2RBSA

(r)(+)-3-chloro-1-phenyl-1-propanol in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Rescoring docking hit lists for model cavity sites: predictions and experimental testing.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 56
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2rbsA00
1L23A 1C6CA 4I7JA 1L32A 1L80A 233LA 2ANVA 4PK0A 4DAJA 214LA 3GULA 2O4WA 1L62A 1D3MA 1P3NA 1P7SA 1PQKA 2B6WA 3GUIA 3SB9A 1L45A 1L01A 1L86A 1G0QA 210LA 3HUQA 1C67A 3OE8A 1CV4A 3HUKA 3DMVA 2HULA 1L0KA 4K5YA 1L88A 129LA 1CU3A 1SX2A 3OE0A 1L95A 3UONA 3HH6A 1L75A 225LA 1SSYA 4ARMA 1B6IA 2Q9EA 1C6DA 1T97A 3D4SA 119LA 110LA 1L39A 220LA 1PQDA 1T6HA 155LA 3SB7A 3DN3A 2OE9X 235LA 3HTGA 1L09A 3DN4A 1QUDA 2B6YA 2Z6BA 1L17A 2RBOA 130LA 5I14A 2RBNA 2B6ZA 1DYCA 252LA 1I6SA 2B72A 187LA 139LA 1C62A 1PQOA 1D9WA 163LA 238LA 185LA 1L73A 1LI3A 222LA 1DYFA 1L31A 1L34A 3DN1A 2NTHA 4I7MA 1L48A 1NHBA 4I7LA 230LA 1PQIA 4YXCA 1L57A 257LA 3PDSA 236LA 1SX7A 151LA 125LA 4ARQA 120LA 1G07A 3DN6A 1DYBA 3HH5A 1L20A 170LA 3CDOA 3K2RA 4W56A 205LA 178LA 1CV5A 1C6HA 1L94A 2RH1A 118LA 4W58A 198LA 1JTNA 1P6YA 1QT4A 158LA 3C7WA 3CDQA 1CUQA 3HTFA 102LA 1QTVA 1LI6A 1L19A 229LA 1SWZA 3DKEX 140LA 1L21A 243LA 2F2QA 255LA 3DN0A 211LA 2QB0B 1L55A 1L49A 1L91A 1L00A 4S0WA 4ZPUA 206LA 147LA 188LA 1L35A 1CV0A 1L53A 1C6QA 4W51A 1L65A 4EXMA 4ARMB 199LA 228LA 217LA 1LPYA 1LWGA 143LA 146LA 1QTCA 200LA 1CX6A 1L28A 1QT7A 1T8AA 2B70A 1CU5A 1CUPA 3C7YA 4I7SA 182LA 241LA 3C8QA 1L0JA 254LA 4I7KA 4E97A 1C6KA 1D3JA 1L74A 126LA 3GUKA 3NY8A 248LA 1C64A 1G0LA 3CDRA 2RB2X 1QS9A 3GUJA 4LDOA 1T8FA 3FA0A 1L87A 1KW5A 231LA 166LA 1KW7A 2HUMA 1CV6A 1L83A 141LA 174LA 4W59A 4ARQB 3FI5A 138LA 3JR6A 1L52A 1L08A 127LA 1C6JA 1D2YA 3HH3A 2OU9A 2RBRA 1L04A 3C82A 1CTWA 1L77A 3L64A 3OE6A 2CUUA 3DNAA 184LA 216LA 3NY9A 4EKRA 1C6NA 1DYEA 3EMLA 3HT6A 1L97A 1L79A 1XJTA 3GUMA 1OYUA 180LA 1LLHA 3HUAA 3GUPA 2OU8A 122LA 4ARJA 7LZMA 3C8SA 176LA 1L38A 1L27A 1P37A 1L02A 3ODUA 108LA 3GUOA 213LA 250LA 113LA 156LA 247LA 1L37A 3L2XA 195LA 4IAPA 1L07A 1L18A 2LC9A 1G0PA 1DYGA 1L12A 1PQMA 3C81A 3SB5A 1L63A 1L66A 1P2LA 1L84A 183LA 1QTBA 1C68A 3G3XA 1D2WA 2NTGA 197LA 1G0MA 1L85A 3HT7A 234LA 1CX7A 160LA 1L69A 1L47A 4PJZA 173LA 3F9LA 1L71A 1OVJA 260LA 1P5CA 3F8VA 1L15A 1L72A 4YX7C 1QUOA 240LA 2QARC 1PQJA 4EKSA 1L76A 256LA 1KY0A 3C8RA 4EJ4A 1G0GA 2F47A 4LDLA 1CU6A 5LZMA 3NYAA 3QAKA 1L03A 142LA 1ZURA 1CU0A 3RZEA 1CV1A 148LE 4LZMA 145LA 1L89A 6LZMA 1QTHA 1WTHA 3G3WA 1L50A 4I7PA 3HH4A 1C63A 201LA 1C6BA 1L25A 2RB0X 4EPIA 3CDTA 162LA 1L81A 3DN8A 237LA 107LA 1D3NA 1T8GA 1L56A 1L36A 4OO9A 104LA 2OTYX 1KY1A 3DN2A 219LA 4I7NA 1L06A 1LWKA 150LA 2B7XA 1P36A 1L24A 3DMXA 1KS3A 1P64A 239LA 1C66A 3FADA 1L90A 1L10A 2LZMA 1QSQA 2RBQA 4I7OA 1L30A 1C6FA 190LA 111LA 1JQUA 1SSWA 1LGWA 181LA 1LW9A 4I7QA 1C61A 1QT6A 4ARLA 2O7AA 1G1WA 3GUNA 3HT9A 1L93A 168LA 1L11A 212LA 3SN6R 3HT8A 4AQNA 4EKPA 245LA 131LA 2B6TA 1C6IA 171LA 1QUGA 4I7TA 1C6AA 1KNIA 1OWZA 189LA 1LGUA 221LA 4W57A 3HTBA 218LA 1L41A 144LA 1QTZA 1L33A 1L40A 2F32A 169LA 3VW7A 1QUHA 3HWLA 1LYFA 1QT5A 1L46A 1P56A 1L42A 2RAZX 1QSBA 1G0KA 223LA 1ZWNA 1C60A 2B74A 215LA 3C83A 4DKLA 226LA 3SB6A 246LA 258LA 4YXAC 232LA 4I7RA 149LA 1CV3A 2O79A 4EPFA 2L78A 4EKQA 1L67A 1C6GA 2RAYX 4W53A 227LA 1C6PA 1L51A 2RBPA 3HTDA 1L16A 1LYIA 1LI2A 3SBBC 3SB8A 172LA 3HDFA 2OTZX 152LA 2B73A 4W52A 2HUKA 242LA 2B75A 1L64A 1TLAA 1L43A 114LA 253LA 1LYGA 1LGXA 3RUNA 1LYDA 3LZMA 1L70A 1C6LA 164LA 2OU0X 1EPYA 3C80A 123LA 1L58A 1L60A 1LYJA 1L54A 1L13A 1ZYTA 1XJUA 2ANXA 109LA 191LA 3V2YA 1SWYA 1L92A 4LDEA 186LA 1XEPA 1OV5A 1G06A 167LA 1CU2A 3CDVA 251LA 249LA 1QS5A 2OEAX 1L82A 1L68A 1OWYA 2OE4X 1G1VA 3DMZA 1C65A 159LA 1QT3A 2B6XA 1L26A 1DYAA 261LA 2IGCA 1C69A 3HU8A 4W54A 1CVKA 224LA 4GBRB 103LA 2Q9DA 1P46A 1OVKA 2OE7X 1C6MA 4DJHA 2LCBA 177LA 165LA 137LA 209LA 1L61A 1QTDA 244LA 4ARPA 1C6EA 1G0JA 1OVHA 2RB1X 3V2WA 1DYDA 4GRVA 3HU9A 2RBSA 3SBAA 1QT8A 3HDEA 3C7ZA 1LYHA 192LA 3OE9A 1L05A 1L29A 157LA 1K28A 196LA 259LA 1OV7A 1L14A 1L44A 4W55A 1D3FA 161LA 3G3VA 3PBLA 1C6TA 1P2RA 1L96A 115LA 128LA 1L99A 175LA 1LYEA 1L59A 262LA 112LA 2A4TA 1JTMA 1L98A 1L22A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VDTA 1I20A 3W6EA 2LYOA 4Z46A 3AGGG 2ANVA 4RLNA 4DAJA 214LA 2ZQ3A 2O4WA 1L62A 1D3MA 1DI3A 1P7SA 2B6WA 2BQGA 3TXHA 3A8ZA 1L01A 1L86A 3AW7A 1G0QA 210LA 4LYBA 1JTTL 2CGIA 4TX7A 2NWDX 1IOQA 1IWUA 3DMVA 2HULA 1GF8A 1L0KA 4XJGA 1CU3A 5LYTA 3KAMA 1JITA 1V7TA 1IR8A 1SSYA 1B6IA 1GE3A 3WYHA 4OWBA 1JTMA 220LA 4XJDA 1OUEA 1LZSA 155LA 3LZ2A 2B5ZA 2HU3A 1IOTA 3DN3A 235LA 3HTGA 3DN4A 3EMSA 2Z6BA 130LA 1LKRA 3EO5A 1DYCA 2DBTA 2ZIKA 4BAFA 4UWNA 3BKHA 3A34A 238LA 3AGHA 2LHMA 1LI3A 1L31A 1L34A 1NHBA 1VAUA 1GEZA 4NSHA 1SX7A 4ARQA 1HFZA 1RJCB 1DYBA 1IP3A 2EPEA 3D9AC 1IOSA 118LA 4W58A 1JTNA 4II8A 5ILFA 5K7OA 1P6YA 1C46A 3HTFA 1GHLA 1LI6A 5KXXA 1L19A 229LA 5LVJA 243LA 3WU8A 4FJRA 1F10A 3RU5A 1LJNA 2DQGY 4S0WA 1GDWA 206LA 5LINA 1HMLA 1F6RA 1L35A 3FI7A 1L53A 1L65A 1XGPC 5KXYA 5KXZA 4NIJA 146LA 1CJ9A 1KIRC 5HQ1A 1CU5A 5LYMA 2ZQ4A 3CSZA 3C7YA 3LN2A 4I7SA 182LA 2D4JA 241LA 3A3QA 5I4XA 3C8QA 1BB5A 4I7KA 1LZ5A 4E97A 1IR7A 3NY8A 1C64A 3CDRA 4DD3A 3M3UA 193LA 2Q0MX 3AZ6A 3FA0A 166LA 1UIDA 1LZEA 1BB3A 4ARQB 3FI5A 3A3RX 3HH3A 4H9IA 3P4ZA 1CTWA 1FDLY 3L64A 1BB4A 4BADA 216LA 1C6NA 1B7SA 1H87A 4AXTA 1TBYA 3WPLA 1LYYA 3GUPA 2GV0A 4OOTA 1GF5A 3WUNA 7LZMA 1L38A 3CT1A 1P37A 3BKVA 213LA 113LA 4B4IA 4HTNA 3L2XA 1L07A 3CT5A 4WM2A 1DYGA 1DXJA 4NHIA 1L84A 183LA 4HSFA 2NTGA 1GF7A 160LA 1HSXA 4PJZA 1OVJA 260LA 3F8VA 2CJLA 1L15A 1AT6A 4YX7C 1QUOA 240LA 2QARC 4CFOA 1WVVA 1QDTA 256LA 4M4OA 1G0GA 1CU6A 1B5VA 1L03A 3TXDA 4X3BA 4YENA 3RZEA 2YBHA 1GF6A 148LE 4LZMA 1L89A 6LZMA 3G3WA 1C45A 4XENA 1HFXA 3IJUA 4QDNA 1LMOA 1B7OA 1L36A 3AZ7A 4WM4A 4BS7A 3DN2A 1GFHA 4I7NA 1P36A 1KS3A 239LA 4HTKA 1L90A 1L10A 2LZMA 1QSQA 5B59A 1BWJA 1L30A 1C7PA 4DQJA 1IWZA 1LGWA 181LA 1G1WA 1JJ1A 168LA 1WQRA 3HT8A 131LA 171LA 1VDPA 1CNSA 3K3TA 1GF0A 1L41A 218LA 2BQDA 169LA 1QT5A 1B7LA 3RT5X 5I53A 4MCKA 2BQBA 5KXTA 2DQDY 1LMPA 226LA 246LA 258LA 2BQNA 4EPFA 1LHIA 4EKQA 1C6GA 1IY4A 1L51A 3WULA 1OUCA 4LYMA 3HTDA 1LYIA 3SB8A 2BAAA 4KT3A 2B73A 1WQPA 4ET9A 4YM8A 2B75A 4GCCA 4OW1A 1TLAA 3CSRA 1L43A 114LA 2CWIA 3W3EA 4W96A 1LMTA 1IP6A 3RUNA 3T36A 1LHKA 1C6LA 164LA 1EPYA 2WARA 2YBNA 1LYJA 1L54A 2IFFY 1XJUA 2ANXA 3HBEX 1LZDA 1UA6Y 5APCA 1MLCE 4B49A 4B1AA 2Z2EA 1OV5A 4NSIA 1CU2A 4WG1A 4YEMA 2LZ2A 1DI4A 1L68A 1OWYA 2MECA 1QT3A 3HBDA 2Z18A 1DYAA 3HU8A 5B1GA 4AGAA 4GBRB 103LA 2LYZA 3RZ4A 7LYZA 1GB9A 1IWYA 1OUJA 1RFPA 1OVKA 2LCBA 3J6KA 137LA 5KXSA 1GFJA 244LA 1C6EA 4Z98A 3IWRA 1WQMA 1OVHA 1UACY 4GRVA 4QGZA 2RBSA 4IATA 5LVIA 5HNCA 3HDEA 1YAMA 2YBIA 5FELA 192LA 1L05A 1L29A 3LZTA 1OV7A 1L44A 3G3VA 1LSCA 2YBJA 4H9FA 2C8OA 5KXKA 112LA 5JENB 1LSDA 2A4TA 2FYCA 3A94A 3W6DA 199LA 1LJKA 4H9HA 1L32A 4PK0A 5C6LA 2I25L 4NEBA 1LHMA 4XJFA 2ZYCA 5B05A 5HLLA 1L45A 3E3DA 1LJ3A 2H5ZA 2W1MA 4N5RA 1ZVHL 3OE8A 1A2YC 1OUAA 4RDSA 5FDJA 1CV4A 1LOZA 5F81A 4Z3MA 1MELL 3HUKA 4NFVA 129LA 1SX2A 1L95A 5I4YA 1QSAA 2Q9EA 1YKZX 1B5WA 4GCFA 110LA 1NHEA 1PQDA 3SB7A 4H9AA 1QUDA 1WVUA 1YAOA 1OUIA 3A96A 2BQCA 1JKBA 2I26L 2B6ZA 4CHXA 1I6SA 2B72A 4U3XB 1EL1A 3B72A 163LA 4NSJA 1DYFA 4H92A 4I7MA 1EQEA 1L48A 4I7LA 3AGIA 4WO9A 1KXXA 3A91A 151LA 125LA 1B7MA 1W08A 1IEEA 1LZGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1VDT A;  1I20 A;  3W6E A;  2LYO A;  4Z46 A;  3AGG G;  2ANV A;  4RLN A;  4DAJ A;  214L A;  2ZQ3 A;  2O4W A;  1L62 A;  1D3M A;  1DI3 A;  1P7S A;  2B6W A;  2BQG A;  3TXH A;  3A8Z A;  1L01 A;  1L86 A;  3AW7 A;  1G0Q A;  210L A;  4LYB A;  1JTT L;  2CGI A;  4TX7 A;  2NWD X;  1IOQ A;  1IWU A;  3DMV A;  2HUL A;  1GF8 A;  1L0K A;  4XJG A;  1CU3 A;  5LYT A;  3KAM A;  1JIT A;  1V7T A;  1IR8 A;  1SSY A;  1B6I A;  1GE3 A;  3WYH A;  4OWB A;  1JTM A;  220L A;  4XJD A;  1OUE A;  1LZS A;  155L A;  3LZ2 A;  2B5Z A;  2HU3 A;  1IOT A;  3DN3 A;  235L A;  3HTG A;  3DN4 A;  3EMS A;  2Z6B A;  130L A;  1LKR A;  3EO5 A;  1DYC A;  2DBT A;  2ZIK A;  4BAF A;  4UWN A;  3BKH A;  3A34 A;  238L A;  3AGH A;  2LHM A;  1LI3 A;  1L31 A;  1L34 A;  1NHB A;  1VAU A;  1GEZ A;  4NSH A;  1SX7 A;  4ARQ A;  1HFZ A;  1RJC B;  1DYB A;  1IP3 A;  2EPE A;  3D9A C;  1IOS A;  118L A;  4W58 A;  1JTN A;  4II8 A;  5ILF A;  5K7O A;  1P6Y A;  1C46 A;  3HTF A;  1GHL A;  1LI6 A;  5KXX A;  1L19 A;  229L A;  5LVJ A;  243L A;  3WU8 A;  4FJR A;  1F10 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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