2Q9DA

Structure of spin-labeled t4 lysozyme mutant a41r1
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNCAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Structural determinants of nitroxide motion in spin-labeled proteins: Solvent-exposed sites in helix B of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2q9dA00
245LA 3FI5A 107LA 3DN0A 187LA 3HU9A 1DYBA 1P6YA 1L32A 113LA 1T8AA 3VW7A 211LA 2OTZX 4YXCA 218LA 2Z6BA 127LA 142LA 3DN1A 1SSYA 1L94A 3HDEA 1L87A 1P64A 3NY9A 3SB9A 1LYIA 1OVJA 226LA 3OE6A 1JTNA 236LA 3SB5A 1G0LA 182LA 1QTCA 164LA 255LA 4W52A 3F8VA 2B73A 155LA 4EKSA 4ARQA 2RB0X 3SB7A 3JR6A 1QUGA 178LA 181LA 2CUUA 2O79A 3DKEX 4ARLA 1QTVA 246LA 125LA 251LA 1LYEA 1L31A 2RH1A 1L98A 4I7QA 198LA 4K5YA 1DYEA 4GRVA 1L25A 1CX6A 1XJTA 1L16A 1CU3A 4EXMA 1L65A 241LA 144LA 1L96A 1L64A 177LA 239LA 1QTBA 1L27A 2L78A 1D3FA 2QARC 184LA 1KW5A 1L34A 215LA 259LA 1KY1A 3C80A 3CDQA 3DMZA 1C6KA 250LA 4W54A 1L53A 3GUNA 3SB6A 1TLAA 1KS3A 3HWLA 1L46A 2RB2X 1L61A 1PQDA 3SB8A 3UONA 1L89A 1SX2A 1L72A 3DN3A 112LA 220LA 1L74A 1L01A 147LA 2HUMA 3GULA 1C67A 1G07A 206LA 2OE4X 1PQMA 1LWGA 2RBOA 4ARMA 1L43A 123LA 1CVKA 200LA 197LA 128LA 223LA 1LYGA 213LA 148LE 1SX7A 1L77A 1L06A 3C8RA 4PJZA 131LA 1L07A 4I7KA 3QAKA 4LZMA 139LA 1QT8A 217LA 1QT7A 140LA 1L11A 1P46A 1QS9A 130LA 4S0WA 2B75A 2LC9A 248LA 3HH6A 4YXAC 230LA 1LYJA 2B6ZA 4ARPA 185LA 137LA 3DMVA 3FADA 4W56A 1C6CA 149LA 1L66A 5LZMA 3HH5A 1LI6A 1QTDA 1L88A 1P2RA 1QSQA 176LA 163LA 1LYDA 2B6WA 1L51A 1G06A 1P3NA 1LYHA 1L59A 1CV0A 1C61A 1L97A 3SN6R 165LA 158LA 3HU8A 1C6BA 1L95A 4W55A 4ARQB 4I7PA 1L15A 242LA 2RBSA 1T8FA 172LA 1C6FA 258LA 224LA 1C65A 4LDEA 229LA 3DMXA 1L17A 189LA 2Q9EA 2OE9X 3K2RA 233LA 152LA 1ZURA 3GUJA 1L76A 1C6JA 1L24A 4I7SA 3HH3A 1L57A 1CX7A 1C66A 252LA 3C8SA 6LZMA 2RBNA 4W51A 175LA 115LA 1L54A 1LYFA 2OU0X 1G0GA 1OV5A 244LA 1T97A 1L60A 261LA 1CUPA 2NTHA 240LA 1C6EA 1L70A 1L33A 108LA 170LA 1L82A 3RZEA 171LA 1PQKA 2B6TA 186LA 1NHBA 3GUKA 3ODUA 1SSWA 1CU5A 1L68A 2OEAX 1I6SA 4E97A 1C6DA 4ARJA 1L79A 1XEPA 1G0MA 4GBRB 2B7XA 3HH4A 227LA 1L63A 205LA 2LCBA 216LA 2OTYX 3OE9A 1L44A 3C7WA 1T8GA 1L42A 238LA 3L2XA 4PK0A 1C63A 1L84A 1PQJA 1L99A 1L19A 1L81A 1L56A 1L08A 1P56A 4DJHA 1L03A 3HUKA 1G1VA 4ARMB 1L41A 1L47A 3C81A 1QSBA 4I7TA 1OWYA 1LPYA 1L85A 1L05A 1L30A 4EPFA 4W58A 3HUQA 4ZPUA 2HULA 1K28A 168LA 3HTGA 1DYFA 3DN2A 1SWZA 1L18A 1D3JA 2OE7X 3GUOA 146LA 5I14A 183LA 1L90A 1G0JA 1L20A 1L86A 173LA 1C69A 1C6QA 1L38A 3HT8A 1QT3A 210LA 1PQOA 1LW9A 2O7AA 2RBRA 3HT7A 2IGCA 3PDSA 234LA 3HDFA 141LA 1WTHA 1L0KA 237LA 109LA 129LA 1P7SA 1DYCA 1L35A 247LA 1C6LA 199LA 1L55A 2A4TA 3HTFA 150LA 3F9LA 3HTBA 4I7NA 3C7YA 3DN6A 1QT6A 1QUDA 190LA 1L80A 1OWZA 4I7LA 1L23A 2RAYX 7LZMA 1CU6A 1CU0A 4DAJA 3FA0A 1L12A 103LA 156LA 2HUKA 221LA 1DYDA 114LA 1L02A 214LA 1XJUA 111LA 260LA 1L62A 192LA 1D2YA 1CTWA 2OU8A 1L36A 2F32A 1CV3A 1DYAA 1L50A 1C60A 235LA 1L39A 3EMLA 166LA 1L28A 102LA 2F47A 3OE0A 4I7OA 4DKLA 1P2LA 1L40A 219LA 253LA 2B6XA 169LA 1JQUA 2ANXA 1LWKA 143LA 1C6GA 1L21A 1C6NA 232LA 2RB1X 262LA 3V2YA 1D2WA 243LA 1G0QA 1QTHA 2LZMA 1L00A 4EKPA 2Q9DA 1L37A 4W57A 4AQNA 1G0KA 1L26A 4EKQA 3DNAA 2RBPA 4LDLA 1KW7A 3G3WA 1KNIA 138LA 1CV6A 196LA 1LGXA 3CDOA 1L14A 3G3XA 1CU2A 231LA 1C6MA 1P36A 1QT5A 1KY0A 4EPIA 2ANVA 1L75A 1L71A 1L69A 1C6HA 209LA 3DN4A 3GUIA 120LA 1OYUA 1L67A 3LZMA 1C6PA 3RUNA 119LA 4I7JA 167LA 110LA 212LA 1CV1A 1LGWA 249LA 1L09A 104LA 3HUAA 2B74A 3NY8A 3G3VA 118LA 3NYAA 145LA 1D3MA 222LA 4IAPA 1L0JA 1OV7A 3OE8A 3CDVA 159LA 4OO9A 4I7RA 3SBAA 1QT4A 2F2QA 4LDOA 2NTGA 1C6TA 162LA 1PQIA 188LA 3HTDA 1P5CA 1CV4A 1D9WA 2B6YA 1C6AA 1DYGA 1T6HA 1LI3A 201LA 3CDRA 1L29A 1LLHA 2B72A 3CDTA 180LA 1C64A 1P37A 3PBLA 1OVHA 3HT6A 1L92A 1L83A 2OU9A 1G1WA 1LI2A 174LA 122LA 3D4SA 1SWYA 1CUQA 1C62A 225LA 1L13A 4EKRA 157LA 3V2WA 195LA 4W59A 4YX7C 2RAZX 1L10A 160LA 1QTZA 1L91A 2O4WA 161LA 1JTMA 1OVKA 1C68A 256LA 1L48A 2QB0B 3DN8A 1L58A 1ZYTA 3HT9A 1L04A 2B70A 1LGUA 1C6IA 4EJ4A 3C82A 1ZWNA 1QUOA 3C8QA 254LA 1QS5A 151LA 1EPYA 1QUHA 4I7MA 1B6IA 191LA 4W53A 3GUMA 228LA 3C83A 1L45A 1L52A 1L73A 1L22A 2RBQA 1D3NA 1G0PA 1CV5A 257LA 3L64A 126LA 3GUPA 3SBBC 3C7ZA 1L49A 1L93A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2W1XA 4KT3A 187LA 2IFFY 4B0DA 1L32A 4LYCA 133LA 113LA 1LJGA 1UCOA 2ZQ3A 4WM3A 218LA 2HEDA 1AT5A 1T3PA 1L94A 4NSJA 3HDEA 1P64A 5F9UA 3SB9A 226LA 1JKDA 4YEOA 1IWWA 182LA 1EL1A 255LA 4BAFA 1GE3A 155LA 2B73A 4EKSA 1QTVA 4R0FA 1LJFA 4HV1A 125LA 5D5FA 3LYMA 1L31A 4WM1A 1YAQA 198LA 1IOSA 1GE1A 5FCPA 1CJ8A 2ZILA 1L25A 4H94A 1L16A 4EXMA 7LYZA 144LA 3WULA 1QTBA 1BB3A 5LVJA 3AZ6A 2LYZA 3TXIA 3CSRA 1L34A 3WUNA 3TXHA 1LZ6A 4NHTA 1LHHA 2CWIA 1C6KA 1TLAA 5IELA 4TUNA 1L61A 1IP4A 4G4HA 1NBZC 5I4WA 1RFPA 4L41A 4OOTA 4ETEA 4ETBA 1TBYA 1LZYA 1QTKA 5C6IA 1PQMA 1LWGA 4ETAA 1L43A 1JTOL 1CVKA 197LA 128LA 4NHSA 4H92A 2Z39A 1L77A 3LZ2A 135LA 1GDXA 131LA 4PJZA 1LSMA 139LA 217LA 1P46A 1IC5Y 1UBZA 1LSBA 4B1AA 1LHMA 2LC9A 3HH6A 1LYJA 3G3BB 4W56A 1CKHA 3N9EA 4ET9A 2HU1A 1HELA 5LZMA 1G7IC 8LYZA 1LI6A 163LA 1L51A 1J1OY 1L59A 2FYCA 4ET8A 2H9JA 2YBLA 1JTTL 2ZIJA 1IOCA 1L95A 4W55A 4ARQB 1T8FA 1C65A 4LDEA 2G4QA 5LYTA 189LA 1UIGA 1JIYA 1OP9B 1ZURA 3GUJA 1GFUA 1LZRA 2BQNA 4ZFPA 2DKVA 1PS5A 252LA 2A7FA 5K7OA 4DD2A 1G0GA 1C45A 4XN6A 3TXGA 1UACY 3AGIA 244LA 4WLXA 1L60A 1L33A 108LA 1IR7A 4BAPA 171LA 1PQKA 3RU5A 186LA 3ODUA 1SSWA 1I6SA 1GBXA 1H6MA 1XEPA 1G0MA 1B7QA 1LMTA 4U3XB 4CFPA 1T8GA 3N9AA 1L42A 4PK0A 5KXKA 1IY3A 2PC2A 1QSWA 4J1AA 1LZ9A 4HJVA 5KXTA 1WQPA 1IWUA 1L81A 3CQLA 1L56A 1LHJA 3ULRA 4X3BA 3HUKA 4ARMB 1L47A 2Z12A 3C81A 1IWZA 4H93A 1HENA 1YANA 1L85A 1HFYA 1GF7A 4EPFA 3HUQA 1WTNA 4YOPA 4ZPUA 5KXPA 5I53A 3HTGA 1DYFA 4TSCA 1SWZA 1L18A 1CKDA 1D3JA 1XFPL 2OE7X 146LA 4CFOA 1GF8A 1GB9A 183LA 1C69A 210LA 4WM2A 1LW9A 3AW7A 4DDCA 3AZ7A 4NHIA 2RBRA 3VWOA 1LJNA 1JEFA 2YDGA 3WU8A 3HDFA 4WG7A 1HEPA 3BKHA 1P7SA 4DD3A 5KKJA 5KXZA 199LA 1QQYA 2BQHA 4OWHA 1B9OA 1HSWA 2Y8PA 4I7NA 3DN6A 2F4AA 1CNSA 2LYMA 5HLLA 5APFA 2RAYX 2DQCY 1CU0A 1GFRA 2EPEA 4OOOA 3K3TA 1H87A 1I56A 3TMVA 1CTWA 2OU8A 1CV3A 4D9ZA 3EMLA 4HPIA 2MEAA 4EMNA 2YBMA 4H9EA 1D0MA 169LA 1DI3A 1G7LC 232LA 1B5VA 2RB1X 1D2WA 1LMOA 1QTHA 1QIOA 4ZEEA 1B5YA 5L3IA 2BQJA 5LINA 1G0KA 5LIOA 5B1GA 4EKQA 3DNAA 2D4KA 2RBPA 1XEJA 4NGWA 4H8XA 4HJZA 1LGXA 1QT5A 1DI5A 3DN4A 1NBYC 1OYUA 1VDPA 119LA 1JKAA 1LZNA 4I7JA 1EQ4A 1KIRC 2MEDA 1JTPL 1CKFA 110LA 1TEWA 3B6LA 5E9RA 5JENB 1LGWA 1L09A 104LA 4G4BA 3NY8A 3NYAA 222LA 2YSSC 1L0JA 3WXUA 2HEAA 3CDVA 4GCDA 3SBAA 2N5ZA 1WQOA 188LA 1NMMA 1D9WA 1T6HA 1ALCA 1L29A 4B49A 3CDTA 1D6QA 1P37A 1GXXA 1UC0A 4GCCA 1RJCB 2Z19A 3D4SA 154LA 225LA 4I0CA 1HEWA 1LOZA 5C6LA 3WUAA 2RAZX 1WTMA 160LA 2BQBA 1L91A 1OUEA 161LA 2XJWA 1IP5A 1HEMA 4DQJA 1C6IA 4EJ4A 1ZWNA 4NWHA 1GFGA 3B72A 4IASA 1QS5A 2BQEA 151LA 1QUHA 4NSGA 4YF2A 228LA 4GN5C 3C83A 1LKSA 1LZ4A 4IJ4A 4UWVA 1LHKA 1C7PA 5I4YA 1G0PA 3L64A 126LA 1LZAA 1LMNA 1GB8A 1LYSA 1RE2A 5FEKA 5FDJA 1XEKA 127LA 3QE8A 1LTMA 1SSYA 1L87A 2DQIY 1JTNA 1C43A 3WPLA 1QTCA 164LA 4PHIA 1C08C 3W6AA 3ZVQB 1LZTA 4C5FA 1QUGA 2O79A 1OUBA 1I20A 2DQDY 5I5QA 1LYEA 1TDYA 2RH1A 1HEQA 2C8OA 2Z37A 4I7QA 4K5YA 1XGUC 2I25L 1VDSA 1CJ9A 4GRVA 4G9SA 4XENA 5HMJA 4NGIA 2I26L 1L65A 2VB1A 1J1PY 1IWTA 1GB0A 177LA 3J6KA 1L27A 1D3FA 1P2CC 4QY9A 3EMSA 5HNCA 1F6RA 2X0AA 2RSCA 1YROA 1LYZA 215LA 1HMKA 2HU3A 4CJ2A 3CDQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2W1X A;  4KT3 A;  187L A;  2IFF Y;  4B0D A;  1L32 A;  4LYC A;  133L A;  113L A;  1LJG A;  1UCO A;  2ZQ3 A;  4WM3 A;  218L A;  2HED A;  1AT5 A;  1T3P A;  1L94 A;  4NSJ A;  3HDE A;  1P64 A;  5F9U A;  3SB9 A;  226L A;  1JKD A;  4YEO A;  1IWW A;  182L A;  1EL1 A;  255L A;  4BAF A;  1GE3 A;  155L A;  2B73 A;  4EKS A;  1QTV A;  4R0F A;  1LJF A;  4HV1 A;  125L A;  5D5F A;  3LYM A;  1L31 A;  4WM1 A;  1YAQ A;  198L A;  1IOS A;  1GE1 A;  5FCP A;  1CJ8 A;  2ZIL A;  1L25 A;  4H94 A;  1L16 A;  4EXM A;  7LYZ A;  144L A;  3WUL A;  1QTB A;  1BB3 A;  5LVJ A;  3AZ6 A;  2LYZ A;  3TXI A;  3CSR A;  1L34 A;  3WUN A;  3TXH A;  1LZ6 A;  4NHT A;  1LHH A;  2CWI A;  1C6K A;  1TLA A;  5IEL A;  4TUN A;  1L61 A;  1IP4 A;  4G4H A;  1NBZ C;  5I4W A;  1RFP A;  4L41 A;  4OOT A;  4ETE A;  4ETB A;  1TBY A;  1LZY A;  1QTK A;  5C6I A;  1PQM A;  1LWG A;  4ETA A;  1L43 A;  1JTO L;  1CVK A;  197L A;  128L A;  4NHS A;  4H92 A;  2Z39 A;  1L77 A;  3LZ2 A;  135L A;  1GDX A;  131L A;  4PJZ A;  1LSM A;  139L A;  217L A;  1P46 A;  1IC5 Y; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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