LA 242LA 1G0PA 2OU0X 1QUDA 226LA 4ARQB 3LZMA 235LA 1L92A 260LA 2O79A 217LA 3CDTA 1D2YA 4W54A 1P37A 197LA 1L75A 1G0GA 1KNIA 5I14A 1WTHA 2RBSA 3DN4A 172LA 3GUIA 3C8RA 1KW5A 1LGUA 2RB1X 144LA 1P5CA 4OO9A 4EKQA 1KY0A 1L30A 119LA 241LA 1G07A 258LA 3HT7A 1L63A 1L70A 1L00A 1L24A 1ZYTA 3PDSA 1L03A 1G1WA 1L02A 2RBQA 176LA 4S0WA 1JTNA 4EKPA 1OV7A 2B74A 1L31A 1C6IA 1L17A 4EKRA 254LA 243LA 1L90A 175LA 1LGXA 1LYFA 3DN2A 1L49A 1KW7A 4ARQA 2Z6BA 1LPYA 1L10A 1CX6A 110LA 1LYDA 181LA 184LA 2B6WA 3DN8A 2RH1A 3OE9A 4W59A 1QSQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I7MA 2RB2X 2AUBA 1D3NA 1PQMA 1GB0A 2HEBA 1JQUA 4HPIA 4BAFA 4NEBA 1DYFA 3AYQA 5DN5A 1CUPA 4YOPA 1PQDA 2RBNA 4CHXA 2DBTA 4ARMA 1RE2A 237LA 1QSBA 2LYZA 1FKQA 2RBRA 221LA 185LA 195LA 1C67A 2HEAA 3CSRA 1B7OA 1OV5A 7LYZA 4H8ZA 1WQMA 2FYDA 3ULRA 107LA 1IY4A 2W1YA 1L76A 1LSNA 135LA 1P2LA 4XJBA 1VAUA 1GFJA 2QB0B 4HP0A 1TEWA 5A3ZA 2F4GA 5ILFA 5APEA 4GN4A 4DYGA 4EOFA 1XGUC 5APFA 1HERA 2FBDA 5HMVA 1SSYA 1W6ZA 4LDOA 1L34A 3LYMA 1L82A 4IASA 1G06A 4RLMA 220LA 5LINA 3CB7A 4B49A 3WVYA 3WVXA 108LA 5AMYA 1D6QA 3K2RA 1IP6A 1CU6A 1OVKA 1L73A 259LA 1KY1A 4J1BA 1GB3A 4W96A 1G0KA 1L50A 5LVKA 3HDFA 1QT5A 1LSGA 3BKHA 1L62A 5HNCA 4ARJA 4W56A 1SX7A 5I4XA 1ALCA 1LHKA 1NF5A 2ZYCA 1LMPA 4G4HA 1CU5A 4W51A 4PJ2C 2Z38A 3OJPA 1BB6A 3A3QA 5KY1A 4RDSA 2A4TA 1W08A 3HBEX 151LA 174LA 1VDTA 4YXAC 4Z46A 3WUMA 1AM7A 4KPMA 1JKCA 228LA 7LZMA 1L37A 5L9JA 1JJ3A 1LSDA 5KXMA 1I1ZA 1HNLA 1C46A 3CSZA 5IELA 1GF3A 1B5VA 1UACY 4BAPA 1IORA 128LA 5FCPA 2OTZX 4DD2A 5I53A 1LYYA 2XTHA 3HT8A 1KS3A 2CUUA 1L93A 2XBSA 4OWAA 1FLYA 1VDPA 1NHEA 1LMAA 2B6TA 5B1FA 1L80A 1XGTC 4OWHA 3SBBC 1GXXA 1V7SA 2Q9DA 1F0WA 4I8SA 1LYZA 3CT0A 1B5WA 1BVKC 3FE0A 1QTHA 2YSSC 3G3XA 4DKLA 4YM8A 1L66A 4MCKA 1F10A 1L71A 256LA 2BQEA 2G4NA 3WW6A 1WQPA 1PQOA 3HUAA 2DQHY 1L06A 1BQLY 4QDNA 3GUPA 1CJ8A 1GAZA 1L20A 3WH1A 4B4JA 1LZAA 1C6TA 214LA 2H5ZA 3BKVA 1UIAA 1G0LA 4KL7A 3WPKA 1L83A 1PS5A 2G4PA 1L68A 139LA 4YENA 1WTNA 146LA 4G4BA 1GPQC 3LZTA 4WM4A 215LA 1JTPL 4ETEA 4TX7A 2DQEY 1SX2A 209LA 4MSTA 1D0MA 2EKSC 141LA 1LZCA 1CNSA 2BQFA 1YANA 4PK0A 1I56A 1DYBA 1C6HA 2NTHA 1C62A 4ETDA 2QARC 1L99A 3HTGA 1LJNA 3HH5A 1GDXA 1XEKA 1D3FA 1B0DA 3LZ2A 1BGIA 3LN2A 4BS7A 1C6CA 1BB4A 2ANVA 1C61A 2B75A 4YEMA 1K28A 1UIBA 1GF7A 1CJ9A 193LA 1UC0A 1QUGA 3OE0A 1LCNA 1UICA 1YL0X 3C82A 4NGLA 216LA 152LA 233LA 1YROA 1QS5A 4WLDA 1OUBA 3G3AB 4YX7C 3A90A 3SBAA 212LA 1L21A 182LA 4LYCA 4OOOA 4XYYA 1QSWA 1L35A 1FBIX 161LA 188LA 154LA 245LA 123LA 5EBHA 200LA 3A91A 4XJDA 5LVGA 2BQBA 1IC5Y 1L77A 198LA 1C65A 3DMVA 2BPUA 4UWVA 1YQVY 4WMGA 4LT0A 3W6FA 1QTKA 3TXDA 4DD3A 1JUGA 1JTMA 2ZQ4A 3A96A 1QUTA 4I7JA 5K7OA 3AW6A 2D4KA 4II8A 1L08A 1CV0A 2LZ2A 2D6BA 3HDEA 1QT6A 1L67A 5DN4A 1L58A 1KXWA 4B4IA 2C8PA 5KXZA 242LA 1G7MC 2B5ZA 4WL6A 1O23A 4TSCA 1UIEA 3LZMA 5B07A 3CDTA 2W1LA 1HHLA 2MEDA 4NGVA 1B7NA 1KNIA 2RBSA 3DN4A 1YL1X 2BQCA 1B9OA 144LA 1P5CA 1RCMA 4OO9A 4NWHA 4WG7A 4EKQA 3LYOA 4G4CA 3J4GA 241LA 4DDAA 4DWXA 2CJLA 5HLLA 4ZEEA 1CKCA 1GE0A 3CSQA 4DD9A 1L70A 2RSCA 1L00A 3HBDA 1L03A 1G1WA 1NDMC 1NBYC 4B1AA 4HJZA 4NGWA 3TXIA 2HEDA 4EKRA 1HELA 5KXWA 1LGXA 1LYFA 2G4QA 1CJ7A 4B4EA 4ARQA 2Z6BA 3RU5A 1CX6A 1LYDA 3AZ6A 1LMTA 1REYA 1LOZA 125LA 1L23A 1L85A 219LA 227LA 1LHHA 1CKDA 1L39A 2Z18A 5B59A 1UIHA 1LYOA 4NSHA 133LA 246LA 4LYMA 4LT1A 4O34A 1OUIA 1LYSA 2Z37A 1EL1A 1L72A 2GV0A 1LHLA 3DKEX 4WOAA 2F4AA 5LVJA 5KXRA 2D4JA 3DMZA 5KXSA 3RZEA 1QS9A 1GB9A 3VW7A 1B6IA 3WU7A 2LHMA 2LYOA 4XJGA 150LA 1CU0A 1LI6A 1B5UA 1XGQC 1OUFA 1L45A 1KXYA 5B05A 4A7DA 5FDJA 3DN0A 1L57A 4LZTA 3CDRA 234LA 4I7PA 1OUGA 1HEWA 2WARA 4GCEA 4C5FA 2RBOA 3HTFA 4X3BA 120LA 4H9CA 4XJIA 3TXGA 4ETBA 3A3RX 3HUQA 1DYAA 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4OOTA 2FBBA 1QT4A 1C6GA 5J7CA 1LZYA 1QSAA 1YKZX 1LWKA 1LMQA 4PJZA 1CV3A 2A7FA 3WPLA 3HU9A 2RAYX 196LA 224LA 160LA 5KXYA 1CV6A 4WL7A 1SQ2L 1L40A 4TWSA 4GCFA 1VFBC 1XEJA 3L2XA 1F6RA 1C43A 213LA 1GFGA 4NGZA 4GCBA 240LA 147LA 3LHMA 5LA8A 2DQAA 1I6SA 3A8ZA 3CT1A 1LJJA 1GBXA 5E9RA 1JSFA 1LSMA 149LA 1GF6A 3T36A 1GBWA 178LA 1EQ4A 4B0DA 1BB5A 3SN6R 2I25L 3JR6A 2HUBA 4HJYA 5LVHA 2CGIA 3FADA 4H8XA 1QUHA 1A4VA 3HBHA 1UUZC 2F2QA 1NMMA 1WVUA 2HUKA 1JHLA 1QUSA 4I7SA 1GF4A 3KAMA 1A2YC 2YBJA 4I7RA 4DC4A 3IWRA 2YBMA 1P64A 1G7JC 3QAKA 1L94A 1LZ1A 1CV1A 4XADA 145LA 1QT3A 2C8OA 4H9FA 4TUNA 1HMLA 4R6CA 236LA 5I54A 2OU0X 226LA 4ARQB 1NDGC 235LA 2MEGA 1L92A 1LJHA 1D2YA 4W54A 1GB8A 4NSGA 4NY5A 197LA 1G0GA 2N5ZA 1WTHA 1KW5A 1IP4A 1LGUA 1ZV5L 2RB1X 3B0IA 3A93A 4OWCA 4WG1A 2DQJY 1OUEA 1LSBA 4XJHA 5LAGA 1LZ6A 3ZVQB 1CJ6A 4M4OA 2Z12A 1D9UA 4W94A 176LA 1JTNA 4EKPA 3ATNA 4NGIA 5II3A 4NG1A 1L31A 254LA 1GWDA 1L90A 4GCCA 3VWOA 3DN2A 1GF8A 2MEIA 3W6CA 5FELA 207LA 1LPYA 5FHWA 110LA 181LA 3DN8A 4WLYA 1FN5A 3OE9A 4W59A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4I7M A;  2RB2 X;  2AUB A;  1D3N A;  1PQM A;  1GB0 A;  2HEB A;  1JQU A;  4HPI A;  4BAF A;  4NEB A;  1DYF A;  3AYQ A;  5DN5 A;  1CUP A;  4YOP A;  1PQD A;  2RBN A;  4CHX A;  2DBT A;  4ARM A;  1RE2 A;  237L A;  1QSB A;  2LYZ A;  1FKQ A;  2RBR A;  221L A;  185L A;  195L A;  1C67 A;  2HEA A;  3CSR A;  1B7O A;  1OV5 A;  7LYZ A;  4H8Z A;  1WQM A;  2FYD A;  3ULR A;  107L A;  1IY4 A;  2W1Y A;  1L76 A;  1LSN A;  135L A;  1P2L A;  4XJB A;  1VAU A;  1GFJ A;  2QB0 B;  4HP0 A;  1TEW A;  5A3Z A;  2F4G A;  5ILF A;  5APE A;  4GN4 A;  4DYG A;  4EOF A;  1XGU C;  5APF A;  1HER A;  2FBD A;  5HMV A;  1SSY A;  1W6Z A;  4LDO A;  1L34 A;  3LYM A;  1L82 A;  4IAS A;  1G06 A;  4RLM A;  220L A;  5LIN A;  3CB7 A;  4B49 A;  3WVY A;  3WVX A;  108L A;  5AMY A;  1D6Q A;  3K2R A;  1IP6 A;  1CU6 A;  1OVK A;  1L73 A;  259L A;  1KY1 A;  4J1B A;  1GB3 A;  4W96 A;  1G0K A;  1L50 A;  5LVK A;  3HDF A;  1QT5 A;  1LSG A;  3BKH A;  1L62 A;  5HNC A;  4ARJ A;  4W56 A;  1SX7 A;  5I4X A;  1ALC A;  1LHK A;  1NF5 A;  2ZYC A;  1LMP A;  4G4H A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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