2PC2A

Lysozyme cocrystallized with tris-dipicolinate eu complex
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title A dipicolinate lanthanide complex for solving protein structures using anomalous diffraction
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2pc2A00
1HSWA 1XFPL 2DQAA 3AJNA 3P68A 1UC0A 4TUNA 4C5FA 1LKRA 1YKYX 1LSZA 5IELA 1HMLA 135LA 1LHMA 5ILFA 1VEDA 4XJIA 1GAYA 2FYDA 1YAPA 1CJ9A 1DPXA 1KXYA 4TWSA 3WU8A 3WXTA 1BB6A 3N9EA 4UWNA 1IY3A 1IP3A 5HNCA 1N4FA 4P2EA 4RLMA 1HFYA 1FN5A 4H1PA 4NEBA 1BWIA 1RJCB 1XGUC 2BQGA 2DQIY 2PC2A 1DKKA 3FI7A 5KKIA 2EIZC 153LA 2IHLA 4GCEA 1QUSA 1QTEA 3A67Y 1CKHA 4H9IA 3GXRA 3TXFA 1WQOA 4NFVA 1AM7A 1GF4A 1IP4A 1AZFA 4ANRA 3B0KA 3BKVA 3ZVQA 1B9OA 1B5UA 1GBYA 1GEZA 1B7OA 3A94A 4Z41A 4W96A 1B2KA 1QIOA 4PRQA 1CKCA 1NDGC 2BQFA 2CDSA 1BQLY 5T3FA 4Z3MA 1LZYA 1WQQA 2Z39A 2WARA 1DKJA 3D9AC 2G4NA 3WXUA 1H6MA 1GFTA 1NDMC 3WMKA 4NGYA 4H9EA 3EMSA 4HTQA 1B5VA 4YOPA 1YAOA 1G7JC 1WQMA 5HNLA 1GFGA 2BQIA 1D6PA 1OUGA 2XJWA 1XSFA 4LFPA 4DD1A 1JTTL 4ZEEA 4R0FA 1AT5A 2FBDA 1GE2A 3GXKA 4WM3A 2H5ZA 1OUJA 2W1YA 1FLWA 2YBLA 4RW1A 1FLYA 4NSHA 4XADA 207LA 1LZNA 5A3EA 1PS5A 2DQDY 3EBAB 1NBYC 3AZ4A 1OUEA 4OW1A 4DDBA 5B59A 4WG1A 4ETEA 3P4ZA 1B7PA 4GCCA 2D4IA 4XJGA 2FBBA 3KAMA 5FSTA 4II8A 2DQEY 5F14A 2Z37A 2HEFA 4W94A 5DL9A 1CJ6A 4RLNA 1FBIX 4BADA 2Y8PA 4BS7A 2DKVA 1J1PY 5I53A 1UIHA 3W6FA 2BQMA 1KXXA 5HLLA 4RW2A 5LVJA 1IP2A 4DWXA 2BLYA 1LTMA 4KT3A 5HMJA 4YENA 1JTPL 3RW8A 5KXRA 1GBWA 1LSGA 1BB5A 1JITA 4O34A 1LMQA 1LSPA 1MLCE 4NGWA 5KXMA 4OOOA 3LYZA 4KPMA 1B5XA 1GB8A 3EO5A 1JSEA 1MELL 2DQHY 4X3BA 5LA8A 1LHHA 2MEEA 4CFPA 3TXBA 1JTOL 2VB1A 4WO6A 5F9UA 2ZIJA 1IVMA 1IWWA 1D9UA 1F6RA 3AYQA 1LZ6A 1DXJA 3IJUA 1GFVA 1IEEA 3AGIA 1IC5Y 3SP3A 3AW7A 1G7MC 3RU5A 154LA 3HFMY 2EPEA 1LZEA 4LT2A 3OJPA 1C46A 1AKIA 1W6ZA 3AW6A 1DI5A 1GFEA 1OP9B 4WLYA 5B05A 5LVGA 1LMAA 1LHIA 4J0LA 3WW5A 1LJJA 3AZ5A 1TAYA 1GF5A 1CKGA 1OUCA 2BQKA 4I8SA 4NGIA 1RI8B 6LYZA 3QNGA 4HTNA 1EL1A 4XJBA 1IO5A 1IP1A 4OWEA 5KXWA 1YL1X 7LYZA 1NQIA 3RNXA 2Z2FA 4LFXA 4HSFA 1KIQC 4BAFA 1LMPA 2CWIA 1J1XY 1JJ1A 4NSGA 1T6VL 1UCOA 2XBRA 2YBJA 1REXA 3FE0A 4WO9A 4J1AA 2YBHA 1XGPC 5LA5A 4DD2A 4N0JA 4B49A 3WVXA 8LYZA 5L3HA 4GN3A 1IWZA 4B4IA 2C8PA 4NY5A 3WU7A 1B7RA 3OK0A 4GN5C 1BVXA 3ATNA 1YAMA 1INUA 2BAAA 4H8YA 5B07A 4N1CC 4XN6A 1IC4Y 193LA 1IWXA 1REMA 4HJYA 1WQRA 4ML7A 4FDYA 1HSXA 1QTKA 3W6AA 1YILA 2IFFY 5LXWA 5LINA 2DQGY 3TMVA 1HC0A 1YAQA 4XJFA 4HJVA 2BLXA 1LHKA 4NG1A 1CJ7A 3A95A 1B7MA 1FKVA 1LJKA 1WQPA 2LYOA 2ZIKA 1HENA 3N9CA 2ZNWY 4H90A 1GD6A 1J1OY 3IWRA 4GCDA 3J6KA 5A3ZA 1EQ5A 3A96A 1VDQA 4N9RA 4YM8A 4WLDA 2BQOA 1IP6A 4WOAA 2W1MA 4U3XB 3VWOA 3W6BA 1B7QA 2HEAA 1LZCA 4WL6A 1IIZA 4HJZA 5FDJA 4G4BA 1V7SA 1B5WA 3QE8A 3W6CA 1B5YA 1LKSA 4TTDA 1IR8A 2ZYPA 208LA 4N1EI 1IP7A 1GF3A 4DDAA 1P2CC 3MGWA 4NIJA 4HPIA 4HTKA 4LYZA 1BVKC 2ZNXY 3ZVQB 1FDLY 4YEOA 1JHLA 1GFUA 1LZ9A 1LSBA 1UACY 5LVIA 1FLUA 1NHEA 1LZDA 4B4JA 1IOSA 1GE3A 4ETDA 5EBHA 1NMMA 4PJ2C 5F16A 4BAPA 1UIBA 1YIKA 1IC7Y 3W3EA 3AZ7A 3CT0A 4PPOA 4WLTA 5I54A 3WYHA 5LYMA 2MEDA 1OUAA 5KXPA 5HQ1A 1IOTA 132LA 3TMWA 4J7VA 2A7FA 1NF5A 1C10A 1LMCA 194LA 1G7HC 1NWGA 1GWDA 3AB6A 1JWRA 4UWVA 5LYTA 1HERA 1XEIA 1W08A 2F30A 3QY4A 4MCKA 4PRUA 4WM2A 4CGEA 1OUDA 1LZAA 1GB0A 4QGZA 4H92A 1CKDA 1UIEA 4L41A 5LVHA 4OWHA 1LZRA 2MEIA 4DD0A 1YKZX 2LZ2A 1LYZA 1QUTA 1XGQC 5DN5A 5FELA 1GXXA 4XYYA 5B06A 4B0DA 3P66A 4WM6A 1LYSA 1TCYA 2Z38A 4LYCA 2DQCY 1O23A 1HEPA 1JKCA 1VATA 1WQNA 2ZILA 4HPEA 3TXKA 5D5FA 3ATOA 1TDYA 4MSTA 1ZVYB 1C45A 1JKDA 1HHLA 1UA6Y 2Z18A 3TXEA 4XJDA 1KXWA 4I0CA 1B7NA 4RDSA 1UBZA 2HEBA 2W1XA 1UIDA 2HEEA 2LYMA 2AUBA 5DM9A 1GB6A 5KXOA 4NHPA 5ILCA 1IOCA 1GHLA 1FLQA 4HV2A 3F6ZA 1NBZC 1IORA 6LYTA 3HBEX 4ETCA 1QQYA 1LOZA 3LYMA 2BQHA 2MECA 1HEMA 4D9ZA 1LSAA 1GAZA 1GFRA 2HTXA 5APFA 5KXTA 3WULA 3WH1A 1HNLA 4LYOA 1REYA 1GBSA 1A4VA 1JJ0A 1WTMA 4H8XA 1LJ4A 2BQEA 4H9FA 1LPIA 2ZQ3A 4LZTA 4N5RA 4ET9A 1HF4A 3WU9A 1SLYA 1GFHA 2BQDA 2YBMA 4G9SA 4LT3A 2LZTA 5E9RA 1YKXX 2G4QA 1GPQC 1OUBA 3LZTA 4GN4A 2CJLA 1IWUA 5E4PA 2BQCA 1XEKA 3TMUA 1E8LA 1JKAA 1H87A 1VAUA 134LA 1TBYA 2C8OA 4DD9A 1HMKA 4EMNA 1VDSA 1CKFA 1BB7A 1UIFA 5L3IA 1IWTA 5KXNA 1DQJC 1AT6A 4HP0A 4KXIA 1GB2A 1UIAA 4XJHA 1RE2A 4AGAA 1GBZA 1B7LA 1IY4A 1LJNA 1LZ4A 4H9BA 5APDA 3W6EA 5KXLA 1OUFA 2D6BA 1F6SA 1GE1A 5DLAA 4QDNA 1LJEA 1HEOA 1C7PA 5J7CA 4GCFA 4NHTA 3EXDA 3J4GA 5KY1A 3CSRA 3WUAA 2F2NA 5M1YA 4ZIXA 1XGTC 3TMXA 1LZBA 4LGKA 4EOFA 3TXDA 5KXSA 1F0WA 3CQLA 5K7OA 3A3QA 4NSJA 4QEQA 3TXIA 2ZYCA 5AMYA 2YBIA 4H9CA 4WMGA 5I5QA 4TX7A 4IATA 4NG8A 4LYBA 4NHIA 5B1GA 4QY9A 1UUZC 5I4XA 3P65A 4B4EA 4ETBA 1GB9A 5FHWA 4NHSA 4YEMA 5D5CA 3W6DA 4DC4A 3WL2A 5IDDA 2YBNA 4NGKA 1GB5A 1CJ8A 4PHIA 1EQEA 4DYGA 1OQMA 1GFKA 2MEBA 1NKHA 2DBTA 2EQLA 4J1BA 5KXZA 1A2YC 1EQ4A 5IHGA 1GFJA 2H9KA 4WL7A 3LYTA 1BB4A 3WPKA 3WUMA 5L9JA 4OWAA 4CJ2A 3A3RX 3ZEKA 4NGOA 1GBOA 1LJHA 1LYYA 4WG7A 2Z12A 1GF9A 1GBXA 1I56A 1LJFA 3HBDA 1DI3A 4H8ZA 3LHMA 4NGVA 1JSFA 1REZA 4NWHA 1UICA 4WM1A 3A91A 1B5ZA 4WLXA 1B0DA 4WM4A 4DT3A 4Z46A 1T3PA 1JKBA 2ZWBA 1UIGA 4M6DA 1LZ1A 1LYOA 1OUHA 1D0KA 4B1AA 4R6CA 1LSFA 1LZGA 3B0IA 2LYZA 3LN2A 1LZSA 1XEJA 2FYCA 1ZVHL 4LYMA 3RT5X 2HU3A 1YQVY 5KXKA 1KIPC 2X0AA 4ETAA 4LT1A 3T6UA 1LZ8A 1LHLA 4A7DA 1D0LA 1LJGA 2HECA 5LAFA 1TEWA 4ZFPA 4MR1A 1JEFA 5C6LA 1IX0A 4OWBA 1QDTA 4H91A 4XENA 1I1ZA 2Z19A 2D91A 3B72A 5FEKA 1HEQA 5LVKA 1ZV5L 2BQNA 3TXHA 1LSCA 2BPUA 2A7DA 3LZ2A 4DD7A 1LHJA 3IJVA 1GF7A 4GLAA 3K3TA 1JUGA 1LAAA 4Z98A 5DN4A 1GXV2 2YVBA 1GFAA 1LSDA 4ET8A 1G7IC 1LMOA 3WW6A 1DZBX 1Z55A 5KJ9A 1IP5A 3A6BY 1PZYA 1LSEA 2XTHA 3M3UA 1WTNA 4NGZA 3A93A 1GDWA 4H93A 3WPLA 4E3UA 4LYTA 2BQJA 1V7TA 4PGJB 2LHMA 4FJRA 3G3AB 1HFXA 4G4CA 2HU1A 4G4HA 3ULRA 1B7SA 1CNSA 2W1LA 4CHXA 1LSYA 4YF2A 2XBSA 5KXXA 1GE0A 2BQAA 1G7LC 2I6ZA 3G3BB 4IASA 3AGGG 1D0MA 5KXYA 4NWEA 3HBHA 1GF0A 2HUBA 1RCMA 1WVUA 5F81A 2N5ZA 4NSIA 3TXGA 2H9JA 2DQFC 2NWDX 1LZTA 3AGHA 3CB7A 4CFOA 2RSCA 4NHQA 5APEA 133LA 1OUIA 4AXTA 1BGIA 5B1FA 3CSZA 4GLVA 3B0OA 4UWUA 1BWJA 9LYZA 1RFPA 5LYZA 4NGJA 5JENB 1LCNA 3A90A 1XGRC 4GCBA 3RZ4A 4M4OA 3BKHA 1BWHA 4DDCA 5F9XA 2I26L 1D6QA 1ZMYL 1QSWA 2Q0MX 2MEHA 3M18B 3CSQA 4G49A 4H9AA 1JIYA 5C6JA 1IR7A 4HV1A 3E3DA 1VFBC 2Z2EA 5HMVA 1ALCA 4WM5A 1LSNA 3B6LA 2I25L 1LMNA 3P64A 2G4PA 2HEDA 2MEGA 3D3DA 3T36A 5FCPA 4DD3A 5C6IA 5KKJA 1IWYA 1GEVA 3N9AA 4IJ4A 1C08C 1GB7A 1GF6A 5I4WA 2DQJY 1VDPA 4H94A 1C43A 2BQLA 5LIOA 3LYOA 4C3WA 2GV0A 4OOTA 2ZQ4A 1IOQA 5LAGA 1JJ3A 1HFZA 1LJIA 2D4JA 1QDRA 4KL7A 1WVVA 5APCA 1YROA 4OWCA 1VDTA 1QSAA 1SQ2L 1JPOA 2MEFA 1GF8A 2F4GA 1HELA 1DPWA 1LMTA 1HEWA 2B5ZA 3TXJA 3CT1A 1BHZA 3WPJA 5II3A 1LSMA 2EKSC 4NGLA 3A92A 1DI4A 5I4YA 1F10A 1GB3A 2YSSC 3A6CY 3AZ6A 1IWVA 2D4KA 2YDGA 1KIRC 4H9HA 4N8ZA 1YANA 2BQBA 1I20A 2CGIA 1LJ3A 1JISA 1FKQA 2MEAA 1BB3A 1GE4A 1GDXA 4TSCA 1IR9A 4TSBA 2F4AA 3A8ZA 3A34A 3CT5A 4LT0A 3WVYA 3WUNA 1LZ5A 1YL0X
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DQAA 1UC0A 2B6ZA 1YKYX 1C60A 2FYDA 1DPXA 1L22A 4UWNA 5HNCA 1K28A 1BWIA 3DN3A 1XGUC 5KKIA 3HU9A 3A67Y 1QSQA 4PK0A 4ANRA 1B5UA 1QTVA 3A94A 1SSYA 1CU2A 2BQFA 1BQLY 1C6GA 1WQQA 103LA 4YXAC 2G4NA 2QB0B 3WMKA 1WQMA 1OUGA 1JTTL 4ZEEA 4R0FA 171LA 3GXKA 1C6EA 1L35A 1FLYA 144LA 1QT5A 1KS3A 5A3EA 2OE9X 138LA 3AZ4A 4OW1A 2B73A 4ETEA 3P4ZA 1B7PA 1L55A 2FBBA 2DQEY 1L86A 5F14A 5DL9A 1XJTA 3DN8A 4BS7A 2Z6BA 5I53A 1OVHA 1LTMA 1L41A 3RW8A 4W55A 1SWZA 2B72A 1L60A 2RBPA 1LMQA 1MLCE 5KXMA 4EPIA 2DQHY 2MEEA 1LYHA 3TXBA 2VB1A 1IWWA 1D9UA 3OE6A 3AGIA 3SP3A 3RU5A 4LT2A 4W59A 3OJPA 1W6ZA 1GFEA 1L15A 1LHIA 1L49A 1C62A 3AZ5A 1T97A 2BQKA 6LYZA 3QNGA 119LA 1YL1X 7LYZA 3RNXA 157LA 1CU6A 1KIQC 199LA 4I7RA 1L96A 240LA 2YBJA 257LA 2YBHA 5LA5A 143LA 181LA 168LA 2OU8A 3WVXA 1CVKA 4B4IA 4NY5A 3OK0A 127LA 1L19A 1L71A 193LA 4ML7A 122LA 254LA 4HJYA 2RB0X 3W6AA 2IFFY 5LINA 1HC0A 1LHKA 2OTZX 1OWZA 1FKVA 1WQPA 3DN4A 3CDVA 3N9CA 2ZNWY 1L40A 3HUQA 256LA 1JQUA 4U3XB 2NTHA 1IIZA 1V7SA 1LKSA 1L74A 208LA 1GF3A 3GUJA 4NIJA 4HTKA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HSW A;  1XFP L;  2DQA A;  3AJN A;  3P68 A;  1UC0 A;  4TUN A;  4C5F A;  1LKR A;  1YKY X;  1LSZ A;  5IEL A;  1HML A;  135L A;  1LHM A;  5ILF A;  1VED A;  4XJI A;  1GAY A;  2FYD A;  1YAP A;  1CJ9 A;  1DPX A;  1KXY A;  4TWS A;  3WU8 A;  3WXT A;  1BB6 A;  3N9E A;  4UWN A;  1IY3 A;  1IP3 A;  5HNC A;  1N4F A;  4P2E A;  4RLM A;  1HFY A;  1FN5 A;  4H1P A;  4NEB A;  1BWI A;  1RJC B;  1XGU C;  2BQG A;  2DQI Y;  2PC2 A;  1DKK A;  3FI7 A;  5KKI A;  2EIZ C;  153L A;  2IHL A;  4GCE A;  1QUS A;  1QTE A;  3A67 Y;  1CKH A;  4H9I A;  3GXR A;  3TXF A;  1WQO A;  4NFV A;  1AM7 A;  1GF4 A;  1IP4 A;  1AZF A;  4ANR A;  3B0K A;  3BKV A;  3ZVQ A;  1B9O A;  1B5U A;  1GBY A;  1GEZ A;  1B7O A;  3A94 A;  4Z41 A;  4W96 A;  1B2K A;  1QIO A;  4PRQ A;  1CKC A;  1NDG C;  2BQF A;  2CDS A;  1BQL Y;  5T3F A;  4Z3M A;  1LZY A;  1WQQ A;  2Z39 A;  2WAR A;  1DKJ A;  3D9A C;  2G4N A;  3WXU A;  1H6M A;  1GFT A;  1NDM C;  3WMK A;  4NGY A;  4H9E A;  3EMS A;  4HTQ A;  1B5V A;  4YOP A;  1YAO A;  1G7J C;  1WQM A;  5HNL A;  1GFG A;  2BQI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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