2RB0X

2,6-difluorobenzylbromide complex with t4 lysozyme l99a
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Rescoring docking hit lists for model cavity sites: predictions and experimental testing.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2rb0X00
3SB5A 3DNAA 3HTFA 159LA 1C6QA 261LA 1L38A 1KY1A 2ANXA 1PQJA 1JTMA 1T6HA 2B7XA 1L08A 1C6EA 222LA 3NYAA 1QT8A 3HDEA 1P2RA 144LA 1L66A 260LA 4OO9A 3DN1A 181LA 1L92A 1SWYA 190LA 158LA 1CVKA 178LA 1CU6A 3OE6A 3QAKA 3HWLA 1ZWNA 236LA 139LA 102LA 1L04A 1L67A 3RZEA 4LDOA 1L31A 1LYFA 185LA 177LA 1C6IA 1L24A 164LA 1L51A 1LYDA 1L40A 137LA 1C66A 1L82A 1QT4A 1L81A 4I7OA 4ARPA 3GUNA 2OU0X 1L96A 1L14A 1K28A 1P3NA 2F32A 1LWKA 1D9WA 4E97A 1C68A 1CX6A 1L63A 3OE8A 3GUOA 1LI2A 2RBRA 205LA 3HH4A 2NTGA 191LA 3C83A 3HH5A 140LA 1QS9A 1G1WA 1L89A 1LWGA 1T8AA 3GULA 4EPFA 1L86A 209LA 4I7QA 1OYUA 2O4WA 3LZMA 1L54A 2RBQA 262LA 150LA 1L84A 1P37A 1KW7A 3G3XA 3C7YA 1CV0A 3HT6A 1L76A 2A4TA 3HU9A 1L62A 4I7NA 1CU5A 1L97A 3HTGA 2RBSA 1C6PA 229LA 4K5YA 237LA 1C63A 3HTBA 4EKRA 1JQUA 197LA 109LA 1L60A 1C6AA 1L20A 3C82A 1C61A 3C8SA 2LCBA 2RBOA 1LGXA 3HH3A 1T8GA 3GUJA 3DN6A 4W51A 175LA 1L28A 1L50A 4I7RA 246LA 251LA 1G0MA 138LA 1L39A 1L58A 1DYGA 1P36A 2NTHA 1L71A 1G06A 1C6MA 1L16A 183LA 1C62A 7LZMA 1D2WA 235LA 3DMXA 3RUNA 3D4SA 2B74A 1XJUA 1C6FA 2B75A 2OE7X 4EKQA 1C6JA 1EPYA 4ARQA 111LA 1CV1A 214LA 1G1VA 1L53A 1L95A 4DAJA 1CX7A 1L42A 1C65A 1OVKA 1KS3A 3GUMA 1L0JA 1P56A 2O7AA 104LA 3SB8A 1L30A 142LA 242LA 2LC9A 3SN6R 1L56A 3DN4A 1C69A 180LA 151LA 3GUPA 1L41A 1L83A 1DYBA 244LA 1L43A 223LA 187LA 1L72A 250LA 1CV3A 239LA 4LDEA 182LA 248LA 1L73A 1P7SA 156LA 3PDSA 1NHBA 1QUHA 4EKSA 1L44A 122LA 3FI5A 3DN8A 1L98A 3SBBC 1L10A 213LA 4W52A 1L09A 1G0LA 1SSYA 198LA 3GUIA 1T8FA 1LI3A 152LA 1PQIA 1L17A 108LA 172LA 2RB1X 1LW9A 1L80A 230LA 2OEAX 1D2YA 148LE 225LA 216LA 1QTVA 1PQKA 2LZMA 3OE0A 1XEPA 149LA 143LA 2Z6BA 1P46A 1LYJA 1L15A 3L64A 1I6SA 201LA 1CTWA 1L36A 123LA 1G0JA 1P64A 4ARMA 228LA 3SBAA 4IAPA 1QTBA 219LA 1CU3A 252LA 217LA 2RH1A 119LA 232LA 1P2LA 4PJZA 4GBRB 5LZMA 4ZPUA 2QARC 1P6YA 1L33A 3C81A 3DKEX 1LYIA 146LA 3HT9A 1L85A 1XJTA 2Q9EA 1L65A 1L01A 4I7PA 1QTZA 1DYDA 1L34A 4W53A 4EJ4A 1SSWA 1CUPA 206LA 114LA 2B72A 2RAYX 3FA0A 3C80A 1QTDA 1CV5A 1DYAA 1L22A 1OWZA 184LA 1WTHA 2OTZX 1L57A 1L90A 186LA 1CV6A 3OE9A 257LA 1KY0A 3HU8A 1OVHA 1B6IA 4YXCA 2OU9A 3F8VA 4ARLA 170LA 167LA 1C67A 1C60A 1D3JA 1G0QA 1JTNA 1T97A 2HULA 1LPYA 1ZYTA 2HUKA 2B6TA 3DN2A 199LA 1QT7A 238LA 5I14A 1PQMA 1L55A 2B70A 1L45A 120LA 1QTHA 3JR6A 1L48A 1L18A 1G0GA 1G0PA 3SB6A 3HT8A 1KNIA 1L23A 160LA 3NY8A 1L94A 3HTDA 2B73A 221LA 2CUUA 1L21A 145LA 3DN3A 215LA 141LA 3K2RA 1L03A 233LA 210LA 3C8QA 1L77A 1QS5A 2B6WA 259LA 4ARQB 1TLAA 113LA 254LA 129LA 212LA 1C6BA 2F2QA 3HUQA 243LA 2OE9X 1QUOA 4DKLA 253LA 1L91A 249LA 3CDVA 4W59A 3DMZA 3SB7A 161LA 1OV7A 4I7JA 1L99A 174LA 1L29A 1QUDA 258LA 3SB9A 1CU0A 4EXMA 1L75A 4W57A 130LA 256LA 118LA 2RBNA 1L26A 162LA 1L37A 1L70A 240LA 2RB0X 4I7KA 3V2YA 155LA 1LI6A 1QT3A 247LA 3CDRA 3L2XA 3HUKA 1L46A 176LA 1OV5A 115LA 1L93A 3NY9A 4EPIA 147LA 1LYEA 3CDQA 4EKPA 224LA 1QUGA 241LA 3F9LA 4W56A 110LA 4I7LA 1L19A 1SX7A 195LA 3VW7A 1C6CA 4PK0A 1L00A 3HT7A 1SX2A 2OTYX 1LGUA 3CDTA 3HUAA 1CU2A 168LA 1LYGA 218LA 2L78A 1D3NA 2ANVA 1CUQA 3HH6A 165LA 1DYFA 1L69A 1ZURA 231LA 3EMLA 4YX7C 4I7MA 1L64A 3UONA 2OE4X 1G07A 4LDLA 192LA 103LA 1D3MA 3C7ZA 196LA 2HUMA 245LA 1QSBA 1G0KA 1C6HA 1DYCA 234LA 171LA 1L12A 1L07A 2IGCA 169LA 1LLHA 2B6ZA 1DYEA 1L27A 4ARMB 189LA 1PQOA 1L35A 3PBLA 4S0WA 1L02A 4ARJA 3C7WA 2B6XA 3FADA 4W54A 227LA 1QSQA 1QT6A 112LA 4LZMA 255LA 128LA 2RAZX 131LA 1OWYA 6LZMA 1L0KA 173LA 2Q9DA 1L74A 3CDOA 166LA 2B6YA 1P5CA 1SWZA 3V2WA 1C6DA 1L25A 107LA 3DN0A 4GRVA 1KW5A 1LGWA 126LA 4W58A 1C6NA 3DMVA 4YXAC 1L32A 220LA 4DJHA 1C6LA 157LA 1C6GA 3C8RA 1L47A 1QT5A 2F47A 2RBPA 3HDFA 1C6KA 1L11A 4I7TA 3G3WA 127LA 2RB2X 1L87A 1L06A 188LA 1L05A 1L88A 3G3VA 2QB0B 4AQNA 1OVJA 1L49A 1L68A 125LA 1C64A 1L61A 1D3FA 1LYHA 1C6TA 1PQDA 3ODUA 1L59A 226LA 211LA 4I7SA 1L13A 2OU8A 1QTCA 1CV4A 2O79A 163LA 3GUKA 1L79A 200LA 4W55A 1L52A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GB3A 1UICA 3HTFA 2D6BA 3SB5A 1GB2A 159LA 1DI3A 5I54A 1AZFA 261LA 2ANXA 1JTMA 1C6EA 2YBMA 1WQPA 1P2RA 5LAFA 5LAGA 144LA 260LA 5KXTA 5KXLA 190LA 4GCCA 158LA 178LA 5LVJA 3QAKA 3HWLA 1NDGC 139LA 5KXPA 1TCYA 102LA 5F14A 1OUCA 1HEMA 1LZAA 2Z12A 1WQOA 3B6LA 5KXWA 1L24A 1L51A 1L40A 4HV2A 4GCFA 1L82A 4NEBA 1L81A 1GFJA 2F4GA 2OU0X 1L96A 2F32A 2HTXA 1D9WA 4E97A 1CX6A 1DXJA 3GUOA 2RBRA 3HH4A 1GFVA 4YF2A 3LZMA 1IWUA 4OWEA 2RBQA 3QE8A 4LT1A 3CT0A 3J4GA 1NBZC 3G3XA 1VDPA 1VEDA 1IWZA 1UIGA 5IELA 1IOCA 3TXBA 1C63A 1LZ4A 4EKRA 1GF9A 1JQUA 4KPMA 3C8SA 3HH3A 1T8GA 1LJJA 1LMAA 1HSWA 3CSRA 2Z2FA 4I7RA 4NGWA 1G0MA 4PJ2C 4WL6A 4WM2A 1L58A 4LYBA 2W1XA 4QGZA 1G06A 1IOSA 1FLYA 7LZMA 3D4SA 2OE7X 5KKIA 5AMYA 4H9FA 1A2YC 4LT0A 4ML7A 4YENA 4TSBA 3TXGA 1IWVA 1AT6A 1C7PA 1OVKA 3A91A 1KS3A 3GUMA 1L0JA 142LA 242LA 1L56A 2ZIJA 1C69A 4EMNA 4XN6A 2XTHA 2ZNWY 4MCKA 244LA 4WL7A 1L43A 187LA 1JPOA 1LJEA 2H9JA 4HJVA 248LA 1REYA 2DQJY 3WU9A 3A92A 4II8A 4M6DA 3HFMY 5KKJA 2HEFA 1QUHA 1L44A 4WM5A 122LA 1LHMA 3DN8A 3SBBC 4W52A 5KXNA 1G0LA 1LSAA 2RB1X 1L80A 3T6UA 3AB6A 4H93A 1J1XY 3TXFA 230LA 2BQOA 2OEAX 1XFPL 1D2YA 148LE 225LA 1IOQA 1PQKA 1OUEA 1JTPL 2LZMA 1GF0A 1HEPA 1LYJA 1B7QA 193LA 3A67Y 1QUSA 1BB6A 4Z46A 2EKSC 123LA 5E4PA 3G3AB 1LYYA 4ARMA 3SBAA 252LA 217LA 2RH1A 1JJ1A 4ZPUA 1P6YA 3DKEX 1LYIA 146LA 3P65A 4WM4A 1IY4A 1L01A 2W1MA 1B5ZA 2BQBA 1QTZA 1DYDA 1RE2A 5HNCA 2B72A 2RAYX 1GBXA 1W6ZA 2D4IA 1CV5A 1BWJA 2DQGY 186LA 4DYGA 1GXXA 3F8VA 1LMNA 167LA 1C67A 1D3JA 4GN3A 1GFKA 2HULA 4HJZA 4NGOA 3WUNA 2B6TA 4TX7A 199LA 1QT7A 5I14A 4GN4A 2B70A 3AW7A 3D3DA 120LA 1QTHA 4B1AA 1DI5A 1L18A 1G0PA 4IASA 3M3UA 133LA 1KNIA 1L23A 4NY5A 3CSQA 4ETCA 4NSHA 2AUBA 1GHLA 2BQNA 2CUUA 2ZYCA 1L03A 2LHMA 3LYZA 3RW8A 1XGQC 1LSPA 1LZ9A 2B6WA 3A93A 1QTKA 259LA 5L9JA 4R6CA 1LZ5A 1C6BA 1JKBA 2F2QA 5JENB 3HUQA 1LKSA 1ZVHL 4DKLA 1NHEA 2B5ZA 3RU5A 1FDLY 1LYZA 161LA 1W08A 2DQFC 1LJIA 1JISA 4RW2A 4EXMA 2BLXA 130LA 256LA 5C6LA 2RBNA 1L26A 3BKHA 3W6FA 2NWDX 3WYHA 1YL0X 1LI6A 3L2XA 4EPIA 4NWHA 4WOAA 241LA 5A3EA 2MECA 153LA 1WVUA 1SX7A 195LA 2BPUA 3VW7A 2YBHA 2LYMA 2OTYX 1LGUA 3CDTA 1LZ6A 168LA 1UIHA 4C5FA 4PRQA 5A3ZA 1DYFA 3ZEKA 2ZQ3A 1ZURA 4J1BA 4I7MA 4LDLA 1LSFA 3WULA 103LA 1D3MA 1FBIX 2HUMA 245LA 1QSBA 4Z3MA 1C6HA 1YKYX 1LZRA 171LA 1KXYA 3N9EA 4ARMB 4DD2A 4S0WA 4W54A 1QT6A 5M1YA 1IWYA 1L0KA 173LA 1L74A 1LHIA 4NGZA 107LA 1LGWA 3DMVA 3WVYA 1L32A 2HUBA 1C6GA 4I7TA 1C6KA 1L11A 1JWRA 1JEFA 1L88A 1ALCA 4G9SA 5HLLA 1OVJA 1L49A 3IJVA 1GBZA 2LYZA 1G7IC 2BLYA 1D3FA 1LYHA 1C6TA 4XJHA 1LJ4A 3GUKA 1L52A 3ZVQA 5LVGA 3DNAA 1LZCA 3EXDA 5F9XA 2DBTA 3NYAA 5I4XA 1EL1A 3LN2A 4DD1A 1HEOA 3W6CA 4E3UA 181LA 3TMWA 3WUAA 4YOPA 5B1GA 1L04A 2BQAA 3RZEA 1L31A 1EQ4A 164LA 137LA 4RLNA 1B5YA 1H6MA 2IHLA 3GUNA 1IP1A 1LWKA 1IP4A 1KXXA 1L63A 3OE8A 1LI2A 4OWBA 1NQIA 4EOFA 2EIZC 140LA 3W6EA 1QS9A 1L89A 1LWGA 3J6KA 3GULA 3OJPA 4EPFA 209LA 4LGKA 1F6RA 1DZBX 4ET8A 1L84A 1D0LA 1CV0A 1OUFA 4NGLA 1L76A 5B05A 1CKCA 3HU9A 1UCOA 3LZ2A 1QSAA 1INUA 3EO5A 1L97A 3HTGA 4H9CA 3HTBA 197LA 109LA 1YL1X 1L60A 4W94A 1EQ5A 1L20A 3C82A 1D6PA 3TXEA 1GE1A 1DQJC 1L28A 251LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GB3 A;  1UIC A;  3HTF A;  2D6B A;  3SB5 A;  1GB2 A;  159L A;  1DI3 A;  5I54 A;  1AZF A;  261L A;  2ANX A;  1JTM A;  1C6E A;  2YBM A;  1WQP A;  1P2R A;  5LAF A;  5LAG A;  144L A;  260L A;  5KXT A;  5KXL A;  190L A;  4GCC A;  158L A;  178L A;  5LVJ A;  3QAK A;  3HWL A;  1NDG C;  139L A;  5KXP A;  1TCY A;  102L A;  5F14 A;  1OUC A;  1HEM A;  1LZA A;  2Z12 A;  1WQO A;  3B6L A;  5KXW A;  1L24 A;  1L51 A;  1L40 A;  4HV2 A;  4GCF A;  1L82 A;  4NEB A;  1L81 A;  1GFJ A;  2F4G A;  2OU0 X;  1L96 A;  2F32 A;  2HTX A;  1D9W A;  4E97 A;  1CX6 A;  1DXJ A;  3GUO A;  2RBR A;  3HH4 A;  1GFV A;  4YF2 A;  3LZM A;  1IWU A;  4OWE A;  2RBQ A;  3QE8 A;  4LT1 A;  3CT0 A;  3J4G A;  1NBZ C;  3G3X A;  1VDP A;  1VED A;  1IWZ A;  1UIG A;  5IEL A;  1IOC A;  3TXB A;  1C63 A;  1LZ4 A;  4EKR A;  1GF9 A;  1JQU A;  4KPM A;  3C8S A;  3HH3 A;  1T8G A;  1LJJ A;  1LMA A;  1HSW A;  3CSR A;  2Z2F A;  4I7R A;  4NGW A;  1G0M A;  4PJ2 C;  4WL6 A;  4WM2 A;  1L58 A;  4LYB A;  2W1X A;  4QGZ A;  1G06 A;  1IOS A;  1FLY A;  7LZM A;  3D4S A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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