2Q9EA

Structure of spin-labeled t4 lysozyme mutant s44r1
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKCELDKAIGRNTAGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural determinants of nitroxide motion in spin-labeled proteins: Solvent-exposed sites in helix B of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2q9eA00
1L42A 1CV4A 1OVHA 1CU5A 3NYAA 3SB5A 177LA 131LA 1LI2A 1XEPA 2OTZX 4ARMA 1L84A 4ZPUA 210LA 3OE0A 147LA 1L09A 1C6HA 1PQKA 3FI5A 125LA 3SB8A 1L79A 226LA 1JTMA 3SB6A 1P36A 243LA 2LCBA 1QTHA 1PQMA 3DN3A 2OE9X 1L57A 5I14A 1L28A 1QT3A 1T6HA 112LA 1L16A 1L19A 3GUJA 1CU0A 239LA 1C6TA 1L32A 2OEAX 1CUPA 3HT7A 4DAJA 1L93A 261LA 122LA 2OU9A 2B73A 1C6DA 1QUDA 3C7YA 2ANXA 219LA 1L83A 128LA 1ZURA 1L22A 4EXMA 1OYUA 4LDOA 1LYHA 1L62A 2OE4X 180LA 3SB9A 1L21A 4W54A 1L01A 167LA 249LA 4I7PA 4ARMB 247LA 1G1WA 143LA 145LA 1L06A 1CX6A 1L27A 1LYJA 3PBLA 155LA 1QT5A 1CV3A 126LA 1KNIA 1LWGA 5LZMA 245LA 1L08A 4OO9A 2ANVA 1L25A 1C63A 1OVKA 1L52A 1QSQA 2O4WA 2Z6BA 158LA 1L23A 1G07A 3SBBC 1C60A 149LA 1L12A 151LA 1SX2A 2RAYX 1G0GA 3C8QA 4EJ4A 1CV0A 110LA 1C66A 3EMLA 4PK0A 1P2RA 1L24A 4W57A 3C7ZA 1B6IA 1L38A 3VW7A 3DMVA 1D3NA 2B7XA 3L2XA 1SSYA 1L98A 1C69A 1QUGA 257LA 1L26A 2F32A 3PDSA 1JTNA 3NY9A 4W52A 190LA 1C6AA 221LA 255LA 1L04A 2RB1X 215LA 186LA 248LA 3HDFA 1CV1A 3V2YA 3G3WA 1L11A 1L35A 1L07A 3JR6A 1OV5A 224LA 4I7RA 240LA 2RB2X 198LA 3V2WA 2Q9DA 3C7WA 218LA 2RBNA 1L51A 1KY0A 3DKEX 1L50A 1L68A 1L94A 1TLAA 170LA 1QUOA 3DMZA 140LA 1L82A 118LA 205LA 229LA 4ARPA 137LA 196LA 152LA 1L86A 1LYFA 1QT6A 1L41A 2HUKA 1QT7A 1SWZA 2B6TA 1CUQA 1OVJA 1L14A 4YXCA 1C6GA 4K5YA 212LA 114LA 1EPYA 2B6WA 1DYEA 1G0LA 3SB7A 2O7AA 181LA 1ZWNA 251LA 4W51A 1T97A 139LA 4ARLA 123LA 214LA 262LA 141LA 1L99A 254LA 102LA 1C6BA 1QTZA 223LA 1C6KA 1P5CA 4EKPA 209LA 108LA 242LA 1D2WA 173LA 4W55A 3HT9A 4PJZA 3SBAA 4EKQA 211LA 200LA 1DYAA 1L66A 162LA 1L18A 1C6FA 2HUMA 159LA 4DKLA 169LA 3DN6A 111LA 1G1VA 1L88A 182LA 2B70A 3OE9A 1L85A 234LA 227LA 187LA 1T8GA 1T8AA 3HTDA 146LA 4W58A 1LLHA 3CDQA 1L59A 260LA 4I7MA 1L90A 3FADA 1L0KA 236LA 1SSWA 1L96A 1L95A 1KW7A 3C8RA 3FA0A 3GUMA 1P37A 1D2YA 1L61A 3OE6A 1DYGA 2OE7X 4GBRB 1L77A 3QAKA 1L64A 2Q9EA 120LA 191LA 183LA 3NY8A 1C62A 1L47A 2OU0X 1C6LA 1L13A 2RBRA 3HH3A 4E97A 1L40A 1C6NA 1P64A 2B72A 1WTHA 171LA 259LA 1L33A 1C6QA 1D3MA 1KY1A 228LA 2F2QA 2HULA 1L58A 185LA 1L65A 1L44A 1L97A 1L63A 4GRVA 1L20A 1K28A 1QTBA 1KS3A 3HTGA 1LI3A 3RUNA 252LA 3C83A 197LA 2OU8A 1QS9A 3HH6A 1L03A 4LDLA 1C6PA 1LYGA 1DYFA 1C6JA 4ARJA 1L49A 1L67A 3HT6A 2B75A 1QT8A 201LA 3DMXA 235LA 1OWZA 129LA 1P46A 4I7LA 3GUPA 1L55A 113LA 195LA 1L72A 1PQJA 253LA 1G0QA 4EKSA 1L05A 216LA 164LA 1L73A 199LA 1L76A 2IGCA 1L53A 1ZYTA 2NTGA 1OV7A 222LA 1LYEA 2LZMA 1P56A 3DN2A 225LA 3CDVA 1L39A 178LA 1C64A 1L89A 4I7SA 142LA 256LA 1L80A 237LA 1PQIA 2B6ZA 1L48A 1QTCA 4I7TA 1C6MA 1L37A 4S0WA 4EPFA 4I7JA 161LA 1L29A 1C68A 1NHBA 3HUKA 3OE8A 4EPIA 1QTDA 1P3NA 217LA 1L92A 3UONA 1LYIA 1CX7A 1L81A 220LA 1LW9A 1G0JA 2QB0B 156LA 3CDTA 1QT4A 1LI6A 119LA 1L15A 2RBSA 165LA 168LA 3HU8A 4W56A 109LA 4YXAC 1JQUA 1L60A 1C61A 192LA 4DJHA 3DN1A 231LA 1CV5A 184LA 1PQOA 1L87A 1XJTA 206LA 213LA 232LA 3HDEA 2L78A 3HH4A 3HUQA 1XJUA 1L30A 2RBQA 1L56A 1CTWA 3HTBA 4AQNA 4EKRA 2O79A 1L45A 1L54A 188LA 2RBPA 1L02A 1T8FA 130LA 1CU6A 1DYDA 1KW5A 1LGUA 246LA 250LA 4LDEA 3DN8A 1PQDA 103LA 233LA 175LA 1I6SA 1L70A 258LA 1L71A 174LA 3HTFA 230LA 4ARQA 3C8SA 1C6IA 160LA 1L43A 4YX7C 1L46A 3GUNA 1DYBA 166LA 1DYCA 1LGXA 1CVKA 4IAPA 3LZMA 1C6CA 1D3FA 3GUIA 150LA 1P7SA 3GUKA 1D3JA 4I7OA 1L69A 2F47A 1G0PA 3L64A 1L0JA 6LZMA 1P6YA 1G0KA 1SX7A 2RAZX 2RBOA 1L34A 3K2RA 138LA 1LPYA 4I7QA 2OTYX 1OWYA 1CU2A 4I7NA 3SN6R 3DN4A 172LA 3RZEA 1P2LA 2QARC 2RB0X 1CV6A 176LA 189LA 2LC9A 1QS5A 1LYDA 1G06A 3C81A 157LA 3CDRA 2A4TA 1C6EA 1QUHA 1C67A 1D9WA 107LA 104LA 148LE 4ARQB 1L31A 1L91A 2B74A 3C80A 3G3VA 3HT8A 1C65A 3CDOA 3DN0A 1G0MA 3DNAA 163LA 1LWKA 238LA 3C82A 244LA 3GUOA 3G3XA 4LZMA 1QTVA 1SWYA 3F9LA 1CU3A 1L36A 1L00A 1L75A 3F8VA 3HUAA 127LA 1L74A 2NTHA 3GULA 2CUUA 2B6YA 3HWLA 115LA 1L17A 4W59A 144LA 1LGWA 3ODUA 1L10A 2B6XA 241LA 7LZMA 2RH1A 3D4SA 1QSBA 4I7KA 3HU9A 3HH5A 4W53A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CV4A 2G4NA 3EBAB 4LYOA 3NYAA 3SB5A 177LA 131LA 1XEPA 2C8OA 4N1CC 2OTZX 2DQGY 4ARMA 210LA 1PQKA 3SB8A 1D0MA 1KXYA 1LJGA 5APFA 1JTMA 1XGRC 1P36A 3OJPA 3OK0A 1PQMA 5I14A 1L28A 1T6HA 4UWVA 3GUJA 1YKYX 2HECA 1C6TA 1LKRA 3AZ4A 4XYYA 2OEAX 1CUPA 1NWGA 4Z98A 4DT3A 122LA 1NMMA 1IP4A 128LA 1LHJA 1LZNA 4NGVA 1OYUA 4AGAA 4LDOA 3WL2A 4M6DA 2BQHA 4NIJA 4DD0A 1FLWA 1QTKA 4NWHA 3IJUA 5FEKA 1L06A 1O23A 1LPIA 1IC5Y 1BWJA 3W6AA 155LA 3AGHA 1NQIA 5LZMA 1UIDA 1CKFA 2ANVA 1AT6A 1L52A 4D9ZA 2Z6BA 4LT1A 1IY4A 1A2YC 1IR7A 4LYCA 1V7TA 1C60A 1B0DA 4H8XA 151LA 3G3BB 1G0GA 1BHZA 3C8QA 4EJ4A 1H6MA 4OWCA 3EMLA 1P2RA 1CKGA 1L24A 4W57A 1MLCE 3C7ZA 3A95A 5B05A 1B7MA 2B7XA 3L2XA 1BB7A 2ZILA 257LA 5A3ZA 1GE4A 2HEAA 3PDSA 1JTNA 4W52A 1C6AA 1HMLA 4NG1A 4C3WA 1LJ4A 4EOFA 5KXYA 248LA 1GXV2 3V2YA 5I4XA 3G3WA 3LHMA 1L35A 2WARA 7LYZA 224LA 1C08C 2RB2X 3V2WA 2Q9DA 2YBIA 3SP3A 3AZ5A 218LA 5IELA 3DKEX 1L50A 4DYGA 1AKIA 5A3EA 3TXDA 3DMZA 2EKSC 1L41A 2HUKA 4GN5C 4U3XB 3HBEX 4K5YA 1CJ6A 1LJFA 114LA 1EPYA 1IORA 2XJWA 3AW7A 1GE3A 4C5FA 1GEZA 1LJHA 1JTTL 1ZWNA 139LA 1YL1X 262LA 254LA 4HJZA 1NDMC 1QTZA 1WVUA 242LA 1D2WA 173LA 194LA 4W55A 3HT9A 1YAOA 211LA 5AMYA 4ET8A 3TMXA 1LZDA 1GBOA 2Z2EA 4DKLA 2MEIA 1LSCA 3A6CY 3OE9A 2BQJA 3RZ4A 2BQLA 5LINA 2EQLA 3CDQA 1L59A 5KXLA 3FADA 1LZTA 1L0KA 4LFPA 1PZYA 1D0LA 1D6PA 1L96A 1GFUA 4GN3A 5HMJA 1L61A 6LYZA 1DYGA 4OOOA 3A3QA 3ZVQA 3WUNA 191LA 4DQJA 4NEBA 5DLAA 1C6NA 259LA 2F2QA 1RI8B 3P4ZA 5LVKA 1L44A 1L97A 2LHMA 1JKCA 3HTGA 252LA 3C83A 2OU8A 1QS9A 1OUJA 4MCKA 1VDTA 1UC0A 4LDLA 5LIOA 1DYFA 1C6JA 4PRQA 1QT8A 2BPUA 235LA 1LJ3A 3TXHA 4NSJA 4I7LA 5HNLA 1I56A 1Z55A 3HBDA 1L72A 2D91A 1L05A 1QSWA 1FBIX 3P68A 1JWRA 1I20A 4H92A 2IGCA 4NSIA 1XGQC 222LA 4HPIA 2FYDA 3LZTA 3LN2A 4NSGA 4WL6A 4LYMA 4GCEA 4PJ2C 142LA 1FLYA 1L80A 237LA 1PQIA 1L48A 4GLAA 3EO5A 1L29A 4N1EI 5KXRA 3AW6A 2Z18A 4EPIA 4DD1A 5FELA 5C6IA 1CX7A 1G0JA 3LYTA 1GFJA 1LJIA 1LI6A 4KT3A 1LZGA 1OUFA 4H9IA 109LA 4XJHA 1AM7A 1MELL 1UIFA 1IC7Y 4YXAC 3CQLA 2W1XA 1CJ9A 4MSTA 1FLQA 1L87A 1XJTA 3WMKA 206LA 3FE0A 213LA 4UWNA 1L30A 2FBDA 4NHIA 4BADA 4EKRA 1LMTA 1BVXA 1ZMYL 3B0OA 2BQFA 1CU6A 5APEA 1GBSA 4OWHA 1PQDA 3A34A 1JTOL 1JITA 1HFYA 1WVVA 1C6IA 4LYBA 4YX7C 2FBBA 1DYBA 1LGXA 4IAPA 3LZMA 2H9JA 4AXTA 150LA 4PGJB 1GDWA 1ZVYB 2BQBA 3BKVA 1D3JA 3GUKA 2YVBA 2CJLA 2F47A 1G0PA 4ETDA 1PS5A 1G0KA 1SX7A 2HEFA 1L34A 5LVJA 3K2RA 4MR1A 1LPYA 1UUZC 4I7QA 3RZEA 1P2LA 2QARC 1CV6A 3WULA 1YAMA 1QS5A 4NHQA 4J0LA 1DQJC 1G06A 2W1LA 1B7RA 157LA 2DQDY 2A4TA 3CDRA 3ATNA 2HUBA 1GB5A 4GLVA 3WU7A 104LA 1XGPC 3G3VA 1DKJA 1C65A 3A90A 3DN0A 3DNAA 3LYZA 4UWUA 163LA 1LWKA 238LA 4WM2A 4NWEA 1LSNA 1QTVA 1SWYA 1LHLA 1L00A 4RW1A 1L74A 4HP0A 1UIHA 4G4BA 144LA 4NGLA 4B1AA 1G7MC 2B6XA 2RH1A 1LZ1A 1B9OA 3F6ZA 2IHLA 2MEHA 1YKZX 1T6VL 1LZAA 3B72A 3N9AA 4YOPA 1L79A 2I6ZA 3SB6A 243LA 1QTHA 1SQ2L 3DN3A 1GPQC 2OE9X 4RW2A 1L57A 112LA 1L16A 2HEEA 1BVKC 1L19A 3RNXA 2BQEA 1GB8A 2Z39A 1LAAA 2AUBA 3WW5A 1GF0A 4I8SA 261LA 1GAYA 1IP6A 1FKQA 2OU9A 3C7YA 1F0WA 1XGUC 1I1ZA 2ANXA 1C43A 1L22A 4EXMA 1FN5A 4W54A 1L01A 4I7PA 247LA 3WXUA 1G1WA 145LA 1L27A 1LYJA 3WU9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1CV4 A;  2G4N A;  3EBA B;  4LYO A;  3NYA A;  3SB5 A;  177L A;  131L A;  1XEP A;  2C8O A;  4N1C C;  2OTZ X;  2DQG Y;  4ARM A;  210L A;  1PQK A;  3SB8 A;  1D0M A;  1KXY A;  1LJG A;  5APF A;  1JTM A;  1XGR C;  1P36 A;  3OJP A;  3OK0 A;  1PQM A;  5I14 A;  1L28 A;  1T6H A;  4UWV A;  3GUJ A;  1YKY X;  2HEC A;  1C6T A;  1LKR A;  3AZ4 A;  4XYY A;  2OEA X;  1CUP A;  1NWG A;  4Z98 A;  4DT3 A;  122L A;  1NMM A;  1IP4 A;  128L A;  1LHJ A;  1LZN A;  4NGV A;  1OYU A;  4AGA A;  4LDO A;  3WL2 A;  4M6D A;  2BQH A;  4NIJ A;  4DD0 A;  1FLW A;  1QTK A;  4NWH A;  3IJU A;  5FEK A;  1L06 A;  1O23 A;  1LPI A;  1IC5 Y;  1BWJ A;  3W6A A;  155L A;  3AGH A;  1NQI A;  5LZM A;  1UID A;  1CKF A;  2ANV A;  1AT6 A;  1L52 A;  4D9Z A;  2Z6B A;  4LT1 A;  1IY4 A;  1A2Y C;  1IR7 A;  4LYC A;  1V7T A;  1C60 A;  1B0D A;  4H8X A;  151L A;  3G3B B;  1G0G A;  1BHZ A;  3C8Q A;  4EJ4 A;  1H6M A;  4OWC A;  3EML A;  1P2R A;  1CKG A;  1L24 A;  4W57 A;  1MLC E;  3C7Z A;  3A95 A;  5B05 A;  1B7M A;  2B7X A;  3L2X A;  1BB7 A;  2ZIL A;  257L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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