2RAYX

Beta-chlorophenetole in complex with t4 lysozyme l99a
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Rescoring docking hit lists for model cavity sites: predictions and experimental testing.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2rayX00
2OTYX 1L45A 246LA 3CDVA 3NY8A 3SBBC 4ARLA 1L74A 3F8VA 3L64A 1L16A 1PQJA 4GBRB 1L67A 3CDRA 1L77A 2OTZX 1OVHA 3HTDA 223LA 3DN6A 149LA 1C6DA 1CV4A 1PQDA 1CUQA 3F9LA 2O7AA 150LA 163LA 1P46A 152LA 1T8FA 118LA 4PK0A 253LA 4OO9A 1L01A 1L10A 1L98A 1L72A 1QTHA 173LA 2B6ZA 123LA 1L04A 4LDOA 1L63A 1DYCA 1L61A 4EPFA 2B75A 3JR6A 220LA 160LA 1D3JA 248LA 235LA 167LA 216LA 1C6LA 1LWKA 1LGWA 161LA 108LA 255LA 1CV3A 4I7TA 4LDEA 1L08A 5LZMA 1PQOA 3FA0A 2OE9X 4I7NA 1G0MA 236LA 1JTMA 218LA 1QUDA 1L53A 2QARC 187LA 2B73A 1L83A 3C82A 1L99A 201LA 4I7JA 1LYIA 2HULA 4W57A 2OU9A 3HWLA 1C6IA 109LA 1LWGA 3HTGA 1KW5A 4W53A 1L81A 1QSBA 2B72A 1P7SA 7LZMA 181LA 4LDLA 1C6MA 1G0GA 3DN0A 1QTZA 3DMXA 1P6YA 1LI3A 2HUMA 1I6SA 1KS3A 4W51A 1L69A 1G1WA 3HTFA 1G0QA 1G06A 232LA 3GUKA 1L51A 1SX2A 199LA 3DNAA 1L11A 119LA 1L75A 1JQUA 1ZYTA 3C80A 3G3VA 1L03A 3K2RA 4W58A 1L14A 1L65A 4EKPA 239LA 1C6FA 1L73A 3L2XA 165LA 1L90A 3C7WA 224LA 1QS9A 1LYFA 1LYEA 1QUGA 1L31A 1L88A 3RZEA 1C64A 4ZPUA 1C66A 1L92A 1C68A 188LA 1L38A 2RAZX 2B70A 212LA 258LA 2O4WA 3HT7A 166LA 1CV6A 1D9WA 3NYAA 1L47A 234LA 102LA 144LA 3C8RA 3DN1A 1L05A 2RBPA 1L21A 1L58A 260LA 1LI2A 1G07A 245LA 3G3WA 4DJHA 4YXAC 1LYGA 1G0JA 131LA 1DYEA 2RAYX 3GUJA 1L25A 1L62A 1L0KA 2RBSA 1C6CA 222LA 2F47A 1KNIA 139LA 112LA 1LYDA 4DKLA 3HU9A 2RB0X 2RBNA 2QB0B 3HT9A 174LA 1C6AA 1L79A 1L60A 1C61A 1L64A 2OE4X 3FADA 164LA 156LA 2Q9DA 1WTHA 2Z6BA 1L52A 210LA 3SB5A 249LA 3DN2A 1G0KA 1T8GA 2ANVA 4YX7C 1LYJA 183LA 4EKQA 170LA 1CU2A 3C8SA 252LA 226LA 211LA 4PJZA 1T6HA 3V2YA 1L19A 1CX6A 1OYUA 4W55A 209LA 1L96A 244LA 1L40A 172LA 126LA 3GUNA 1CU5A 2LZMA 157LA 1L17A 3C8QA 113LA 1P37A 6LZMA 1P2LA 206LA 247LA 159LA 3HH6A 261LA 1L28A 1C62A 1CV5A 1NHBA 4ARMB 4IAPA 3SB9A 171LA 205LA 185LA 2B6XA 3V2WA 242LA 3C83A 148LE 1TLAA 3EMLA 1D3NA 4ARQA 1QUOA 1L00A 2B6TA 2NTHA 1L15A 254LA 1L68A 1L84A 1DYBA 2B6WA 1L34A 251LA 114LA 3OE8A 1G0PA 1T8AA 1L32A 1OWYA 1P36A 5I14A 186LA 1OVKA 225LA 138LA 3OE6A 4EKRA 1D2YA 1D3MA 2Q9EA 1L44A 1PQMA 3DN8A 2F32A 3SBAA 140LA 1K28A 1OV7A 1C6KA 115LA 1DYGA 1L29A 1PQIA 3HH4A 3SB6A 1L76A 1L13A 1OWZA 103LA 1DYDA 1C6EA 1LPYA 196LA 1QUHA 1SWZA 1L46A 4EXMA 1L50A 1XEPA 3HUQA 158LA 214LA 3CDQA 1SSYA 4LZMA 3HH5A 2LCBA 1L55A 1C6JA 1L35A 1CU6A 259LA 233LA 3OE9A 175LA 1LGXA 1SWYA 1XJUA 1C6QA 1L70A 1QS5A 4I7PA 137LA 2ANXA 1LGUA 1LW9A 1CU3A 1L57A 1LLHA 1L09A 257LA 3GUOA 1CU0A 125LA 3DN4A 1P2RA 3G3XA 4W54A 4W56A 1L97A 1L82A 110LA 1C6TA 198LA 200LA 1C6GA 3HDFA 1L48A 219LA 230LA 1L54A 3HTBA 1G1VA 2B6YA 3SN6R 4EPIA 221LA 168LA 1P5CA 4I7QA 3C7ZA 4I7MA 1P3NA 1JTNA 107LA 1L0JA 227LA 3HUKA 3DN3A 1SX7A 104LA 3PBLA 3RUNA 2OEAX 2CUUA 162LA 1QT4A 3NY9A 3ODUA 1D2WA 128LA 4W59A 1L30A 1L86A 1G0LA 1OV5A 3CDOA 4ARJA 1CV0A 1DYFA 2A4TA 4DAJA 176LA 1C63A 2OU0X 1L49A 1L26A 215LA 1L80A 3HT8A 1L02A 1C67A 1P64A 1L07A 4I7LA 1L06A 1ZWNA 1QT3A 4ARQB 1CUPA 151LA 2L78A 4EKSA 2B7XA 1LI6A 240LA 1ZURA 1L22A 1XJTA 2IGCA 192LA 1L56A 3D4SA 142LA 1L95A 129LA 1QT5A 3HT6A 1LYHA 1L27A 1C60A 2OU8A 231LA 4K5YA 122LA 145LA 182LA 3SB7A 1C6BA 2RB1X 1CVKA 4AQNA 1OVJA 1L89A 1QTVA 2LC9A 3OE0A 1CV1A 1L93A 2O79A 1L87A 141LA 3GUPA 1L71A 237LA 3DMZA 3GULA 1C6PA 3VW7A 4I7SA 1PQKA 1QT6A 2RB2X 177LA 4W52A 1C6HA 1CX7A 4I7OA 180LA 4GRVA 1L42A 238LA 2RH1A 243LA 241LA 1D3FA 1L12A 3DKEX 191LA 1L24A 3SB8A 3PDSA 1L85A 1L36A 3GUIA 3QAKA 4I7RA 1CTWA 146LA 1QT8A 1C65A 1L39A 2RBOA 147LA 155LA 4ARMA 256LA 1L43A 120LA 1QSQA 3UONA 2OE7X 3HU8A 229LA 1KW7A 1T97A 1QTDA 1KY1A 2F2QA 3HDEA 1L20A 2NTGA 184LA 1P56A 1SSWA 111LA 3DMVA 1L18A 197LA 143LA 1L66A 3HH3A 3LZMA 178LA 127LA 2HUKA 4EJ4A 1C69A 4S0WA 130LA 1QTCA 4YXCA 1L59A 1L91A 3C81A 228LA 1C6NA 3HUAA 1B6IA 1EPYA 4ARPA 195LA 1L94A 1QT7A 3FI5A 1L37A 250LA 2RBRA 1KY0A 3CDTA 3C7YA 169LA 4I7KA 3GUMA 217LA 1L23A 1DYAA 213LA 2B74A 1L41A 1QTBA 262LA 2RBQA 189LA 190LA 1L33A 4E97A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KXOA 246LA 3EMSA 1DXJA 3L64A 4WM5A 1PQJA 3B6LA 4GLAA 1HMLA 1L67A 1L77A 1IR8A 4DT3A 149LA 1WQOA 1CV4A 3RW8A 5D5FA 8LYZA 3F9LA 4LT2A 2O7AA 5HMVA 163LA 5II3A 4RLMA 118LA 1LZYA 1B5WA 3BKVA 1FLQA 2F2NA 1GF7A 1L01A 4ML7A 1VDPA 4J1AA 1LJNA 2B6ZA 1L61A 1D3JA 248LA 1J1PY 1YAPA 1C6LA 108LA 1VFBC 1YAQA 1JWRA 4WM4A 1PQOA 1G0MA 3A94A 4AXTA 236LA 5LYMA 1LZDA 3GXRA 1B5VA 4ET8A 4I7JA 1L99A 1TDYA 1KW5A 1JJ0A 4W53A 1L81A 1GEVA 1JSEA 1P7SA 4RLNA 181LA 2FYDA 1G0GA 3DN0A 1QTZA 3W6CA 1P6YA 5KXKA 2F30A 1OUAA 1I6SA 4CJ2A 1L69A 1G0QA 232LA 4CFPA 1LSAA 1L51A 1TEWA 1L11A 3EXDA 1JQUA 3WVYA 1B7LA 4N1EI 1QTEA 3K2RA 4XYYA 3AZ7A 2NWDX 4B0DA 2Z2FA 165LA 1GB0A 1L90A 4XADA 3TXKA 1JKAA 4HPEA 4XN6A 1HERA 5KXSA 1C66A 188LA 1L38A 4N1CC 3WUMA 3NYAA 1L47A 4GCBA 4B4JA 3FE0A 3C8RA 1LI2A 1G07A 1YILA 1G0JA 1UBZA 2BQFA 3LYTA 4NSIA 1L62A 3A6BY 4CGEA 2FYCA 1KNIA 112LA 1LJEA 3HU9A 2RB0X 4LGKA 4W96A 3M18B 1L79A 3A93A 5DLAA 4N5RA 1L52A 4R6CA 1CJ9A 3DN2A 1LYJA 1LTMA 170LA 2YBJA 3ZEKA 1CU2A 3C8SA 226LA 4WM6A 4NWHA 4W55A 209LA 172LA 4GCFA 2DBTA 1LYOA 1CU5A 4NSHA 2X0AA 1IWXA 1REXA 4XJDA 247LA 159LA 2LYZA 261LA 2PC2A 1BGIA 4ARMB 205LA 1WQRA 1BWJA 1GPQC 4NG8A 2YBLA 3V2WA 2IFFY 1IWTA 1D3NA 1GF8A 1LYSA 1OUFA 2B6TA 1REZA 4QY9A 4LZTA 5LVIA 1GXXA 1L32A 1IOQA 4LYTA 3SP3A 1UIDA 225LA 1XGTC 3E3DA 3OE6A 1JTPL 1D3MA 2Q9EA 1L44A 3B72A 1C6KA 3N9EA 1PQIA 4NGJA 1LSGA 3WULA 1L76A 1F6SA 1OWZA 3A90A 4H9CA 4G4BA 1C6EA 3IJUA 1GFGA 134LA 4EXMA 214LA 2CJLA 1GBZA 1HFXA 1PZYA 1L35A 1CU6A 4PRUA 2VB1A 4J0LA 1CKCA 1LGXA 2BQCA 1XJUA 1RE2A 3A34A 4DD7A 2ANXA 4PGJB 1LW9A 4HTKA 1L57A 1LLHA 1L09A 257LA 5AMYA 4YEOA 4B49A 4I0CA 3G3XA 2LYOA 1XFPL 4W56A 110LA 4HP0A 1GF5A 1C6GA 2D4IA 1BB5A 1JKDA 221LA 1OUGA 4J7VA 1JTNA 1L0JA 4OOTA 1A2YC 4N8ZA 4EOFA 5FCPA 1B5UA 104LA 2OEAX 162LA 2ZWBA 3NY9A 128LA 1WTNA 2ZNXY 1FBIX 1D0MA 1OV5A 4LT0A 4DAJA 1RJCB 5T3FA 2OU0X 4UWVA 2MEEA 1CJ8A 1EQ4A 1LSMA 2L78A 5I53A 4RDSA 1GBWA 240LA 4OWCA 4LYOA 5KXNA 1LJJA 1L56A 4NY5A 1QT5A 3HT6A 2GV0A 1GFTA 3CSRA 2RB1X 4HPIA 1IP1A 3OE0A 1LMAA 2DQIY 141LA 5KXTA 1GBYA 1DPWA 1IX0A 1QT6A 2BQEA 1LCNA 4I7OA 243LA 1QUTA 1D3FA 3DKEX 3AZ6A 4H92A 3PDSA 1JJ1A 4GN5C 1C65A 132LA 1JSFA 5FELA 2MECA 1HELA 4NGKA 5HNCA 1N4FA 1L43A 4DD9A 5LVHA 2ZNWY 229LA 1LJIA 1IWUA 1YL0X 5KXXA 1KW7A 1PS5A 1QTDA 2YDGA 2YVBA 1GF4A 1P56A 4WL7A 1UACY 143LA 2BQLA 1LHMA 1H87A 1IC7Y 3HH3A 3LZMA 127LA 4H94A 4ETEA 4NWEA 1BWIA 4WLYA 4TX7A 4BADA 1C6NA 4M4OA 4ANRA 1GFUA 4CFOA 2RBRA 1TCYA 3RU5A 1KY0A 3CDTA 1GB5A 1LZ8A 2BQGA 5L3HA 3GUMA 4TUNA 9LYZA 217LA 2B74A 213LA 1L41A 4ETBA 1L33A 1V7TA 3NY8A 4ETAA 1L16A 3ULRA 1ZMYL 4CHXA 1JUGA 3DN6A 4J1BA 1CKFA 1PQDA 3M3UA 4LFXA 1GEZA 150LA 2DQFC 1P46A 1B5YA 1T8FA 2HTXA 1C10A 1CKGA 3CT0A 5J7CA 3OJPA 1LMCA 3OK0A 1L72A 1QTHA 5F16A 173LA 123LA 1LHJA 1YL1X 1L04A 4LDOA 1HEOA 1L63A 5APEA 1RI8B 1IVMA 5LXWA 5KXYA 1LGWA 161LA 255LA 3QY4A 5FDJA 4WM2A 2HUBA 4YOPA 1L08A 208LA 5LZMA 5ILFA 1LSCA 1QSAA 3FA0A 3TXJA 1O23A 4H90A 4TSBA 3CT1A 3HBEX 3TMUA 4IATA 1QUDA 2QARC 5F14A 187LA 1NKHA 2B73A 1XGQC 4W57A 1LWGA 4NHTA 1LMNA 1QDTA 3WL2A 4LDLA 4YM8A 2HUMA 3TXFA 4DWXA 4W51A 1HEMA 1IWWA 3HTFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5KXO A;  246L A;  3EMS A;  1DXJ A;  3L64 A;  4WM5 A;  1PQJ A;  3B6L A;  4GLA A;  1HML A;  1L67 A;  1L77 A;  1IR8 A;  4DT3 A;  149L A;  1WQO A;  1CV4 A;  3RW8 A;  5D5F A;  8LYZ A;  3F9L A;  4LT2 A;  2O7A A;  5HMV A;  163L A;  5II3 A;  4RLM A;  118L A;  1LZY A;  1B5W A;  3BKV A;  1FLQ A;  2F2N A;  1GF7 A;  1L01 A;  4ML7 A;  1VDP A;  4J1A A;  1LJN A;  2B6Z A;  1L61 A;  1D3J A;  248L A;  1J1P Y;  1YAP A;  1C6L A;  108L A;  1VFB C;  1YAQ A;  1JWR A;  4WM4 A;  1PQO A;  1G0M A;  3A94 A;  4AXT A;  236L A;  5LYM A;  1LZD A;  3GXR A;  1B5V A;  4ET8 A;  4I7J A;  1L99 A;  1TDY A;  1KW5 A;  1JJ0 A;  4W53 A;  1L81 A;  1GEV A;  1JSE A;  1P7S A;  4RLN A;  181L A;  2FYD A;  1G0G A;  3DN0 A;  1QTZ A;  3W6C A;  1P6Y A;  5KXK A;  2F30 A;  1OUA A;  1I6S A;  4CJ2 A;  1L69 A;  1G0Q A;  232L A;  4CFP A;  1LSA A;  1L51 A;  1TEW A;  1L11 A;  3EXD A;  1JQU A;  3WVY A;  1B7L A;  4N1E I;  1QTE A;  3K2R A;  4XYY A;  3AZ7 A;  2NWD X;  4B0D A;  2Z2F A;  165L A;  1GB0 A;  1L90 A;  4XAD A;  3TXK A;  1JKA A;  4HPE A;  4XN6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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