2RAZX

4-(methylthio)nitrobenzene in complex with t4 lysozyme l99a
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Rescoring docking hit lists for model cavity sites: predictions and experimental testing.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2razX00
188LA 1PQDA 185LA 1C6HA 1CTWA 1L68A 3EMLA 148LE 127LA 1L37A 2B73A 169LA 2OE7X 1D3MA 5LZMA 4W57A 122LA 1XEPA 146LA 3NY8A 1QS9A 1C6NA 1L50A 1L02A 3LZMA 217LA 3DN8A 3PBLA 4OO9A 170LA 1OVKA 167LA 1K28A 3SB9A 2B74A 1XJUA 3C80A 2RBNA 2B6YA 142LA 2HUMA 222LA 112LA 160LA 3G3WA 3D4SA 1JQUA 1L14A 243LA 1L95A 1L19A 3OE9A 149LA 1G0KA 3HU8A 1P46A 1L07A 3HWLA 4I7PA 1L91A 4PJZA 1L77A 3F8VA 1QTCA 1L35A 189LA 3GUNA 3FI5A 1L34A 1P2RA 205LA 1L36A 2LZMA 1CVKA 3SN6R 1C6CA 1L49A 2HULA 183LA 1LLHA 1L08A 4I7RA 3RUNA 173LA 1LGXA 2O7AA 3GUIA 1L23A 1L53A 3DN6A 3C7YA 3C8QA 209LA 1L17A 1L83A 197LA 198LA 120LA 1C6BA 214LA 1L97A 1L94A 2RB2X 1L0KA 1D2WA 155LA 1OWZA 1L66A 178LA 3C81A 172LA 1SX2A 1LYJA 2RB0X 1L75A 1JTNA 1LW9A 3RZEA 1L61A 1LYDA 1L93A 123LA 3C83A 128LA 1L56A 1KY1A 1DYAA 4LDOA 1C66A 1WTHA 3HUAA 213LA 3HT6A 3HH3A 3OE8A 1C6TA 1QT6A 1P37A 2B6TA 4I7TA 1L26A 3HTBA 1CU3A 1P5CA 4ARMB 3C82A 1OVHA 138LA 166LA 232LA 147LA 1L39A 1LWGA 1L09A 3SBBC 242LA 3CDQA 1L79A 1T8FA 3DMXA 157LA 4W55A 4ZPUA 201LA 1C63A 182LA 3G3VA 2OU0X 3HTFA 3UONA 1DYEA 3VW7A 220LA 158LA 1QUGA 1L51A 1P36A 3CDOA 2OE4X 3SB5A 144LA 1ZYTA 1L52A 3DN3A 1QT7A 1L54A 1ZURA 164LA 1L98A 1PQIA 4W58A 3GUPA 3V2YA 4I7SA 1LYIA 215LA 2A4TA 1L90A 1L86A 1DYGA 2LC9A 2RH1A 143LA 1L31A 4DJHA 3V2WA 1LYFA 2OU9A 4I7KA 3HTGA 250LA 199LA 2RBPA 1L87A 4GRVA 3F9LA 145LA 114LA 115LA 3HUQA 216LA 195LA 1DYCA 230LA 1I6SA 227LA 1QTBA 255LA 1L27A 191LA 2OTYX 1OV5A 107LA 1T6HA 196LA 3SB8A 1QTHA 1L33A 1L25A 4DKLA 110LA 1L10A 156LA 3HDFA 1C6IA 1C67A 2B6WA 1D3JA 162LA 1JTMA 1CV0A 1KS3A 1L24A 1QTZA 1T8GA 1CV3A 1OWYA 3GULA 1D2YA 1TLAA 171LA 3FA0A 2QARC 4W53A 7LZMA 225LA 262LA 228LA 3NY9A 237LA 223LA 1L40A 2RBRA 1SSYA 177LA 212LA 1T8AA 103LA 1L81A 1G0PA 1SWYA 4I7OA 1G0GA 1LI6A 1OVJA 4EKQA 261LA 2OTZX 1CUQA 3FADA 3SB7A 1C60A 131LA 1L44A 2HUKA 3QAKA 1CU5A 1SWZA 2RB1X 129LA 2ANXA 1L30A 111LA 1C6GA 3HH5A 1KNIA 1L63A 3DN4A 3HTDA 1D3NA 1L11A 4LDLA 125LA 1C6EA 3DKEX 3GUOA 3SB6A 1C61A 1L59A 1DYBA 3L2XA 2ANVA 152LA 104LA 1LYHA 1DYDA 1CU2A 1L05A 109LA 1C65A 113LA 241LA 190LA 1C6QA 1L22A 3DMVA 1L16A 1C68A 3DN0A 130LA 2NTGA 1L21A 1L46A 1P3NA 3HT9A 1C62A 1L48A 1QSBA 2Z6BA 4W56A 3SBAA 1CX6A 3HU9A 1C6AA 2RBOA 4ARQB 186LA 1C6DA 1PQOA 1QSQA 246LA 175LA 4I7MA 1KW5A 4EPIA 3CDRA 161LA 3HH6A 176LA 4ARMA 2OE9X 218LA 126LA 1CUPA 1L60A 1CV1A 3JR6A 1L42A 1P64A 2RBSA 259LA 219LA 1SSWA 108LA 4I7LA 244LA 234LA 1L55A 2OU8A 1L04A 4K5YA 1L80A 168LA 1L32A 1L96A 4S0WA 1C6PA 3PDSA 1DYFA 1G0MA 118LA 1L64A 4GBRB 140LA 1T97A 4DAJA 253LA 1QT8A 1LWKA 1B6IA 2OEAX 159LA 2B72A 1L28A 1QUDA 210LA 3DN1A 254LA 1L73A 3DNAA 1L58A 1L65A 206LA 3K2RA 235LA 151LA 1C6JA 1L67A 1QTVA 1SX7A 1L01A 2RAZX 174LA 1P6YA 1QT4A 1QTDA 1LYEA 4W52A 1LI2A 4EKPA 3GUKA 1KW7A 3NYAA 1CV5A 1G1VA 1C64A 1L89A 1CV6A 1L85A 221LA 251LA 2IGCA 1LPYA 1L06A 252LA 1L99A 3HT8A 4W51A 1L76A 231LA 139LA 4YXAC 1D3FA 2CUUA 3C8RA 4AQNA 3ODUA 192LA 1L03A 1L12A 4W59A 1G0LA 1CV4A 2B6ZA 1L00A 119LA 3G3XA 1L0JA 2NTHA 1QT3A 3C7ZA 3HUKA 239LA 102LA 260LA 2LCBA 3GUJA 150LA 2Q9EA 2RBQA 1L43A 2B70A 4EXMA 3HT7A 1LI3A 2O4WA 2QB0B 4E97A 1L72A 2L78A 1QUHA 1LGUA 4PK0A 2Q9DA 1L47A 2B6XA 248LA 2RAYX 1PQKA 1L62A 2F2QA 1LYGA 1L74A 4LZMA 1D9WA 3C8SA 2B75A 1XJTA 3GUMA 211LA 1LGWA 2O79A 3HH4A 1PQMA 1ZWNA 187LA 1G0QA 3DN2A 1PQJA 4EKRA 4ARPA 1L88A 3OE6A 4YXCA 1C6KA 1L38A 2F47A 1G07A 256LA 1QUOA 247LA 5I14A 165LA 1OYUA 1L57A 1NHBA 258LA 1L82A 1L71A 3CDVA 3L64A 4EKSA 1L41A 2F32A 4W54A 1G1WA 1C6FA 1KY0A 3DMZA 1L13A 1L15A 4EPFA 3CDTA 4LDEA 1CU6A 1C69A 3OE0A 1L20A 1L84A 1G0JA 3C7WA 1C6LA 1C6MA 4EJ4A 1P56A 229LA 137LA 245LA 184LA 238LA 4I7NA 4I7QA 200LA 226LA 236LA 4ARQA 181LA 1P2LA 1QS5A 233LA 4IAPA 257LA 1P7SA 6LZMA 1L70A 240LA 1L18A 180LA 2B7XA 1EPYA 1L29A 224LA 1G06A 1CX7A 249LA 1CU0A 1L92A 4I7JA 4ARLA 1L69A 1OV7A 1L45A 1QT5A 141LA 3HDEA 4ARJA 163LA 4YX7C
chains in the Genus database with same CATH superfamily
188LA 1C6HA 1CTWA 4ZEEA 127LA 169LA 3T6UA 1LSGA 1JKDA 3NY8A 1C6NA 170LA 1UCOA 5FCPA 1IP2A 4HV1A 5ILFA 1XEJA 3AB6A 1OUIA 2RBNA 1LSCA 1BB6A 160LA 1LHLA 1L14A 4GCBA 4LFXA 1ZV5L 1IWTA 1PZYA 1YILA 4OOOA 1P46A 1VDSA 1OUBA 1L07A 3HWLA 1UIGA 5FELA 1D0LA 1L77A 2HEBA 1HEPA 1QTCA 4GCCA 1F0WA 1L35A 4G4HA 3A3RX 189LA 3GUNA 1L34A 3CT0A 4NSGA 1GB5A 1P2RA 2LZMA 1AT5A 2MEHA 1KIPC 4C5FA 2DQCY 1LGXA 4NFVA 1L23A 4LT1A 1GBWA 4HP0A 1JKBA 4DDBA 4PRQA 209LA 1L17A 1L83A 4WL7A 1GFAA 214LA 1J1XY 1L94A 3AJNA 4H92A 1IP6A 1SX2A 4TWSA 1LYJA 5LVHA 4DD3A 1L75A 1LAAA 2VB1A 3D3DA 1LW9A 1CKGA 1KY1A 213LA 3OE8A 1P37A 1LZEA 1WVUA 1HHLA 3HTBA 4B0DA 1LZDA 1LSDA 1P5CA 4ARMB 6LYZA 166LA 232LA 3SBBC 1FKQA 1GBYA 2ZIKA 4NWHA 1IC7Y 5F14A 5A3ZA 201LA 182LA 1DYEA 133LA 1LSNA 4B4EA 220LA 1QUGA 1P36A 1ZVHL 135LA 3A6BY 144LA 1ZYTA 1GXV2 1HC0A 1GEZA 3GUPA 1LYIA 1B5XA 2A4TA 5A3EA 4NGJA 1YAOA 1GF5A 4DD7A 5HMJA 1L31A 4DJHA 3HTGA 3G3AB 114LA 230LA 1EQ5A 3M18B 107LA 2LYMA 3CSZA 110LA 1GFVA 1L10A 1C6IA 1GB6A 1B7NA 5I5QA 1LSEA 1WTNA 1NMMA 3EMSA 1CV3A 4MR1A 3WUAA 1OWYA 1GF6A 3GULA 3AZ6A 4FJRA 3FA0A 1NBYC 3TXEA 5KKJA 1B7OA 7LZMA 4NGYA 4W94A 4GCFA 1L40A 2RBRA 1TCYA 2RSCA 1LMOA 1XFPL 3AZ5A 3A8ZA 3LN2A 1CUQA 3J6KA 3SP3A 1C60A 2BQEA 4GLVA 1LZYA 3QAKA 1CU5A 2D91A 2Z2EA 2HTXA 129LA 4TSCA 4LFPA 1LZCA 3WXUA 1KNIA 5LIOA 5IHGA 125LA 4RDSA 1UBZA 1VFBC 1DYBA 5KXYA 1CU2A 109LA 1UC0A 2XQOA 1C68A 130LA 1C62A 3TMVA 4W56A 3HU9A 5ILCA 2CGIA 1OQMA 4ZIXA 3A6CY 1C6DA 4I0CA 4H9CA 1QSQA 175LA 1INUA 1GEVA 1NHEA 1KW5A 2FBDA 1NWGA 1GE2A 1TBYA 4EPIA 4DD1A 3HH6A 1LSPA 1LYSA 176LA 2OE9X 1CUPA 2BQAA 1GE1A 1L42A 2YBMA 4NHTA 1BWHA 219LA 1IR9A 4I7LA 244LA 234LA 4NGZA 3AW7A 3E3DA 3P66A 1L80A 3ZVQB 2EKSC 3PDSA 4DQ7A 2BQOA 4HV2A 1H87A 1G7LC 134LA 1XGPC 1L58A 1L65A 2MEEA 151LA 2RAZX 1QTDA 3A3QA 1LHJA 3GUKA 1KW7A 1J1PY 4HTKA 5LYZA 1DPXA 4LZTA 1CV5A 2FYCA 1G1VA 1L89A 1IWXA 1GB3A 1CV6A 5KXRA 2LZ2A 251LA 2Z19A 2BQHA 4WG1A 1UA6Y 4J0LA 231LA 1NF5A 207LA 4AQNA 1B5ZA 1LJHA 1JWRA 5KXWA 4YF2A 1CV4A 4HSFA 1Z55A 1QT3A 3C7ZA 3HUKA 239LA 1B0DA 2D4IA 1MELL 2LCBA 4TX7A 1DI5A 5AMYA 1HMLA 2BQMA 5L3IA 2Q9EA 4H91A 1L43A 2B70A 1HMKA 2O4WA 4YENA 4H9AA 1WQQA 1QUHA 1QIOA 1LGUA 1QQYA 2B6XA 2RAYX 1WQMA 1LYGA 5KXLA 2BQGA 1L74A 1HEQA 4DD9A 1XJTA 4IJ4A 2O79A 1QUTA 3HH4A 1PQMA 5LAGA 1GDWA 1ZWNA 3DN2A 1BQLY 1L88A 1UIEA 1YKXX 1CJ9A 4OWEA 2D6BA 1RI8B 2ZYCA 3F6ZA 4NY5A 3ULRA 3VWOA 3WUNA 4N1EI 3L64A 4CGEA 1L41A 2F4AA 1IOQA 1QTEA 3W3EA 4GN4A 1OUEA 1G0JA 1XEIA 3C7WA 5FEKA 1G7IC 1P56A 9LYZA 4LYTA 137LA 3WYHA 4I7QA 2I25L 4P2EA 1UIHA 1QS5A 1FLUA 4IAPA 1N4FA 1OUAA 3HBEX 6LZMA 240LA 1MLCE 2W1MA 2B7XA 2D4KA 1OUHA 3GXKA 1L29A 1GE4A 1CX7A 2DKVA 1L69A 2X0AA 4J1BA 3HDEA 1GB8A 2MEFA 1UIBA 1L68A 3EMLA 1L37A 1GFRA 2B73A 4DD0A 4M4OA 1LZ9A 4AGAA 1XEKA 1VDQA 3AZ4A 1LCNA 1IX0A 1JJ3A 1K28A 1WVVA 3C80A 1LMAA 2HEEA 3AGHA 4MCKA 3WMKA 5D5FA 1JQUA 243LA 5E4PA 1GF8A 1G0KA 1JEFA 1LJKA 1DZBX 1LZTA 2DQIY 4E3UA 4G9SA 1L91A 4ET9A 4H9IA 4H90A 1IWYA 2Y8PA 132LA 4CFPA 208LA 3QY4A 4NGOA 1GAZA 1J1OY 205LA 3T36A 1CVKA 1F6RA 4OWBA 2HULA 183LA 1IO5A 3RUNA 2D4JA 3WW6A 1LZ8A 1L53A 4Z98A 4A7DA 4GCDA 3DN6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 188L A;  1C6H A;  1CTW A;  4ZEE A;  127L A;  169L A;  3T6U A;  1LSG A;  1JKD A;  3NY8 A;  1C6N A;  170L A;  1UCO A;  5FCP A;  1IP2 A;  4HV1 A;  5ILF A;  1XEJ A;  3AB6 A;  1OUI A;  2RBN A;  1LSC A;  1BB6 A;  160L A;  1LHL A;  1L14 A;  4GCB A;  4LFX A;  1ZV5 L;  1IWT A;  1PZY A;  1YIL A;  4OOO A;  1P46 A;  1VDS A;  1OUB A;  1L07 A;  3HWL A;  1UIG A;  5FEL A;  1D0L A;  1L77 A;  2HEB A;  1HEP A;  1QTC A;  4GCC A;  1F0W A;  1L35 A;  4G4H A;  3A3R X;  189L A;  3GUN A;  1L34 A;  3CT0 A;  4NSG A;  1GB5 A;  1P2R A;  2LZM A;  1AT5 A;  2MEH A;  1KIP C;  4C5F A;  2DQC Y;  1LGX A;  4NFV A;  1L23 A;  4LT1 A;  1GBW A;  4HP0 A;  1JKB A;  4DDB A;  4PRQ A;  209L A;  1L17 A;  1L83 A;  4WL7 A;  1GFA A;  214L A;  1J1X Y;  1L94 A;  3AJN A;  4H92 A;  1IP6 A;  1SX2 A;  4TWS A;  1LYJ A;  5LVH A;  4DD3 A;  1L75 A;  1LAA A;  2VB1 A;  3D3D A;  1LW9 A;  1CKG A;  1KY1 A;  213L A;  3OE8 A;  1P37 A;  1LZE A;  1WVU A;  1HHL A;  3HTB A;  4B0D A;  1LZD A;  1LSD A;  1P5C A;  4ARM B;  6LYZ A;  166L A;  232L A;  3SBB C;  1FKQ A; 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