2PC2A

Lysozyme cocrystallized with tris-dipicolinate eu complex
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A dipicolinate lanthanide complex for solving protein structures using anomalous diffraction
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2pc2A00
1LZBA 1LYSA 1AKIA 4H9IA 1QTEA 5B1GA 2H5ZA 5APEA 5KXTA 4WM5A 1LSPA 4HPIA 2W1XA 3WMKA 1G7LC 1P2CC 1WTNA 3B0KA 1GE0A 1G7IC 4DYGA 4YM8A 3LYOA 4WO6A 1BGIA 1LMNA 2CDSA 4PHIA 3WU8A 5LIOA 1D6QA 1JKDA 5LAGA 2Z38A 1GB8A 1JJ3A 4UWUA 3RNXA 1B5ZA 1G7MC 1V7TA 2ZNWY 3ATNA 3B72A 1T3PA 2HEEA 3AGGG 5C6JA 2F30A 3CT1A 1ALCA 4LYMA 1LZ6A 1XFPL 2XJWA 3EBAB 1IO5A 1IC5Y 1OUJA 1HEPA 2IFFY 4J1BA 1B7QA 1RE2A 3HBDA 4BAFA 1AM7A 4Z46A 4C3WA 1VDSA 1UIHA 2D4JA 3K3TA 1GF8A 2DQEY 2BQAA 4NGKA 2FYDA 1W08A 194LA 4N0JA 5LA5A 4OWCA 1IOQA 5EBHA 3AZ6A 4B4JA 1LZ1A 2YBHA 2BQFA 1IOTA 4XYYA 5HMVA 1D6PA 1GXV2 133LA 1LMTA 1LSYA 1VAUA 2BQMA 1WVUA 2CJLA 1UIEA 1XGQC 2ZIJA 2BLYA 1GAYA 3N9AA 2BQBA 4NEBA 4GCDA 1YAOA 4WM3A 4ZEEA 1NHEA 4ETAA 4HV1A 193LA 4IJ4A 1NDMC 1IP7A 5DL9A 2ZYCA 2BQOA 2DQDY 2RSCA 5KY1A 1INUA 1GAZA 3P65A 4LYZA 4H91A 1UIBA 1GFAA 4DT3A 4DDBA 5F9XA 1GFJA 1B7MA 3G3BB 1LMAA 3WPLA 1C43A 4NSHA 3LZTA 3FE0A 3RZ4A 9LYZA 1JKAA 1Z55A 2I6ZA 3RT5X 3EO5A 1TAYA 1GD6A 4BAPA 1H87A 1JSEA 1GEZA 1C7PA 1HEQA 2Z37A 4TTDA 1GE1A 3WUAA 4I0CA 2F2NA 1BHZA 4LYBA 3P64A 2YBJA 1LSGA 2DQCY 4XJHA 1GF4A 4WM6A 1XEKA 3QE8A 1BWHA 1C10A 4CHXA 1F0WA 2EKSC 3A67Y 3A96A 1GBZA 1W6ZA 1LYYA 3J6KA 1FN5A 5KXLA 1EL1A 2BLXA 5LYMA 1LYZA 1JIYA 4II8A 1D0LA 3LZ2A 4G9SA 1GFGA 1DKKA 1LZAA 4NGYA 1LJ3A 4H94A 1LMQA 2HECA 4FJRA 4W94A 3TMUA 4H1PA 3TXGA 3IJUA 1KIQC 1WQMA 4KXIA 4TSBA 1GB3A 1WQOA 3WYHA 4ETCA 1YL1X 2LYZA 4ET8A 1CJ6A 3VWOA 1YROA 1JITA 1LZYA 4NHSA 3AGIA 1GB5A 5APCA 3A95A 5HMJA 2CWIA 4N8ZA 1HHLA 4B4EA 2YSSC 1IP2A 1LZCA 4RDSA 4DDAA 3W6CA 1HC0A 135LA 1LHIA 1HEWA 1IWZA 1HFXA 1LMPA 4WL7A 3AZ4A 1LSCA 4LT2A 3SP3A 5L9JA 2MEDA 1FLYA 1C45A 1YKZX 3AZ7A 5T3FA 3W6BA 1GF9A 1KXYA 1XGUC 4YENA 3QY4A 3W6FA 2F4GA 3EMSA 4DD3A 1B7LA 1LJHA 2H9KA 4AXTA 5FEKA 1G7HC 1BWJA 1LJGA 1QIOA 2ZWBA 1C08C 3A93A 4H90A 3CQLA 1LAAA 3TXJA 4MSTA 1CKGA 2NWDX 1BB3A 2BQJA 4NGLA 5B07A 1FLQA 5LXWA 2MEBA 1B2KA 1LJEA 4G49A 1DQJC 2LZ2A 3LYMA 5DLAA 1OUDA 1LZDA 1N4FA 3D3DA 4P2EA 3A8ZA 1GEVA 3A90A 2B5ZA 2EIZC 1CKFA 2DBTA 3WU9A 4YEOA 5B06A 1GXXA 1GPQC 1YL0X 5A3ZA 1LSNA 1LCNA 1PS5A 4LZTA 3CSZA 1FBIX 1DXJA 1JEFA 5FELA 1OUEA 4H9BA 1ZVHL 1LSZA 3A6CY 1OQMA 4TSCA 3WVYA 4WG7A 1GBSA 4XJIA 1ZMYL 4EMNA 2MEEA 1VATA 5M1YA 4GCCA 1OP9B 2EQLA 1GF6A 3GXRA 4EOFA 4WLDA 1GF3A 3CSRA 1H6MA 4YEMA 1IWVA 2D6BA 1GB9A 1XEIA 4FDYA 5KXXA 2EPEA 2IHLA 4M6DA 1LZRA 1JSFA 3TXDA 2Z39A 1IP1A 1IR8A 1TBYA 3QNGA 4WO9A 5LVJA 1NMMA 2ZQ4A 1SQ2L 5HNCA 4OWAA 4CGEA 4B49A 1FDLY 4G4CA 1RI8B 5I4YA 2D4IA 4H92A 5I4WA 4WM2A 4HSFA 1REMA 1RFPA 4NGWA 2HEDA 4OWEA 5KXNA 5KKJA 1HF4A 1DI3A 4H9HA 3P4ZA 5F9UA 5I5QA 5L3HA 3WW5A 4J0LA 1HMLA 1VEDA 2W1LA 1YIKA 3WXUA 2MEIA 2XTHA 1UCOA 1LPIA 2BQHA 1CJ9A 1WQNA 2I26L 1HSXA 1YQVY 2H9JA 2ZQ3A 1GF7A 4HP0A 1JHLA 1FKQA 1UIGA 3BKVA 5LVGA 4UWVA 4NGVA 1GB7A 3TMXA 1UBZA 2ZIKA 2DQIY 5KXOA 1JJ1A 3TXBA 2BQIA 1GB0A 3WPKA 3BKHA 4HTNA 3A3RX 1IWTA 1GDWA 1QSWA 1IY4A 1YANA 2I25L 3ULRA 2LYOA 1DI5A 1AT6A 2BAAA 1YKYX 2WARA 4NWEA 5C6IA 1WVVA 2G4QA 3WVXA 1IOCA 4TUNA 3P68A 4MCKA 4WM4A 1GE2A 1O23A 1HERA 1EQ4A 5F14A 2BQCA 1CJ8A 1DKJA 1JPOA 4G4HA 4XJBA 5FSTA 1KIRC 3ZVQB 2ZILA 3CT0A 1CKCA 1GBOA 1JWRA 1LSBA 2VB1A 4KL7A 1LSMA 1LZ8A 4AGAA 4D9ZA 1RCMA 3RW8A 1HFYA 1UC0A 1I20A 1C46A 3AW7A 4TWSA 4BS7A 4DD7A 3T6UA 3ATOA 5JENB 1V7SA 1T6VL 3M3UA 1BB6A 4G4BA 1LMCA 4A7DA 1WQPA 1I56A 1XGTC 3A6BY 3MGWA 5F16A 1OUHA 5KXZA 1J1OY 2BPUA 4N9RA 1B7SA 1GFTA 1MLCE 3LYTA 1B7OA 1IY3A 4LFXA 1B7PA 132LA 5A3EA 2YBIA 1VDPA 1NF5A 4GLVA 1B5UA 3W6AA 4XJDA 1HENA 5I54A 1FLUA 3N9EA 1LZ5A 1LJJA 1QUTA 1KIPC 2Z18A 4B1AA 2Q0MX 2DKVA 4MR1A 2MEGA 1IX0A 2Z12A 1IR7A 4H9CA 4H9EA 1QTKA 5FDJA 2BQEA 3IWRA 3CB7A 1NQIA 1F10A 4NSJA 4DWXA 4NGJA 1GFRA 1D0KA 5B59A 1A2YC 4LT1A 2BQNA 1LOZA 5HQ1A 2X0AA 2FBDA 2HEFA 4NHPA 4XENA 1LHMA 2BQDA 4H8YA 1LHJA 1B9OA 1IR9A 1BB7A 1F6RA 1ZV5L 4OWBA 4YF2A 3WULA 8LYZA 1OUGA 4W96A 5J7CA 5LVIA 6LYZA 1JKBA 2BQLA 3F6ZA 1LZ4A 3CSQA 4HTQA 2DQFC 1HELA 2LYMA 4Z41A 1TEWA 3AB6A 4WM1A 2FBBA 3WUMA 3OK0A 1B5WA 1UIFA 3LYZA 1GBXA 3A92A 1REYA 3IJVA 4ETBA 5LVHA 2YBNA 5II3A 1YAPA 3TXEA 1D0MA 3J4GA 1UUZC 1OUCA 134LA 2LZTA 4GN5C 1GFVA 3HBEX 2N5ZA 5KXPA 4QDNA 4X3BA 1HSWA 3T36A 1BQLY 1OUIA 5KXSA 1IWYA 4NFVA 1LMOA 3B0OA 1J1PY 4I8SA 4DD1A 5LYTA 1LJIA 1CNSA 1GWDA 4TX7A 5KXKA 3W6DA 5HLLA 1IP6A 1YILA 2A7FA 1XGPC 4KT3A 1HEOA 4CJ2A 4CFOA 2HU1A 4GCFA 1WQQA 2C8OA 4LT0A 5DN5A 1OUBA 1JTTL 1TCYA 4J7VA 2W1MA 4N1CC 4WMGA 3HBHA 4DD2A 1ZVYB 2Z2EA 4WLXA 2FYCA 5FHWA 1GFEA 5DM9A 4XN6A 5D5CA 4LFPA 3RU5A 3A91A 2MEHA 4O34A 5KJ9A 3GXKA 3TXFA 3TXKA 4E3UA 1GF5A 7LYZA 2Z2FA 3ZVQA 1HMKA 4U3XB 3CT5A 1OUAA 1REXA 2DQHY 4PJ2C 4RLNA 5ILCA 1NBZC 4GN4A 3ZEKA 3EXDA 1BVXA 1IWWA 1JISA 1GBYA 1DPWA 1OUFA 1VDTA 4ML7A 1JTPL 1XEJA 2PC2A 1B7NA 4GCEA 4L41A 3W6EA 5IDDA 1GHLA 1FLWA 1UACY 154LA 3TMVA 2DQGY 4J1AA 5KKIA 1JTOL 1IWXA 1HFZA 1KXXA 1BB5A 4HPEA 5LINA 3N9CA 2C8PA 4QGZA 4R0FA 1RJCB 4KPMA 5LA8A 4NGIA 4DC4A 2AUBA 4GCBA 2D4KA 4QEQA 3WL2A 4H8XA 4ET9A 4XADA 1WTMA 1BVKC 2W1YA 1DZBX 2XBSA 4NHTA 5LVKA 1A4VA 5AMYA 5ILFA 4IATA 1J1XY 1LKSA 1LYOA 2BQGA 3WW6A 4B4IA 4WOAA 4QY9A 5L3IA 1IORA 1E8LA 4LYCA 2HEBA 1LZEA 5DN4A 1G7JC 1XGRC 4GLAA 4DD0A 5C6LA 5I53A 1IP3A 4LYTA 2XBRA 4WLTA 4HTKA 4OW1A 3E3DA 1HNLA 1CKHA 1LSDA 2ZYPA 3A94A 1LZ9A 1LSAA 1GE3A 1XSFA 4GN3A 4DD9A 5FCPA 1QSAA 207LA 2F4AA 4H93A 5E4PA 4RW2A 3AZ5A 1B5YA 4H9FA 1GFKA 1GFHA 3FI7A 3AGHA 1REZA 2HUBA 5I4XA 5D5FA 5LYZA 4WG1A 4HV2A 5IELA 208LA 4NG8A 4R6CA 4OWHA 4HJYA 3AW6A 1GBWA 4RW1A 4NY5A 4ANRA 3G3AB 3TMWA 1NKHA 1IVMA 1KXWA 2GV0A 4XJGA 5E9RA 4H9AA 4PGJB 1WQRA 2MECA 1VFBC 2BQKA 4NWHA 4WL6A 1NBYC 1VDQA 1IOSA 4NGZA 1GB6A 1I1ZA 2HTXA 1EQEA 1IEEA 4LT3A 5KXYA 4OOOA 2ZNXY 2Z19A 1TDYA 1IWUA 3B0IA 1CKDA 1IC7Y 4LYOA 1B0DA 4DDCA 5F81A 3P66A 1GE4A 3KAMA 1IP4A 4LGKA 3WH1A 2YBLA 1YKXX 1HEMA 1LZGA 1BWIA 4N5RA 3WPJA 1LZNA 1LHLA 1NDGC 3OJPA 3W3EA 4C5FA 3AYQA 2DQAA 4RLMA 2A7DA 1BB4A 1AT5A 1LKRA 2DQJY 3M18B 3WU7A 4NIJA 1LZTA 4OOTA 5HNLA 3AJNA 1IIZA 1DPXA 3HFMY 1B7RA 1LJ4A 1LJKA 1SLYA 3WUNA 4ZFPA 1LSEA 2LHMA 5B05A 5IHGA 5KXWA 4NGOA 1JKCA 2YBMA 3LHMA 3LN2A 2CGIA 4BADA 1QUSA 4ETEA 4NHIA 3D9AC 1QQYA 1B5XA 1UIDA 2HEAA 2MEFA 1F6SA 4PRUA 5APFA 4ETDA 3TXIA 1GDXA 5K7OA 4HJVA 1UA6Y 4IASA 1YAMA 5B1FA 1LHHA 4NHQA 5KXRA 2YVBA 2Y8PA 1FKVA 1CJ7A 1IC4Y 1LZSA 1UIAA 1D9UA 4HJZA 4UWNA 1QDTA 4YOPA 3A3QA 1GFUA 2D91A 4M4OA 4NG1A 4PRQA 1JUGA 4PPOA 1MELL 1B5VA 1LTMA 2G4NA 5APDA 3TXHA 4WLYA 1JJ0A 4NSGA 1EQ5A 4Z3MA 5LAFA 4H8ZA 1IP5A 4B0DA 2G4PA 4XJFA 1LHKA 2HU3A 4N1EI 1PZYA 4ZIXA 1UICA 3B6LA 4Z98A 1YAQA 2MEAA 3WXTA 1AZFA 1GB2A 1NWGA 1LJNA 1LJFA 1QDRA 5KXMA 1GF0A 2YDGA 1LSFA 4CFPA 1DI4A 153LA 6LYTA 4NSIA 3A34A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LYSA 3WMKA 2W1XA 1P2CC 3B0KA 4DAJA 126LA 1G7IC 1BGIA 1LMNA 4PHIA 1D6QA 1P3NA 3RNXA 1QUDA 2HEEA 3AGGG 2F30A 2RBRA 1XFPL 1OUJA 2IFFY 1B7QA 1RE2A 4Z46A 1VDSA 1UIHA 3K3TA 1GF8A 2DQEY 2BQAA 1C6DA 1L63A 1CUQA 1VAUA 1G1WA 1WVUA 2BQMA 2CJLA 4ZEEA 4I7KA 1YAOA 1NHEA 3G3WA 1SSWA 1OVHA 1PQJA 1IP7A 2DQDY 2RSCA 195LA 1CVKA 1GAZA 235LA 1L79A 1B7MA 3WPLA 3FE0A 3RZ4A 1C6AA 1CUPA 1JSEA 110LA 1C7PA 4TTDA 1LYDA 2DQCY 4I7JA 1L96A 1XEKA 3QE8A 1L17A 1F0WA 2EKSC 1GBZA 1LYYA 145LA 1L65A 1L82A 1D0LA 1CV6A 1DKKA 1LMQA 2HECA 1D3JA 4FJRA 4W94A 3TXGA 3IJUA 1WQOA 1YROA 1JITA 5APCA 3GULA 2CWIA 146LA 3W6CA 122LA 2IGCA 4WL7A 3SP3A 5L9JA 2OU9A 1C45A 1YKZX 3K2RA 149LA 1QIOA 3A93A 1LAAA 1CKGA 2OTZX 1FLQA 2B6WA 3LYMA 5DLAA 1N4FA 4P2EA 1CKFA 2DBTA 3DN0A 1TLAA 4I7LA 1GPQC 1L14A 1YL0X 5A3ZA 1JTNA 4LZTA 3CSZA 1LSZA 1KW7A 1L93A 3A6CY 1OQMA 1GBSA 1L38A 1ZURA 4XJIA 1ZMYL 1G0KA 2EQLA 1GF6A 3GXRA 1IWVA 3F8VA 3DMXA 1TBYA 3QNGA 2ZQ4A 4OWAA 4CGEA 4G4CA 5I4WA 4HSFA 2OEAX 1P7SA 1HF4A 1DI3A 3P4ZA 3WW5A 4W54A 1T8AA 2BQHA 1L81A 4UWVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LZB A;  1LYS A;  1AKI A;  4H9I A;  1QTE A;  5B1G A;  2H5Z A;  5APE A;  5KXT A;  4WM5 A;  1LSP A;  4HPI A;  2W1X A;  3WMK A;  1G7L C;  1P2C C;  1WTN A;  3B0K A;  1GE0 A;  1G7I C;  4DYG A;  4YM8 A;  3LYO A;  4WO6 A;  1BGI A;  1LMN A;  2CDS A;  4PHI A;  3WU8 A;  5LIO A;  1D6Q A;  1JKD A;  5LAG A;  2Z38 A;  1GB8 A;  1JJ3 A;  4UWU A;  3RNX A;  1B5Z A;  1G7M C;  1V7T A;  2ZNW Y;  3ATN A;  3B72 A;  1T3P A;  2HEE A;  3AGG G;  5C6J A;  2F30 A;  3CT1 A;  1ALC A;  4LYM A;  1LZ6 A;  1XFP L;  2XJW A;  3EBA B;  1IO5 A;  1IC5 Y;  1OUJ A;  1HEP A;  2IFF Y;  4J1B A;  1B7Q A;  1RE2 A;  3HBD A;  4BAF A;  1AM7 A;  4Z46 A;  4C3W A;  1VDS A;  1UIH A;  2D4J A;  3K3T A;  1GF8 A;  2DQE Y;  2BQA A;  4NGK A;  2FYD A;  1W08 A;  194L A;  4N0J A;  5LA5 A;  4OWC A;  1IOQ A;  5EBH A;  3AZ6 A;  4B4J A;  1LZ1 A;  2YBH A;  2BQF A;  1IOT A;  4XYY A;  5HMV A;  1D6P A;  1GXV 2;  133L A;  1LMT A;  1LSY A;  1VAU A;  2BQM A;  1WVU A;  2CJL A;  1UIE A;  1XGQ C;  2ZIJ A;  2BLY A;  1GAY A;  3N9A A;  2BQB A;  4NEB A;  4GCD A;  1YAO A; 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 1IC7 Y;  4LYO A;  1B0D A;  4DDC A;  5F81 A;  3P66 A;  1GE4 A;  3KAM A;  1IP4 A;  4LGK A;  3WH1 A;  2YBL A;  1YKX X;  1HEM A;  1LZG A;  1BWI A;  4N5R A;  3WPJ A;  1LZN A;  1LHL A;  1NDG C;  3OJP A;  3W3E A;  4C5F A;  3AYQ A;  2DQA A;  4RLM A;  2A7D A;  1BB4 A;  1AT5 A;  1LKR A;  2DQJ Y;  3M18 B;  3WU7 A;  4NIJ A;  1LZT A;  4OOT A;  5HNL A;  3AJN A;  1IIZ A;  1DPX A;  3HFM Y;  1B7R A;  1LJ4 A;  1LJK A;  1SLY A;  3WUN A;  4ZFP A;  1LSE A;  2LHM A;  5B05 A;  5IHG A;  5KXW A;  4NGO A;  1JKC A;  2YBM A;  3LHM A;  3LN2 A;  2CGI A;  4BAD A;  1QUS A;  4ETE A;  4NHI A;  3D9A C;  1QQY A;  1B5X A;  1UID A;  2HEA A;  2MEF A;  1F6S A;  4PRU A;  5APF A;  4ETD A;  3TXI A;  1GDX A;  5K7O A;  4HJV A;  1UA6 Y;  4IAS A;  1YAM A;  5B1F A;  1LHH A;  4NHQ A;  5KXR A;  2YVB A;  2Y8P A;  1FKV A;  1CJ7 A;  1IC4 Y;  1LZS A;  1UIA A;  1D9U A;  4HJZ A;  4UWN A;  1QDT A;  4YOP A;  3A3Q A;  1GFU A;  2D91 A;  4M4O A;  4NG1 A;  4PRQ A;  1JUG A;  4PPO A;  1MEL L;  1B5V A;  1LTM A;  2G4N A;  5APD A;  3TXH A;  4WLY A;  1JJ0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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