2RB1X

2-ethoxyphenol in complex with t4 lysozyme l99a
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Rescoring docking hit lists for model cavity sites: predictions and experimental testing
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2rb1X00
1CV1A 206LA 244LA 215LA 3HUKA 149LA 1L30A 241LA 232LA 4EKQA 1T8GA 1LGWA 170LA 1QUDA 1DYDA 2O4WA 4ARQA 1L01A 1KW5A 1LYEA 3DN8A 2B6XA 107LA 1QTZA 3C7YA 1L88A 183LA 1PQJA 4LDEA 110LA 182LA 4OO9A 1SSWA 1SX7A 216LA 1L03A 3G3VA 2B70A 3CDVA 3HDEA 4I7OA 2RAZX 1LYHA 1L34A 168LA 158LA 1D3FA 1L63A 1L49A 1L41A 2HUKA 7LZMA 4I7JA 1PQDA 3CDOA 159LA 1L72A 218LA 1L40A 4W58A 4YX7C 1C6TA 1L90A 248LA 3GUMA 1CV0A 1L64A 1T6HA 2RBQA 4W57A 1L46A 4EPIA 1CU0A 1LGUA 1L16A 1JTMA 3V2YA 4GRVA 3OE0A 3HH5A 1DYFA 3HT8A 3PDSA 3OE8A 1OWYA 201LA 234LA 2O7AA 152LA 1L38A 1L05A 1L71A 3NYAA 1C68A 192LA 1P36A 4EJ4A 1L10A 3C80A 3CDTA 3D4SA 191LA 171LA 1QUHA 125LA 1DYGA 1L55A 138LA 1CU2A 1L43A 3RUNA 163LA 1KS3A 2Z6BA 239LA 2ANVA 3G3WA 2OE7X 1L45A 1L87A 1L70A 1L31A 1L57A 3GUJA 1L86A 3RZEA 157LA 140LA 1L80A 1LW9A 1DYAA 2OU0X 1D3MA 1EPYA 1L00A 1QT8A 246LA 172LA 4I7MA 189LA 1C6BA 2RBSA 2B6TA 243LA 128LA 3DKEX 1C62A 262LA 1L96A 1XEPA 169LA 4W59A 3HT9A 3NY8A 2OTYX 2OU9A 2NTGA 185LA 1L33A 2ANXA 3DN4A 1L29A 4I7KA 4I7NA 235LA 1L47A 219LA 1L18A 229LA 1L99A 1D3NA 119LA 1L26A 1L93A 1L54A 1L53A 1DYEA 3DMVA 178LA 1QS5A 4DJHA 3HWLA 2RB0X 3HH6A 1L82A 3EMLA 1CV5A 166LA 3UONA 259LA 3HTGA 5I14A 1QTHA 2RBOA 2L78A 1QT4A 4YXAC 1P6YA 148LE 250LA 1C6QA 3OE9A 1L65A 1L76A 1KNIA 1C6EA 122LA 1ZURA 3C8QA 3HH3A 3LZMA 1KY0A 205LA 1ZYTA 3FA0A 6LZMA 4DAJA 1LYJA 1G0MA 2B72A 2CUUA 2OEAX 211LA 3SBAA 165LA 1QSBA 236LA 1L48A 1P5CA 3DN3A 4PJZA 1LYIA 2RBPA 3SB7A 1C67A 1SWZA 1T8AA 1L66A 1KY1A 198LA 221LA 3HTBA 112LA 2B74A 4W55A 247LA 1QS9A 212LA 1P2RA 3C81A 1L13A 184LA 2RBNA 1D9WA 3SB8A 197LA 253LA 1L83A 1D3JA 2OE4X 1CTWA 177LA 1L06A 210LA 146LA 2RH1A 4LZMA 144LA 141LA 1LYDA 120LA 2QB0B 1G0QA 3CDQA 1LPYA 4ARPA 1L24A 4EXMA 1ZWNA 228LA 5LZMA 3NY9A 230LA 1C6CA 2B7XA 1G07A 2QARC 217LA 4W52A 1L0KA 1L17A 1L56A 1L0JA 1L39A 180LA 4I7RA 123LA 1L14A 1L50A 1LI2A 1LWKA 1L32A 3HH4A 249LA 1CV4A 1XJUA 143LA 1L67A 3GULA 2B6ZA 1OV7A 1L15A 1L37A 4EKPA 260LA 240LA 3C7ZA 4I7QA 1QSQA 1CX7A 4YXCA 1LWGA 4EKRA 1L79A 161LA 1L92A 1C64A 3HT7A 4EKSA 2O79A 1L35A 181LA 2B75A 129LA 1G0GA 1XJTA 3DN6A 126LA 3F8VA 195LA 1L44A 1L58A 1C6HA 3DMZA 1DYCA 1L68A 3L64A 2OU8A 238LA 258LA 3DNAA 1L59A 1PQMA 1QT3A 1QTBA 151LA 252LA 1P37A 1G0LA 188LA 233LA 4I7PA 257LA 2B73A 162LA 145LA 4LDLA 1QT5A 2Q9DA 1TLAA 2HUMA 1B6IA 1K28A 111LA 174LA 1P64A 1SSYA 3CDRA 3HU8A 4W54A 160LA 104LA 1L98A 3DMXA 3SB9A 1CU6A 4DKLA 131LA 3DN1A 150LA 1C6PA 2HULA 3GUOA 3DN2A 3C8RA 245LA 3F9LA 1C6JA 190LA 1JTNA 114LA 1L21A 231LA 2F47A 2LZMA 3HTFA 1L09A 2B6WA 2F32A 4I7LA 1PQOA 1G06A 1L25A 164LA 1KW7A 1LGXA 3HDFA 1DYBA 4E97A 1CU5A 1QTVA 2OE9X 1C6AA 1L60A 3C82A 3HU9A 147LA 254LA 1C6KA 1OWZA 1L77A 3GUKA 1CVKA 4GBRB 1LLHA 103LA 1L42A 1L89A 1QT7A 2NTHA 2RBRA 1L27A 1L85A 2OTZX 1L52A 261LA 1LI6A 115LA 3G3XA 4W51A 1L19A 1OV5A 3C7WA 175LA 102LA 3HUQA 1C6IA 2IGCA 1LYFA 4ARLA 213LA 176LA 4ZPUA 108LA 1PQIA 4S0WA 1CV3A 167LA 1C63A 3FADA 1L94A 3C83A 3QAKA 4W56A 214LA 251LA 3VW7A 1CUQA 1L28A 1L07A 3PBLA 1L91A 1L73A 1G0PA 137LA 1T97A 3HUAA 1SX2A 4K5YA 2LC9A 130LA 3GUNA 1QTDA 2Q9EA 3DN0A 1L36A 2A4TA 1L20A 1C69A 1C66A 155LA 1L84A 3GUPA 1CX6A 226LA 199LA 4PK0A 1P56A 3V2WA 1G0JA 1L61A 1C61A 1NHBA 113LA 1OVHA 225LA 1C6MA 237LA 4ARMB 1QT6A 142LA 3FI5A 3C8SA 223LA 2B6YA 1L23A 1L95A 2RAYX 1G1VA 224LA 255LA 1CV6A 1CUPA 1L08A 4AQNA 220LA 1P7SA 209LA 1C6FA 1QUOA 1SWYA 1C6DA 3JR6A 1L62A 4IAPA 1PQKA 3GUIA 3SN6R 1D2YA 139LA 1C6LA 1LYGA 1P2LA 1L97A 4EPFA 3HT6A 127LA 1P3NA 1L04A 187LA 1L51A 2RB2X 1C65A 1WTHA 1QTCA 3SB6A 1G0KA 118LA 4W53A 3OE6A 109LA 1I6SA 1L22A 3ODUA 4ARJA 1OYUA 200LA 3SBBC 4ARMA 222LA 4ARQB 4LDOA 1LI3A 1CU3A 256LA 1T8FA 1OVKA 242LA 3K2RA 2F2QA 1L69A 4I7TA 2RB1X 3HTDA 1D2WA 1C6NA 1L12A 1L74A 4I7SA 1P46A 1L02A 1OVJA 1L11A 227LA 1QUGA 1C60A 2LCBA 3SB5A 3L2XA 1G1WA 186LA 1C6GA 156LA 196LA 1L75A 1JQUA 1L81A 173LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B0DA 3CT1A 1GPQC 5APEA 3GXKA 1DZBX 4XJFA 4TSBA 1NWGA 4XJHA 4HV2A 4TX7A 4EKQA 2DQFC 1MLCE 5C6LA 1QUDA 1KW5A 1LYEA 2B6XA 107LA 1G7MC 5LYZA 4LYMA 1L03A 2B70A 3CDVA 3W6BA 2BQKA 4WM3A 5APCA 4NEBA 2BPUA 1LYHA 3AGHA 4BS7A 4H90A 1L72A 218LA 1L40A 4C5FA 2LYZA 2DQJY 1C6TA 2RBQA 1QQYA 1IP5A 1LGUA 4DD7A 2MEIA 1JSFA 3V2YA 4OWCA 1LCNA 3EXDA 3PDSA 1ZVYB 3OE8A 1YAPA 234LA 4H9BA 2O7AA 4WG1A 4XADA 3LYZA 4ML7A 2A7FA 1GFGA 1GDXA 1B5XA 4ETCA 1ALCA 1YAOA 1F10A 125LA 1DYGA 2F30A 2W1XA 4ETAA 4HSFA 3RUNA 1IWXA 1LSAA 1IWWA 1KS3A 2AUBA 2G4PA 2DBTA 2ANVA 2XTHA 1LMPA 4DWXA 4DDAA 1D0KA 157LA 1LW9A 1DYAA 4HP0A 4H9HA 246LA 1QT8A 2Z2EA 2N5ZA 4NG8A 169LA 4IJ4A 1NMMA 3DN4A 1J1OY 235LA 1L18A 1GF3A 1L99A 1LYSA 1CKFA 1NF5A 3J6KA 4DD3A 1GE0A 2RB0X 1B5VA 1REYA 1INUA 1GFUA 2EIZC 3UONA 5B06A 4DQJA 4NSJA 1QT4A 1P6YA 148LE 3HBEX 3IJUA 2YBMA 1JTTL 1C6QA 6LYZA 1FN5A 1KNIA 3C8QA 1BWJA 3HH3A 1QUSA 205LA 1ZYTA 1GF5A 2Q0MX 4LYZA 211LA 4H9EA 236LA 1P5CA 4DQ7A 2C8OA 3DN3A 2GV0A 4PJZA 1LYIA 3WVXA 1NKHA 1LYYA 1HEPA 1SWZA 1GE4A 4OWHA 221LA 3HTBA 112LA 4MCKA 134LA 4W55A 247LA 4CFOA 1B5ZA 1WQRA 1B7QA 1D9WA 1XGQC 4ZIXA 3SB8A 4UWUA 1WVUA 1WTNA 1CTWA 2OE4X 4J1BA 3WW5A 4OWAA 1OUJA 3CDQA 1L24A 1CJ8A 228LA 1C6CA 1G07A 1GBSA 2ZIKA 3IJVA 5E9RA 1CV4A 1IC5Y 1L67A 1BQLY 4EKPA 4NG1A 1LZ9A 1CX7A 1LWGA 1H6MA 4EKRA 5KKJA 1C64A 2F2NA 4EKSA 1XSFA 4CJ2A 129LA 1XJTA 1L44A 1C6HA 5IDDA 3DMZA 1L68A 238LA 258LA 1QT3A 1B5UA 2XJWA 1GF7A 4B4IA 2Y8PA 5HLLA 2BQOA 4WO9A 5KXWA 2LYOA 188LA 4I7PA 257LA 1VATA 2DQCY 1QT5A 2Q9DA 1K28A 1LJKA 4XJIA 1P64A 3HU8A 3KAMA 1LSCA 3T36A 4R0FA 1D0LA 3SB9A 2YBLA 3GUOA 2HU1A 1LSMA 1GE3A 4XJBA 5KKIA 1C6JA 3A67Y 2BQMA 114LA 231LA 2F47A 2LZMA 3A34A 1PQOA 2ZYPA 1LZ1A 4J1AA 1LGXA 1KW7A 5K7OA 1LZSA 3ZEKA 5T3FA 1GB9A 3A93A 2HEAA 1OWZA 1L77A 3GUKA 1UUZC 1LZCA 1L89A 5F81A 4WL7A 1BB4A 1L85A 5FELA 1OUGA 261LA 3G3XA 2HEBA 3A92A 1L19A 1CKHA 1CJ7A 2W1LA 4XJDA 4XJGA 1GBWA 5DM9A 1PQIA 4QGZA 1HFYA 5E4PA 167LA 1C63A 4LT2A 3QAKA 214LA 3LHMA 3VW7A 4CGEA 1I1ZA 1LHLA 3PBLA 1L91A 1L73A 1GB2A 3HUAA 1SX2A 1RJCB 130LA 1QTDA 4KPMA 2A4TA 2LYMA 1AZFA 1A4VA 1C66A 2LHMA 3W6EA 4GCFA 1EQ4A 2BQLA 4YOPA 2FYDA 5I53A 3AJNA 1G0JA 1L61A 113LA 1VAUA 3FI5A 3C8SA 223LA 1XEKA 2B6YA 2RAYX 1F6SA 4G49A 255LA 1L08A 4HTNA 1G7IC 4PRQA 1C6DA 1OUHA 1HELA 3WUNA 193LA 1WQMA 4BAFA 1B7RA 4H92A 4GN4A 5FEKA 2RB2X 1C65A 3WVYA 4QY9A 5HMVA 4H8XA 1G0KA 4WOAA 118LA 3W6AA 4ARMA 5FCPA 1OUIA 3K2RA 1SLYA 3G3AB 4I7TA 1T6VL 1C6NA 5LVKA 1BVKC 1NDGC 2BQFA 1UIAA 1L11A 4H91A 227LA 1C60A 4NY5A 5IELA 3K3TA 1LMAA 1OUFA 2XBRA 196LA 1VDPA 1TBYA 1REZA 1B7SA 1G0GA 4PRUA 2BAAA 173LA 206LA 5DN4A 2MEDA 215LA 1UIBA 3HUKA 1YANA 241LA 232LA 1LKRA 1IP2A 1O23A 1JTPL 4ARQA 3WYHA 1HFZA 2C8PA 4LYOA 2I6ZA 183LA 3RZ4A 110LA 182LA 1HMKA 1SX7A 4NFVA 3B6LA 4O34A 1IWUA 1EQ5A 1L34A 168LA 1HMLA 1L63A 4YEMA 5ILFA 1PQDA 3CDOA 4ZEEA 3WXUA 5LVHA 4W57A 1JUGA 1L46A 1RCMA 2I25L 1CU0A 4KL7A 1L16A 3ZVQA 3E3DA 3N9EA 153LA 2IHLA 4TWSA 4AGAA 1DYFA 4DD9A 3HT8A 1W08A 1OWYA 1CKGA 201LA 1CNSA 4NHPA 4NGIA 1L05A 1VFBC 3NYAA 1QSAA 1P36A 3CSRA 2HEDA 4EJ4A 4B49A 163LA 1CKDA 2Z6BA 239LA 2OE7X 1L45A 1L87A 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3A6BY 245LA 3F9LA 4EMNA 2B6WA 1GF8A 1DYBA 4OOOA 1LTMA 1QTVA 1L60A 3W6FA 1C6KA 3QY4A 4ETEA 4H8YA 1CVKA 1GF0A 1GB8A 1LLHA 5LINA 4N5RA 4Z41A 103LA 2BQIA 5KXXA 1VDSA 2RBRA 2OTZX 9LYZA 3OK0A 1OV5A 3A8ZA 3HUQA 2IGCA 1QTEA 1LYFA 1WQPA 2BQJA 1GFTA 4ARLA 1HEWA 1FKVA 4IATA 4ZPUA 1FLYA 1LZEA 2ZQ4A 1OUBA 3C83A 251LA 5FHWA 3IWRA 3LYTA 1LZRA 1BVXA 2CGIA 3WU9A 1L07A 2MECA 2MEHA 1G0PA 1VEDA 2B5ZA 1YILA 2LZTA 2LC9A 1B7OA 1RFPA 4G9SA 1LMQA 3WULA 1YQVY 5L3IA 4AXTA 3ATNA 4H9IA 226LA 5HMJA 4NWEA 3VWOA 5EBHA 4H9AA 4U3XB 1C61A 225LA 2BLXA 1FLQA 2HEFA 1QT6A 1FDLY 2BQAA 1UIGA 1GF9A 2PC2A 1G7LC 3WUAA 5LAFA 1P7SA 2DQIY 1C6FA 1QUOA 1SQ2L 2A7DA 4HPIA 1YKXX 4TTDA 5D5CA 1C6LA 1LYGA 3T6UA 1GBOA 3HT6A 4HJVA 1XEJA 1WQNA 3AGGG 1W6ZA 1QTCA 4NHIA 3BKVA 4N0JA 1Z55A 5DN5A 4XENA 1I6SA 5KXSA 5I54A 1OYUA 200LA 4LDOA 1YAQA 1LZ6A 1IVMA 4QDNA 3HTDA 4B1AA 3A6CY 1MELL 1L74A 2MEEA 2CWIA 3TXGA 1QUGA 3CB7A 1UIDA 1C6GA 1AT6A 4W96A 3WW6A 244LA 1YKYX 5KXTA 149LA 5LVIA 1QTKA 4NGJA 1IWZA 1ZMYL 3HBDA 8LYZA 1IOQA 4D9ZA 4C3WA 1WVVA 2ZYCA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1B0D A;  3CT1 A;  1GPQ C;  5APE A;  3GXK A;  1DZB X;  4XJF A;  4TSB A;  1NWG A;  4XJH A;  4HV2 A;  4TX7 A;  4EKQ A;  2DQF C;  1MLC E;  5C6L A;  1QUD A;  1KW5 A;  1LYE A;  2B6X A;  107L A;  1G7M C;  5LYZ A;  4LYM A;  1L03 A;  2B70 A;  3CDV A;  3W6B A;  2BQK A;  4WM3 A;  5APC A;  4NEB A;  2BPU A;  1LYH A;  3AGH A;  4BS7 A;  4H90 A;  1L72 A;  218L A;  1L40 A;  4C5F A;  2LYZ A;  2DQJ Y;  1C6T A;  2RBQ A;  1QQY A;  1IP5 A;  1LGU A;  4DD7 A;  2MEI A;  1JSF A;  3V2Y A;  4OWC A;  1LCN A;  3EXD A;  3PDS A;  1ZVY B;  3OE8 A;  1YAP A;  234L A;  4H9B A;  2O7A A;  4WG1 A;  4XAD A;  3LYZ A;  4ML7 A;  2A7F A;  1GFG A;  1GDX A;  1B5X A;  4ETC A;  1ALC A;  1YAO A;  1F10 A;  125L A;  1DYG A;  2F30 A;  2W1X A;  4ETA A;  4HSF A;  3RUN A;  1IWX A;  1LSA A;  1IWW A;  1KS3 A;  2AUB A;  2G4P A;  2DBT A;  2ANV A;  2XTH A;  1LMP A;  4DWX A;  4DDA A;  1D0K A;  157L A;  1LW9 A;  1DYA A;  4HP0 A;  4H9H A;  246L A;  1QT8 A;  2Z2E A;  2N5Z A;  4NG8 A;  169L A;  4IJ4 A;  1NMM A;  3DN4 A;  1J1O Y;  235L A;  1L18 A;  1GF3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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