2RBSA

(r)(+)-3-chloro-1-phenyl-1-propanol in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Rescoring docking hit lists for model cavity sites: predictions and experimental testing.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 56
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2rbsA00
1C67A 1CU6A 238LA 191LA 1L36A 3HH6A 3SB6A 1KS3A 3CDOA 1L84A 224LA 2NTHA 2LC9A 1C6JA 1LWKA 3GUMA 184LA 1QTZA 222LA 198LA 1C63A 4I7SA 171LA 3FA0A 1CUPA 1G0LA 3SBAA 1LW9A 119LA 4ARMA 176LA 143LA 104LA 1OVKA 3SB7A 1KW7A 1L51A 4LDOA 3HU8A 1QSQA 1I6SA 3HUAA 2O4WA 129LA 251LA 1QT8A 1KY1A 1C61A 1L50A 1C6TA 1L68A 3HH4A 126LA 4DKLA 1L83A 107LA 1L87A 1ZURA 185LA 1OV7A 1QS9A 215LA 3L2XA 1L93A 1OWYA 4W52A 1KW5A 1SSWA 1LYHA 3HT9A 3GUOA 1L44A 1B6IA 216LA 1C6GA 3G3XA 3FADA 187LA 3JR6A 2A4TA 4ARJA 233LA 4LZMA 189LA 1L90A 235LA 210LA 1L49A 1C6HA 1L76A 1QS5A 168LA 3HUKA 1DYGA 5I14A 3FI5A 3HDFA 1L53A 4DJHA 1L35A 122LA 1QT5A 3F9LA 3HT8A 3V2WA 3DN3A 2OE7X 140LA 178LA 1QTVA 223LA 144LA 1L30A 3ODUA 1CV6A 4PK0A 166LA 1L97A 3RUNA 243LA 1L88A 1L94A 1G1WA 201LA 225LA 1XJTA 218LA 1QT3A 244LA 228LA 4I7NA 209LA 1C68A 4I7MA 139LA 1L32A 2NTGA 219LA 1C6MA 3CDTA 1P7SA 188LA 1K28A 3C8RA 1CV1A 162LA 3DN1A 1CX6A 2B6YA 239LA 3DN0A 167LA 214LA 3HT6A 3SB5A 1CTWA 252LA 1T8FA 109LA 2OTZX 1T6HA 156LA 4W55A 1P2LA 217LA 1PQJA 1LYEA 1L19A 3GUIA 182LA 114LA 1L99A 1T8AA 4S0WA 2F2QA 1QTBA 2OTYX 2RBPA 231LA 3HTFA 3GUJA 1L0KA 3DMZA 257LA 254LA 3DKEX 1L04A 2B70A 1C6QA 1CV3A 3GUKA 3NYAA 237LA 1G1VA 1P56A 160LA 1L82A 1L08A 2HUMA 3G3VA 1L92A 2RAZX 1P36A 150LA 3C7YA 174LA 1T8GA 1KNIA 1L00A 240LA 3EMLA 220LA 1JTNA 227LA 4ARLA 151LA 1QUHA 1OVJA 4W57A 2RBQA 1L48A 4ZPUA 4EPFA 1C65A 200LA 138LA 6LZMA 1L43A 1C6BA 1L0JA 1C6IA 1L38A 1L71A 1DYDA 1G0JA 1LI6A 1OYUA 205LA 120LA 1L18A 4I7KA 4K5YA 3OE8A 1L02A 2ANXA 137LA 1L15A 2OU9A 4PJZA 1L27A 1L28A 1DYEA 1L79A 3V2YA 3DMVA 1PQIA 3G3WA 108LA 206LA 1C6CA 2B72A 3HT7A 1LYGA 230LA 2OU8A 1L86A 125LA 3DNAA 2QB0B 226LA 1NHBA 1L56A 4I7LA 1C6NA 1OVHA 2F32A 2RBNA 3L64A 2F47A 1QT4A 4W53A 1CU0A 1DYFA 195LA 3QAKA 3SB9A 5LZMA 1L75A 190LA 1ZWNA 163LA 1L25A 3C8QA 1SSYA 3OE0A 1LGUA 256LA 2LCBA 1D9WA 3C7WA 3C81A 1CV0A 1T97A 253LA 1L52A 4I7QA 149LA 2B6XA 2B7XA 2L78A 2OE9X 1ZYTA 3SBBC 221LA 2O7AA 1LGWA 1L23A 1L55A 3SN6R 1LLHA 3DN4A 3HTDA 1P5CA 4W51A 1L54A 4EKPA 1G0QA 248LA 3DN6A 1KY0A 1C64A 1L09A 1L31A 4EKQA 103LA 4I7TA 1L95A 1L61A 234LA 1LPYA 186LA 169LA 3HH3A 118LA 183LA 1C69A 2LZMA 3F8VA 1C6DA 1L11A 1L59A 3HH5A 1LYIA 1CU5A 7LZMA 1TLAA 1L63A 3VW7A 1L03A 4I7PA 4W58A 164LA 1C6AA 4GBRB 1L20A 3HTGA 4EKSA 3C83A 197LA 4YXCA 1L69A 1L60A 1G0GA 175LA 115LA 1L91A 1L17A 1P64A 1L01A 1L73A 3C8SA 112LA 1L05A 1L06A 3UONA 1L07A 245LA 1D3MA 1QTHA 1P6YA 2CUUA 2RBSA 1L66A 1L42A 250LA 102LA 1L33A 1L80A 1L67A 165LA 258LA 4EXMA 1L70A 3GUPA 127LA 1PQMA 4GRVA 1XEPA 2RAYX 1C62A 3HU9A 2RBOA 1L89A 3HWLA 246LA 111LA 3DMXA 2IGCA 142LA 1G0MA 3SB8A 1SX2A 2B75A 3OE6A 1SWZA 1C60A 2OE4X 4EJ4A 141LA 1L62A 1L85A 2B73A 1L26A 1LWGA 3C82A 1CV5A 1L81A 2B6ZA 4I7OA 1L64A 3HTBA 1P46A 3DN8A 4LDLA 2Z6BA 3D4SA 1G0PA 2HULA 3C80A 4IAPA 1QT6A 199LA 1L98A 249LA 255LA 1L57A 229LA 2ANVA 3RZEA 147LA 4YX7C 1LYJA 4LDEA 181LA 1CUQA 1QUOA 1OV5A 1L96A 3K2RA 1LYDA 2RB2X 1L10A 131LA 1CV4A 1L24A 1JTMA 1SWYA 1PQOA 152LA 173LA 1QUGA 2OEAX 1G0KA 1CU2A 4ARQB 1L47A 1DYBA 146LA 161LA 1LYFA 1C66A 1L41A 3HDEA 4YXAC 170LA 1DYCA 2HUKA 3CDQA 1CVKA 1C6PA 148LE 1P37A 247LA 1LI3A 110LA 155LA 158LA 113LA 3LZMA 180LA 1QSBA 123LA 4I7JA 1G06A 260LA 1L46A 2RB1X 1L21A 241LA 145LA 1D2WA 3HUQA 242LA 1CX7A 2B74A 2RBRA 262LA 1L65A 3CDVA 3GULA 192LA 2RH1A 3OE9A 1QT7A 1L16A 1LGXA 196LA 4ARQA 172LA 4ARPA 1P3NA 1L58A 157LA 1G07A 3CDRA 1OWZA 1L12A 1SX7A 211LA 1XJUA 1LI2A 177LA 2B6TA 1L13A 1C6FA 1JQUA 213LA 1PQDA 3C7ZA 1QUDA 4EPIA 2OU0X 3GUNA 159LA 2B6WA 1L74A 2O79A 1P2RA 232LA 3PBLA 3DN2A 1D3NA 4I7RA 1WTHA 4AQNA 4E97A 1C6LA 3NY9A 1D3JA 236LA 1CU3A 2Q9EA 1D2YA 1EPYA 2Q9DA 1L45A 4OO9A 4W56A 1L72A 2QARC 2RB0X 4ARMB 1L37A 1L40A 259LA 128LA 1L77A 1D3FA 1C6KA 1DYAA 1QTCA 1L14A 3PDSA 4EKRA 1L29A 1L34A 4DAJA 212LA 1L22A 1L39A 4W54A 4W59A 1PQKA 3NY8A 1C6EA 130LA 1QTDA 261LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5FEKA 3WVXA 193LA 1GB8A 1L36A 3G3AB 3AZ4A 3RZ4A 2NTHA 1C6JA 1LWKA 184LA 1HEMA 3RNXA 3AGGG 1VDPA 3FA0A 4ARMA 1OVKA 143LA 104LA 5I4XA 4Z98A 129LA 251LA 1KY1A 3HH4A 2PC2A 1GE1A 126LA 4DKLA 1L83A 1ZURA 1GDXA 1IWWA 215LA 4LFPA 5A3EA 1OWYA 3HT9A 4WO9A 4H9IA 1PS5A 2HU3A 4EOFA 3A3QA 233LA 1XEIA 235LA 5LYZA 1L49A 4R0FA 5D5FA 4BAPA 4GCDA 5I14A 4DJHA 1L35A 5APEA 1UIBA 1LZ8A 2BQAA 4W96A 5FSTA 4WLYA 3V2WA 1NWGA 144LA 1L30A 3ODUA 1FKQA 1EQ5A 243LA 1L88A 4PRUA 1H6MA 218LA 4HV2A 3TXDA 1GFRA 1C6MA 4TWSA 1P7SA 1C08C 4WLTA 4DWXA 4N0JA 2HU1A 4WM2A 1LZ5A 4H8XA 1WTMA 4W55A 1P2LA 4NG8A 4GCBA 3GUIA 4B4IA 3HTFA 4NEBA 3GUJA 1L0KA 3WPJA 9LYZA 153LA 1LMNA 1L04A 1LZBA 1VAUA 1P56A 1HELA 1GF9A 2RAZX 174LA 194LA 240LA 4NHQA 151LA 4TX7A 1GDWA 4ZPUA 1LJFA 2BQHA 1CJ9A 2Y8PA 138LA 6LZMA 5LVHA 1C7PA 2MEDA 1XEKA 1GFKA 1L71A 2LZ2A 1G0JA 1UA6Y 1LKSA 1JTOL 4M6DA 1A4VA 1XSFA 137LA 1L15A 5M1YA 1XGTC 1HMLA 3A6BY 1QTEA 3V2YA 2ZYCA 3G3WA 108LA 1UIFA 1NF5A 2B72A 1LYGA 230LA 2OU8A 4QGZA 3WH1A 1L86A 125LA 4NGOA 2D4KA 3L64A 1QT4A 1CU0A 1DYFA 195LA 4WM1A 1G7HC 3QAKA 3SB9A 5LZMA 1ZWNA 2FBBA 1B5UA 163LA 3OE0A 256LA 5IELA 4B49A 5LVJA 4EMNA 3HBHA 134LA 1LYZA 4XADA 253LA 1L52A 1KIPC 1L23A 1JHLA 2BQLA 3HTDA 1I56A 1IORA 2Z39A 3RU5A 4RLNA 4EKQA 3K3TA 4I7TA 234LA 4ETDA 1GB0A 186LA 169LA 3HH3A 118LA 1L11A 3HH5A 1TLAA 4W58A 1UBZA 5KY1A 3HTGA 4LYOA 3TXFA 197LA 1L60A 5D5CA 1G0GA 1L91A 1L17A 1L73A 2HEDA 1LSCA 3D9AC 1P6YA 5HMJA 2RBSA 1L66A 102LA 5DN5A 1LZSA 2W1YA 127LA 1C43A 5KKJA 3ZVQA 1IX0A 1C62A 2BQMA 1IWUA 5L9JA 246LA 2D4IA 4NG1A 4EJ4A 3KAMA 2EPEA 3WUAA 1CV5A 4WL7A 1L81A 1YQVY 1L64A 3DN8A 2FBDA 5I4WA 4LDLA 4DDCA 3D4SA 3P64A 4HV1A 2HULA 1IY4A 2BQKA 1LSPA 1LAAA 199LA 2C8PA 1J1PY 1J1OY 1UIGA 2ANVA 5F9UA 4DYGA 147LA 3P4ZA 1HEOA 1I1ZA 2VB1A 5KXPA 181LA 1G7LC 1IP2A 4ZEEA 1JTMA 4BS7A 1SWYA 5DLAA 1IWTA 2ZIJA 4DD7A 1IOSA 1GE4A 2WARA 1DYBA 1UIDA 1REMA 5LA8A 5B05A 1HEWA 4XYYA 1YAOA 1QUSA 1GHLA 2DQFC 5KJ9A 1CVKA 247LA 1LI3A 110LA 4LT3A 1B5WA 1LZTA 4J0LA 8LYZA 5KXOA 4R6CA 4GCEA 5KXMA 1TDYA 5KKIA 4DD9A 1CJ8A 3VWOA 1BWJA 4U3XB 4B4JA 4CFOA 4H1PA 1DI3A 2F30A 196LA 1JKBA 4ARPA 1P3NA 3CDRA 2Z38A 1OWZA 1L12A 1XJUA 177LA 2F4GA 1FDLY 4NGIA 1L13A 1C6FA 2MEFA 1PQDA 2DQHY 4EPIA 3TMUA 1L74A 1QIOA 1DKKA 1Z55A 232LA 1YAQA 3PBLA 3WULA 1GXV2 1EL1A 4AQNA 2BQJA 3NY9A 2Q9EA 3CT1A 1GF5A 1LSNA 4NGKA 1L77A 4LYZA 1D3FA 1C6KA 2DQIY 1HFZA 1QTCA 4DAJA 212LA 3W6BA 4Z41A 1C6EA 1LYSA 130LA 1C67A 238LA 4ET9A 1UICA 1L84A 1ZMYL 4WG7A 1QTZA 198LA 4I7SA 171LA 1G0LA 119LA 5AMYA 5FCPA 176LA 1B7PA 4LDOA 3CT5A 1GAYA 4Z46A 3EXDA 1QSQA 3HUAA 3SP3A 2ZYPA 3WL2A 1L68A 1C6TA 1UUZC 4H90A 185LA 1F10A 1WVVA 2BQCA 2ZNXY 2Z37A 154LA 1DQJC 3F6ZA 5F16A 4W52A 1KW5A 4XENA 2ZQ3A 1LYHA 133LA 1L44A 216LA 5LYMA 3W3EA 3G3XA 3FADA 187LA 1GFJA 1HENA 4OOTA 3JR6A 1VFBC 189LA 1HSXA 1L90A 210LA 3J4GA 1L76A 168LA 2ZILA 3HUKA 4QDNA 4ML7A 4HTQA 3OJPA 1VDSA 122LA 132LA 1UIAA 3HT8A 5KXLA 1XFPL 3DN3A 4TTDA 2OE7X 140LA 223LA 1AT6A 1O23A 1DPWA 1CV6A 1FLUA 4N1EI 3TXBA 3RUNA 1KXXA 1NHEA 1G1WA 3TXHA 228LA 2X0AA 1GFEA 4DC4A 1C68A 1OUGA 139LA 1L32A 2NTGA 1EQEA 2BQFA 1FLQA 1CV1A 1LMPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5FEK A;  3WVX A;  193L A;  1GB8 A;  1L36 A;  3G3A B;  3AZ4 A;  3RZ4 A;  2NTH A;  1C6J A;  1LWK A;  184L A;  1HEM A;  3RNX A;  3AGG G;  1VDP A;  3FA0 A;  4ARM A;  1OVK A;  143L A;  104L A;  5I4X A;  4Z98 A;  129L A;  251L A;  1KY1 A;  3HH4 A;  2PC2 A;  1GE1 A;  126L A;  4DKL A;  1L83 A;  1ZUR A;  1GDX A;  1IWW A;  215L A;  4LFP A;  5A3E A;  1OWY A;  3HT9 A;  4WO9 A;  4H9I A;  1PS5 A;  2HU3 A;  4EOF A;  3A3Q A;  233L A;  1XEI A;  235L A;  5LYZ A;  1L49 A;  4R0F A;  5D5F A;  4BAP A;  4GCD A;  5I14 A;  4DJH A;  1L35 A;  5APE A;  1UIB A;  1LZ8 A;  2BQA A;  4W96 A;  5FST A;  4WLY A;  3V2W A;  1NWG A;  144L A;  1L30 A;  3ODU A;  1FKQ A;  1EQ5 A;  243L A;  1L88 A;  4PRU A;  1H6M A;  218L A;  4HV2 A;  3TXD A;  1GFR A;  1C6M A;  4TWS A;  1P7S A;  1C08 C;  4WLT A;  4DWX A;  4N0J A;  2HU1 A;  4WM2 A;  1LZ5 A;  4H8X A;  1WTM A;  4W55 A;  1P2L A;  4NG8 A;  4GCB A;  3GUI A;  4B4I A;  3HTF A;  4NEB A;  3GUJ A;  1L0K A;  3WPJ A;  9LYZ A;  153L A;  1LMN A;  1L04 A;  1LZB A;  1VAU A;  1P56 A;  1HEL A;  1GF9 A; 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