2PC2A

Lysozyme cocrystallized with tris-dipicolinate eu complex
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title A dipicolinate lanthanide complex for solving protein structures using anomalous diffraction
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2pc2A00
1JISA 1LAAA 1QUSA 4IJ4A 4WM4A 1D0LA 4WM6A 135LA 1GFVA 1LSNA 2HEDA 4ET9A 3LZTA 2G4QA 3AZ5A 4PRQA 1LMAA 1TCYA 1IY4A 4B4IA 1UACY 1B0DA 1VDSA 2ZILA 3W6FA 3WPLA 5L9JA 3TXHA 2D91A 4QY9A 1QSAA 1GBZA 1GFEA 2F4GA 5EBHA 5LXWA 4LYCA 1EQ4A 1TEWA 4WM5A 3P66A 2BQHA 4OW1A 1OUGA 1GF5A 4TSBA 3TMWA 3HBHA 3AJNA 2WARA 1KIRC 4H1PA 5HMVA 1VFBC 3AW6A 1JKAA 1JUGA 4H90A 1B7LA 1LSYA 1HMLA 1KIPC 5LYZA 1B7SA 4CGEA 5LA5A 1HENA 1AT6A 1JTPL 2BQJA 1LZBA 1BB7A 2YBJA 1KIQC 4HPIA 2XBRA 5IDDA 3G3BB 2A7DA 3WPJA 4DT3A 1LTMA 4NSGA 4G4HA 2FYDA 5A3EA 5KXOA 4YM8A 4DYGA 3G3AB 3W6BA 1BWHA 1C08C 3CT0A 4IASA 2Z37A 3AGIA 1NF5A 133LA 5F9XA 1IVMA 1XFPL 3WVYA 1HC0A 1BB5A 4QEQA 1GFHA 2RSCA 5B06A 2LYZA 1XEKA 4H8ZA 4ETAA 4Z3MA 2X0AA 3TXBA 1HNLA 1HFXA 1LJGA 2BQNA 2W1MA 2HTXA 4LZTA 4TUNA 5FEKA 1LYSA 2HEAA 1C46A 1H6MA 3GXKA 1LSZA 1LZ9A 1BHZA 2ZIKA 4G4BA 4RW1A 3TXEA 2BLYA 4NGJA 4M4OA 1GB9A 3AZ4A 2DQCY 4LT1A 3WUNA 3D9AC 5LAFA 4XJHA 1UIEA 5HLLA 5KXTA 3OK0A 4OWEA 1GB5A 4H91A 1D0MA 3A90A 1EQ5A 1WQOA 1LZAA 3A93A 3WU7A 2D4IA 1BVKC 1YAMA 2DQHY 2ZWBA 4ANRA 4ZIXA 4W96A 1GFAA 1LSBA 1LSPA 1RFPA 1NQIA 1XGRC 3IWRA 2I25L 4WL7A 1OQMA 4NHPA 1HEOA 5KXNA 5LA8A 2YBNA 1RCMA 2HU1A 1LKSA 4DWXA 1A2YC 1UIHA 1JSEA 2PC2A 4WLYA 4BADA 3A92A 1BB6A 1CJ8A 1CKDA 1IC5Y 2BLXA 5LAGA 1F0WA 1HERA 1GBWA 1NMMA 1LSEA 3CSZA 3MGWA 4H9FA 4J1AA 1QTEA 3A91A 1BWIA 1B7RA 1B5YA 4C5FA 2DQJY 1B7QA 1ZMYL 2ZNWY 4M6DA 4LT0A 4J7VA 5KXZA 2YBLA 2ZQ3A 3IJVA 4OOTA 1B5UA 5FDJA 1NDGC 1IOQA 3RNXA 1QDTA 3TMUA 1CJ7A 1LHIA 1CKHA 1DPWA 1DXJA 2BQAA 3WW5A 4HJYA 1HHLA 4GCBA 1DI5A 1FN5A 4LFXA 1LMPA 1NWGA 2AUBA 4ETEA 4N0JA 4HJVA 3J4GA 3KAMA 1FLWA 3RT5X 2BQMA 5KXPA 2YDGA 3P64A 4KXIA 4UWUA 4B4JA 2MEFA 4Z41A 1REYA 3EXDA 1RE2A 2W1XA 4NHQA 4H9CA 2MECA 2HUBA 1SQ2L 2D4KA 3WPKA 4BS7A 2BQEA 4RW2A 1LYZA 1IOCA 1GB2A 1LMOA 3A96A 1JSFA 2Z12A 4LYBA 2F30A 1IWZA 4ETDA 1IOTA 1YKXX 1GBXA 3BKHA 3AGGG 4OWBA 1CKFA 5L3IA 1JTOL 5DLAA 3A6CY 2B5ZA 2MEIA 4KL7A 1F10A 1C10A 3RW8A 1LZEA 5I53A 1GE2A 1YROA 4NHTA 4D9ZA 2HECA 4XN6A 4WOAA 1LMNA 1LZDA 1YILA 1HEPA 2A7FA 1ZVYB 1DI3A 5KXMA 1IO5A 2Z18A 4DD3A 4CFPA 1IP1A 4XJBA 1NBYC 1GEVA 1LYYA 4GN5C 4WMGA 2HEFA 4W94A 2H9JA 1IP5A 3LN2A 4MCKA 3LYTA 4U3XB 2DQDY 4PJ2C 4WLDA 1GFJA 2BAAA 2ZYPA 1GFGA 3W6AA 1LZ4A 1LZ1A 1NDMC 1XEJA 2XBSA 3D3DA 2EKSC 3SP3A 1T6VL 3A95A 4AGAA 1IWTA 5LVIA 2LYOA 5KXRA 4PGJB 3E3DA 4B1AA 2HU3A 5HNLA 4PRUA 5DN5A 1HEMA 2DQGY 5IELA 2LHMA 1LJKA 2H9KA 1C7PA 2GV0A 4TTDA 1G7IC 9LYZA 2CWIA 2BQFA 2EPEA 1DKKA 2Z38A 2ZNXY 4NGIA 4NGKA 5F81A 1LMQA 2H5ZA 1GF7A 1JIYA 2BQDA 2FBBA 4NIJA 1JJ3A 6LYZA 3M3UA 1GBYA 1OUDA 1LMCA 1HSXA 1CJ6A 3AZ6A 4H9BA 4NGOA 3CSRA 3TXJA 1QSWA 3N9EA 2DQIY 5B05A 3WL2A 5KXKA 5DM9A 4DD1A 3B0KA 8LYZA 1YL1X 4E3UA 4LYOA 3TXKA 1IX0A 4WO9A 1OUJA 5E4PA 1IWXA 1OP9B 2YBHA 4G49A 4N1CC 4NFVA 1B7NA 3W6EA 6LYTA 1CKCA 1XGTC 193LA 1YIKA 3P68A 5FHWA 5LVJA 1GXV2 1JJ0A 1OUCA 1ZVHL 2MEGA 1EQEA 1LJIA 1AZFA 1MELL 2BQIA 2W1YA 4XYYA 4WO6A 4ET8A 1G7JC 3A67Y 1KXYA 3TMVA 3TXGA 5M1YA 5LYMA 2G4PA 1IEEA 1LHLA 2Z2EA 2BQKA 3W6CA 1IR7A 1WTNA 1B5ZA 1WQPA 1T3PA 2EIZC 3LHMA 4G9SA 1B5XA 1JKDA 1UIBA 3T6UA 5KKJA 5KY1A 3CT1A 4PPOA 1INUA 4N5RA 1LZYA 3QY4A 1GAZA 4OWHA 3HFMY 5FCPA 5I4XA 4H93A 4YEOA 1LZSA 5DN4A 3LYOA 1TDYA 4OOOA 4MR1A 5HNCA 2LZTA 3A6BY 4A7DA 3CQLA 5II3A 4XJGA 3ULRA 2YBMA 2FYCA 5HMJA 3QNGA 2W1LA 1LKRA 3B72A 1DQJC 1OUAA 2DQAA 4EOFA 2VB1A 207LA 1UCOA 3AZ7A 1NBZC 5A3ZA 1LJ4A 2HEEA 1HEWA 1LZ8A 4C3WA 4II8A 1CKGA 5KXYA 4H9AA 1D6PA 1UIFA 2MEEA 1B2KA 1YAOA 4XADA 7LYZA 153LA 1GEZA 3OJPA 1LJJA 1LPIA 3F6ZA 4FJRA 1LJFA 4N9RA 1WQRA 4KT3A 5K7OA 1GE3A 4NG1A 1IP6A 4IATA 5JENB 4ETCA 4HP0A 2LYMA 1OUHA 1BQLY 2CGIA 1WTMA 4NSIA 3WH1A 1UBZA 4QDNA 1XSFA 1D6QA 2YVBA 4BAPA 1LJHA 4EMNA 4DD0A 4CJ2A 4N1EI 1GF9A 1GD6A 2MEDA 1CNSA 4WG7A 1GBOA 1LSDA 3A34A 4HJZA 4XENA 1J1XY 1GXXA 4HPEA 3A3RX 1REZA 2I6ZA 4J1BA 5C6LA 1AKIA 1REXA 1GF8A 1EL1A 3W3EA 208LA 4LYZA 1GDWA 1QTKA 3J6KA 4WG1A 5FSTA 3BKVA 1F6RA 4TSCA 4NGLA 1HSWA 1FBIX 3LYMA 5J7CA 1VDPA 4NHSA 1VEDA 3AGHA 5D5FA 3TXDA 4I8SA 3K3TA 1G7MC 1P2CC 3ATNA 3WMKA 4B4EA 2ZIJA 1LSFA 1TAYA 4GCEA 1FLYA 1DPXA 3FI7A 1REMA 1LSCA 1QQYA 1VDQA 4XJDA 3FE0A 1YQVY 3RU5A 2MEHA 1J1OY 3EMSA 3ZVQB 1IWYA 4X3BA 1V7TA 1GPQC 1YKYX 2BQCA 4FDYA 1JHLA 4NGYA 3WUAA 3AB6A 4ZFPA 1LSGA 4NG8A 1CJ9A 1JJ1A 4YOPA 5F16A 5LINA 1ZV5L 4KPMA 1RI8B 1WVUA 4N8ZA 1GB0A 1GFKA 4WLTA 1JWRA 1IIZA 1O23A 4GN4A 4WLXA 1JKCA 1PZYA 2CDSA 5IHGA 2Q0MX 2XJWA 4QGZA 1GB7A 1GWDA 1WQNA 3TXFA 5C6IA 1GB8A 1LSMA 1F6SA 3TMXA 1UUZC 3ATOA 1IP3A 1LZ5A 1YKZX 5ILCA 5B1GA 1FLUA 3AW7A 2DQFC 1HFYA 3N9CA 3ZEKA 5L3HA 1KXXA 1LHKA 1GF6A 1HMKA 5APEA 4B49A 4CHXA 3WULA 1DZBX 1W08A 1GE4A 1W6ZA 3QE8A 3VWOA 4H9EA 1SLYA 3N9AA 4DD7A 1PS5A 1LZNA 5KKIA 1BVXA 3WXUA 4H9IA 5KXWA 4H94A 1Z55A 1B7OA 5AMYA 1IORA 4WM1A 5KXLA 4CFOA 5LVGA 3A8ZA 3B0OA 5LYTA 4OWAA 1AM7A 1IR8A 1UICA 2Z2FA 3HBEX 4UWVA 4NWEA 3A3QA 3GXRA 5T3FA 1IP7A 5DL9A 4ETBA 2EQLA 1XGUC 1JEFA 4NGWA 1GFRA 2YBIA 1GF4A 1GB6A 4GCFA 1LZ6A 4RDSA 1J1PY 5I4WA 5B1FA 2NWDX 1QDRA 4PHIA 1JPOA 3WU8A 1IOSA 1GE0A 4XJIA 1XEIA 5KXSA 1D9UA 1C45A 2YSSC 1OUIA 2IHLA 3WW6A 4HV2A 4DDAA 4WL6A 1LHHA 3EBAB 4HSFA 4YF2A 1IWUA 1JKBA 4HTKA 5APCA 5ILFA 1IC4Y 1HFZA 1LZGA 1WVVA 4HTQA 1OUBA 1B5WA 1LSAA 1RJCB 1IP2A 1GB3A 1LHJA 1VDTA 1FDLY 2MEAA 1I1ZA 1V7SA 3EO5A 1I56A 3M18B 2D6BA 1LHMA 1BWJA 4OWCA 1IWVA 3CSQA 5B59A 1QUTA 2BQLA 1FLQA 3HBDA 1NHEA 3ZVQA 1IR9A 2C8PA 4LT3A 4DDBA 4DD9A 1DKJA 4LT2A 3WYHA 4LYTA 4R0FA 1GHLA 1YANA 4NGZA 1A4VA 4ML7A 1UIAA 4ZEEA 1G7LC 1LOZA 3WVXA 4H92A 1GBSA 1LCNA 2BPUA 1UC0A 1XGQC 2BQOA 4UWNA 1IWWA 1LJEA 1DI4A 1OUFA 2F2NA 1I20A 1GFTA 4O34A 2F4AA 1HEQA 4NY5A 1YAQA 2DKVA 2I26L 5E9RA 1TBYA 1YAPA 3IJUA 5KXXA 1VAUA 1D0KA 1GAYA 5APDA 132LA 5I54A 4B0DA 3WUMA 1IY3A 2XTHA 1N4FA 4NEBA 2ZQ4A 1YL0X 1WQMA 1E8LA 3TXIA 4DD2A 3T36A 4NSHA 2DBTA 5LVKA 2CJLA 4G4CA 1QIOA 2Y8PA 3A94A 4H8YA 1HELA 4I0CA 4YEMA 1KXWA 1BB3A 3CB7A 5FELA 1FKVA 4NHIA 2C8OA 4J0LA 1G7HC 3B0IA 2DQEY 2BQGA 3W6DA 1LZTA 2G4NA 1FKQA 1GF3A 1BGIA 4P2EA 1GE1A 5D5CA 5I4YA 1NKHA 1GF0A 4AXTA 5HQ1A 1IC7Y 4NGVA 1LZCA 3CT5A 3RZ4A 1ALCA 4LFPA 4BAFA 5F14A 4GCCA 1LJ3A 1JTTL 2ZYCA 4GLAA 4RLNA 3P4ZA 2BQBA 1IP4A 1B5VA 1C43A 1LJNA 1AT5A 1UIGA 4GLVA 4L41A 1OUEA 2HEBA 2D4JA 1VATA 4Z98A 4NSJA 5C6JA 1B7PA 2Z19A 4YENA 5LIOA 154LA 134LA 1XGPC 4NWHA 5F9UA 4GCDA 4WM2A 1HF4A 5B07A 5APFA 1JITA 4TWSA 4R6CA 3B6LA 3LZ2A 1MLCE 4H8XA 1WQQA 4RLMA 1B9OA 4Z46A 1UA6Y 5KJ9A 1GDXA 1LYOA 3WXTA 2N5ZA 3LYZA 1LZRA 1UIDA 4LGKA 4MSTA 4HTNA 2MEBA 4HV1A 5I5QA 4DDCA 3P65A 3WU9A 1BB4A 2IFFY 2LZ2A 4LYMA 4H9HA 1B7MA 1LMTA 3AYQA 2Z39A 4TX7A 4WM3A 4XJFA 194LA 4DC4A 2FBDA 4GN3A 5LVHA 1H87A 1GFUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JISA 1DYDA 4ET9A 1TCYA 3TXHA 4QY9A 1QSAA 235LA 1QTCA 253LA 5EBHA 4LYCA 2BQHA 147LA 184LA 1L24A 2B6YA 3AJNA 2WARA 151LA 3AW6A 1DYFA 1JUGA 4I7PA 1B7LA 1HMLA 1KIPC 1HENA 258LA 1JTPL 3ODUA 1BB7A 2YBJA 3G3BB 1LTMA 3W6BA 3CT0A 4IASA 142LA 2A4TA 4QEQA 205LA 4W59A 2LYZA 1HNLA 4LZTA 4TUNA 1LYSA 3HDEA 1LZ9A 4W52A 195LA 2DQCY 4XJHA 2XQOA 4H91A 1EQ5A 1KW7A 2DQHY 4ANRA 1GFAA 1NQIA 239LA 3IWRA 2I25L 3NYAA 1OQMA 1HEOA 247LA 3C82A 1LGUA 4DWXA 1A2YC 4WLYA 1CJ8A 1CKDA 2BLXA 1HERA 1GBWA 1NMMA 1L04A 1QTVA 3MGWA 4H9FA 1L50A 4J1AA 1B7RA 1B5YA 1LYIA 1ZMYL 4LT0A 175LA 4J7VA 1QTHA 1L54A 1B5UA 1IOQA 1L98A 1G07A 1D3FA 1DXJA 197LA 3WW5A 4W55A 4HJVA 3J4GA 1C60A 1L82A 1DYCA 3RT5X 2BQMA 3P64A 4KXIA 1REYA 3EXDA 4NHQA 1PQMA 4RW2A 238LA 3UONA 3BKHA 1KY0A 1CKFA 3C7ZA 2B5ZA 3LZMA 1C62A 107LA 1GE2A 1YROA 1QUGA 1DYGA 4XN6A 1LMNA 1XJUA 1CU5A 1L06A 2Z18A 4CFPA 1GEVA 1IP5A 3LN2A 1L37A 2DQDY 5I14A 209LA 2BAAA 2ZYPA 1GFGA 1LZ4A 2EKSC 120LA 5LVIA 2LYOA 2OU0X 5KXRA 198LA 3PDSA 2HU3A 4PRUA 3HUQA 3SB7A 1G7IC 1DKKA 1QT5A 2H5ZA 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1I1ZA 1V7SA 3M18B 4OO9A 1LHMA 1BWJA 257LA 103LA 158LA 1K28A 1FLQA 1C6LA 4LT2A 160LA 1A4VA 183LA 3WVXA 4H92A 2BQOA 4UWNA 1OUFA 1GFTA 2F4AA 1L57A 4DKLA 4IAPA 1YAPA 3IJUA 1VAUA 4ZPUA 1GAYA 1L85A 1L77A 3GULA 1L16A 256LA 3WUMA 4NEBA 4ARJA 3V2YA 5LVKA 4G4CA 128LA 2Y8PA 1QSBA 211LA 1HELA 4YEMA 1BB3A 1L11A 3B0IA 1FKQA 1BGIA 188LA 4AXTA 1L31A 1LZCA 3RZEA 4BAFA 1L97A 2ZYCA 1G0GA 1B5VA 4GLVA 1OUEA 2HEBA 3RUNA 4NSJA 1B7PA 149LA 134LA 1L79A 5B07A 5APFA 3V2WA 1JITA 3LZ2A 1L14A 152LA 3DMXA 1GDXA 1LYOA 206LA 3LYZA 1LZRA 1UIDA 4YXAC 4HTNA 3P65A 1C6BA 1SSWA 1BB4A 4LYMA 3AYQA 2Z39A 194LA 108LA 3DN3A 4IJ4A 181LA 135LA 1LSNA 3L2XA 3LZTA 4B4IA 5L9JA 2F4GA 1EQ4A 4OW1A 1OUGA 1GF5A 4TSBA 4ARQA 3TMWA 1XEPA 4H1PA 1JKAA 2RBQA 2LZMA 178LA 1JTNA 5LA5A 4DQ5A 4DQJA 5IDDA 3WPJA 4EKRA 4G4HA 5KXOA 4YM8A 4DYGA 1G0PA 1BWHA 1C08C 3AGIA 133LA 1HC0A 1L46A 1BB5A 3SB5A 5B06A 4H8ZA 4Z3MA 2X0AA 3TXBA 3SBBC 1C46A 1OWYA 1BHZA 2ZIKA 4G4BA 2BLYA 1C6PA 4NGJA 190LA 1L36A 5LAFA 123LA 1T8FA 5KXTA 4OWEA 1GB5A 1QSQA 4EPFA 3WU7A 2ZWBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1JIS A;  1LAA A;  1QUS A;  4IJ4 A;  4WM4 A;  1D0L A;  4WM6 A;  135L A;  1GFV A;  1LSN A;  2HED A;  4ET9 A;  3LZT A;  2G4Q A;  3AZ5 A;  4PRQ A;  1LMA A;  1TCY A;  1IY4 A;  4B4I A;  1UAC Y;  1B0D A;  1VDS A;  2ZIL A;  3W6F A;  3WPL A;  5L9J A;  3TXH A;  2D91 A;  4QY9 A;  1QSA A;  1GBZ A;  1GFE A;  2F4G A;  5EBH A;  5LXW A;  4LYC A;  1EQ4 A;  1TEW A;  4WM5 A;  3P66 A;  2BQH A;  4OW1 A;  1OUG A;  1GF5 A;  4TSB A;  3TMW A;  3HBH A;  3AJN A;  2WAR A;  1KIR C;  4H1P A;  5HMV A;  1VFB C;  3AW6 A;  1JKA A;  1JUG A;  4H90 A;  1B7L A;  1LSY A;  1HML A;  1KIP C;  5LYZ A;  1B7S A;  4CGE A;  5LA5 A;  1HEN A;  1AT6 A;  1JTP L;  2BQJ A;  1LZB A;  1BB7 A;  2YBJ A;  1KIQ C;  4HPI A;  2XBR A;  5IDD A;  3G3B B;  2A7D A;  3WPJ A;  4DT3 A;  1LTM A;  4NSG A;  4G4H A;  2FYD A;  5A3E A;  5KXO A;  4YM8 A;  4DYG A;  3G3A B;  3W6B A;  1BWH A;  1C08 C;  3CT0 A;  4IAS A;  2Z37 A;  3AGI A;  1NF5 A;  133L A;  5F9X A;  1IVM A;  1XFP L;  3WVY A;  1HC0 A;  1BB5 A;  4QEQ A;  1GFH A;  2RSC A;  5B06 A;  2LYZ A;  1XEK A;  4H8Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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