2RBRA

2-phenoxyethanol in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 58
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)TI2 (158-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)S3 (31-32)AH3 (60-80)AH2 (39-50)AH6 (108-112)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)AH4 (83-90)TIV3 (112-115)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Rescoring docking hit lists for model cavity sites: predictions and experimental testing.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2rbrA00
195LA 3C8RA 158LA 137LA 1L55A 197LA 1L16A 3DN3A 1QS9A 4AQNA 1QTHA 1L09A 169LA 3OE9A 1L23A 2OEAX 3SBAA 1C6PA 2ANVA 1L31A 1CU2A 4I7QA 1L25A 3DMVA 2LCBA 1OVJA 4W54A 119LA 183LA 1C64A 4EKRA 1P36A 1JTMA 4W57A 128LA 1DYEA 1C6KA 209LA 3FI5A 1C60A 142LA 190LA 1L39A 4ARPA 232LA 1XEPA 1LI6A 3C7ZA 4I7SA 3EMLA 3DN2A 4W52A 1CUPA 4ARMB 1LI3A 253LA 161LA 164LA 1L84A 4W56A 3DN0A 226LA 4EKSA 1L98A 1CU3A 3DKEX 182LA 260LA 1QT7A 1P5CA 165LA 139LA 1L28A 196LA 3HT6A 210LA 1P2LA 178LA 5I14A 1D3MA 1L06A 1LYIA 3PBLA 144LA 3GUJA 3HT9A 2CUUA 2O7AA 2OE7X 3HTGA 3GUPA 192LA 141LA 1L45A 1LYFA 217LA 2Q9DA 1L97A 1L10A 1L0KA 3HTFA 3SB7A 1PQOA 3C8QA 4OO9A 107LA 1L88A 1K28A 2RBSA 3C8SA 1C6HA 1LYDA 3G3VA 238LA 4W51A 113LA 1L42A 1T8GA 1T6HA 3G3WA 3K2RA 109LA 1D3NA 177LA 2OU9A 3GUKA 1L63A 1QT4A 1QTBA 3SB5A 1PQKA 2OE4X 1L65A 4DAJA 3V2WA 3C81A 3CDTA 1ZYTA 1L86A 214LA 188LA 2B75A 1C6BA 1QTCA 234LA 4GBRB 2OU0X 2RB2X 163LA 1C6TA 1XJUA 4ARQA 3G3XA 1L35A 1ZWNA 2RB0X 1CV1A 1L62A 2LZMA 3HH5A 1C62A 1L92A 3OE6A 122LA 1L27A 1L54A 1P46A 180LA 3FADA 173LA 1L87A 201LA 2F32A 1C6FA 4ARJA 3DN4A 104LA 147LA 2A4TA 3JR6A 4I7PA 1XJTA 4EKPA 1TLAA 174LA 1L07A 1L19A 3VW7A 1T97A 1L75A 223LA 1C6IA 262LA 1L64A 1PQDA 1CV6A 241LA 3F9LA 3SB8A 1L18A 4EKQA 1L46A 4ARQB 3GUOA 160LA 1L60A 240LA 1L48A 1P37A 1L53A 102LA 1CX6A 1L41A 4YXCA 1LWKA 170LA 1T8FA 1L94A 1LI2A 1L70A 146LA 1L96A 3UONA 216LA 2OE9X 1G0JA 1L21A 4YXAC 1L34A 1C6GA 1L73A 3HUKA 1L0JA 244LA 1JTNA 206LA 130LA 1L05A 3NYAA 3D4SA 138LA 1L82A 3GUIA 1PQJA 1L66A 3C7WA 4LZMA 1L02A 103LA 131LA 1L99A 3SBBC 4EJ4A 1QT8A 3HU8A 1QTZA 3NY9A 243LA 1C65A 3FA0A 1CV3A 1L20A 2B6TA 2QB0B 1L47A 1SWYA 1DYBA 1G0MA 1L13A 1L71A 1NHBA 2B72A 2Z6BA 2RH1A 1L51A 1C6DA 3V2YA 1KY0A 1G07A 4I7RA 205LA 1L49A 3GUNA 1LPYA 1G0PA 4I7NA 3NY8A 1G1VA 213LA 140LA 1SWZA 199LA 3HH6A 1C68A 1L33A 218LA 1OV7A 1L91A 4I7LA 1L89A 1OWYA 220LA 1L04A 1L93A 2F2QA 1QUGA 172LA 233LA 4IAPA 4W59A 1KNIA 1L59A 1L57A 3DN8A 4DKLA 166LA 2RAZX 1D3JA 1G0GA 3HU9A 1LW9A 2ANXA 4PK0A 1C66A 1L40A 2RB1X 4W53A 2RBQA 3GUMA 1L43A 4I7JA 245LA 3CDVA 1C6CA 1L38A 1SX2A 175LA 1DYAA 4DJHA 1PQIA 1QT5A 1DYDA 1CU5A 4W55A 1C6LA 3DMXA 127LA 1QUDA 110LA 1C6JA 162LA 3C80A 1L52A 1WTHA 1OYUA 235LA 3QAKA 2L78A 1L00A 3DMZA 1P7SA 187LA 3C7YA 249LA 120LA 1C67A 255LA 2RBOA 1LYEA 1QUHA 2HUMA 2IGCA 125LA 1L24A 3CDRA 259LA 1JQUA 1C6MA 1P6YA 1T8AA 1L61A 1L22A 221LA 2B6ZA 176LA 1KW5A 200LA 1CV4A 254LA 2B74A 1CU0A 3CDOA 225LA 236LA 3HT7A 1L30A 3L64A 2RAYX 3HTDA 1CV5A 186LA 189LA 1P64A 1C6QA 2B6YA 112LA 1LGXA 115LA 4LDEA 148LE 1DYFA 1G1WA 2O4WA 2B73A 1DYCA 2OTZX 222LA 224LA 229LA 2LC9A 256LA 4ARMA 3SN6R 4K5YA 1L50A 159LA 211LA 215LA 3F8VA 1G0QA 1L68A 1D3FA 1L83A 1L36A 1CVKA 1C63A 1QS5A 1CX7A 2B7XA 1D2WA 1KY1A 237LA 1L15A 1QT3A 1SSYA 4S0WA 1SX7A 4E97A 1LGWA 2RBPA 3GULA 2F47A 156LA 1G06A 3RZEA 151LA 185LA 3HWLA 1L58A 4I7OA 3C82A 1QT6A 2QARC 246LA 4EPIA 2O79A 143LA 1P3NA 3L2XA 1L74A 1C69A 1L32A 198LA 149LA 1L79A 1I6SA 1L76A 129LA 2RBRA 3OE8A 6LZMA 1KW7A 1L56A 1ZURA 1L17A 261LA 2HULA 1L01A 114LA 1DYGA 1OVKA 4LDOA 1L08A 167LA 1L72A 4W58A 155LA 1LWGA 231LA 2HUKA 2B6WA 2OTYX 3HTBA 191LA 1L26A 4I7KA 2B6XA 4PJZA 4YX7C 1L85A 3DN6A 3OE0A 4ZPUA 1D2YA 3RUNA 239LA 111LA 1C6NA 4I7TA 1L14A 2OU8A 1OVHA 1SSWA 145LA 3DNAA 227LA 1L95A 4EPFA 1C6AA 1EPYA 1QSQA 3HDEA 1KS3A 247LA 252LA 242LA 123LA 250LA 3ODUA 1L03A 181LA 1L37A 1LLHA 1OV5A 1L44A 1QTDA 251LA 152LA 3C83A 3HH4A 3LZMA 1C6EA 2NTGA 150LA 1L90A 1CV0A 1QUOA 1L81A 1CU6A 1LYJA 3HDFA 1OWZA 4I7MA 1P2RA 258LA 126LA 3PDSA 1LYHA 228LA 2Q9EA 7LZMA 157LA 3DN1A 1CTWA 1L80A 1C61A 2NTHA 168LA 4EXMA 1QTVA 3HUAA 1D9WA 1L29A 1LGUA 4GRVA 212LA 248LA 1L77A 3HUQA 1L12A 108LA 2RBNA 2B70A 3SB9A 171LA 1L11A 5LZMA 184LA 257LA 3SB6A 4LDLA 1PQMA 1QSBA 1L67A 3HH3A 1G0KA 1LYGA 1B6IA 219LA 3CDQA 118LA 1CUQA 3HT8A 1P56A 1L69A 1G0LA 230LA 4ARLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LT2A 3C8RA 2LYMA 1WQRA 197LA 2ZIKA 2BLYA 1IP6A 1BVXA 1QTHA 3OE9A 1I1ZA 1OUFA 1KXYA 4I8SA 3WMKA 3DMVA 1LCNA 4HV1A 5FHWA 1UIBA 3TMWA 119LA 4CHXA 1CKHA 4HJVA 4ETAA 2AUBA 3WVYA 128LA 1LZRA 209LA 4NSHA 1XSFA 5EBHA 1L39A 232LA 1XEPA 1HEOA 1NKHA 5B1GA 1GFHA 5HLLA 4NWEA 4I0CA 4EKSA 1L98A 1GF0A 1LPIA 2W1YA 3TMUA 4NGLA 3P66A 1L28A 1IORA 5F9XA 1P2LA 3ZVQB 178LA 1D3MA 144LA 1CJ9A 1LAAA 1JTPL 4WM5A 3HTGA 2HU1A 3GUPA 4GN3A 1ALCA 1FDLY 1L0KA 3HTFA 3SB7A 4OO9A 1LJEA 107LA 1RCMA 4HV2A 2RBSA 4DYGA 2G4QA 3C8SA 1CNSA 1C6HA 2DQDY 4W51A 1IOCA 5J7CA 1T8GA 3G3WA 4P2EA 1LJIA 1OQMA 2A7DA 1FN5A 1WTNA 2DQJY 3W6EA 1D0LA 2BQHA 1EL1A 2MEAA 5K7OA 1QT4A 2EKSC 1KIPC 1TEWA 1LZYA 1NHEA 3C81A 4H94A 3CDTA 5DM9A 3BKHA 1GFTA 2OU0X 2ZQ3A 134LA 4ARQA 1L35A 1CV1A 1YAMA 122LA 4CFPA 1REZA 3OJPA 4ARJA 2A4TA 1B7LA 1XJTA 4EKPA 1LZEA 4YEOA 4HJZA 1L75A 1IVMA 1GDWA 223LA 2EIZC 262LA 4CGEA 1JJ1A 4IASA 1CV6A 241LA 3F9LA 3SB8A 2XQOA 2D91A 1L18A 4ARQB 160LA 3A95A 1LHLA 4G4BA 1L53A 1TCYA 2YVBA 4LFPA 1LI2A 2Q0MX 1KXXA 4II8A 3UONA 216LA 4XJBA 1L34A 1GF6A 1C6GA 4DD0A 3HUKA 1B5WA 4WLDA 1JTNA 1XGRC 4DDCA 1CJ8A 3D4SA 2HEFA 1QTKA 2YBIA 1L66A 3EXDA 103LA 2Z19A 4LT1A 4Z41A 1F6RA 1VFBC 2LYZA 5II3A 3EO5A 3FA0A 3QY4A 1LJ4A 1HF4A 5L3HA 1DYBA 1G0MA 1H6MA 4IATA 3V2YA 205LA 4QEQA 4NGKA 3GUNA 1LSZA 4I7NA 1FLYA 3HH6A 3W6DA 4ZIXA 2BAAA 4AXTA 2F2QA 233LA 4IAPA 1GE2A 2RAZX 1LJGA 5E9RA 1AZFA 3HU9A 1GE1A 4B1AA 135LA 1C66A 1L40A 2RBQA 3GUMA 1VDTA 245LA 3M18B 1IP1A 3ATNA 1C6CA 175LA 1QT5A 2MEDA 4GCEA 1CJ7A 3A93A 1GFEA 1BWHA 3T36A 4W55A 1C6LA 3DMXA 1F6SA 5KXMA 162LA 133LA 1QDTA 5B07A 1LMOA 3IJVA 4N9RA 1C67A 4MR1A 3W6CA 2D4IA 1L24A 1YKYX 1GBSA 1T8AA 221LA 1B7RA 4YF2A 1GF8A 3WH1A 1UIEA 254LA 4OWHA 1D0KA 225LA 236LA 1IP3A 2I26L 3HT7A 5LIOA 4GCDA 1JUGA 3L64A 1IIZA 4TWSA 1CV5A 1P64A 1C6QA 1LGXA 2G4NA 3A91A 1G1WA 2O4WA 4U3XB 1GHLA 3A34A 2OTZX 1RI8B 4NSIA 1MLCE 224LA 2LC9A 1IP7A 4GN4A 1GB6A 4LGKA 4K5YA 4EOFA 159LA 215LA 1WQMA 1PS5A 2LZTA 3G3BB 1L36A 5KKJA 1CX7A 2B7XA 4NGJA 1KY1A 1YAOA 1LZ4A 3WU8A 3TXGA 2FBBA 2F47A 1LSEA 3RZEA 1D6QA 1GFGA 1G7HC 1HFXA 4WO6A 246LA 1WVUA 3OK0A 1LSBA 4NHPA 1L76A 129LA 4LYMA 1KW7A 261LA 3AGHA 1BWJA 1DYGA 1L08A 1L72A 1PZYA 231LA 1LSYA 1IOQA 1LMQA 1JTOL 4PJZA 2DQCY 1DI5A 2LHMA 2Z2FA 239LA 1C6NA 1L14A 7LYZA 3DNAA 4YM8A 4PJ2C 1J1XY 4EPFA 1GB9A 5I54A 3AW7A 1L03A 1L37A 2BQGA 1OV5A 3RNXA 4M6DA 4RW2A 4H90A 3LZMA 1C6EA 4XJDA 1TBYA 4J1BA 1LJNA 1G7IC 1LYJA 1IWXA 1OWZA 2ZYPA 1GFAA 1UBZA 3P68A 2Q9EA 5LVKA 1GB0A 7LZMA 157LA 1L80A 1LJHA 3HUAA 3HFMY 3LYZA 4GRVA 108LA 5LZMA 257LA 4LDLA 1DI3A 1LJ3A 3CDQA 1QQYA 4B49A 1HEQA 3LZ2A 1P56A 2N5ZA 1YQVY 1GE0A 4ARLA 195LA 4WL6A 158LA 1LSAA 1L55A 1L16A 2BQDA 1LSNA 2G4PA 2OEAX 2ANVA 4HSFA 1L31A 1CU2A 4I7QA 1LSDA 2LCBA 4W54A 4R0FA 183LA 1DPWA 4G9SA 4W57A 4PHIA 3WUMA 4ANRA 4HTNA 4MCKA 3A96A 4MSTA 1C60A 3AZ5A 1LI6A 1VEDA 4LZTA 3C7ZA 4NSJA 4I7SA 1GFJA 5HQ1A 3DN2A 4J1AA 4W52A 1CUPA 4ARMB 161LA 1CKCA 1IOSA 3DN0A 3FE0A 1GPQC 260LA 4AGAA 1GF4A 4XJIA 1INUA 3HBHA 210LA 4H91A 1LYIA 3PBLA 4J7VA 4XJGA 4DC4A 3HT9A 2CUUA 3RU5A 2O7AA 2F30A 1IO5A 4XJHA 1LYFA 2Q9DA 1GAZA 2DQFC 1YAPA 1LJKA 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249LA 120LA 255LA 5F16A 5I53A 5ILCA 3GXKA 1YKXX 125LA 1DKJA 3AGIA 259LA 4GCCA 1C6MA 1L22A 1UIFA 1VAUA 1BHZA 1CV4A 2HUBA 1CU0A 1LHMA 1WQNA 5F9UA 5FSTA 1J1PY 3B6LA 1RE2A 2RAYX 4IJ4A 3HTDA 4RLMA 4FJRA 189LA 1IR7A 4OOOA 4ETBA 2B73A 2YBMA 5LVIA 1AM7A 1L50A 2HU3A 2ZNXY 1D3FA 1XEIA 4HTQA 1CVKA 5KJ9A 1C63A 2W1LA 1UUZC 1L15A 1QT3A 1SSYA 1B5ZA 4QDNA 4E97A 1LGWA 1HFYA 2HEEA 5LAGA 4WM3A 156LA 1GFKA 4R6CA 5FELA 1N4FA 185LA 3HWLA 1LMNA 3WXTA 2QARC 6LYZA 2DQGY 143LA 1B7PA 149LA 1L79A 2RBRA 3EBAB 1JIYA 1L17A 1L01A 1OVKA 167LA 2HUKA 4B4EA 3HTBA 191LA 4KXIA 4YX7C 4ET9A 3OE0A 4H8XA 2MEBA 3RUNA 4DQ5A 4ZEEA 1VATA 1YIKA 2OU8A 145LA 1IOTA 3HDEA 247LA 252LA 1D6PA 1O23A 4B4JA 1ZV5L 2BPUA 1GFUA 5F14A 3HH4A 1GEZA 2X0AA 1GBZA 1DKKA 1XFPL 1UIDA 1L81A 5LVGA 4RW1A 5DN5A 3HDFA 4I7MA 1HC0A 2D6BA 3WXUA 126LA 3PDSA 1VDQA 5DLAA 1CTWA 4NIJA 3D3DA 3D9AC 1D9WA 4WLXA 3WUNA 1F10A 3AB6A 212LA 4A7DA 1L12A 2DKVA 207LA 1L11A 1JEFA 2LZ2A 1PQMA 1QSBA 1LYGA 2MEIA 1EQ5A 5B06A 1NMMA 2MEFA 1LZGA 3DN3A 1QS9A 4AQNA 5I4YA 1L09A 1JKDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4LT2 A;  3C8R A;  2LYM A;  1WQR A;  197L A;  2ZIK A;  2BLY A;  1IP6 A;  1BVX A;  1QTH A;  3OE9 A;  1I1Z A;  1OUF A;  1KXY A;  4I8S A;  3WMK A;  3DMV A;  1LCN A;  4HV1 A;  5FHW A;  1UIB A;  3TMW A;  119L A;  4CHX A;  1CKH A;  4HJV A;  4ETA A;  2AUB A;  3WVY A;  128L A;  1LZR A;  209L A;  4NSH A;  1XSF A;  5EBH A;  1L39 A;  232L A;  1XEP A;  1HEO A;  1NKH A;  5B1G A;  1GFH A;  5HLL A;  4NWE A;  4I0C A;  4EKS A;  1L98 A;  1GF0 A;  1LPI A;  2W1Y A;  3TMU A;  4NGL A;  3P66 A;  1L28 A;  1IOR A;  5F9X A;  1P2L A;  3ZVQ B;  178L A;  1D3M A;  144L A;  1CJ9 A;  1LAA A;  1JTP L;  4WM5 A;  3HTG A;  2HU1 A;  3GUP A;  4GN3 A;  1ALC A;  1FDL Y;  1L0K A;  3HTF A;  3SB7 A;  4OO9 A;  1LJE A;  107L A;  1RCM A;  4HV2 A;  2RBS A;  4DYG A;  2G4Q A;  3C8S A;  1CNS A;  1C6H A;  2DQD Y;  4W51 A;  1IOC A;  5J7C A;  1T8G A;  3G3W A;  4P2E A;  1LJI A;  1OQM A;  2A7D A;  1FN5 A;  1WTN A;  2DQJ Y;  3W6E A;  1D0L A;  2BQH A;  1EL1 A;  2MEA A;  5K7O A;  1QT4 A;  2EKS C;  1KIP C;  1TEW A;  1LZY A;  1NHE A;  3C81 A;  4H94 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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