2VB1A

Hewl at 0.65 angstrom resolution
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Triclinic Lysozyme at 0.65 A Resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
molecule tags Hydrolase
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-09-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2vb1A00
5FSTA 1GAYA 2I25L 4R6CA 1LZGA 1C45A 1BB6A 1D9UA 1GF9A 2BQCA 4M4OA 1GPQC 1LSEA 1B2KA 1OUGA 1REYA 1VDQA 1GDXA 2BLXA 4H8XA 4HPIA 3KAMA 4AGAA 4NGKA 3P68A 4N1CC 3HBHA 4NSJA 4WG7A 5DN5A 4NIJA 2Z19A 1UIGA 3WH1A 3WU9A 1OP9B 1OUEA 1YKXX 1LZYA 1WQNA 1ZMYL 1XGRC 2DQHY 4B1AA 1A4VA 3A3QA 2ZQ4A 1H87A 1D0KA 1FLQA 1LOZA 1DXJA 4DDCA 5KXNA 1JKBA 2HU1A 1LJHA 1LZDA 3A6BY 1EQ5A 3AJNA 1T6VL 1NKHA 135LA 1GFGA 1B7QA 1HEQA 5HQ1A 1CJ9A 4GCBA 1KXWA 1WQOA 1LSFA 1LSCA 1LZSA 1GB7A 2MEDA 3AYQA 3K3TA 4GLVA 4LT3A 2CDSA 1DKKA 1REMA 4KPMA 4H9EA 1YQVY 4YENA 4NSGA 1YILA 1C08C 1WVUA 3AZ6A 5KXRA 1HELA 2ZWBA 3FE0A 4GN5C 4XENA 2YDGA 2C8PA 1UUZC 4TSBA 2DBTA 5LVJA 1B5UA 1GFRA 2ZILA 1Z55A 1LJIA 2HUBA 2I6ZA 1FKQA 3N9CA 2EKSC 3EBAB 4G49A 4Z46A 2YBIA 2N5ZA 4BS7A 1LSAA 4DDAA 1HEMA 2BQIA 5LA8A 1JTOL 4UWUA 1IWYA 4H1PA 4N5RA 1IP6A 2PC2A 5B06A 5KKJA 4B4JA 1CJ7A 1KXXA 2LYOA 1GAZA 1GF7A 2G4QA 1B5ZA 1LSMA 3QY4A 4IJ4A 1GWDA 1PZYA 1LZ4A 1GFKA 1QIOA 2GV0A 3LZTA 4P2EA 3TXEA 4HTKA 5F9UA 5B1FA 1IIZA 2G4NA 1QTEA 4HJYA 5HMJA 1IY3A 1F0WA 1ZV5L 2MEAA 1REZA 4QGZA 4MCKA 1XGUC 5LXWA 4A7DA 2Z2FA 1GF3A 1BWIA 1GFEA 1HNLA 3WPJA 1F6RA 2CGIA 1JKAA 4GCEA 1FLYA 4LT2A 2LZTA 3T6UA 2BQDA 3TXKA 4PJ2C 208LA 3ZVQB 1AM7A 1GBZA 1OUJA 5E9RA 3WULA 4CFOA 4CHXA 1BB4A 1LZAA 1V7TA 4J1BA 1B5WA 5KXKA 4TX7A 3B72A 1OUAA 4WM6A 1JPOA 4KXIA 194LA 1LMCA 3MGWA 2DQCY 3B0KA 1JISA 4HSFA 5DM9A 2D4KA 3W6FA 1N4FA 4D9ZA 1LMOA 1D6PA 4H92A 1CKFA 2ZNXY 2I26L 2YSSC 1I56A 4H9AA 1GB9A 3G3BB 4HP0A 3W6CA 4YEOA 2IFFY 5LVHA 4XJGA 2BQAA 2BQHA 4WMGA 3WMKA 4O34A 4ZEEA 4NGZA 5FEKA 1LHIA 2YBMA 2D91A 7LYZA 2BQFA 4WM1A 4DD0A 4Z3MA 4G4CA 1CKCA 5I4XA 3AZ7A 1WTNA 4NY5A 4OWBA 4H90A 2A7FA 2H5ZA 3CT1A 2BQKA 3D9AC 4NHQA 4RLNA 1IWTA 3ATNA 4XJDA 1VEDA 1OUFA 207LA 4J0LA 3TXGA 1DPWA 1QSAA 2HEAA 1BVKC 1XEIA 1B9OA 2WARA 2FYDA 3E3DA 4OWCA 1GF0A 2W1YA 4ETDA 1FLUA 4EMNA 5B05A 1XSFA 1F6SA 1HF4A 2B5ZA 1MLCE 1LYYA 1UA6Y 1CKGA 1QQYA 2VB1A 5B07A 2LYMA 1D0LA 4WLDA 1NDGC 1GE0A 5KXXA 3N9EA 4NGYA 2LHMA 3QE8A 1EL1A 1EQEA 1AKIA 1OUDA 4WO9A 4ANRA 1GB8A 1MELL 2Z2EA 3ATOA 3WVYA 1B5YA 3AGHA 1BB5A 5B1GA 3CSZA 5LYMA 1LHHA 1BQLY 3J4GA 4XJBA 4OWAA 1YROA 1AZFA 4NG1A 3TMXA 1HSWA 1IC4Y 3A67Y 5KXSA 3CT5A 2ZIJA 1OUIA 3IJUA 1IOTA 2C8OA 3G3AB 5K7OA 1G7IC 2BQLA 4I8SA 1JUGA 5LYTA 1I1ZA 4I0CA 4H9HA 9LYZA 3GXKA 2CWIA 2BQNA 2XTHA 1NMMA 3D3DA 2MEGA 3HBEX 4WM5A 5F16A 2XBSA 1IP1A 4KT3A 4MR1A 4W94A 3B0IA 4XJFA 1LMNA 4XADA 4CJ2A 2FBDA 5I4WA 3A6CY 4YM8A 2FYCA 2BQJA 1GB2A 1LYSA 2AUBA 3CSRA 1HMKA 1HSXA 3GXRA 4LYZA 3RNXA 1KXYA 1UBZA 5LA5A 1BWHA 1GHLA 3HFMY 1GBYA 1INUA 1OUCA 5LYZA 5T3FA 1G7MC 3WXTA 2MEHA 2BPUA 1GFAA 4NGIA 1G7HC 1GFTA 5KKIA 1YAQA 4YEMA 4G9SA 4ZFPA 1RE2A 1B7OA 1HEPA 2YBNA 4QDNA 1JSEA 1RI8B 3A96A 3CT0A 5F81A 3IWRA 1KIPC 1CNSA 1NHEA 3AW7A 1IR8A 1TCYA 1YAOA 3BKVA 4G4BA 4PRQA 3WW6A 4ETCA 3WUMA 5KXOA 4NGJA 1IWZA 1P2CC 4HJVA 5DL9A 4AXTA 1FN5A 4DT3A 5FDJA 1LZRA 2LZ2A 5J7CA 1NQIA 1OUBA 1TAYA 1LJ3A 1C46A 1HHLA 2EPEA 3RW8A 1WQQA 3QNGA 4R0FA 4YF2A 1BB7A 1FKVA 1GF4A 1J1PY 1T3PA 2D4JA 4LFXA 1J1OY 3EO5A 4H9BA 2Z12A 2F30A 1G7JC 4J1AA 3TMWA 4WM2A 5KXYA 2MEFA 1HFXA 2H9KA 4WM4A 153LA 4WLTA 2MEIA 1C10A 1XEJA 4N0JA 5IHGA 1GE1A 3WU8A 3A94A 1BHZA 1H6MA 1BVXA 1NF5A 1VATA 4DD9A 4ETBA 3CQLA 1NBZC 1VAUA 3LYTA 4U3XB 5ILCA 1LHKA 2Z39A 1GBOA 2DQIY 134LA 4UWVA 1FBIX 3B6LA 1FLWA 133LA 1TEWA 1IVMA 4WLYA 1DI5A 5E4PA 1HMLA 1BGIA 1KIRC 4FDYA 2CJLA 4LYMA 3TXBA 3P4ZA 3EMSA 2BLYA 3FI7A 1LSPA 3W6EA 4DD7A 4GN3A 1YIKA 4LGKA 1SLYA 1DKJA 2D4IA 1DI3A 2W1XA 4LYBA 2EQLA 2ZNWY 3WYHA 1WTMA 1XGTC 3M3UA 2HU3A 4II8A 4H91A 1YKYX 2W1LA 5LIOA 1IEEA 3A90A 5IDDA 2HEDA 3WUAA 1GFUA 3TXHA 4LYCA 1GB3A 2DQEY 4HJZA 5A3ZA 3SP3A 3ZEKA 1BWJA 1WQMA 3A8ZA 4QY9A 1IY4A 4H9CA 4RLMA 1V7SA 1IP7A 1IWWA 3AGGG 5AMYA 1LSZA 4DYGA 1B7LA 1UIEA 1AT6A 2Z18A 1LZCA 1ZVHL 2DQGY 1GE4A 1GEZA 4LYTA 2MEBA 4WL7A 3TXJA 5C6JA 1DQJC 4XJIA 1UIBA 2BQMA 1A2YC 4TUNA 1UICA 1LMPA 1QUTA 3WPKA 4CGEA 5APCA 5KXTA 1XGPC 5D5CA 3OK0A 3RZ4A 2HEEA 1GFJA 1B0DA 1LSDA 1QTKA 3B0OA 4NGVA 4C5FA 1LZ6A 1B7RA 4W96A 4G4HA 2HEFA 4NHPA 2ZYCA 3TXDA 5LVGA 1NDMC 2H9JA 3M18B 1IR7A 1IP2A 4DDBA 4WG1A 1LHMA 5F14A 1JITA 1LJ4A 1LJNA 5JENB 1GFHA 1F10A 4UWNA 4NWHA 1LPIA 1YAPA 1LJEA 3RU5A 5HNCA 4GCFA 1YL0X 3EXDA 1LKSA 1LJJA 1LZ8A 193LA 4DD1A 1AT5A 1UACY 2W1MA 1JKCA 1GF5A 1UIAA 2NWDX 3W3EA 4LT0A 4GCCA 1CJ8A 1J1XY 1OQMA 2F4GA 5C6IA 1VDPA 1JSFA 3P65A 1IC5Y 1LHLA 1D6QA 1GBWA 1OUHA 4NHIA 1WVVA 5APFA 2DQAA 1I20A 1GB0A 2EIZC 5I5QA 1G7LC 1W08A 5A3EA 1GBXA 2F4AA 4GCDA 1FDLY 4N8ZA 5APDA 3AZ5A 3A34A 3LYOA 4WL6A 2BQEA 1IO5A 1LJFA 1IORA 1IWUA 1GE3A 4XYYA 3WL2A 4OOTA 4B49A 1LMQA 4ETAA 4ZIXA 5KY1A 3AZ4A 3BKHA 5LVIA 1VFBC 2IHLA 4KL7A 5II3A 4YOPA 4J7VA 4HV1A 1ALCA 4L41A 5LVKA 5I53A 5L3HA 1LZNA 1XFPL 5DN4A 2DQJY 4PGJB 3P64A 4IATA 1LYZA 3VWOA 2A7DA 4FJRA 3ZVQA 1JTTL 2RSCA 1IWVA 4OOOA 1LCNA 4HTQA 1CKDA 4X3BA 4LFPA 2HECA 4BADA 3A92A 2XBRA 1LZ9A 1CJ6A 3N9AA 4NWEA 3W6DA 3W6BA 4N9RA 3A95A 1ZVYB 3LZ2A 3WW5A 2DQDY 1B7PA 1W6ZA 3F6ZA 4RW2A 1BB3A 3ULRA 2ZQ3A 3T36A 3AB6A 1D0MA 4RDSA 1HC0A 1IOSA 1IR9A 2DQFC 5I54A 1IWXA 2BQOA 2YBLA 2BQBA 2Q0MX 4MSTA 1PS5A 4NG8A 1WQRA 4XN6A 5B59A 154LA 4DD3A 1IP3A 4Z41A 3CSQA 132LA 5FHWA 1LKRA 4HTNA 1UIHA 4PRUA 1JEFA 3P66A 2DKVA 4PHIA 1C7PA 1UIFA 4NFVA 1LTMA 1XGQC 4H8ZA 4OWHA 2G4PA 5KXLA 1LAAA 4TSCA 1B7SA 4WLXA 1LZTA 3TXFA 5DLAA 1B5VA 4LYOA 3AGIA 1YANA 3LYMA 1JJ3A 1GDWA 3TMVA 4Z98A 3OJPA 1IP4A 4HPEA 4ETEA 5C6LA 1XEKA 4GN4A 1HENA 4NGLA 1QSWA 1LSBA 5KXWA 4NGWA 1HEOA 1EQ4A 5LAGA 4WM3A 4WO6A 5HMVA 3A3RX 5ILFA 2Z37A 4QEQA 5LINA 1IX0A 5FELA 1GD6A 4EOFA 1LSGA 5KXPA 8LYZA 5KJ9A 4C3WA 4NSHA 3HBDA 4WOAA 4ET8A 2XJWA 4GLAA 1DPXA 2MECA 1UIDA 1LMAA 2MEEA 4H94A 4H9FA 4NEBA 3LHMA 2LYZA 1IP5A 5APEA 5FCPA 1LHJA 1VDTA 3A93A 4NGOA 2ZIKA 1LZ1A 4IASA 1GE2A 1GXV2 1RCMA 5M1YA 2FBBA 2HTXA 1WQPA 5F9XA 1JJ0A 1YKZX 1HEWA 1LMTA 3A91A 5IELA 1B5XA 1HERA 1KIQC 4HV2A 4DD2A 1GF6A 4H9IA 1DZBX 4OWEA 5EBHA 2BQGA 5L3IA 1IOQA 1NWGA 1VDSA 5LAFA 3LYZA 1HFYA 3W6AA 1QDRA 1UCOA 4H8YA 2YBJA 1TBYA 1IC7Y 4RW1A 4B0DA 1E8LA 1LZ5A 1B7NA 1CKHA 1LJGA 2YVBA 2YBHA 6LYZA 2Z38A 1JTPL 1JHLA 4TWSA 1HFZA 1YL1X 2HEBA 2D6BA 3J6KA 4BAPA 4BAFA 1QUSA 5L9JA 4N1EI 5HLLA 4NHSA 4PPOA 4H93A 3WUNA 2ZYPA 1JJ1A 4B4EA 1LSNA 1JKDA 4CFPA 1DI4A 1REXA 2BAAA 4B4IA 5I4YA 4TTDA 5HNLA 1GF8A 1IOCA 1GFVA 3AW6A 3WU7A 1NBYC 1RFPA 1GXXA 3RT5X 1SQ2L 2X0AA 3WXUA 1YAMA 1QDTA 6LYTA 2Y8PA 4LT1A 4ML7A 3TXIA 1GBSA 3IJVA 5KXZA 4ET9A 4OW1A 1B7MA 5D5FA 1RJCB 1C43A 4NSIA 3WPLA 3WVXA 1GB5A 4XJHA 1LYOA 3CB7A 1GEVA 3LN2A 4LZTA 3TMUA 1UC0A 1TDYA 1LSYA 4DWXA 2F2NA 1JIYA 1GB6A 1O23A 4NHTA 4DC4A 4E3UA 5KXMA 1JWRA 1LZBA 1LJKA 1LZEA 4M6DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C45A 1D9UA 1L72A 4M4OA 141LA 195LA 115LA 1B2KA 1C62A 2BLXA 4NGKA 1L25A 1UIGA 3WH1A 1D3MA 218LA 1ZMYL 1XGRC 3SB6A 1DXJA 5KXNA 3A6BY 1LZDA 5HQ1A 2OE9X 1L09A 2QARC 1WQOA 1CV4A 4GLVA 3K3TA 1P46A 4NSGA 1C08C 5KXRA 4XENA 4GN5C 158LA 1LJIA 2HUBA 3N9CA 4G49A 3EBAB 1CV5A 4LZMA 2NTHA 1IWYA 1C6EA 5B06A 2LYOA 1T8FA 1C6JA 1PZYA 3LZTA 3L2XA 1L02A 163LA 5F9UA 2G4NA 5HMJA 1ZV5L 1REZA 4MCKA 1XGUC 5LXWA 1QTHA 4I7LA 1BWIA 1GFEA 3WPJA 3K2RA 1D3JA 3T6UA 1OVJA 4PJ2C 3ZVQB 1GBZA 1OUJA 1QSBA 5E9RA 3NYAA 2RBQA 3B0KA 210LA 4D9ZA 2ZNXY 1LHIA 242LA 3DN8A 7LYZA 1L55A 1L39A 4LDLA 4G4CA 3PBLA 4OWBA 1PQJA 1XJTA 2BQKA 3CT1A 4XJDA 1LWKA 1VEDA 3TXGA 1DPWA 1QSAA 2HEAA 1C66A 2FYDA 1FLUA 3NY8A 1HF4A 1MLCE 102LA 5B07A 232LA 4W59A 199LA 4NGYA 2LHMA 1EL1A 1AKIA 4WO9A 4ANRA 1GB8A 3WVYA 5B1GA 5LYMA 1LHHA 1HSWA 1L60A 1OUIA 2C8OA 5K7OA 4I8SA 1CU5A 1I1ZA 3SBAA 2XBSA 1CVKA 5I4WA 1L50A 2BQJA 2AUBA 5LA5A 3HFMY 1OUCA 1K28A 2RBRA 1G7MC 1P2RA 150LA 1G7HC 5KKIA 247LA 1RI8B 5F81A 1NHEA 3AW7A 2CUUA 1L98A 227LA 1IWZA 4AXTA 4DT3A 5J7CA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5FST A;  1GAY A;  2I25 L;  4R6C A;  1LZG A;  1C45 A;  1BB6 A;  1D9U A;  1GF9 A;  2BQC A;  4M4O A;  1GPQ C;  1LSE A;  1B2K A;  1OUG A;  1REY A;  1VDQ A;  1GDX A;  2BLX A;  4H8X A;  4HPI A;  3KAM A;  4AGA A;  4NGK A;  3P68 A;  4N1C C;  3HBH A;  4NSJ A;  4WG7 A;  5DN5 A;  4NIJ A;  2Z19 A;  1UIG A;  3WH1 A;  3WU9 A;  1OP9 B;  1OUE A;  1YKX X;  1LZY A;  1WQN A;  1ZMY L;  1XGR C;  2DQH Y;  4B1A A;  1A4V A;  3A3Q A;  2ZQ4 A;  1H87 A;  1D0K A;  1FLQ A;  1LOZ A;  1DXJ A;  4DDC A;  5KXN A;  1JKB A;  2HU1 A;  1LJH A;  1LZD A;  3A6B Y;  1EQ5 A;  3AJN A;  1T6V L;  1NKH A;  135L A;  1GFG A;  1B7Q A;  1HEQ A;  5HQ1 A;  1CJ9 A;  4GCB A;  1KXW A;  1WQO A;  1LSF A;  1LSC A;  1LZS A;  1GB7 A;  2MED A;  3AYQ A;  3K3T A;  4GLV A;  4LT3 A;  2CDS A;  1DKK A;  1REM A;  4KPM A;  4H9E A;  1YQV Y;  4YEN A;  4NSG A;  1YIL A;  1C08 C;  1WVU A;  3AZ6 A;  5KXR A;  1HEL A;  2ZWB A;  3FE0 A;  4GN5 C;  4XEN A;  2YDG A;  2C8P A;  1UUZ C;  4TSB A;  2DBT A;  5LVJ A;  1B5U A;  1GFR A;  2ZIL A;  1Z55 A;  1LJI A;  2HUB A;  2I6Z A; 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 2LYZ A;  1IP5 A;  5APE A;  5FCP A;  1LHJ A;  1VDT A;  3A93 A;  4NGO A;  2ZIK A;  1LZ1 A;  4IAS A;  1GE2 A;  1GXV 2;  1RCM A;  5M1Y A;  2FBB A;  2HTX A;  1WQP A;  5F9X A;  1JJ0 A;  1YKZ X;  1HEW A;  1LMT A;  3A91 A;  5IEL A;  1B5X A;  1HER A;  1KIQ C;  4HV2 A;  4DD2 A;  1GF6 A;  4H9I A;  1DZB X;  4OWE A;  5EBH A;  2BQG A;  5L3I A;  1IOQ A;  1NWG A;  1VDS A;  5LAF A;  3LYZ A;  1HFY A;  3W6A A;  1QDR A;  1UCO A;  4H8Y A;  2YBJ A;  1TBY A;  1IC7 Y;  4RW1 A;  4B0D A;  1E8L A;  1LZ5 A;  1B7N A;  1CKH A;  1LJG A;  2YVB A;  2YBH A;  6LYZ A;  2Z38 A;  1JTP L;  1JHL A;  4TWS A;  1HFZ A;  1YL1 X;  2HEB A;  2D6B A;  3J6K A;  4BAP A;  4BAF A;  1QUS A;  5L9J A;  4N1E I;  5HLL A;  4NHS A;  4PPO A;  4H93 A;  3WUN A;  2ZYP A;  1JJ1 A;  4B4E A;  1LSN A;  1JKD A;  4CFP A;  1DI4 A;  1REX A;  2BAA A;  4B4I A;  5I4Y A;  4TTD A;  5HNL A;  1GF8 A;  1IOC A;  1GFV A;  3AW6 A;  3WU7 A;  1NBY C;  1RFP A;  1GXX A;  3RT5 X;  1SQ2 L;  2X0A A;  3WXU A;  1YAM A;  1QDT A;  6LYT A;  2Y8P A;  4LT1 A;  4ML7 A;  3TXI A;  1GBS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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