2OTZX

N-methylaniline in complex with t4 lysozyme l99a
Total Genus 59
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)S3 (31-32)AH3 (60-80)AH2 (39-50)AH6 (108-113)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)AH4 (83-90)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Predicting absolute ligand binding free energies to a simple model site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-02-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2otzX00
1D9WA 1XJTA 104LA 224LA 1KY0A 4I7PA 148LE 1QTZA 3DN8A 166LA 144LA 197LA 1CU2A 4I7NA 1LI3A 114LA 112LA 1C63A 1D2YA 7LZMA 2OEAX 2Q9DA 164LA 1L14A 1DYCA 3EMLA 4W57A 4I7MA 2OE9X 1L35A 1G0LA 1L30A 187LA 1L28A 2OE4X 3C7WA 3HUQA 1QUDA 1C6CA 147LA 1ZURA 177LA 261LA 210LA 2RBQA 1QTVA 1L21A 167LA 1C6TA 221LA 1LYEA 200LA 155LA 4I7KA 3UONA 3SBAA 1L51A 5I14A 1LPYA 1CU3A 257LA 1CVKA 3GUJA 131LA 4PK0A 1P46A 234LA 163LA 250LA 1L82A 222LA 1QTHA 119LA 1CV6A 4GRVA 195LA 169LA 1L48A 2L78A 240LA 3SB7A 176LA 1QS9A 2B74A 3GUOA 180LA 123LA 2RBSA 227LA 3NYAA 4I7RA 4W58A 186LA 1CV1A 168LA 3HDFA 3G3WA 1LGXA 1DYDA 2B72A 3C8SA 1CV4A 1JTMA 1QT8A 237LA 1P64A 1OVHA 1LI6A 1QUGA 1LI2A 2RAZX 1OV7A 1L0JA 1L62A 3CDTA 1CTWA 178LA 4LDOA 3V2WA 3RUNA 3RZEA 165LA 1LGUA 1L65A 217LA 159LA 3HT9A 1QT7A 4EKRA 1C6LA 1P5CA 1L74A 241LA 189LA 2Q9EA 1L01A 1L47A 1DYGA 1LYDA 1XEPA 1SX7A 2O7AA 1DYFA 1G07A 3DN1A 199LA 1LYFA 1ZWNA 1L58A 1L50A 226LA 2B73A 1L67A 3C80A 230LA 2B6ZA 3GULA 1L26A 3SBBC 1OVKA 1C6HA 214LA 1L96A 3L2XA 4DKLA 1OV5A 2OTZX 1KNIA 4EPIA 3C7YA 4W51A 175LA 2ANXA 3HT6A 1PQOA 1L03A 2ANVA 1L36A 1D2WA 130LA 1DYAA 3FADA 1C67A 1C6IA 1L81A 111LA 126LA 113LA 161LA 3HTDA 3NY9A 4EKSA 1OYUA 4I7JA 2OU9A 2RB2X 3SB5A 4DAJA 2RBRA 1QUOA 156LA 4I7SA 4K5YA 107LA 2CUUA 2RBPA 211LA 1L27A 256LA 1L68A 246LA 2B6TA 182LA 3C83A 3G3VA 1T8AA 3HH6A 2F32A 2B7XA 4ARQA 219LA 1L29A 4W56A 3V2YA 2RAYX 2A4TA 3DMZA 3DNAA 1L44A 1OVJA 1LYJA 3FI5A 139LA 1D3FA 260LA 1L17A 181LA 141LA 1QT6A 110LA 3OE6A 1L72A 172LA 1CU6A 3F8VA 4W52A 115LA 4PJZA 3DN3A 1LYGA 3OE0A 1L71A 1L02A 4EKQA 1LWKA 1L64A 1L75A 3CDQA 1XJUA 1L42A 255LA 196LA 3PBLA 1C62A 3HUKA 3DMXA 1C60A 1G1WA 3C82A 1L11A 1C6AA 1L66A 4GBRB 171LA 1C6EA 2OU8A 1L37A 3LZMA 1T6HA 1L23A 1L13A 4I7TA 1L18A 122LA 1DYBA 1L79A 1C6BA 3C8QA 1L12A 3GUIA 1L41A 2QARC 3HDEA 1C6GA 188LA 109LA 1C61A 4ARMA 209LA 4I7QA 215LA 205LA 1G1VA 1P2LA 228LA 252LA 3HUAA 103LA 3DKEX 253LA 1L38A 1C6MA 3OE8A 142LA 2B75A 1L33A 4W53A 3DN6A 1JQUA 245LA 184LA 1LYIA 149LA 173LA 1KS3A 1L43A 102LA 2LZMA 143LA 3K2RA 3HU9A 2NTGA 3DN0A 6LZMA 1L60A 1QT5A 3SB8A 1L20A 158LA 1CV3A 1L99A 191LA 137LA 125LA 1L56A 232LA 1L77A 4LDEA 1QTCA 3OE9A 1L84A 2OE7X 3JR6A 1CUQA 2B6WA 248LA 1PQMA 1PQIA 1QT3A 1L49A 1L70A 1C6PA 4W55A 247LA 1QTDA 190LA 1C6QA 233LA 3SB9A 3HT7A 1L19A 1P56A 1P6YA 1L34A 4LZMA 1L55A 1L32A 3C81A 3HWLA 3HT8A 4ARPA 3NY8A 3VW7A 236LA 2RB0X 120LA 3C8RA 238LA 1CU5A 2LC9A 3CDVA 1ZYTA 1LLHA 1L90A 2NTHA 3HH4A 1L89A 1D3JA 1L80A 4S0WA 1KW5A 174LA 1B6IA 4W54A 152LA 127LA 118LA 1L15A 3SN6R 4ZPUA 1PQKA 1I6SA 1L0KA 1L31A 1P7SA 1LW9A 4IAPA 1L16A 1L00A 201LA 212LA 4ARLA 2RBNA 1CV5A 1SX2A 1KY1A 1L93A 1DYEA 5LZMA 2RBOA 2IGCA 1P36A 1L07A 206LA 1L08A 225LA 1LYHA 4I7OA 3HU8A 1L87A 1CU0A 4ARMB 1CV0A 1SWYA 2B70A 242LA 4EJ4A 3C7ZA 1EPYA 1L45A 4YXCA 1D3NA 4AQNA 2B6YA 2QB0B 4I7LA 1L06A 3DN4A 1L94A 3PDSA 1TLAA 1JTNA 4LDLA 1L97A 223LA 1G0PA 1C6JA 1C66A 1T8FA 2O4WA 216LA 1L04A 1KW7A 1C64A 198LA 183LA 3HTFA 3GUKA 4E97A 1L10A 1L69A 1QSBA 1WTHA 262LA 1QTBA 254LA 157LA 251LA 1D3MA 1C6DA 1L46A 1PQJA 244LA 239LA 1L05A 1G06A 4YXAC 3FA0A 3GUNA 3D4SA 213LA 1L73A 3HH3A 1OWZA 1L53A 1P37A 1L92A 1T8GA 1G0QA 2B6XA 4EKPA 1QSQA 2RB1X 4EXMA 3DMVA 3SB6A 1L40A 1L54A 1L83A 1L57A 1SWZA 3F9LA 1SSYA 1L76A 1L98A 1QT4A 2HUKA 243LA 1L88A 185LA 220LA 4ARJA 4W59A 1CUPA 3QAKA 1L25A 1L59A 1G0MA 1L22A 1C68A 1L63A 3HTGA 2LCBA 1L24A 1CX6A 192LA 249LA 2O79A 1L39A 3DN2A 1QUHA 3ODUA 1PQDA 258LA 1OWYA 1L86A 4YX7C 1C6NA 1T97A 218LA 259LA 1P2RA 151LA 1LGWA 1C69A 1L52A 1QS5A 2HULA 1L91A 3HTBA 1G0GA 3G3XA 2F47A 231LA 162LA 1C65A 4ARQB 150LA 3CDRA 140LA 129LA 108LA 3CDOA 160LA 1CX7A 1NHBA 2F2QA 4DJHA 1G0KA 2OTYX 146LA 145LA 1P3NA 3HH5A 229LA 3GUMA 1G0JA 1C6FA 1C6KA 1L09A 1SSWA 128LA 1LWGA 2OU0X 138LA 1L85A 3GUPA 2HUMA 1K28A 4EPFA 1L95A 235LA 2RH1A 170LA 2Z6BA 3L64A 4OO9A 1L61A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DC4A 207LA 3AZ7A 4HP0A 1IY3A 1IIZA 1LI3A 2Z2EA 112LA 1D2YA 7LZMA 3HBDA 2OEAX 1YIKA 1LSMA 1XGTC 3P68A 4N0JA 3RT5X 1CJ9A 4ETEA 2OE9X 1L35A 2PC2A 1G0LA 1OUHA 1QIOA 3A95A 3HFMY 3HUQA 4WM3A 3ZEKA 147LA 1LZ5A 261LA 2G4QA 3A6CY 4D9ZA 3RNXA 4XJHA 1C6TA 1LYEA 1GD6A 3D3DA 1CKGA 5J7CA 4I7KA 3OJPA 1LPYA 4NGLA 257LA 3CT1A 2EIZC 250LA 1LJHA 1HMKA 2LYMA 222LA 1QTHA 5C6LA 3QY4A 1LMOA 240LA 5F9XA 1IR8A 2RBSA 3NYAA 1OUDA 168LA 3G3BB 2MEBA 4G4HA 1GE3A 1OVHA 1LI6A 2HECA 5KXNA 1CTWA 3AW7A 1ZVHL 3BKVA 4LDOA 5C6IA 1LKSA 1NBYC 4XN6A 165LA 217LA 3W3EA 1QT7A 4DD1A 1H6MA 1P5CA 4J0LA 3WUNA 1BB5A 2F4GA 1L47A 1LYDA 3DN1A 1GFKA 1LYFA 1GFGA 4GLVA 2ZWBA 5LAGA 1L26A 1L96A 2I26L 1GFHA 1IOTA 1GXV2 1PQOA 130LA 3FADA 3RZ4A 2N5ZA 5DN5A 161LA 1UACY 4I7JA 2OU9A 4NGWA 4DAJA 1NMMA 4XJDA 1GAZA 4I7SA 1REZA 4KXIA 2CUUA 2XBSA 4M6DA 1GFTA 4ZFPA 2BPUA 1BQLY 4BS7A 1W08A 2B6TA 182LA 1UA6Y 1B5YA 3F6ZA 1T8AA 1LAAA 2CWIA 3WPKA 2F32A 3AB6A 3D9AC 2BQGA 1L29A 1D0LA 1V7TA 2RAYX 2A4TA 3CB7A 1LYJA 2Q0MX 1D3FA 260LA 1DI3A 1W6ZA 1IX0A 3F8VA 1LZDA 4WLYA 2HUBA 1QTEA 4ETCA 4N5RA 1L71A 1LWKA 5KXWA 1JEFA 2IHLA 1WQPA 1IP3A 196LA 3HUKA 3LHMA 1G1WA 1C6AA 4GBRB 1H87A 1L37A 2YBIA 5FDJA 1DYBA 3A90A 1C6BA 3WVYA 1L12A 3GUIA 1RE2A 153LA 1LMQA 215LA 133LA 4PJ2C 3EO5A 252LA 4WO6A 4LYTA 1LJEA 2B75A 1IWYA 1CKHA 1JKAA 4ETAA 1D6QA 5LVHA 173LA 3TXBA 5FCPA 2LZMA 143LA 4HTNA 5LYTA 2NTGA 3DN0A 2HU3A 6LZMA 1BVXA 1CV3A 1OUIA 137LA 1KXYA 4YEMA 1CKFA 3TMWA 1L56A 232LA 4HTQA 1L77A 194LA 1CKCA 3A93A 3N9AA 4E3UA 1LZBA 2OE7X 3JR6A 1CUQA 248LA 4ETDA 2D91A 4TUNA 1KXXA 2BQLA 1C6PA 4W55A 1G7HC 1QTDA 1VFBC 1SQ2L 4NHTA 1C6QA 233LA 2MEIA 1DI4A 3SB9A 1L32A 3C81A 4Z3MA 4CJ2A 5KXYA 4HJYA 1NWGA 1GF0A 1IR7A 1LLHA 4DYGA 4CHXA 4S0WA 174LA 127LA 4WG7A 1IO5A 3SN6R 1JUGA 4B4IA 1LW9A 1L16A 1L00A 1QSAA 1NKHA 5FSTA 1EL1A 2RBNA 4UWUA 1SX2A 4ET8A 1UIEA 3QE8A 4WLXA 6LYZA 2IGCA 1L07A 4WOAA 208LA 1LYHA 4I7OA 5LXWA 1L87A 1IC7Y 2BQKA 4EJ4A 1LZCA 1L45A 1OQMA 1O23A 3LYTA 4OWEA 4TTDA 1L06A 3VWOA 1QDRA 1L94A 134LA 4C5FA 4PGJB 4AXTA 5II3A 2O4WA 1KW7A 1HFXA 183LA 3HTFA 3AW6A 4E97A 3HBHA 1HEQA 1L69A 157LA 1L46A 4H8XA 1G7LC 239LA 4QEQA 1B7MA 213LA 3HH3A 1WQQA 1T8GA 1GFJA 5LVJA 4RLNA 2RB1X 3CT0A 4EXMA 3GXKA 3SB6A 1F10A 1L40A 1LSBA 2XBRA 4DQ7A 1L83A 1DKKA 2ZYCA 1XEIA 4OOTA 3WVXA 1QT4A 243LA 1L88A 185LA 220LA 1NDGC 1CUPA 1L59A 1G0MA 4RW2A 3TXKA 1CX6A 4GCDA 5LVGA 2YDGA 2ZQ3A 4YX7C 218LA 259LA 1LGWA 1D6PA 1LJ3A 1GB0A 1L91A 2IFFY 1B5UA 1LZNA 150LA 1NHBA 1IOCA 1G0KA 1P3NA 229LA 1C6KA 2H5ZA 1SSWA 1GF4A 128LA 4WG1A 2XQOA 1OUJA 1L85A 1IP2A 1L95A 1G7JC 1HFZA 235LA 2RH1A 3ATOA 2Z6BA 4OO9A 104LA 224LA 3DN8A 5T3FA 166LA 1B7QA 144LA 5ILFA 3LYZA 1P2CC 114LA 1C63A 4HSFA 1PZYA 2Z38A 164LA 1DYCA 1JTTL 1B5XA 1UBZA 1LZSA 1BGIA 187LA 3C7WA 4OWHA 4YENA 2DBTA 1QUDA 177LA 2G4PA 1XGRC 1BB3A 2MEAA 1LZ8A 2DQGY 1IOSA 1UIFA 2BQDA 4LFXA 3IJUA 1OUAA 2GV0A 1L51A 5AMYA 163LA 4GCEA 1BWHA 1IC5Y 3A34A 119LA 4GRVA 195LA 169LA 3AGHA 1GB7A 2HEAA 2L78A 3SB7A 176LA 3GUOA 4NSJA 2HEEA 4G4BA 123LA 3WPLA 1LCNA 4I7RA 4NGZA 1GXXA 3G3WA 1LGXA 3C8SA 1LMPA 1QT8A 237LA 1QUGA 4R6CA 1LI2A 1OV7A 3T6UA 1L0JA 4W96A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4DC4 A;  207L A;  3AZ7 A;  4HP0 A;  1IY3 A;  1IIZ A;  1LI3 A;  2Z2E A;  112L A;  1D2Y A;  7LZM A;  3HBD A;  2OEA X;  1YIK A;  1LSM A;  1XGT C;  3P68 A;  4N0J A;  3RT5 X;  1CJ9 A;  4ETE A;  2OE9 X;  1L35 A;  2PC2 A;  1G0L A;  1OUH A;  1QIO A;  3A95 A;  3HFM Y;  3HUQ A;  4WM3 A;  3ZEK A;  147L A;  1LZ5 A;  261L A;  2G4Q A;  3A6C Y;  4D9Z A;  3RNX A;  4XJH A;  1C6T A;  1LYE A;  1GD6 A;  3D3D A;  1CKG A;  5J7C A;  4I7K A;  3OJP A;  1LPY A;  4NGL A;  257L A;  3CT1 A;  2EIZ C;  250L A;  1LJH A;  1HMK A;  2LYM A;  222L A;  1QTH A;  5C6L A;  3QY4 A;  1LMO A;  240L A;  5F9X A;  1IR8 A;  2RBS A;  3NYA A;  1OUD A;  168L A;  3G3B B;  2MEB A;  4G4H A;  1GE3 A;  1OVH A;  1LI6 A;  2HEC A;  5KXN A;  1CTW A;  3AW7 A;  1ZVH L;  3BKV A;  4LDO A;  5C6I A;  1LKS A;  1NBY C;  4XN6 A;  165L A;  217L A;  3W3E A;  1QT7 A;  4DD1 A;  1H6M A;  1P5C A;  4J0L A;  3WUN A;  1BB5 A;  2F4G A;  1L47 A;  1LYD A;  3DN1 A;  1GFK A;  1LYF A;  1GFG A;  4GLV A;  2ZWB A;  5LAG A;  1L26 A;  1L96 A;  2I26 L;  1GFH A;  1IOT A;  1GXV 2; 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