2RB0X

2,6-difluorobenzylbromide complex with t4 lysozyme l99a
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Rescoring docking hit lists for model cavity sites: predictions and experimental testing.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2rb0X00
115LA 2HUKA 255LA 2LC9A 2F2QA 1C6IA 1L16A 1L57A 1C6QA 1QUDA 4ARQA 1JQUA 1L46A 2NTGA 1LGUA 4W55A 1C6FA 1LWKA 1JTMA 1G06A 3CDTA 2LCBA 3FADA 1L67A 130LA 1L81A 1ZURA 1L86A 225LA 2HUMA 3QAKA 2OE4X 3HU8A 3HT6A 1QT4A 1L00A 4I7SA 1G0JA 1L08A 1KS3A 1P6YA 1L02A 1L35A 1T6HA 212LA 253LA 3G3WA 4EKSA 2B6WA 1L82A 1L62A 182LA 2RBQA 4W54A 152LA 187LA 1LYJA 174LA 1C6NA 2QB0B 2RBOA 1QT6A 1D9WA 3L64A 4ARQB 3ODUA 1C69A 1L89A 1D3JA 4W51A 147LA 1L28A 234LA 1D3FA 2Q9DA 1G0MA 3HH3A 2A4TA 1L10A 2F32A 3FI5A 4I7RA 146LA 1L03A 245LA 2RH1A 227LA 1C6JA 1L83A 233LA 114LA 200LA 3CDOA 1L37A 3HH5A 211LA 5I14A 2RBPA 1T8FA 4I7LA 177LA 228LA 1QTBA 4K5YA 143LA 4ZPUA 103LA 1C6GA 1L22A 1ZWNA 3DMXA 3L2XA 4I7QA 168LA 140LA 122LA 104LA 1L36A 1L85A 1QT5A 1KNIA 3HH6A 1C6AA 1C6EA 1L48A 4ARJA 2RBRA 3HT7A 2B6TA 248LA 1DYBA 1NHBA 2B6XA 4ARLA 1C62A 142LA 1OVJA 1CV3A 4I7PA 4PK0A 166LA 1L29A 1L54A 1LYFA 4GRVA 1P64A 4OO9A 3HUAA 230LA 3HDFA 1L33A 1OV5A 5LZMA 144LA 1TLAA 108LA 1XEPA 1C6CA 2OEAX 162LA 1L51A 1C6KA 1L14A 1L05A 1L69A 1QTCA 125LA 2HULA 119LA 1QTVA 1P46A 2OTZX 1L91A 247LA 2OTYX 173LA 199LA 1T8AA 260LA 206LA 1LI2A 3RUNA 1CU3A 250LA 189LA 1L97A 126LA 3V2YA 4EKPA 111LA 1OYUA 3SB9A 209LA 1L50A 1QT7A 1LLHA 1B6IA 195LA 251LA 3OE6A 1CUPA 1L99A 1KY1A 167LA 1LW9A 2B73A 2QARC 3C7YA 3CDRA 1C6HA 102LA 2RB1X 1LYDA 181LA 2OE9X 1C6MA 1P2LA 2NTHA 1L95A 4LDEA 4S0WA 120LA 3HU9A 1L34A 1L49A 149LA 1KW5A 4I7OA 1C60A 7LZMA 3DN1A 3HUKA 1L77A 1SSWA 171LA 186LA 1L06A 259LA 1L66A 1G07A 1L74A 1L98A 176LA 3C8QA 4W58A 3DKEX 128LA 3GUOA 249LA 1L15A 231LA 2RBSA 164LA 110LA 4W59A 165LA 109LA 1L90A 2OU8A 131LA 3NY9A 1P56A 1L24A 155LA 151LA 1G0LA 1L45A 214LA 1L96A 169LA 3VW7A 1G0PA 1L20A 1QSBA 1C6PA 240LA 1L87A 1LYGA 261LA 3DN0A 148LE 3OE8A 3EMLA 4LDOA 3HDEA 1L12A 2RB2X 1SX2A 257LA 1WTHA 3GULA 3DMVA 1L07A 1L59A 3HH4A 1L0JA 112LA 1QS5A 4I7MA 1LYIA 221LA 1XJUA 2B7XA 3HUQA 141LA 262LA 3SB6A 217LA 226LA 3DN6A 2O7AA 127LA 1L73A 2RBNA 3HTFA 1L47A 3SN6R 1P2RA 4ARMA 1L43A 216LA 1D3NA 196LA 238LA 1SWYA 1OWYA 243LA 3HTGA 6LZMA 1T8GA 1G0GA 1C63A 157LA 4I7NA 118LA 4EKQA 2Z6BA 4EXMA 3NY8A 1L94A 258LA 2OE7X 2B74A 1DYFA 1L42A 4DJHA 1L26A 184LA 1L38A 1LPYA 4W52A 1LI3A 1C6TA 210LA 172LA 1OVHA 4EPFA 1C68A 2ANXA 1L93A 1XJTA 220LA 1C6LA 1G0KA 3UONA 1CX6A 1I6SA 163LA 4DKLA 2F47A 158LA 1L80A 1L55A 4ARMB 1QUGA 1CU5A 1LWGA 1CU0A 1OVKA 3SB8A 1L72A 1PQDA 2B70A 1L84A 1L44A 239LA 107LA 1L76A 1L39A 1L27A 1DYAA 1L40A 3GUPA 150LA 1ZYTA 113LA 1L25A 3C7ZA 1L68A 1QTZA 1CU6A 1D3MA 1P5CA 3OE0A 1G0QA 2RB0X 1QT3A 1JTNA 3DMZA 4YX7C 218LA 1EPYA 236LA 170LA 1L13A 1LI6A 1L18A 1QUOA 229LA 4I7KA 3DN4A 3SBAA 241LA 198LA 3HTBA 1L52A 1LYEA 183LA 3GUNA 1T97A 2RAZX 3C8RA 1L30A 123LA 1L92A 1KY0A 1CV1A 3HT9A 4GBRB 2ANVA 1DYGA 1QTDA 1D2YA 190LA 1P37A 242LA 4W56A 1QUHA 2CUUA 3V2WA 222LA 3RZEA 3C8SA 3CDQA 1L31A 3SB5A 3G3VA 3C80A 1L65A 1CV0A 4LZMA 1PQKA 1C65A 4W53A 223LA 256LA 1L56A 178LA 4YXCA 1PQIA 2B6ZA 137LA 1L53A 1L88A 3PBLA 1OWZA 3DN2A 1LYHA 232LA 4DAJA 1L32A 1L58A 1L21A 4EJ4A 1L01A 3F8VA 1OV7A 1P3NA 3DN3A 1G1WA 4EPIA 224LA 1KW7A 1CUQA 2OU0X 1L63A 1L41A 2IGCA 2OU9A 1QT8A 2L78A 3D4SA 201LA 1D2WA 4E97A 1L61A 1PQMA 3OE9A 3C7WA 4EKRA 2B75A 1CVKA 1PQJA 3K2RA 4W57A 1P36A 1QS9A 1L04A 1P7SA 1CU2A 4I7JA 1L79A 4IAPA 3HWLA 3C81A 3FA0A 1C61A 205LA 1C6DA 3GUIA 1LGWA 2O4WA 185LA 1L71A 3NYAA 1L0KA 145LA 1L23A 3LZMA 1SSYA 213LA 244LA 1CV5A 3HT8A 1CX7A 1CTWA 160LA 197LA 3G3XA 1SWZA 1L75A 129LA 4I7TA 1CV6A 2B6YA 3C83A 1DYEA 1L19A 1DYCA 3CDVA 254LA 1C66A 3SBBC 2LZMA 3JR6A 3DN8A 188LA 1L70A 2RAYX 139LA 192LA 1QTHA 2B72A 235LA 159LA 1L11A 1DYDA 161LA 1L09A 4YXAC 2O79A 219LA 138LA 1L60A 4ARPA 3GUMA 237LA 252LA 1C6BA 1PQOA 3GUJA 1K28A 4LDLA 191LA 215LA 3PDSA 1SX7A 1LGXA 3C82A 175LA 1L17A 246LA 2Q9EA 3DNAA 4PJZA 1QSQA 3GUKA 180LA 3SB7A 1G1VA 1C67A 4AQNA 1L64A 1CV4A 1C64A 3HTDA 3F9LA 156LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HUKA 3WYHA 2F2NA 2F2QA 1L16A 1LGUA 1C6FA 1LWKA 1CJ6A 1CJ8A 1JPOA 134LA 1G06A 2DQHY 3FADA 1LSBA 4WLDA 1L86A 1YKYX 5C6LA 3N9AA 5KXRA 1L08A 1NHEA 4IJ4A 4NY5A 3TXGA 1P6YA 253LA 3WPKA 3IWRA 1LZNA 1BB7A 1GBWA 1CKFA 4CJ2A 4H92A 4W54A 4HPIA 2RBOA 3OK0A 2HEEA 1EQ5A 4WM1A 3WU7A 5LVHA 1LSNA 1HELA 4J1AA 3HH3A 2F32A 3FI5A 1GFJA 3E3DA 1LZ8A 1L03A 4NSHA 2RH1A 1LAAA 227LA 2Z2FA 3CDOA 1FLYA 4HJYA 5I14A 1T8FA 1BQLY 1QTBA 4ANRA 3TMWA 4ZPUA 103LA 1ZWNA 3DMXA 4I7QA 168LA 5LA8A 4WL6A 5IELA 1OUBA 4ET9A 2ZILA 3AJNA 5B1GA 2B6TA 1WQMA 2D91A 2ZWBA 2XBRA 1CV3A 1KIPC 5KXNA 166LA 1YKZX 4Z41A 4GRVA 230LA 1OV5A 4LYTA 5LZMA 1TLAA 3EO5A 4DD1A 3TXJA 1L51A 1L05A 1HEWA 1LZ1A 2F30A 1QTCA 2HULA 4KL7A 1VATA 4NG8A 1GFTA 1B7PA 5I4WA 173LA 199LA 1B2KA 3P4ZA 1IWYA 2EIZC 1GB7A 1UACY 3CSQA 4CGEA 1B6IA 195LA 4LYZA 2XBSA 3OE6A 1REXA 2LYOA 1L99A 4FJRA 167LA 1WQOA 4G4HA 1B7NA 4CHXA 2RB1X 1LYDA 181LA 2BQOA 1BB5A 7LYZA 4H9BA 2W1XA 120LA 1OQMA 1L49A 7LZMA 1UIEA 1HEMA 1GF3A 1ZVYB 3WVXA 1HERA 3WUAA 1L74A 1GB5A 1SLYA 1B5UA 1XGUC 1W08A 128LA 1LSMA 5LAFA 1GFRA 3A91A 2YBMA 3RZ4A 165LA 109LA 1CNSA 1DI5A 5B59A 3EBAB 5KXOA 1D0LA 3OJPA 3N9EA 1L96A 1NDGC 1NBYC 4XJHA 1BWHA 261LA 3LYZA 3W6AA 4MR1A 4LDOA 3HDEA 2MEEA 2RB2X 4NEBA 1CKCA 3GULA 3A67Y 4WM3A 3HH4A 4DC4A 4I7MA 1LSDA 1IWZA 1UIGA 1QIOA 262LA 217LA 4NGOA 2O7AA 4PHIA 4TX7A 4B4IA 1B7RA 3D3DA 1G7HC 238LA 4MCKA 2EQLA 1REMA 1LSYA 4N0JA 5DLAA 1OWYA 1RCMA 243LA 3FE0A 4I8SA 6LZMA 1KIQC 1T8GA 1G0GA 1PZYA 3RU5A 2Z6BA 1IC7Y 258LA 2G4PA 1VDQA 3RW8A 3G3AB 1L42A 4QEQA 4W52A 1HMLA 1LI3A 2CWIA 210LA 2LZ2A 1HMKA 1LMQA 4EPFA 1VAUA 4ETAA 4R0FA 5KY1A 1C68A 2ANXA 5A3EA 1C6LA 1IOQA 2XTHA 163LA 4DQ5A 1B7SA 1L55A 4NGYA 4QY9A 1QUGA 1OVKA 5C6JA 133LA 1JHLA 5APEA 153LA 5E4PA 1KXWA 1L27A 1DYAA 1L40A 1WVVA 4H93A 4NFVA 4R6CA 5KJ9A 4ETCA 1WVUA 3C7ZA 1UC0A 3J6KA 1P5CA 3OE0A 1HF4A 2VB1A 1TAYA 4NSGA 4HSFA 1UUZC 2LYZA 1NKHA 1VFBC 2BQKA 1L13A 4DDCA 4I7KA 241LA 4H8ZA 4H94A 1L52A 183LA 5B06A 1KY0A 1CV1A 3HT9A 1JTTL 2CUUA 222LA 3SB5A 3C80A 5FSTA 4UWNA 4LFXA 1CV0A 1C65A 1QQYA 3TXBA 4G4CA 1PQIA 2B6ZA 2A7FA 1G7MC 1LSCA 3CB7A 3DN2A 1LYHA 1YAMA 2MEDA 4ML7A 1LMAA 4EJ4A 2FBDA 2Q0MX 4KT3A 224LA 1KW7A 5LIOA 3AGGG 135LA 2I25L 1XSFA 2L78A 3D4SA 1D2WA 3LYTA 1LJFA 2LHMA 3TXHA 1D9UA 5KXYA 4NSJA 1CVKA 1IWWA 1PQJA 1P36A 1YILA 1CU2A 4I7JA 4ETEA 4LT1A 4NGKA 3A6BY 3FA0A 1C61A 1C6DA 1LGWA 185LA 1L71A 1QDTA 145LA 2CDSA 1LJKA 1CX7A 1CTWA 1P2CC 1WQRA 197LA 1LHLA 1CV6A 1L19A 4OW1A 4WL7A 1BWIA 3DN8A 188LA 1L70A 1HFYA 1GAZA 159LA 4YXAC 2O79A 3B0OA 1D6PA 1GE4A 1IR9A 1D0KA 1RE2A 4LDLA 191LA 5KKJA 5DM9A 246LA 3DNAA 1C67A 1IWTA 1L64A 1CV4A 3HTDA 2LZTA 115LA 1LZSA 2NTGA 1JJ1A 4H9CA 1F6SA 5IHGA 1TBYA 3AYQA 3TXEA 2D4KA 3A6CY 1JTMA 1LZRA 1H6MA 130LA 1WQQA 4O34A 1LMOA 1QTKA 4M4OA 3LHMA 3QAKA 4WLXA 1G0JA 4NWEA 1IP6A 3LYMA 1I56A 4WO9A 4EKSA 1IC4Y 3WUNA 2DQAA 4HTNA 5F81A 9LYZA 4DDAA 4YEOA 5I4XA 1CJ9A 1J1XY 1RJCB 1SQ2L 2MEHA 2RBQA 3BKVA 1C6NA 1QT6A 4GCCA 1LTMA 1L89A 1D3JA 1GB9A 1GDXA 234LA 1D3FA 4G4BA 1C7PA 3CQLA 1GB3A 4QGZA 1LCNA 146LA 4NHPA 4LYMA 245LA 3CT0A 200LA 2X0AA 177LA 154LA 2IHLA 5L3IA 1L22A 3MGWA 4AGAA 1L36A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2HUK A;  3WYH A;  2F2N A;  2F2Q A;  1L16 A;  1LGU A;  1C6F A;  1LWK A;  1CJ6 A;  1CJ8 A;  1JPO A;  134L A;  1G06 A;  2DQH Y;  3FAD A;  1LSB A;  4WLD A;  1L86 A;  1YKY X;  5C6L A;  3N9A A;  5KXR A;  1L08 A;  1NHE A;  4IJ4 A;  4NY5 A;  3TXG A;  1P6Y A;  253L A;  3WPK A;  3IWR A;  1LZN A;  1BB7 A;  1GBW A;  1CKF A;  4CJ2 A;  4H92 A;  4W54 A;  4HPI A;  2RBO A;  3OK0 A;  2HEE A;  1EQ5 A;  4WM1 A;  3WU7 A;  5LVH A;  1LSN A;  1HEL A;  4J1A A;  3HH3 A;  2F32 A;  3FI5 A;  1GFJ A;  3E3D A;  1LZ8 A;  1L03 A;  4NSH A;  2RH1 A;  1LAA A;  227L A;  2Z2F A;  3CDO A;  1FLY A;  4HJY A;  5I14 A;  1T8F A;  1BQL Y;  1QTB A;  4ANR A;  3TMW A;  4ZPU A;  103L A;  1ZWN A;  3DMX A;  4I7Q A;  168L A;  5LA8 A;  4WL6 A;  5IEL A;  1OUB A;  4ET9 A;  2ZIL A;  3AJN A;  5B1G A;  2B6T A;  1WQM A;  2D91 A;  2ZWB A;  2XBR A;  1CV3 A;  1KIP C;  5KXN A;  166L A;  1YKZ X;  4Z41 A;  4GRV A;  230L A;  1OV5 A;  4LYT A;  5LZM A;  1TLA A;  3EO5 A;  4DD1 A;  3TXJ A;  1L51 A;  1L05 A;  1HEW A;  1LZ1 A;  2F30 A;  1QTC A;  2HUL A;  4KL7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2HUK A;  3WYH A;  2F2N A;  2F2Q A;  1L16 A;  1LGU A;  1C6F A;  1LWK A;  1CJ6 A;  1CJ8 A;  1JPO A;  134L A;  1G06 A;  2DQH Y;  3FAD A;  1LSB A;  4WLD A;  1L86 A;  1YKY X;  5C6L A;  3N9A A;  5KXR A;  1L08 A;  1NHE A;  4IJ4 A;  4NY5 A;  3TXG A;  1P6Y A;  253L A;  3WPK A;  3IWR A;  1LZN A;  1BB7 A;  1GBW A;  1CKF A;  4CJ2 A;  4H92 A;  4W54 A;  4HPI A;  2RBO A;  3OK0 A;  2HEE A;  1EQ5 A;  4WM1 A;  3WU7 A;  5LVH A;  1LSN A;  1HEL A;  4J1A A;  3HH3 A;  2F32 A;  3FI5 A;  1GFJ A;  3E3D A;  1LZ8 A;  1L03 A;  4NSH A;  2RH1 A;  1LAA A;  227L A;  2Z2F A;  3CDO A;  1FLY A;  4HJY A;  5I14 A;  1T8F A;  1BQL Y;  1QTB A;  4ANR A;  3TMW A;  4ZPU A;  103L A;  1ZWN A;  3DMX A;  4I7Q A;  168L A;  5LA8 A;  4WL6 A;  5IEL A;  1OUB A;  4ET9 A;  2ZIL A;  3AJN A;  5B1G A;  2B6T A;  1WQM A;  2D91 A;  2ZWB A;  2XBR A;  1CV3 A;  1KIP C;  5KXN A;  166L A;  1YKZ X;  4Z41 A;  4GRV A;  230L A;  1OV5 A;  4LYT A;  5LZM A;  1TLA A;  3EO5 A;  4DD1 A;  3TXJ A;  1L51 A;  1L05 A;  1HEW A;  1LZ1 A;  2F30 A;  1QTC A;  2HUL A;  4KL7 A; 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