2W1YA

The interdependence of wavelength, redundancy and dose in sulfur sad experiments: 1.540 a wavelength 180 images data
Total Genus 46

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYTI1 (39-42)TI'1 (36-39)3H3 (120-124)AH1 (5-15)TII4 (124-127)TII1 (17-20)O2 (6-127)3H1 (20-22)TII'1 (103-106)AH2 (25-36)AH4 (109-115)TI3 (54-57)S1 (43-45)S2 (51-53)TI2 (46-49)S3 (58-59)TI4 (59-62)TIV4 (105-108)TIV1 (60-63)TI5 (74-77)TIV2 (66-69)TII2 (69-72)AH3 (88-100)3H2 (80-83)TVIII1 (85-88)TIV3 (101-104)TII3 (115-118)O1 (118-120)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
publication title The Interdependence of Wavelength, Redundancy and Dose in Sulfur Sad Experiments.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2w1yA00
1GAZA 3A95A 4DD3A 208LA 1C10A 4I8SA 5APCA 2X0AA 4LT1A 1LZRA 1G7IC 4NGYA 5KXSA 1YL0X 1LYYA 1B5ZA 1BVKC 1GB5A 2BQNA 2W1YA 3A3RX 2HU1A 1IY3A 4LGKA 4DWXA 1VEDA 5A3EA 1A4VA 1HELA 1OQMA 1VDQA 4HJYA 1LMAA 3WU9A 1B5YA 1IOTA 4KL7A 132LA 1CKHA 207LA 3OK0A 1VDSA 5KXNA 1JTOL 1G7LC 1F0WA 1H87A 1SLYA 4NGWA 1C43A 5D5FA 2C8PA 1FKQA 1XSFA 1QUSA 3GXRA 5HMVA 1IWWA 3N9AA 5KXZA 1IORA 1QDTA 1LMOA 1I56A 1RJCB 2Z38A 1KIPC 4I0CA 1XGUC 2BQGA 2MEBA 5FEKA 3W6CA 2LHMA 2BQLA 1IC7Y 1OUAA 1REXA 3WPLA 4DD7A 2D6BA 5KXWA 1IP6A 1OUJA 2FBDA 5KXYA 2Z19A 2ZYPA 1HC0A 1CJ7A 1YKXX 1GF4A 1LZYA 1LZAA 4LT3A 2XTHA 1GDWA 1HENA 1B7SA 1OUFA 1IEEA 5APDA 1IP2A 4XJDA 3FE0A 5EBHA 4IASA 2HEEA 5APEA 1VFBC 1LJFA 2HU3A 1GXXA 1B7OA 1LSBA 1JIYA 1GF5A 1QQYA 1GBOA 4G4CA 4BAFA 1JWRA 4J1BA 3WPKA 1D0KA 4HV1A 1WQOA 3CB7A 5C6IA 1NKHA 2D4KA 1LZGA 4QDNA 4ETCA 5KXXA 3WU8A 1XEIA 5JENB 4NG1A 1O23A 2ZNXY 3CSRA 2H9KA 1IIZA 4R6CA 5LIOA 1WVUA 1IC4Y 2AUBA 4PRUA 1KXYA 2B5ZA 3A6BY 3QNGA 4ETEA 3W6AA 2W1LA 4HTKA 2F4AA 2YBLA 3QY4A 4J0LA 4QGZA 1BQLY 3ULRA 2VB1A 4W94A 1E8LA 1F6SA 1GHLA 1B5WA 4NG8A 1P2CC 2DQHY 3A8ZA 3LYZA 4HPIA 2I25L 1OUEA 5KXPA 8LYZA 4KT3A 1YAQA 2Z12A 1INUA 1GBYA 1FLYA 4G9SA 4NGKA 1TEWA 4WOAA 5DN5A 5E4PA 5LYZA 1GEZA 1LSFA 1AKIA 1D6PA 1C08C 2BQOA 4H9HA 4YENA 3WVXA 3VWOA 1B5UA 1CKCA 1DI3A 1GE4A 2YSSC 1AZFA 1LOZA 3A3QA 4NEBA 1GB3A 1C7PA 2I26L 2LZ2A 4G4HA 5FDJA 4RW1A 2BQIA 3WUMA 1LJEA 2LYOA 4TUNA 1D9UA 2BLYA 2GV0A 1FN5A 4B1AA 4EMNA 1B2KA 1OUCA 1HEQA 5B1FA 5C6LA 4CFOA 1IY4A 5KXOA 3FI7A 4KPMA 1IWXA 6LYZA 4WM2A 2G4QA 1GBWA 1B0DA 5F16A 2ZQ4A 4H8YA 4NGIA 3ATNA 1LMTA 4UWUA 2ZIKA 3M3UA 4N9RA 3WUNA 1GFKA 5KXMA 4BAPA 1ZVYB 4LYOA 2CWIA 4N1EI 3P65A 3RU5A 4CHXA 2ZILA 4NGZA 4WLXA 3AZ5A 4DYGA 5KJ9A 4XJFA 5F9UA 4B49A 1UIFA 1MLCE 4PHIA 2I6ZA 5KXRA 2EPEA 4NSHA 3WULA 3WU7A 1NDMC 4C5FA 1GB6A 2YVBA 4OWBA 4TTDA 3W6FA 2WARA 3TXJA 4G49A 1GB2A 1LSDA 4PPOA 5KXLA 194LA 2MEGA 3HFMY 4Z46A 3W6BA 4CGEA 4HPEA 153LA 1IWYA 3P68A 4LT2A 1UIGA 5IDDA 3N9CA 2Z18A 2NWDX 5ILCA 1LAAA 5LA8A 1AT6A 3D9AC 1XEKA 1B7RA 1IR8A 4CJ2A 1GXV2 1XGTC 5APFA 4RDSA 1HSXA 1Z55A 4GCFA 4OOTA 4NHIA 1CKDA 1IVMA 5AMYA 1YL1X 4HP0A 1WTNA 2G4PA 3AYQA 3ZVQB 1LZNA 5B07A 2XJWA 1GF8A 3K3TA 1IP3A 1B7NA 1LYZA 1KXXA 4WG1A 3G3AB 1YQVY 4WO6A 1QSWA 1JKBA 1HMKA 3F6ZA 1HFZA 1UIBA 3BKVA 2FBBA 4FJRA 5LVKA 3SP3A 4NFVA 4ZFPA 1IP4A 2BQJA 4IJ4A 3TMUA 2H9JA 3W6DA 4WM1A 1C45A 1LZCA 1LHLA 1G7HC 2XBSA 1HFXA 5B06A 4AGAA 4WM6A 4DDAA 4LYTA 2BQBA 3LZ2A 5I4YA 1DKJA 4N0JA 2FYCA 3N9EA 2Z2EA 3TXIA 3G3BB 2MECA 4UWVA 1IOCA 4ZEEA 1F6RA 3WXTA 1LSAA 1W6ZA 2HEAA 4WL7A 4DC4A 1LJ3A 1TAYA 4LFPA 4AXTA 4H9EA 1J1PY 3TXEA 1HF4A 1GBXA 4II8A 1FLQA 2IFFY 4L41A 1ZMYL 4P2EA 1WTMA 1LZEA 2HTXA 1LJ4A 4Z41A 1LKRA 1MELL 1B7MA 1WQMA 1LSCA 3WVYA 1LMPA 3TMWA 4YM8A 1WQRA 2EIZC 2HEBA 3B0OA 1B5VA 3CT5A 3RT5X 1QUTA 4WM4A 1JUGA 3AGIA 4H1PA 2W1XA 2CJLA 1JSFA 3CSQA 1WQPA 4R0FA 4WMGA 3W6EA 3P4ZA 1UCOA 5I54A 5LA5A 4BADA 4ET9A 1EL1A 1REMA 2DQAA 3AGHA 1KIQC 1GFEA 4HJVA 3RZ4A 2MEDA 4LYCA 1YIKA 4HJZA 1LJGA 3ZEKA 1RFPA 2D91A 3B6LA 4H9BA 4J1AA 4H9AA 4RW2A 1N4FA 1PZYA 4M6DA 1LZ4A 3RNXA 4ETAA 5I4XA 1OUIA 2FYDA 4GN4A 4WLYA 1YAOA 3P64A 1EQEA 1GD6A 2Z2FA 1VDTA 1LSGA 3WL2A 3CSZA 5LXWA 5T3FA 1UACY 5FSTA 4ET8A 1JSEA 1NDGC 3AW7A 4H8XA 1JKDA 4LYMA 3LYMA 1QTEA 2G4NA 1LTMA 1VDPA 1QIOA 4GCDA 4HV2A 1LPIA 4MR1A 4NHPA 1HSWA 3LHMA 2DQFC 4XADA 1IP7A 5LINA 1OUBA 2F4GA 1BVXA 1BHZA 1HMLA 1QSAA 3MGWA 5KKIA 133LA 4A7DA 1LMNA 1LSPA 1LYOA 2LZTA 3ATOA 2HUBA 3HBDA 4H91A 3W3EA 2MEAA 1RE2A 6LYTA 1XGRC 1I20A 4LT0A 4NIJA 4PGJB 4TX7A 1GF0A 3A94A 1HEWA 3EXDA 135LA 1D6QA 5HNLA 3B72A 5I5QA 4Z3MA 4XJGA 1LJNA 2ZNWY 4OWAA 1GE1A 1HEOA 1LMQA 3AJNA 4DD2A 5LVJA 1GF3A 1SQ2L 3EMSA 1LZ6A 5II3A 2BPUA 2C8OA 1GBZA 1GE0A 4YEOA 2N5ZA 3AZ4A 3A34A 3P66A 4H90A 4WLDA 3TMVA 3TXHA 9LYZA 4ML7A 1BB3A 1ZV5L 1JISA 2BQKA 2HECA 2LYMA 3J6KA 1FBIX 1LZ1A 1LHMA 1GEVA 1GBSA 1V7SA 5F81A 2YBJA 1GFGA 4N8ZA 1UUZC 2Q0MX 3A67Y 4B0DA 5I53A 4E3UA 2BAAA 3D3DA 3A6CY 1REZA 1HERA 4NGVA 2MEIA 1LSYA 1NQIA 3AW6A 4W96A 1XGQC 1FLUA 1LHHA 1OUGA 1UC0A 4HTNA 5LYMA 1GFAA 2CDSA 4UWNA 3M18B 4WL6A 4WLTA 2A7DA 2MEHA 1GPQC 4U3XB 4DD1A 1LJIA 4GCCA 2BQFA 4EOFA 3A91A 1UIDA 1IR9A 2F2NA 1B9OA 1G7JC 4C3WA 1IWVA 1JJ0A 3AB6A 2YDGA 3AZ6A 5D5CA 1LYSA 4B4IA 5HLLA 1YROA 2YBNA 1GF7A 1DI5A 3CT1A 2MEFA 1REYA 3TXKA 1LSMA 1LSZA 4NHSA 1GDXA 1CKFA 3WYHA 2D4JA 1IO5A 3B0IA 4ANRA 1PS5A 1BWHA 1JKAA 1GWDA 1HEPA 4H9FA 4J7VA 4H94A 4ETBA 4YEMA 1IOQA 5DN4A 5FCPA 1CJ9A 2DQIY 5LVGA 1WQNA 5B59A 5HNCA 2DBTA 4MCKA 1AM7A 4M4OA 1UIAA 1GFRA 1OUHA 3IWRA 2RSCA 7LYZA 2DQEY 3TXBA 3HBHA 2BQCA 1GB9A 5I4WA 1JTTL 5KXTA 1BB4A 3TXDA 1DPXA 1GFUA 2DQDY 1NBYC 4Z98A 3RW8A 1YANA 1TBYA 3IJUA 3BKHA 1WVVA 1BWIA 1HHLA 4TSCA 3WW6A 5L3IA 1FLWA 1AT5A 2H5ZA 1C46A 5E9RA 4NWHA 1IOSA 4NGLA 1T3PA 5LAFA 3ZVQA 1UBZA 4NGJA 3WPJA 1LJKA 4DDBA 5HQ1A 4QY9A 1IC5Y 5KKJA 2CGIA 1JITA 1JTPL 2Y8PA 4OWCA 1GE3A 5FELA 1BB7A 4PRQA 1YAPA 4H9IA 5LYTA 2YBIA 1XGPC 2F30A 1UIEA 4OWHA 1BWJA 2HEDA 4XENA 1QDRA 2BQMA 4XYYA 4WG7A 3LYOA 4RLMA 1JJ1A 1NF5A 5DM9A 4CFPA 4NSIA 5F14A 1UA6Y 1LZBA 5L9JA 5A3ZA 1D0LA 1LCNA 2A7FA 1ALCA 1OP9B 4H8ZA 1LHKA 1EQ4A 5IHGA 1DZBX 1LHJA 4H93A 3WUAA 4BS7A 2W1MA 1LSNA 1OUDA 4RLNA 4DDCA 4GN5C 4LZTA 1A2YC 4NSGA 4QEQA 3LZTA 1BB5A 2BQEA 4XJHA 1LZTA 1GFHA 1QTKA 1T6VL 4XN6A 1CJ8A 1F10A 1UIHA 1B7LA 1YKZX 2DQJY 4GCBA 1IP1A 1GB0A 1D0MA 2ZIJA 3CT0A 3CQLA 1JHLA 1WQQA 1GB8A 5LVIA 3WMKA 1BB6A 4WM5A 3LN2A 2BQDA 2DQCY 2EQLA 2Z39A 4N5RA 1JPOA 1IR7A 2IHLA 3QE8A 1CKGA 1YAMA 2DKVA 3EO5A 1RCMA 1NBZC 5K7OA 1VAUA 2Z37A 2ZYCA 1TDYA 1XEJA 4OWEA 1W08A 1DQJC 3TXGA 2BLXA 4B4JA 1GFJA 1LMCA 1CJ6A 5B1GA 5ILFA 1JJ3A 3WH1A 1H6MA 1I1ZA 3E3DA 4NWEA 1GF9A 5J7CA 5KY1A 4IATA 4NGOA 1GE2A 5F9XA 3TMXA 3T6UA 1RI8B 3GXKA 3HBEX 4KXIA 3TXFA 2EKSC 3A92A 3A90A 1IP5A 3B0KA 3IJVA 4DT3A 2DQGY 4ETDA 3AZ7A 1VATA 4LYZA 4MSTA 1FDLY 4NSJA 1JKCA 2ZQ3A 1LSEA 2YBMA 3J4GA 1IWUA 1XFPL 3LYTA 3EBAB 4XJIA 1KIRC 4N1CC 1KXWA 4GCEA 1NWGA 3KAMA 3OJPA 1BGIA 4TWSA 3T36A 1DKKA 3AGGG 4NHTA 2HEFA 5FHWA 1GF6A 1GFTA 1GB7A 5DL9A 1ZVHL 1NHEA 1LKSA 2MEEA 4NHQA 1TCYA 3A93A 1FKVA 1LZDA 5L3HA 1DI4A 1HNLA 193LA 1JEFA 4OOOA 4HTQA 5C6JA 4XJBA 1J1XY 4GLAA 4HSFA 4GN3A 2LYZA 1B5XA 1G7MC 1DPWA 5LAGA 5DLAA 1LJHA 2D4IA 5M1YA 4TSBA 1V7TA 4D9ZA 4NY5A 4WM3A 1LJJA 1YKYX 4G4BA 1LHIA 4H9CA 4WO9A 5LVHA 2ZWBA 4LFXA 4GLVA 4PJ2C 5KXKA 1LZ8A 1LZ9A 1YILA 1J1OY 1EQ5A 2XBRA 4FDYA 4H92A 2PC2A 4OW1A 3WW5A 1B7QA 1UICA 4ZIXA 5B05A 4DD9A 1GFVA 4YOPA 1B7PA 4B4EA 4X3BA 134LA 1CNSA 2BQHA 4YF2A 3WXUA 1IX0A 1HEMA 4DD0A 1NMMA 2YBHA 3A96A 5IELA 4O34A 1LZSA 1LZ5A 2BQAA 1IWTA 1IWZA 5HMJA 154LA 1DXJA 1GAYA 1HFYA 4LYBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C10A 1LI3A 2X0AA 1YL0X 1GB5A 1OVJA 1IY3A 3FA0A 1A4VA 1L73A 1B5YA 1H87A 1F0WA 4NGWA 1XSFA 3GXRA 1QUSA 1IWWA 143LA 1KS3A 1QDTA 2Z38A 1I56A 1C62A 1QUGA 2MEBA 3W6CA 5FEKA 1L90A 1D9WA 1QS9A 2LHMA 1C6BA 1REXA 4DD7A 2D6BA 1IP6A 1C6QA 1HC0A 1LZYA 1LZAA 1C6KA 4XJDA 3HUQA 4IASA 1VFBC 4BAFA 1B7OA 1JIYA 1QT4A 3ODUA 4HV1A 157LA 2RBSA 3WU8A 2ZNXY 191LA 1LI6A 2H9KA 1IC4Y 4YX7C 2W1LA 102LA 1G0MA 120LA 4W94A 1GHLA 3HTGA 1B5WA 260LA 2DQHY 3LYZA 4HPIA 1OUEA 2RB0X 3CDQA 1FLYA 5DN5A 1GEZA 1C08C 174LA 3WVXA 3DN6A 2RBOA 1AZFA 1C7PA 2I26L 2LZ2A 4ARQB 4RW1A 2BQIA 1L39A 173LA 2ANVA 1QTCA 1IY4A 4EPFA 3FI7A 2LC9A 1C69A 2NTGA 3M3UA 1L79A 4ARMB 4BAPA 4LYOA 2CWIA 3P65A 1T6HA 3AZ5A 4XJFA 4B49A 131LA 1UIFA 1MLCE 219LA 4C5FA 1NDMC 4OWBA 1LI2A 2B6ZA 194LA 2MEGA 4HPEA 1IWYA 4LT2A 223LA 1L82A 1C6FA 5APFA 160LA 1L62A 150LA 3QAKA 1L93A 1L52A 3G3AB 1YQVY 4WO6A 4YXCA 3G3VA 1UIBA 4FJRA 3SP3A 4NFVA 2BQJA 1LHLA 4DDAA 159LA 2F47A 4N0JA 2Z2EA 1PQOA 1LSAA 1W6ZA 152LA 4WL7A 1LJ3A 1TAYA 1KW5A 1WTMA 1LZEA 238LA 1LJ4A 4Z41A 1MELL 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GAZ A;  3A95 A;  4DD3 A;  208L A;  1C10 A;  4I8S A;  5APC A;  2X0A A;  4LT1 A;  1LZR A;  1G7I C;  4NGY A;  5KXS A;  1YL0 X;  1LYY A;  1B5Z A;  1BVK C;  1GB5 A;  2BQN A;  2W1Y A;  3A3R X;  2HU1 A;  1IY3 A;  4LGK A;  4DWX A;  1VED A;  5A3E A;  1A4V A;  1HEL A;  1OQM A;  1VDQ A;  4HJY A;  1LMA A;  3WU9 A;  1B5Y A;  1IOT A;  4KL7 A;  132L A;  1CKH A;  207L A;  3OK0 A;  1VDS A;  5KXN A;  1JTO L;  1G7L C;  1F0W A;  1H87 A;  1SLY A;  4NGW A;  1C43 A;  5D5F A;  2C8P A;  1FKQ A;  1XSF A;  1QUS A;  3GXR A;  5HMV A;  1IWW A;  3N9A A;  5KXZ A;  1IOR A;  1QDT A;  1LMO A;  1I56 A;  1RJC B;  2Z38 A;  1KIP C;  4I0C A;  1XGU C;  2BQG A;  2MEB A;  5FEK A;  3W6C A;  2LHM A;  2BQL A;  1IC7 Y;  1OUA A;  1REX A;  3WPL A;  4DD7 A;  2D6B A;  5KXW A;  1IP6 A;  1OUJ A;  2FBD A;  5KXY A;  2Z19 A;  2ZYP A;  1HC0 A;  1CJ7 A;  1YKX X;  1GF4 A;  1LZY A;  1LZA A;  4LT3 A;  2XTH A;  1GDW A;  1HEN A;  1B7S A;  1OUF A;  1IEE A;  5APD A;  1IP2 A;  4XJD A;  3FE0 A;  5EBH A;  4IAS A;  2HEE A;  5APE A;  1VFB C;  1LJF A;  2HU3 A; 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 4IAT A;  4NGO A;  1GE2 A;  5F9X A;  3TMX A;  3T6U A;  1RI8 B;  3GXK A;  3HBE X;  4KXI A;  3TXF A;  2EKS C;  3A92 A;  3A90 A;  1IP5 A;  3B0K A;  3IJV A;  4DT3 A;  2DQG Y;  4ETD A;  3AZ7 A;  1VAT A;  4LYZ A;  4MST A;  1FDL Y;  4NSJ A;  1JKC A;  2ZQ3 A;  1LSE A;  2YBM A;  3J4G A;  1IWU A;  1XFP L;  3LYT A;  3EBA B;  4XJI A;  1KIR C;  4N1C C;  1KXW A;  4GCE A;  1NWG A;  3KAM A;  3OJP A;  1BGI A;  4TWS A;  3T36 A;  1DKK A;  3AGG G;  4NHT A;  2HEF A;  5FHW A;  1GF6 A;  1GFT A;  1GB7 A;  5DL9 A;  1ZVH L;  1NHE A;  1LKS A;  2MEE A;  4NHQ A;  1TCY A;  3A93 A;  1FKV A;  1LZD A;  5L3H A;  1DI4 A;  1HNL A;  193L A;  1JEF A;  4OOO A;  4HTQ A;  5C6J A;  4XJB A;  1J1X Y;  4GLA A;  4HSF A;  4GN3 A;  2LYZ A;  1B5X A;  1G7M C;  1DPW A;  5LAG A;  5DLA A;  1LJH A;  2D4I A;  5M1Y A;  4TSB A;  1V7T A;  4D9Z A;  4NY5 A;  4WM3 A;  1LJJ A;  1YKY X;  4G4B A;  1LHI A;  4H9C A;  4WO9 A;  5LVH A;  2ZWB A;  4LFX A;  4GLV A;  4PJ2 C;  5KXK A;  1LZ8 A;  1LZ9 A;  1YIL A;  1J1O Y;  1EQ5 A;  2XBR A;  4FDY A;  4H92 A;  2PC2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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