2Q9DA

Structure of spin-labeled t4 lysozyme mutant a41r1
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNCAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural determinants of nitroxide motion in spin-labeled proteins: Solvent-exposed sites in helix B of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2q9dA00
2RBSA 1LPYA 1ZWNA 1QSBA 3C7YA 2B6XA 1L06A 183LA 3RUNA 1CU2A 4AQNA 1C6IA 2ANXA 1L03A 1CV4A 2B75A 3HUAA 3HU9A 253LA 1C65A 1P56A 1L97A 2HULA 178LA 191LA 1CV6A 4IAPA 1C60A 1CU0A 1C61A 1L34A 1L05A 223LA 2ANVA 1L39A 3CDVA 7LZMA 4W53A 3GULA 2L78A 1LYJA 1SX2A 1P64A 3D4SA 1L43A 3HU8A 5I14A 1L27A 257LA 157LA 1L87A 1PQKA 4ARMB 122LA 209LA 1LGWA 1LI2A 141LA 213LA 1L89A 6LZMA 143LA 3C8SA 1SSYA 1L28A 1G0GA 1L0JA 3DMVA 1QUGA 1TLAA 1L19A 3GUKA 1T8AA 1CV3A 1L24A 1L17A 3OE6A 1G0JA 1KNIA 1QTVA 1B6IA 1L58A 3DN0A 1QUHA 1K28A 177LA 1L59A 1QSQA 148LE 4I7LA 3C82A 3LZMA 234LA 1C68A 170LA 1L99A 1QS5A 3HH5A 3HWLA 197LA 184LA 1DYEA 1L14A 175LA 3F8VA 2RB1X 182LA 3SB8A 2LCBA 145LA 1G06A 4I7TA 138LA 1QTBA 1G0MA 3HT9A 1LYFA 3SBBC 2CUUA 3HUKA 168LA 1PQOA 205LA 169LA 1C6BA 1L54A 3UONA 2NTHA 1QT6A 1LWKA 1C6QA 4ZPUA 1L73A 103LA 2Q9DA 3GUOA 1L85A 1C6CA 2F47A 152LA 206LA 1QTDA 1NHBA 3HDEA 3GUPA 3CDRA 4DAJA 162LA 2RBRA 1LYDA 3K2RA 2B6TA 1LI3A 4ARPA 1DYBA 2RBQA 4LDLA 3FI5A 142LA 185LA 1QTZA 1ZURA 5LZMA 1G0LA 245LA 1L98A 3HUQA 254LA 3GUMA 1QTHA 4I7PA 144LA 3DMZA 2Q9EA 1L92A 1QTCA 1D3FA 3GUJA 109LA 2RAYX 1G1VA 1C6DA 150LA 1L81A 3C83A 1C6LA 3HT7A 4DJHA 3HH3A 252LA 1QUDA 1T6HA 1CUQA 1L49A 244LA 1OVHA 4W58A 1L08A 1CV5A 1OVKA 1QUOA 1OVJA 3DN4A 247LA 1LGXA 4LZMA 1L15A 156LA 1KS3A 1L52A 1L18A 1P6YA 4OO9A 2OU8A 4I7KA 239LA 112LA 159LA 1DYFA 1T8GA 3V2WA 113LA 146LA 1L0KA 4I7OA 128LA 2QARC 1D3MA 255LA 3HT6A 1L55A 262LA 4ARMA 1P36A 235LA 1L57A 190LA 172LA 1C6EA 1D3JA 1L90A 1L33A 3SB5A 219LA 3G3WA 4E97A 251LA 3SN6R 1L09A 151LA 2QB0B 222LA 3JR6A 4GRVA 216LA 1LGUA 231LA 3CDOA 3EMLA 149LA 4I7QA 1LYHA 2B6WA 2RB0X 1L31A 217LA 1L72A 118LA 1OV5A 2OU9A 4DKLA 130LA 1QS9A 1L01A 139LA 1L60A 1LYIA 240LA 2RBNA 4EKSA 214LA 1LI6A 2B6ZA 1L12A 1SWYA 256LA 127LA 3C7ZA 4ARQA 1L50A 200LA 161LA 1L51A 1L56A 155LA 1L32A 158LA 1JTNA 1L67A 188LA 1L91A 126LA 186LA 1L94A 1LWGA 4S0WA 1L23A 1CU5A 3G3XA 1EPYA 3DN8A 2IGCA 163LA 4I7RA 3QAKA 1L44A 2O7AA 258LA 1G0QA 1L38A 1DYCA 3HH6A 4W54A 2OU0X 3DMXA 3OE9A 1L82A 260LA 1G0KA 1PQJA 2HUKA 226LA 2LZMA 3SB6A 243LA 2RH1A 2B6YA 210LA 1L71A 1L11A 1L66A 1P5CA 2RBPA 1P46A 1L20A 147LA 2OE9X 1C6PA 2A4TA 1C6NA 227LA 3PBLA 1C6AA 3C81A 1D2YA 1JQUA 3DN6A 1SX7A 2O79A 2F2QA 3VW7A 1L04A 176LA 1CX6A 1L95A 180LA 4EJ4A 218LA 1T97A 3C7WA 1L96A 1CV1A 129LA 2F32A 1CV0A 1WTHA 2RAZX 4EKRA 3HT8A 2OE4X 3CDQA 192LA 3V2YA 165LA 4YXAC 1PQIA 1LYEA 1L45A 1L29A 211LA 3DNAA 1OWYA 160LA 1L26A 1LYGA 1CU3A 4ARLA 3C8RA 224LA 1CUPA 3OE8A 1C6JA 181LA 4EXMA 3RZEA 1LLHA 3DKEX 3HTDA 4LDOA 1L86A 3PDSA 3C8QA 1PQMA 1L68A 2B74A 3DN2A 4EPIA 1L84A 189LA 4YXCA 1C6HA 1C62A 2OTZX 1OV7A 1L02A 1ZYTA 3DN1A 229LA 2OEAX 1CX7A 2OTYX 1L42A 1L80A 1C67A 3L64A 2B7XA 2B73A 104LA 4I7SA 1L63A 2O4WA 4ARJA 4I7JA 1L69A 4W57A 1L35A 1PQDA 3HDFA 3FADA 1L77A 1L00A 1L70A 1CVKA 166LA 3ODUA 1OWZA 120LA 140LA 2RBOA 3GUIA 3L2XA 1L10A 1L40A 1P2LA 232LA 3G3VA 3CDTA 1C6TA 221LA 102LA 2NTGA 1KW7A 1L79A 1QT3A 196LA 228LA 107LA 1L53A 3F9LA 248LA 3NYAA 1CTWA 1G1WA 1I6SA 1L30A 1QT5A 212LA 114LA 1C64A 249LA 1L13A 1SWZA 173LA 3HH4A 2B70A 250LA 1P37A 3OE0A 1L65A 4LDEA 1L22A 1SSWA 220LA 137LA 171LA 1L83A 3HTFA 4W56A 1C66A 1L74A 1G0PA 1L75A 2Z6BA 4W59A 111LA 1C69A 1L76A 1L48A 1C6FA 1D9WA 164LA 1L25A 4PK0A 1OYUA 1T8FA 115LA 1DYAA 1P7SA 1G07A 2HUMA 3SB7A 167LA 1L88A 1L62A 3NY8A 259LA 1L64A 1KY1A 123LA 4PJZA 4EKPA 261LA 4ARQB 125LA 3C80A 174LA 1C6MA 3HTGA 4EPFA 1QT4A 201LA 195LA 119LA 1L21A 4I7MA 238LA 199LA 236LA 1L47A 230LA 1D2WA 131LA 1QT7A 1D3NA 1XJTA 237LA 1L37A 1JTMA 1L16A 241LA 4GBRB 1L41A 1C6KA 1DYGA 3HTBA 4EKQA 1C63A 225LA 3FA0A 1P2RA 242LA 1KW5A 198LA 4W55A 2B72A 2RB2X 4W51A 1L61A 4K5YA 3GUNA 215LA 4I7NA 1XJUA 1L36A 1L07A 187LA 246LA 1DYDA 110LA 1L46A 4YX7C 1QT8A 1C6GA 233LA 1LW9A 1L93A 3NY9A 3SB9A 3DN3A 2OE7X 3SBAA 1XEPA 1KY0A 1P3NA 108LA 1CU6A 2LC9A 4W52A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RBSA 2YVBA 1GB2A 1GD6A 1HENA 3IJUA 2DQGY 4ETBA 183LA 1CU2A 8LYZA 2ANXA 1CKDA 1QIOA 1HFXA 3B0OA 1C65A 1JEFA 1C60A 1CU0A 4AXTA 2ANVA 3AJNA 2F2NA 5KXMA 4DDBA 3CDVA 1IOCA 1B5VA 4Z46A 1IIZA 5B07A 3TMUA 1LYJA 3D4SA 5FELA 157LA 1LGWA 4J0LA 2DQEY 143LA 3F6ZA 5LAGA 3GUKA 3DMVA 1QUGA 1Z55A 1CV3A 4WO6A 1I56A 4HTQA 3CB7A 1OUEA 1G0JA 1B6IA 1L58A 1RE2A 2BLYA 3A6CY 4CFPA 3RZ4A 1L59A 2MEEA 4LT2A 4WM1A 3LZMA 4LT0A 1C68A 1OUCA 1QS5A 4GN5C 3HH5A 1L14A 1GB0A 3SB8A 2LYZA 2LZ2A 5LVGA 138LA 1UACY 1G0MA 4CJ2A 1LZ6A 3SBBC 1IC7Y 2CUUA 3HUKA 3WW5A 168LA 1JIYA 4Z41A 1L54A 3UONA 2NTHA 1QT6A 1J1XY 1L73A 1FDLY 103LA 3AW7A 3GUOA 1C6CA 2F47A 152LA 1GFEA 1OUIA 1OUHA 2RBRA 1LI3A 1VDTA 2RBQA 1JISA 3W6FA 4LYOA 5C6IA 1QTZA 1LJNA 1J1PY 1L98A 254LA 1C43A 144LA 2Q9EA 1HFYA 3AGGG 3CQLA 3ZEKA 2W1LA 5DN4A 150LA 1L49A 4OWCA 1OVHA 4W58A 1QUOA 1OVJA 3B72A 1LGXA 4LZMA 156LA 1KS3A 1QUTA 2A7DA 1L18A 1LMTA 1D9UA 2MEBA 1DYFA 1FLQA 2YBNA 1T8GA 3V2WA 1BB6A 1GF0A 2XBSA 1KXXA 1TCYA 5KXZA 1BWHA 4ARMA 235LA 1KXWA 3AZ5A 1A4VA 1REXA 4DD9A 4E3UA 5E9RA 251LA 1OUDA 4CGEA 3JR6A 2BPUA 1LAAA 4I7QA 5A3ZA 4QY9A 3B6LA 1XEKA 217LA 1L72A 1C45A 1B7NA 1L01A 4LFXA 1B5UA 1LPIA 1LYIA 1XGPC 4EKSA 1NMMA 127LA 1DKJA 4H94A 1L51A 1NWGA 3AW6A 1HERA 1L67A 186LA 1LWGA 1L23A 1CU5A 1RFPA 1LMPA 4ML7A 3WU8A 2ZQ3A 163LA 1KIQC 1OUGA 258LA 3A92A 1AT5A 5HMVA 4H91A 3QNGA 2OU0X 4I8SA 1GBZA 1XSFA 260LA 2HUKA 5B59A 1GBWA 3N9AA 3B0IA 2RH1A 1LJEA 3HBEX 4J7VA 3ZVQA 1L66A 1GF3A 5LVHA 1P46A 1IP7A 147LA 5I4WA 1C6PA 2A4TA 1B7PA 4NGZA 3P68A 1B7LA 1C6AA 1JQUA 1BB3A 3VW7A 1HMLA 1B7RA 5DM9A 2F32A 3WU9A 1WTHA 2ZIKA 192LA 2C8PA 5LVJA 1PQIA 4MR1A 1L45A 1IC5Y 2ZYPA 2DQCY 2LZTA 4OW1A 181LA 1YROA 3A34A 1YILA 2BQEA 1L68A 2BQOA 2B5ZA 4NHQA 3DN2A 4XJGA 1B9OA 1C6HA 2OTZX 1L02A 1WQRA 1ZYTA 4GN3A 1YKZX 5ILFA 1L80A 2B73A 104LA 4I7JA 1LSEA 1OQMA 1PQDA 1D0LA 1L77A 2G4QA 1XEIA 135LA 2RBOA 2Z19A 3W6DA 4ZFPA 3CT0A 1L40A 1P2LA 232LA 102LA 1OUBA 1QT3A 196LA 248LA 4DQ7A 1L30A 1QT5A 4RLNA 1OUJA 114LA 5F9XA 2BQLA 1ZVYB 1GB5A 3WUNA 3WPLA 1C08C 1GF4A 1HF4A 5I4YA 1JWRA 1L75A 2BQAA 2WARA 1C69A 1L76A 1NKHA 5II3A 4YENA 2HEDA 9LYZA 1T8FA 115LA 4NGVA 4LYBA 4A7DA 4PJZA 3VWOA 2BQMA 4HV2A 2I6ZA 4ARQB 3BKHA 1C6MA 1GF9A 238LA 1GB9A 1NHEA 1G7HC 1WQQA 4ETAA 1QT7A 1W6ZA 1HELA 1GE2A 3LYOA 1WTNA 241LA 3J4GA 1DYGA 3HTBA 1BHZA 1P2RA 2X0AA 198LA 2RB2X 1L61A 4B4EA 2NWDX 3P65A 4I7NA 1QDRA 3SP3A 1D6PA 1GFUA 2VB1A 1QT8A 1LSYA 3DN3A 3CT5A 108LA 4W94A 1CKGA 4W52A 1LPYA 1UICA 1ZWNA 1TBYA 1QSBA 4N8ZA 4NGYA 1VFBC 4QGZA 1H6MA 1GB6A 4N9RA 1V7SA 4NSGA 1C6IA 1G7JC 1BQLY 3BKVA 3HUAA 2CDSA 3WXUA 1JJ3A 1P56A 4XJDA 2HULA 178LA 4G9SA 1CV6A 4LYTA 1NDGC 5LYMA 1C61A 1L34A 1VAUA 4GCBA 1AKIA 5B06A 1F10A 1QTEA 2Y8PA 3WXTA 4W53A 4Z3MA 1SX2A 1P64A 1LZAA 1TAYA 5DLAA 3P64A 1HEOA 4NG8A 1B7SA 1LZGA 4OOTA 1GFTA 4N5RA 4XJFA 1QUSA 1FBIX 209LA 1LMNA 4FJRA 1GXV2 213LA 1LMCA 3N9EA 1TLAA 1L19A 5HLLA 1L24A 1L17A 5LYZA 1LHJA 1XEJA 4WO9A 1ZMYL 3DN0A 2DQHY 4MCKA 2A7FA 1QSQA 1JKCA 1RJCB 1LSMA 170LA 1L99A 3TXBA 1GB8A 1YAPA 1GEZA 3KAMA 3WVXA 1QTBA 3WPJA 2DQJY 4NGOA 4H90A 1XFPL 1HSWA 5F9UA 1UCOA 1UIAA 1VEDA 1C6QA 1TDYA 5FHWA 4PHIA 3LZTA 1NHBA 3HDEA 4WLYA 4DAJA 162LA 1LYDA 1CKHA 2BQDA 1FLYA 2EPEA 1DYBA 4ARPA 1NQIA 2Z38A 1ZURA 5LZMA 4HPIA 4MSTA 3HUQA 3DMZA 1CNSA 1QTCA 1D3FA 2BQBA 3GUJA 5KXNA 3OJPA 2D4IA 1C6DA 4R6CA 1B7OA 2MEAA 1HEMA 4ET8A 1QUDA 2BQKA 1CUQA 244LA 4NWEA 4IASA 2DBTA 1B5ZA 2C8OA 1JKAA 1L52A 1P6YA 4WLDA 239LA 3A96A 4KXIA 1C10A 4GCCA 1JTPL 4XJIA 2QARC 1JSFA 1D3MA 1P36A 172LA 1B5YA 5B1GA 1L33A 3SB5A 4E97A 4J1BA 1L09A 1LOZA 3SN6R 3TXIA 7LYZA 4GRVA 3CDOA 4B49A 3EMLA 3FI7A 3G3AB 2B6WA 3A91A 5IDDA 4RW1A 3A6BY 130LA 4EMNA 2YBMA 240LA 1LSPA 4RW2A 1JHLA 1LYZA 256LA 1L50A 1IP4A 4XJBA 155LA 1L32A 4LGKA 188LA 1L91A 1GWDA 1F6SA 1L94A 4S0WA 4BADA 2Q0MX 3DN8A 1HNLA 4I7RA 1L44A 1GF6A 4WLTA 3EXDA 3DMXA 1L82A 1HFZA 2XQOA 5C6LA 4H8ZA 3W3EA 226LA 2ZWBA 4B4JA 1XGRC 4XYYA 4HP0A 2Z18A 4NHPA 3IJVA 1C6NA 3PBLA 4NHTA 1QSAA 4WMGA 1LJ4A 5LAFA 2F2QA 1L95A 1ALCA 180LA 218LA 3C7WA 1GHLA 5DN5A 3FE0A 4CFOA 2DQIY 3CDQA 4DD2A 4GLVA 1UIEA 3TMXA 1IVMA 4HSFA 1LZTA 1OWYA 2YBJA 4NIJA 1B7MA 3TXKA 2W1XA 1EQEA 5IELA 1JUGA 4LDOA 1D6QA 1GBOA 1L86A 3PDSA 3C8QA 1PQMA 1B5XA 1L84A 1REMA 5DL9A 1T6VL 3AZ6A 1HEWA 1GPQC 4GCDA 1YL1X 3AB6A 3DN1A 2BLXA 5FSTA 3EBAB 2OEAX 1CX7A 3J6KA 1L42A 3L64A 1KIPC 2B7XA 5HNCA 4I7SA 1BVKC 1L63A 1L69A 4H8XA 4DDAA 4W57A 1L35A 5APFA 3FADA 3EMSA 4D9ZA 2FBDA 2DQFC 4FDYA 3ODUA 1WVVA 1OWZA 140LA 3GUIA 3L2XA 1LZ9A 3WVYA 2LYOA 4IJ4A 4WM5A 221LA 5FCPA 4G4HA 1KW7A 1IORA 3GXKA 4QDNA 3EO5A 3LYMA 1L53A 4N0JA 212LA 1TEWA 173LA 1B0DA 4WL6A 4LDEA 1L22A 220LA 4L41A 4XN6A 1L83A 1L74A 1LZ4A 2Z6BA 4W59A 2CGIA 4H9CA 4ETEA 3W6CA 164LA 1LZEA 1OYUA 1P7SA 2HUMA 3SB7A 167LA 5HMJA 1I1ZA 3NY8A 123LA 1UBZA 3P66A 4EKPA 2XJWA 3C80A 4DT3A 4P2EA 1F6RA 1LCNA 5APCA 3HTGA 201LA 195LA 119LA 1L21A 4DD1A 199LA 1XJTA 1IP3A 5LA8A 4GBRB 1C6KA 5KY1A 4EKQA 4XADA 1C63A 2I25L 4W51A 3WL2A 4K5YA 5I4XA 3CSZA 4HV1A 187LA 1WVUA 4G49A 110LA 3ZVQB 1GDXA 4WL7A 1FKQA 1JJ1A 3SBAA 1KY0A 1CU6A 3QY4A 1RI8B 3WYHA 2BQHA 2HUBA 1LYOA 3A3QA 2LC9A 2FBBA 1VATA 2DQAA 3A3RX 5KXSA 5KXPA 3C7YA 4UWNA 3ULRA 2MEHA 4AQNA 2I26L 4BS7A 3M3UA 1YKXX 4DC4A 3AGIA 4H9BA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2RBS A;  2YVB A;  1GB2 A;  1GD6 A;  1HEN A;  3IJU A;  2DQG Y;  4ETB A;  183L A;  1CU2 A;  8LYZ A;  2ANX A;  1CKD A;  1QIO A;  1HFX A;  3B0O A;  1C65 A;  1JEF A;  1C60 A;  1CU0 A;  4AXT A;  2ANV A;  3AJN A;  2F2N A;  5KXM A;  4DDB A;  3CDV A;  1IOC A;  1B5V A;  4Z46 A;  1IIZ A;  5B07 A;  3TMU A;  1LYJ A;  3D4S A;  5FEL A;  157L A;  1LGW A;  4J0L A;  2DQE Y;  143L A;  3F6Z A;  5LAG A;  3GUK A;  3DMV A;  1QUG A;  1Z55 A;  1CV3 A;  4WO6 A;  1I56 A;  4HTQ A;  3CB7 A;  1OUE A;  1G0J A;  1B6I A;  1L58 A;  1RE2 A;  2BLY A;  3A6C Y;  4CFP A;  3RZ4 A;  1L59 A;  2MEE A;  4LT2 A;  4WM1 A;  3LZM A;  4LT0 A;  1C68 A;  1OUC A;  1QS5 A;  4GN5 C;  3HH5 A;  1L14 A;  1GB0 A;  3SB8 A;  2LYZ A;  2LZ2 A;  5LVG A;  138L A;  1UAC Y;  1G0M A;  4CJ2 A;  1LZ6 A;  3SBB C;  1IC7 Y;  2CUU A;  3HUK A;  3WW5 A;  168L A;  1JIY A;  4Z41 A;  1L54 A;  3UON A;  2NTH A;  1QT6 A;  1J1X Y;  1L73 A;  1FDL Y;  103L A;  3AW7 A;  3GUO A;  1C6C A;  2F47 A;  152L A;  1GFE A;  1OUI A;  1OUH A;  2RBR A;  1LI3 A;  1VDT A;  2RBQ A;  1JIS A; 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