2VB1A

Hewl at 0.65 angstrom resolution
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Triclinic Lysozyme at 0.65 A Resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
molecule tags Hydrolase
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-09-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2vb1A00
4R6CA 1NDGC 1GFAA 3WUAA 1YAPA 4HTNA 1IWVA 1QQYA 4TUNA 1B7MA 4H9BA 2EPEA 3LZ2A 3F6ZA 1RCMA 4LYCA 1HEOA 2LYMA 2ZIKA 5M1YA 1WQNA 4FDYA 4NGKA 2C8PA 3WULA 1LJJA 2W1LA 1FKVA 1ZV5L 153LA 1NKHA 1LZAA 1LJGA 1IORA 1IC4Y 4OW1A 5C6IA 4BS7A 1LKRA 4OWAA 3A3QA 4HV2A 1GF6A 5L3HA 4PPOA 2BPUA 3A3RX 135LA 1GB0A 4KPMA 3KAMA 4L41A 3WPJA 2BQJA 1NWGA 1QSAA 4NY5A 1LMNA 1TEWA 4HTQA 1GB9A 4YENA 1GE2A 4GCCA 1CJ9A 4QGZA 1IP4A 3J4GA 1GE1A 2BQEA 4B49A 1UCOA 1UIEA 1D0MA 3A67Y 1IR9A 4RLMA 1MELL 1CKGA 2BQKA 2MECA 1GFTA 5LVJA 3RZ4A 1OUGA 4C5FA 3D3DA 5KXRA 3HBHA 4OWEA 5KXKA 2CDSA 5HLLA 1BB7A 1C43A 1FLUA 2BQCA 3LZTA 2LYOA 1B7PA 1OUIA 4NWHA 1IR7A 4DC4A 1BB5A 1TCYA 1WQOA 1TBYA 3W6EA 1GDWA 3EBAB 1B7NA 4WLTA 4J1AA 1OUCA 4PRUA 2FYDA 4UWVA 1GF3A 1LOZA 4G4BA 4OWBA 1YILA 3WVXA 1BB3A 4WM2A 2ZIJA 1BB4A 2BQBA 4RDSA 3AGGG 4CFOA 2ZQ3A 3CQLA 4XJBA 1IR8A 2CGIA 2DQEY 1LZ4A 1VDQA 3AGIA 1WTMA 2H9KA 4G4CA 5FHWA 4DD7A 5KXWA 3CT0A 1QDTA 4YM8A 1XEKA 1HFXA 2BQHA 1JHLA 1B5VA 4WM5A 1JEFA 2BLXA 1LAAA 5LAGA 3WU7A 1IC5Y 4J1BA 1QTKA 1YAMA 3A34A 1UIHA 5IDDA 4GLAA 4W96A 1O23A 2C8OA 3RT5X 5B1GA 1GXXA 5C6JA 1RI8B 4PJ2C 4UWNA 4DD9A 5KXMA 1SLYA 1JJ0A 5KXNA 2MEGA 1YQVY 2MEAA 3A8ZA 4RLNA 3AZ5A 4WL6A 1LZRA 3WU9A 4OWCA 2HEAA 1GF0A 1KXYA 1B5ZA 4XJDA 1JKDA 5KXXA 5KY1A 4XJGA 1DPXA 4NFVA 3TMVA 5HMVA 1C45A 4H93A 2YBJA 1DKJA 1GEVA 1BB6A 1V7SA 1GFGA 3AYQA 3N9CA 4NGVA 4AXTA 2WARA 1NHEA 1OUEA 4ETDA 3SP3A 1LJ4A 2ZYCA 1IP1A 4H8YA 8LYZA 1YIKA 3GXKA 2F4AA 5LA8A 4G49A 5KXYA 4ZFPA 4CHXA 1JIYA 3EO5A 4NGYA 5KXPA 4NHQA 4ZIXA 1JISA 1QDRA 1UACY 2XJWA 5APFA 2MEIA 1G7MC 4NGIA 4XENA 1JTOL 4U3XB 2BLYA 1GF9A 5I4WA 1BHZA 1LZNA 1YKYX 2F30A 3P68A 4G9SA 5D5CA 1VFBC 3TXDA 1DI4A 4WLXA 4DD2A 3A90A 2ZQ4A 3T6UA 4P2EA 1IP7A 4QEQA 2D6BA 1LMQA 1F6SA 3EMSA 1LZTA 4RW2A 1GB6A 1BWHA 1YKZX 4YOPA 2LYZA 3W6CA 1IEEA 1CJ8A 4LFXA 4TWSA 4XJIA 1GFUA 1LYZA 3LYMA 3G3AB 3BKVA 4DYGA 1C7PA 1DPWA 5KKIA 1HERA 1OP9B 1XEJA 1I1ZA 2BQMA 5E9RA 2I6ZA 1B5XA 4N9RA 2BQIA 3LYZA 2DQDY 4B4IA 1EL1A 1GF8A 1HNLA 4PGJB 4WG1A 3TXIA 5DL9A 3W6BA 5B06A 4H94A 1LZBA 4J0LA 4EOFA 1NMMA 4GLVA 4Z3MA 4UWUA 1WTNA 4X3BA 1GB2A 5LYZA 2LHMA 4GCDA 5AMYA 3W6DA 4GCBA 3WW6A 1XGPC 1LSZA 3HBDA 5LYTA 1XGTC 2ZWBA 2NWDX 4LYZA 4YF2A 3CSZA 4CGEA 1MLCE 4M4OA 1WQPA 1WVVA 4IJ4A 5D5FA 4NGWA 1D0KA 3WH1A 4KL7A 3TXKA 1LSCA 1Z55A 2F4GA 3LYOA 1JJ3A 1IOCA 5APCA 2DBTA 1KXWA 2D4IA 1GFEA 2VB1A 4B0DA 3A94A 193LA 1IOTA 1XEIA 1LSAA 2Z12A 5I5QA 1UIGA 1CKCA 1GFRA 1NF5A 1B2KA 2YDGA 1LKSA 2YVBA 3IJUA 4N1EI 1UA6Y 1KIQC 2XBRA 1REYA 2BQDA 1I56A 1DXJA 9LYZA 1IWZA 1CNSA 2Z38A 1J1OY 1HEPA 3B0OA 2CWIA 1VATA 3N9EA 4M6DA 1LZ1A 1DQJC 1PS5A 1GFVA 4H9HA 4NGJA 3TXFA 2BAAA 3LN2A 4LT0A 4PRQA 4WOAA 2W1XA 1P2CC 1AM7A 3RU5A 1NBYC 1WQMA 1IOSA 4NG1A 4WM6A 1GXV2 1VEDA 5FSTA 3AZ6A 1GDXA 4KXIA 1E8LA 4NHIA 1GHLA 1V7TA 154LA 4BAPA 1DI3A 1GBYA 3WXUA 1GFKA 1UBZA 2HUBA 1VDPA 6LYTA 1CKHA 4CFPA 1WQRA 1B5UA 1DKKA 1IWYA 3FI7A 4WLYA 1LMTA 4WM1A 5FDJA 1HC0A 1F0WA 2N5ZA 1LMOA 7LYZA 4DDBA 2D4JA 1GF5A 1LZEA 5B05A 1JUGA 4O34A 1GPQC 1OUAA 1G7IC 5ILFA 5E4PA 1LJNA 2HEDA 4DDCA 3E3DA 6LYZA 2D91A 1GB3A 5LIOA 4HJVA 4YEOA 2YBHA 1LSMA 3RW8A 4LT3A 3TXBA 1LJHA 1G7HC 4LYBA 4Z41A 5LXWA 1LSBA 2Z18A 4OOOA 2EQLA 4LFPA 3T36A 5EBHA 1EQEA 3AZ4A 3A91A 3WUNA 1LYYA 5KXTA 1UIAA 1NQIA 1YKXX 2DQAA 3HFMY 3N9AA 1HFYA 3TMWA 1VDSA 5F9UA 1JSEA 4DDAA 5LINA 2H9JA 1F10A 5A3EA 3B72A 4H9IA 1YROA 1ZVYB 2A7FA 4ETEA 5KXZA 2MEDA 4N1CC 4Z98A 4ZEEA 132LA 1LHJA 4XYYA 4N0JA 2A7DA 1B7RA 5LA5A 3WMKA 2DQJY 1AT6A 4ETCA 4NGLA 1TDYA 1HHLA 4HPIA 3G3BB 4GN3A 1B7SA 1G7JC 1HEQA 1LHHA 3ZVQA 5KXOA 4B1AA 1GFHA 4NSJA 1HELA 1LSNA 1C10A 2HTXA 4PHIA 1LHMA 1LMCA 5L9JA 4E3UA 4LZTA 1B5YA 1LMPA 2G4NA 5APDA 1VAUA 3LYTA 4H9CA 1LZ6A 4N8ZA 5DN4A 1RFPA 4C3WA 1NDMC 4NSGA 1GBZA 1IIZA 1INUA 3ATOA 1DZBX 2HEEA 4HJZA 4LYOA 5C6LA 1LJIA 4D9ZA 134LA 3WVYA 4QY9A 133LA 4WL7A 2MEBA 3AZ7A 3WL2A 4AGAA 1SQ2L 5B59A 4GCEA 1A4VA 2CJLA 4GN5C 4Z46A 2XBSA 1W08A 4NWEA 4TTDA 1DI5A 4MCKA 3MGWA 1IY3A 4R0FA 1B7OA 1OUHA 1QIOA 2YBIA 1JITA 2FYCA 5DLAA 1FBIX 1OUDA 3P64A 1H87A 5DM9A 2YBNA 1LJFA 4XN6A 1GEZA 2DQIY 1A2YC 2BQAA 3A92A 4IASA 4DT3A 4LYMA 1LZCA 1LZ9A 1HF4A 207LA 1JWRA 1YL0X 1KIRC 4J7VA 5KXLA 2LZTA 1LHIA 1IWXA 4HPEA 3GXRA 3QNGA 1XGQC 1JTPL 1BWJA 1BVXA 4WO9A 3VWOA 4LGKA 4XADA 3AB6A 5LAFA 1IP2A 1ZMYL 3OK0A 3ULRA 5I4XA 2Y8PA 1HSXA 4II8A 194LA 4DD1A 1OUFA 5II3A 2X0AA 5HNCA 5L3IA 1XFPL 1J1XY 2W1MA 2ZNWY 1LYSA 1N4FA 4TX7A 1B0DA 1FN5A 3M3UA 4NHPA 4TSBA 1UC0A 5FELA 4QDNA 1GBXA 1BQLY 1KXXA 1HMKA 4XJFA 1LSGA 2FBBA 1HFZA 1JSFA 2HU1A 3A96A 4IATA 3W6FA 4WM4A 5LYMA 4ANRA 5LVKA 1GF7A 5ILCA 1JJ1A 4WMGA 1GB8A 4CJ2A 1D6QA 1IC7Y 1AZFA 3WUMA 2ZILA 1REXA 1ZVHL 1LZYA 1REZA 4LT1A 1QSWA 3IWRA 1C46A 4I0CA 1CKDA 1LHKA 2DQHY 4NHSA 5T3FA 5B07A 1GE4A 3EXDA 1CKFA 1RE2A 4WLDA 2GV0A 1YL1X 2HEFA 3A6BY 1H6MA 3OJPA 4W94A 1GBSA 4B4JA 3WYHA 5FCPA 1LJEA 1GD6A 3D9AC 1LJ3A 1CJ7A 4OWHA 5FEKA 2MEEA 2BQNA 4BAFA 3P66A 1B9OA 1T6VL 4I8SA 1J1PY 1JTTL 4ML7A 3WXTA 2RSCA 2Z2FA 2DQGY 1OUBA 3QY4A 2Q0MX 5I4YA 1YANA 3AW7A 1I20A 3LHMA 1QTEA 3B6LA 4H1PA 3WU8A 1GBOA 2HU3A 4KT3A 1LJKA 4NHTA 2BQGA 4NIJA 2BQLA 3A95A 4NEBA 1LHLA 5B1FA 1JPOA 3M18B 2H5ZA 4EMNA 4YEMA 4XJHA 1W6ZA 3P65A 1UUZC 2W1YA 5HQ1A 1FKQA 1LZGA 3A93A 4BADA 1LZDA 1OQMA 2AUBA 2IFFY 4GCFA 3WPKA 3W3EA 2PC2A 1CJ6A 3AGHA 1FLYA 1B7LA 1VDTA 3TMUA 4ET8A 1B7QA 4HJYA 1GFJA 4ET9A 1XGRC 2Z39A 4GN4A 4WM3A 1IWTA 3B0KA 2EIZC 4A7DA 2FBDA 5APEA 3WPLA 5KJ9A 3WW5A 1LPIA 1JKCA 3B0IA 1FDLY 4MR1A 5HMJA 1B5WA 3CT5A 2YBLA 4H9FA 1GE0A 1KIPC 3HBEX 1GBWA 2LZ2A 3ZVQB 1LTMA 2MEFA 4HTKA 5DN5A 4DD0A 1FLQA 2G4QA 2XTHA 5J7CA 1UIBA 3W6AA 3ZEKA 1IP5A 5JENB 4H91A 3P4ZA 2Z2EA 3QE8A 2EKSC 2HECA 1GAZA 1LZ8A 4HP0A 1GE3A 3TXHA 2IHLA 4ETAA 2MEHA 1TAYA 3BKHA 4WO6A 3J6KA 1LCNA 1XSFA 5LVHA 1IOQA 1HMLA 1LZ5A 2G4PA 1AT5A 1XGUC 5I54A 5KKJA 2I25L 1QUSA 1IY4A 4WG7A 1LSEA 1D0LA 4H8ZA 4H92A 4H8XA 208LA 1LSPA 5IHGA 2DQCY 1GB5A 1YAOA 2I26L 3CSQA 4G4HA 2YSSC 1GWDA 2Z37A 1ALCA 2Z19A 1IP6A 2BQFA 1EQ5A 4HSFA 1HSWA 2BQOA 4NSIA 1IVMA 4NGZA 4N5RA 5IELA 1AKIA 1GAYA 1GB7A 1HEWA 4H90A 3AJNA 2DKVA 1IX0A 3CT1A 1IWWA 1BWIA 1LSYA 5I53A 1HENA 5K7OA 5LVIA 2ZYPA 1RJCB 1HEMA 3RNXA 1UIDA 3FE0A 3TXGA 5A3ZA 1FLWA 2D4KA 1IP3A 4H9AA 2YBMA 5F14A 5LVGA 4FJRA 1C08C 3TXEA 1QUTA 3K3TA 1WVUA 1IWUA 1WQQA 3AW6A 3ATNA 1REMA 1UIFA 2B5ZA 4HV1A 1NBZC 1G7LC 1F6RA 1UICA 4LYTA 5F81A 1JKBA 4DWXA 3CB7A 4B4EA 1BGIA 1IO5A 3A6CY 4TSCA 4NGOA 4NG8A 4DD3A 4MSTA 1EQ4A 3TXJA 2F2NA 2HEBA 1PZYA 4H9EA 1GF4A 4OOTA 4RW1A 1T3PA 1LYOA 2DQFC 3IJVA 4LT2A 4NSHA 5F16A 1LSDA 3TMXA 1LMAA 1LZSA 1OUJA 5KXSA 1BVKC 2ZNXY 5HNLA 4ETBA 5F9XA 1YAQA 3CSRA 1D9UA 1LSFA 1D6PA 1JKAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2OE4X 1L32A 250LA 1C6LA 1CV0A 3LZ2A 1RCMA 2B6TA 2ZIKA 1WQNA 4FDYA 2C8PA 1LJJA 1QS5A 1NKHA 1IORA 1L26A 1IC4Y 2LC9A 3A3QA 4HV2A 2BPUA 4KPMA 135LA 1JTNA 2BQJA 1NWGA 4NY5A 4YENA 4B49A 1UIEA 1SWYA 4RLMA 1L46A 5LVJA 1GFTA 3RZ4A 1QSBA 1SX2A 5KXRA 5HLLA 1BB7A 2LYOA 1OUIA 4DC4A 1PQIA 1BB5A 3W6EA 2B74A 1OUCA 1L34A 1BB4A 4RDSA 2RBOA 3AGGG 3HH6A 1C63A 4EJ4A 1QT8A 1QDTA 1XEKA 1HFXA 1L08A 3WU7A 1DYFA 239LA 1PQOA 5IDDA 4GLAA 1RI8B 4UWNA 4DD9A 1JJ0A 5KXNA 2MEGA 2ANXA 3AZ5A 4OWCA 1P7SA 5KY1A 3TMVA 4ARLA 102LA 1P46A 1LJ4A 2ZYCA 5KXYA 4ZFPA 128LA 3G3XA 4NHQA 4EXMA 1UACY 2XJWA 3C8SA 2F30A 4G9SA 2ZQ4A 1F6SA 1C6BA 1C6TA 1GB6A 1OVHA 4YOPA 3W6CA 1CJ8A 1G0MA 3NY9A 120LA 1KW7A 146LA 2RBNA 1G0LA 126LA 1L44A 1DPWA 167LA 4W53A 1I1ZA 1T8FA 1B5XA 1KY1A 2DQDY 4OO9A 1EL1A 1QT5A 4WG1A 3W6BA 4H94A 4J0LA 4GLVA 1WTNA 5LYZA 2QB0B 1SX7A 2NWDX 4LYZA 4CGEA 1WQPA 1WVVA 5D5FA 1CU2A 1L13A 2DBTA 3A94A 1CKCA 2YVBA 1UA6Y 3NY8A 2BQDA 1P64A 1QS9A 1HEPA 1VATA 4M6DA 1LZ1A 4NGJA 127LA 2BAAA 2F47A 4LT0A 240LA 2W1XA 3GUIA 4NG1A 1L84A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4R6C A;  1NDG C;  1GFA A;  3WUA A;  1YAP A;  4HTN A;  1IWV A;  1QQY A;  4TUN A;  1B7M A;  4H9B A;  2EPE A;  3LZ2 A;  3F6Z A;  1RCM A;  4LYC A;  1HEO A;  2LYM A;  2ZIK A;  5M1Y A;  1WQN A;  4FDY A;  4NGK A;  2C8P A;  3WUL A;  1LJJ A;  2W1L A;  1FKV A;  1ZV5 L;  153L A;  1NKH A;  1LZA A;  1LJG A;  1IOR A;  1IC4 Y;  4OW1 A;  5C6I A;  4BS7 A;  1LKR A;  4OWA A;  3A3Q A;  4HV2 A;  1GF6 A;  5L3H A;  4PPO A;  2BPU A;  3A3R X;  135L A;  1GB0 A;  4KPM A;  3KAM A;  4L41 A;  3WPJ A;  2BQJ A;  1NWG A;  1QSA A;  4NY5 A;  1LMN A;  1TEW A;  4HTQ A;  1GB9 A;  4YEN A;  1GE2 A;  4GCC A;  1CJ9 A;  4QGZ A;  1IP4 A;  3J4G A;  1GE1 A;  2BQE A;  4B49 A;  1UCO A;  1UIE A;  1D0M A;  3A67 Y;  1IR9 A;  4RLM A;  1MEL L;  1CKG A;  2BQK A;  2MEC A;  1GFT A;  5LVJ A;  3RZ4 A;  1OUG A;  4C5F A;  3D3D A;  5KXR A;  3HBH A;  4OWE A;  5KXK A;  2CDS A;  5HLL A;  1BB7 A;  1C43 A;  1FLU A;  2BQC A;  3LZT A;  2LYO A;  1B7P A;  1OUI A;  4NWH A;  1IR7 A;  4DC4 A;  1BB5 A;  1TCY A;  1WQO A;  1TBY A;  3W6E A;  1GDW A;  3EBA B;  1B7N A; 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 2IHL A;  4ETA A;  2MEH A;  1TAY A;  3BKH A;  4WO6 A;  3J6K A;  1LCN A;  1XSF A;  5LVH A;  1IOQ A;  1HML A;  1LZ5 A;  2G4P A;  1AT5 A;  1XGU C;  5I54 A;  5KKJ A;  2I25 L;  1QUS A;  1IY4 A;  4WG7 A;  1LSE A;  1D0L A;  4H8Z A;  4H92 A;  4H8X A;  208L A;  1LSP A;  5IHG A;  2DQC Y;  1GB5 A;  1YAO A;  2I26 L;  3CSQ A;  4G4H A;  2YSS C;  1GWD A;  2Z37 A;  1ALC A;  2Z19 A;  1IP6 A;  2BQF A;  1EQ5 A;  4HSF A;  1HSW A;  2BQO A;  4NSI A;  1IVM A;  4NGZ A;  4N5R A;  5IEL A;  1AKI A;  1GAY A;  1GB7 A;  1HEW A;  4H90 A;  3AJN A;  2DKV A;  1IX0 A;  3CT1 A;  1IWW A;  1BWI A;  1LSY A;  5I53 A;  1HEN A;  5K7O A;  5LVI A;  2ZYP A;  1RJC B;  1HEM A;  3RNX A;  1UID A;  3FE0 A;  3TXG A;  5A3Z A;  1FLW A;  2D4K A;  1IP3 A;  4H9A A;  2YBM A;  5F14 A;  5LVG A;  4FJR A;  1C08 C;  3TXE A;  1QUT A;  3K3T A;  1WVU A;  1IWU A;  1WQQ A;  3AW6 A;  3ATN A;  1REM A;  1UIF A;  2B5Z A;  4HV1 A;  1NBZ C;  1G7L C;  1F6R A;  1UIC A;  4LYT A;  5F81 A;  1JKB A;  4DWX A;  3CB7 A;  4B4E A;  1BGI A;  1IO5 A;  3A6C Y;  4TSC A;  4NGO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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