2RBQA

3-methylbenzylazide in complex with t4 l99a/m102q
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Rescoring docking hit lists for model cavity sites: predictions and experimental testing.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2rbqA00
2HUMA 261LA 152LA 3QAKA 1XJTA 1T8FA 215LA 3SB6A 1CU0A 4I7OA 1L0KA 1L06A 186LA 1LW9A 1L81A 166LA 1L72A 1L19A 188LA 1OWYA 1L91A 4W55A 3GUNA 2RAZX 3C82A 2OE4X 4EPFA 1D3JA 1P36A 1D3FA 145LA 1C6CA 148LE 3G3WA 1C64A 3HDEA 1L03A 4IAPA 4YX7C 1QT3A 172LA 1L37A 4W59A 3DN4A 4LZMA 240LA 1L49A 251LA 2RH1A 125LA 1L26A 1L42A 3ODUA 248LA 115LA 1L85A 150LA 1P37A 4I7MA 238LA 1L21A 247LA 180LA 2F32A 137LA 1D9WA 1L71A 3GUJA 3HU9A 3CDRA 2F47A 1L29A 1KNIA 4DKLA 221LA 118LA 4W52A 185LA 1OVHA 1L64A 2HULA 3DN8A 1L80A 1QTCA 1L44A 1QTDA 1L61A 1K28A 4ZPUA 128LA 3HH5A 165LA 1LWKA 2O7AA 234LA 2B6XA 3SN6R 4AQNA 1L47A 126LA 2LCBA 4EKQA 1L92A 1SSYA 1L94A 3LZMA 162LA 1L10A 1C68A 2LC9A 158LA 1L31A 3HH6A 123LA 1C6BA 1G0QA 1QUGA 4EXMA 1JTNA 114LA 197LA 151LA 1OV7A 167LA 1QTHA 257LA 4PJZA 1L95A 243LA 201LA 1KY0A 2OTZX 1G0LA 1PQOA 3K2RA 1P6YA 1T6HA 2Q9DA 3DN2A 1LYEA 3HT7A 1L96A 1L55A 1L54A 3FA0A 1LYJA 1C6MA 3OE9A 4ARQA 1P5CA 1OYUA 196LA 1L57A 250LA 155LA 1P2RA 1CV6A 1CV4A 2ANXA 129LA 4I7SA 102LA 4LDOA 3C80A 1L63A 216LA 1L70A 1DYAA 1L86A 1C6JA 3HTGA 3NY9A 4LDLA 2RBSA 2OTYX 1L76A 1L77A 161LA 199LA 1P7SA 1SX7A 245LA 2RB0X 3RUNA 2Q9EA 2RBRA 1C63A 1KY1A 173LA 176LA 1C6GA 3FADA 4I7NA 1QSQA 4EPIA 1PQKA 1G1WA 1LYGA 4I7TA 3DMZA 2RAYX 1L33A 130LA 1L16A 236LA 163LA 120LA 1L88A 1L74A 4W54A 3JR6A 3F9LA 3GUMA 1L99A 3GULA 223LA 1KW7A 3DN0A 1P2LA 1JQUA 260LA 255LA 1ZURA 4PK0A 1L62A 4ARMB 1ZWNA 1L36A 4ARJA 244LA 1LI6A 1L87A 192LA 262LA 1L0JA 5I14A 2B7XA 3NY8A 1CU5A 6LZMA 1C6QA 4GBRB 205LA 2B6YA 195LA 210LA 1XJUA 3C81A 3V2WA 1L75A 1C69A 3HUQA 147LA 1G1VA 1I6SA 1P64A 1SWZA 258LA 3C7WA 1G06A 190LA 3C8SA 3CDVA 3GUOA 181LA 1L58A 4S0WA 4EJ4A 3DKEX 4W51A 1L20A 174LA 175LA 1CX6A 7LZMA 1LGUA 3NYAA 111LA 1L27A 1CV1A 3HT8A 160LA 144LA 1QT4A 2B74A 1L59A 1OWZA 242LA 249LA 2B73A 3OE8A 3F8VA 1LGWA 2QARC 1CU2A 4W57A 1L15A 1C6IA 170LA 3C7YA 1C6DA 1DYFA 131LA 4W56A 1PQJA 1L52A 191LA 177LA 1WTHA 103LA 4I7QA 4I7JA 127LA 1L30A 227LA 2ANVA 2OE9X 1QUHA 3HUAA 1CVKA 1T97A 1SX2A 1LI2A 1QT8A 3SB9A 1CUPA 140LA 1L90A 1LGXA 1EPYA 2B6TA 159LA 1L02A 1G0PA 2RBOA 187LA 231LA 3GUKA 1QUOA 1T8AA 1L53A 1QTZA 2CUUA 1XEPA 182LA 1D2YA 214LA 2B6WA 3HTDA 1L65A 4EKRA 4I7RA 1L18A 4K5YA 1QT7A 1L83A 3C8RA 1L82A 1SSWA 3VW7A 108LA 1L01A 233LA 2IGCA 3CDOA 1L32A 1T8GA 107LA 3HTFA 1KS3A 1ZYTA 218LA 3SB7A 3HH4A 146LA 2OU0X 1L93A 1G0GA 2QB0B 1OVKA 4I7KA 1L35A 1LYHA 3RZEA 113LA 241LA 1CU3A 2LZMA 157LA 3G3XA 2OU8A 1L04A 1LPYA 171LA 225LA 3HH3A 169LA 1D3NA 222LA 4ARPA 3SBBC 1TLAA 1C60A 259LA 209LA 3D4SA 4GRVA 1C65A 1L28A 232LA 1L13A 1L45A 3DMVA 189LA 1L25A 1LYIA 3DMXA 1L48A 1L22A 168LA 1L43A 1L09A 2O79A 1QS5A 3DN3A 122LA 1L60A 4I7PA 1CV3A 217LA 220LA 2NTGA 4ARLA 1L23A 2NTHA 2B70A 2OU9A 1DYEA 224LA 139LA 235LA 2Z6BA 3PBLA 1C67A 1CTWA 200LA 256LA 2B72A 3FI5A 4E97A 3CDQA 143LA 1QUDA 1CV5A 110LA 230LA 4OO9A 138LA 1C66A 3HUKA 1C6LA 1CUQA 1LYDA 3CDTA 3SBAA 1G0JA 1KW5A 2O4WA 3GUIA 1C6NA 3G3VA 1C62A 4ARMA 3V2YA 1CV0A 1DYDA 141LA 1L68A 3HU8A 3SB5A 1DYCA 3HDFA 112LA 1NHBA 1QTVA 3OE0A 1LWGA 1L97A 1L17A 253LA 1LLHA 2B75A 164LA 1D2WA 2F2QA 1L56A 226LA 1L46A 1L40A 1L24A 1L84A 1L66A 1L12A 229LA 1L41A 1G0MA 3GUPA 4W53A 3C7ZA 3L64A 1L73A 1LI3A 1QS9A 1PQDA 1CU6A 184LA 4DAJA 3HT6A 1C6HA 1DYBA 4W58A 1OV5A 4EKSA 1L14A 237LA 178LA 1B6IA 1L11A 104LA 119LA 1G07A 252LA 1PQMA 3L2XA 1C6TA 3C8QA 1L69A 219LA 183LA 142LA 2RB2X 2RBNA 3DNAA 3UONA 4YXAC 4EKPA 1DYGA 206LA 1G0KA 4LDEA 1QSBA 1C6EA 1QT6A 2OE7X 3PDSA 2RBQA 3DN6A 4ARQB 3EMLA 2RBPA 1C61A 1L98A 1L89A 1L38A 1C6PA 1C6KA 1P46A 1L07A 1C6FA 3SB8A 254LA 213LA 2A4TA 3HTBA 1P56A 4I7LA 1C6AA 3HT9A 198LA 212LA 1LYFA 1L79A 1QT5A 109LA 1L05A 1L51A 3HWLA 2HUKA 1L00A 4DJHA 1L39A 4YXCA 1L50A 246LA 3OE6A 1OVJA 2B6ZA 1L08A 149LA 239LA 3DN1A 1JTMA 1L34A 1SWYA 156LA 2OEAX 1PQIA 228LA 1QTBA 1D3MA 1L67A 1CX7A 1P3NA 5LZMA 2L78A 211LA 2RB1X 3C83A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GE2A 3WMKA 4G9SA 4YEMA 4R6CA 4N0JA 186LA 5D5CA 4CJ2A 1IOQA 1L81A 5I4YA 3WVXA 1L19A 1LSAA 188LA 1L91A 4J1AA 1DQJC 3A6BY 2OE4X 3TMVA 1BB3A 1P36A 1W08A 1LZCA 1JSEA 145LA 148LE 3WL2A 1C64A 3HDEA 4IAPA 4QEQA 3A94A 4W59A 3DN4A 4TSBA 1H6MA 1L49A 1EQEA 1GF8A 5HLLA 4BAPA 4GN5C 1L85A 1LZ9A 4DC4A 1KXWA 180LA 2F32A 3CDRA 2HU3A 2Q0MX 1LHLA 185LA 1UIEA 4HTNA 1FDLY 2C8OA 5E9RA 1GF6A 4HPIA 2HULA 1QTCA 4NY5A 132LA 1SLYA 1K28A 4RLNA 1LMNA 128LA 3HH5A 165LA 1SQ2L 1T6VL 1LPIA 1L92A 3J4GA 7LYZA 1C68A 4J1BA 2HEDA 1RCMA 1UCOA 5KXRA 5KXTA 123LA 1G0QA 3CSQA 1JTNA 3F6ZA 1GBWA 1OV7A 167LA 1QTHA 257LA 1L95A 1PQOA 1T6HA 2Q9DA 1LMAA 3HT7A 1C08C 4PHIA 1LZAA 1G7HC 3FA0A 4ET8A 1UIDA 3W6CA 2G4PA 1LSCA 1OUGA 4ARQA 1OYUA 1JKCA 1GBOA 1CV6A 4I7SA 129LA 4LDOA 216LA 4J7VA 1WQOA 1L86A 1LKRA 3HTGA 4LDLA 1KXXA 1DKJA 1JWRA 1L77A 1LYSA 2FBBA 3RW8A 1SX7A 245LA 5F14A 1WQPA 4LFPA 1HERA 1LYOA 5C6JA 173LA 2YBJA 4EPIA 1PQKA 1LYGA 4I7TA 3WPLA 1L33A 130LA 1NF5A 120LA 2MEGA 4W54A 3B6LA 135LA 1JQUA 255LA 1L62A 5I5QA 1GFKA 1BB6A 2B7XA 1C6QA 9LYZA 1IWZA 205LA 2B6YA 210LA 3C81A 1VDQA 1P64A 5KXSA 1GE0A 1G06A 3CDVA 4NWHA 4WM1A 4S0WA 4EJ4A 3DKEX 4DD7A 5DM9A 1L20A 1LZ5A 4QDNA 1LGUA 1IOSA 1QT4A 1KIPC 1GF4A 2XJWA 1LGWA 3VWOA 1CU2A 1F6SA 1L15A 1IWUA 4W96A 5B1FA 3ZVQB 4W56A 1PQJA 3A67Y 4ZEEA 127LA 3G3BB 3A34A 3HUAA 1SX2A 1QT8A 3AGGG 1IEEA 1LGXA 1BGIA 2WARA 3A8ZA 5I4WA 2F30A 2RBOA 1QUOA 4YENA 3ULRA 4RLMA 1LJFA 2CUUA 1BQLY 214LA 3HTDA 4NGIA 3C8RA 1UIGA 1SSWA 3VW7A 4MCKA 1LJ3A 1XGQC 1MLCE 1D6PA 1IC5Y 233LA 1L32A 4AGAA 2BQGA 1T8GA 1FLUA 6LYTA 107LA 5KKIA 1XGPC 218LA 3HH4A 2OU0X 1L93A 2RSCA 4J0LA 4I7KA 2F4GA 1XEJA 3RZEA 113LA 1L04A 3M18B 171LA 225LA 3OJPA 3BKVA 4WO9A 1TLAA 1C60A 2EIZC 209LA 4GRVA 1L13A 4H92A 1LZ6A 3DMVA 1VDSA 3QNGA 5DLAA 5KXNA 4OWCA 1L43A 1WQMA 1L60A 220LA 2NTGA 5J7CA 1DYEA 2HEEA 5L3HA 235LA 4H9FA 3ZEKA 3PBLA 3WXUA 1C67A 1IOCA 256LA 3AZ6A 3CDQA 1JHLA 143LA 1QUDA 133LA 1YL0X 5LAFA 138LA 1C6LA 5KY1A 3SBAA 1G0JA 4H9HA 4ETAA 1C6NA 4I8SA 1LHMA 3LYTA 1C62A 1CKFA 1DYDA 1QTVA 1GFRA 8LYZA 1B9OA 1LSGA 3RZ4A 2YDGA 1D2WA 1L40A 3W6BA 1GAZA 1L66A 4N9RA 1UICA 3WXTA 1GB8A 1LZSA 3TMXA 3WULA 2D4JA 3C7ZA 2BQOA 1QS9A 4NHPA 1LSFA 5EBHA 2BQBA 1PQDA 4DAJA 1D0MA 2Z19A 3TXDA 3TXIA 1I56A 3T6UA 5LYZA 1C6TA 3C8QA 1L69A 3WPJA 2RBNA 4RDSA 3UONA 4XJBA 4Z98A 1C6EA 1HHLA 1BB7A 2HUBA 4DQ7A 3PDSA 2RBQA 2YBMA 3CT1A 1A2YC 4ARQB 1PZYA 2ZNXY 1YILA 3A95A 3AZ4A 1C6KA 2Y8PA 3IWRA 1B5WA 1YIKA 213LA 3HTBA 1JSFA 4I7LA 3TXJA 1I20A 1LYFA 1QT5A 109LA 4NWEA 1GDWA 1L39A 1HFYA 1FLYA 246LA 3OE6A 1BB4A 2OEAX 1G7JC 3WPKA 1QTBA 2DQIY 2ZYCA 4IASA 2BQCA 211LA 3C83A 1B7NA 2HUMA 261LA 2LYOA 2W1MA 3SB6A 1B7SA 1CU0A 1LJIA 4IATA 1L72A 1OWYA 1LSDA 2RAZX 4NHSA 4H9IA 4NHTA 3TXEA 3G3WA 1Z55A 1L03A 2HTXA 5I4XA 1L37A 4WM3A 1GFVA 2YBNA 4UWNA 2MEIA 4MSTA 4H90A 1LJNA 4A7DA 3WUMA 3CQLA 1LMPA 4Z41A 3ODUA 4YM8A 1LZ8A 1WQRA 1P37A 4I7MA 247LA 1GHLA 3A91A 2PC2A 4PJ2C 1GXV2 2FBDA 4FDYA 1L71A 3GUJA 1KNIA 4DKLA 118LA 3WU7A 1LHKA 2BQNA 1L64A 3DN8A 4LYTA 1GFTA 1L44A 2LYZA 1YAOA 1GFJA 4QY9A 1LWKA 2B6XA 3SN6R 1MELL 4AQNA 126LA 4HV1A 1VEDA 1SSYA 1HC0A 1YKZX 1LYZA 4KL7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1GE2 A;  3WMK A;  4G9S A;  4YEM A;  4R6C A;  4N0J A;  186L A;  5D5C A;  4CJ2 A;  1IOQ A;  1L81 A;  5I4Y A;  3WVX A;  1L19 A;  1LSA A;  188L A;  1L91 A;  4J1A A;  1DQJ C;  3A6B Y;  2OE4 X;  3TMV A;  1BB3 A;  1P36 A;  1W08 A;  1LZC A;  1JSE A;  145L A;  148L E;  3WL2 A;  1C64 A;  3HDE A;  4IAP A;  4QEQ A;  3A94 A;  4W59 A;  3DN4 A;  4TSB A;  1H6M A;  1L49 A;  1EQE A;  1GF8 A;  5HLL A;  4BAP A;  4GN5 C;  1L85 A;  1LZ9 A;  4DC4 A;  1KXW A;  180L A;  2F32 A;  3CDR A;  2HU3 A;  2Q0M X;  1LHL A;  185L A;  1UIE A;  4HTN A;  1FDL Y;  2C8O A;  5E9R A;  1GF6 A;  4HPI A;  2HUL A;  1QTC A;  4NY5 A;  132L A;  1SLY A;  1K28 A;  4RLN A;  1LMN A;  128L A;  3HH5 A;  165L A;  1SQ2 L;  1T6V L;  1LPI A;  1L92 A;  3J4G A;  7LYZ A;  1C68 A;  4J1B A;  2HED A;  1RCM A;  1UCO A;  5KXR A;  5KXT A;  123L A;  1G0Q A;  3CSQ A;  1JTN A;  3F6Z A;  1GBW A;  1OV7 A;  167L A;  1QTH A;  257L A;  1L95 A;  1PQO A;  1T6H A;  2Q9D A;  1LMA A;  3HT7 A;  1C08 C;  4PHI A;  1LZA A;  1G7H C;  3FA0 A;  4ET8 A;  1UID A;  3W6C A;  2G4P A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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