2OE9X

High-pressure structure of pseudo-wt t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Rigidity of a Large Cavity-containing Protein Revealed by High-pressure Crystallography.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2oe9X00
3SBBC 1L01A 108LA 249LA 2F2QA 4I7JA 1PQIA 4DJHA 4ARQA 1CU5A 1L40A 1PQOA 1L35A 1L48A 3GULA 201LA 225LA 198LA 1LYFA 3C7YA 3DN4A 159LA 1L15A 1L89A 218LA 1L04A 3HH6A 3F9LA 3DNAA 3RUNA 1L45A 2O4WA 2OU8A 151LA 4PJZA 1PQJA 1CX6A 1L41A 1L46A 1T97A 156LA 4I7KA 3OE0A 1C6AA 1PQKA 4YXAC 174LA 3PDSA 114LA 157LA 1LYGA 3L64A 1L80A 1G0QA 1L68A 3CDVA 1G0PA 4GRVA 4AQNA 4YX7C 1QT3A 1LW9A 1NHBA 4W54A 1SSYA 1L22A 3DN8A 1L28A 1QS5A 237LA 1G1VA 3D4SA 4W57A 1P64A 2RB2X 1L10A 1L62A 1C6MA 1L16A 1KW7A 3HH4A 1C6QA 3DN6A 1TLAA 3OE9A 3HH5A 1LLHA 258LA 128LA 1L53A 1WTHA 1L63A 206LA 240LA 1C61A 1D9WA 3HT8A 3DMXA 236LA 4I7SA 186LA 1DYCA 1C6GA 1I6SA 1L70A 1SSWA 1L0JA 3HUAA 1L09A 1C6TA 1KS3A 178LA 1LGWA 2RBPA 4W51A 1QSQA 7LZMA 1QTVA 4EPFA 1C6CA 1OVHA 1C6KA 142LA 4EKQA 1LGXA 4EKPA 2OE9X 1LYDA 165LA 1QS9A 1QUHA 3CDQA 3NYAA 4ZPUA 118LA 126LA 130LA 1L86A 141LA 233LA 1OVJA 1QTZA 1L69A 1C66A 2B6WA 1C63A 1QT7A 253LA 1C65A 3SB8A 1C64A 4I7QA 2B7XA 1P46A 1L18A 184LA 1K28A 4W52A 1QUOA 1L03A 4W58A 1CVKA 3SB6A 1L25A 1L91A 1CU0A 1L50A 1ZYTA 224LA 1QUDA 1D2WA 2LCBA 3DN2A 4LDOA 1CUQA 138LA 4PK0A 1L23A 104LA 242LA 1P6YA 4YXCA 239LA 3G3WA 1C62A 235LA 3C8RA 1OVKA 1DYEA 1L81A 163LA 3PBLA 127LA 3OE8A 1L87A 1LI2A 2ANVA 1L66A 1L39A 1P2RA 1L29A 1CV0A 231LA 2B6YA 1L92A 1L52A 1D3MA 1L76A 1KY0A 1DYDA 3GUIA 2B6TA 1JTNA 2B75A 4W53A 1P56A 5I14A 4I7RA 191LA 3K2RA 238LA 4LZMA 2L78A 1DYAA 2Q9EA 3CDRA 1LYHA 1QT4A 200LA 1P5CA 1QTCA 2B70A 4S0WA 1G06A 1PQMA 1L34A 4GBRB 3C83A 111LA 220LA 4I7TA 2HUKA 1L47A 185LA 2OTYX 2OU0X 259LA 1LYJA 2O79A 4EKSA 1G0JA 1L17A 1T8AA 241LA 3HTDA 4LDLA 115LA 1QT5A 1L44A 2RAYX 123LA 164LA 2RBRA 4ARJA 2HUMA 1KY1A 1L67A 1XJUA 129LA 3DMVA 5LZMA 221LA 2B73A 230LA 1SWZA 1QUGA 107LA 170LA 4W59A 1LI6A 1T8FA 3SB5A 1L13A 112LA 2CUUA 215LA 109LA 1G07A 146LA 1DYBA 1L94A 4I7MA 1L54A 3HT7A 2RB1X 113LA 3NY9A 1CU3A 1XEPA 3DMZA 195LA 1L88A 256LA 210LA 1L71A 1SX2A 122LA 1L14A 3GUMA 3UONA 1L24A 1LPYA 3OE6A 3GUKA 3V2WA 232LA 1C6NA 1OV5A 1L55A 1C67A 3G3VA 4ARMB 4DAJA 2O7AA 1SWYA 150LA 1L96A 4W55A 1P36A 188LA 180LA 166LA 158LA 173LA 137LA 4K5YA 1DYFA 1L02A 3F8VA 1L73A 213LA 2IGCA 1LYIA 3RZEA 169LA 214LA 1CU6A 244LA 3EMLA 176LA 3GUOA 6LZMA 4ARQB 149LA 4OO9A 175LA 148LE 1L82A 102LA 1OV7A 3L2XA 4IAPA 171LA 2QARC 1L32A 3C7WA 145LA 1L97A 3LZMA 3HTGA 251LA 1CV6A 1KNIA 196LA 1EPYA 3DN3A 160LA 1L95A 1L57A 2B6ZA 1L65A 1L98A 189LA 1LWGA 183LA 1CV5A 3HUKA 110LA 3DKEX 1B6IA 1L61A 1L00A 2LZMA 223LA 2A4TA 1C6JA 2F47A 177LA 1C6HA 1G0KA 1L37A 3CDOA 2RB0X 1L26A 4EXMA 3FI5A 1L64A 3FA0A 1G0GA 4LDEA 1L42A 1L19A 1L93A 3HU8A 199LA 1L43A 3VW7A 247LA 1L56A 1QTDA 1L60A 192LA 3SB9A 147LA 3C82A 248LA 3GUNA 1D3NA 1L79A 1CTWA 125LA 1QT6A 4EPIA 103LA 1C6PA 2NTGA 261LA 2OE7X 1L06A 3DN0A 1XJTA 1LGUA 2B74A 4I7NA 1L0KA 1LYEA 143LA 1L72A 172LA 4I7OA 3C81A 3HWLA 1L90A 119LA 211LA 1L05A 4E97A 4I7PA 1L20A 120LA 1L85A 3SN6R 1P2LA 1L12A 1L33A 252LA 3C7ZA 1C6EA 4I7LA 2RBSA 1L99A 209LA 2LC9A 3HDEA 3HT6A 3GUJA 131LA 3HTFA 1CU2A 1G1WA 182LA 4EJ4A 1G0MA 1QTHA 1L11A 1L21A 3HDFA 243LA 2RH1A 1CV4A 262LA 2Q9DA 1T8GA 1D2YA 1L38A 181LA 1OWYA 1T6HA 250LA 3ODUA 3SBAA 2NTHA 254LA 2RBQA 1L59A 1L84A 3C8QA 3CDTA 1L83A 216LA 1QTBA 3JR6A 2F32A 1SX7A 245LA 3C80A 3C8SA 3SB7A 144LA 3NY8A 1CV3A 1D3JA 3DN1A 1QSBA 260LA 1DYGA 234LA 1L08A 1D3FA 2ANXA 4W56A 4ARPA 1P7SA 3V2YA 197LA 4EKRA 1L58A 1L27A 1L49A 255LA 1LWKA 228LA 1P37A 1P3NA 205LA 4DKLA 3HUQA 1C6IA 1OWZA 4ARLA 187LA 257LA 1L31A 1L75A 1L74A 1CV1A 1L36A 3HT9A 1C60A 1PQDA 1L51A 190LA 3HTBA 139LA 3HU9A 1C68A 3FADA 1L07A 1C69A 2OTZX 1KW5A 152LA 1CUPA 1CX7A 2RBOA 2RBNA 167LA 161LA 3QAKA 1C6DA 3GUPA 140LA 2OU9A 1C6BA 2B72A 1ZURA 219LA 4ARMA 168LA 2OEAX 2RAZX 2OE4X 229LA 2HULA 1C6FA 3HH3A 1L30A 162LA 1C6LA 1JQUA 155LA 227LA 1ZWNA 2B6XA 1L77A 2QB0B 1LI3A 1G0LA 1QT8A 1JTMA 217LA 226LA 222LA 246LA 212LA 3G3XA 1OYUA 2Z6BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DD2A 1L01A 4TX7A 1QIOA 4DJHA 3E3DA 4ARQA 4ETAA 1PQOA 4WMGA 1L48A 1GB6A 4QDNA 4GCEA 3LYZA 1LOZA 1LYFA 4HTNA 5I53A 3C7YA 159LA 2G4PA 5B1GA 1BWHA 4WM6A 3HH6A 3F9LA 1L45A 3LZ2A 4WLTA 5B06A 1T97A 156LA 1PQKA 4YXAC 3B0KA 3L64A 2ZNXY 3ULRA 4PPOA 1NHBA 2CDSA 5HMVA 2DQFC 1L28A 4CHXA 4GCFA 5KXRA 4GLAA 5LXWA 3WYHA 2DBTA 3HH4A 3DN6A 3OE9A 1DQJC 2YSSC 1FKVA 2Z19A 3HBDA 1LJNA 4OWAA 4I7SA 1QUSA 3AJNA 178LA 2RBPA 2HEBA 2XBRA 3T36A 3TMUA 1WQMA 1QSQA 1C6CA 4HPIA 5E4PA 1OVHA 4OWCA 5KXTA 142LA 1BQLY 3A6BY 4G9SA 1LGXA 4DDCA 1EL1A 5FDJA 1QS9A 1QUHA 1IOTA 3OJPA 2D91A 4HJVA 141LA 6LYTA 4I7QA 1JEFA 3AGGG 1HFZA 1L18A 3MGWA 3TXEA 1L25A 1L91A 4NWHA 2LCBA 1BB4A 3AGIA 1IR9A 3TMVA 1CUQA 138LA 4PK0A 3A3RX 242LA 1P6YA 3C8RA 2C8PA 2CGIA 1JPOA 1GD6A 4DYGA 6LYZA 1L81A 1UC0A 1N4FA 3W6EA 1IWWA 1L87A 1JWRA 1L66A 1ZVHL 3IJVA 1RE2A 1GE1A 1HERA 1L29A 4XJGA 2B6YA 1L92A 2WARA 4RW2A 1B5YA 5B05A 3WPJA 1D0KA 5LYTA 2B6TA 4N1EI 2I26L 1OUHA 3AZ7A 5I14A 1UIBA 4I7RA 3K2RA 1GBWA 2L78A 1LJEA 4YENA 1QT4A 200LA 1L34A 3C83A 220LA 1V7TA 3AZ6A 4DC4A 1CJ7A 3AZ5A 4H90A 1IWUA 1L17A 3EXDA 1QT5A 2I6ZA 2RAYX 2HEFA 2Z2FA 2RBRA 164LA 1XJUA 1LYSA 4OOTA 5LZMA 1WQQA 221LA 4ET9A 1YQVY 4B49A 1IC4Y 4W59A 1LI6A 1L13A 112LA 1YKZX 1A2YC 215LA 3SP3A 1C10A 1YAOA 1D6QA 1DYBA 1L54A 113LA 4NIJA 1XEPA 3DMZA 195LA 256LA 2LYZA 1IP4A 1L71A 210LA 1SX2A 2HU3A 1O23A 1L24A 1LPYA 1KIRC 1LHJA 1AZFA 4WLYA 2O7AA 150LA 4LT1A 1IY4A 4N5RA 4I8SA 173LA 137LA 3TXBA 1XEKA 4XN6A 214LA 176LA 2ZWBA 3B72A 148LE 5T3FA 4YF2A 1GFTA 2YBNA 102LA 2QARC 1BWIA 5KXLA 1BB5A 3QNGA 1LSCA 3T6UA 4R0FA 2DQDY 1CV6A 4PHIA 1GFGA 3WU9A 2LYOA 3DN3A 1XSFA 1L95A 5FEKA 1GFEA 1LWGA 1IWZA 4LYTA 4TTDA 1LHMA 1IR7A 1B7LA 3A3QA 4GN4A 1XGUC 1C6HA 1GB0A 3B0OA 3CDOA 4NGOA 2Q0MX 4WM3A 5B07A 1GFAA 3FI5A 5ILCA 1L64A 1TCYA 4WO9A 3HU8A 3P68A 5F81A 1FLWA 1WVUA 1QTDA 2H9JA 147LA 248LA 1D3NA 2ZILA 4OWHA 5KXOA 1CTWA 4B4IA 154LA 2NTGA 1L06A 1JSEA 1XJTA 2B74A 1XGPC 1L0KA 1LHIA 1LYEA 3TXJA 143LA 4I7OA 3TMWA 3C81A 119LA 4E97A 1L12A 1LAAA 3W6AA 4YOPA 5LVKA 1EQ5A 1MLCE 2BAAA 4H9AA 1GEZA 1CU2A 4RLMA 1G0MA 1CJ9A 1FKQA 1D9UA 3HDFA 2D6BA 4ETCA 4BS7A 243LA 5KXNA 4DWXA 5LA8A 1JTTL 1D2YA 250LA 2NTHA 1F10A 2RBQA 4NFVA 4P2EA 3HBEX 4OW1A 1OUFA 2BQMA 3D3DA 9LYZA 1D3JA 3DN1A 3HFMY 1BVXA 1QSBA 1G7LC 1HF4A 260LA 1B7QA 1AM7A 4XADA 133LA 1DYGA 1L08A 1GBYA 4CGEA 1GEVA 1LWKA 228LA 1UCOA 4DKLA 4NHSA 4WG1A 1LSMA 4NG1A 4ARLA 4B4JA 1L31A 1LZYA 5KXMA 4RDSA 1IWTA 1C60A 4XJBA 3HTBA 1LZTA 3LZTA 4C3WA 4KXIA 1C69A 1YIKA 152LA 3HBHA 1CX7A 3TXGA 1CKHA 1LMCA 132LA 4HV1A 2BQHA 2GV0A 4ARMA 1LZ5A 229LA 2HULA 1LJIA 2MEIA 3HH3A 1GF9A 1L30A 227LA 2B6XA 4R6CA 1UICA 1JTMA 217LA 3G3XA 222LA 3WULA 212LA 1IWXA 4WM1A 4RLNA 3SBBC 1QTEA 1B5XA 1UA6Y 249LA 4I7JA 5FCPA 1PQIA 1CU5A 1L40A 1L35A 3P66A 225LA 1WVVA 1LZBA 1G7IC 4NHIA 1GF7A 2BQEA 1L89A 2Z39A 2XTHA 1YAQA 4PJZA 5LVGA 5DN5A 5K7OA 4H9IA 2BQAA 4NG8A 5IHGA 3OE0A 1C6AA 174LA 3PDSA 1JTOL 157LA 1BHZA 4AQNA 3N9EA 1QT3A 3AB6A 3WVYA 4NHPA 2XBSA 4W54A 1HEPA 3DN8A 2F2NA 4WL6A 1LZCA 1LZGA 4WL7A 1LSEA 1JIYA 1L16A 1TLAA 5JENB 2FBBA 1GF3A 1YILA 1WQRA 258LA 1L63A 240LA 3M3UA 1C61A 1GF4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4DD2 A;  1L01 A;  4TX7 A;  1QIO A;  4DJH A;  3E3D A;  4ARQ A;  4ETA A;  1PQO A;  4WMG A;  1L48 A;  1GB6 A;  4QDN A;  4GCE A;  3LYZ A;  1LOZ A;  1LYF A;  4HTN A;  5I53 A;  3C7Y A;  159L A;  2G4P A;  5B1G A;  1BWH A;  4WM6 A;  3HH6 A;  3F9L A;  1L45 A;  3LZ2 A;  4WLT A;  5B06 A;  1T97 A;  156L A;  1PQK A;  4YXA C;  3B0K A;  3L64 A;  2ZNX Y;  3ULR A;  4PPO A;  1NHB A;  2CDS A;  5HMV A;  2DQF C;  1L28 A;  4CHX A;  4GCF A;  5KXR A;  4GLA A;  5LXW A;  3WYH A;  2DBT A;  3HH4 A;  3DN6 A;  3OE9 A;  1DQJ C;  2YSS C;  1FKV A;  2Z19 A;  3HBD A;  1LJN A;  4OWA A;  4I7S A;  1QUS A;  3AJN A;  178L A;  2RBP A;  2HEB A;  2XBR A;  3T36 A;  3TMU A;  1WQM A;  1QSQ A;  1C6C A;  4HPI A;  5E4P A;  1OVH A;  4OWC A;  5KXT A;  142L A;  1BQL Y;  3A6B Y;  4G9S A;  1LGX A;  4DDC A;  1EL1 A;  5FDJ A;  1QS9 A;  1QUH A;  1IOT A;  3OJP A;  2D91 A;  4HJV A;  141L A;  6LYT A;  4I7Q A;  1JEF A;  3AGG G;  1HFZ A;  1L18 A;  3MGW A;  3TXE A;  1L25 A;  1L91 A;  4NWH A;  2LCB A;  1BB4 A;  3AGI A;  1IR9 A;  3TMV A;  1CUQ A;  138L A; 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