2RB0X

2,6-difluorobenzylbromide complex with t4 lysozyme l99a
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Rescoring docking hit lists for model cavity sites: predictions and experimental testing.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2rb0X00
3GUMA 3HUKA 1PQJA 1PQKA 115LA 1C6PA 1L77A 2ANVA 3G3VA 1L04A 4LDOA 1L05A 216LA 161LA 3DNAA 3FI5A 1L63A 1L38A 3SB9A 3HH6A 1L0KA 248LA 2HULA 1L34A 3C7ZA 3SBBC 162LA 3ODUA 1QS9A 1CV0A 1L11A 232LA 3G3WA 2B7XA 1QT3A 2RBNA 1L0JA 228LA 1CX7A 1LGXA 1P2LA 3L2XA 1L55A 4K5YA 4PJZA 3GUPA 1L26A 1G07A 1L19A 4LDEA 3OE8A 109LA 1CUPA 2OEAX 2B6YA 2LC9A 2QB0B 144LA 1SWYA 3HH3A 1QTBA 4W54A 1L03A 234LA 249LA 2B70A 1C65A 1L25A 1L56A 1K28A 1LI2A 3GULA 1L62A 4ZPUA 211LA 3C7YA 171LA 1L45A 4ARQB 1DYEA 206LA 253LA 4I7LA 103LA 3VW7A 2F47A 3V2YA 1G0KA 1G0MA 1KS3A 1G0LA 184LA 3RUNA 1SSYA 1ZYTA 1C6IA 152LA 260LA 3SBAA 1CV3A 2OU9A 1P46A 262LA 1L89A 1L24A 1LPYA 1C66A 1LLHA 1SSWA 1C6HA 1L42A 1L86A 3LZMA 3HH4A 1KNIA 1L22A 1QT4A 4W55A 2OTYX 1C67A 1P64A 3HUAA 107LA 250LA 1L13A 3NY9A 137LA 1G06A 221LA 3NY8A 1L92A 236LA 3GUKA 229LA 3HT8A 1L27A 170LA 1CU2A 131LA 1QUGA 2B74A 1DYFA 4ARLA 1T8GA 1SWZA 1C63A 2B6ZA 2NTHA 4EJ4A 1L68A 3F9LA 1L95A 1L16A 122LA 2RAZX 4ARMB 196LA 1D3MA 1L81A 108LA 3CDRA 1L94A 185LA 1L54A 1D3JA 1L00A 1C6LA 256LA 173LA 1L98A 1C69A 209LA 3C83A 149LA 223LA 120LA 3C82A 3L64A 1LWKA 4YXCA 1C62A 1CU6A 212LA 113LA 217LA 219LA 1L20A 4E97A 1L49A 3F8VA 3HT7A 1L69A 3GUNA 3GUJA 3HWLA 1OWZA 1L31A 3FA0A 2B6WA 2HUKA 4I7MA 1L52A 189LA 230LA 238LA 1L17A 3C81A 183LA 1WTHA 4I7TA 4LZMA 3V2WA 1C6NA 4ARMA 7LZMA 167LA 1C6CA 1OV7A 1P6YA 3DN2A 1T8FA 1L12A 2O79A 4I7PA 164LA 3HU8A 2OTZX 3DN4A 1T6HA 4LDLA 4I7KA 1C60A 159LA 244LA 1P36A 4EPFA 1KW5A 3OE0A 3PDSA 1DYGA 4W59A 126LA 1NHBA 119LA 1P2RA 1LYGA 1L73A 4PK0A 3D4SA 1QT6A 1LYIA 3HU9A 180LA 1L21A 1CTWA 1L80A 3GUIA 192LA 4W56A 4DAJA 1PQOA 1C6JA 1KW7A 3UONA 1L51A 3HTFA 1LWGA 3K2RA 3C8SA 4W57A 1DYAA 1L47A 1L01A 3C8QA 2CUUA 166LA 1C6AA 2ANXA 3CDVA 195LA 138LA 1G0PA 3SB8A 1L29A 2RH1A 148LE 4I7RA 1L67A 3HT6A 214LA 205LA 1L71A 1L14A 1LYJA 3G3XA 1L36A 1OVHA 4YX7C 2RBPA 182LA 1L37A 1L91A 2A4TA 4W52A 239LA 4ARQA 1T8AA 247LA 233LA 1CUQA 1L30A 3HUQA 186LA 220LA 3RZEA 2LZMA 3C8RA 2OE7X 163LA 1JQUA 128LA 1D2WA 1C61A 224LA 3DN6A 2B6TA 165LA 1L59A 1L85A 3SB5A 225LA 169LA 1QTCA 160LA 191LA 1DYDA 3HT9A 259LA 3HTBA 2RB1X 114LA 3SN6R 1P37A 102LA 198LA 2NTGA 4EKPA 3JR6A 1QUHA 2RBSA 1L44A 3OE6A 1QSBA 147LA 172LA 1L53A 1QS5A 1L84A 1C6KA 2F32A 4DKLA 3HDEA 4DJHA 1L18A 1LGWA 4I7OA 1L57A 104LA 1L23A 4W58A 139LA 2B75A 125LA 4GBRB 158LA 1QT5A 241LA 5I14A 177LA 1CV5A 178LA 3DKEX 1L10A 4ARPA 1L76A 4I7SA 168LA 3FADA 1LW9A 2B72A 4EKQA 1QUOA 1LI3A 1ZURA 1C6GA 1C6QA 240LA 151LA 111LA 1G1WA 1CV6A 1C6BA 1L28A 1LYEA 3GUOA 242LA 1OVKA 1L43A 1C6EA 1L75A 1L99A 218LA 3CDOA 1XJUA 2B73A 2IGCA 1LGUA 197LA 3DMZA 4ARJA 6LZMA 1G0JA 1L61A 2RBQA 1QT7A 1L70A 200LA 4EKRA 4EPIA 4GRVA 1LYHA 1L79A 1L64A 1PQDA 235LA 1XJTA 187LA 1C6TA 2RBOA 2QARC 1D9WA 1L08A 1TLAA 3DN8A 3DN1A 112LA 1L32A 1SX7A 4W51A 261LA 1ZWNA 3C7WA 143LA 1G0GA 1G0QA 1L02A 1T97A 1SX2A 1XEPA 1L50A 1L83A 252LA 2RB2X 1QTHA 1L58A 2Q9EA 190LA 1KY0A 2O7AA 1C6FA 3HH5A 1C6MA 222LA 2OE9X 1CV4A 1LYFA 1L07A 3HDFA 1L74A 2OU0X 2RB0X 1C64A 3DMVA 4EXMA 2L78A 251LA 5LZMA 3NYAA 2O4WA 175LA 1L90A 1OVJA 174LA 1P5CA 1QUDA 3DN3A 1CVKA 2RAYX 1G1VA 1C6DA 1OWYA 1QTDA 254LA 4I7JA 231LA 1QT8A 1JTNA 157LA 3SB7A 1L87A 3C80A 145LA 4EKSA 1PQMA 1L46A 118LA 226LA 4W53A 1KY1A 2Q9DA 188LA 4IAPA 1L35A 3PBLA 1D3NA 1L48A 1I6SA 255LA 1QSQA 1L88A 3SB6A 1OYUA 1P7SA 1L96A 1L09A 1CU0A 1L40A 1L15A 1L66A 1P3NA 215LA 258LA 1L97A 1JTMA 3EMLA 1QTVA 146LA 140LA 1PQIA 3CDQA 1B6IA 123LA 1D3FA 257LA 150LA 2OE4X 2B6XA 142LA 130LA 1EPYA 3CDTA 4OO9A 246LA 1L93A 3OE9A 2HUMA 1D2YA 3HTDA 2OU8A 156LA 1DYCA 245LA 127LA 4I7QA 1L82A 2LCBA 2Z6BA 4S0WA 1L06A 1C68A 243LA 141LA 3DMXA 1P56A 2F2QA 3DN0A 227LA 213LA 1LI6A 2RBRA 4I7NA 155LA 4AQNA 3HTGA 181LA 199LA 110LA 1L60A 1L41A 1L72A 1CV1A 201LA 1CX6A 4YXAC 1QTZA 3QAKA 1DYBA 1OV5A 129LA 1L33A 1LYDA 1L39A 210LA 1CU5A 237LA 1CU3A 176LA 1L65A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H9AA 5E4PA 1FLUA 115LA 5KXRA 4LDOA 1L05A 5HNLA 1IC5Y 1L63A 4G4HA 3HBEX 5J7CA 3HH6A 1IWTA 2BQGA 1LMCA 4HTNA 1L34A 4H9FA 162LA 207LA 1QTKA 1L11A 5HNCA 1QT3A 4TTDA 1LSPA 4K5YA 1B7PA 1G07A 2PC2A 1B5VA 3OE8A 109LA 1BVKC 2IHLA 4LYCA 2QB0B 4XYYA 1L03A 1LJIA 208LA 3C7YA 4MR1A 1L45A 1D6PA 1J1OY 206LA 1CKCA 4I7LA 4II8A 3V2YA 1G0MA 1G0LA 1P46A 1LPYA 2MECA 4H91A 1C66A 1SSWA 4KPMA 1IP4A 1C6HA 1WQRA 3HH4A 4N8ZA 4HV2A 1IP5A 107LA 1JSFA 1GF9A 3NY8A 4B4IA 1L92A 1D0MA 3GUKA 4NG8A 1NBZC 1C08C 3HT8A 1PZYA 170LA 1GBSA 3WVYA 1T8GA 1C63A 1L95A 4LGKA 1JPOA 4DYGA 2RAZX 196LA 5F9UA 1D3JA 1L00A 2MEAA 2BQOA 2XQOA 209LA 1IOQA 3W3EA 1GXV2 1IP7A 4M4OA 212LA 3W6CA 2DQJY 1IWVA 3HFMY 4FJRA 219LA 1L20A 1LJHA 1IO5A 3KAMA 1CKFA 1L69A 3GUJA 3B0KA 1GBXA 3HWLA 3B0OA 2HUKA 4GCFA 1NQIA 1LMPA 1EL1A 2RSCA 1CJ9A 4I7TA 3QNGA 4Z41A 167LA 3DN2A 4LYTA 1T8FA 3F6ZA 2FBBA 3W6DA 2D6BA 1B5WA 1T6HA 1XSFA 4I7KA 1C45A 1LSZA 1C60A 159LA 244LA 5LIOA 1EQ4A 4EPFA 5IHGA 3PDSA 1YROA 4NGZA 1CKHA 119LA 2BQBA 1FLQA 1BHZA 4WLXA 180LA 1IEEA 4LT1A 4H94A 3W6BA 2W1MA 4GCEA 1PQOA 5DM9A 2MEIA 3C8SA 3C8QA 1B5YA 1GFAA 4CFOA 2LZ2A 5FHWA 3CDVA 1GD6A 195LA 4H93A 1OUDA 4NGKA 2CGIA 3SB8A 1L29A 4I7RA 4DD7A 1FLYA 205LA 9LYZA 1L71A 1L14A 3A8ZA 4YX7C 1XGTC 1L91A 2A4TA 3WW6A 4L41A 1T8AA 4RW2A 1B5UA 5I5QA 1LZ1A 3C8RA 2OE7X 1JQUA 5KXWA 2MEGA 165LA 1L59A 3SB5A 5LVJA 1QTCA 1C46A 1DYDA 1GFEA 2XJWA 3G3AB 102LA 4WM4A 5ILCA 5E9RA 1GE3A 1QUHA 1C6KA 4DKLA 3P4ZA 1INUA 1I56A 2YVBA 3IWRA 4WOAA 158LA 5I14A 193LA 1CV5A 1L10A 1LZNA 4HTQA 4I7SA 168LA 1LW9A 2B72A 1XGUC 4NWEA 3TMWA 4LYMA 3P65A 3AZ7A 1C6GA 1WQNA 5B1GA 2I25L 1L28A 1XGRC 4ML7A 3WPLA 1NWGA 242LA 4NGIA 1L75A 5KXTA 218LA 3CDOA 1CKDA 1XJUA 2DBTA 2B73A 1GE4A 1G7IC 1OUGA 197LA 1FKQA 1LMQA 1HNLA 200LA 3SP3A 4EKRA 3ZEKA 4EPIA 1JKCA 1LYHA 4WLYA 1TCYA 1L64A 1PQDA 1C6TA 2ZNXY 1REXA 4NHSA 5DN5A 1L08A 1TLAA 3DN8A 2BQMA 3C7WA 1IC7Y 1SX2A 4QGZA 1HFYA 1EQEA 3MGWA 3K3TA 2Q9EA 190LA 2O7AA 2XTHA 1OUAA 1WVUA 1CV4A 3HDFA 4XJDA 4PGJB 2DQAA 3A3QA 5IDDA 2ZYPA 153LA 251LA 5LZMA 3NYAA 4CFPA 4HSFA 3AZ5A 2EQLA 4GCCA 1I20A 254LA 1QT8A 4EKSA 4GN5C 1PQMA 4GLAA 3T36A 1T6VL 1KY1A 2Q9DA 188LA 1KXWA 2D91A 1HEOA 5LVHA 2GV0A 1REMA 3SB6A 1LZ5A 3TMXA 1P7SA 3A94A 1L96A 227LA 1YAMA 1IOTA 1CNSA 3EMLA 1QTVA 4ZFPA 2HEBA 140LA 1PQIA 2LZTA 123LA 1LSMA 1LMTA 142LA 130LA 3D9AC 1EPYA 1VDQA 2H9JA 2Z12A 2ZYCA 1RI8B 2HUMA 3HTDA 5KXOA 245LA 4G4CA 2LCBA 4S0WA 3J4GA 4PRUA 1AT6A 4NGYA 1RCMA 1B7NA 3DMXA 2RBRA 3EO5A 2ZQ3A 4R6CA 3WUNA 1L60A 1L41A 1CV1A 1GAZA 1HEMA 1LAAA 1RJCB 4CJ2A 3B72A 4WLDA 3LYOA 3HUKA 4TSCA 4TSBA 135LA 1C6PA 1L77A 2ANVA 1L04A 194LA 1GE2A 216LA 1DZBX 4NHTA 1L38A 4QDNA 248LA 1YKYX 1YL0X 1D9UA 5LA8A 3A93A 1LSBA 3WXTA 1UIEA 5FELA 1GFVA 232LA 228LA 1P2LA 1BWIA 3L2XA 4DDAA 4PJZA 1LSCA 1HMKA 4OOOA 3AYQA 5KKJA 1LKRA 2B6YA 3CT5A 1UICA 4LFXA 1JEFA 2B70A 4OWCA 6LYTA 1VDSA 1B7QA 1LI2A 3GULA 4ZPUA 211LA 4WG1A 1ZVHL 1A4VA 5HQ1A 1JTTL 2ZWBA 3VW7A 4DD9A 2F47A 5KXLA 3RZ4A 1KS3A 1UUZC 4NSHA 152LA 1LHMA 4UWUA 4ANRA 3CT0A 1LLHA 1YIKA 2Z39A 3CB7A 4UWVA 1JTOL 1L42A 1L86A 3LZMA 4H8YA 3LHMA 1QT4A 1EQ5A 4W96A 250LA 5APEA 137LA 4LZTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4H9A A;  5E4P A;  1FLU A;  115L A;  5KXR A;  4LDO A;  1L05 A;  5HNL A;  1IC5 Y;  1L63 A;  4G4H A;  3HBE X;  5J7C A;  3HH6 A;  1IWT A;  2BQG A;  1LMC A;  4HTN A;  1L34 A;  4H9F A;  162L A;  207L A;  1QTK A;  1L11 A;  5HNC A;  1QT3 A;  4TTD A;  1LSP A;  4K5Y A;  1B7P A;  1G07 A;  2PC2 A;  1B5V A;  3OE8 A;  109L A;  1BVK C;  2IHL A;  4LYC A;  2QB0 B;  4XYY A;  1L03 A;  1LJI A;  208L A;  3C7Y A;  4MR1 A;  1L45 A;  1D6P A;  1J1O Y;  206L A;  1CKC A;  4I7L A;  4II8 A;  3V2Y A;  1G0M A;  1G0L A;  1P46 A;  1LPY A;  2MEC A;  4H91 A;  1C66 A;  1SSW A;  4KPM A;  1IP4 A;  1C6H A;  1WQR A;  3HH4 A;  4N8Z A;  4HV2 A;  1IP5 A;  107L A;  1JSF A;  1GF9 A;  3NY8 A;  4B4I A;  1L92 A;  1D0M A;  3GUK A;  4NG8 A;  1NBZ C;  1C08 C;  3HT8 A;  1PZY A;  170L A;  1GBS A;  3WVY A;  1T8G A;  1C63 A;  1L95 A;  4LGK A;  1JPO A;  4DYG A;  2RAZ X;  196L A;  5F9U A;  1D3J A;  1L00 A;  2MEA A;  2BQO A;  2XQO A;  209L A;  1IOQ A;  3W3E A;  1GXV 2;  1IP7 A;  4M4O A;  212L A;  3W6C A;  2DQJ Y;  1IWV A;  3HFM Y;  4FJR A;  219L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4H9A A;  5E4P A;  1FLU A;  115L A;  5KXR A;  4LDO A;  1L05 A;  5HNL A;  1IC5 Y;  1L63 A;  4G4H A;  3HBE X;  5J7C A;  3HH6 A;  1IWT A;  2BQG A;  1LMC A;  4HTN A;  1L34 A;  4H9F A;  162L A;  207L A;  1QTK A;  1L11 A;  5HNC A;  1QT3 A;  4TTD A;  1LSP A;  4K5Y A;  1B7P A;  1G07 A;  2PC2 A;  1B5V A;  3OE8 A;  109L A;  1BVK C;  2IHL A;  4LYC A;  2QB0 B;  4XYY A;  1L03 A;  1LJI A;  208L A;  3C7Y A;  4MR1 A;  1L45 A;  1D6P A;  1J1O Y;  206L A;  1CKC A;  4I7L A;  4II8 A;  3V2Y A;  1G0M A;  1G0L A;  1P46 A;  1LPY A;  2MEC A;  4H91 A;  1C66 A;  1SSW A;  4KPM A;  1IP4 A;  1C6H A;  1WQR A;  3HH4 A;  4N8Z A;  4HV2 A;  1IP5 A;  107L A;  1JSF A;  1GF9 A;  3NY8 A;  4B4I A;  1L92 A;  1D0M A;  3GUK A;  4NG8 A;  1NBZ C;  1C08 C;  3HT8 A;  1PZY A;  170L A;  1GBS A;  3WVY A;  1T8G A;  1C63 A;  1L95 A;  4LGK A;  1JPO A;  4DYG A;  2RAZ X;  196L A;  5F9U A;  1D3J A;  1L00 A;  2MEA A;  2BQO A;  2XQO A;  209L A;  1IOQ A;  3W3E A;  1GXV 2;  1IP7 A;  4M4O A;  212L A;  3W6C A;  2DQJ Y;  1IWV A;  3HFM Y;  4FJR A;  219L A; 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