2OE9X

High-pressure structure of pseudo-wt t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Rigidity of a Large Cavity-containing Protein Revealed by High-pressure Crystallography.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2oe9X00
1L84A 1L07A 3GUOA 1LYEA 3SB5A 1T6HA 1L80A 1SX7A 4LDEA 229LA 2L78A 247LA 171LA 1LI2A 1L92A 1L18A 1P36A 222LA 2B73A 1L35A 3PDSA 1CU6A 243LA 1L59A 257LA 1DYBA 1C6BA 140LA 111LA 200LA 4IAPA 1L09A 1G0QA 1G1VA 1C6PA 3V2YA 150LA 3D4SA 4ARLA 2B72A 139LA 1L85A 2OU9A 3JR6A 3CDVA 110LA 215LA 3HTBA 4YXCA 1CU2A 156LA 2O4WA 1L91A 3HH4A 3VW7A 3CDOA 1QTCA 1L43A 137LA 1CU0A 2QARC 1L19A 1LI3A 2OE9X 3DN4A 168LA 3HH3A 1L11A 1WTHA 186LA 115LA 1L93A 1G0LA 3DKEX 1L68A 1L16A 1L33A 1L36A 1JQUA 245LA 182LA 2B70A 3SB8A 2HULA 1P37A 107LA 238LA 1PQIA 1CX6A 4EXMA 147LA 131LA 4W52A 1LYIA 3HTGA 4LZMA 1KW5A 1P2RA 3C7WA 2CUUA 234LA 3DN0A 1T8GA 2OU8A 1KY1A 1L89A 1CVKA 1L99A 233LA 2A4TA 7LZMA 1L49A 4GBRB 1LW9A 1L29A 1L88A 4ARMB 1QS5A 5LZMA 3SB6A 1SSWA 3GUMA 3OE8A 1CV1A 1L38A 3FA0A 1D3NA 1SX2A 1T8AA 2OTYX 1EPYA 165LA 206LA 175LA 3QAKA 1C62A 1CUPA 1L56A 1L94A 4ZPUA 1D3FA 2RBOA 1L05A 185LA 1L55A 1L48A 251LA 123LA 1OWYA 1L65A 1C6NA 1QTZA 4S0WA 1L22A 3EMLA 1QT3A 3HT9A 212LA 3HU9A 3GUKA 1C66A 1L63A 1L79A 1P2LA 1L0JA 1PQOA 1NHBA 3DN1A 3SB7A 1QTDA 1L61A 1TLAA 3GUNA 1C69A 2HUKA 1I6SA 144LA 1L76A 3L2XA 3LZMA 1C60A 3OE0A 1ZYTA 1C6HA 170LA 3HH6A 1CTWA 3FI5A 3RZEA 225LA 3FADA 3DMXA 1L23A 1LI6A 2RB1X 4YXAC 3SB9A 1G07A 1PQJA 1CUQA 1G0MA 184LA 1QSQA 3G3WA 3RUNA 1L83A 197LA 219LA 2ANXA 240LA 4PJZA 198LA 1P7SA 1C6TA 3V2WA 1QUGA 1L96A 1L00A 4I7SA 260LA 3HTFA 4W53A 4DKLA 1CV3A 1L81A 1L67A 4I7PA 4YX7C 1C6QA 1L39A 1T97A 181LA 1L31A 3C81A 228LA 1ZWNA 1L87A 1C6CA 3K2RA 122LA 3G3XA 1P3NA 4PK0A 127LA 1C6KA 2OEAX 1L01A 1P46A 221LA 1DYDA 103LA 1LYGA 1D9WA 1OYUA 231LA 1DYGA 1LYFA 1QTHA 1SSYA 239LA 236LA 2LCBA 1CU5A 173LA 199LA 1D2YA 1L08A 162LA 177LA 4I7KA 152LA 1L24A 3DN8A 155LA 232LA 2RH1A 3DMZA 1P64A 3OE9A 4GRVA 1P5CA 1G0GA 1LYJA 3HWLA 120LA 2RBRA 3C7YA 2LC9A 129LA 3C7ZA 1L60A 3HDFA 1LGXA 261LA 3HTDA 166LA 108LA 1CV4A 1L14A 1G0JA 1LGWA 151LA 227LA 1ZURA 1L30A 3F9LA 1L74A 1C6MA 2RBNA 1L27A 213LA 3NY8A 176LA 4W59A 145LA 3L64A 1C6IA 1L13A 3DN3A 3GUIA 1L47A 1KW7A 1D2WA 3HT7A 3C8QA 1T8FA 253LA 262LA 4EKRA 130LA 4AQNA 1L53A 1XEPA 3UONA 4ARPA 1OVHA 237LA 1C68A 1L45A 1L62A 2NTHA 3DN6A 5I14A 174LA 2RBQA 109LA 4EPFA 4EPIA 1QSBA 119LA 2B6WA 3DN2A 1CV5A 224LA 4I7LA 1XJUA 2OE4X 218LA 1P6YA 223LA 2RB2X 1L64A 188LA 1LLHA 190LA 230LA 195LA 1L66A 4DAJA 4EKQA 1JTNA 118LA 146LA 3CDTA 4I7TA 3C82A 216LA 1QT8A 4I7MA 2B6TA 1L82A 3HH5A 1L20A 1L97A 2Z6BA 142LA 1CX7A 1L06A 1L69A 138LA 189LA 4E97A 250LA 2B74A 2RBSA 1D3MA 187LA 1OVKA 1L40A 3GUJA 3C8RA 1P56A 1QUDA 172LA 3HUAA 1L54A 258LA 2OE7X 1DYFA 1CU3A 1L28A 2O79A 2B7XA 235LA 1L73A 1QT7A 4W56A 178LA 1PQDA 1D3JA 1C6JA 1SWYA 1L21A 4I7RA 1DYEA 1L95A 1C67A 205LA 1L52A 1OV5A 4ARQA 1L17A 1L51A 209LA 3PBLA 157LA 1PQMA 246LA 1C6AA 6LZMA 192LA 2F47A 2O7AA 1OVJA 2F32A 4W55A 163LA 242LA 1L41A 2F2QA 1L15A 128LA 161LA 1L12A 4K5YA 1G06A 1K28A 3DMVA 160LA 1PQKA 220LA 254LA 4W57A 3C80A 1L50A 4W54A 3CDQA 4EKPA 1LGUA 2OU0X 4ARJA 3ODUA 113LA 4OO9A 1L98A 2RAYX 2B6ZA 1L86A 1QS9A 1JTMA 2B6YA 2RBPA 1G1WA 3CDRA 4I7JA 3HDEA 1L75A 1G0KA 1LPYA 143LA 214LA 180LA 1LWGA 2ANVA 2B6XA 112LA 1C6DA 167LA 252LA 4I7QA 1L57A 1L46A 1LWKA 1C65A 2RAZX 1L58A 149LA 3OE6A 1DYAA 1L34A 102LA 125LA 3HT6A 1XJTA 4W51A 1LYHA 1QT6A 1QUHA 1L44A 1L0KA 256LA 241LA 3NYAA 114LA 1QT5A 2Q9DA 201LA 3NY9A 1CV0A 1DYCA 1QTBA 248LA 1C6EA 126LA 3F8VA 2QB0B 148LE 4LDOA 1G0PA 3SN6R 1L10A 4I7OA 1KS3A 1C6FA 1L03A 259LA 3GULA 3HT8A 3C8SA 1L32A 1QT4A 2B75A 1KNIA 104LA 3HU8A 1L02A 1C63A 217LA 3HUKA 1L37A 1OV7A 3G3VA 1L72A 3C83A 1C6GA 1L71A 169LA 3GUPA 191LA 1L77A 244LA 1KY0A 1C64A 4W58A 4EKSA 1QUOA 1CV6A 210LA 2Q9EA 4I7NA 1L90A 183LA 4ARMA 4LDLA 249LA 1OWZA 2HUMA 1LYDA 2LZMA 1B6IA 2NTGA 2OTZX 164LA 158LA 1C6LA 3SBBC 3DNAA 1L42A 226LA 4ARQB 141LA 1C61A 2IGCA 1L26A 1L70A 1SWZA 2RB0X 196LA 3SBAA 4EJ4A 4DJHA 159LA 1L04A 1L25A 1QTVA 255LA 3HUQA 211LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GCFA 1JEFA 3SB5A 4ETDA 5T3FA 1T6HA 4DQJA 1JIYA 1L18A 2F4GA 4GLAA 4QEQA 2H5ZA 1LMNA 1L59A 3TXHA 1DYBA 4LYOA 1GFAA 1FLQA 140LA 1YL0X 111LA 1VATA 5KXTA 4IAPA 1L09A 5KXMA 2I25L 1WQPA 1H87A 1UUZC 1GAYA 1B0DA 3AZ5A 4NEBA 3D4SA 5D5FA 5KXWA 3WW5A 5KXOA 1LZBA 3MGWA 3CDVA 5LYZA 1UIHA 2DBTA 2BLXA 4IJ4A 1D6PA 156LA 1I56A 3D3DA 2MECA 2BQFA 3CDOA 5II3A 1CKDA 1L43A 1L19A 1LI3A 2OE9X 1B7RA 5DM9A 1B7QA 1L11A 4OWBA 1SQ2L 4H93A 2A7DA 1L68A 1L36A 3SB8A 245LA 5KXZA 3WPKA 2HULA 1P37A 4WLYA 1LYIA 1LYZA 1C43A 4R0FA 234LA 4H9BA 1UACY 1L99A 1INUA 3WL2A 7LZMA 1B5YA 1HERA 5I53A 2EQLA 3SB6A 3TXBA 1I20A 1C46A 1CV1A 1L38A 1LSCA 4MSTA 1LSNA 1EPYA 1DPXA 206LA 2Z18A 5B05A 2YSSC 2D4JA 1CUPA 4WG7A 4ZPUA 1FLUA 1YAQA 4WM2A 4B4JA 5KXRA 1C6NA 4S0WA 3HT9A 1V7TA 1C66A 4HJYA 1FN5A 1HENA 2MEHA 1P2LA 1L0JA 4Z41A 3DN1A 1WVUA 1XGRC 3GUNA 4N1CC 3LZMA 1C6HA 5J7CA 1CTWA 1FKVA 4XADA 4LT3A 3FADA 1L23A 1PQJA 4NSJA 1HF4A 1QSQA 3G3WA 1L83A 3A34A 1P7SA 4H9CA 1IP2A 4I7SA 1IR9A 4DKLA 1CV3A 5HNCA 1L67A 2Z2EA 1L39A 1T97A 5LVKA 1ZWNA 1DKJA 1JITA 1C6CA 2HUBA 3B0KA 3K2RA 4PK0A 127LA 1UICA 5I4YA 2CGIA 2XBSA 1BWJA 1D9WA 1LYGA 1OYUA 231LA 1QTHA 236LA 3RNXA 177LA 3TXGA 1AM7A 3DN8A 5IHGA 6LYZA 3ATNA 1G0GA 1LYJA 2RBRA 4HV2A 4DT3A 2W1LA 1GFRA 1L60A 1NKHA 4XYYA 1CKFA 1BGIA 3FE0A 5I4XA 3F9LA 3A67Y 2RBNA 4PRQA 1LZ1A 4W59A 3TXEA 1D9UA 145LA 2EIZC 5DN5A 1GEVA 1G7IC 1YAOA 3DN3A 1KW7A 2Y8PA 3HT7A 1JPOA 1B5ZA 4AQNA 1T6VL 1SLYA 3UONA 1L62A 3DN6A 1YKXX 4NHPA 3IWRA 1QUSA 2RBQA 4EPFA 4EPIA 2B6WA 194LA 1WTMA 3DN2A 4H1PA 4MCKA 2OE4X 3G3BB 4GLVA 1P6YA 1LYSA 188LA 3KAMA 1B2KA 4DAJA 2RSCA 3ZEKA 5LVGA 1YAMA 3WXTA 3CDTA 4I7TA 2DQIY 4H9HA 2MEIA 1L82A 2Z6BA 4HTKA 1L69A 189LA 4HSFA 4E97A 3A3RX 4Z46A 1L40A 2HECA 3GUJA 2BQDA 3C8RA 5C6JA 172LA 1BB6A 3HUAA 1D0LA 1L54A 2OE7X 5LAFA 3TXIA 1RCMA 235LA 1L73A 2I6ZA 4ETAA 1D3JA 8LYZA 1SWYA 1NWGA 2ZWBA 1DYEA 1L95A 205LA 4LFPA 3W6CA 3N9CA 2A7FA 1GEZA 3A96A 6LZMA 2ZIKA 2DQDY 2LYZA 5FELA 1OVJA 3TXKA 1VDPA 1GXXA 1L41A 3A6BY 4LZTA 1F6RA 4G49A 1K28A 4UWVA 1PQKA 1JKDA 1L50A 4EKPA 5DN4A 2OU0X 1JKCA 1GDXA 1HEPA 4OO9A 4M4OA 5KXKA 2RAYX 2B6ZA 4DDBA 9LYZA 1GBOA 4NGWA 5B1GA 1JTMA 2B6YA 3LZTA 1IEEA 3HDEA 1HFXA 4NGKA 4N8ZA 4HJZA 4XJDA 180LA 2ANVA 112LA 167LA 1VDSA 3D9AC 1C65A 3A90A 4WM3A 4GCDA 3OE6A 2G4QA 4NGZA 1OUDA 1QSAA 4W51A 1LYHA 4DD9A 1QUHA 1L0KA 1GF0A 2HEBA 4TX7A 1C6EA 2QB0B 4LDOA 3SN6R 4NFVA 4I7OA 1KS3A 1J1PY 1L03A 4IASA 1GB6A 1L32A 1QT4A 1AKIA 3AZ6A 169LA 3AJNA 207LA 1LJNA 3GUPA 244LA 2DQHY 4EKSA 1CV6A 1HEOA 1YKYX 1OWZA 4O34A 2LZMA 2YBIA 1B6IA 4TSCA 1BVXA 226LA 1LSBA 4ARQB 2BQAA 1SWZA 2RB0X 1BB7A 4DJHA 159LA 1QTVA 1LJEA 3LHMA 1L84A 1QUTA 1LYEA 2ZIJA 5L3IA 4H8YA 3RT5X 1FLWA 5L3HA 1SX7A 1C45A 229LA 1VDQA 4Z3MA 2W1MA 4N5RA 3W3EA 1L92A 5K7OA 1XGQC 4DD2A 1LSGA 1F6SA 5KXLA 5B06A 1C6BA 3J6KA 2Z38A 2BQBA 5B07A 5APCA 200LA 3AW6A 2YBMA 4QGZA 2YDGA 4PHIA 1JISA 4H9AA 3V2YA 150LA 2B72A 4KT3A 1GDWA 1N4FA 3JR6A 4W96A 4DQ5A 5EBHA 215LA 3HTBA 4NWEA 1JWRA 1CU2A 1IOSA 1LHHA 5LVIA 3VW7A 1BQLY 2PC2A 1QTCA 1CJ8A 1CU0A 2BQGA 1B7MA 5DL9A 2IFFY 4LT1A 4AGAA 1ZVHL 1WTHA 4Z98A 4B1AA 4H92A 3DKEX 1E8LA 1L33A 182LA 4QY9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4GCF A;  1JEF A;  3SB5 A;  4ETD A;  5T3F A;  1T6H A;  4DQJ A;  1JIY A;  1L18 A;  2F4G A;  4GLA A;  4QEQ A;  2H5Z A;  1LMN A;  1L59 A;  3TXH A;  1DYB A;  4LYO A;  1GFA A;  1FLQ A;  140L A;  1YL0 X;  111L A;  1VAT A;  5KXT A;  4IAP A;  1L09 A;  5KXM A;  2I25 L;  1WQP A;  1H87 A;  1UUZ C;  1GAY A;  1B0D A;  3AZ5 A;  4NEB A;  3D4S A;  5D5F A;  5KXW A;  3WW5 A;  5KXO A;  1LZB A;  3MGW A;  3CDV A;  5LYZ A;  1UIH A;  2DBT A;  2BLX A;  4IJ4 A;  1D6P A;  156L A;  1I56 A;  3D3D A;  2MEC A;  2BQF A;  3CDO A;  5II3 A;  1CKD A;  1L43 A;  1L19 A;  1LI3 A;  2OE9 X;  1B7R A;  5DM9 A;  1B7Q A;  1L11 A;  4OWB A;  1SQ2 L;  4H93 A;  2A7D A;  1L68 A;  1L36 A;  3SB8 A;  245L A;  5KXZ A;  3WPK A;  2HUL A;  1P37 A;  4WLY A;  1LYI A;  1LYZ A;  1C43 A;  4R0F A;  234L A;  4H9B A;  1UAC Y;  1L99 A;  1INU A;  3WL2 A;  7LZM A;  1B5Y A;  1HER A;  5I53 A;  2EQL A;  3SB6 A;  3TXB A;  1I20 A;  1C46 A;  1CV1 A;  1L38 A;  1LSC A;  4MST A;  1LSN A;  1EPY A;  1DPX A;  206L A;  2Z18 A;  5B05 A;  2YSS C;  2D4J A;  1CUP A;  4WG7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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